5HE7A

Bace-1 in complex with (4ar,7as)-7a-(2,4-difluorophenyl)-6-(5-fluoro-4-methoxy-6-methylpyrimidin-2-yl)-2-imino-3-methyloctahydro-4h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-4-one
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
390
structure length
385
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 385
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5he7A02
5IVTA 1BV7A 2QD6A 4J0TA 2EWYA 3NU3A 5P30A 4DV9A 4TVHA 2NTRA 3BUGA 4OD9B 5P4GA 3NDWA 5P48A 1EPQE 2QZWA 4EPJA 3S53A 1XS7D 4Y50A 5P7CA 2Q3KA 5P4QA 2ZYEA 2IQGA 4CMSA 2WEZA 4Y5GA 3S43B 5P3SA 3MSKA 5P3IA 4Y43A 5P6QA 4DPFA 3R4BA 2BQVA 5OZ3A 5SXNA 2AVVA 2PSUA 2VS2A 3PB5A 5SY3A 3LIZA 4KUPA 5P47A 3PWWA 5OYUA 4LXKA 3NU9A 1HSGA 5P3MA 4EHCA 3UQUA 5P1YA 3NWXA 4H3JA 4EP2A 1DAZC 3TOFA 1Z1RA 1ZJ7A 3OTYA 5P6EA 3RTMA 5P3HA 5P6XA 5HE7A 5P6WA 1HTRB 3EL9A 2NXDA 4Y39A 3VFBA 2BPZA 1VIJA 1HHPA 5OZ5A 1SGUA 1HIVA 5OYSA 3PGIA 5OZXA 2PSVA 5P5BA 4J1HA 3APRE 3T7XA 4Y57A 2WF3A 2VJ7A 5DR8A 4Z4XA 5P7BA 1GVUA 2R9BA 5P7LA 1BXOA 1TSQA 5P3TA 3FIVA 3QAAA 5P37A 2JJIA 4I0FA 3OUDA 5P0FA 4ER4E 4YCYA 3G70A 4DUSA 5OZ9A 3MSLA 3UDNA 5P7RA 3ZPSA 1D4LA 3DCRA 1F34A 1MRXA 4R92A 4JP9A 3C9XA 5P4FA 2J9JA 2H6SA 3OAGA 2F3FA 4OBDA 2UXZA 3SA6A 5P6JA 1SMRA 3ZKMA 1MSMA 2AODA 2VA5A 5OZ6A 2P83A 2O4NA 2B8LA 5P5TA 3D20A 2R38A 1AJXA 1NH0A 2FMBA 5P5RA 3U71A 1GNNA 1W5WA 5KOSA 1W51A 4J17A 5P8MA 3RU1A 4RRSA 5E5KA 2G1RA 3LZUA 5P2EA 4Y38A 3PBZA 5P6YA 4J0VA 3ZL7A 2HIZA 2WEBA 4WY6A 4YBFA 5P6FA 1GNOA 1MUIA 4B05A 2QZKA 3ZLQA 3VFAA 5P1MA 5C9BA 5P55A 5I3XA 1K2CA 4YD6A 1B6MA 3PCWA 4OBKA 1SH9A 3SLZA 1SDUA 5P29A 2IGXA 4YD3A 5BS4A 5P72A 3INHA 2Q5KA 5P76A 2QCIA 1MSNA 5P5LA 4FSEA 5P38A 2BKTA 5P5KA 3L5DA 4Y3PA 4NJSA 4Q1XA 2VJ9A 1M4HA 1TQFA 1EC0A 3UDHA 4HVPA 1AXAA 3UDMA 3O99A 5P2FA 3K5FA 3PRSA 5P5WA 4L1AA 9HVPA 2PYMA 1BAIA 2G1NA 4I10A 3EC0A 1KJ4A 4CKUA 4ACUA 5DR1A 5FIVA 3GGVA 2B8VA 2IGYA 5P44A 4TRZA 4XX3A 6APRE 4WTUA 4Y4GA 3UDYA 1TCWA 1SIPA 5P1ZA 4Y5NA 5AH7A 1ZP8A 4Y5PA 3QRMA 5P02A 3ZMGA 1T3RA 3RTNA 3PMYA 4D85A 1HIIA 5P0KA 3IGBA 3EXOA 3QI1A 4NJTA 1HPOA 4J0YA 5P64A 5P6KA 2IENA 5P09A 5P0QA 3PSUA 7HVPA 5P42A 2AVOA 5P2SA 3CMSA 5KR1A 4QJ2A 1KJ7A 3QRVA 5AH6A 1G2KA 2NPHA 5P23A 2V12C 1HVJA 5P8QA 1BVEA 5P04A 2NMZA 2F8GA 4D89A 4YE3A 4Y3MA 1ZLFA 3NDUA 3I2LA 2OF0A 5P58A 5P0PA 1D4YA 4Y4JA 3WB4A 3RSXA 2G26A 1LZQA 3KN0A 1FQ7A 3HLOA 5P5HA 5P53A 5P40A 1LYBB 1IDBA 4GJAA 5AHCA 5P26A 4KE1A 3VYDA 3K5GA 4EXGA 3QP0A 2G1OA 3D3TA 4M8XA 4YD4A 4ZSMA 3URJA 3S85A 2PYNA 5HU1A 3O9CA 5P2KA 5JG1A 1EPNE 4Y3YA 2AOCA 3RVIA 4AUCA 1W5XA 5P4XA 2O40A 1QRPE 5P5CA 3B80A 4PHVA 5OZ2A 1YX9A 3VEUA 5KR8A 3PJ6A 1BDQA 5P5NA 5P7IA 4HDBA 5P4WA 4RCFA 1T6EX 3Q6YA 5P70A 4MC1A 5T4SA 1FG8C 3LPIA 1IIQA 5P5GA 1K6TA 4ZSPA 4R91A 4BELA 2ER7E 5P2NA 4CPWA 4FAEA 2V13A 4X2LA 4CPSA 5P6MA 4Y4EA 5P0YA 1UH8A 5P66A 2QZLA 5P8EA 4APEA 2FNTA 2OHQA 5OZJA 2NNKA 4J0PA 4HLAA 4RCDA 5P6RA 3S7LA 1HPSA 2HS1A 2XYEA 4HDPA 2ZJKA 5OZQA 1TZSA 1G6LA 5P01A 3PCZA 3OXXA 4OBJA 3IN3A 3K4VA 5P89A 2NXLA 5P69A 2BPYA 4HA5A 1HIHA 3NDTA 3QVCA 5P49A 3TNEA 4RVXA 3UQPA 2APRA 1A8KA 5KQYA 4Q1YA 5P5VA 5P1VA 2P3CA 2WF1A 5SZ9A 3SA8A 3B7VA 1FGCC 4L7GA 4I12A 5P11A 4B77A 5P68A 1IVQA 2FLEA 2WEAA 5OZ1A 5OZCA 3OQ7A 2AQUA 4ZPFA 5OZOA 4DJOA 5DR7A 1K2BA 3PSGA 2FDEA 8HVPA 5P25A 4DJRA 5P4SA 4Z2ZA 3OWNA 2B60A 1C6ZA 3BVAA 3K1WA 5ER1E 4RVIA 4Y4AA 1NPAA 1YM4A 1YTHA 5P2IA 3IVIA 3R2FA 5HVPA 1W50A 1K6CA 3UDKA 5P0BA 2B42A 3OOTA 3L5EA 1BDRA 2V16C 4Y4ZA 3T7PA 5P1EA 3IA9A 1T7JA 5P7ZA 4Z22A 4APRE 2P3AA 4Y47A 3EKQA 3QROA 3SQFA 1HVHA 5P5EA 5AHAA 3LINA 1D4HA 5HDZA 5P7VA 3AIDA 2AVQA 4J54A 2ZHUA 5P3AA 3FV3A 5P3ZA 2Q54A 4RVJA 3NR6A 5P7PA 4JPCA 3JW2A 5P6BA 2WEDA 2JXRA 3KA2A 5P4JA 1ME6A 4J1CA 5J25A 1BWBA 1OHRA 5HE4A 2VIJA 2O4PA 2RKGA 4ZSRA 1T7IA 4OC6B 1FEJC 5P67A 2QHYA 4J1IA 4F76A 1B5FB 3F9QA 3O9AA 5P14A 7UPJA 5P1RA 4Y3JA 4DH6A 3KMYA 5P6UA 1FMBA 4YDGA 5P1KA 2Q15A 4YA8A 5P0EA 2XFJA 4EJDA 5P82A 5P54A 1KZKA 5I3YA 5P4PA 3O9HA 5P8PA 4RZ1A 4YOAA 1E81E 5OYQA 3MWSA 1APWE 2I4DA 3A2OA 1LYAB 5P5FA 3VF5A 5OZFA 5P28A 4I0HA 2AZBA 4PEPA 4LL3A 3LZYA 3K5DA 5UPJA 2QAKA 1EBKC 1CMSA 4DJQA 2IDWA 2FIVA 2P3BB 1ODWA 5HDUA 3ER5E 4I0EA 3S54A 4CPTA 4KB9A 3SM2A 3INDA 3KM4A 5P7KA 2Q55A 3SABA 3KDCA 3PLLA 3SAAA 1XN2A 2BPVA 3TLHA 1W5VA 3KFSA 1W6IA 3EL4A 1SBGA 3S45A 2BPWA 3G72A 3OUBA 4FM8A 2G24A 4FSLA 4OD9A 4Y5EA 3FNTA 5OZWA 5P6VA 4DJVA 3UQXA 2QI0A 4Y3ZA 5KAOA 4XX4A 1FQ5A 4HZTA 1SMEA 4RGHA 2QU3A 5C9DA 4FRIA 1MT7A 1B6LA 4H1EA 5P31A 3VLBA 5P83A 1MPPA 3NXNA 1HEFE 5COOA 5BRYA 5P5DA 1B6KA 5P0GA 4FLGA 4Y3GA 3EKXA 3FKTA 4OBZB 5P6PA 5P3KA 2VJ6A 5P2CA 4QJAA 4QJ7A 5ENMA 5P1TA 5P22A 3RTHA 4Y3WA 1LYWB 3PI5A 2QMFA 1C6YA 4MC9A 4QJ8A 1HSHA 2I1AA 3OXWA 2VNMA 5P33A 1GVWA 1XE6A 2QNPA 3VV7A 5JFUA 2AOHA 5P4AA 1META 4B1EA 5P7HA 2ZJNA 1GKTA 3OHFA 2CEMA 3O9DA 3OU4B 5P3BA 4BFDA 4B1DA 2FXEA 4ER2E 3HVGA 2QI1A 1BDLA 3HAWA 3LHGA 1NPWA 2P3DA 4K8SA 5P2YA 4HDFA 1AIDA 4YDFA 2PQZA 4N00A 5P0AA 5P73A 3CIDA 1E82E 4F75A 3WZ8A 5JFPA 5P0HA 4S1GA 1XDHA 5P0MA 4RRNA 3PI0A 4F73A 2WJOA 3GGUA 2I4XA 3PHVA 1PSNA 2ER6E 4Y48A 1T6GA 3R0WA 4B00A 5OZ4A 4I0ZA 2QD8A 4DJPA 4YOBA 3VYFA 5P5JA 1TW7A 1K6VA 5P7AA 5P84A 4LBTA 5P2DA 5P1HA 1RV7A 3UFNA 1HWRA 5OZEA 4Y45A 4UPJA 3ZKSA 4Y3AA 1A94A 6UPJA 2HB3A 1GVVA 1HVIA 5P2QA 5P2HA 2QZXA 3OADB 2AZ9A 3NLSA 1MTBA 3SA3A 4L7JA 2OHKA 2B7FA 1EPOE 1HVCA 5OZLA 5P3UA 3S56A 1KJFA 5OZ8A 1APVE 5P2OA 1DIFA 1LF3A 1EC3A 1SDVA 5P2UA 5P4EA 1B6PA 2PC0A 5P5YA 1BBSA 2FDDA 3GI0A 1IDAA 2JJJA 2HC0A 1Q9PA 5DQ1A 1GVTA 2R3WA 4Y5KA 1D4JA 2OHLA 5OZKA 3AUPA 4H3GA 3EL0A 4K4PA 4ZEAA 3DV5A 3HD8A 5P3RA 2QI3A 3UPJA 5P4DA 3NWQA 5P3NA 2ER0E 3NYGA 3OQAA 4ZE6A 5P86A 3KFPA 1FIVA 5DR3A 4DFGA 1FQ4A 1ZSRA 3URIA 5OZZA 2IS0A 5P4UA 3UTLA 3OUDB 3EBZA 4FRKA 3PMUA 1F7AA 5P6ZA 3FX5A 3SKGA 5P5OA 3ZKGA 2QMPA 3S8IA 4Y36A 5P5UA 1HBVA 1DP5A 3VF7A 4J55A 2FNSA 5DGUA 5P8UA 1HOSA 3D1ZA 4GJ8A 4ER1E 3D1XA 1EPLE 2F81A 2J9JB 3OAGB 1WKRA 3BXRA 5P74A 4XXSA 5DGWA 5P0XA 3O9FA 4YBIA 5P45A 3JVWA 5P05A 2BB9A 4DJXA 4IVTA 5HDVA 4MC6A 5P81A 2AOFA 3L59A 5P1GA 4I0DA 5HCOA 3ECGA 1TSUA 5P0RA 4XKXA 2HPEA 1C70A 3TKWA 5DR4A 2G21A 3L5CA 4BFBA 5COPA 2OHSA 3O9EA 2G22A 1XE5A 3EKTA 2ZHRA 2F80A 3I7EA 1FQXA 3I8WA 4EQJA 5P0VA 2MIPA 2RSPA 5HU0A 5P5PA 5P4NA 2AIDA 3UDJA 1QBTA 4Y4TA 5P4BA 1HTFA 5OZBA 2QI7A 5P6GA 4RYCA 1MT9A 5P8BA 2QI5A 4RCEA 5OZRA 1APUE 2V10C 5P8JA 3LIQA 5OYTA 1W5YA 2I4QA 3ZKQA 1LF2A 4Y5MA 5P1CA 1QS8A 4GJDA 4JOOA 3TH9A 5OYYA 1RNEA 2OHTA 4FRSA 3DCKA 3OOZA 4H3FA 4Y53A 1JLDA 4NPTA 5P88A 4OBHA 3IXOA 3O9LB 4DQCA 3N3IA 3BXSA 4R93A 4Y41A 3OXCA 5OZMA 5KR2A 4ZSQA 5P7OA 5HDXA 5DQ4A 2QI4A 5P2ZA 3TL9A 5P87A 3LPJA 3EL5A 3VCMA 3UFLA 5P7FA 4Q1WA 2PWRA 3OU1B 1MVPA 3BUHA 5P3PA 5AHBA 5P0WA 3SPKA 5P7XA 4Y5BA 5P4IA 5P7WA 3ZKIA 4Y3EA 5ER2E 1PPLE 4Y6MA 5OYWA 1PSOE 1AJVA 2ANLA 2UY0A 3SA9A 4ACXA 3GI6A 2QHCA 5P3LA 1DW6C 2IKUA 2UPJA 3Q5HA 4AA8A 2R3TA 3UHLA 5C9FA 3S2OA 5P63A 2HB2A 5P4MA 4LC7A 5OZHA 3T11A 5P0DA 2I0DA 3KMXA 5P6HA 1HSIA 1IZHA 1M43A 4Y3QA 5P0LA 5P2VA 4GJ5A 1SIVA 3WB5A 5SY2A 2ZHSA 1MESA 1HXBA 5P0CA 2PK5A 5P2AA 1HEGE 3UDRA 4D88A 3TOGA 3O9IA 4Y9WA 1APTE 4J5JA 1G0VA 5PEPA 5P56A 2G20A 2IRZA 5P6TA 2QD7A 4DQFA 3ER3E 1PSAA 2AVMA 1ZTZA 2OHRA 5P3XA 1GVXA 4Y37A 2BBBA 5OZUA 4DVFA 3U6AA 3LNKA 5P3DA 1HVLA 4Y4DA 1J71A 1HTGA 3LPKA 1FB7A 1FMXA 5P07A 3OQKA 1YTJA 5P8IA 5P8NA 3TPRA 3KDBA 4OC6A 3VLAA 1K1TA 4COEA 4ZLSA 1QBSA 4J1EA 3ZOVA 1B5FA 4LAPA 1WBKA 2NXMA 4I8ZA 4CP7A 3CKTA 5P57A 5P8CA 4CPQA 2HAHA 4K4QA 5P75A 4U7QA 4I8WA 4MC2A 2RENA 2QU2A 3UQRA 3VSXA 3VF3A 2FS4A 1ER8E 4HE9A 5BWYA 3OTSA 5P77A 2V00A 1LYAA 2SAMA 4DI2A 4A6BA 3QPJA 2WF0A 5P4HA 3SA7A 4DQHA 2NR6A 2O4KA 1CPIA 4B78A 4B0QA 1QDMA 1PPKE 3FSMA 4R5NA 3N4LA 4HEGA 1FFFC 5DQ2A 2AOIA 3G6ZA 4FS4A 4R95A 2WF4A 2R43A 3Q70A 4DQGA 5KQZA 4U8WA 4B72A 5P2LA 3DJKA 5OZIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVT A;  1BV7 A;  2QD6 A;  4J0T A;  2EWY A;  3NU3 A;  5P30 A;  4DV9 A;  4TVH A;  2NTR A;  3BUG A;  4OD9 B;  5P4G A;  3NDW A;  5P48 A;  1EPQ E;  2QZW A;  4EPJ A;  3S53 A;  1XS7 D;  4Y50 A;  5P7C A;  2Q3K A;  5P4Q A;  2ZYE A;  2IQG A;  4CMS A;  2WEZ A;  4Y5G A;  3S43 B;  5P3S A;  3MSK A;  5P3I A;  4Y43 A;  5P6Q A;  4DPF A;  3R4B A;  2BQV A;  5OZ3 A;  5SXN A;  2AVV A;  2PSU A;  2VS2 A;  3PB5 A;  5SY3 A;  3LIZ A;  4KUP A;  5P47 A;  3PWW A;  5OYU A;  4LXK A;  3NU9 A;  1HSG A;  5P3M A;  4EHC A;  3UQU A;  5P1Y A;  3NWX A;  4H3J A;  4EP2 A;  1DAZ C;  3TOF A;  1Z1R A;  1ZJ7 A;  3OTY A;  5P6E A;  3RTM A;  5P3H A;  5P6X A;  5HE7 A;  5P6W A;  1HTR B;  3EL9 A;  2NXD A;  4Y39 A;  3VFB A;  2BPZ A;  1VIJ A;  1HHP A;  5OZ5 A;  1SGU A;  1HIV A;  5OYS A;  3PGI A;  5OZX A;  2PSV A;  5P5B A;  4J1H A;  3APR E;  3T7X A;  4Y57 A;  2WF3 A;  2VJ7 A;  5DR8 A;  4Z4X A;  5P7B A;  1GVU A;  2R9B A;  5P7L A;  1BXO A;  1TSQ A;  5P3T A;  3FIV A;  3QAA A;  5P37 A;  2JJI A;  4I0F A;  3OUD A;  5P0F A;  4ER4 E;  4YCY A;  3G70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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