The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
16
|
sequence length |
63
|
structure length |
63
|
Chain Sequence |
b'RRGGSTYKLILNGKTLKGETTTEAVDVFDAFDVFFVYAASNFSDFDDWTYDDATKTFTVTEGG'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Potent d-Protein Antagonist of VEGF-A is Nonimmunogenic, Metabolically Stable, and Longer-Circulating in Vivo.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Vascular endothelial growth factor A
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| molecule tags |
De novo protein
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| total genus |
16
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| structure length |
63
|
| sequence length |
63
|
| chains with identical sequence |
H
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-01-10 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Roll | Ubiquitin-like (UB roll) | Ubiquitin-like (UB roll) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FIL A; 2PW9 A; 2LHE A; 2RPV A; 1XF5 L; 5BMH A; 5BMI A; 2RMM A; 2JZP A; 3V3X A; 1FCL A; 2K0P A; 1C9F A; 4OZB A; 3FIL B; 2I38 A; 4IOI E; 2NMQ A; 4HJG E; 1F2R I; 3UI3 A; 1D4B A; 1K53 A; 2QSD A; 2LHD A; 1MI0 A; 1EM7 A; 1YMH E; 2EEL A; 1FD6 A; 1P7E A; 4MAC A; 1K52 A; 2OED A; 2IGG A; 2QMT A; 4HKZ E; 1UWX A; 1Q10 A; 2KDM A; 4KGS A; 1GB4 A; 4KGR A; 1IGD A; 2N7J A; 1PGA A; 5JXV A; 1XCQ L; 1K50 A; 1HZ6 A; 4WH4 A; 1YNT E; 1FCC C; 1K51 A; 2KWD A; 2ONQ A; 2ZW1 A; 2J53 A; 1XCT L; 1HZ5 A; 2N9K A; 2GI9 A; 1GB1 A; 2JWU A; 4D2K A; 4GLS C; 1IBX A; 4IKG A; 1MHX A; 2PLP A; 2KN4 A; 4OZC A; 2KQ4 X; 2IGD A; 1ZXH A; 4KGT A; 1MVK A; 2I2Y A; 2J52 A; 2PTL A; 1IBX B; 1MPE A; 1HEZ E; 2ZW0 A; 1P7F A; 1F2R C; 1JML A; 5BMG A; 1PGB A; 2IGH A; 2ON8 A; 4OZA A; 2LGI A; 1PGX A; 2GB1 A; 3MP9 A; 2JU6 X; 5HFY A; 1KH0 A; 1IGC A; 5HG2 A; 1MHH E; 2JXT A; 5HI1 A; 2JSV X; 2LUM A; 1QKZ A; 2N9L A; 3GB1 A; 5HHD G; 2KAC A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5C1Z A; 2LZ6 A; 1WJ6 A; 4RMA A; 2K5P A; 2PW9 A; 4JQW C; 5BMH A; 3NHE B; 2RR9 A; 4EUT A; 4F7Z A; 1WWT A; 3SHQ A; 3ZO5 B; 3DWM A; 4PS7 A; 4KIK A; 4W9K A; 2QIE B; 3DBL B; 3Q8F A; 3H7S A; 3APC A; 5D3D A; 4FJY A; 3BVM A; 3BVG A; 4WQM A; 2MH7 A; 1UGJ A; 3KW5 B; 3Q3F A; 3PZ7 A; 3ZLZ A; 5DCN A; 5CHW A; 3NS8 A; 2BT6 A; 4MGK E; 4EZL A; 5C2T B; 4GGQ A; 4GDL A; 4WUR A; 3A9J A; 1LQB A; 3WA0 A; 2KMA A; 4HEA 1; 4LNK A; 2GMI C; 3Q69 A; 2DYB A; 3O13 A; 2KFK A; 3VAW A; 5LXH A; 1V5T A; 4GU2 A; 1KLU D; 2LVP A; 3B08 A; 4MM3 B; 1XQQ A; 1TS4 A; 4XZ4 A; 2MW5 A; 3IBE A; 4MGZ E; 4XDD A; 3BYY B; 1WSP A; 4HRS A; 5DPT A; 2WXG A; 4NAW A; 2ZVN A; 3NVZ A; 1FEH A; 2BPS A; 5DPR A; 2FNJ B; 3OG5 A; 2AQ3 B; 4IDI A; 1L4D B; 2BW2 A; 3PZD A; 2AL6 A; 2M56 B; 1YX5 B; 2BVC A; 3HVZ A; 1P7F A; 4AJY B; 3L54 A; 1WJN A; 2GBR A; 3WAL A; 2YEP B; 2K8H A; 1L4Z B; 2N0S B; 5H92 C; 5HI1 A; 1V97 A; 4ZHP A; 1Q1O A; 2Y5C A; 2IO0 B; 3Q14 C; 4W9E A; 3T8M A; 2INN E; 3RT3 B; 4RM8 A; 1JRP A; 4TKN A; 1WMH A; 5HKH A; 2L32 A; 5C3J B; 3KUD B; 1RAX A; 2D07 B; 2A4Z A; 5D94 A; 2IPK D; 2RGF A; 4A9A A; 3GS2 A; 1PDX A; 4IM3 A; 1XT9 B; 3PHW B; 2WXQ A; 3QC8 B; 3X23 A; 1NEK B; 3PRE A; 3SEB A; 3SDL C; 1NVI D; 3ALB A; 1ZKH A; 3NZU A; 4NY0 A; 1N61 A; 1ZGU B; 1UWM A; 2CU3 A; 3RNE C; 1GG3 A; 3GOE A; 2KDM A; 1N5X A; 1AN8 A; 3A4S C; 2V3S A; 4IW0 A; 4WWN A; 1R4M B; 4HK2 A; 1UH6 A; 4MJS A; 3IG3 A; 3T3O A; 1KOT A; 2C9W B; 1RWS A; 1FNU A; 3U30 A; 2QIL A; 3K9O B; 2ONQ A; 3ZNI D; 4WJN A; 2J53 A; 2D3B A; 3TUO A; 3N30 A; 1GB1 A; 2VH2 A; 3PHX B; 3KYC D; 2KX3 A; 1MHX A; 2IBI B; 1WF9 A; 5E6J A; 2UYZ B; 4I6L B; 3QCA A; 4ARC A; 3P4S B; 1ZW7 A; 4XE0 A; 4II2 B; 4CYE A; 3RUL A; 1MFW A; 1KLV A; 5BMG A; 4DK5 A; 2WXR A; 3PSE B; 1WJ4 A; 2B3A A; 2KYW A; 1I7H A; 3IT4 B; 1KH0 A; 3ZGZ A; 3Q3O C; 3RD2 A; 3ZIM A; 1QKZ A; 1T0R C; 3GB1 A; 1KFY B; 2HJ8 A; 2N9X A; 3IHP C; 4AUQ C; 2N9P C; 2LHE A; 2RPV A; 2BYT A; 1BT0 A; 3RMK C; 3HUI A; 1IP9 A; 3NS1 A; 2R2O A; 3FKY A; 1Q0W B; 4OVV A; 4WWO A; 3DHG C; 3TEY A; 5JHB A; 2ZEQ A; 1I4R A; 5D2M B; 4ZOH C; 1AW7 A; 2N7E A; 4YSY B; 2AWT A; 3UI3 A; 2CHZ A; 3Q3N C; 3D32 A; 4JIO U; 1GC6 A; 4AJW A; 4DDG D; 4C7Z A; 2KZR A; 3CF6 E; 4A8X C; 1A70 A; 2WXK A; 5BYQ A; 2X8X X; 1M4V A; 1QOF A; 1FD6 A; 2MX2 A; 2KLC A; 3LXF A; 3DBS A; 1GUA B; 1WGH A; 2M19 A; 4KZ0 A; 3R8B A; 2L3Z A; 2RSU A; 4BKS D; 3DHH C; 1V9J A; 3JSV B; 4DXF A; 3AUL A; 1C1Y B; 3NVY A; 2RDG A; 5J2R A; 2KWD A; 2ZW1 A; 2RD0 A; 5JZE B; 4WAF A; 3IVF A; 1DGJ A; 3DWG C; 1E90 A; 3GZN B; 3E9S A; 2J42 A; 2WDR B; 1YQB A; 3ZUN A; 2KVZ A; 1CQV A; 1TKE A; 4X57 B; 4IC7 B; 2PPH A; 2Y5P A; 3P4R B; 2K6D B; 3VH3 B; 2ZW0 A; 3QIJ A; 5IA7 A; 3MTN B; 1RFA A; 1V1O A; 2ZZP B; 2ON8 A; 2J0J A; 4W9L A; 3RPF C; 4MGI E; 1PGX A; 2CHW A; 2DLB A; 2GBM A; 5HHD G; 2Z0E B; 2FBW B; 2DX5 B; 1E6E B; 4BZA A; 2DZJ A; 3L4P A; 2GBK A; 3PT2 B; 2FCQ A; 3AE7 B; 1C9F A; 3EA6 A; 1LXD A; 3BZD B; 4W9H A; 4ARI A; 1L2N A; 2KXJ A; 1EWY C; 1TYG B; 2KDF B; 4N6E B; 1SJE D; 3BYT B; 2DNF A; 4YWG G; 3B0A A; 4OVU A; 3VRA B; 1STE A; 3NVW A; 1SBB B; 3M62 B; 1WXV A; 3RFZ B; 2L05 A; 1SF0 A; 4G0N B; 4TV3 A; 2Y3A A; 1OGW A; 2D10 A; 2JF5 A; 2WGS A; 2W82 A; 1F52 A; 1FXI A; 4W9I A; 2MSE D; 4C4V A; 2BS3 B; 1Z2M A; 2N7J A; 3BK1 A; 3RI7 C; 5JXV A; 3X0W A; 3QAR A; 3PLU A; 4K7W A; 2C5L C; 2BBC A; 2XNA C; 3VUY A; 2O6V B; 4G11 A; 1ET6 A; 2INP E; 3O65 B; 2GBJ A; 2GI9 A; 2R2Q A; 1WH3 A; 3RNF C; 1NBF C; 4GLS C; 4IKG A; 3U8Z A; 2MWS B; 2M1M A; 2LRU A; 1Y56 A; 2JUO A; 3AE2 B; 1JRO A; 3RNC C; 2WXH A; 3E56 A; 1FRR A; 4KZC A; 1C4P A; 5FKA C; 3WAM A; 5FR6 A; 4TMA B; 2LGS A; 4WJP A; 2G4S A; 3ZJV A; 2D3A A; 2KMC A; 5TSS A; 4IG7 B; 4URK A; 2ASQ A; 3ML9 A; 4A55 A; 3NG0 A; 2KDB A; 2AEH A; 2BWE S; 3AE1 B; 3W5U B; 1E8W A; 1NYR A; 4FUL A; 4DWF A; 1I35 A; 2JRH A; 3MJ5 A; 4HDO A; 2WXL A; 2CR5 A; 2MRP A; 2SEB D; 1C4A A; 1WGG A; 2C60 A; 1QT9 A; 3ZJU A; 3DHI C; 5EDS A; 3CIR B; 4H2A A; 4BFR A; 1T3Q A; 2WS3 B; 3ZNG C; 3AXC A; 5TR5 A; 2W3R A; 1JWS D; 3PPA A; 2VH1 A; 4ZYS A; 1JWB D; 2QSD A; 2JZ3 B; 3H7P A; 4NQL B; 2KTR B; 2KQ7 A; 3NJT A; 4B95 A; 2EEL A; 3U7D A; 4MGY E; 5IN7 A; 2N7D A; 1C79 A; 1Y8R C; 3LB8 C; 2UU7 A; 1WE6 A; 4WJO A; 1B9R A; 2LRW A; 2QMT A; 4AQ7 A; 1XD3 B; 3AU4 A; 2AX5 A; 2L00 B; 2DAF A; 1BUI C; 3A9K B; 2PE6 B; 1RRB A; 2C7M B; 1CMX B; 1SJH D; 3ENE A; 1FMA D; 2FUG 1; 3V6E B; 2ZVO A; 3Q8A A; 1L0X B; 2WU5 B; 1FCC C; 2QJL A; 2O6V D; 2PMV A; 2PVG C; 2R61 A; 4W9G A; 4A90 A; 4GMV A; 1ZOY B; 4D2K A; 2Q5W D; 2G3Q B; 2FAZ A; 4ASW C; 4LK0 M; 2CJN A; 3PZ8 A; 4LNO A; 2KWU B; 1I42 A; 4ANX A; 2LGX A; 1T0Q C; 2NPT B; 3AV8 A; 2FUH B; 1SB3 C; 3V05 A; 1VCB A; 1I4G A; 2LXA A; 2JU6 X; 2K25 A; 2C7N B; 2W3S A; 5JH5 C; 4P16 A; 4JX1 C; 4C7Y A; 1N5W A; 1GOZ A; 2O2V B; 4HRO A; 2XBB C; 4MSQ B; 4BOZ B; 2KWC A; 5G5H A; 2WXN A; 3RZF A; 3VTW A; 2WU2 B; 4ACF A; 5GXG B; 2I1J A; 2J0K A; 2JYT A; 2NCN A; 5E6O A; 5CX3 A; 2DBY A; 3DVN V; 3W9C B; 1I4P A; 2UWQ A; 2I38 A; 4ANV A; 2XK5 B; 2LJ5 A; 4IOI E; 5EE1 A; 3V61 A; 3QX1 A; 1K53 A; 1EUV B; 1JRU A; 2MJ3 A; 1CJE A; 4RGM A; 2EKE C; 2LWP A; 3KH0 A; 3AB5 A; 3P63 A; 2WHI A; 4MH0 E; 3WCQ A; 1C4C A; 1L7Y A; 1WZ0 A; 1WGR A; 3VTV A; 3OJ4 B; 3RNA C; 1UUP A; 3ONS A; 2L1A A; 1VD2 A; 2FIF A; 4EE2 A; 2B76 B; 2LUE A; 4KGS A; 1AAR A; 2IY1 B; 4A20 A; 3L0W B; 4W9C A; 3JYU A; 2AL3 A; 4ZRK A; 3VHT C; 1I4H A; 1HZ6 A; 3JW0 X; 1K51 A; 3QWZ B; 4LTU A; 4NNJ B; 1JAL A; 3MC0 B; 2BKR B; 4N58 A; 2MCN B; 2IO1 B; 4P1B C; 2PE9 A; 4M0W B; 1TTN A; 2KDI A; 3N20 C; 3EEC A; 3HRD D; 3AMZ A; 1GC7 A; 3Q6B A; 4K7U A; 3EHV A; 4HKQ A; 2V3N A; 1IBX B; 4BBN C; 3EFU A; 2NVU I; 3M3J A; 5J17 A; 1F2R C; 3LJ3 A; 4G3X B; 1QOB A; 1TS2 A; 3AEE B; 3SFD B; 5HFY A; 1SE2 A; 2KT7 A; 4Q2J A; 1WRI A; 4N59 A; 3H8H A; 1HE8 A; 3UIP B; 3RNG C; 5C23 A; 3P2B A; 4HXD A; 2RMM A; 3W1Y A; 1I4Q A; 4NJC A; 3TSS A; 3AEB B; 4B6W A; 3KYD D; 3FIL B; 2L83 A; 2LXC A; 4GXB A; 1V1P B; 2NMQ A; 3ETR A; 2IYD B; 1WX9 A; 1YJJ A; 4ICV A; 5T8I A; 4NQK E; 1UBI A; 2RDB C; 3NRZ A; 2FCN A; 4E74 A; 5I4D A; 2TSS A; 5AZH A; 4PS3 A; 2JYE A; 2IO3 B; 1N62 A; 5E6P A; 2IND C; 3EUB 2; 4G50 A; 2EMS A; 4GDK B; 3C8Y A; 4HKZ E; 4MDK E; 2J7Q B; 1D6E C; 3ZVV A; 1MG4 A; 5KHQ A; 3Q8E A; 1UEL A; 3M63 B; 4GSW A; 3V6C B; 4NAM A; 1WM2 A; 2W54 A; 1GJZ A; 3KWL A; 3ZRC A; 2AQ1 B; 1KM7 A; 3A1Q B; 2BQQ A; 4ZRJ A; 4DDI D; 3DCG A; 3NZS A; 5BYS A; 2QC8 A; 3MHZ A; 3RN9 C; 2DHZ A; 2NTS A; 1C78 A; 2QDF A; 1FRD A; 4AS1 A; 2WDT B; 1J19 A; 1EF1 A; 3N32 A; 3PTF C; 2KDE B; 3H9D A; 1V86 A; 1VZ6 A; 1T5X D; 1IYF A; 3ZW3 A; 2BWF A; 1NI2 A; 1WX8 A; 3BWU D; 4OHJ A; 3DVG Y; 3FAH A; 5LXI B; 4WWP A; 1RFK A; 4M02 A; 4RF0 A; 2GB1 A; 4BBN F; 2JY6 A; 1AYF A; 3DBR B; 1SIF A; 1IPG A; 1GNU A; 3U7Z A; 4RNA A; 2ACZ B; 3P4P B; 3ZXR A; 2HTM E; 3N3K B; 5BMI A; 3UF8 A; 1V81 A; 1FCL A; 3W5V B; 3A4R A; 1F9J A; 4XGA B; 4C56 C; 4BKG A; 2BB5 A; 4REZ A; 3VUW A; 3LDZ E; 4DHZ B; 5D6J B; 5AUI A; 3P1M A; 2BTE A; 1EM7 A; 1NEN B; 1LFD A; 5IO9 A; 1QIL A; 2LD9 A; 2OED A; 4OVZ A; 2A5U A; 1YIW A; 3RUI B; 4RCO A; 3SR6 A; 1PQS A; 1CZP A; 5BO4 B; 2MHJ A; 3V62 A; 5L95 C; 3AED B; 3ML8 A; 2Z59 B; 3VTU A; 4P7I A; 3R7Q A; 1TZO A; 1TKG A; 3UIN B; 5KHO A; 2JVC A; 2WP9 B; 1QQR A; 3VVW B; 3AI5 A; 4K1R B; 4MH8 A; 1XO3 A; 1XCT L; 2M0A A; 3U4E G; 2MP2 A; 3SFE B; 2LVO A; 2QEJ C; 2WXJ A; 2WXP A; 4YXD B; 4US9 A; 1CK1 A; 4C00 A; 2J52 A; 2PTL A; 1HA5 A; 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1TT5 B; 4HWI B; 2M4N A; 2D5G A; 3TL5 A; 4KDL B; 2L52 A; 4E71 A; 4ANU A; 4HVB A; 2WLB A; 2NS5 A; 4ICU A; 2KAC A; 4MT5 A; 4RGO S; 2WYQ A; 3RYT A; 5IP4 D; 2Z8L A; 4NPN A; 1RM6 C; 2I1K A; 4RH6 A; 4XC2 A; 2DEN B; 3PS6 A; 4P1C C; 4YTM B; 1OQQ A; 4YL8 A; 3P42 A; 1WMH B; 4YSX B; 2LI5 A; 2FID A; 4HPP A; 1D4B A; 5D7G A; 3HIZ A; 5AZG A; 2L0T A; 2KK8 A; 1DOX A; 2KD0 A; 1MI0 A; 4N9F 4; 2IO2 B; 1JQ4 A; 1ZDV A; 3ZJT A; 2ICI A; 1WIA A; 3QA8 A; 2IGG A; 1NDD A; 4DHJ D; 1B1Z A; 4XYC A; 2DYO A; 4K81 A; 4JE3 B; 1IGD A; 1P0R A; 2RDH A; 3C19 A; 1E8Z A; 3TCA A; 4DQO C; 4I6N B; 5EE3 A; 2VZK B; 4MSM B; 5IOI A; 1C3T A; 3ZRF A; 4MJS B; 2EMT A; 1WZ3 A; 1WE7 A; 4USA A; 3MFG A; 2GOW A; 3B1L X; 3UGB B; 4QAY A; 3A33 B; 1D5M C; 2MQJ A; 5G5G A; 2IGD A; 2V1Y A; 1WXM A; 3Q2A C; 4KGT A; 2RPQ A; 3ZTC A; 3N1X C; 1WX7 A; 3WAP A; 2KX0 A; 3KVF B; 1SE9 A; 3PRM B; 1E7V A; 3JVZ X; 1V6E A; 2KVR A; 2IZV B; 1YJI A; 2HDE A; 5AZF A; 2SAK A; 4FJZ A; 1TS5 A; 1D5Z C; 1VR9 A; 2Y5B B; 1F0Z A; 1H8C A; 4PYZ A; 1SIJ A; 4LLG M; 2KKC A; 1XF5 L; 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