5HM4B

Crystal structure of oligopeptide abc transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein (tm1226) from thermotoga maritima at 2.0 a resolution
Total Genus 181
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
181
sequence length
540
structure length
540
Chain Sequence
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDNVPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSSNEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVYNLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVEKHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYENMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGEILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Periplasmic Binding Protein Dimer Has a Second Allosteric Event Tied to Ligand Binding.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
molecule tags Transport protein
molecule keywords Mannoside ABC transport system, sugar-binding protein
total genus 181
structure length 540
sequence length 540
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5hm4B03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5hm4B01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5hm4B02
4F19A 2DVZA 3FXRA 1SI0A 3V89B 1WVJA 3WAFA 1US5A 2H25A 3ILTB 3LSXA 3JZJA 4KYEA 1MQGA 2B65A 4KPTA 2ZYOA 4QSDA 1MPBA 3LSLA 4YKPA 1ELJA 3OXNA 2NOOA 4EQ7A 1MY1A 4G8MA 1QUKA 3LUYA 5H8NB 4ZEFA 3H06B 1O63A 5I2KB 3VV5A 1S9TA 1OMPA 4DIGA 3PUXE 2F5XA 4RY1A 3E4RA 4BDMA 2AIXA 2YLNA 4G4PA 3EPEA 4ND9A 1R1NA 1USYH 2Z8DA 1OLCA 3IR1A 4QF9A 2REGA 2ONRA 3JYRA 2I49A 2RCBA 4UA8A 3MUQA 1SDXA 4ZS9A 3VLUA 2ONSA 4IO5A 1D4NA 4EF1A 3KGCA 4QFKA 4ZEDA 3OEKA 5H8FB 4WKMA 2G29A 4MBPA 3CSBA 3K00A 1B9JA 1D9VA 1DTGA 5DVJA 1B40A 1JEVA 1XHYA 2DE3A 3KSJA 2A5SA 2M8CA 4YKJA 4ZEKA 3TZAA 4NMYA 3TCFA 2NXOA 1B7UA 4HCYA 5I2NB 3CVGA 1LAHE 1MG1A 3K1PA 4FJPA 4H0WA 2B4MA 4HS7A 3RT8A 3TCGA 1URDA 1ZU0A 3B7DA 4IO7A 1IQ7A 5I57B 4U1OA 2WOPA 3Q26A 1IXCA 2DWJA 3TDJA 1QW0A 4NF8B 4PFWA 4NF6A 2PYYA 4ZEIA 4E0XA 1A54A 1Q1KA 3B6WA 1LCFA 2ZNTA 1RKMA 1OQGA 1B0LA 1FTJA 4TOZA 2GHBA 3FJGA 4OXVA 4TLMB 2OCUA 1L5TA 3C32A 4RXLA 3H6UA 2ZNUA 2UVGA 3PUWE 5L8DA 2ZYNA 3SEYA 1AIVA 5AA4A 1FTMA 2THIA 2QMXA 4GQOA 4EF2A 1CB6A 3K4UA 4GXAA 2IEEA 3CSGA 3IOTA 1UTBA 3ODBA 4FEBA 4MF3A 1N7XA 1URGA 2BJJX 3A3UA 3KN3A 3PUVE 4FECA 4R74A 2Q8JA 2DS9A 3F11A 2O1LA 3KOSA 1I69A 2I0CA 1B0HA 3K01A 3U8QA 5H8QB 3UN6A 5JTYA 5B70A 4H5GA 1TWYA 3IJOB 2XXIA 2FA7A 3W9VA 2I48A 2XHDA 4JSOA 3TPAA 4ELQA 2PX1A 2GRVA 5CMKA 3IO6A 2H99A 4TLLB 1A99A 1LAXA 1MY3A 1MY0A 3OOAA 5H8NA 1GR2A 1JW5A 2O69A 1P1QA 3W9WA 1VFEA 4M1VA 4DLDA 2VP1A 4KI0E 1NNPA 2HCAA 5ITPA 3T66A 4HTGA 2D21A 4MLQA 3D4CA 3FD3A 3LSFB 2DE4A 4F18A 5EHSA 1A55A 4WEDA 2B3FA 2UYFA 3GZGA 1QULA 3R6UA 1B32A 4U4SA 2VD2A 3ILUB 3C34A 4M4GA 3EHUA 3SEWA 1KWHA 4DXCA 5AA2D 2WOLA 4ZEBA 4DCYA 1LBCA 2V25A 3H6VA 4LZ8A 3CG1A 2PVUA 4N13A 3R7XA 1HSJA 4LUBA 5KDTA 4KFQA 1BKAA 1B1HA 1Y9UA 3HSTA 1D3KA 4OERA 2HZLA 5FTIA 4GF8A 4DXBA 5I59B 1LFGA 5L9MA 3RNNA 2F6GA 4KHZE 3EHSA 4HCWA 2XXPA 1H76A 3P7IA 3K2DA 3U93A 1MPDA 4RJZA 1B3FA 1O64A 1LFHA 3TODA 2Q89A 2Y7KA 3SERA 1PC3A 3PMVA 5EHMA 3FTOA 4K3FA 4F3GA 1JEUA 1PB8A 1IZ1A 1FQDA 2XXUA 1LLSA 5DTBA 1SD3A 4PFUA 2OJTA 2I3WA 1ANFA 3O97A 3PPQA 4O3CA 2HQ0A 2DP8A 2O68A 2OWSA 2UYEA 4Q0CA 4ZZEA 4EXKA 4EQ9A 3DM0A 5H8QA 2V3TA 5F7VA 4F1VA 4F3BA 1P1NA 3I5OA 1IEJA 1N3WA 2PT2A 4H67A 4NF8A 1YPNA 4NE4A 2XXXA 4DDDA 2GHAA 3TQWA 1SBPA 3RGYA 4O3AA 1LB9A 1PB9A 1M5CA 2RC7A 1UTBB 3CFZA 3FVOA 4LZ7A 1GVCA 2DWHA 1XT8A 1EU8A 3G3IA 3MVYA 1QKBA 2OBGA 3E9XA 3IB2A 1NL5A 1SVXB 2RKMA 1NMUA 1SW2A 3M3FA 4FE8A 3PPPA 2F97A 5CMCA 3LSWA 1FQCA 4H8IA 4F22A 3K6UA 5JEIA 3KN8A 3LVUA 2F78A 2QS1A 3HPIA 3G7WA 4G8HA 3H3GA 1UTHA 3FJ7A 3V5AA 2I4BA 3I6VA 4LQ2A 1B3LA 3TTMA 1Q35A 1N3XA 1WODA 3KSXA 2HAVA 4KQPA 5I59A 4BLAA 1MRPA 3G3HA 4H6DA 4YB7A 3H4ZA 3DRIA 1IXGA 1MQDA 3FIRA 3N5LA 1IUDA 3O6IA 3PMXA 1A8EA 1II5A 1N84A 2F7AA 3USDA 5CBRA 4PP0A 4XKQA 2AL5A 4LATA 3QSLA 1GTKA 2XXWA 3MZBA 1VR5A 5LOMA 3G3KA 2F35A 2F7BA 4YZZA 1YAEA 1MXUA 5M2VA 2D3IA 3GXAA 3LBSA 2HFBA 2HAUA 3GBBA 4JWXA 4NWCA 4QRZA 2VD3A 3DRGA 2Q88A 3TELA 4QSCA 1GV8A 4ELPA 3MVXA 4OTEA 1LSTA 1PB7A 2RINA 2Y7RA 1UIUA 3OD7A 4F1UA 5KZTA 2XX9A 4NF4A 1Y4TA 3H6WA 3HCQA 3PPNA 3IOWA 4BDOA 1FW0A 2DYXA 3C4MA 1FQFA 4ISUA 2XD3A 1MXVA 1M5FA 2Q2AA 3KJTA 5ITOA 3VE1B 3S9NC 3MPLA 1MDP1 1NH8A 4ESWA 2IA4A 3FVKA 3IOUA 1S7YA 3MP8A 4NEDA 4Q5TA 1JNFA 2XXYA 3THIA 3U72A 4I62A 4EDPA 5DEXA 4R73A 1SW1A 5TPAB 4NF5A 3MAMA 4G77A 1MXWA 2ONKE 1T0KA 1H43A 3OO7A 1B5IA 1US4A 1JQFA 3IAZA 4YB6A 4G68A 2O6AA 4C0RA 2DOJA 3FXUA 1FQBA 1RYXA 3Q28A 1M5DA 4OVJA 5EYFA 2D5WA 2O7IA 2ZXTA 3OENA 5DVIA 3T9UA 4GXSB 2X7QA 1I6BA 4FATA 2H5YA 1JETA 4GVOA 4RK2A 4GLIA 1Z7NE 1SYHA 5H8SA 3T9VA 5FHNA 2XXVA 2PBWA 1GGGA 3EF7A 5AA1A 5TU0A 3RT6B 5JK4A 4UACA 3VDFA 3VLWA 3ZKLA 3RTFB 4ZECA 3ZKKA 1POTA 4YMBA 4OMBA 3K1NA 4O3BA 3SETA 4JXIA 2OLBA 1JW4A 5I56A 2I6EA 4R75A 5I58A 3PMWA 3U94A 1Y1MA 4JWYA 3O29A 3A09A 3S2VA 2ABHA 4IY5A 3DP4A 3FUZA 4JBZA 3IORA 4ECFA 1J1NA 2I0BA 2UVHA 2Y7IA 4DXUA 5AE4A 2V3QA 3CFLA 4THIA 1UTHB 2I4CA 4EUOA 2DQVA 2V3UA 4F1YA 5BUUA 4H8JA 3TTKA 5H8HA 4RNSA 1IXHA 2R71A 5AA3A 3TFLA 4EQBA 1MH4A 3KBRA 3MZ9A 1ZLQA 1AH5A 3HHGA 4G8NA 4KCCA 4NTLA 4U21A 5DEXB 3RTWB 4P0GA 4LZ5A 4E0WA 4R2BA 4OYVA 3SEVA 3RQTA 4XKRA 1USYE 2H9BA 1LGBC 1MXYA 4G68B 1B5HA 2VGQA 3MW0A 4RYAA 1OLAA 1B52A 4LP2B 3TCHA 2REJA 2PT1A 1DSNA 1B2HA 1PBPA 3I3VA 4R72A 4QSEA 3VVDA 1ZMGA 4MH5A 5ELVA 3TMGA 3JV9A 3W15C 1Y1ZA 4U1ZA 4GRKA 1B58A 4R6KA 1SW4A 3N26A 3DP8A 2H4IA 2RC9A 2YPNA 3C33A 5HBCA 4DCXA 2DWIA 3KEIA 1M5BA 3T9HB 3PUYE 1MY2A 5DT6A 2E0SA 3RY3A 2OZZA 3TYHA 5I2NA 2RF1A 1N04A 1S50A 3C9HA 3MWBA 3EQ1A 4IY6A 5CMMA 1MM7A 2O7UA 3M3LA 3ONMA 5I2KA 1UIVA 3O6HA 1Y4CA 3E3KA 2Z23A 4JSDA 2Y7WA 4NWDA 3FV2A 4OHNA 4POWA 4PFTA 2XXRA 3FXQA 4G2ZA 3IK6B 1SI1A 1Z7ME 2UXAA 2ZMBA 3ECRA 4N6PA 3S4UA 5IAIA 5F1QA 2UVJA 3IOVA 3OO8A 1B05A 2P1SA 2W7YA 3HO7A 4X48A 5ISUA 1JW1A 4AB5A 1XS5A 4F39A 1P1OA 1URSA 5H8HB 3TEPA 2HZKA 3CR9A 3LC8A 3LR1A 4IO2A 3DRJA 4H1XA 1QVSA 3CFXA 3K6XA 2XXQA 1Y3PA 3BBRA 1B3EA 4GOTA 3T93B 4C1UA 1IXIA 3VFJA 3OELA 1NNTA 3UGWA 4KYDA 3UP9A 1B46A 4I9DA 4H65A 3KJ7A 2WOKA 4R6HA 2A5TB 5B7DA 1B51A 1DPEA 2AL4A 5TP9B 4MLVA 4U4XA 3K6VA 3SKPA 3ZS6A 4BDLA 3TAJA 3PGFA 1MXZA 1EH3A 1XVXA 2UVIA 3G3JA 1LB8A 4IO3A 3FJMA 4IO6A 2NWJA 1Y3NA 3QAXA 2Z8FA 4KCDA 2QL3A 1JVXA 3FZVA 2O51A 2X26A 3CIJA 4NF4B 1LAGE 5ICQA 1DMBA 2V84A 3L6GA 1HSEA 2R6GE 1A7LA 4OESA 2QMWA 3N94A 1B4HA 1M5EA 1EZ9A 1Y20A 1MH3A 5JTYB 3QIMA 1QUJA 2QJEA 2B4LA 3G3FA 2LAOA 3Q29A 4ELOA 5ICTA 4XIGQ 3O6PA 4ZE9A 3G3GA 3MC2A 2Z22A 3O9PA 4NF5B 3PAMA 1B6HA 1SYIA 3HN0A 1PDAA 1D9YA 1JVYA 1Y3QA 2X7PA 3M3KA 3O6GA 2ZYKA 4YAHX 3V83A 5K2YA 3U92A 4OZ9A 1A8FA 1PEBA 3HHFA 2RC8A 4FEDA 4IGRA 1IITA 3KZGA 1CE2A 4PFYA 3VXBA 3OO6A 5CBSA 3S9LC 3DELB 2E1SA 4N07A 3VVEA 1TXFA 3QK6A 3TQLA 3O66A 2F7CA 1B3GA 3IO4A 1VE4A 2QS2A 4I8CA 1ZJLA 5I57A 1R9LA 2FNCA 3VVFA 4DE8A 2DVCA 4OFLA 4AQ4A 2QS3A 3TUSA 1I6QA 1FTKA 3PV0E 3UORA 3IB0A 3QUJA 1BIYA 1XVYA 2R9JA 3GBAA 1B7ZA 4I1DA 4OEUA 1YTVA 4KYSA 4R9GA 3TTLA 4KR5A 4GL0A 1P99A 4OQOA 5H8FA 2QSXA 3RN8A 4BDNA 2P2AA 4Q8RA 2ALUA 2F36A 2QS4A 2P0SA 4KD5A 3MVZA 3FVGA 4JDFA 4TQUQ 4U22A 2A5TA 4ESXA 2I3VA 5L9SA 5FHMA 1AOVA 4GWOA 4GL8A 1TFDA 2ANJA 3L6HA 4BDRA 4Z7EA 1FCKA 4F31B 1DPPA 3FATA 2PMSA 3Q25A 3QXMA 2FYIA 4F2QA 5KDTB 3S9MC 1N0TA 1MM6A 4U2RA 3K6WA 1I6AA 5KCJA 4R2FA 1R6ZA 3SESA 3QYTA 4MFIA 1N7WA 4YU0A 4C1TA 4DZ1A 3D4GA 4ELRA 5DVFA 3KFMA 3AXFA 2WKYA 4EXLA 5BWJA 1P1UA 2B3BA 4R9FA 4RK9A 1R9QA 4F2OA 4ZE8A 5CMBA 1EZOA 1YCJA 1XC1A 1AMFA 1LFIA 1MQHA 2HXWA 1QUIA 2DSFA 4RPNA 4X1BA 1FQEA 5TP9A 1POY1 2Y84A 1B5JA 1MY4A 3A3CA 2H98A 3CI8A 3EN3A 4P0IA 1H45A 1DTZA 2G93A 3BFUA 1TFAA 4IO4A 5TPAA 1UQWA 3FVNA 4YKIA 2GH9A 4OETA 1MPCA 4RA1A 2V93A 1HSLA 3MBPA 3O2AA 4L17A 1AL3A 3H7MA 1EZPA 3MPKA 3PD9A 2F34A 2KLFA 4OWDA 5CC2A 1FTOA 1B1XA 4IGTA 3BKIB 4R6YA 3MVWA 3KG2A 5DYHA 3CG3A 2DXRA 3DLNA 1MS7A 3DRHA 4QFPA 3GLBA 3C35A 1DOTA 3N6TA 1P1WA 4Z0IA 3K1MA 3TTNA 2F6PA 2XD2A 2CZLA 2ZNSA 2DXYA 1XOCA 2NUVA 2DWAA 5CI5A 4YMAA 4ZZAA 1TT1A 3IB1A 3PPOA 1NKXA 2I58A 3KOTA 4PQJA 1OVBA 2OK2A 4ZDMA 1N76A 2Y7PA 2XX8A 5A5XB 4POXA 3WAEA 3OMBA 4QFOA 4XKNA 1OQHA 4LVQA 5K2XA 2XXTA 3K0VA 5KCJB 1NFTA 4LQ5A 5I56B 5J1DA 1OVTA 3OSRA 4ONYA 1MDQA 3CRBA 2OWTA 2Q2CA 1B4ZA 1OIBA 3MZ1A 2QPQA 1RYOA 2NVUB 3N6UA 3PPRA 1H44A 4U23A 3IJXB 3UIFA 3FASA 3IL1B 2Q9TA 1NNFA 5AA2A 4XTCQ 1ZBMA 1VSOA 3O28A 2DE2A 4BDQA 4HW8A 2XX7A 3MQ9A 1FQAA 3CHGA 5IKBA 4YB5A 1MQJA 4Q30B 4QHQA 5AA4B 3PU5A 2XXHA 1ZTYA 5CRYA 3SEXA 3C36A 4OEVA 2VOZA 4IB2A 1SQYA 3K02A 3H03A 4RPOA 3UK4A 4P11A 2CMOA 1LCTA 4H5FA 1BTJA 3EHTA 4X9TA 5I84A 4LONB 3C31A 1QJMA 2ESNA 2ZYMA 3HV1A 1A40A 4OFJA 3OEMA 3RLFE 1BP5A 3VXCA 3MP6A 4F3PA 3VLVA 3DRKA 1NH7A 2RCAA 3Q27A 1SW5A 3FGSA 1MQIA 5L9OA 4GIZA 3B6TA 2VHAA 1QKAA 3B6QA 1F9BA 4OFOA 4PETA 4X1DA 5FTHA 4F3SA 4GD5A 1WDNA 3OO9A 1IIWA 4WEPA 1B3HA 1PBQA 3R26A 3KN7A 5FHOA 3V8XB 4FORA 1NNKA 4QFLA 2GFEA 2HEUA 4YKKA 3TTRA 2QRYA 5HPQA 3U1OA 1ZIUA 1H3DA 4XXUA 3QUFA 3FV1A 3DRFA 2O1MA 3PUZE 3T9XB 1ATGA 2Z8EA 3IX1A 1LAFE 3RUMA 3TKDA 4XKPA 3ZSFA 3M8UA 3RYBA 2O84X 3DP6A 3MJNA 4NF6B 3T96B 4OENA 3PD8A 4PE5B 5HM4B 3SDFA 3E13X 4AB6A 3T22A 1ZKBA 4F29A 5A5XA 1B7HA 5AA2B 5CM6A 4JWOA 1FTLA 4FIMA 3H6TA 4LA9A 2F8DA 3UA8A 1MXXA 3RYAA 3MP1A 3OSQA 1LBBA 4YICA 1O7TA 4GFRA 1VFDA 3BFTA 4JB7A 3RPWA 3S9EA 5I58B 4WXJA 3SEUA 2AYSA 1BLFA 2YJPA 4G68C 4FAJA 4QFNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LSXA 3JZJA 4QSDA 3LSLA 4YKPA 3OXNA 3LV0A 5H8NB 4XF5A 1OMPA 4RY1A 3E4RA 3EPEA 1R1NA 3NOHA 1NV6A 2Z8DA 1OLCA 3IR1A 2RCBA 1SDXA 4ZS9A 2ONSA 4P9KA 4FBPA 3OEKA 3B8BA 3K00A 1B9JA 1XHYA 3KSJA 2A5SA 4NMYA 1B7UA 1LAHE 4FJPA 2B4MA 4IO7A 1ZU0A 1IQ7A 2WOPA 1IXCA 2DWJA 3TDJA 4PFWA 2PYYA 1Q1KA 1LCFA 5I5PA 4BDQA 5F24A 2ZNUA 5L8DA 4N4UA 4EF2A 4O8MA 3IOTA 3SDFA 4PF8A 2Q8JA 3PUVE 2DS9A 2VPNA 2O1LA 3KOSA 2CZIA 5B70A 1TWYA 3IJOB 1K9ZA 5CMKA 4TLLB 1A99A 3E79A 1MY3A 4JVIA 3W9WA 4M1VA 1NNPA 5ITPA 3T66A 4F18A 1A55A 4WEDA 2UYFA 4F19A 1LBYA 2WOLA 4DCYA 4LZ8A 5KDTA 3RYDA 1D3KA 3P7IA 3MYUA 4F3GA 4P47A 1PB8A 4ELRA 4PFUA 3O97A 2HQ0A 2DP8A 4Q0CA 2UYEA 4EQ9A 4F1VA 3I5OA 1N3WA 2XXXA 2XA5A 2GHAA 3TQWA 2XXKA 4O3AA 1M5CA 2OBGA 2F97A 5CMCA 1FJ6A 3K6UA 2VPOA 1UTHA 3V5AA 3I6VA 1B3LA 4BLAA 3DRIA 1IXGA 3O6IA 3PMXA 2F7AA 5CBRA 4PP0A 4XKQA 3QSLA 3MZBA 1VR5A 3MSTA 1MXUA 3GXAA 4JWXA 5ET6A 3GBBA 4GX6A 3DRGA 4QSCA 4ELPA 1LSTA 1UIUA 4NF4A 1NUXA 3HCQA 3PPNA 1MXVA 1MDP1 3IOUA 1S7YA 1EYIA 2XXYA 5DEXA 4R73A 3IAZA 4QXDA 2DOJA 2X7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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