5HMVA

Re refinement of 4mwk.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmvA00
2W1XA 3EXDA 2DQEY 4NIJA 5FSTA 4B4IA 1XGRC 1UIBA 2BQEA 1REZA 3A96A 4RW2A 3ZVQB 4EOFA 1JTPL 4NHPA 1I56A 2CJLA 1LMCA 4J1AA 4R6CA 2ZNWY 5LA5A 5HMJA 4GN5C 2Z18A 2D91A 1EL1A 4N9RA 2HUBA 3W6FA 4DD9A 1BHZA 5HLLA 2CWIA 2DQDY 1E8LA 4NG1A 1AZFA 4WLYA 2Y8PA 194LA 4NY5A 5B05A 1LJHA 1AT5A 3B0KA 3WUAA 4M6DA 3LYZA 1LZ8A 1LZ5A 4DDCA 1DKKA 1NBYC 1LZEA 2DBTA 1UIDA 3CT1A 1VEDA 4LYMA 4DD3A 4ET9A 1BVKC 1HEMA 4YENA 1LZRA 1XSFA 4WMGA 4H8ZA 2XJWA 1GF3A 2WARA 4J0LA 4H9FA 1DI5A 2LYMA 1IY4A 1I1ZA 3ZVQA 5LVJA 1GB0A 4LYCA 2BQAA 2I6ZA 1DPXA 1WTMA 2BQOA 4MR1A 4MSTA 5FELA 5IHGA 4HV2A 3LHMA 4N8ZA 4Z46A 1LZDA 1TAYA 2A7FA 3AGHA 4YEOA 1GFJA 1NDGC 1TBYA 4II8A 135LA 2FYCA 3F6ZA 1JTTL 2ZQ3A 1GFHA 2XTHA 4PHIA 1UIEA 1BQLY 1OP9B 1UC0A 1GD6A 1YAMA 4CJ2A 1IWZA 3WW6A 4G49A 1D9UA 1B5XA 1LSEA 2H9KA 1XFPL 2HEFA 4HSFA 5KXOA 1QSWA 1DPWA 2RSCA 1GE2A 153LA 4NGWA 4O34A 5KXXA 2F4GA 4M4OA 4NSJA 1CKGA 1IOCA 1T3PA 1UIHA 4HJVA 4DDAA 1LJ4A 1N4FA 3WU8A 3N9EA 1OUJA 2ZQ4A 4WLDA 1B5UA 1LZ1A 3GXKA 2YVBA 3A92A 1JIYA 4UWUA 4J7VA 4QDNA 1IP7A 1HHLA 1JHLA 1BWHA 2ZIKA 5KXKA 1TCYA 2DQAA 1LKRA 4N1CC 1G7JC 1LSBA 1LSGA 2LYZA 5DLAA 3TMUA 2LHMA 5KXTA 3HFMY 1CKCA 4GLVA 4UWVA 1LOZA 1JKBA 1UA6Y 2H9JA 4N1EI 9LYZA 1GE1A 5KXMA 4LYOA 4KXIA 4L41A 3B6LA 2VB1A 4HPIA 1REMA 1HEWA 5C6IA 1WQOA 5IDDA 1HFZA 4OW1A 4NHIA 3WPJA 4D9ZA 4NG8A 5FHWA 1AT6A 5A3ZA 4GCEA 2MEGA 2X0AA 4XENA 1D0MA 1LZ9A 1LSNA 1CKDA 3LN2A 4I8SA 3LYOA 1BB7A 1JJ0A 1NBZC 4FJRA 2BQLA 4DD0A 4I0CA 1BB6A 134LA 1B0DA 1OUAA 1IWVA 2PC2A 3OJPA 4DD1A 4QGZA 3LZTA 3QNGA 5APEA 4Z3MA 5I54A 1LJKA 3AGIA 2HECA 1YANA 1YILA 2DQFC 5DN5A 4DT3A 1NF5A 4TX7A 3IJUA 2BQJA 4WG7A 1HFXA 2DQGY 4LFPA 5I5QA 5LYTA 1B7MA 3B0IA 1LHJA 3N9CA 1GE3A 5L3HA 2C8PA 1A4VA 3W6AA 4G4BA 1LZBA 1LZCA 4LT0A 4TTDA 3TMXA 4ZFPA 1JITA 1WVUA 4GCDA 3WVXA 1IWXA 1C45A 3P65A 4NGYA 3RU5A 3WH1A 6LYTA 3HBEX 4XJFA 2B5ZA 1LMTA 5I53A 3CT5A 1OUIA 4NHSA 2Q0MX 3W6CA 4ETDA 1SLYA 1HEPA 4HP0A 4WM3A 1GBZA 2D4KA 8LYZA 5A3EA 5HNLA 1YAOA 5LVKA 4H93A 4DD2A 5LAGA 1WQNA 4NEBA 4WG1A 5L9JA 3FE0A 1GBWA 4NGZA 4XJHA 3E3DA 1GDWA 1RJCB 2MEEA 1GFTA 1B7NA 4BS7A 1GFAA 3TXKA 3AGGG 1YROA 4OWHA 1GWDA 1UIFA 3A94A 1CKHA 3AZ7A 2ZNXY 3RZ4A 5D5FA 4UWNA 1C43A 3RNXA 2Z37A 1LJGA 2BQFA 1CJ6A 3A8ZA 2BQBA 4GN4A 4NGJA 2YSSC 3WUNA 5I4XA 207LA 2HEEA 4XJIA 1W6ZA 1B7LA 1GFVA 1J1XY 1HEQA 5DL9A 1YKXX 3A6CY 3W6BA 3A67Y 1GE4A 1DI3A 2AUBA 5C6JA 4H9IA 3A93A 4GLAA 1ZVHL 4XN6A 1GB7A 1LYOA 5KXWA 1QTEA 1BB4A 1F0WA 2BLYA 1IP4A 4NWHA 1UBZA 3IJVA 4B1AA 1BB5A 1XGTC 2FYDA 4NWEA 1HERA 1LZ4A 1KXYA 1VATA 5B59A 1GF5A 1KIRC 1LAAA 1IEEA 1IP2A 4NSIA 4WOAA 1HC0A 1RE2A 3W3EA 1NMMA 1IY3A 1LSDA 1RI8B 3AZ5A 4CFPA 2XBSA 2HU1A 1ZV5L 4C3WA 1B7QA 1B9OA 5LYMA 1UACY 1RCMA 1B5VA 5EBHA 1G7HC 4G9SA 3WMKA 1O23A 4ETCA 1LMQA 4CFOA 1QUSA 1JJ3A 1YKYX 2DQIY 4XADA 1CJ8A 3RW8A 1A2YC 1GB5A 1IWWA 2BAAA 1BB3A 1GB6A 1GBXA 1DI4A 2MEFA 4NGVA 5DM9A 1GB8A 4DC4A 4RLNA 4CGEA 1DQJC 1LHIA 4H9HA 1OUFA 3EMSA 5KXSA 4LGKA 1JSFA 3WL2A 1LMNA 1JISA 5B1GA 1IX0A 4KL7A 1CNSA 2ZILA 2LZTA 1XGPC 208LA 1VDSA 3CT0A 3CSZA 4QEQA 3AB6A 3J6KA 1GF0A 1GBSA 2DQJY 2YDGA 3CSRA 3WU9A 1QUTA 4WL6A 4LYZA 1AKIA 1GB2A 5F9UA 1GFUA 1J1PY 1FDLY 1XGUC 2HEDA 3M18B 1VAUA 5K7OA 1YAPA 1JEFA 1LHMA 4WL7A 1WQPA 4H1PA 3EBAB 1IOSA 1LZTA 2Z12A 4EMNA 5HQ1A 3A34A 3LYMA 1YL1X 1LSZA 1GAZA 1WQRA 3AW6A 4H91A 1LSAA 4WM6A 5B07A 4N0JA 1XGQC 2HEAA 1LYYA 1LZAA 2BPUA 133LA 2BQIA 2G4NA 1LJIA 1VDQA 1LSMA 1GPQC 1OUCA 1LYSA 1C7PA 1REXA 3WU7A 4AGAA 5JENB 4LFXA 1MLCE 1LJNA 1LJJA 1D0LA 3HBDA 2G4QA 2CGIA 1QIOA 1GF6A 1GE0A 4NHTA 4NSHA 1IVMA 2A7DA 1KXWA 193LA 1HENA 1CJ7A 1INUA 1GBOA 2F2NA 1GFEA 1AM7A 4WM1A 3P4ZA 4HJZA 3W6EA 1IOTA 5E4PA 1CJ9A 4TSCA 2IFFY 1JWRA 1PS5A 1NWGA 1TEWA 1B2KA 4WO6A 1BWIA 3EO5A 2Z2FA 3M3UA 1TDYA 5LXWA 5F81A 3AW7A 1BGIA 2LYOA 3A3RX 5HNCA 4HTNA 4H92A 1EQEA 1WQMA 2BQGA 1XEJA 1NKHA 2XBRA 4TUNA 3WULA 3ZEKA 4B0DA 5KKIA 1DZBX 4HJYA 5APFA 1G7LC 4AXTA 4OWBA 2N5ZA 1GXXA 4PPOA 1C46A 2BQKA 3A91A 1OUBA 2F4AA 4BADA 3TXGA 3RT5X 4G4CA 5LAFA 2EPEA 1C10A 1IC4Y 4CHXA 1JKDA 3B0OA 2HEBA 4RDSA 4WLTA 4HTKA 4A7DA 3AYQA 4XYYA 3WXTA 3AJNA 1I20A 1IC7Y 4LT2A 5FDJA 3WUMA 4HV1A 1MELL 4HPEA 1B7OA 4WLXA 4NFVA 2GV0A 4NGOA 1B7SA 1GEZA 3CQLA 4B4EA 5B1FA 4RLMA 4OOOA 2BQDA 2EQLA 1W08A 1FBIX 5II3A 5ILFA 3TXHA 1IORA 3K3TA 1LJ3A 4Z98A 2BQMA 3WYHA 1LZ6A 1IR8A 5E9RA 2BQHA 1XEKA 1FKVA 1B7PA 2NWDX 2ZWBA 5KXPA 4YF2A 1FLQA 1B5ZA 1LHKA 1UIGA 2IHLA 1WVVA 1EQ5A 3MGWA 4N5RA 1HMLA 1KIPC 1HSWA 4OWEA 3ATNA 4KPMA 2Z19A 2ZIJA 4NHQA 2G4PA 1REYA 3T6UA 1PZYA 3TMWA 4H9CA 4DDBA 1D6QA 1SQ2L 4ML7A 1FN5A 2I25L 1GFGA 4NGIA 4KT3A 5KKJA 2Z38A 1LHHA 1QQYA 4YOPA 1HFYA 1OUGA 1LTMA 4GCBA 1FLYA 4GN3A 5LA8A 4H94A 1BVXA 4ZEEA 1F6RA 4NGLA 1UIAA 1ALCA 1D0KA 3BKVA 1LZNA 1NHEA 1YQVY 2ZYCA 1LMAA 4WM4A 1G7IC 4NGKA 1HMKA 1YIKA 4B49A 4YEMA 1HELA 3TXDA 4FDYA 1GB3A 1V7SA 1WQQA 4ETBA 3KAMA 1VFBC 5F14A 1H6MA 1H87A 1HSXA 2YBJA 4TWSA 3QE8A 1XEIA 3TXEA 1GF9A 2Z2EA 1V7TA 4C5FA 1GXV2 4LYTA 4H8XA 3WXUA 1LMOA 4Z41A 1LSYA 1IP5A 2BLXA 3WPLA 2MEAA 3J4GA 5KXYA 3GXRA 4H90A 1HEOA 4WM2A 4IASA 2EKSC 2MEIA 3AZ6A 1GB9A 3FI7A 4IATA 5LVHA 1F10A 4H9AA 1QTKA 1GDXA 2I26L 3CSQA 2D4IA 4W96A 4HTQA 1UUZC 2W1LA 3CB7A 4BAFA 3AZ4A 3D3DA 1LZYA 5AMYA 4OOTA 2BQCA 1GF7A 5FEKA 1ZVYB 5T3FA 5KXRA 1FKQA 1LKSA 1CKFA 3P68A 4H9EA 1B5WA 1GHLA 1D6PA 4H8YA 1F6SA 4PRQA 1UICA 4TSBA 3TXBA 5I4WA 3W6DA 1KXXA 5HMVA 3G3AB 4XJGA 1HF4A 1JUGA 132LA 1DXJA 5KXLA 4XJDA 1NQIA 2YBIA 2LZ2A 1GFKA 1WTNA 4ETAA 1LYZA 4OWCA 1DKJA 2DKVA 3P66A 4NSGA 4P2EA 3T36A 1IP6A 4DD7A 2YBHA 5FCPA 3TXJA 4LYBA 3HBHA 4OWAA 5D5CA 4YM8A 1YL0X 2W1YA 4GCFA 4E3UA 1B7RA 4J1BA 1JJ1A 4GCCA 4PGJB 1P2CC 1VDPA 3A95A 4ANRA 3QY4A 2FBDA 1OUHA 4LZTA 4XJBA 2W1MA 1BWJA 1OUEA 3LYTA 4H9BA 1IR7A 1IO5A 1IP3A 5LYZA 1J1OY 5KXZA 2Z39A 2D6BA 2C8OA 4MCKA 3B72A 5L3IA 5KXNA 1B5YA 1UCOA 2YBLA 6LYZA 1LPIA 1IP1A 2MEHA 2YBMA 4U3XB 2EIZC 1FLWA 3TXFA 5C6LA 1IR9A 4LT1A 5F9XA 1VDTA 2FBBA 5LVIA 1IOQA 3VWOA 1IIZA 1OUDA 4ZIXA 1Z55A 4WO9A 1LJEA 1IWUA 2MEDA 2HU3A 1LSPA 1IWTA 3LZ2A 154LA 5LINA 1ZMYL 2CDSA 1G7MC 5ILCA 1JSEA 5I4YA 1GAYA 4BAPA 1LZSA 1OQMA 3OK0A 1LHLA 4WM5A 3ATOA 2DQCY 1QSAA 1QDRA 2YBNA 3BKHA 3N9AA 2DQHY 1LMPA 5B06A 1EQ4A 4R0FA 3TMVA 1YAQA 1YKZX 2F30A 4ET8A 4RW1A 1JKAA 4IJ4A 5M1YA 1HNLA 2H5ZA 2D4JA 2MECA 5APCA 5KJ9A 4G4HA 4DYGA 3WPKA 1C08C 2BQNA 1QDTA 3SP3A 1KIQC 5KY1A 1LSCA 1T6VL 4DWXA 4X3BA 7LYZA 1GEVA 1IC5Y 1FLUA 2ZYPA 3WW5A 4ETEA 3G3BB 1RFPA 2HTXA 5DN4A 1LCNA 5F16A 5LIOA 4QY9A 1LZGA 4LT3A 4PJ2C 3A90A 4B4JA 5APDA 1JPOA 4W94A 1GF8A 1LSFA 3D9AC 3ULRA 5LVGA 3TXIA 3WVYA 1GFRA 4PRUA 5IELA 2MEBA 1LJFA 3A6BY 3A3QA 5J7CA 1NDMC 3IWRA 1IWYA 3P64A 1JKCA 1JTOL 1GF4A 1GBYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DQEY 1L10A 1JTPL 2CJLA 1LYGA 4GN5C 4N9RA 3W6FA 1BHZA 5HLLA 1P5CA 4NG1A 1DYBA 194LA 3LYZA 1NBYC 3CDOA 1VEDA 1L00A 1XSFA 2XJWA 4H9FA 169LA 1L95A 1G0LA 2LYMA 2BQAA 4DJHA 1L94A 4HV2A 4Z46A 1GFJA 2LCBA 1GFHA 1LW9A 1C63A 229LA 1YAMA 4ARLA 1OWYA 3C7ZA 3WW6A 1D9UA 2H9KA 1PQKA 1QSWA 1DPWA 1GE2A 4O34A 4NSJA 1UIHA 4HJVA 4DDAA 1LJ4A 3N9EA 1C6EA 1L06A 1LZ1A 1D3MA 4QDNA 1K28A 1PQDA 3HU9A 2DQAA 4N1CC 1G7JC 5DLAA 3HFMY 4UWVA 190LA 1JKBA 4KXIA 4L41A 3B6LA 5C6IA 1L42A 5IDDA 219LA 1LI3A 7LZMA 4YX7C 2X0AA 1D0MA 1C6TA 1LZ9A 1CKDA 1JJ0A 3G3WA 4FJRA 3DNAA 3GUMA 2PC2A 3PBLA 4DD1A 4QGZA 5I54A 3AGIA 5DN5A 1B7MA 1GE3A 240LA 5L3HA 1A4VA 4G4BA 1LZCA 4TTDA 1JITA 1LYDA 3WVXA 3WH1A 6LYTA 2B5ZA 1LMTA 3CT5A 4NHSA 2Q0MX 4ETDA 216LA 1SLYA 1QTDA 4HP0A 5LAGA 4NEBA 1C6PA 1L76A 4NGZA 245LA 1LWKA 242LA 4DAJA 3HTBA 3TXKA 3RZ4A 5D5FA 1C43A 3RNXA 1B7LA 3HTFA 1HEQA 5DL9A 1D3FA 3A6CY 3A67Y 3CDVA 1GB7A 1BB4A 1UBZA 4B1AA 1BB5A 2FYDA 1VATA 5B59A 1KIRC 4WOAA 174LA 1L39A 4CFPA 1IY3A 1RI8B 1B7QA 3OE9A 1UACY 2OTYX 3WMKA 1LMQA 249LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2W1X A;  3EXD A;  2DQE Y;  4NIJ A;  5FST A;  4B4I A;  1XGR C;  1UIB A;  2BQE A;  1REZ A;  3A96 A;  4RW2 A;  3ZVQ B;  4EOF A;  1JTP L;  4NHP A;  1I56 A;  2CJL A;  1LMC A;  4J1A A;  4R6C A;  2ZNW Y;  5LA5 A;  5HMJ A;  4GN5 C;  2Z18 A;  2D91 A;  1EL1 A;  4N9R A;  2HUB A;  3W6F A;  4DD9 A;  1BHZ A;  5HLL A;  2CWI A;  2DQD Y;  1E8L A;  4NG1 A;  1AZF A;  4WLY A;  2Y8P A;  194L A;  4NY5 A;  5B05 A;  1LJH A;  1AT5 A;  3B0K A;  3WUA A;  4M6D A;  3LYZ A;  1LZ8 A;  1LZ5 A;  4DDC A;  1DKK A;  1NBY C;  1LZE A;  2DBT A;  1UID A;  3CT1 A;  1VED A;  4LYM A;  4DD3 A;  4ET9 A;  1BVK C;  1HEM A;  4YEN A;  1LZR A;  1XSF A;  4WMG A;  4H8Z A;  2XJW A;  1GF3 A;  2WAR A;  4J0L A;  4H9F A;  1DI5 A;  2LYM A;  1IY4 A;  1I1Z A;  3ZVQ A;  5LVJ A;  1GB0 A;  4LYC A;  2BQA A;  2I6Z A;  1DPX A;  1WTM A;  2BQO A;  4MR1 A;  4MST A;  5FEL A;  5IHG A;  4HV2 A;  3LHM A;  4N8Z A;  4Z46 A;  1LZD A;  1TAY A;  2A7F A;  3AGH A;  4YEO A;  1GFJ A;  1NDG C;  1TBY A;  4II8 A;  135L A;  2FYC A;  3F6Z A;  1JTT L;  2ZQ3 A;  1GFH A;  2XTH A; 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 4H9B A;  1IR7 A;  1IO5 A;  1IP3 A;  5LYZ A;  1J1O Y;  5KXZ A;  2Z39 A;  2D6B A;  2C8O A;  4MCK A;  3B72 A;  5L3I A;  5KXN A;  1B5Y A;  1UCO A;  2YBL A;  6LYZ A;  1LPI A;  1IP1 A;  2MEH A;  2YBM A;  4U3X B;  2EIZ C;  1FLW A;  3TXF A;  5C6L A;  1IR9 A;  4LT1 A;  5F9X A;  1VDT A;  2FBB A;  5LVI A;  1IOQ A;  3VWO A;  1IIZ A;  1OUD A;  4ZIX A;  1Z55 A;  4WO9 A;  1LJE A;  1IWU A;  2MED A;  2HU3 A;  1LSP A;  1IWT A;  3LZ2 A;  154L A;  5LIN A;  1ZMY L;  2CDS A;  1G7M C;  5ILC A;  1JSE A;  5I4Y A;  1GAY A;  4BAP A;  1LZS A;  1OQM A;  3OK0 A;  1LHL A;  4WM5 A;  3ATO A;  2DQC Y;  1QSA A;  1QDR A;  2YBN A;  3BKH A;  3N9A A;  2DQH Y;  1LMP A;  5B06 A;  1EQ4 A;  4R0F A;  3TMV A;  1YAQ A;  1YKZ X;  2F30 A;  4ET8 A;  4RW1 A;  1JKA A;  4IJ4 A;  5M1Y A;  1HNL A;  2H5Z A;  2D4J A;  2MEC A;  5APC A;  5KJ9 A;  4G4H A;  4DYG A;  3WPK A;  1C08 C;  2BQN A;  1QDT A;  3SP3 A;  1KIQ C;  5KY1 A;  1LSC A;  1T6V L;  4DWX A;  4X3B A;  7LYZ A;  1GEV A;  1IC5 Y;  1FLU A;  2ZYP A;  3WW5 A;  4ETE A;  3G3B B;  1RFP A;  2HTX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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