5HQ6A

Crystal structure of fragment bound with brd4
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
125
structure length
125
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of fragment bound with Brd4
rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 42
structure length 125
sequence length 125
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hq6A01
2FSAA 5EICA 4C67A 4N3WA 4YYNA 1ZS5A 5A83A 5DKDA 4TQNA 5IG6A 3MB3A 3U5PA 5LJ2A 4LC2A 5DFBA 2DVSA 3S92A 2DVVA 2D82A 5EGUA 5ENHA 5ACYA 4O70A 5DX4A 5F61A 4UIUA 4IORA 2RS9B 4NR7A 4XY8A 5FE9A 4NYVA 4N4FA 3U5LA 4PKLA 5F62A 5IGKA 4HXSA 4QSPA 4QC3A 5DBMA 4QSXA 5A5RA 5DW2A 4BW4A 4IR3A 5FG4A 4YH3A 3U5JA 5CPEA 3QZTA 2N9GA 4TZ2A 5EQ1A 4O74A 5DW1A 5HQ5A 3FKMX 5C87A 4AKNA 4O7AA 4QR5A 3K2JA 4ALGA 2OO1A 2YELA 5LJ0A 3O36A 5IGMA 4O76A 5EU1A 5CQTA 5H1VA 5L96A 4HBXA 5G4RA 4QEUA 2DWWA 4UYGA 4QC1A 3IU5A 5EV9A 3UV2A 5I80A 2RO1A 4HXRA 4O78A 4QSVA 4QSTA 2I7KA 3UVDA 5DKHA 5EK9A 5C4QA 4CUQA 3HMFA 4NR5A 5TCMA 5KTXA 5EP7A 4Y03A 5ENGA 3MXFA 3NXBA 5IBNA 5HRWA 4QSRA 5C8GA 4HBYA 5D25A 1N72A 5D3LA 5CUGA 4ZC9A 4YATA 4NR4A 5FG5A 3D7CA 4OUFA 2YQDA 2RNXA 4YYMA 4A9LA 1E6IA 5LJ1A 2E7OA 4O7CA 4MR6A 5IGNA 4Z6IA 5TB6A 3GG3A 2F6JA 5EA1A 5HJCA 4QSSA 4BW3A 4MEOA 4BW2A 4A9MA 4QSUA 4CFLA 2R10A 4WIVA 5CGPA 2H60A 5CP5A 4QYDA 3SVGA 4E96A 5CQ4A 4NYWA 3SVFA 5E9KA 5FG6A 5D3HA 5F3AA 5LUUA 1WUMA 5FE6A 5ENCA 4ZQLA 4TYLA 5FE3A 5KU3A 4UYFB 3UVXA 3JVJA 5F2PA 1WUGA 4UYFA 5JWMA 4NR8A 4MR4A 4UIXA 5I1QA 4OGIA 5C85A 5I86A 3ONIA 5EM3A 4YYDA 4YBMA 5E9MA 4J1PA 4LZRA 5FH8A 4CUPA 2DATA 4A9FA 3P1FA 5D3NA 5HFRA 5FH7A 5HQ7A 4IR5A 3HMHA 4NUDA 5I7YA 5CS8A 5AD3A 3P5OA 4F3IA 5A5NA 3UVWA 4QEVA 5E74A 5DLZA 3Q2EA 3S91A 5F63A 5D26A 5ENBA 2YEKA 3HMEA 4HXMA 4J0RA 5A5OA 3O37A 3UV4A 2YYNA 4QNSA 5HRVA 5DYAA 2YDWA 3DAIA 3UV5A 5H85A 5HFQA 2NXBA 5EWHA 4LRGA 4KCXA 4CUUA 5DFDA 4N4HA 5I40A 4CUSA 5L8UA 4XUBA 2RFJA 4NUEA 4O75A 5D3PA 4YYGA 2KTBB 2E7NA 4DONA 5CRMA 5CQ5A 4QZSA 5EPSA 2RNWA 4TT2A 5E73A 5DLXA 3U5MA 4YADA 5ETDA 3MB4A 5FE5A 4HXPA 5K29A 4CL9A 4CLBA 5C7NA 4IOOA 4O72A 1JM4B 5EWWA 5FE0A 4HBVA 5CQ6A 2DVRA 4HXLA 4YH4A 3DWYA 2MJVB 2I8NA 4NS5A 5F5ZA 5FBXA 4TS8A 4TTEA 5LVRA 4LYIA 5ENIA 4MENA 2YW5A 4N4GA 4TU6A 5F36A 4GPJA 5A7CA 1X0JA 2L85A 3MUKA 4CUTA 5A5QA 4MEQA 4YAXA 5FH6A 4UIVA 5CQAA 4NQMA 3SVHA 5L99A 3G0JA 4XYAA 5FE1A 5CFWA 5II1A 5BT3A 4UYHA 5F1LA 4FLPA 5H1UA 4IOQA 4Q0OA 4XUAA 4N4IA 5DYCA 3P1CA 4A9OA 5FE7A 4PS5A 5HEMA 4TT4A 2R0SA 4LZSA 3MQMA 3P1EA 2WP2A 4BHWA 4QEWA 5E9LA 4YY4A 3QZVA 5EWDA 5L8TA 5DYUA 5H1TA 5CUEA 5EPBA 5EWVA 5KTUA 4Q0NA 4QB3A 5FE2A 5L97A 5I83A 4YYIA 5AD2A 1EQFA 4NUCA 4UITA 5CU8A 2OUOA 4NXJA 5CY9A 4ALHA 5LKUA 4HXOA 4UYEA 3JVLA 5CUAA 4Z1SA 5BT5A 3G0LA 3LQJA 2D9EA 4PY6A 4HXKA 5CQ7A 3AADA 4QUTA 5I7XA 4CURA 5HM0A 4TU4A 5E0RA 3O34A 4O7EA 5J0DA 3O35A 5CUBA 3AQAA 3I3JA 4NRAA 3UVYA 5HENA 5E9IA 3LJWA 4YK0A 4LR6A 5CTLA 5A5SA 3P1DA 4BJXA 3UW9A 2DVQA 4J0SA 4O71A 5CZGA 4PCEA 4YC9A 4A9HA 5LVQA 4LYSA 4X2IA 4LDFA 1JSPB 4A9KA 5D3SA 5A85A 5ETBA 4LYWA 5FE8A 4UIZA 4O7BA 3O33A 5FB1A 5IIDA 5KHMA 5G4SA 4Z1QA 5HCLA 4PTBA 5FE4A 2GRCA 5L98A 4QUUA 5D7XA 4UIYA 2DKWA 4YYKA 4KV1A 5FFWA 4J3IA 5HELA 5FDZA 4QR4A 5AMEA 5C89A 4PCIA 5COIA 4NRBA 5KTWA 5CUDA 4YY6A 4WHWA 5A82A 5F1HA 2R0VA 3QZSA 5LKXA 4ZW1A 5I89A 4A9EA 2YEMA 4Z93A 4HXNA 4MR3A 4UIWA 3IU6A 5D3RA 5EI4A 4A9IA 5HRXA 5CUCA 4TZ8A 5ENJA 5F25A 3JVKA 5CRZA 5A81A 4NYXA 2RNYA 3U5KA 3RCWA 2F6NA 4A9JA 4MR5A 4YBTA 5EWCA 4OGJA 4QBMA 4MEPA 4C66A 5ENEA 4YBSA 5D3TA 3U5NA 4IR6A 4NRCA 2G4AA 3LQHA 5CQ3A 4CFKA 5BT4A 5LKTA 4QSWA 1F68A 4BW1A 5FFVA 5EPRA 5EVAA 4O7FA 5E3DA 3U5OA 5LKZA 3MULA 4NR9A 5ENFA 4O77A 4LZ2A 5E3GA 5A5PA 5IGLA 5CQ8A 3ZYUA 5DKCA 2RI7A 5FB0A 5HLSA 4NQNA 4UYDA 4QYLA 4YYJA 4NR6A 5I88A 2R0YA 3LXJA 4QY4A 4QR3A 5D24A 4WHUA 2OSSA 2L5EA 2E3KA 4QSQA 2WP1A 5DY7A 4HBWA 5E7DA 5F60A 3TLPA 4KV4A 5DYXA 3JVMA 5I29A 4XY9A 5HQ6A 5E9YA 5E9VA 4YYHA 4Z6HA 5D3JA 4YABA 5EISA 4A9NA 4TT6A 5FFYA 3Q2FA 3LQIA 4RVRA 5D0CA 2LSPB 5DFCA 5JI8A 4IR4A 5AMFA 5KO4A 5II2A 2L84A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2FSAA 5EICA 4C67A 4N3WA 4YYNA 1ZS5A 5A83A 5DKDA 4TQNA 5IG6A 3MB3A 3U5PA 5LJ2A 4LC2A 5DFBA 2DVSA 3S92A 2DVVA 2D82A 5EGUA 5ENHA 5ACYA 4O70A 5DX4A 5F61A 4UIUA 4IORA 2RS9B 4NR7A 4XY8A 5FE9A 4NYVA 4N4FA 3U5LA 4PKLA 5F62A 5IGKA 4HXSA 4QSPA 4QC3A 5DBMA 4QSXA 5A5RA 5DW2A 4BW4A 4IR3A 5FG4A 4YH3A 3U5JA 5CPEA 3QZTA 2N9GA 4TZ2A 5EQ1A 4O74A 5DW1A 5HQ5A 3FKMX 5C87A 4AKNA 4O7AA 4QR5A 3VKHA 3K2JA 4ALGA 2OO1A 2YELA 5LJ0A 3O36A 5IGMA 4O76A 5EU1A 4AKGA 5CQTA 5H1VA 5L96A 4HBXA 5G4RA 4QEUA 2DWWA 4UYGA 4QC1A 3IU5A 5EV9A 3UV2A 5I80A 2RO1A 4HXRA 4O78A 4QSVA 4QSTA 2I7KA 3UVDA 5DKHA 5EK9A 5C4QA 4CUQA 3HMFA 4NR5A 5TCMA 5KTXA 5EP7A 4Y03A 5ENGA 3MXFA 3NXBA 5IBNA 5HRWA 4QSRA 5C8GA 4HBYA 5D25A 1N72A 5D3LA 5CUGA 4ZC9A 4YATA 4AKIA 4NR4A 5FG5A 3D7CA 4OUFA 2YQDA 2RNXA 4YYMA 4A9LA 1E6IA 5LJ1A 2E7OA 4O7CA 4MR6A 5IGNA 4Z6IA 5TB6A 3GG3A 2F6JA 5EA1A 5HJCA 4QSSA 4BW3A 4MEOA 4BW2A 4A9MA 4QSUA 4CFLA 1ZKRA 2R10A 4WIVA 5CGPA 2H60A 5CP5A 4QYDA 3SVGA 4E96A 5CQ4A 4NYWA 3SVFA 5E9KA 5FG6A 5D3HA 5F3AA 5LUUA 1WUMA 5FE6A 5ENCA 4ZQLA 4TYLA 5FE3A 5KU3A 4UYFB 3UVXA 3JVJA 5F2PA 1WUGA 4UYFA 5JWMA 4NR8A 4MR4A 4UIXA 5I1QA 4OGIA 5C85A 5I86A 3ONIA 5EM3A 4YYDA 4YBMA 5E9MA 4J1PA 4LZRA 5FH8A 4CUPA 2DATA 4A9FA 3ERRA 3P1FA 5D3NA 5HFRA 5FH7A 5HQ7A 4IR5A 3HMHA 4NUDA 5I7YA 5CS8A 5AD3A 3P5OA 4F3IA 5A5NA 3UVWA 4QEVA 5E74A 5DLZA 3Q2EA 3S91A 5F63A 5D26A 5ENBA 2YEKA 3HMEA 4HXMA 4J0RA 5A5OA 3O37A 3UV4A 2YYNA 3D1DA 4QNSA 5HRVA 5DYAA 2YDWA 3DAIA 3UV5A 5H85A 5HFQA 2NXBA 5EWHA 4LRGA 4KCXA 4CUUA 5DFDA 4N4HA 5I40A 4CUSA 5L8UA 4XUBA 2RFJA 4NUEA 4O75A 5D3PA 4YYGA 2KTBB 2E7NA 4DONA 5CRMA 5CQ5A 4QZSA 5EPSA 2RNWA 4TT2A 5E73A 5DLXA 3U5MA 4YADA 5ETDA 3MB4A 5FE5A 4HXPA 5K29A 4CL9A 4CLBA 5C7NA 4IOOA 4O72A 1JM4B 5EWWA 5FE0A 4HBVA 5CQ6A 2DVRA 4HXLA 4YH4A 3DWYA 2MJVB 2I8NA 1PUOA 4NS5A 5F5ZA 5FBXA 4TS8A 4TTEA 5LVRA 4LYIA 5ENIA 4MENA 2YW5A 4N4GA 4TU6A 5F36A 4GPJA 5A7CA 1X0JA 2L85A 3MUKA 4CUTA 5A5QA 4MEQA 4YAXA 5FH6A 4UIVA 5CQAA 4NQMA 3SVHA 5L99A 3G0JA 4XYAA 5FE1A 5CFWA 5II1A 5BT3A 4UYHA 5F1LA 4FLPA 5H1UA 4IOQA 4Q0OA 4XUAA 4N4IA 5DYCA 3P1CA 4A9OA 5FE7A 4PS5A 5HEMA 4TT4A 2R0SA 4LZSA 3MQMA 3P1EA 2WP2A 4BHWA 4QEWA 5E9LA 4YY4A 3QZVA 5EWDA 5L8TA 5DYUA 5H1TA 5CUEA 5EPBA 5EWVA 5KTUA 4Q0NA 4QB3A 5FE2A 5L97A 5I83A 4YYIA 5AD2A 1EQFA 4NUCA 4UITA 5CU8A 2OUOA 4NXJA 5CY9A 3VKGA 4ALHA 5LKUA 4HXOA 4UYEA 3JVLA 5CUAA 4Z1SA 5BT5A 3G0LA 3LQJA 2D9EA 4PY6A 4HXKA 5CQ7A 3AADA 4QUTA 5I7XA 4CURA 5HM0A 4TU4A 5E0RA 4AI6A 3O34A 4O7EA 5J0DA 3O35A 5CUBA 3AQAA 3I3JA 4NRAA 3UVYA 5HENA 5E9IA 3LJWA 4YK0A 4LR6A 5CTLA 5A5SA 3P1DA 4BJXA 3UW9A 2DVQA 4J0SA 4O71A 5CZGA 4PCEA 4YC9A 4A9HA 5LVQA 4LYSA 4X2IA 4LDFA 1JSPB 4A9KA 5D3SA 5A85A 5ETBA 4LYWA 5FE8A 4UIZA 4O7BA 3O33A 5FB1A 5IIDA 5KHMA 5G4SA 4Z1QA 5HCLA 4PTBA 5FE4A 2GRCA 5L98A 4QUUA 5D7XA 4UIYA 2DKWA 4YYKA 4KV1A 5FFWA 4J3IA 5HELA 5FDZA 4QR4A 5AMEA 5C89A 4PCIA 5COIA 4NRBA 5KTWA 5CUDA 4YY6A 4WHWA 5A82A 5F1HA 2R0VA 3QZSA 5LKXA 4ZW1A 5I89A 4A9EA 2YEMA 4Z93A 4HXNA 4MR3A 2EJNA 4UIWA 3IU6A 5D3RA 5EI4A 4A9IA 5HRXA 5CUCA 4TZ8A 5ENJA 5F25A 3JVKA 5CRZA 5A81A 4NYXA 2RNYA 3U5KA 3D1BA 3RCWA 2F6NA 4A9JA 4MR5A 4YBTA 5EWCA 4AKHA 4OGJA 4QBMA 4MEPA 4C66A 5ENEA 4YBSA 5D3TA 3U5NA 4IR6A 4NRCA 2G4AA 3LQHA 5CQ3A 4CFKA 5BT4A 5LKTA 4QSWA 1F68A 4BW1A 5FFVA 5EPRA 5EVAA 4O7FA 5E3DA 3U5OA 5LKZA 3MULA 4NR9A 5ENFA 4O77A 4LZ2A 5E3GA 5A5PA 5IGLA 5CQ8A 3ZYUA 5DKCA 2RI7A 5FB0A 5HLSA 4NQNA 4UYDA 4QYLA 4YYJA 4NR6A 5I88A 2R0YA 3LXJA 4QY4A 4QR3A 5D24A 4WHUA 2OSSA 2L5EA 2E3KA 4QSQA 2WP1A 5DY7A 4HBWA 5E7DA 5F60A 3TLPA 4KV4A 5DYXA 3JVMA 5I29A 4XY9A 5HQ6A 5E9YA 5E9VA 4YYHA 4Z6HA 5D3JA 4YABA 5EISA 4A9NA 4TT6A 5FFYA 3Q2FA 3LQIA 4RVRA 5D0CA 2LSPB 5DFCA 5JI8A 4IR4A 5AMFA 5KO4A 5II2A 2L84A
chains in the Genus database with same CATH topology
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