5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
3OVNA 5KGXA 4QOZB 4KPYA 2G8HA 2OPRA 2P51A 2P1JA 2RF2A 3V81A 4R5PA 1L3SA 3FFIA 3K57A 1S6QA 1D5AA 2PYLA 1BL3A 1S1WA 1N5YA 3TARA 2FBTA 2F8SA 1NK8A 3K5MA 4E1NA 4CJSA 1YT3A 2XO7A 5DMRA 3LPTA 3C94A 5HRPA 4E7LA 3ZSQA 4CJVA 1WSFA 1SKSA 3LAKA 5HBMA 1EETA 4FLYA 1WN7A 4CEBA 4FLUA 4OKEA 3KK2A 4Z4EA 4DSIA 4CHNA 2Z1HA 3NF7A 4FW2A 3F9KA 4OLAA 2W42A 3LP0A 4B8AB 4DG1A 1TL3A 3RR7A 3NAEA 4RG8A 4DTXA 3OYGA 1T8EA 4MFBA 4KREA 4ELTA 3OYHA 1TKXA 4F8RA 4E7KA 1GOBA 4BDYA 3V9UA 1UA0A 4DTJA 1A5XA 4OPKA 3QEXA 4FXDA 5I3UA 3DLGA 4IBNA 1HYSA 3HPHA 4C8MA 2HVHA 3SPZA 4N41A 4CJUA 3AA2A 3HVRA 4BE0A 1HQEA 1A5VA 3HP9A 1NK7A 1HNVA 2OYQA 1VSHA 4C8LA 2VWKA 5DK5A 2G8FA 4NCGA 3NGIA 4DQQA 3DOKA 1LW2A 4PY5A 4KB1A 1BQNA 4KHYA 1TAUA 1RBRA 1WLJA 1BISA 4LD0A 1S9GA 1RNHA 1RBUA 1VSKA 3E01A 2OZMA 3V6DA 4DQSA 3M8RA 3DLKA 1NK5A 4M3WA 4QAGA 2HHUA 1LAVA 4Q5VA 4Q0BA 1JLCA 1X1PA 4FZZA 3OYAA 4KAZA 3MEDA 3KLGA 3HM9A 1U47A 3OJUA 2IC3A 3MAQA 4DSLA 4N76A 4KB0A 1UOCA 5HRSA 1F21A 5CZ1A 3O3HA 3SPYA 4B9NA 1HMVA 2D0CA 1L3TA 4CK2A 4BE2A 3PUFA 4H4MA 4DFMA 4IDKA 3NGZA 3VQPA 3ZSVA 2DFHA 5FRMA 3CM6A 3PX0A 4B08A 3OYCA 2F8TA 1GOAA 3ZT2A 3SUQA 4DQIA 3DYAA 4RW6A 4DTMA 4E7IA 4PWDA 2PZSA 3P5JA 4GMJB 1DTQA 4KHSA 1IKXA 2D5RA 2OZSA 4E7JA 3KLHA 4CECA 2HHVA 1RT7A 3AVGA 1JLAA 4B8CA 4FJMA 3NE6A 4IFYA 4CEEA 2BE2A 1EXQA 3KIOA 1KVAA 4RW4A 4CFCA 1WNSA 1RTJA 5J2NA 3TAGA 4W5NA 3SJJA 3KK3A 3S3MA 4K8ZA 2QXFA 4FCYA 1NKBA 3NF8A 4Y1DA 3OYLA 4G1QA 3AVMA 3OYBA 1RBVA 2BANA 1EX4A 5CYMA 5KRTA 4FJLA 4JRPA 2YHAA 3ITHA 3M8QA 3LPUA 3LWLA 4DU1A 1TKTA 3NGYA 5E41A 1QSLA 1VSLA 3VQQA 1RDDA 4OVLA 3WNEA 1C0TA 3ZT4A 4L8RB 4FJJA 4ICLA 4FJNA 4Z4IA 4EZ6A 2XY7A 4DU3A 3LDSA 2HNYA 4FLXA 4DFJA 1S9EA 5HROA 3MEGA 3WNFA 4IFVA 4BE1A 3C6TA 4M3RA 4AH9A 3K59A 2HHQA 4OGCA 1B92A 5C42A 3VQ8A 4FJKA 3SUPA 3NBPA 3LANA 3HPOA 2IAJA 3CM5A 3VQ9A 3ZSZA 5KGWA 4J2BA 3OYMA 3V9ZA 4I9QA 2DY4A 4JLHA 3NH2A 2E6MA 3TAFA 2DFFA 3WNGA 1BQMA 3JSMA 3RMCA 1BIZA 4KV8A 4CJRA 5SZTA 3BDPA 3PO4A 3PY8A 4FJ8A 1Z26A 1KSPA 4CJ4A 2GBZA 3SQ2A 4CF0A 4HUFA 1RTHA 3T1AA 1S6PA 4CEOA 1Y97A 4AHRA 4CIGA 4CK3A 4DFPA 3AO5A 2I5JA 3SCXA 4QCLA 2VG6A 4KKOA 5FRNA 1RDCA 4W5QA 1B9DA 1S5JA 4M3UA 1ZBHA 1Z25A 3V1QA 1S1TA 3K5LA 2ETJA 1ASUA 3DRPA 1WAFA 3V9WA 2QKKA 4CGDA 4HVJA 1RT1A 3G10A 3ASMA 4J2DA 4N5SA 3AVAA 4FYDA 4CJEA 4YFUA 1HNIA 2OPPA 3AV9A 3WNHA 4CGJA 3EY1A 4AHCA 4DQPA 4O5BA 1QSSA 4PA1A 1J9AA 1HJRA 2HNDA 2RPIA 4HCBA 3HP6A 1LWCA 2QK9A 3QEIA 2HMIA 4Z4CA 4I9LA 1VSMA 3V9XA 2OPSA 3IG1A 1DLOA 3S3OA 3P83D 4FJXA 1Q9XA 4FK2A 3RWUA 3QEWA 3AVNA 3QIPA 2R7YA 1UA1A 1RT6A 2X6SA 1J53A 3M8PA 3O4QA 3D45A 4FJGA 1TKZA 1NJZA 1TKDA 2LSNA 1S1VA 3KK1A 3A2FA 2EX3A 1NKCA 3ZSWA 4F3TA 1S1UA 3V4IA 2X74A 5KRSA 5J2PA 1R0AA 1ZBFA 3HK2A 2D0BA 3DLBA 3VQ4A 1I39A 4FJ5A 2YNGA 3CFRA 1J54A 3RMAA 3AO4A 4JS4A 1NK9A 1L3UA 1J5OA 3SZ2A 3DLEA 3QESA 1XI1A 3SNNA 3G0ZA 3QIOA 2KZZA 5HP1A 3KLIA 1IH7A 2D0AA 3DOLA 4CERA 4CIFA 3EZ5A 3DLHA 4ID5A 3QNNA 4I2PA 4KFBA 3QETA 4B9SA 1QHTA 2JGUA 3NF6A 4OKKA 2WONA 1GOCA 3RRGA 4FLZA 4B9MA 3QLHA 3VN5A 1X9WA 3OYNA 5KTQA 1IO2A 3EYZA 3HL8A 3HT3A 1U48A 1BHLA 1XHZA 3OY9A 3MXJA 4BDZA 4HHTA 3OYJA 4ZTFA 1QE1A 4CHQA 1BCOA 1IKVA 1ZBUA 1VSJA 4KHQA 3RTVA 3ISNC 1VRTA 4DS5A 4FLTA 3PO5A 2E4LA 2Z1IA 4DS4A 2WOMA 3LP2A 4O4GA 4DSKA 1VRUA 2YHBA 3ZCMA 3L2QA 3F73A 3ZSOA 5FROA 4HTUA 4CGHA 4CGGA 4FLVA 2BDPA 3B6PA 4KTQA 3VQ7A 4CEFA 4N56A 3I0SA 2HHWA 5SWMA 1JXEA 4OLBA 1HYZA 4LSNA 1TK5A 3AVJA 5D3GA 1NOYA 4F2SA 2G8WA 1JL1A 3HYFA 4CHZA 1VSDA 3RMBA 1XWLA 4CJTA 2YNFA 1RT2A 3K58A 4FZYA 1TGOA 3P1GA 5HLFA 1T03A 4J2AA 4BACA 3HJFA 2YNIA 3KD1E 1WAJA 1I3AA 1KTQA 3K2PA 2KQ2A 4CFDA 4CJPA 4KRFA 3OYEA 3QEPA 2A1SA 3DRRA 3O3FA 5CY4A 4CF9A 1CXUA 3NHGA 3BGRA 4IKFA 4DWIA 1RT5A 5EU7A 3KTQA 3U6FA 1EP4A 4DQRA 4CEAA 4DSJA 3SV3A 1QQCA 3OYDA 4KO0A 4CIEA 4CGIA 4CJ3A 3AA5X 1XHXA 1REVA 3LALA 1NKEA 4CF2A 3IAYA 1C6VA 2G8KA 2VG5A 1K6YA 3LP3A 4MQ3A 2HB5A 2Q3SA 3HSTB 1RBSA 4OKJA 3ZT3A 4W5OA 1N6QA 4Z4GA 1UWBA 4B9UA 2YNHA 4M42A 2KFNA 1TK8A 1WSEA 3ULDA 1FKPA 4O0JA 4M3TA 1EKEA 4AHTA 3L2VA 2VG7A 3DLRA 1IKYA 1ZBLA 4ZHRA 3LZIA 3RR8A 3OS0A 2B5JA 4E0DA 3OYFA 1IG9A 1CXQA 1C0UA 3JYTA 2YKMA 3PX4A 2G8UA 4B9TA 4FJ7A 4KI6A 4YNQA 2DTUA 2YKNA 3U3YA 1ITGA 3VQ6A 4NYNA 1QTMA 3ZSRA 2NUBA 4CJWA 4I7FA 2X6NA 3K5NA 4DMNA 3ZSYA 3AVKA 3I0RA 3NFAA 4AHUA 3AVIA 2KTQA 3C6UA 4EP5A 4CGFA 3LP1A 1JLBA 4CK1A 3AVFA 3NH0A 2FBVA 2O4IA 1RTDA 4KHNA 1C0MA 1WSJA 2ZQBA 4DU4A 1U49A 5HRRA 4AHSA 1WSGA 3VQAA 3VA0A 2B6AA 4IG3A 1CLQA 5CZ2A 2IS3A 3AVCA 3KJVA 1X9MA 3MXIA 2HHTA 4CEDA 4H4OA 3NH1A 1C1CA 1RCHA 4I2QA 1XC9A 4DTNA 1BI4A 2KFZA 2B4JA 1A5WA 3I8DA 3AA3A 4ZTJA 3ZT0A 4J2EA 1IKWA 1YVUA 4HUGA 2DFEA 5KI6A 3CYMA 3AO3A 3SYZA 1LW0A 3TANA 3RMDA 4F4KA 3TABA 4NCAA 3KKRA 1VSIA 3CG7A 3DI6A 4GVMA 3LWMA 4Y1CA 2Y1IA 4Z4FA 3QO9A 4M41A 4CESA 3KKSA 1NK6A 2PYJA 3TI0A 3SQ1A 1RDAA 2F96A 1DTTA 4BWMA 4FM2A 3RRHA 4AILC 4RW7A 4DFKA 4W5RA 3AO1A 4RW9A 1NJYA 2KW4A 4FJHA 5J1EA 5I42A 5J2QA 1UAXA 4TSXA 4FK4A 1LAWA 3DRSA 3SV4A 2XY8A 4LY7A 1U4BA 4C8KA 4F2RA 3B6OA 3VQBA 1LWEA 4GW6A 1KVBA 3OYKA 3M8SA 1FKOA 3ZT1A 2KZMA 1RDBA 4B9VA 3D0PA 4FW1A 4LH5A 4DTRA 3OS2A 3C95A 3PX6A 4M45A 1NK4A 4AHVA 3DMJA 4Z0UA 1KVCA 3NF9A 4FZXC 1KLMA 4CJQA 1TL1A 1JLEA 4EP4A 1YTAA 2Z1JA 3U3GA 3CFPA 3SUOA 1SL0A 1RT3A 1S1XA 1TAQA 2HW3A 3L2UA 1HQUA 2HHXA 1HRHA 3VQ5A 2Y1JA 1BIUA 4KHWA 2XY5A 3HXMA 4CEQA 4LH4A 4CE9A 1B9FA 3VQCA 3TAEA 1ASWA 4OGEA 1JL2A 1HPZA 4CJ5A 1MU2A 3ALYA 3OJSA 1QS4A 2JLEA 1G15A 4RW8A 2E6LA 4WE1A 2OA8A 4Z4HA 1JLFA 3L8BA 1SL2A 3VQEA 4HCCA 1T7PA 3NDKA 1JLGA 4E89A 3KD5E 1SKWA 1RBTA 3AVBA 3S3NA 3SQ0A 3NCIA 4FVMA 3TAQA 5J2MA 4FM1A 4E7HA 4M3XA 4M3YA 4H8KA 2QKBA 2GV9A 4KTZA 1RTIA 3KLEA 1O1WA 1RT4A 1NJWA 2EHGA 3V9SA 4FJ9A 3V1RA 3HVTA 4HUEA 3L2WA 1KRPA 3AO2A 4CJKA 3AVLA 1LV5A 1LWFA 4K8XA 1ASVA 2X78A 1FK9A 1WSHA 2OPQA 4B9LA 1HYVA 2AJQA 4CFBA 1JKHA 5C25A 3TAPA 3SUNA 2IDOA 1L3VA 1VSEA 1QSYA 2A1RA 4B3OA 1NK0A 1ZBIA 2HVIA 4CJLA 2P5OA 4LSLA 4C8OA 5JS2A 2Z1GA 4E3SA 4ELVA 2RN2A 4O55A 2XHBA 3LZJA 2P5GA 3VA3A 3UIQA 1SL1A 4NCBA 4O44A 4DLEA 1SKRA 2PY5A 1D8YA 4CHYA 4UQGA 5CYQA 1Q9YA 3L2RA 3OS1A 3SI6A 3SQ4A 1BI4B 1X9SA 4CHOA 4E1MA 4EZ9A 1C1BA 4C8NA 1NJXA 2YV0X 2ATQA 3AA4A 4O0IA 3HPGA 2BGGA 4CF8A 2RKIA 1TVRA 4BDPA 1Q8IA 5FDLA 2IGIA 2FBXA 4FLWA 1L5UA 3IRXA 3DM2A 4CHPA 3S9HA 4NYFA 4DTUA 3AVHA 3TAMA 2G8IA 4CF1A 4N47A 3CFOA 3V1OA 3K5OA 4JRQA 3H08A 3O4NA 4ID1A 2HHSA 4OJRA 1CZBA 2O4GA 3QINA 3ZSXA 1ZYQA 4BWJA 1CZ9A 1KLNA 5K14A 4CCHA 4FK0A 4JS5A 3QERA 1SUQA 2FBYA 2IOCA 3VQDA 3L3VA 2GUIA 1T05A 5JS1A 1WSIA 3IS9A 1VSFA 3L3UA 4PUOA 4E19A 3TWHA 1YTUA 3KLFA 1RILA 3O3GA 1KFDA 1VK0A 4DSFA 4DTSA 5C24A 1BCMA 3T19A 4DF8A 3LAMA 3THVA 4KI4A 1NOZA 2FC0A 4IG0A 4OPJA 3MECA 4M3ZA 4DLGA 1KCFA 4CJFA 4FJIA 2XY6A 1W9HA 4KHUA 4ELUA 1C1AA 2G8VA 1SV5A 3CQ8A 2ZE2A 3QEVA 1JXBA 5HRNA 4DTPA 2ZD1A 1JLQA 3HO1A 3TR8A 2XRIA 3OYIA 3QNOA 2ITGA 1D9FA 4DTOA 4DF4A 3PV8A 4CEZA 1BGXT 1FXXA 1U45A 1TV6A 4XIUA 3T3FA 3MXMA 4W5TA 4KTWA 5T7BA 3MEEA 2VWJA 1KFSA 4CFAA 4F3OA 2HNZA 4PQUA 1TK0A 1W0HA 1U04A 1D9DA 4FM0A 4DSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFNL 4KPYA 2G8HA 2P9LB 3FZFA 3V81A 5B8HA 1D5AA 2PYLA 1BL3A 1E4FT 4BC4A 3F5TA 3K0SA 2KLAA 3BF1A 1Q82O 3ZSQA 4CJVA 4FLUA 5AQOA 3O80A 1KAYA 4FW2A 3L4QA 4B8AB 1NNEA 4IZ9A 3NAEA 4DTXA 2FF6A 3VEZA 3WXMB 3ZYYX 1T6DA 3OYHA 1TKXA 4ISGA 4F8RA 3A8YA 5GINA 1A5XA 5GAGP 4DTJA 4OPKA 2QWQA 3QEXA 5I3UA 2YHWA 4IBNA 4CZKA 3SPZA 3J7ZO 3HVRA 5AZJB 3NGIA 4C1NI 4CBXA 3PSFA 2E1YA 4PY5A 3R8EA 1BQNA 4KHYA 4WF9L 1RBRA 4LFCK 1WLJA 1NMDA 3V6DA 2HHUA 4BROA 4Q0BA 3J8AA 1X1PA 3KZBA 3OYAA 1N34K 4JI4K 2DPNA 2D0PA 3OJUA 4DSLA 3QBXA 2JWKA 3J80O 2A6AA 4JKFA 4B1VA 5CZ1A 4B9NA 2D0CA 4BE2A 4FWRA 4IDKA 3OYCA 1GOAA 1TYQA 3ZT2A 4RW6A 5AQVA 3WEEB 5FPDA 2F7TA 2HHVA 3AVGA 4FJMA 2HHHK 3D2FA 1EXQA 5J2NA 1RTJA 1QVGM 4JI8K 3S3MA 1CZAN 1KXPA 4RWTA 4G1QA 4FJLA 5KRTA 2ASOA 2YHAA 3ITHA 3LPUA 3LWLA 4DU1A 1DKGD 5FLXO 4OVLA 4FJNA 4JI2K 2XY7A 4DU3A 2HNYA 4FLXA 2ZJQL 5HROA 3MEGA 3WNFA 1BA0A 5CR4A 4M3RA 3TSPA 4AH9A 3K59A 1GLJO 1HLUA 3VGLA 3VQ8A 3NBPA 3OTOK 5EVZA 2QM1A 3OYMA 4I9QA 2DY4A 3NH2A 5JLHA 3VOVA 3A5NC 4CJRA 1X3MA 2ZJPL 3BDPA 1DGKN 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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