5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
3EY1A 4DMNA 1NK4A 4CK1A 4FVMA 5CZ2A 4CHZA 4O44A 3RR7A 4DSLA 2R7YA 3AV9A 3K57A 4B8AB 1ASWA 4DQSA 4KPYA 3AO1A 3OS0A 4FYDA 2X6SA 4GW6A 1LW2A 4IFVA 3O4NA 4E89A 4YFUA 3VA0A 4KO0A 4E7KA 1JL2A 2ZD1A 3SV4A 3QESA 2HHSA 3KIOA 1HJRA 4RW6A 4CK3A 1C6VA 4MQ3A 5FRMA 1ITGA 4FM1A 3WNHA 1QSYA 2F8TA 2HMIA 4M3TA 4NCBA 3AVIA 5CYQA 4CHPA 4DTRA 1J9AA 3L8BA 2I5JA 4KHUA 2G8WA 4Z4HA 4KI4A 3L3UA 4RW7A 3S9HA 4J2DA 2DY4A 3OYFA 2E4LA 3HVTA 4DG1A 3SUPA 3OYCA 1SL0A 3PY8A 2QK9A 1FKPA 2D0CA 1KSPA 5HRSA 4O5BA 3CYMA 3AVFA 4AH9A 3HM9A 1XC9A 1SL1A 4FJGA 4M3YA 1RTIA 3QIOA 4HUGA 3ISNC 4CHYA 4B3OA 3O4QA 4Q5VA 3ZSXA 1IG9A 2B5JA 3UIQA 5KRSA 3SV3A 1T05A 4BE2A 5FDLA 3ULDA 1L3UA 3NCIA 5J2QA 4DSJA 1TK5A 4ELTA 4KI6A 1ZBUA 4H4MA 1TKTA 1L3VA 1HNIA 3E01A 4BDPA 4W5RA 3B6OA 1IO2A 2ZQBA 1KVCA 3AO3A 4BACA 4YNQA 3V9WA 3TAEA 2P51A 4B9UA 4FJNA 2JGUA 4B08A 1WSGA 2ETJA 4CEAA 4CJEA 4JLHA 3T1AA 3HPGA 1WSFA 1EXQA 1RT6A 3ZCMA 5KRTA 1HNVA 1VSIA 1K6YA 1WSJA 1NK8A 1L3TA 4KTQA 3S3MA 4RW4A 5KGXA 1VSJA 1VSHA 4FZZA 4C8KA 4CJSA 3LPTA 5J2PA 2HNZA 1TGOA 4CFDA 1TL3A 1X9SA 1EX4A 1EETA 3G10A 4CGJA 3KK3A 3RRHA 4DS5A 2G8UA 1KCFA 3VQCA 3AVHA 4M41A 4LH5A 1JLQA 1BHLA 5HRPA 3V9XA 4FJHA 1TKXA 3AA2A 4ICLA 4DQRA 3KK1A 1RT2A 1HQUA 3CFRA 3TR8A 1RT1A 3DOLA 2B6AA 3NGYA 4DQIA 2HHXA 4AHUA 1D5AA 3DRRA 3V4IA 4M42A 4FCYA 4CJWA 3TABA 1HRHA 1XWLA 2FBTA 1HYZA 1Q8IA 3HL8A 3HJFA 4FLWA 1TK8A 2RF2A 4OPJA 5CY4A 3EYZA 1WNSA 1A5VA 1KRPA 3NE6A 4DLEA 1BI4B 4CF2A 4DQPA 1TKZA 2XY5A 1S1TA 3HP9A 4LH4A 3TWHA 1KLMA 3DOKA 5HLFA 1KFDA 3VQBA 4Z4CA 3C6UA 3OY9A 2FC0A 3DM2A 4B9MA 4DU3A 4CEOA 4L8RB 4H8KA 4FJKA 4IBNA 4N5SA 3AVGA 4AHTA 1EP4A 4FLZA 4E0DA 1XHXA 4HVJA 1GOAA 2PYJA 4EP4A 3NDKA 2FBVA 1LWEA 3L3VA 1VSKA 3OYAA 3V6DA 1X9WA 3K2PA 4DTMA 3OYEA 3PO4A 1GOCA 1LW0A 3OJUA 3KTQA 2QXFA 3SPYA 1C1CA 3AVBA 3MEGA 2XO7A 3LWLA 1Y97A 2Z1HA 1ZBFA 4CJPA 2GUIA 1TL1A 4CIEA 3C6TA 4KTZA 2EX3A 3VA3A 4DTOA 1REVA 1WLJA 3ZSRA 5I42A 4H4OA 4CJFA 4AHVA 4M3XA 4QOZB 4F3TA 3DMJA 2LSNA 5DK5A 3M8PA 1SKSA 4ELUA 1BGXT 1MU2A 1YTAA 2Y1IA 3DLBA 3NF7A 1WN7A 3V81A 5HROA 2B4JA 4Z4IA 1LAVA 4CHOA 1CLQA 1G15A 4DSEA 3LP3A 1RT3A 1WAJA 1C1AA 1WSIA 4LY7A 4OGCA 4M3UA 1W9HA 2OYQA 3HSTB 4I9LA 3ZSZA 3I8DA 2YNFA 4DF4A 3AA4A 1JL1A 4JRQA 4R5PA 1ASVA 3RMCA 3V9UA 4B9VA 2YNIA 1QE1A 2Y1JA 1FXXA 2RN2A 2A1SA 1TAQA 1F21A 4F2RA 4FZYA 4IKFA 4FK4A 4KREA 3IG1A 4CJ5A 3M8QA 1NOZA 4CFAA 1TK0A 4DTJA 1VRUA 1FKOA 2KZMA 4CHQA 4FJ8A 4W5QA 4CF9A 5KTQA 1RBVA 4DTPA 3KLIA 4QCLA 4E1NA 1O1WA 3V9ZA 3LZJA 4ZTJA 1YTUA 2VG5A 1S6PA 2VG6A 4AHSA 4B8CA 2XY8A 4C8OA 4CJLA 4DSIA 4Y1DA 3G0ZA 3OYHA 4IG3A 4CJKA 1X9MA 3S3OA 1QTMA 4HUFA 2E6MA 3QLHA 4WE1A 3QNOA 1NJZA 2OZMA 4JS5A 2YHBA 3H08A 3ALYA 1ZBLA 3NF6A 3L2WA 2FBXA 1A5XA 4CJVA 2Z1JA 3KJVA 2W42A 4CERA 3ZSOA 4CECA 3MXIA 4KB1A 3VQ8A 1NK6A 1ZBIA 3ZT0A 2KQ2A 4B9NA 3V1QA 4I2QA 1VK0A 3NF9A 4FLXA 4GMJB 3SI6A 4KHYA 3QEPA 1JLBA 2YKMA 2KFZA 4AHCA 1YT3A 5DMRA 4CJRA 3PO5A 1HYVA 4EZ6A 3VQPA 1VSLA 1CXUA 3TAMA 4CGDA 1HYSA 1VSDA 1L3SA 4DFKA 4FJLA 2F96A 3CM5A 4RW8A 4KHWA 1U47A 1GOBA 1N5YA 2QKBA 3TAGA 4LSNA 2BDPA 2Q3SA 3SQ2A 3AA3A 3VQ9A 2D5RA 2RKIA 3AVJA 5KI6A 3ZT3A 3SYZA 2PYLA 1KLNA 3C95A 3PUFA 1JKHA 4F8RA 2IS3A 4CE9A 3VQ6A 2ATQA 3RR8A 1VRTA 2YV0X 3T3FA 4DFPA 1RNHA 5I3UA 1FK9A 4J2EA 3MEDA 3VQ4A 4KKOA 4XIUA 5HRRA 1JXBA 2Z1GA 3QINA 3NGZA 4BE1A 2FBYA 3LP2A 1RTDA 3OS1A 3PX4A 1D8YA 2G8FA 4HCCA 1CZ9A 1R0AA 2P1JA 4FJ5A 3RWUA 4CJ4A 4Q0BA 2XY7A 1IKXA 3SUQA 3LALA 1T8EA 4FK2A 2YNGA 4M3ZA 1YVUA 4FZXC 1LWCA 4DF8A 3TARA 1RTHA 3NF8A 1DLOA 3L2UA 4CF1A 4Z0UA 2VWJA 1NK9A 3IAYA 5KGWA 4QAGA 4DS4A 3PX0A 2P5OA 4CFCA 4HUEA 2KTQA 3DRSA 1SKWA 5HRNA 3ITHA 3OYLA 1C0UA 4W5TA 4IG0A 4MFBA 3U3GA 3QEWA 4UQGA 4KV8A 1XI1A 4EZ9A 3AVMA 4CIFA 3TAPA 1I39A 4FLUA 4ID1A 3HVRA 1S6QA 4NYFA 1SUQA 4OKKA 3OYIA 3EZ5A 4KB0A 4FJ9A 4CEQA 4CESA 2G8KA 4E19A 4NCAA 1T7PA 2HHVA 3VQ7A 3ZT4A 4CEEA 3OJSA 3ZT2A 1B9FA 1I3AA 1CXQA 1RILA 1RT4A 1B9DA 2WOMA 2PY5A 3QERA 4N76A 4DQQA 2HHQA 3RMAA 1RT7A 3DYAA 5CYMA 5JS1A 2EHGA 4CJ3A 3OYDA 3K5NA 1LV5A 3VQAA 3TANA 3D0PA 3MXMA 4B9SA 2OPSA 3JYTA 3AVKA 3P1GA 4KHSA 3ZT1A 4CF8A 3QNNA 3S3NA 3OYBA 4CGIA 4LD0A 1RBUA 3KD5E 2X6NA 1JLEA 3VQDA 2KW4A 3TAFA 1UA1A 1SL2A 2AJQA 2HB5A 3DLGA 4CK2A 2Z1IA 4DSKA 1ASUA 2X78A 4FW1A 3NGIA 4CEFA 3NH0A 4KHQA 3V1RA 2D0BA 1L5UA 4F2SA 4HTUA 1NJWA 2KZZA 2ITGA 2GV9A 1Z26A 1TVRA 5JS2A 1UA0A 4J2BA 4ZTFA 3WNGA 1KVBA 2YHAA 1NK0A 3DLRA 2XHBA 3KK2A 2BGGA 2DFEA 3P5JA 5FROA 3MEEA 2O4GA 3VQEA 4DU1A 4RG8A 3AVAA 2YNHA 3V1OA 2G8VA 3L2QA 3FFIA 3SUOA 2HHUA 1Z25A 2PZSA 3OVNA 3OYGA 2DFFA 4PA1A 4E1MA 1S1VA 5J2MA 1RTJA 4CGHA 3KD1E 1QHTA 4CFBA 3I0RA 2E6LA 2F8SA 3DLKA 3NH1A 4FM0A 1S9EA 3K58A 4Z4GA 1LWFA 5SWMA 3AO5A 3F9KA 3HP6A 3F73A 3QEXA 1QS4A 2IAJA 1DTTA 1QQCA 4CGFA 1JLFA 4CJTA 3OYNA 4OKJA 4FLTA 4B9LA 4FM2A 1BIZA 4Z4FA 3HO1A 3QIPA 3SNNA 4E3SA 4PUOA 5K14A 3ZSYA 3OS2A 3KKSA 4BWMA 4OKEA 4FLYA 3JSMA 3NH2A 4K8XA 1BQMA 1J53A 3WNFA 5FRNA 1CZBA 1KTQA 3V9SA 3QETA 4DTSA 1BCMA 3U6FA 1TV6A 2XY6A 4JS4A 2BE2A 4AILC 4O4GA 3PX6A 4KFBA 3K59A 2HVHA 4E7IA 5CZ1A 3SJJA 1UOCA 3KLGA 1C0MA 4DTXA 4I7FA 2OPRA 4AHRA 3PV8A 3O3GA 1WAFA 1WSHA 1TKDA 1KVAA 3HPOA 2KFNA 1BCOA 2IC3A 3SQ1A 3CFPA 1S5JA 4N41A 1JLCA 4CHNA 3M8RA 4E7HA 2OA8A 3KLEA 3ASMA 4FLVA 4CEDA 5C25A 4CF0A 3SQ0A 4BE0A 2ZE2A 4F3OA 3QEIA 1U49A 3OYKA 3CQ8A 1NK5A 1HQEA 3K5LA 3NHGA 2OZSA 4C8LA 3DRPA 1IKYA 1JLGA 4N56A 2IOCA 3RTVA 4NYNA 3SZ2A 4DSFA 1D9FA 3RRGA 3CG7A 3DI6A 4ZHRA 4N47A 1TAUA 3NFAA 1NKEA 1IKWA 4J2AA 3C94A 3P83D 3RMDA 1A5WA 1U45A 1S1WA 4TSXA 2HW3A 4CIGA 4PY5A 3LPUA 4IDKA 3ZSVA 4W5OA 2DTUA 1HPZA 4W5NA 1S1UA 2O4IA 1RCHA 3IS9A 1X1PA 5C24A 4LSLA 3L2RA 1RBSA 3QO9A 1U4BA 1RDDA 3LAKA 1C1BA 4I2PA 1WSEA 3HPHA 1NKBA 3B6PA 5T7BA 1N6QA 1QSSA 3K5OA 3KLHA 4KRFA 4G1QA 3NAEA 1BI4A 1EKEA 4E7LA 1KFSA 4CCHA 2HVIA 1DTQA 3QEVA 1RBRA 1RDAA 3CM6A 2HHWA 4CEZA 5SZTA 4PQUA 4CGGA 3DLHA 1NJYA 3HT3A 3HK2A 3TI0A 4FJXA 4OPKA 4HCBA 5C42A 4K8ZA 3ZSQA 1J5OA 4RW9A 1Q9YA 2YKNA 2NUBA 1SKRA 4FJ7A 3OYMA 4M3WA 1C0TA 4IFYA 3K5MA 1Q9XA 5HP1A 4DFJA 3O3FA 1NJXA 2VWKA 3LDSA 1SV5A 3KLFA 2IDOA 4BDYA 4DU4A 4O0JA 4DFMA 2D0AA 1T03A 4OLAA 4Z4EA 3T19A 4B9TA 3LANA 2P5GA 3A2FA 4C8NA 3THVA 1U48A 1VSMA 1UAXA 5E41A 1NKCA 3BDPA 4Y1CA 4FJIA 1IH7A 4NCGA 2HNYA 2VG7A 4OVLA 4OLBA 4M3RA 3WNEA 4PWDA 2HHTA 4OGEA 4FJJA 3AA5X 3RMBA 1BIUA 1D9DA 4JRPA 1NK7A 1S9GA 1W0HA 3SUNA 3O3HA 5D3GA 1HMVA 2GBZA 4O0IA 4DTNA 4BDZA 4I9QA 3VQ5A 2X74A 4M45A 4HHTA 4C8MA 4CEBA 4CJQA 1RBTA 1S1XA 2QKKA 3LAMA 1IKVA 3OYJA 4CJUA 4DLGA 5J2NA 3SCXA 4FJMA 1ZBHA 4FW2A 3AO2A 3I0SA 4DTUA 1BL3A 3LZIA 4KHNA 4O55A 1BQNA 1B92A 4ID5A 1VSFA 3LP0A 1J54A 4FXDA 4EP5A 3MECA 3SQ4A 4FK0A 3MAQA 3KKRA 3AVCA 3D45A 3HYFA 4GVMA 1VSEA 1UWBA 2RPIA 5J1EA 3SPZA 2OPPA 1ZYQA 1BISA 1JXEA 2WONA 3NBPA 1LAWA 4ELVA 1XHZA 3LP1A 3TAQA 3LWMA 1RDCA 2G8HA 4KAZA 3BGRA 2XRIA 4KTWA 4E7JA 3U3YA 2HNDA 5EU7A 2DFHA 2JLEA 2OPQA 1RT5A 3VN5A 1NOYA 3AVNA 3HXMA 5HBMA 4DWIA 2G8IA 1RDBA 1U04A 4BWJA 1JLAA 4OJRA 3IRXA 3MXJA 3DLEA 3AO4A 3AVLA 4F4KA 2BANA 3L2VA 3CFOA 2A1RA 1QSLA 3ZSWA 3M8SA 2IGIA 3VQQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI2K 4CK1A 4O44A 4GVEA 4BR5A 2R7YA 4MDBA 3QBWA 3ULEB 1D4XA 1LW2A 4IFVA 1JL2A 4AM7A 5GIPA 4RW6A 1LCUA 3K0SA 2FSNA 3CQYA 2F8TA 4CW7B 4M3TA 3AVIA 5CYQA 3OHRA 2I5JA 5FLXO 4FWPA 1HKGA 4HTLA 4RW7A 2QM1A 2QK9A 2UYTA 3SMSA 4AH9A 5A2QO 3TU5A 3EL2A 1IG9A 4CBWA 3SV3A 4OO1J 2GUPA 5J2QA 5BN9A 1TKTA 3E01A 4B3TK 2HF3A 2ZQBA 4BACA 2E88A 2P51A 1QZ5A 1KXPA 2P9PA 2HOEA 4IO8A 1KAYA 3T1AA 4GV6A 1YJWN 1J6ZA 3CIPA 4HWIA 4C8KA 4FOEA 2HNZA 2I7NA 2NRZA 1TL3A 2PFUA 4H5VA 4CGJA 1KCFA 1OKJA 3MMVA 3MN9A 1SZ2A 4FJHA 2O8BB 4X65K 3KK1A 3Q7CA 2UXBK 3TR8A 5C2FA 1D5AA 3DRRA 3VGMA 1HRHA 4QS9A 1HYZA 2OCEA 2A5XA 5AQSA 4FLWA 1LOTB 3EYZA 2QW9A 3NE6A 4CF2A 4DQPA 2ZGZA 1TKZA 3VGLA 3C6UA 3DM2A 1QVFM 4IDHA 4L8RB 4H8KA 4YOWA 4E0DA 1HKBA 4AHTA 3D6RA 2PYJA 4A59A 3OYAA 4BR9A 4BC5A 3OYEA 3KD5E 3OJUA 2XO7A 3MN5A 3I33A 1Y97A 2Z1HA 4CJPA 4CIEA 3WXIA 3VA3A 1REVA 3ZSRA 4Z94A 1X9JA 4CJFA 2LSNA 5DK5A 1VQMN 1C0FA 1SKSA 3THYB 2EWSA 3WXLA 1BA1A 1R59O 4BGAA 1WSIA 4OGCA 3HBTA 1W9HA 5KPRA 3ZSZA 4I9LA 3I8DA 1NGAA 4BR0A 3AA4A 1JL1A 4FWMA 2D1KA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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