5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
4KHUA 4DF4A 3LAMA 2P1JA 4DG1A 1RT3A 1A5WA 4KO0A 3MEGA 5HRPA 2BGGA 3VQDA 2E6MA 4CIEA 3PO5A 4DSJA 4AHUA 3EY1A 4K8XA 3HPHA 4FM1A 1C0MA 5HRSA 3SZ2A 4J2AA 3LP1A 1KVCA 4CJQA 4DSIA 4KB1A 3WNGA 1BCOA 4HCBA 3VQ4A 2JGUA 2HNZA 4FCYA 2HHVA 3ZT4A 4OKEA 4IG0A 4DQSA 3K5OA 2IGIA 3O4NA 2YKNA 4KTWA 4BWMA 2E6LA 3KKSA 4B9LA 3AVIA 1Z25A 3L3VA 3RMDA 1BISA 4R5PA 4Z4FA 1S9EA 1NKEA 2HVHA 3M8RA 3ZT3A 3RMAA 3VQQA 2OPRA 4KPYA 1N6QA 4M3TA 1B9DA 4RW4A 4ELUA 4I9LA 2G8WA 1UWBA 1JLBA 3V6DA 1JLQA 2OZSA 4E0DA 1LWCA 1S5JA 4FZYA 4PA1A 1HNIA 4FJHA 2AJQA 1SUQA 1BCMA 3JYTA 3LP0A 1T8EA 2OA8A 1RDBA 4B9VA 3RWUA 4HUEA 1QHTA 1J54A 1ZBUA 5J2MA 1KVBA 3TI0A 5T7BA 3KJVA 1QE1A 3V9SA 3P5JA 4HTUA 4IKFA 1TV6A 1WSGA 1XC9A 4ZHRA 2P51A 3QIPA 4CJEA 3ZSRA 3AVHA 1IKYA 5EU7A 3KLHA 4TSXA 3NH2A 4KHQA 4Z4GA 4CGIA 1L3VA 4FJ7A 3ULDA 4B9NA 2LSNA 3K5LA 2DFFA 1ZBLA 1F21A 1D9DA 2OPPA 4IFVA 4HVJA 3BGRA 4LSLA 1LW0A 4BDPA 1J53A 3SYZA 4FLWA 3L2WA 1T03A 4O44A 5KI6A 4OVLA 4ZTFA 4PY5A 3KK2A 3NH0A 2XO7A 3PY8A 3OS0A 1DTQA 1RCHA 2D0CA 1J5OA 1TK0A 1S1VA 3AVBA 3C95A 3OYBA 1KSPA 3ZSXA 1B9FA 4CERA 5KTQA 3QETA 1EX4A 1BIUA 4BACA 3SPYA 3A2FA 3EYZA 5JS2A 3PX0A 2OPSA 3MXMA 3NF9A 1VSIA 3V1OA 4N5SA 1R0AA 2OZMA 5K14A 4GMJB 3QIOA 2B5JA 1RDCA 1VSJA 4DWIA 5CZ1A 1VSEA 2BDPA 1FKOA 4LSNA 4KV8A 4NCGA 4EP4A 4FLTA 4H4OA 4DS5A 4KHWA 2DTUA 3KLIA 4FLUA 3ASMA 3O3FA 1S1XA 4KFBA 3C6UA 4MQ3A 4C8MA 3TARA 3G10A 3LPTA 1RILA 3I0SA 1VK0A 3VA3A 3VQBA 1KLMA 4PQUA 3TAEA 4W5QA 2IS3A 2VG5A 4CHYA 1XWLA 3LANA 1GOCA 4CHOA 1X9SA 3C6TA 1U49A 2GV9A 1SL0A 2KTQA 3AV9A 2DFHA 2XRIA 1FXXA 4MFBA 2W42A 1BL3A 4ID5A 4N47A 4FM0A 3DOKA 4FK0A 1HYSA 1D8YA 4O0JA 3SNNA 3PX4A 2KFZA 3VQ6A 1NKBA 3RR8A 3WNHA 3CG7A 1RBSA 4RW6A 1BHLA 4H8KA 3AA4A 3THVA 4CFDA 2FC0A 4OLAA 4Y1DA 4Z0UA 1I39A 3O3HA 4E7HA 4DTPA 4KRFA 1L3UA 3HO1A 1HQUA 4F3OA 3DLKA 2XY8A 4CJVA 1SKRA 1C1AA 2KQ2A 1ASVA 1BGXT 1IKWA 3HPOA 2G8UA 4AILC 1ASWA 3V81A 4Q0BA 2XY6A 1NJZA 1RT2A 1C0TA 1CZBA 1WSEA 3QINA 4CEOA 3OYEA 3OYKA 3K58A 4I2QA 1I3AA 1TKTA 1IKVA 3PUFA 3VQEA 1RBTA 3RMCA 3LP3A 5CY4A 2GBZA 1EKEA 1T7PA 2WONA 2PY5A 4CCHA 1QTMA 4KTQA 4FXDA 2HNDA 3LAKA 4CJLA 1WSJA 3VQ9A 3S9HA 1L3SA 4CECA 4FJ5A 1J9AA 4DTXA 3SI6A 5D3GA 1A5XA 1HPZA 4OKJA 3DYAA 2QKKA 3BDPA 1WNSA 1SV5A 2OYQA 1NK7A 3VN5A 3TAQA 3HK2A 4BE0A 3LWMA 1HYZA 5HBMA 1BIZA 2YKMA 2G8HA 2EHGA 3AO3A 3OJSA 3AVFA 3KKRA 4N41A 4OPJA 4W5TA 3ZSVA 4W5RA 2R7YA 3HJFA 3QEWA 3U3YA 1SKWA 4CEEA 4M42A 3U3GA 1IKXA 4NYNA 2YNHA 4CHZA 4FJIA 5FRMA 2YNIA 3CFRA 3DI6A 3H08A 4OGCA 3ZSYA 1TKDA 4CGFA 1C1BA 1RT4A 2Z1HA 3SUPA 4HHTA 3E01A 3NF7A 2XY7A 3OYCA 1RTDA 4F4KA 3OYAA 1BI4A 2X78A 4DLGA 4F3TA 4PWDA 2Z1IA 3SPZA 4ELTA 4E89A 1VRTA 3VQPA 4CHNA 3K57A 2P5GA 4AHVA 4FJNA 1BI4B 4KHYA 1TK8A 4J2EA 1K6YA 4O5BA 4OLBA 5HRRA 3QEPA 4FJJA 3HT3A 4IFYA 2HMIA 1NOYA 3DLHA 2FBTA 1RTJA 4CJPA 5J2NA 1S1TA 3L2RA 4FW1A 2GUIA 3OYIA 4M3RA 4W5OA 3HVTA 4QOZB 1ASUA 3SCXA 3LALA 3NGYA 4JLHA 2HHSA 2A1RA 1JLFA 2X6NA 1RBVA 2JLEA 4IG3A 4OGEA 4YFUA 1S1UA 2DFEA 1QSYA 4FJXA 1NJWA 3AVNA 1NOZA 1ZBIA 1YTUA 3RR7A 4EZ9A 4KHNA 4JS5A 3QNNA 3NBPA 3QEVA 1O1WA 1VSDA 4UQGA 3KD5E 4KI4A 3OJUA 1SL1A 4CGHA 1HNVA 4M3ZA 4QCLA 2VWKA 5J1EA 3CQ8A 4E1MA 1QS4A 3I0RA 3HP9A 1YTAA 4CEBA 3HL8A 4EP5A 3OYHA 4OPKA 3U6FA 1HRHA 3AO1A 3ZSWA 3QESA 4FK2A 4FZZA 1RT6A 3FFIA 3VA0A 3T19A 5C25A 1SKSA 3UIQA 4BE1A 5DK5A 1ZYQA 4Y1CA 3TABA 5KRSA 3LDSA 3SV4A 1NK6A 1JXEA 1RTIA 4BWJA 1S6QA 3NF8A 1BQNA 1MU2A 1VSFA 1WAJA 1TAQA 3S3OA 1IO2A 2B4JA 3RMBA 2F8TA 1XHZA 3SQ1A 2XY5A 4DQIA 1X1PA 1RDAA 2HNYA 4CJ4A 3OS2A 1IG9A 1LAVA 3IAYA 5JS1A 4B8CA 3C94A 4FJLA 2WOMA 1L5UA 4B9MA 2RKIA 4KHSA 2YNGA 3HYFA 1NK5A 5KGWA 5HLFA 3AVMA 4B9UA 3L2QA 1S6PA 1RBUA 4IDKA 3AVCA 3AVJA 3T1AA 3TAMA 4CEQA 4FM2A 1U45A 2I5JA 2G8IA 2F8SA 4E1NA 4CGGA 3F9KA 4FLZA 4N56A 4JS4A 4O4GA 1XHXA 5J2PA 5DMRA 3V1QA 3T3FA 1KFDA 1TAUA 4NYFA 4KB0A 3OYJA 1KCFA 1VSMA 5C24A 3NFAA 4DSLA 4B9SA 3AVLA 4DFKA 3QERA 3DLBA 2O4IA 3ZT0A 2ZD1A 3SUNA 1B92A 3K2PA 3OYMA 3NCIA 2YHBA 1CXQA 4IBNA 2FBVA 3MXIA 1U4BA 3LZIA 3M8PA 2NUBA 4O55A 4RG8A 4B3OA 4OKKA 1CXUA 2IDOA 2X6SA 4I2PA 4WE1A 2YNFA 1C6VA 4CJWA 3PV8A 1XI1A 4J2DA 4HUGA 5SZTA 4GVMA 4CEAA 3EZ5A 4DQQA 4FLYA 3ISNC 1HQEA 4CF0A 2ATQA 4DTUA 2D0BA 3OS1A 2Y1IA 3F73A 2KFNA 4CF9A 3NH1A 4EZ6A 1KVAA 1JLGA 4DS4A 2D0AA 4DQPA 1UA1A 3O4QA 1WAFA 1RBRA 3NHGA 3RTVA 3OVNA 4CF2A 3AA5X 1ZBHA 1Y97A 4CGJA 2HHWA 4CF1A 1QSLA 3KLFA 4CFCA 2HHQA 3NAEA 3TAGA 1RDDA 5HROA 5HP1A 3AA2A 3VQ8A 1C1CA 4LH5A 4FJKA 3V1RA 1CLQA 4KI6A 1Q9YA 4CEDA 4DSEA 5J2QA 2IAJA 3M8QA 1WLJA 1JLEA 4M3YA 3OYLA 5CZ2A 3V9XA 4F8RA 3HSTB 4CEFA 1N5YA 4N76A 3MXJA 2XHBA 1KTQA 3NF6A 1TL3A 3PO4A 1NJXA 3I8DA 2KZMA 2ZE2A 3CM5A 5FDLA 4O0IA 4E19A 4FJMA 3D45A 4CF8A 3LZJA 4I9QA 3KIOA 4PUOA 4M3WA 1DTTA 1RT5A 3CYMA 3OYNA 4CIGA 1NK9A 2IC3A 4NCAA 1GOBA 2O4GA 5SWMA 3AO2A 4KREA 1EXQA 2DY4A 1TVRA 5I42A 4DMNA 1JL1A 4DTNA 1W0HA 3IG1A 4C8KA 4FJGA 1HMVA 1JL2A 4DU3A 3MEDA 4B08A 3NE6A 2Z1GA 4G1QA 4ICLA 4DSKA 4JRPA 3TWHA 3PX6A 3RRGA 1NJYA 1D5AA 2OPQA 2PZSA 2FBYA 3KD1E 1T05A 4CJFA 2ZQBA 4RW7A 3OYFA 4Z4IA 1YT3A 3TR8A 4Z4HA 1ZBFA 4DU4A 3VQAA 2Q3SA 4CFAA 1FK9A 2VG6A 3M8SA 3L8BA 1KRPA 2HW3A 1S9GA 4DTJA 4AHTA 4QAGA 1Z26A 3CFOA 3O3GA 3HP6A 1LWEA 2ETJA 3DLRA 4YNQA 3L3UA 3B6PA 3AA3A 1TKZA 4LH4A 4AHSA 5KGXA 3KLGA 4B8AB 3NDKA 1QSSA 4C8OA 4DF8A 4M45A 2HVIA 3RRHA 4RW8A 4CJKA 3DOLA 3CFPA 2EX3A 2G8KA 1BQMA 2BE2A 3L2UA 4FJ9A 1U47A 1UOCA 4BE2A 4HUFA 1NK0A 1GOAA 2RN2A 3KLEA 3QNOA 3VQ5A 3SQ2A 3SJJA 1LV5A 1RNHA 1G15A 3VQ7A 4BDYA 4K8ZA 4GW6A 1A5VA 3S3NA 4HCCA 5KRTA 2KW4A 4NCBA 3DRSA 1VSHA 3MECA 3NGIA 3AO4A 3KK1A 1QQCA 4CK2A 3LWLA 1WSFA 2QKBA 1REVA 1SL2A 2G8VA 1U48A 3K59A 3OYDA 4AHRA 4DTRA 1W9HA 2ITGA 1RT7A 3SUQA 1X9MA 2A1SA 3DMJA 2P5OA 3IS9A 2QK9A 1EP4A 4F2RA 4CJ5A 4CJ3A 3ALYA 1YVUA 3OY9A 1RTHA 1TGOA 3HXMA 1HYVA 4KKOA 3K5MA 4CHQA 5CYQA 3G0ZA 1UA0A 3KK3A 3S3MA 3AO5A 1NKCA 1D9FA 3DRPA 3ITHA 3TANA 1NK4A 3ZSZA 1X9WA 4H4MA 4CHPA 4CIFA 2IOCA 3K5NA 2KZZA 1CZ9A 3SUOA 4Z4EA 1TL1A 1JKHA 4KTZA 3NGZA 4CFBA 4E7IA 4AH9A 2X74A 3V9UA 1WSHA 1Q8IA 3DRRA 4DLEA 4FYDA 3TAFA 1KLNA 3SQ4A 1FKPA 4OJRA 3DLEA 2Y1JA 2B6AA 3HM9A 2RPIA 1C0UA 1DLOA 4DSFA 3B6OA 1LAWA 2FBXA 3DLGA 4DTSA 4CGDA 4J2BA 1WSIA 4L8RB 5FRNA 3WNFA 1VSLA 3HPGA 3IRXA 4FW2A 4E7JA 1VSKA 4CJTA 3ZT2A 2PYJA 4B9TA 4ID1A 4RW9A 5E41A 2PYLA 4DTMA 3QO9A 2VG7A 3OYGA 4DU1A 4AHCA 1UAXA 3QEXA 3ZSOA 4CE9A 1L3TA 1S1WA 3L2VA 2HHUA 4CK1A 3MEEA 3D0PA 4DQRA 1KFSA 4DTOA 3P83D 2G8FA 4LY7A 2BANA 4I7FA 1JXBA 4E3SA 1JLAA 4Q5VA 4FZXC 3ZT1A 4ZTJA 1JLCA 2YV0X 3ZSQA 3AVGA 3LP2A 4CJUA 4DFMA 4XIUA 3SQ0A 4FVMA 1TK5A 3P1GA 4Z4CA 3MAQA 1IH7A 4CESA 1LWFA 3AVAA 1HJRA 2D5RA 1LW2A 1VRUA 2F96A 3AVKA 3WNEA 4LD0A 5FROA 3JSMA 4JRQA 3V9ZA 4ELVA 4CK3A 1U04A 4CEZA 4C8NA 2E4LA 3SV3A 1Q9XA 2VWJA 1RT1A 4C8LA 2YHAA 1WN7A 2HHTA 3V9WA 3DM2A 3CM6A 4FLVA 4M3XA 4E7LA 2QXFA 5HRNA 4DFJA 3QEIA 3V4IA 1NK8A 5C42A 3LPUA 2HB5A 1EETA 4DFPA 5I3UA 4CJRA 4M41A 4FJ8A 3VQCA 4CJSA 4KAZA 3KTQA 3TAPA 3HVRA 4BDZA 4FLXA 4E7KA 4F2SA 3ZCMA 2RF2A 1ITGA 2Z1JA 5CYMA 3QLHA 2HHXA 1TKXA 4W5NA 4FK4A 4M3UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SK3A 4KHUA 2ZF5O 2VGNA 3MEGA 1KXPA 4B3SK 4AHUA 3VOVA 5ADXA 3FZFA 5HRSA 3CCMN 3SZ2A 3PIOL 4KB1A 3WNGA 1NBWA 4DCHA 4DV1K 4FCYA 4HCBA 2OCEA 4OKEA 1HX1A 2YHYA 3O4NA 2YKNA 3KKSA 1Z25A 1XNQK 1BISA 3RSEB 4R5PA 3UB5A 2HVHA 2I7PA 4CI6A 5AZIB 1S72N 1E4FT 2O8EA 1VAZA 4RW4A 3VF4A 4ELUA 3PLAA 4I9LA 1YF5L 3O9TA 4E0DA 1LWCA 4LF4K 3FE1A 4FZYA 4EHUA 3JYTA 3LP0A 1T8EA 2OA8A 5F2RA 1ZBUA 2VGMA 3ENHA 4DR5K 1S22A 3V9SA 4IKFA 1TV6A 4JI3K 4CVNE 3CC4N 1ZBSA 3AVHA 1OH5A 5EU7A 4TSXA 1VQ7N 4H5VA 4KHQA 3BY5A 3T69A 3K5LA 4BDPA 1J53A 3SYZA 3GE1A 4YOXA 3L2WA 1YAGA 5KI6A 4HWIA 4PKHA 3KK2A 4FWQA 4CZHA 4FPAA 5AQNA 5GINA 1J5OA 1TK0A 4IXCA 1MDUB 1KSPA 5AQIA 1B9FA 5KTQA 4JHDA 1T6CA 3A2FA 4LFCK 1R0AA 2OZMA 2OPSA 1Z05A 4BRMA 1RDCA 3MK6A 2J4RA 1FKOA 4LSNA 4NCGA 4F9OA 4BR5A 3C7NA 2DTUA 3ASMA 5H1SQ 4MQ3A 3CCLN 2W6KA 3LPTA 3VA3A 3VQBA 2NRHA 4PQUA 4W5QA 2IS3A 2QXLA 1X9SA 1GOCA 3VTHA 1BU6O 2JWLA 3M6GA 4MFBA 2DY4A 2FSKA 3DOKA 1D8YA 1P90A 3U9DA 3VQ6A 4CBWA 5AQVA 1NKBA 3RR8A 4H8KA 5AQMA 4DHYA 4Y1DA 4Z0UA 4KRFA 4DTPA 4IOCL 2E2QA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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