5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
4CJUA 1TAUA 4O4GA 4N5SA 3OS0A 2KZMA 2YHBA 3OYCA 4DMNA 1UOCA 4IDKA 1SV5A 4CK1A 4C8MA 1S9EA 1WN7A 4KRFA 4B9MA 1U04A 4DS5A 1U47A 1SL1A 4JS5A 1IKXA 4FW1A 2LSNA 4CJWA 3OYAA 3AVIA 4FJJA 4FJ5A 1HQEA 5CZ1A 1FK9A 4CHQA 1S9GA 3B6PA 5CYQA 4AHUA 3DMJA 3TANA 3DLGA 4JS4A 1KLNA 4KB0A 3OVNA 4CK2A 3KD1E 2RN2A 1JLBA 3AVBA 4M45A 3PY8A 2G8FA 2G8IA 3ZSVA 3NF7A 3KTQA 2O4GA 1J5OA 4Z0UA 4CJVA 4RW6A 3PX6A 4DF8A 4H4OA 3HPHA 4KHYA 4OGCA 1SKRA 4M41A 5KRTA 2IGIA 1VSKA 2OZMA 1RCHA 4F2SA 3S9HA 2IS3A 4FM2A 1SL0A 4CJ4A 3VQBA 1IKWA 4B9SA 2OPQA 2G8VA 2QXFA 5EU7A 4K8XA 4OLAA 2KW4A 4DTNA 3SQ0A 2YNGA 1RTDA 2XO7A 5D3GA 3L2RA 3VQCA 3LWLA 1UAXA 4I7FA 4E1MA 3OYEA 4CIEA 4E19A 3T19A 3D45A 4CHPA 1U4BA 4DSJA 3ZSYA 1S1XA 4ELUA 2DFFA 5J2QA 2HVIA 1GOBA 1B9DA 4BE0A 3PV8A 1SKSA 3NF6A 2BGGA 4CEAA 4I9LA 4DG1A 1RT4A 1VSEA 3V9WA 3AVGA 4ID5A 1SL2A 4NCAA 2FC0A 2VWJA 1TKDA 3H08A 2E6MA 1YTUA 3M8PA 4FJXA 4ELTA 4CGDA 3E01A 4H8KA 3FFIA 4W5TA 1KFSA 3RRGA 3OYDA 1RBTA 4JRQA 4GMJB 4B9UA 4AHRA 1LWFA 3A2FA 3AVNA 3HYFA 4CCHA 2VWKA 3V9XA 4DTPA 2I5JA 4W5OA 5JS1A 3TAMA 3RWUA 3AO4A 1GOAA 1C1BA 4CF9A 1WAFA 3QLHA 4Z4HA 3KK3A 4M42A 1WSGA 2Z1GA 3V1QA 1TKXA 2EX3A 2GUIA 1RBVA 4KB1A 3TARA 4AHTA 4FLVA 1JL1A 3MXMA 2IAJA 3DOLA 1RDBA 4FXDA 3IRXA 2JGUA 3ZSWA 5J2MA 3EZ5A 3M8SA 4OPJA 5C25A 4GVMA 4N76A 4FW2A 2HNDA 1QSLA 1B92A 5CY4A 4FYDA 1QTMA 1DTTA 3SQ2A 4ID1A 1JKHA 4E3SA 4FZYA 3O4QA 4FK4A 2KZZA 2Z1IA 2W42A 3U3YA 3PO5A 3HVTA 1S5JA 4NCBA 2HVHA 2R7YA 1ITGA 3F9KA 1QE1A 3QNNA 4CHOA 4DLGA 4M3WA 4PWDA 1BISA 4KO0A 3AVKA 3NF9A 1NK4A 4CK3A 4HUFA 1T7PA 4WE1A 5HRSA 3L8BA 4DS4A 1NK7A 3V1RA 4BDPA 3V1OA 4KTQA 4KI6A 2O4IA 4RW4A 3ZT0A 1SUQA 1EETA 1XHXA 3NH0A 4FLTA 4FJNA 5HROA 2XY7A 4CEBA 4J2BA 1TK0A 3IG1A 4Q0BA 5I3UA 4BE2A 4HVJA 2WOMA 3AO1A 4BWJA 3KLHA 4B9LA 2PZSA 1RBSA 1XWLA 5JS2A 5KGXA 4AHSA 4C8KA 2OPRA 1RTHA 4GW6A 4M3YA 4KFBA 1JL2A 3AA4A 2HHVA 1WAJA 1VSFA 1BQMA 4Y1DA 5KGWA 3TAGA 4DSLA 3VA3A 2XHBA 3P5JA 1NK9A 2KQ2A 1CZ9A 4DSKA 4DTOA 4CJKA 1BL3A 1WSIA 1NJXA 1W0HA 4J2AA 1HPZA 3ZT2A 3D0PA 4FLZA 4Q5VA 3KIOA 4ICLA 2OA8A 1NJYA 1TVRA 4LSNA 3TAEA 3O3HA 5HRRA 1ASVA 3NH2A 1ZBLA 2D5RA 3KK1A 4F2RA 3O3FA 1QHTA 2FBXA 2NUBA 3HP6A 4HCBA 4XIUA 1KRPA 2Q3SA 3AA2A 4Z4CA 4DQSA 1RTJA 4CF0A 4N41A 4OKEA 1TAQA 4DQPA 3NF8A 4KTWA 3P83D 3HT3A 3OJUA 3NE6A 3SV3A 3SV4A 1NKCA 3WNEA 1IKVA 4W5QA 4OLBA 1U45A 4OVLA 2KFZA 3SZ2A 5I42A 1BCMA 4CJTA 1TK8A 3KLGA 4QOZB 5C42A 4B3OA 4BACA 1RT5A 4CFBA 3BGRA 1I3AA 3HPGA 4FK2A 3SNNA 2A1RA 1EXQA 4CJLA 4JLHA 1S1WA 1RDDA 3AVFA 1JLQA 4HTUA 3V9ZA 2G8UA 1S6PA 4C8OA 3OS1A 2F8SA 3KLIA 3OYBA 4E89A 3AVAA 3NGZA 3VN5A 1L5UA 3M8RA 3SI6A 2XY5A 3SUNA 1VRTA 1VSLA 1TKTA 3L2UA 1FKOA 1KVCA 2ETJA 3V4IA 2DY4A 4CE9A 3KLEA 4DTRA 4CIGA 3BDPA 2RF2A 4KHQA 3SQ1A 1WLJA 4Z4FA 3TAQA 4M3XA 3KKSA 3C94A 1F21A 2HHWA 1VK0A 4AHVA 1JXBA 4FLUA 4ZTJA 4DWIA 4MQ3A 3SCXA 3NBPA 3LANA 4DSIA 3RMBA 1W9HA 5DMRA 4FJ7A 1I39A 1D5AA 3PX4A 5CYMA 1S1VA 1L3TA 4B8CA 3OYFA 4NYNA 2HW3A 1KTQA 2DFEA 2IOCA 4CEEA 3KK2A 3L2WA 3SUOA 2EHGA 2X6NA 4CGJA 4CFCA 3MEGA 2HHSA 1O1WA 1LW0A 3LAKA 3OYLA 3DLHA 2HB5A 3IAYA 4B8AB 3AV9A 1LW2A 4L8RB 1HRHA 3KKRA 4FJGA 4NYFA 3O3GA 2HNYA 1S1TA 3AA3A 4W5RA 3TABA 1JXEA 4CHZA 2HHQA 4BE1A 1IG9A 3HM9A 3NH1A 3MAQA 3DLKA 4CF1A 1EX4A 1C6VA 3OS2A 1Q8IA 3VQAA 1LV5A 1C0MA 2P5GA 3AO3A 3MECA 3JSMA 2AJQA 3QEXA 3U6FA 1U49A 3C95A 1UA1A 2YKMA 4DQIA 3AVCA 2OPPA 2KFNA 4I2PA 4C8LA 2Y1IA 3NFAA 3WNGA 2F8TA 1ASUA 3HSTB 4O44A 3OYMA 3L2QA 3L3UA 4DFPA 3SPZA 4OKJA 1N5YA 3UIQA 1J9AA 1L3VA 4M3TA 4W5NA 1HYVA 1KVAA 1JLAA 5HRNA 3HVRA 4HUGA 3NHGA 4I9QA 4FJ8A 1RT1A 2F96A 1L3SA 3MEEA 3PUFA 1RILA 2E4LA 1D9FA 4FJHA 1WSEA 4F8RA 1D9DA 3DRPA 5FRNA 3VQ8A 1UWBA 2FBYA 5T7BA 3QEPA 4B9TA 3DOKA 3NGYA 4MFBA 1QSSA 4KI4A 1CXQA 1TKZA 4CEDA 4B9VA 4K8ZA 1G15A 4CECA 4CEFA 1HNVA 2IDOA 2Z1JA 1FXXA 3VQDA 3VQPA 2D0BA 4CJQA 2IC3A 1BI4A 2GBZA 2XRIA 4DSFA 2P5OA 3V81A 4DTXA 3S3MA 5FRMA 3ULDA 3QIOA 5K14A 2ITGA 3KD5E 3LWMA 3KJVA 3RMDA 4CHYA 1TK5A 4AILC 3LPUA 3OJSA 4FM1A 4QCLA 3CQ8A 3HP9A 2RKIA 3TAPA 1HYZA 4FVMA 3T3FA 2DTUA 4EP5A 3I8DA 2X78A 2HNZA 3P1GA 4N56A 3ZSQA 5HLFA 4M3RA 1BI4B 2HHXA 3DI6A 3ZCMA 1A5VA 3QNOA 3TWHA 1XC9A 1QSYA 4RW7A 5KRSA 5HRPA 1RT6A 1TL1A 3OYHA 1DTQA 3ALYA 4CJ3A 1XI1A 3AVHA 3VA0A 1ZBFA 1RBUA 1VSHA 1CXUA 4OJRA 1KLMA 5E41A 4FLWA 5KI6A 4LSLA 3NCIA 4DU3A 1B9FA 2B4JA 3AVMA 4DQRA 3IS9A 3QEIA 4PY5A 4PQUA 3QINA 3OYJA 4IKFA 4CHNA 4IG3A 3AVLA 1RNHA 3NDKA 3HK2A 4OKKA 1ZBUA 3ZSZA 3HXMA 3QIPA 4G1QA 4YFUA 1EP4A 4DLEA 4EZ9A 1QQCA 3ZT4A 3MXIA 3S3OA 2DFHA 4LD0A 1WNSA 4KAZA 1X1PA 4E7KA 2VG6A 4DTUA 4HHTA 4BDZA 4FCYA 4O0JA 2QKBA 4CF8A 1KCFA 4RW8A 1ZBIA 1C1AA 2A1SA 4CJ5A 4CJEA 1RT2A 3OYNA 4FJKA 3K57A 2OPSA 4DFJA 4FJLA 1T03A 1HNIA 1S1UA 1TGOA 2YKNA 3U3GA 3ISNC 1A5WA 4KKOA 2ZD1A 3RR7A 4FJIA 1C0TA 4F4KA 1VRUA 3L3VA 3CYMA 1X9SA 3QERA 3VQQA 1ZYQA 1RT3A 1QS4A 4PA1A 3HL8A 3C6TA 1YVUA 3OYGA 1K6YA 4IBNA 3K59A 1REVA 3TI0A 3TAFA 2Z1HA 3ITHA 5FDLA 4Z4GA 1LWCA 3TR8A 4B08A 4BDYA 3HJFA 4E7IA 2VG5A 4AHCA 3M8QA 3CFPA 1JLEA 3LAMA 3KLFA 1NJWA 3EYZA 4CGHA 4ELVA 4Z4EA 1HQUA 5HP1A 4CFAA 1BHLA 1TL3A 3DLRA 3DRRA 4KHUA 4NCGA 2HHUA 4FM0A 4J2DA 1Z25A 1HJRA 2P51A 4O55A 5J2NA 1MU2A 3LP0A 3G10A 1VSDA 1LAWA 3AO2A 1R0AA 5C24A 4CGIA 4DTMA 5SWMA 4FZXC 5KTQA 4DQQA 4CERA 1TV6A 2G8HA 1RTIA 2B6AA 3QO9A 1NOZA 4CJFA 2ZE2A 3VQEA 4DTJA 3LZIA 1T8EA 3MXJA 1WSHA 3CM5A 3EY1A 1WSJA 4HCCA 2G8KA 3RR8A 1BQNA 4TSXA 3OYKA 4CEQA 3SPYA 4R5PA 3HO1A 2OYQA 4OPKA 1CZBA 1VSJA 4E7HA 5SZTA 1C0UA 1RT7A 4LH4A 4UQGA 3OYIA 2PYLA 3NAEA 3DLBA 3L2VA 2FBTA 3DYAA 2P1JA 1X9WA 2B5JA 1IO2A 4KV8A 3T1AA 3K5LA 1L3UA 2YV0X 2Y1JA 3C6UA 1HMVA 3ZSRA 4KREA 3QEVA 1C1CA 3WNFA 2QKKA 4AH9A 3QETA 4KHWA 3LALA 2YNHA 3LDSA 4FLYA 3RRHA 3ZSOA 3RTVA 4LH5A 1EKEA 4DU4A 4FJ9A 3ZT3A 3AA5X 2PY5A 4YNQA 4CESA 4E1NA 4IG0A 4CJRA 1KSPA 3LZJA 3V6DA 1JLFA 4F3TA 2YNFA 5CZ2A 4DFKA 4KHNA 4KHSA 4M3UA 4BWMA 3SJJA 4Z4IA 3PX0A 3O4NA 4EZ6A 1S6QA 1RDCA 3K58A 4JRPA 4DFMA 1J54A 3LP3A 2KTQA 4CGGA 1NKEA 5HBMA 1LAVA 3JYTA 3ZSXA 1BCOA 3RMAA 2PYJA 1GOCA 2YNIA 3AO5A 1LWEA 4CF2A 4E7JA 4E7LA 4KPYA 4DTSA 1UA0A 1IKYA 1FKPA 3HPOA 1SKWA 4QAGA 4IFVA 2G8WA 1JLGA 3NGIA 1NK6A 1RBRA 2VG7A 4EP4A 3QESA 2RPIA 1Q9YA 4RG8A 1BGXT 4FLXA 4CGFA 1U48A 1Q9XA 2XY8A 1T05A 1X9MA 2FBVA 4B9NA 2ATQA 3LP1A 4ZTFA 1KVBA 2BE2A 1BIZA 3CFOA 3DLEA 3QEWA 3K5OA 3V9UA 4FJMA 4Y1CA 3VQ9A 1WSFA 1NK0A 3I0RA 3MEDA 3VQ7A 3K5MA 1BIUA 3G0ZA 1NOYA 2HMIA 3SUPA 4CJPA 4CEZA 4J2EA 3K5NA 1VSMA 4IFYA 3CM6A 3OY9A 4HUEA 3SQ4A 3RMCA 4O5BA 1CLQA 3THVA 5J2PA 3CFRA 1HYSA 3CG7A 2BDPA 4KTZA 3K2PA 1NK5A 1YTAA 2WONA 2BANA 4H4MA 3B6OA 1Z26A 2XY6A 1XHZA 1RDAA 1NJZA 2GV9A 4N47A 3VQ6A 4F3OA 4PUOA 1Y97A 1DLOA 1A5XA 1VSIA 3VQ4A 4E0DA 1KFDA 4CIFA 4OGEA 5J1EA 4M3ZA 4O0IA 4DU1A 4CEOA 3DRSA 4RW9A 2JLEA 2ZQBA 3DM2A 3F73A 2OZSA 3AVJA 3PO4A 3V9SA 4DF4A 1NK8A 3SYZA 1NKBA 4C8NA 1YT3A 1JLCA 3VQ5A 4CJSA 4FZZA 1ZBHA 3S3NA 4LY7A 1J53A 3I0SA 2X6SA 3ZT1A 3SUQA 1IH7A 4ZHRA 3LPTA 4CFDA 3ASMA 1D8YA 2HHTA 2D0CA 2X74A 2YHAA 5DK5A 1N6QA 3WNHA 4I2QA 4FK0A 3LP2A 2QK9A 5FROA 1ASWA 2D0AA 2E6LA 4DSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HR0K 4N5SA 3OYCA 4DMNA 4BRCA 4CK1A 4KRFA 4YOYA 4DS5A 1U47A 1IKXA 4JI8K 1W7AA 5CZ1A 4FWKA 4DV5K 1S9GA 3B6PA 2GELA 5CYQA 1KLNA 4KB0A 3DLGA 4BROA 4IOXA 3OVNA 3O9UA 3QICA 4PL8A 5GAEP 3AVBA 3PY8A 2G8IA 3ZSVA 5ADXH 1NGFA 3KTQA 4CJVA 4H4OA 3LM9A 3R8EA 4OGCA 3CCQN 5KRTA 5AZJA 2CGKA 3H46O 5IWAK 3S9HA 2E5LK 2IS3A 1MWMA 2QW9A 5EU7A 4OLAA 2P9UA 4DTNA 4IWVA 3BP8A 5D3GA 2FF6A 3VQCA 1QVGM 3OYEA 3ENOA 4E19A 3D45A 3VGLA 3ZSYA 1S1XA 2HVIA 3HZ6A 1GOBA 1B9DA 2WFBA 4BE0A 2P9PA 4I9LA 3VERA 1SL2A 2Q2RA 2VWJA 4GV6A 3UKUB 3H08A 2E6MA 3THWA 3H1VX 4ELTA 1GLCG 4CGDA 4W5TA 1MWKA 2WBNA 3OYDA 3NVKA 4XH5A 1HNXK 3AVNA 1VQ5N 3HTVA 3V9XA 3R3LA 1TUYA 3RWUA 1GOAA 1C1BA 4CF9A 4K41A 1WSGA 2GUIA 4KB1A 3TARA 4AHTA 4FLVA 5JVGL 1MDUB 2P9KA 4FW2A 2HNDA 3VGMA 1QTMA 1DTTA 3SQ2A 1GLJO 1WB9A 3PO5A 4UY8O 3WQTA 1S5JA 5JICA 4M7XA 4WQ5A 1BISA 3NF9A 1NK4A 1Z6RA 1VQ6N 1E3MA 2FXUA 1NK7A 3V1OA 1KAXA 1SUQA 3NH0A 4FJNA 3K9KA 2FSJA 3O8MA 4CBXA 4A59A 4CEBA 4O8UA 3ZLJA 3IG1A 5I3UA 2WOMA 3AO1A 3KLHA 1RBSA 5E84A 5KGXA 3WQUA 4AHSA 3D2FA 1RTHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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