5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
3LPTA 3NAEA 1TK0A 2D0AA 1TKDA 3KK1A 2BANA 3CFPA 3HVTA 1RBRA 2ETJA 4JLHA 3KD5E 4E0DA 4F3OA 4E7KA 3LAKA 2KFZA 2ZD1A 3V81A 3VQ9A 2E4LA 2HVHA 2KFNA 3QEXA 4KHWA 2BGGA 1A5VA 1WSGA 1TL3A 3OYEA 2YV0X 1VSMA 4C8LA 4DQQA 4B08A 1TV6A 3I0RA 1L3VA 1BGXT 1BL3A 2PY5A 3T1AA 2HHUA 5KGXA 3TAMA 4CJKA 3HT3A 3SQ4A 1LW0A 1RILA 2OPPA 4CGFA 4CK2A 4DWIA 3AO5A 2ZE2A 3NBPA 2QK9A 4HHTA 1KFSA 4KPYA 3VA3A 3VQPA 3SUOA 4CE9A 1DLOA 1NJXA 1HNIA 3OJUA 2BDPA 4C8NA 1X9WA 3AVFA 1J54A 3DMJA 3HYFA 4F3TA 1SV5A 4O0JA 4KV8A 3QINA 1HMVA 4Z4CA 1NOYA 5J2MA 2IOCA 3NF8A 2XY7A 4AHSA 3NH1A 4DSEA 3V9UA 5KRTA 3ZSVA 3K5MA 1L3TA 4KHQA 1HYSA 3CM6A 5K14A 3QEVA 1RBVA 4CFBA 4DLEA 4KAZA 1RTHA 4Q5VA 1BHLA 3SQ2A 1WSIA 4OPJA 3SQ1A 3B6PA 3KLGA 4KHNA 3SCXA 3NGZA 5D3GA 1SUQA 4DFMA 2HW3A 1DTTA 1R0AA 3HPHA 1U4BA 1YVUA 3NF9A 4FZXC 1JLCA 2HB5A 1UA0A 4O5BA 1N5YA 3CG7A 3O4QA 2HHVA 2Z1GA 1XHZA 4FXDA 4OLAA 3K5LA 4L8RB 1VSFA 2BE2A 2FC0A 3K58A 3ZSRA 3SPYA 2I5JA 3QESA 1D9FA 4ELVA 1YTUA 1JLFA 3DI6A 4OKEA 4DQRA 1J53A 4FJ7A 4PA1A 3T3FA 3LANA 3KLHA 4DF4A 3E01A 3I0SA 4CJ4A 3P1GA 2IC3A 4KFBA 4CJEA 4DTUA 3DLHA 4E7HA 1IKWA 2O4IA 3LALA 4CEBA 1RT7A 1U45A 2JGUA 1KRPA 1C1CA 4FLZA 3C94A 3OYMA 4DSLA 2PZSA 3ALYA 4LY7A 1NK0A 1KVCA 5HRPA 4DQIA 1S1XA 3DOLA 1RBSA 3ISNC 3TABA 3UIQA 1GOCA 4CHNA 2PYLA 4OGEA 3WNEA 4JS5A 1XHXA 4NCAA 1SKWA 3DYAA 3OYCA 1KCFA 4FJIA 4RW9A 1VRTA 3O4NA 5JS2A 5HRSA 3C6UA 1UOCA 3LDSA 2G8VA 5J2NA 5T7BA 4CEZA 1VSJA 1L3UA 1WLJA 2X6NA 5HRRA 3DM2A 3NDKA 3T19A 1J5OA 2VG7A 4FW1A 4CIFA 3WNHA 1C0TA 4KB0A 2KQ2A 1LWCA 4EP5A 2HHQA 2Y1IA 1L3SA 3VQ6A 3LZJA 3KLFA 1TAQA 1NKCA 4E89A 3LP3A 3HL8A 3LAMA 2XY6A 1JLEA 4ID5A 2OYQA 4E7LA 1RDBA 3S3NA 3HSTB 4C8MA 5CZ2A 1K6YA 2YNHA 3AVLA 1HYVA 3KIOA 5CY4A 4JRQA 3KJVA 3KKSA 3ITHA 4O55A 3M8PA 2ZQBA 3RR7A 4Z4FA 3O3GA 5DMRA 1N6QA 3MXJA 4KO0A 1CZBA 2DY4A 5HBMA 1WAFA 2G8IA 3EY1A 1WAJA 4H4OA 4NYNA 3WNFA 3AVCA 3JSMA 2YKNA 3ZSZA 4BDPA 4W5QA 5J2QA 3PO4A 4O44A 1ZBLA 3HPGA 4H4MA 4Q0BA 3P83D 3NH2A 1S1TA 1VSEA 1QHTA 4CHZA 3H08A 3QNOA 4W5NA 3SPZA 2A1RA 3V9ZA 1RBTA 3AO3A 5C24A 4Z4EA 4B9NA 4M42A 1KVBA 1KLMA 4ZHRA 2OPSA 1JLBA 4FK2A 1NK4A 4EZ9A 3AVAA 4AH9A 3ZSQA 2E6LA 1UA1A 2ATQA 4ELTA 1RTDA 4QCLA 3IAYA 2G8KA 3ULDA 3DLKA 3LWMA 1LAWA 1WSFA 3NGIA 3AVGA 2FBVA 4J2DA 2VG6A 1JLAA 4DU4A 3ZSOA 4B8CA 3VQAA 1Z25A 4CEDA 1CXQA 3HVRA 3U6FA 2HHXA 3OYNA 2F8SA 1TL1A 4J2EA 2QKBA 5KRSA 3RMBA 4JS4A 4FVMA 1IH7A 1KVAA 3D45A 3ZSXA 1C6VA 2HNYA 3LWLA 3OYBA 4M3RA 1S1WA 1QSLA 4IKFA 1UAXA 4C8OA 4LH5A 4LSNA 2E6MA 4B9TA 3AA4A 4BE2A 2G8HA 1S1UA 3LP1A 1A5XA 1HQEA 2F8TA 2OPRA 4CFCA 3MAQA 1FKOA 3VQ4A 1RDAA 3WNGA 4I2QA 5EU7A 4CHPA 4W5RA 2XO7A 2D5RA 3TI0A 3MXIA 1T03A 2P5OA 3PV8A 2RPIA 3DLGA 3RTVA 4FJ9A 4N56A 1CXUA 3IS9A 3KKRA 1S6PA 4B9UA 5J1EA 1ASUA 4KI4A 1RT4A 5FRNA 3OVNA 3LP2A 1TKXA 3VQ7A 3O3FA 3HP6A 1JLGA 4ID1A 3M8SA 3D0PA 4FLWA 4FLYA 4DSKA 4Z4HA 3QIOA 1VRUA 2PYJA 1FXXA 1WN7A 5FDLA 2RN2A 3MEDA 1VSLA 4KTWA 3OYLA 1SL0A 3QO9A 4FJXA 1WSHA 4QAGA 2HMIA 4Z4GA 3RMAA 4Y1DA 3DLRA 2OA8A 3SQ0A 4I9QA 1WSJA 1S1VA 1EP4A 3SYZA 1W0HA 5HRNA 4DFPA 3V4IA 3THVA 4DTRA 4N41A 2KZZA 3KTQA 1XC9A 4DSIA 4FJKA 1IKVA 3AO4A 5C25A 4UQGA 3EYZA 3K59A 3RMDA 1ZBHA 4YNQA 3DRPA 3V1QA 4NCBA 4Z4IA 1UWBA 4DLGA 1LW2A 5J2PA 1KFDA 3OYFA 1ITGA 4DTSA 1O1WA 1SKRA 4B9LA 4C8KA 1RTIA 3NGYA 4M3UA 1YTAA 4KHUA 4AHCA 3SNNA 4HUEA 4M3TA 3VQEA 4E1NA 4DU3A 4KRFA 4KHYA 4OGCA 2Z1HA 1TK8A 1CZ9A 1HNVA 1FK9A 4BWJA 1KLNA 2QXFA 4KI6A 4CF8A 3PY8A 2YNFA 4Z0UA 1U47A 1BIUA 1BI4B 1W9HA 2O4GA 4CJUA 3AVBA 3JYTA 4FLTA 4FJGA 3KK3A 4AHTA 4CFAA 3SUPA 5KGWA 2G8FA 4PQUA 1MU2A 3G0ZA 3P5JA 1ZYQA 4DS5A 1NJYA 4FK0A 2VWJA 4BE1A 1I39A 4E1MA 1Y97A 3PX0A 3VQDA 2YNGA 2KW4A 1HRHA 2G8UA 4KHSA 3SZ2A 1NJZA 3BGRA 4E19A 1F21A 2IGIA 3HM9A 3LZIA 4M45A 1NKBA 4IG0A 3L2QA 1FKPA 4XIUA 4DTOA 1NKEA 3L2WA 4DQPA 2DFEA 2HHWA 3F73A 3NFAA 2HHTA 4FJ8A 4BDYA 1C1AA 5SWMA 3B6OA 2XY8A 4K8ZA 4CJ3A 4KTQA 3CYMA 4I2PA 2B4JA 4DSJA 4CGIA 2LSNA 4MQ3A 4JRPA 3S9HA 3O3HA 4DTPA 1TKTA 4FJLA 4BE0A 3LPUA 2HHSA 4GW6A 3ZT3A 1RT2A 3NF6A 1D9DA 3OYIA 1NK9A 3OY9A 3S3MA 2XY5A 4CCHA 1LAVA 2QKKA 3F9KA 4AILC 4DFJA 3V1OA 1B9FA 3HK2A 4BACA 2GUIA 4RW4A 3L8BA 4W5OA 4YFUA 3VQ5A 4FM0A 2P5GA 3AA2A 4F8RA 1JL1A 3TAFA 3RWUA 4F2SA 1X1PA 1ZBUA 1HJRA 4CJRA 5FROA 4RW8A 4CGGA 3NH0A 3OJSA 4AHVA 3ZSWA 1BIZA 2YHBA 1YT3A 1RT6A 3MXMA 1S9GA 4CERA 1Z26A 4RG8A 1RDDA 4ZTJA 3PO5A 1ASVA 2Q3SA 2EX3A 4M41A 1IG9A 1RDCA 3HXMA 4FLVA 1REVA 3NE6A 1D8YA 3S3OA 4CGDA 4CEAA 3V9SA 4FJJA 4WE1A 3OS1A 4QOZB 3CFRA 3QERA 5I42A 2JLEA 3AA5X 3DRRA 3AVIA 4IFVA 3MECA 3OYJA 4OJRA 1U48A 2KTQA 4DS4A 4EZ6A 2YNIA 1VSKA 2GV9A 3M8QA 4OKJA 4EP4A 4KKOA 3VQCA 4B9VA 4MFBA 5FRMA 4B9SA 3VA0A 4IG3A 4CF0A 1S5JA 4IFYA 1A5WA 4E7IA 3ZT2A 1IKXA 1RT1A 1XWLA 3L2UA 1ZBIA 3ZT0A 3HO1A 4CEEA 4CJPA 4CIGA 5CZ1A 4O0IA 1U49A 3QEPA 1RT3A 1U04A 3OYGA 3OYDA 3KD1E 4PY5A 3U3GA 1B92A 5HLFA 2YHAA 4PWDA 1C0UA 3ZT4A 3CQ8A 5JS1A 3K5NA 4GMJB 4I7FA 5KI6A 4CK1A 4CHQA 3HP9A 2IS3A 3PUFA 5DK5A 1HYZA 4HTUA 4N5SA 2X74A 4FLUA 2VG5A 3VQBA 4HCBA 4FZZA 1HQUA 3OYHA 2XRIA 2HNZA 4J2BA 3LP0A 1IKYA 4CJ5A 2ITGA 4OVLA 3QETA 1EKEA 1KTQA 1LV5A 5HP1A 1Q8IA 3RR8A 4J2AA 2FBTA 1QS4A 3DRSA 1NK8A 1JXEA 3C95A 4CJWA 4CHOA 5SZTA 4BDZA 4G1QA 3CFOA 3V6DA 3SUNA 2IDOA 3TAGA 1SL2A 1RTJA 1HPZA 3QLHA 1BQMA 1ZBFA 4M3WA 4HCCA 1BI4A 4LD0A 1T05A 2AJQA 2RKIA 4ICLA 3NHGA 1JXBA 4FZYA 1TKZA 1Q9XA 2YKMA 3ASMA 1T8EA 5CYQA 2X6SA 1C0MA 1XI1A 4M3YA 4IBNA 5KTQA 2OPQA 1BISA 4FJHA 4FYDA 1QSYA 4OKKA 2FBYA 3AVHA 3I8DA 4FJMA 3V1RA 4CEQA 4HUGA 3G10A 3L3VA 4FCYA 4DFKA 2Y1JA 3OYAA 1RT5A 3BDPA 4CEOA 3QEIA 1J9AA 1KSPA 5I3UA 1T7PA 3AVNA 3AA3A 4B8AB 3VQ8A 2B5JA 1QQCA 1GOAA 4OPKA 3KLEA 3V9XA 4DTJA 3QNNA 1NK6A 1WSEA 3VQQA 4KREA 3RRHA 2Z1JA 1JL2A 1I3AA 4E7JA 1RCHA 3AO1A 3U3YA 4ZTFA 4CEFA 4AHRA 2W42A 4CECA 4HUFA 1VSHA 1ASWA 4BWMA 3L3UA 1GOBA 4Y1CA 2RF2A 3DLBA 2VWKA 4DMNA 3OS2A 2D0CA 4M3ZA 1JKHA 1VSDA 3VN5A 4E3SA 2DFHA 4B3OA 4CJQA 1B9DA 1D5AA 4CK3A 3L2VA 4IDKA 4CJLA 4CIEA 3FFIA 4CGHA 4OLBA 4K8XA 1RBUA 4FLXA 3TAEA 2OZSA 4FM2A 3SI6A 4N76A 3TANA 3SV3A 2OZMA 5E41A 1SL1A 4NCGA 4CFDA 3AVKA 4HVJA 1NK7A 3IRXA 4W5TA 1BQNA 3ZT1A 3NF7A 2HVIA 1S6QA 3ZSYA 1NK5A 3DLEA 2NUBA 3K2PA 3SV4A 1CLQA 4CGJA 4F4KA 2B6AA 4FM1A 3TARA 3TAQA 1RNHA 4CF2A 3K57A 1JLQA 1QE1A 2DFFA 1EETA 3AVJA 4I9LA 4TSXA 3OS0A 4DSFA 4DTXA 3RMCA 1Q9YA 3AVMA 3CM5A 1EXQA 3KLIA 3MEGA 2F96A 1LWEA 2HNDA 4CHYA 4N47A 2WONA 3HJFA 4FW2A 5C42A 1VSIA 4LH4A 4R5PA 5CYMA 4AHUA 4CESA 2GBZA 4RW6A 4CF1A 3M8RA 4CF9A 1NOZA 3AO2A 4M3XA 1C1BA 2IAJA 1IO2A 1VK0A 3DOKA 1TK5A 1SKSA 4DG1A 3PX4A 2Z1IA 3K5OA 4RW7A 2EHGA 4LSLA 3IG1A 4B9MA 2WOMA 1DTQA 4CJFA 4CJVA 1TGOA 3AV9A 1BCOA 4FJ5A 3NCIA 3KK2A 4ELUA 3TR8A 4DQSA 3EZ5A 1L5UA 2X78A 1X9SA 4DU1A 1QTMA 4FK4A 3L2RA 4DTMA 1X9MA 2G8WA 1TAUA 3C6TA 3TWHA 3QIPA 1BCMA 5HROA 1QSSA 4DTNA 3ZCMA 4KB1A 3QEWA 2KZMA 2P51A 2DTUA 3SJJA 3OYKA 3V9WA 2A1SA 2P1JA 1TVRA 4DF8A 4CJSA 3TAPA 2R7YA 3HPOA 2FBXA 4O4GA 1G15A 2D0BA 4H8KA 1S9EA 1NJWA 1WNSA 4CJTA 1LWFA 3SUQA 4F2RA 4PUOA 3A2FA 2XHBA 4KTZA 4FJNA 4NYFA 1EX4A 3MEEA 4GVMA 3RRGA 3PX6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QEXN 2D0AA 1TKDA 5ADXH 3KD5E 4JLHA 2QM1A 1P90A 3LAKA 3V81A 1BWFO 3VQ9A 3EEQA 4FWSA 3QEXA 2BGGA 1A5VA 3O80A 1M90O 3ULEA 1WSGA 3OYEA 1TV6A 3VGLA 4IO9L 1BL3A 1Z6RA 2PY5A 5I9EB 4CJKA 3SQ4A 2PAVA 2VQEK 1RILA 4CGFA 4BRHA 4BQZA 4FWLA 3CXCM 2QK9A 1HUXA 4HHTA 3HBTA 2O8BB 4CE9A 1DLOA 1HNIA 5AQVA 3AVFA 4FWRA 1J54A 4F3TA 3WUHA 3JS6A 5J2MA 3MDQA 4C1NK 3VGMA 3HOSA 3QEVA 4DLEA 4Q5VA 2W41A 3B6PA 2HW3A 4CI6A 4IWVA 3AGRA 2A6AA 3KHYA 4O5FA 1UA0A 4BVOA 1BG3A 3CG7A 2HHVA 1ESVA 2Z1GA 4JI1K 2GEMA 1ATNA 3SPYA 2I5JA 3QESA 1YTUA 1JLFA 3AGKA 2CH6A 3P1GA 3VF4A 3DLHA 1IKWA 4CEBA 1RT7A 4DV5K 2O8EB 4RTFD 1C1CA 3W0LA 3CCJN 4FLZA 3C94A 1VQ6N 4XH4A 1KVCA 4LC9B 5HRPA 4UY8O 1V4TA 3ISNC 1BO5O 3LDLA 4JS5A 4NCAA 4JK9A 2P9NB 2J4RA 1KCFA 5FPMA 1VRTA 3T7ZA 1UOCA 2FF6A 4IEEA 1WLJA 2X6NA 5HRRA 3NDKA 2CGKA 3MN5A 1E4GT 2HHQA 1GLDG 3GG4A 5KQ8A 3LZJA 3KLFA 3MMVA 3D2EB 3DAWA 3VENA 3KIOA 5CY4A 4O55A 4CZFA 3M8PA 4BREA 3RR7A 1IJJA 4KO0A 2G8IA 1WAJA 4H4OA 1QVFM 2OANA 1YF5L 2P9PA 4BRFA 2ASOA 4AF1A 3PO4A 1ZBLA 3HPGA 2IIRA 4H4MA 3P83D 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 2GBZ A;  4RW6 A;  4CF1 A;  3M8R A;  4CF9 A;  1NOZ A;  3AO2 A;  4M3X A;  1C1B A;  2IAJ A;  1IO2 A;  1VK0 A;  3DOK A;  1TK5 A;  1SKS A;  4DG1 A;  3PX4 A;  2Z1I A;  3K5O A;  4RW7 A;  2EHG A;  4LSL A;  3IG1 A;  4B9M A;  2WOM A;  1DTQ A;  4CJF A;  4CJV A;  1TGO A;  3AV9 A;  1BCO A;  4FJ5 A;  3NCI A;  3KK2 A;  4ELU A;  3TR8 A;  4DQS A;  3EZ5 A;  1L5U A;  2X78 A;  1X9S A;  4DU1 A;  1QTM A;  4FK4 A;  3L2R A;  4DTM A;  1X9M A;  2G8W A;  1TAU A;  3C6T A;  3TWH A;  3QIP A;  1BCM A;  5HRO A;  1QSS A;  4DTN A;  3ZCM A;  4KB1 A;  3QEW A;  2KZM A;  2P51 A;  2DTU A;  3SJJ A;  3OYK A;  3V9W A;  2A1S A;  2P1J A;  1TVR A;  4DF8 A;  4CJS A;  3TAP A;  2R7Y A;  3HPO A;  2FBX A;  4O4G A;  1G15 A;  2D0B A;  4H8K A;  1S9E A;  1NJW A;  1WNS A;  4CJT A;  1LWF A;  3SUQ A;  4F2R A;  4PUO A;  3A2F A;  2XHB A;  4KTZ A;  4FJN A;  4NYF A;  1EX4 A;  3MEE A;  4GVM A;  3RRG A;  3PX6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QEX N;  2D0A A;  1TKD A;  5ADX H;  3KD5 E;  4JLH A;  2QM1 A;  1P90 A;  3LAK A;  3V81 A;  1BWF O;  3VQ9 A;  3EEQ A;  4FWS A;  3QEX A;  2BGG A;  1A5V A;  3O80 A;  1M90 O;  3ULE A;  1WSG A;  3OYE A;  1TV6 A;  3VGL A;  4IO9 L;  1BL3 A;  1Z6R A;  2PY5 A;  5I9E B;  4CJK A;  3SQ4 A;  2PAV A;  2VQE K;  1RIL A;  4CGF A;  4BRH A;  4BQZ A;  4FWL A;  3CXC M;  2QK9 A;  1HUX A;  4HHT A;  3HBT A;  2O8B B;  4CE9 A;  1DLO A;  1HNI A;  5AQV A;  3AVF A;  4FWR A;  1J54 A;  4F3T A;  3WUH A;  3JS6 A;  5J2M A;  3MDQ A;  4C1N K;  3VGM A;  3HOS A;  3QEV A;  4DLE A;  4Q5V A;  2W41 A;  3B6P A;  2HW3 A;  4CI6 A;  4IWV A;  3AGR A;  2A6A A;  3KHY A;  4O5F A;  1UA0 A;  4BVO A;  1BG3 A;  3CG7 A;  2HHV A;  1ESV A;  2Z1G A;  4JI1 K;  2GEM A;  1ATN A;  3SPY A;  2I5J A;  3QES A;  1YTU A;  1JLF A;  3AGK A;  2CH6 A;  3P1G A;  3VF4 A;  3DLH A;  1IKW A;  4CEB A;  1RT7 A;  4DV5 K;  2O8E B;  4RTF D;  1C1C A;  3W0L A;  3CCJ N;  4FLZ A;  3C94 A;  1VQ6 N;  4XH4 A;  1KVC A;  4LC9 B;  5HRP A;  4UY8 O;  1V4T A;  3ISN C;  1BO5 O;  3LDL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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