5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
1TV6A 4CHPA 3HP9A 3KIOA 4E7LA 2EX3A 3TAEA 4KHSA 1QHTA 1JL1A 3G10A 4OPKA 5HRSA 2I5JA 4DWIA 5C42A 2D0AA 2X74A 2IDOA 3VQ7A 4OLBA 2YHBA 2ETJA 4KKOA 4LD0A 4OVLA 3ZSWA 1VSLA 3ALYA 3EZ5A 4FK0A 4KO0A 3HP6A 2P5OA 1ASVA 3H08A 4H4MA 2F8TA 3NF6A 3K5OA 1U45A 1K6YA 3DRRA 4M3YA 2QXFA 1Y97A 4JS5A 4KRFA 3E01A 4KTWA 1ZBLA 1C1BA 3OYNA 2VWKA 2IC3A 1RT4A 4KB1A 4KV8A 1SKWA 3ZT4A 1WSHA 1NJXA 3K58A 4I2PA 4KHWA 1SV5A 3AVJA 3DI6A 3VQEA 2WONA 1T03A 4KHNA 4J2EA 4PY5A 4Z0UA 3RMAA 4PQUA 4IG3A 1TGOA 3PX4A 3I0SA 3VQ4A 4N5SA 4E1NA 1RILA 4OPJA 3MEEA 4F2SA 1KFDA 3V6DA 2ZQBA 3S9HA 2G8KA 1C1AA 3LALA 5HRPA 3L2UA 3TWHA 1QS4A 1RBRA 4DTXA 1NJWA 2HVIA 3KKSA 4BE1A 4DSEA 1J5OA 4CF0A 3NGZA 3DLRA 4BDZA 3TAPA 1DTTA 4RW4A 2Z1IA 3AVMA 3RMBA 2VG6A 3V9UA 3MEDA 1YVUA 1BQNA 3SPYA 1UA0A 3KD5E 4FJHA 4KTZA 2G8UA 2G8IA 1LWEA 3IRXA 2Y1JA 1D8YA 4GVMA 1DTQA 2XY8A 3ASMA 4YFUA 3SI6A 1JLAA 4RW9A 4CIGA 4HTUA 3NAEA 3PV8A 3D0PA 1D9DA 2HMIA 3AO5A 3K57A 1J54A 1SUQA 1IKYA 4HHTA 4CK1A 5CY4A 4K8ZA 3HVRA 3VA3A 4ID1A 1T8EA 3LZJA 1JLQA 4E7IA 4F3OA 1TKTA 2Z1JA 5DMRA 3K2PA 3OYKA 5I3UA 1XHZA 4FZXC 3PO5A 3AO2A 3SQ0A 2XRIA 4RW7A 5CYMA 1S9EA 2B4JA 2JGUA 4AHUA 4CEZA 5KGXA 4O0JA 3LWMA 3CQ8A 4JRQA 5HP1A 3SCXA 3SNNA 4FJ5A 3O4NA 4HUGA 1VSMA 1UWBA 1NK6A 1X9MA 3B6PA 3I0RA 1RT1A 4B08A 4YNQA 4QAGA 1NJZA 2ITGA 4CJRA 4E7HA 2OPRA 2GUIA 1KCFA 3QNNA 1U04A 1XC9A 4HUFA 1VSHA 5D3GA 4FXDA 4CGHA 4FLUA 3LANA 5SZTA 4FCYA 4CJVA 1NJYA 3RTVA 2KFZA 4G1QA 5FRNA 1IKXA 1L3VA 1JLEA 1SL1A 4IKFA 1NK9A 3HYFA 4B9VA 3O4QA 1JXEA 1TAUA 1RBSA 3V9ZA 1NKEA 4NCGA 4DU3A 4F3TA 4EZ6A 4EP4A 5CZ1A 2QKKA 3HM9A 3VQ9A 1LWFA 3L2RA 1S6PA 4N56A 3F73A 1MU2A 1WAJA 3HPGA 3V81A 2HHWA 2XHBA 3DRPA 1QSSA 4LH4A 3LP2A 4JLHA 3VQDA 1R0AA 4CF9A 1KSPA 4CEBA 4C8KA 1REVA 4CECA 4E0DA 1VSDA 2HNZA 3OS2A 1BCMA 4EZ9A 3L3UA 3AVHA 4Q5VA 1WN7A 2VWJA 3IAYA 3NCIA 2B5JA 3OYAA 1WNSA 3BGRA 1N5YA 1FK9A 3VQ5A 1IKVA 1C0UA 4Y1DA 4DQPA 4DTRA 2OZSA 4AHVA 5J2PA 3DOKA 1WAFA 3OJUA 4CJ4A 5KRSA 3BDPA 4FJ8A 4PWDA 1RDAA 1RT3A 3S3OA 4IG0A 4DS5A 4DF4A 1WLJA 4DG1A 3A2FA 4FZZA 3MXIA 2FBYA 3M8PA 3S3MA 2HVHA 5SWMA 3VQQA 4CE9A 3VQPA 1QE1A 4OGCA 3NDKA 3QEVA 1Q8IA 4RW6A 1NK7A 4B9SA 3ZT2A 4DQQA 3DMJA 2F8SA 4B3OA 5C25A 1NOZA 3K5MA 4XIUA 4Z4IA 4DFMA 5J1EA 4I7FA 5DK5A 2PYJA 2EHGA 1S1UA 1RBUA 4MQ3A 4W5RA 3OS0A 3TAQA 1SKSA 4N41A 4DLGA 2F96A 3DM2A 3WNEA 1U47A 4FJ9A 3B6OA 3MEGA 3KLGA 3C94A 1RDCA 4BDYA 1TK5A 1BIUA 3NBPA 1IG9A 3OYEA 1RCHA 4CF8A 4CFDA 2HHUA 4J2AA 3DLHA 3OVNA 4ICLA 4HUEA 3LP3A 4GW6A 4KHQA 2DY4A 3OYBA 3PUFA 3ZSYA 4W5QA 4FLXA 3QNOA 1VRUA 3HSTB 2KFNA 3AVFA 4OGEA 3HO1A 3O3HA 1RT5A 3AVIA 3SYZA 4B9LA 5CZ2A 1B9DA 4DSIA 3K5LA 2ATQA 4FK2A 1RBVA 2OPPA 3KK2A 4F8RA 1YTAA 4DSFA 4DTMA 4CEQA 4FVMA 5K14A 1GOAA 3QIPA 4Z4FA 1VSKA 1Z26A 4E1MA 5HRRA 1HQEA 2KTQA 1CZ9A 4CJ5A 3KD1E 3CM6A 2D0CA 3VA0A 4M3ZA 3HXMA 4UQGA 2FBVA 4LSNA 4O5BA 3EY1A 3LP1A 1B9FA 2IGIA 4FYDA 4PA1A 2HHTA 1RDDA 3DOLA 4DF8A 1BCOA 2BANA 3CM5A 1IKWA 2HW3A 1TL1A 3L2QA 3NGIA 3U6FA 1KFSA 3C6TA 4DSJA 3VQAA 4CFAA 3NH1A 4KHUA 1W9HA 3U3GA 1NK4A 2G8WA 1QSLA 1C0TA 4CGIA 4Z4HA 3RMDA 3DLEA 4B8AB 4C8LA 3MXJA 1XWLA 4CF2A 4WE1A 3C95A 4IBNA 1RT7A 4AHTA 4CHOA 4BACA 4FJKA 3P83D 1WSEA 1TVRA 4FJLA 3CFRA 5E41A 4K8XA 3MECA 3QEIA 1ZYQA 2HHVA 3QO9A 1EX4A 3AA4A 1RTIA 3QEPA 3CYMA 1SKRA 3NGYA 1S1VA 4DU1A 4CJEA 4DSLA 2E6LA 1ZBIA 4W5OA 3SUOA 3HPOA 3VQ6A 2WOMA 3ZSXA 4DU4A 5J2NA 3I8DA 3KLIA 4OJRA 4O44A 1LWCA 3AVKA 1RBTA 3HT3A 3MAQA 3NF7A 4DTJA 3ZSOA 3T3FA 3KKRA 1FKOA 2IOCA 4CEFA 5HRNA 1UA1A 4FJIA 2O4GA 1G15A 2R7YA 3LP0A 4FLZA 4J2DA 1VRTA 1KLMA 3P1GA 4LY7A 1WSIA 1TAQA 4M3UA 3AVNA 2HNYA 3P5JA 2JLEA 1BI4B 4DTOA 4B9TA 4CF1A 1XHXA 3DRSA 3RRHA 3QERA 1EXQA 4CK3A 1FXXA 4FM2A 2PZSA 4M3WA 1UOCA 4ZTFA 1C0MA 1WSFA 1BHLA 1A5WA 4FLYA 3TR8A 1RT2A 2A1SA 3C6UA 5HBMA 1TK8A 3AVAA 4W5NA 3RWUA 2ZE2A 4ZTJA 1YTUA 1HNIA 4CCHA 3OYMA 4O55A 1SL2A 3AV9A 4E7JA 1HMVA 3D45A 1CXUA 1L5UA 3SUQA 4OLAA 1NK5A 3V1QA 4O4GA 3KLEA 3HJFA 2D0BA 2GBZA 2YHAA 1BISA 3OY9A 1HJRA 5HROA 2E6MA 1JLGA 4M42A 5JS2A 4CERA 1DLOA 2HNDA 1Q9YA 5CYQA 4M3TA 3SZ2A 3U3YA 1NK8A 4I9QA 3NF9A 3PX6A 4HCCA 1ZBFA 1JLCA 3NE6A 1CLQA 3AO1A 3NF8A 3LZIA 3HK2A 3ZSVA 3ZT3A 4DQIA 2KQ2A 3FFIA 4KREA 1JLBA 1LAVA 1ZBUA 3ITHA 3NFAA 4C8MA 3ZSZA 1NOYA 4KAZA 2P1JA 5FRMA 3HVTA 4CJKA 1HYVA 3PY8A 4BE2A 1KVAA 1LAWA 2Z1GA 4FJGA 4HCBA 4KPYA 2BDPA 2IS3A 3VN5A 4GMJB 2E4LA 3IS9A 4OKEA 1ASUA 4AHSA 1TKZA 3ZCMA 4N47A 3AO4A 3DYAA 3PO4A 4DS4A 1EP4A 3KLFA 3VQBA 1TKDA 3OYIA 3WNGA 1RDBA 2FBXA 3SUNA 2BE2A 1J9AA 5FDLA 3QEWA 2OA8A 4DSKA 1ZBHA 1HPZA 4KFBA 3G0ZA 4HVJA 3F9KA 4CJQA 3EYZA 2XY7A 2OPQA 4LH5A 3QESA 3SQ4A 4N76A 2A1RA 3NH2A 4IDKA 3ULDA 1QSYA 3VQ8A 2DTUA 1BIZA 4BWMA 1WSJA 1JXBA 3QINA 4CHQA 4M3RA 3LAKA 3L2WA 5KTQA 2ZD1A 1YT3A 1C6VA 4CEEA 5J2QA 4Z4GA 4M45A 2HB5A 2AJQA 3O3GA 1BI4A 5C24A 1GOBA 4C8OA 1A5XA 4NCBA 2FC0A 2P51A 1EKEA 3JYTA 3WNFA 2VG5A 2OZMA 2YNHA 2W42A 4DQSA 1NKBA 2RF2A 1L3SA 3T19A 3ISNC 3ZSRA 2OPSA 4CK2A 4CFBA 3SPZA 1NKCA 4CESA 3QEXA 3M8RA 4CJWA 3LPTA 2XO7A 3QETA 4CJLA 2HHSA 1X9SA 1T7PA 4CJUA 4KB0A 3S3NA 4EP5A 4H4OA 1S5JA 4NYNA 1U48A 4KHYA 2GV9A 3HPHA 3CFPA 2YNGA 1ASWA 4OKKA 1TK0A 1JL2A 4CJTA 4E89A 4BE0A 4E7KA 4O0IA 3NH0A 1IO2A 2O4IA 3QLHA 3LWLA 5HLFA 1HYZA 1HYSA 4CJPA 1C1CA 4CEAA 4DFKA 3K5NA 4NYFA 4ELVA 2KZMA 3DLGA 1ITGA 2FBTA 5KGWA 3TABA 4B9NA 3ZT0A 4FJMA 1BL3A 4JRPA 3SUPA 1VSEA 2G8HA 2LSNA 4E3SA 1JKHA 3L2VA 1HRHA 3M8QA 4CGGA 4CGDA 4CHNA 3KTQA 1QQCA 1VK0A 3CFOA 3ZT1A 3NHGA 2OYQA 3RR7A 1L3UA 2X6SA 4CGJA 3V4IA 1I39A 3TAGA 4FJJA 1TKXA 1B92A 4CJFA 4QOZB 2XY6A 1BGXT 4C8NA 2DFHA 4AH9A 4DFJA 3RRGA 4FLTA 3V9SA 4DTUA 3PX0A 4KI6A 3QIOA 1VSJA 4W5TA 3OYLA 3RR8A 2X6NA 3AA3A 4E19A 1KLNA 1WSGA 2RPIA 1VSFA 3AA2A 5EU7A 2RN2A 3AA5X 4I9LA 1UAXA 3SV4A 1LV5A 1KVCA 3OYDA 4BDPA 2BGGA 4FM0A 4CGFA 1HQUA 1U49A 4Q0BA 1FKPA 4M41A 5FROA 3OYJA 1S6QA 1I3AA 4IFYA 3DLBA 1L3TA 4ELUA 4FZYA 4QCLA 4H8KA 4F4KA 3CG7A 2KW4A 3AVLA 2YKNA 4CIEA 1RT6A 1N6QA 1KVBA 4PUOA 3AVBA 5I42A 2PYLA 3KLHA 2D5RA 3KK1A 4JS4A 2RKIA 1HNVA 4MFBA 3RMCA 1T05A 4J2BA 3L8BA 4RW8A 4AHCA 4AHRA 4TSXA 4CHZA 1RTDA 1CXQA 4CFCA 4DTPA 2IAJA 3AVCA 4CEOA 3JSMA 2Y1IA 4R5PA 1S9GA 2XY5A 2B6AA 2P5GA 3TANA 2PY5A 3SQ2A 3WNHA 3THVA 1W0HA 2VG7A 3V1RA 3OYFA 3M8SA 4KI4A 4DMNA 3KJVA 2DFFA 3V9XA 2G8VA 3V1OA 1Z25A 2G8FA 2Q3SA 4CEDA 4DFPA 3VQCA 3TARA 4I2QA 3TAMA 3UIQA 2QKBA 4FM1A 4FJNA 5J2MA 4ID5A 1S1WA 3SJJA 4DTNA 2YNIA 4RG8A 4LSLA 5T7BA 4FLWA 1J53A 4L8RB 1CZBA 2DFEA 3AVGA 1A5VA 2HHXA 4FK4A 1VSIA 3AO3A 4DTSA 2QK9A 1X9WA 1KTQA 1Q9XA 2YKMA 1LW0A 1F21A 1IH7A 5JS1A 4DLEA 1SL0A 4CHYA 4ELTA 1S1XA 3SV3A 1QTMA 1RNHA 3O3FA 4CIFA 3IG1A 4FW2A 4B8CA 4Z4CA 5KI6A 4AILC 1XI1A 4CJ3A 3KK3A 1RTJA 4FJXA 3OJSA 1LW2A 1D5AA 2YNFA 1O1WA 3MXMA 4IFVA 4NCAA 3LDSA 2KZZA 2NUBA 3ZSQA 3L3VA 3OYGA 4FJ7A 1BQMA 1GOCA 4M3XA 1JLFA 3LPUA 3K59A 3SQ1A 3DLKA 4OKJA 4BWJA 3OS1A 2X78A 2YV0X 4FLVA 4KTQA 3HL8A 1NK0A 3OYCA 4FW1A 3T1AA 4CJSA 4ZHRA 4B9UA 2HHQA 1KRPA 4Y1CA 4DQRA 3LAMA 1EETA 1X1PA 1U4BA 4B9MA 4Z4EA 2Z1HA 1TL3A 3V9WA 3TAFA 1D9FA 4F2RA 3OYHA 1S1TA 5KRTA 1RTHA 3TI0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KIOA 4E7LA 4IJAA 4DWIA 1NGHA 3VQ7A 4KKOA 4OVLA 3HP6A 2P5OA 4B9QA 4H4MA 4BGBA 3VEOA 3K5OA 1U45A 3DRRA 4M3YA 3RSEB 3CC4N 4DR1K 2VWKA 4MO4A 4BC5A 3K58A 5C2DA 4KHWA 3DI6A 1T03A 4J8FA 3QBXA 3A0IX 1BWFO 4IG3A 5B8HA 2I7PA 4N5SA 3W3DA 2Q2RA 3JS6A 2W40A 2A42A 2JWKA 3KKSA 3MWTA 4DSEA 1J5OA 1VQ6N 3PLAA 3TAPA 4JKFA 1YVUA 1BQNA 4FJHA 2E20A 3HRGA 4JV5K 1D8YA 1DTQA 4XEIA 3ASMA 2YHYA 3O9RA 1JLAA 4RW9A 4HTUA 3D0PA 2HMIA 4HHTA 1J54A 1IKYA 2UXCK 3LZJA 1JLQA 4E7IA 3OYKA 3C65A 4K0KK 4HWIA 3SQ0A 5CYMA 4LF8K 2JWLA 1S9EA 4AHUA 5ADXA 1GLJO 1N8RO 1NJZA 5F0XA 1IBLK 4E7HA 3IDHA 2GUIA 1P8ZA 3QNNA 4DCHA 4HUFA 3EE8A 1NGIA 3K9KA 4GY2B 4CJVA 3SBGA 4G1QA 4DR6K 4DR7K 1NK9A 3RSEA 1JXEA 3VETA 1RBSA 3A5LC 3CJ1A 1KC8O 3G6EN 1HNWK 2QKKA 3QDKA 4BGAA 3PY8A 1LWFA 3B8AX 1J6ZA 2W41A 4ILJA 3LP2A 2OTLN 5AQJA 4BRAA 1REVA 4BRHA 3KHYA 1NMDA 1N33K 4Q5VA 1M90O 4JKGB 1WNSA 1N5YA 1FK9A 1GLBG 3HM8A 4Y1DA 2QWPA 4YOTA 2ITMA 5DM6L 5J2PA 1HKCA 1QVGM 1ATSA 1VQPN 3E9OA 3H3OB 1J5EK 2CGLA 1S3XA 1OVQA 4BRIA 4BRGA 3VQPA 1QE1A 2D4WA 3QEVA 2F8SA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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