5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Integrase
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/inhibitor
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
4OLAA 4C8NA 5EU7A 3ZSVA 1ASUA 1TKTA 2FBYA 5K14A 3VQPA 4B9LA 2OYQA 2ATQA 1BIZA 3V9WA 3RMDA 4OGCA 1YTAA 3SUPA 3NBPA 1SL2A 4CFBA 3HJFA 3SI6A 2AJQA 4M3RA 1LAWA 1NKCA 1JLQA 3ZSXA 4FJ7A 3NH0A 4O44A 3LDSA 3K58A 1KRPA 1ZBLA 2ZD1A 3RWUA 1HPZA 4CESA 3SQ1A 3KLEA 4B9SA 5D3GA 1IKWA 2X78A 3OS2A 1KLNA 3G0ZA 4MFBA 4JS4A 1R0AA 4I9QA 4LSLA 2HW3A 3OYKA 1NJYA 3KKSA 4CJQA 1CXQA 3KTQA 4N41A 3DRPA 1NK0A 2VG5A 2XHBA 4N47A 4Z4IA 4OPJA 4AHRA 2GUIA 4OKEA 3OYNA 4E3SA 4NCBA 3OJSA 4OKKA 4CGHA 1HNVA 4CEBA 4CEQA 1KVBA 1BIUA 1RBTA 2FBXA 2IGIA 1WLJA 3M8RA 1U45A 4NYNA 3DI6A 4FJ9A 4Y1DA 1HMVA 3MXJA 3LZIA 1QS4A 2YHBA 3QEXA 3SZ2A 1RT5A 3LANA 3OYCA 3QEIA 1VSMA 2RF2A 3U3YA 1TK8A 4FW1A 3M8QA 1ZBIA 3ZT4A 1KFDA 3ZSZA 2I5JA 3HL8A 4KB1A 4CERA 4E1NA 3V6DA 3OYAA 1L3TA 3A2FA 3VQCA 4CHNA 4AH9A 4LY7A 4YFUA 3CFOA 2KFZA 4KO0A 3F9KA 2X74A 2IS3A 4CIGA 1NK5A 2HMIA 2P5GA 5SZTA 4LD0A 1K6YA 4GMJB 2KQ2A 1TVRA 3K5LA 3SNNA 1IKVA 1RDDA 5KRSA 2PY5A 1KTQA 4O55A 4CEOA 5KTQA 1ZBFA 3F73A 2OPSA 4CIEA 1JL1A 4H4MA 4C8MA 4B9NA 2HB5A 3DRSA 5FROA 3T3FA 3IAYA 4CHPA 3OYEA 1LAVA 3KIOA 4B9TA 1DTQA 2FC0A 2HVIA 2HHTA 3DLEA 3TABA 3VQAA 4KFBA 1ZBHA 5CY4A 2NUBA 4DFPA 4FJLA 5J2MA 5JS1A 3AVNA 1HRHA 3QO9A 1D9DA 1BI4A 3L2WA 2KW4A 3KLFA 4EZ6A 3S3OA 1U47A 4IKFA 1FKPA 2YV0X 4C8OA 2PYJA 3KLHA 1HYSA 3I0SA 2DFEA 3LAKA 3V4IA 1B92A 4F8RA 2HHXA 1VSJA 1C1AA 1D8YA 4GW6A 4DQPA 1BQMA 4O0IA 1TKDA 4KPYA 3ZT1A 1SKSA 4FK0A 4KI6A 2R7YA 2G8HA 1KCFA 3KLIA 3L2RA 3EZ5A 5HLFA 4CF9A 4B9UA 1EXQA 3ZT0A 4CHOA 4CF2A 3NAEA 1RTJA 2HNYA 4E7JA 4KI4A 1S1TA 3TAEA 3PX0A 5JS2A 3V9UA 3V1RA 2XY5A 3CFPA 4M41A 4AHSA 2OPPA 4CK1A 2QKBA 4QOZB 4HHTA 4Z0UA 4HUGA 4FM2A 3LWMA 5I3UA 2XY7A 3VQQA 1J54A 2X6NA 3DOLA 2F8SA 2ZE2A 2FBTA 3AVHA 4OJRA 4E89A 4FJ8A 1QSLA 4L8RB 1TAUA 3P5JA 4CJFA 3QNNA 3V9XA 5FDLA 4CF8A 3SJJA 4K8ZA 4DTMA 5HRPA 3TANA 4IG0A 3SPYA 4RW4A 4DLEA 4ZHRA 3PX6A 4CJKA 1KFSA 1ITGA 2P5OA 1IKXA 3RRHA 3O4QA 3DMJA 1EETA 1VSFA 5CYMA 4DG1A 4FJIA 3O3HA 1BCOA 5HRRA 3MEEA 2ITGA 3HK2A 1RT3A 4O0JA 4FCYA 1EKEA 2P1JA 1BL3A 3ZCMA 1W0HA 5J2NA 4E7LA 2OZSA 2DFHA 4Y1CA 3QINA 3VQ8A 2RN2A 4OGEA 5DK5A 4BWMA 3NE6A 3VA0A 2FBVA 3K5MA 4B8AB 4E7HA 5J2QA 4FJNA 3ZT3A 4F4KA 1N5YA 2BANA 1S1VA 1RTIA 3OYLA 1VRTA 1T8EA 1VK0A 4KAZA 1NJZA 1BI4B 2QXFA 3OYDA 1C1BA 4W5NA 2VG7A 1WN7A 4DFMA 1YTUA 2A1RA 4BWJA 3P83D 1C0UA 3HPOA 3JSMA 4CJTA 1JLAA 3PX4A 3AA2A 5KGXA 2A1SA 4DQSA 4JS5A 2RKIA 4ELUA 4HUEA 1HQEA 3NFAA 3NF9A 4DTJA 1QSYA 2WOMA 3L2UA 4DQRA 1YVUA 1S5JA 3OS0A 3QETA 4FZZA 2YKMA 3AVJA 4IFYA 4DMNA 3HP9A 5SWMA 3KK1A 1IG9A 3ZSOA 1RDBA 1FKOA 3KK2A 4DTSA 3NH2A 3AVCA 3OYFA 3T19A 1D5AA 3HSTB 3KD5E 4IBNA 4W5QA 4DTOA 5KGWA 4O4GA 1KVAA 2E4LA 3V1OA 5HRNA 3HP6A 5C42A 2F96A 4CJSA 3AVIA 2Q3SA 3OYMA 3QERA 4M3YA 2DTUA 4M3XA 4K8XA 2HNDA 4E1MA 1O1WA 1UOCA 4FJMA 1KSPA 3D0PA 2KFNA 3MECA 4DU1A 3MXIA 1TGOA 3G10A 1XI1A 4DSEA 1T03A 3VQ6A 1Z26A 3OYIA 1SV5A 3DM2A 4DWIA 1IKYA 1S1UA 1S9EA 1CLQA 3AA5X 3HXMA 1TK5A 4DU4A 3QNOA 1BHLA 1WSJA 3AO5A 3C6TA 1HNIA 3E01A 4CIFA 3RTVA 1XC9A 1T7PA 3AO3A 2YNHA 1SL1A 3OS1A 3O3GA 3K59A 1HQUA 4F3OA 3HVTA 4FK4A 1CXUA 1DTTA 1QTMA 3RMCA 1FK9A 3SUQA 3L3UA 2D0AA 3WNGA 4M42A 1RCHA 1NJWA 4GVMA 2Z1GA 1I39A 3ZSQA 1FXXA 3RR8A 1TKZA 3H08A 2OA8A 4FJXA 3O3FA 4J2BA 4KHWA 2QK9A 1EX4A 1Q8IA 5CZ2A 4CHYA 5HRSA 1Y97A 3SQ2A 1I3AA 2G8KA 4ELVA 2KZZA 4IFVA 3VQBA 4BACA 4HCCA 3B6OA 2GBZA 5CYQA 4FJJA 1QE1A 1C6VA 3ISNC 4Q5VA 4ZTFA 3DLBA 4B9VA 1NK6A 1RBUA 2IDOA 3C6UA 4DTUA 4KB0A 3L2VA 4JLHA 4IG3A 3NHGA 4RW9A 3MEDA 4W5OA 1RNHA 2HNZA 3TAGA 1NK7A 5DMRA 3RMBA 4M3WA 5FRMA 1KLMA 2YNFA 1GOCA 2G8IA 4FZXC 2O4IA 4CEEA 4FLXA 3SYZA 3SPZA 4E0DA 4DTPA 3S3MA 2JLEA 1L3VA 1JXBA 2IC3A 1C0MA 1HYVA 3QIOA 2E6MA 3VQ5A 4CFAA 1BQNA 4EP4A 1BCMA 3PY8A 2HHUA 4CGJA 2BDPA 1U49A 3AVMA 2D5RA 3K2PA 1U4BA 2B6AA 3NGYA 1J9AA 1JLGA 1SKWA 4KTQA 1B9DA 2OPQA 4OVLA 4UQGA 5C25A 3SUNA 1RILA 4BE2A 2OZMA 1BISA 4M3UA 4M45A 4DTXA 3SV3A 5C24A 3LPTA 4CK2A 4FJHA 4M3ZA 4FM0A 3SQ4A 1RT6A 3AO2A 1UWBA 3VA3A 1W9HA 4ICLA 3HPGA 4CF1A 3THVA 1TL1A 4FLTA 4C8LA 4M3TA 4NYFA 3NF8A 4BE0A 4H8KA 1DLOA 1LWEA 4CEDA 3I8DA 1JLEA 3KKRA 1GOAA 3LP3A 4CFCA 2F8TA 2YHAA 4DSLA 5HP1A 1N6QA 4HVJA 3LP2A 2Z1IA 1RT2A 1UA1A 4FYDA 3QLHA 1NK4A 2O4GA 4CJPA 3ITHA 4CJVA 1NKEA 1LWFA 4CJ4A 3HYFA 4AHCA 1VSEA 3L2QA 2PYLA 1WSGA 2B5JA 1NOZA 4FW2A 3C94A 4KV8A 3VN5A 4E7KA 3AVAA 3PO4A 4BDYA 2LSNA 3AVBA 3LZJA 3V9SA 4FLYA 1HYZA 4FLZA 3M8PA 2OPRA 4CJEA 4BDPA 1L3SA 2HHVA 4I2PA 5E41A 1BGXT 2B4JA 3RRGA 4KKOA 3LP1A 1B9FA 4CJUA 4N76A 2YNIA 2XO7A 4DF8A 5KI6A 3NH1A 3MAQA 4DQQA 4I9LA 4E7IA 5HROA 3AA3A 2EX3A 3HM9A 4FVMA 3NF6A 4DSKA 3VQ9A 3ZSYA 3QEWA 4XIUA 3M8SA 1IH7A 4CK3A 3K57A 3L8BA 3WNEA 3OVNA 3P1GA 1WSEA 1MU2A 2BE2A 3OJUA 3SV4A 3OYBA 3O4NA 4JRPA 1X1PA 4QAGA 1YT3A 1Z25A 2XRIA 4CJ3A 1U48A 4J2EA 1RT4A 4B8CA 4W5TA 4CGFA 4NCAA 2Y1IA 4FK2A 4RG8A 4HTUA 4FXDA 4CECA 3AO4A 2D0CA 4KHNA 4DSIA 1JXEA 1VSKA 1WSFA 4FZYA 3WNFA 1RT1A 1A5VA 3AVLA 3OY9A 1QQCA 1TK0A 1NJXA 3B6PA 4KTWA 1XHZA 2DFFA 2XY8A 4KREA 1A5WA 2YNGA 3BGRA 2Y1JA 3CM6A 3DLGA 3VQDA 4RW6A 1WAJA 5CZ1A 2HHSA 1WSHA 1RTHA 2YKNA 2G8WA 1QHTA 1VSIA 3DRRA 4CJWA 3DLHA 3OYJA 3NCIA 4KHQA 1A5XA 1NKBA 3UIQA 4RW7A 2VWKA 3CM5A 1TL3A 1UAXA 4CEFA 2HHWA 1JL2A 1REVA 4FJGA 1NOYA 3S3NA 2JGUA 1T05A 3HVRA 3DOKA 3LP0A 1LV5A 4HUFA 1KVCA 4AHTA 3KK3A 1HJRA 4C8KA 3NDKA 4MQ3A 2P51A 1X9SA 4B3OA 2DY4A 2GV9A 1L3UA 3D45A 3AO1A 2ETJA 2KZMA 2RPIA 4EZ9A 2EHGA 1JLFA 4EP5A 5FRNA 3CQ8A 1RBSA 1RDAA 1JKHA 3VQ4A 4G1QA 3TWHA 4CF0A 3V9ZA 4KHYA 2WONA 3CYMA 4CJ5A 4E19A 1J5OA 3S9HA 4ID5A 4PUOA 4I2QA 3DYAA 3I0RA 3ZSWA 1ZBUA 3QESA 1NK8A 4NCGA 3AA4A 1TKXA 5I42A 1SL0A 5J1EA 4FM1A 3TAQA 4R5PA 3KD1E 4N56A 2Z1HA 5HBMA 3TAMA 3EY1A 4Z4EA 4HCBA 1UA0A 1RDCA 1D9FA 4CGIA 1XHXA 4OLBA 3KLGA 4LH5A 4CGGA 1TV6A 1SKRA 2D0BA 4B9MA 4FLWA 1RBVA 2VWJA 1X9WA 4Z4GA 1S6QA 1VRUA 4LH4A 3L3VA 2VG6A 4FLUA 4PA1A 3ZT2A 3QEPA 1S9GA 3NF7A 4CJRA 3AVFA 3V81A 1NK9A 3LAMA 4CE9A 2BGGA 1JLCA 3ASMA 4CHQA 4KRFA 4AHUA 3EYZA 4KHSA 4DF4A 1J53A 3BDPA 1VSDA 1LWCA 1U04A 4TSXA 1TAQA 3LWLA 4KHUA 1LW2A 2Z1JA 3U6FA 3T1AA 3VQ7A 1VSLA 1RT7A 1GOBA 3C95A 3U3GA 3K5OA 3HT3A 3HO1A 1QSSA 3TI0A 3RMAA 4WE1A 2KTQA 4Z4HA 4Z4CA 1WNSA 4AHVA 3HPHA 4DQIA 4FJ5A 3NGIA 3CG7A 3NGZA 4DTNA 3MXMA 1VSHA 4Z4FA 3K5NA 4PWDA 1LW0A 1C1CA 4FLVA 3ZSRA 4DFJA 2PZSA 4DS4A 3QEVA 3PO5A 3JYTA 1Q9YA 4LSNA 4DTRA 5J2PA 4DFKA 3ULDA 3AVKA 3ALYA 2G8VA 4Q0BA 4ID1A 4QCLA 1SUQA 5T7BA 4JRQA 3TARA 4F2RA 2IAJA 4O5BA 4YNQA 1S6PA 3FFIA 1IO2A 1C0TA 1CZBA 3DLRA 4RW8A 4CFDA 4W5RA 3OYGA 4DS5A 1WAFA 3LPUA 1G15A 4KTZA 4OKJA 3SQ0A 3TAFA 1RTDA 4ELTA 4CEAA 4I7FA 3QIPA 3PUFA 4F3TA 4BE1A 4PQUA 1RBRA 4IDKA 2QKKA 3DLKA 3WNHA 3AVGA 4OPKA 4DSFA 3LALA 2HHQA 4DSJA 3VQEA 3OYHA 2XY6A 3TAPA 2ZQBA 4DU3A 4FJKA 5KRTA 1ASWA 4N5SA 3RR7A 1S1WA 1EP4A 4PY5A 3KJVA 4F2SA 2G8FA 3MEGA 4DLGA 4AILC 3SCXA 4J2DA 1WSIA 1XWLA 3IRXA 4CGDA 4B08A 4BDZA 4ZTJA 1F21A 3IS9A 4CEZA 4CCHA 1S1XA 3IG1A 2E6LA 4CHZA 2IOCA 3TR8A 1L5UA 2HVHA 1ZYQA 3PV8A 2G8UA 3SUOA 3V1QA 1X9MA 2W42A 4CJLA 3CFRA 1Q9XA 3AV9A 1JLBA 2X6SA 1CZ9A 4J2AA 1ASVA 4H4OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NGDA 1DGKN 3ZSVA 1ASUA 1YUWA 4JD2A 2FBYA 3QBXA 4B9LA 1GLAG 2OYQA 2ATQA 3TTFA 4GKKK 3V9WA 1BUPA 3CETA 4FWRA 3C6AA 3SUPA 4L3QA 3HJFA 3SI6A 2AJQA 1LAWA 1JLQA 3RWUA 3VF4A 3HBTA 4A59A 1HPZA 4CESA 2NRRA 3SQ1A 1ILYA 4JI7K 2KLAA 2F4VK 1IKWA 2D1KA 2X78A 3OS2A 2HW3A 4I9QA 3KTQA 1NK0A 5AQUA 4Z4IA 4OPJA 2GUIA 4OKEA 4OKKA 4CGHA 3D2FA 1KXPA 1O13A 1WLJA 3CC2N 4FJ9A 4Y1DA 1BU6O 3QEXA 5ELZA 1GLBG 1HKCA 1RT5A 3H3OB 1TK8A 3K9JA 4I6MB 4KB1A 1L3TA 3OYAA 2O8EB 4AH9A 4YFUA 3UKUB 2FSJA 2KFZA 4KO0A 3O80A 5SZTA 2CH5A 2P9IB 2KQ2A 4IOXA 3D6RA 2BH1A 1IKVA 1RDDA 5GAGP 4FPBA 4WFNL 4YOTA 4BREA 2OPSA 5AQKA 5KQDA 1XNRK 2HB5A 5FROA 3T3FA 3IAYA 4DR7K 4JI8K 4JD2B 1VQON 5JLFA 3ENBA 3L4QA 5ADXH 5CY4A 2CH6A 4MLEA 5J2MA 3CQXA 1HRHA 2KW4A 4EZ6A 3CMAN 1FKPA 3EN9A 4PL8A 3I0SA 2DFEA 4ILGB 3H1VX 1D8YA 4DQPA 3WT0A 3MMVA 4BGBA 5HLFA 3ZT0A 4CHOA 3NAEA 1YHQN 1NWKA 3FFKB 5JS2A 3V1RA 2XY5A 3ID8A 2OPPA 4AHSA 2O8DB 3LWMA 2D0OA 3ZETA 4PKIA 3H6EA 2NRHA 2GEMA 1MWMA 3CD6N 4CD3A 4AF1A 2BTFA 4K8ZA 2E2PA 4JK7A 1VQ4N 3TANA 4IG0A 3SPYA 4DLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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