5I9EB

Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
351
Chain Sequence
VAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
molecule keywords Actin-related protein 4
total genus 95
structure length 351
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5i9eB03
4BC3A 4BGAA 4K42A 1GLAG 4CBWA 1TUUA 4BRDA 5AFUA 1NLVA 3CJ9A 2QWPA 3MN6A 4IJAA 1QZ5A 1NGGA 4J8FA 1S22A 4K41A 3CJCA 1BO5O 3LM2A 5CE3A 3J8AA 4JAXA 4IXCA 4JD2B 5AQGA 2IVOA 5BREA 3SMPA 2IVPA 4CI6A 4EAHD 1SQKA 1U6ZA 5AQVA 3OHRA 3ENHA 4FOIA 5AQLA 4BRAA 3D7EO 5KQ8A 2BUPA 3HM8A 2HMPA 1CZAN 2AA4A 2P9IB 3O1WA 4IO8A 4L3QA 3UKRA 1BU6O 4A2BA 2A40A 5BR9A 4B1UB 1LOTB 1QQNA 3VERA 3CJBA 1NGJA 3QBXA 2ASMA 4MLEA 3CJ1A 3ZETB 4H0YB 4H0OA 2YCHA 3SMSA 5BPLA 3O80A 5AQNA 1KAXA 4JNEA 1OKJA 2E88A 2E2QA 2E1ZA 2IIRA 3DAWA 3FZMA 1S3XA 2Q0UA 2QWLA 2P9KB 3CQYA 1XQSC 3R8EA 4I6MB 4PKIA 4WYBA 3CJAA 2GWJA 3DXKB 4B9QA 3UB5A 1NGBA 3MCPA 3GOIA 4WQ4A 4BC2A 1IG8A 4BG8A 3VGMA 5FPNA 3SJHA 1Z6RA 3QMLA 3ZETA 4FPBA 4YDUA 3UE5A 1QZ6A 2ZGZA 2P9UB 1TYQA 2YHYA 4FSVA 1GLCG 2YJFA 3A0IX 2YHWA 3O4WA 4H0PA 4CZMA 5JLFA 1NMDA 5EXWA 1HKCA 3BEXA 3GE1A 1JCFA 1ESVA 3CHWA 4EFHA 3QFUA 2P9KA 4BR5A 5AQYA 4I6MA 4CZKA 4EHUA 1JCEA 2IVNA 2F9TA 4FWNA 2GTDA 3EZWA 3EL2A 3DXKA 3FZFA 3IDHA 4H03B 3FLCO 1BA1A 3G25A 1J6ZA 1C0GA 2A3ZA 1U2VA 3JS6A 3QDKA 5BPNA 1X3MA 4PKGA 3CQXA 4H0XB 3VEWA 3W0LA 5JICA 1YVNA 4B1WB 3ZX0A 3BP8A 2QWNA 2NZTA 4BC5A 3D2FB 1BOTO 3VGKA 3M3ZA 5EOYA 3CI5A 4JHDB 4BR0A 3DWLA 1ZBSA 5EX5A 5AQHA 3H3OB 3WXKA 1GLDG 1Z05A 3H3NO 4BVPA 4BROA 4H5NA 4LC9B 4AM7A 3O6WA 3GL1A 4CBUA 3ZX2A 4BR2A 1BUPA 5AQTA 3AAPA 5AQWA 2YJEA 4BRNA 1HPMA 5EY4A 5F2RA 5F0XA 4E1JA 3W3DA 2P9NA 2I7NA 3MN7A 2P9PB 3D2FA 3AAQA 5KPZA 2YHXA 4BRPA 5BN9A 3WXIA 4JHDA 5TKYA 2P9LB 5AQFA 3CETA 3A5OC 3GDQA 2ASPA 4O8KA 2VWBA 2YI1A 3BUZB 5AQSA 4RCHA 1NGFA 5KQDA 1E4GT 1ZXOA 3GG4A 4A62A 5BN8A 4FPAA 4B1XB 4F9OA 4M7XA 3KZBA 4MLHA 4CZFA 2FF3B 2GELA 2NLXA 2ASOA 1NGCA 3D2EB 4K43A 3WEEB 3A5NC 4BRKA 1HKBA 4PL7A 3EKUA 4QS7A 3LDOA 4FWRA 3VEOA 4BRLA 1T6CA 2P9SB 1MWKA 3HTVA 3O5BA 1K8KB 2E2NA 3H1VX 5AR0A 3VF2A 1GLEG 4H0VB 3IMXA 2HF3A 3WXLA 2J4RA 4JD2A 3WQTA 1HLUA 2HOEA 2UYTA 3ATVA 4HWIA 3LL3A 4BRHA 1NGEA 1KAZA 1NBWA 2E20A 4BRQA 1TUYA 1YUWA 4XH1A 5AQUA 4AM6A 3ENOA 1ZC6A 2P9IA 3C7NB 3A5LC 2QWOA 4FWKA 3VEYA 2ZWHA 2QWMA 3D2EA 4K25A 2CGKA 2V51B 2AP1A 3VPZA 3FZKA 1JCGA 5AZJB 2E2PA 4BR9A 3VEVA 4WQ5A 3A5MC 2OANA 1K8KA 2VYPA 3R6MA 3LDQA 4CZIA 2QW9A 1WOQA 5KPTA 4M63C 5FPDA 1G99A 1GLFO 4PKHA 1HUXA 2FSKA 4XH4A 3O08A 2BTFA 4WQ4C 4BRMA 4CZEA 1YXQA 4H5WA 3U8XA 1QHAA 3VETA 3EN9A 3MN5A 2CH5A 5AQXA 5ADXA 2KHOA 4DB3A 1RDWX 4YDUC 4BGBA 2D1KA 2F9WA 4Z94A 3M6GA 2P9UA 2FF6A 4RWTA 3VENA 1T44A 3CERA 4A2AA 1E4FT 3FE1A 3EKSA 3LM9A 4IWVA 1BWFO 3HBTA 4ISGA 3ULEB 1V4SA 3U9ZA 1X3NA 1T6DA 4FWLA 5AZIB 3DJCA 1GLBG 5AQZA 2I7PA 1KAYA 3KHYA 2A5XA 1GLJO 3HSCA 5AQKA 2CGJA 5B8HA 1QQOA 3KVGA 1ATNA 3MMVA 4B1VA 3S41A 4FWOA 4DQ8A 5BRDA 5AFUH 1XUPO 4CBXA 4MO5A 2GEMA 2VCPA 1DGKN 4XH5A 2EWSA 3VOVA 3QB0A 3RSEB 4IJNA 3JXUA 1H1VA 4IZ9A 5KPRA 2GWKA 4XEIA 3ULEA 4H5TA 5AZIA 1ATRA 5E84A 2W40A 4PL8A 3MDQA 3CJ7A 3EO3A 1P8ZA 1EQYA 4BG9A 4BC4A 3UKRB 3CIPA 2D0OA 1NWKA 2QWQA 4BVOA 2E1YA 4DCHA 4HTLA 4BRCA 1LCUA 2PAVA 3H46O 4BRGA 1ATSA 3LDLA 3I8BA 4FWSA 3L6QA 4O5FA 1YAGA 2D4WA 2P9PA 3VESA 3ID8A 4H5RA 3LDNA 1XC3A 5AQMA 1Y64A 4CJ7A 3L4IA 2E8AA 3M1FA 3RSEA 4FWPA 4CZGA 1D4XA 1DEJA 3O1BA 5AQQA 2Q1NA 2WUSA 1BDGA 2ITMA 2P9LA 3MN9A 4BR4A 4M7YA 1HJOA 3A8YA 2QWRA 3L0QA 4QS9A 1BG3A 2E2OA 1KXPA 3O8MA 3VEXA 1QQMA 4CD1A 4GY2B 4ISEA 5EVZA 4A61A 1DKGD 3R9PA 1GLLO 3VGLA 4BRFA 3QFPA 1RGIA 5FPMA 3UKUB 3AY9A 4ISFA 1SAZA 2FLOA 4BQZA 5AQRA 2H3GX 4FL9A 3FR0A 3WT0A 1TYQB 2QM1A 1R59O 5LY3A 2D0PA 5I9EB 3WEEA 2Q36A 4FOEA 4C23A 4B1YB 3F9MA 1SZ2A 3H6EA 3U9DA 2P9SA 2A42A 4BR7A 2NRHA 5F1XA 4NB4A 3DXMB 4DHYA 3IUCA 3ATUA 5AQIA 3IFRA 2ZGYA 4FWMA 1U2VB 2A41A 5BRFA 2FXUA 2GUPA 3ZEUB 3HZ6A 1NGDA 4JN4A 3UKUA 2FSNA 4MO4A 3SK3A 5ADXH 2V7ZA 3C7NA 1IJJA 1NGHA 3MK6A 3P4IA 5ELZA 2ZF5O 4Y0WA 3C0BA 4RTFD 4BREA 3HI0A 3U4LA 5JLHA 1C0FA 3FZLA 4EHTA 3QBWA 2V7YA 3VF4A 5AZJA 4WQ5C 5AQOA 4CZJA 3GBTA 4CZHA 1NGAA 4BRIA 3WUHA 3LDPA 4H5VA 1NGIA 4NO7A 2PBDA 3DXMA 4CZLA 1MWMA 3H45C 2HF4A 1X9JA 1Q18A 2FSJA 2CH6A 2Q31A 1HX1A 3TU5A 5BRHA 3AARA 3B8AX 1RFQA 5BPMA 1HKGA 3ZEUA 1MA9B 2P9NB 2Q2RA 2V52B 3TPQA 2W41A 4GNIA 1BA0A 4KBOA 3BF3A 4CD3A 4H0TB 4EIAA 3H1QA 5FPEA 4QS8A 2Q97A 5AQJA 5AQPA 3I33A 3FZHA 2QXLA 1V4TA 3BF1A 3VEZA 3VF6A 3FFKB 3ZX3A 5LJWA 2A6AA 2CGLA 1WUAA 4B1ZA 5E26A 3WXJA 5JMVA 4FO0A 2DPNA 3WQUA 3FGUA 5LJVA 1MDUB 4FWQA 4BQLA 2Q0RA 1NM1A 3SLCA 3QICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BGAA 4K42A 4CGFA 4B8AB 3OBWA 2C1IA 3NGYA 1TUUA 4JKDA 4OO1J 1NLVA 4IJAA 3AO5A 1T7PA 4J8FA 1YHQN 5JS1A 2Y1JA 5BREA 1QVFM 1ZBIA 2IVPA 5JVGL 3RMDA 4FW1A 4DV2K 3VQ6A 1N34K 2HHWA 4NXNK 3HM8A 1CZAN 3O1WA 3S3OA 4L3QA 4JEPA 1W7AA 1BU6O 5BR9A 4B1UB 4C1NI 1JLQA 1QQNA 1QS4A 3CJBA 3NH2A 1IKWA 3CC4N 2YCHA 3SNNA 3O80A 3OYLA 1QSSA 2E88A 4E3SA 3AA2A 3DOLA 4WCEL 4PKIA 1VK0A 4YHHK 1Q8IA 1J5EK 3BZKA 5LMNK 1NK0A 3ULDA 4IFEA 2X74A 4B9QA 3UB5A 3MCPA 4CJRA 1IG8A 3OS1A 1B9DA 1Z6RA 5GADP 2QKKA 1J9AA 4DU4A 1VHXA 2GV9A 2YHYA 2YJFA 4H0PA 1XMOK 3O4WA 3ENBA 1NMDA 4HUEA 3BEXA 1NJXA 4ZTJA 4EFHA 3M5RA 3VQ9A 2YKNA 5T7BA 4AHTA 4H8KA 4EHUA 4FWNA 1TV6A 2RPIA 1S1XA 3PV8A 4CF9A 1J6ZA 1NG9A 3I0RA 3W0LA 4UQGA 5M1NA 5JICA 4W5RA 3C65A 3BP8A 4KI6A 3G4SN 1NOZA 1Q9XA 4YNQA 4BR0A 4CJUA 5EX5A 3SBGA 2WC9A 2VGNA 2KLAA 2Y1IA 3KK1A 4DFJA 4FJLA 3THWA 3ZX2A 4NCAA 2QXFA 1D9DA 4JI8K 4RW7A 1RDAA 3E1YA 3OYHA 1DTTA 3NVKA 4JKAA 3VQDA 1L3VA 3MN7A 3ISNC 1XHXA 3K5NA 3D6RA 5BN9A 5TKYA 4I2PA 4OLBA 1JLAA 1LW2A 3A5OC 4JKCA 2VWBA 1Z26A 3HP9A 1E4GT 3GG4A 3DM2A 1NK4A 5I42A 4MLHA 4RG8A 4K43A 3AVIA 1BCMA 1JLFA 4U7BA 3DLLL 4DR2K 4PL7A 3K59A 4M3WA 1Q86O 3SBTA 2NNWA 2P9SB 3O5BA 1WSIA 1K8KB 2E2NA 3KLGA 2HF3A 4JD2A 3S5TA 3VQCA 1TKDA 4FJNA 4LF6K 2F8SA 4FK2A 3ZT3A 3H08A 4JKGB 2YX6A 4XH1A 5HL7L 1XNQK 1Q82O 4AM6A 2XY7A 3M8SA 2NRZA 3WNEA 1KVBA 3IS9A 3CCSN 1KC8O 2OPQA 2ZWHA 1QSLA 2CGKA 3VPZA 3C95A 2G8UA 4HVJA 3B6PA 3A5MC 4L8RB 2OANA 1K8KA 3DI6A 3AGRA 1WLJA 3R6MA 3LDQA 4CZIA 4R79A 1ASWA 4JK7A 4LF7K 5KPTA 3CYGA 5M1FA 5FPDA 4JKGA 3OS0A 1G99A 1GLFO 4FLUA 3VQ4A 2HHHK 3O08A 3U8XA 1T8EA 3E9LA 3MN5A 3U3GA 5AQXA 5ADXA 3OYKA 3TR8A 4YY3K 4I7FA 1ZYQA 4B9TA 2D1KA 1TK5A 4Z94A 3AVMA 1YJ9N 3O4QA 2VWKA 2FF6A 3HYFA 3VENA 4IFVA 3CERA 1E4FT 3FE1A 2RE2A 2Z1HA 1FJGK 3EKSA 3KD5E 1BQMA 3EYZA 3P5JA 2O8EB 4ISGA 4CERA 5AZIB 2I7PA 3KHYA 4X66K 1RT3A 4JKEA 3SUQA 4O0JA 3P31A 4DTMA 4FJHA 4CW7B 1C0TA 3MMVA 3S41A 4E72A 2DY4A 4LF5K 4DV6K 3QESA 4PHTX 4MO5A 2ATQA 4UY8O 3NF9A 3QB0A 3THXB 3TAPA 3LDSA 3SJJA 2O8EA 4H5TA 5AZIA 4Q0BA 2W40A 1UA1A 2ITGA 4WFBL 2OA8A 3TAFA 1HPZA 2KZMA 1GOBA 4BVOA 2D0OA 4B3SK 4GV9A 4HTLA 2W6LA 4E7JA 2BDPA 1J5OA 3CMEN 1YAGA 2D4WA 1Q9YA 4H5RA 3KLHA 2ZJQL 1XC3A 2HNDA 5AQMA 1O1WA 4PA1A 4F2SA 4CEQA 1HNXK 3THXA 1D4XA 5AQQA 4AF1A 4DSLA 3J7ZO 4Z4CA 1NKEA 5J1EA 4ISEA 3ZCMA 3QLHA 1EWQA 3R9PA 4N47A 1GLLO 3DMJA 4AILC 5J2MA 4BRFA 5FPMA 1RGIA 3AY9A 3SQ0A 2B5JA 4BQZA 4AQYK 4FL9A 2D0AA 3FR0A 5LY3A 4CF1A 3WEEA 4C23A 4E1NA 4FZZA 3U9DA 1UWBA 1C6VA 2OYQA 1YJWN 3VN5A 2OPSA 2RHKA 4Z4HA 3QEWA 2YHBA 3IUCA 4F3TA 4FWMA 4CESA 3HZ6A 4JN4A 2FSNA 1NGHA 3QEPA 3C0BA 4IEEA 3U4LA 5JLHA 3CPEA 2P51A 4FZYA 4DFKA 4DFMA 4EHTA 4DV5K 4DQQA 3C6TA 2NRVA 3NGIA 3VA3A 5HLFA 2O4GA 4HUFA 4B3MK 4Z4GA 4M3TA 3WUHA 3SUNA 1RDCA 3ZSOA 4NO7A 4KHWA 4CZLA 2G8WA 1MWMA 2C1GA 1W97L 3H45C 1X9JA 3TSPA 2ZE2A 1I94K 2FSJA 4LFBK 2CH6A 5CR4A 1HX1A 5BRHA 3HRGA 4IOCL 5FLXO 4FM1A 1RFQA 3CCEN 1HKGA 3M8RA 3RVCA 1MA9B 3AO4A 1KD1O 1OH6A 2Q2RA 3TPQA 4KBOA 4FJ9A 3C6UA 1NOYA 4EIAA 3T1YK 3AO1A 4LF8K 1VQNN 2O8DB 4QS8A 2F8TA 3PUFA 5AQPA 3DLKA 4DTNA 3V9XA 1WSGA 3DRPA 3HL8A 5C2DA 3FFKB 3SZ2A 3T19A 2HVIA 3OTOK 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1X9WA 1K6YA 2HB5A 1GLDG 1Z05A 4BACA 3AA5X 5KGXA 4OPJA 4FJIA 1FKPA 3U6FA 4AM7A 1VQMN 3GL1A 1JL1A 4CBUA 3V6DA 3P83D 3WXMB 3G10A 2KFZA 4CJVA 3OYMA 1HMVA 3ID6A 4DTUA 3AVCA 3QIPA 5I3UA 1L3TA 1RTIA 3LANA 5AQWA 1D8YA 2YJEA 4RW4A 4M3ZA 2UXCK 5TKWA 2WONA 5CZ1A 5F0XA 4HCBA 2P9NA 3TSUA 3NGZA 2GUIA 3JSMA 3AVLA 4BRPA 5CYQA 4JHDA 1NNEA 1VQLN 1U48A 2P9LB 3IKMA 3GDQA 2GBZA 2R7YA 5DK5A 2XRIA 1HYSA 3NHGA 5HRRA 3HO1A 3MEDA 2A1SA 4RCHA 1GOAA 4DV1K 1RILA 5BN8A 4M7XA 3V1RA 3KZBA 1CXUA 4DV4K 2GELA 1LAWA 2ASOA 1NGCA 1HKBA 4QS7A 4FWRA 4CJQA 2W00A 2B6AA 1HQUA 1MWKA 1NK8A 3LP0A 4H0VB 3V9SA 2D5RA 2YNIA 1A5XA 4FM0A 3ATVA 2OZSA 1RDUA 2BGGA 2EHGA 3LL3A 3JAMO 3SAFA 4BRQA 1YUWA 4J2AA 3NFAA 3BY5A 3HOSA 3SPYA 4FJ7A 3RR8A 3C7NB 4CHOA 1LV5A 2QWMA 3MXIA 1UA0A 2JWKA 5C2FA 1HNZK 3MECA 3RWUA 3HVRA 2VYPA 4JYAK 3C6HA 1HR0K 4FVMA 2HBMA 3ZT2A 4CK2A 4O55A 1WOQA 5DM7L 3CM6A 3MX5A 4CE9A 5H1SQ 5M1OA 4CJLA 4CZEA 4BDPA 4GKJK 1RBVA 5HRPA 3EN9A 2HHSA 1LWCA 3SUPA 2KHOA 4DB3A 4CJKA 4YDUC 3NF7A 4FW2A 3MCAB 4JKHA 3M6GA 1T44A 3ZSVA 4A2AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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