5I9EB

Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
351
Chain Sequence
VAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 4
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
total genus 95
structure length 351
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5i9eB03
4JHDB 4PKHA 3SLCA 3FLCO 5AQZA 3U8XA 1CZAN 3BUZB 4BC4A 4PL7A 3H45C 2CH5A 1NGHA 1HKCA 4WQ5A 3ZX0A 1NGEA 5JLFA 5EY4A 3IFRA 2P9PA 3H3OB 4CZEA 4JD2B 4BR0A 3W3DA 5AZIB 2ASMA 4BRHA 4CJ7A 5JICA 2I7NA 4IXCA 4K43A 4MLEA 1YAGA 5FPEA 3O80A 1NMDA 3CJ9A 4K42A 4BRPA 1QQOA 1ATNA 5B8HA 5E26A 2GUPA 3DJCA 1Y64A 1YVNA 3H1QA 3L6QA 3ZEUB 5F0XA 4NO7A 1NM1A 3I33A 4BRMA 4BRKA 4CBWA 3H1VX 1NGAA 1R59O 2QXLA 1HKGA 2YHWA 2ASOA 4H0XB 2GTDA 2E2NA 4FWOA 1Q18A 3SK3A 2IIRA 4JHDA 3R8EA 5KPRA 5AQLA 3UE5A 4NB4A 3GDQA 1X3MA 4FWRA 4E1JA 3A8YA 1LOTB 4BC2A 4L3QA 4M7YA 1T6DA 1EQYA 3VPZA 4A61A 3DAWA 3FGUA 1TUUA 1HKBA 1BUPA 4JD2A 4DCHA 4CZGA 3W0LA 2F9WA 5AZIA 4CBUA 3FE1A 3A5MC 3QMLA 4M7XA 3ATVA 3CERA 5AQWA 2P9UB 4BC5A 3A0IX 2ZGYA 3VOVA 2A3ZA 2D0OA 4B1XB 3ZEUA 4JN4A 3P4IA 3ZX2A 3O1WA 1NBWA 3SMSA 1H1VA 1U6ZA 1V4TA 4BRCA 5KPZA 4B1WB 2V7ZA 2ITMA 1V4SA 4RWTA 5LY3A 1GLBG 3O08A 3VETA 3ZETB 2J4RA 4I6MB 1BOTO 4CZIA 1E4GT 3VF4A 3D2EB 3QFPA 3HTVA 4A62A 3UB5A 2CGJA 3WQUA 2QWQA 4BREA 1RFQA 1GLAG 3HZ6A 2P9UA 1MWKA 2V51B 1ESVA 3KHYA 2QW9A 3WXLA 5JLHA 4BG9A 3DWLA 4PKIA 2FF3B 1MWMA 1T6CA 3LM2A 2Q1NA 2KHOA 4AM6A 2NLXA 1K8KB 3WQTA 3A5NC 4CBXA 3WXIA 4BR2A 1Z05A 4WQ5C 2FF6A 2HOEA 4C23A 5F2RA 2FSJA 3RSEB 3VF2A 5BRHA 4H5NA 5ADXA 3ZETA 2FXUA 3U9DA 2W41A 2YCHA 4MLHA 4I6MA 4QS7A 3A5OC 4HTLA 4Y0WA 3D2EA 1S22A 1BG3A 3FZKA 2AP1A 4BQZA 1MDUB 2VYPA 2YHYA 1SAZA 3UKUA 2Q0UA 3CETA 3GE1A 3O5BA 3H6EA 1BO5O 3WUHA 3QBWA 5AQKA 4EHUA 1DKGD 1LCUA 3EO3A 4BVPA 2VCPA 1JCGA 1TYQB 4BRAA 4BR9A 4HWIA 3VEOA 1YUWA 1X3NA 5AQVA 5FPMA 1SQKA 4EHTA 1NGBA 1NGCA 1HPMA 1NWKA 1RGIA 1E4FT 1K8KA 2P9SB 1OKJA 2E20A 4FOEA 3CIPA 3ENHA 5AQQA 4KBOA 3VEYA 4FL9A 3RSEA 4K25A 1Z6RA 5AFUA 5BPMA 4ISEA 3HM8A 4FOIA 1HX1A 1QQNA 2ZF5O 4B1UB 1GLEG 3AAPA 4PL8A 3M1FA 1XC3A 3WEEB 3OHRA 3WT0A 2QWPA 1C0FA 1ATSA 4FPAA 3CJAA 2A42A 3LDQA 3MMVA 1HJOA 4K41A 2E2QA 4IZ9A 4B1VA 2CGKA 3MN5A 5BRDA 5AQMA 2V7YA 4XH1A 3QFUA 4DQ8A 1G99A 5KQ8A 3C0BA 4O8KA 3I8BA 1TYQA 5JMVA 4GNIA 1BWFO 1NGDA 3JXUA 1KAXA 1WUAA 4MO4A 2GEMA 3U4LA 3B8AX 3KVGA 1NGIA 4DB3A 2P9SA 4BRDA 5BREA 3A5LC 3LL3A 3R9PA 3WXKA 4H0TB 3C7NB 5AQJA 4IO8A 4FWNA 2ZWHA 4H0PA 4EIAA 2E2OA 5AQFA 2P9KB 4FWMA 3WEEA 4B1YB 4Z94A 5BR9A 4AM7A 5AQNA 5LJWA 5FPDA 3QBXA 2QWOA 2GWJA 3VENA 3AY9A 3MCPA 4BRNA 1BU6O 2E88A 4MO5A 3O6WA 5AQUA 2A41A 4JAXA 4WQ4A 2WUSA 5AQHA 1JCFA 5AR0A 1BDGA 1U2VB 5BRFA 5ADXH 2E8AA 3D7EO 2BTFA 3MDQA 2DPNA 1SZ2A 4FWLA 4EFHA 4PKGA 1ZBSA 4H5RA 3C7NA 4H0YB 1QZ5A 5BPNA 3BF1A 3UKUB 2FSKA 1S3XA 1D4XA 3O4WA 5EXWA 5TKYA 1NGJA 3SJHA 2P9KA 3CQXA 3BP8A 4A2AA 1HLUA 4WYBA 4IJNA 5BN8A 2E1YA 3L0QA 5AQYA 3VEWA 2NRHA 3AAQA 1RDWX 1XUPO 1WOQA 3MN6A 3U9ZA 4QS9A 2E1ZA 1HUXA 1XQSC 3FZHA 2HMPA 3QICA 5AFUH 1U2VA 3IMXA 2FSNA 4CZJA 3D2FB 3CI5A 4BQLA 5KPTA 3S41A 2D0PA 2NZTA 2HF4A 5FPNA 2VWBA 2UYTA 5F1XA 1KAZA 4ISFA 4BRFA 4H0VB 3LDPA 2IVNA 4M63C 4ISGA 3EL2A 3F9MA 1MA9B 3KZBA 3FR0A 3AARA 3H3NO 5BN9A 1QQMA 3VESA 2GELA 1JCEA 3ID8A 3LDNA 3QB0A 4XEIA 4BR4A 1KAYA 3BEXA 3TPQA 4FWPA 3JS6A 3ULEB 1GLDG 1QZ6A 2I7PA 5CE3A 2E2PA 2QWMA 2YJEA 3CJ7A 1ZC6A 2IVPA 4FWKA 2A5XA 2D4WA 2QWNA 4YDUA 5AQRA 5AQTA 3MK6A 4BR7A 3UKRB 2P9IB 3MN7A 5EX5A 2W40A 3BF3A 5AQSA 3CQYA 3SMPA 3R6MA 3D2FA 1C0GA 3VGMA 1YXQA 2HF3A 3HBTA 2ZGZA 4RTFD 4CZFA 4BG8A 5LJVA 4BR5A 1J6ZA 1NGFA 5AQOA 5KQDA 2Q2RA 2ASPA 4O5FA 1GLJO 3FZFA 4XH5A 2P9NA 3VGKA 4WQ4C 4FPBA 3DXMA 2FLOA 3ULEA 2CGLA 1NGGA 4EAHD 5I9EB 5AQPA 4BC3A 4CD1A 5EVZA 2QWLA 4H5TA 4J8FA 4H0OA 3VEZA 3LDOA 3EKUA 1IG8A 3UKRA 2P9IA 3L4IA 4XH4A 2F9TA 5ELZA 3TU5A 4CZLA 1ATRA 3O8MA 3G25A 3DXKB 3CJ1A 5AQXA 4CZMA 2Q97A 4BRIA 2QWRA 4FSVA 4BVOA 4RCHA 4FWQA 3GG4A 4A2BA 3HI0A 3QDKA 3H46O 2Q36A 1QHAA 5AQGA 3O1BA 3FZLA 3WXJA 4CZKA 5AZJB 4BGBA 3GBTA 4IWVA 3FFKB 5EOYA 1BA0A 3VGLA 2PBDA 2PAVA 3LDLA 4H5WA 3EZWA 2OANA 1GLCG 3GOIA 3J8AA 4FO0A 4BRQA 3M3ZA 4BRGA 2GWKA 1DEJA 2AA4A 1KXPA 2A40A 3GL1A 4QS8A 1GLFO 3CJCA 3DXKA 3HSCA 2YI1A 2YJFA 1T44A 2P9LB 4CI6A 3ZX3A 3MN9A 1NLVA 3EN9A 2EWSA 3VEXA 4CZHA 3LM9A 2YHXA 4JNEA 1BA1A 2A6AA 2Q31A 4BGAA 4YDUC 5AZJA 1X9JA 3VF6A 4GY2B 3VEVA 2P9PB 1ZXOA 4H03B 3ATUA 3EKSA 4B1ZA 3IDHA 3FZMA 5BPLA 1IJJA 2V52B 3IUCA 1P8ZA 4LC9B 3CJBA 4DHYA 1GLLO 3CHWA 4B9QA 5AQIA 2P9NB 3ENOA 5E84A 4H5VA 2D1KA 3DXMB 2IVOA 1TUYA 3M6GA 3VERA 2Q0RA 4BROA 4F9OA 2P9LA 4BRLA 2H3GX 4CD3A 1DGKN 2QM1A 2BUPA 2CH6A 4IJAA 4FWSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IC3A 3V81A 5AQZA 2HSTA 1CZAN 2IGIA 3CCJN 4CERA 2CH5A 3HP9A 4EP4A 3G4SN 1XNRK 3V9SA 4WQ5A 4GVEA 3WNGA 1S1XA 2P9PA 2O8CA 1YF5L 4X65K 1KRPA 4FJKA 3CPEA 4BRHA 5KRSA 4JKGA 2KW4A 4K43A 4DLGA 4CK1A 3J80O 1NK8A 4B9TA 1DTQA 1ATNA 2G8HA 3OYEA 5E26A 3OS0A 2OA8A 4NO7A 4CBWA 3H1VX 2OPPA 3CF5L 1R59O 2QXLA 2ASOA 5TKWA 2Z1HA 2Z1IA 2E2NA 4HHTA 4RW4A 3SK3A 3EY1A 3HOSA 3R8EA 2X6SA 5DMRA 5AQLA 4NB4A 3GDQA 4FWRA 3UE5A 3A8YA 1T8EA 1RDUA 2FBYA 3J7AP 1BCMA 4I9LA 3SAHA 2YNHA 3VPZA 1RT5A 1RNHA 3SBGA 3HVTA 2UU9K 4CF9A 1Q81O 4DQRA 1HKBA 2NRWA 2D0AA 3HL8A 3W0LA 1NU0A 1Q7YO 4M7XA 5AQWA 2P9UB 1BIUA 3OBYA 1IBLK 4FJ5A 3VOVA 4BDYA 4FYDA 2EX3A 4CHOA 4F8RA 4EZ6A 1NBWA 1D8YA 2B6AA 1H1VA 4EP5A 4BE1A 1GOBA 3K9KA 3CCUN 2V7ZA 2A1SA 1NK6A 4FZXC 3O3GA 3ZETB 4C8NA 1RILA 2OYQA 1HYVA 1JL1A 4OGCA 1A5XA 4CZIA 1E4GT 4B8AB 4A62A 4N5SA 2JWLA 2OZMA 4CGDA 3HZ6A 3ZT4A 2P9UA 1MWKA 2V51B 4DV7K 2QW9A 4CJPA 3WXLA 4CJKA 3F73A 1N5YA 1S1TA 3DWLA 4RW8A 1S1VA 3OS2A 1JJ2M 3LM2A 3HP6A 3E1YA 4KKOA 3I55N 4C23A 3RSEB 3N4PA 3QERA 3L2WA 3ZETA 2W41A 2YCHA 4AHVA 4DSEA 4FVUA 3C95A 2ZJPL 3S3MA 1S22A 4B9UA 4FJXA 3AVLA 4B9VA 1NK9A 2Q0UA 3QNNA 4DTPA 4O5BA 3AV9A 4B3OA 1C1CA 3VQPA 1IBMK 5AQKA 1DKGD 4CEQA 2VCPA 4BR9A 2VWJA 4B9LA 3MX5A 4DQQA 5HBMA 1NGBA 1NGCA 1T7PA 4BE2A 3JSMA 2P9SB 1OKJA 2E20A 1OVYA 4FOEA 3CIPA 3HVRA 3VEYA 4KBOA 4K8ZA 3RSEA 3HPGA 5BPMA 5EU7A 4ISEA 4FOIA 2LSNA 3NF6A 2XY8A 4CVNE 3RR8A 4PL8A 3RRGA 3ZSQA 2HHWA 2QWPA 1C0FA 1ATSA 1VSMA 2A42A 3IRXA 2D5RA 4IZ9A 4B1VA 1NK0A 3OS1A 2V7YA 4CF1A 4FLZA 3O9RA 3QFUA 3D45A 5KQ8A 4UY8O 3C0BA 2WC9A 1WUAA 1VAZA 1XMOK 3U4LA 1LW2A 4DB3A 2P9SA 3SNNA 2R7YA 4CEBA 4FWNA 2ZWHA 4EIAA 3SI6A 4DR6K 3MXMA 4LFAK 3ASMA 3DRSA 3SUQA 4CJWA 4AM7A 3KTQA 1NMNA 1LAWA 5FPDA 4YOYA 2QWOA 4J2AA 3S3OA 1Q86O 2GWJA 1W9HA 4YHHK 3AY9A 5J1EA 4DTSA 3RRHA 5HROA 4JAXA 3AVNA 3OYDA 3OYHA 4E0DA 4CEAA 1BGXT 3VTIA 4LD0A 3K5MA 2YKNA 5GAHP 2NRXA 2XO7A 1CLQA 4JKFA 1BDGA 3VA0A 5ADXH 5GADP 2BTFA 2DPNA 1VQMN 4FWLA 4PKGA 4IFYA 1YITN 4H5RA 1QZ5A 3BF1A 3TSQA 3S5TA 3BY5A 4W5NA 1D4XA 3O4WA 1RBVA 2X74A 4DR5K 2BE2A 1REVA 3BP8A 4A2AA 4DR2K 4WYBA 1VSDA 2E1YA 1O1WA 4NXMK 3VEWA 4N41A 3PSIA 1S9EA 1WOQA 4CE9A 1GOAA 1EETA 4CJLA 3PV8A 4FLWA 1HUXA 3I0RA 4O55A 3AGRA 3FZHA 3QICA 5AFUH 3SZ2A 4DTMA 3D6RA 2O8FB 3TAEA 2VWKA 5AJ3K 3NGYA 4F2RA 1NK4A 3TABA 2KFNA 5FPNA 3QEPA 2VWBA 2IDOA 5H1SQ 5F1XA 3NH1A 1QS4A 4Q5VA 4B3TK 5M1PA 1QQMA 4XEIA 2QTDA 4AHCA 1IH7A 3ULEB 3L8BA 3EE8A 3OYLA 2OPQA 2E2PA 5J2QA 3AVCA 4YDUA 1MU2A 3UKRB 4FK0A 1JLEA 2O8FA 4DQSA 1EO1A 3R6MA 4OGEA 2KFZA 1ASVA 2HF3A 2VQEK 3MWTA 2W42A 5HP1A 3IAYA 5LJVA 1RBRA 1J6ZA 1NGFA 5KQDA 2Q2RA 4W5QA 1D9FA 4JI5K 4LF6K 1WSHA 3FZFA 4XH5A 4CFCA 1VQPN 4WQ4C 4CIEA 3TTDA 2XRIA 4BY9C 4FPBA 3DXMA 4LF9K 2FLOA 3ULEA 2CGLA 5AQPA 3IS9A 2YX6A 5EVZA 1TL3A 4CK3A 1K8AO 4J8FA 3LDOA 1IG8A 3UKRA 4XH4A 2F9TA 4OPAA 5A2QO 2NUBA 1KC8O 4KHQA 3O8MA 1RDDA 1VQ8N 1Q9XA 4LH4A 1B9FA 3CC2N 3L2RA 4RCHA 3GG4A 2PFUA 3VQ8A 3HYFA 1N8RO 5AQGA 3O3FA 1JXEA 3GBTA 4IWVA 3FFKB 1BA0A 2PAVA 1XMQK 3LDLA 4BWMA 4W5OA 1GLCG 3J8AA 3KIOA 4BRQA 2OPSA 4KHWA 1WSFA 1DEJA 2HNDA 2AA4A 4KHSA 3WNEA 2X6NA 3SBTA 4E19A 4FJLA 3SAGA 3E01A 2VG6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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