5I9EB

Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
371
structure length
351
Chain Sequence
VAALVIDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRSYVGDEAQSKRGILTLRYPIEHGIVTNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPMNPKSNREKMTQIMFETFNVPAFYVSIQAVLSLYSSGRTTGIVLDSGDGVTHVVPIYAGFSLPHAILRIDLAGRDLTDYLMKILSERTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMQTAAQSSSIEKSYELPDGQVITIGNERFRAPEALFHPSVLGLESAGIDQTTYNSIMKCDVDVRKELYGNIVMSGGTTMFPGIAERMQKEITALAPSSMKVKIIAPPERKYSVWIGGSILASLTTFQQMWISKQEYDESGPSIVHHKCF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a nuclear actin ternary complex
doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 4
source organism Saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c)
molecule tags Hydrolase
total genus 95
structure length 351
sequence length 371
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5i9eB02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5i9eB03
2GEMA 3U4LA 2W41A 3O5BA 4MLEA 5AQIA 4BRGA 3FGUA 2FF6A 1U2VB 1ATSA 5BRFA 2ITMA 4CBXA 5B8HA 3L6QA 5AZJB 3WXKA 4B1XB 1HX1A 2F9WA 1T44A 4BC2A 2ZGYA 1H1VA 3QMLA 2DPNA 1ZXOA 4WQ4C 4WQ5C 1HJOA 1QQMA 5JLHA 3AARA 4B1YB 2PAVA 1HKBA 4KBOA 4FPBA 4RWTA 4A62A 4FWQA 3SLCA 4ISGA 4CI6A 5F1XA 3LDLA 5ELZA 1IG8A 4PKHA 2A42A 1YAGA 4FWPA 2P9KA 5E26A 3FZMA 2QWOA 3VF2A 5FPMA 3FFKB 3MK6A 1JCGA 2HMPA 3VEWA 4FO0A 3RSEB 3VGMA 4BRCA 3EO3A 3MN9A 1RGIA 2NRHA 3ULEA 1GLAG 2H3GX 4CZEA 4AM6A 1LCUA 3VENA 5AQJA 1C0GA 5I9EB 2P9LB 5F2RA 2QM1A 4CBWA 4CZIA 5ADXH 4BGAA 4QS9A 1NLVA 3VEZA 3LM2A 2V7ZA 3C7NB 3VETA 4BRQA 4EHUA 3WXIA 4JHDA 4BC5A 4PL7A 2EWSA 2A40A 3QICA 1GLCG 2P9IA 2YHXA 3EKSA 5AQSA 2GTDA 4O8KA 2QXLA 2QWMA 3FE1A 5AQRA 2V7YA 4DHYA 4K41A 4H0TB 2GUPA 2YI1A 1K8KA 4CZLA 2ASMA 1NGBA 3CQXA 3D7EO 1NGGA 2Q31A 2QWRA 2P9SB 3CJBA 4YDUC 4BR5A 3O1WA 2E1YA 4FOEA 1NGIA 3VESA 2WUSA 1MWKA 2YJFA 4JAXA 1DKGD 3WXJA 3AAQA 3A5OC 3M6GA 1Y64A 3HTVA 1GLDG 1XC3A 1S3XA 2FF3B 3H1QA 2J4RA 3UKUB 3C0BA 4FWOA 3HZ6A 2Q2RA 1TYQA 3F9MA 1DEJA 1R59O 3IMXA 4BVOA 2CH5A 2FSNA 3LDQA 5FPEA 5KPRA 4XH4A 2YJEA 3W3DA 5BRHA 3DXMA 3I33A 2ASOA 3VEOA 4I6MB 4E1JA 4IO8A 2A6AA 4BR9A 3HBTA 4FL9A 3A5NC 1X3MA 2W40A 4BRAA 1G99A 2P9KB 4XH1A 2UYTA 5BPLA 5F0XA 4BREA 3O6WA 1RFQA 2GWJA 4BR0A 3VERA 1WOQA 3VF4A 3U9ZA 3QBWA 4CZJA 1EQYA 1KXPA 1NGJA 3ENHA 3FZKA 5AQQA 3ZETA 3ULEB 5AQVA 1BO5O 1BOTO 1KAYA 2VWBA 2E2QA 1C0FA 4A61A 5AQWA 1GLBG 1Z05A 3CJ7A 3MCPA 4H0PA 3QFUA 4RTFD 3ZEUB 2FLOA 5AQXA 1WUAA 1V4TA 4BRDA 3A0IX 4AM7A 4FSVA 3CERA 3LDOA 5AZIA 5EXWA 3CETA 5EX5A 3UKRA 3CJ9A 2Q97A 5AQPA 2VCPA 3O1BA 5KQ8A 2E88A 4MLHA 1NGDA 5AFUA 2I7PA 1QZ6A 3KVGA 3O08A 5AQOA 1GLJO 5AQTA 3B8AX 2YHWA 3WEEB 2FSKA 3CJ1A 4BC3A 3VGLA 4B9QA 4IJAA 4BVPA 5LJVA 2ZGZA 3VPZA 3VEYA 4BRHA 4JD2B 4EHTA 3M3ZA 4EFHA 2P9NB 4K25A 2P9UB 3O8MA 4BRLA 4CZFA 2GELA 4J8FA 3SMPA 3GE1A 4DCHA 1NM1A 1NGAA 2V51B 5E84A 4JN4A 2P9PB 3L0QA 4BR7A 4F9OA 1TYQB 4H0VB 2KHOA 1BG3A 3LL3A 3CHWA 1ATRA 4M63C 3DXMB 5AQZA 5AQUA 3H45C 3MN6A 5BR9A 2PBDA 4L3QA 3WT0A 3MDQA 4BRKA 1U2VA 3J8AA 4RCHA 1NGEA 3A5MC 4FWSA 5LJWA 1NGFA 1E4FT 3A8YA 3BP8A 5BPNA 4CBUA 3D2FA 3ID8A 2F9TA 1BA1A 1MDUB 2A5XA 1V4SA 3GDQA 4FWLA 1CZAN 3P4IA 3U9DA 4C23A 3SMSA 1GLEG 2Q0UA 3ZETB 3ATVA 1OKJA 4BROA 1TUUA 1SAZA 1HPMA 4FWNA 4MO5A 1J6ZA 2Q1NA 3MMVA 4LC9B 1KAZA 3CI5A 1TUYA 1ZBSA 2D4WA 3DXKA 1ZC6A 3R8EA 4CZMA 5CE3A 5AQYA 3MN5A 5AQKA 4HWIA 3M1FA 4K42A 3RSEA 5FPDA 1QHAA 1Q18A 1YUWA 3L4IA 1LOTB 4BG8A 1JCFA 4BRPA 3LDNA 1MWMA 3EN9A 2A41A 5KPTA 1NMDA 4EAHD 4CJ7A 4FWKA 2Q36A 2D0OA 3GL1A 2E2OA 3DJCA 5KPZA 2ZWHA 5LY3A 1X3NA 4B1WB 1HLUA 1T6CA 2QWQA 3ENOA 3ZX2A 3C7NA 3HI0A 4H5NA 2IIRA 1BUPA 2E1ZA 2ASPA 3U8XA 3BF1A 2AP1A 2FSJA 2FXUA 3WQUA 2D1KA 3WQTA 3AAPA 3BUZB 1YXQA 1DGKN 1NGCA 1S22A 3H3NO 1SQKA 4FPAA 5FPNA 3R9PA 3BEXA 3SK3A 1QQOA 4PL8A 4GY2B 2BUPA 2IVPA 5BRDA 3G25A 5AFUH 1BA0A 2HOEA 4XEIA 2CGKA 4M7YA 4B1UB 3H3OB 4BR2A 4CD3A 4JHDB 4YDUA 4H5VA 5AR0A 2P9IB 4BR4A 2QW9A 4QS7A 4EIAA 1HKGA 3QBXA 3HSCA 1T6DA 4H0OA 3UKUA 4IJNA 2Q0RA 1NBWA 2D0PA 1NGHA 2GWKA 2E2NA 3D2FB 1E4GT 1K8KB 5KQDA 4M7XA 5EVZA 2CGJA 3WXLA 3H6EA 4I6MA 2HF4A 4XH5A 1KAXA 3I8BA 3DAWA 2OANA 3QFPA 5AQFA 3ZX0A 4PKIA 4CZKA 4Y0WA 4QS8A 3W0LA 3KHYA 3EZWA 3D2EA 1ATNA 3GBTA 4H0XB 3DXKB 3FZLA 3UE5A 2IVOA 1BWFO 3CIPA 3FZFA 1GLFO 5EY4A 4GNIA 3CJAA 3GOIA 5AQLA 3LDPA 2E2PA 4B1ZA 3IUCA 4FOIA 4PKGA 4H03B 4IXCA 4CZHA 4BGBA 5AZJA 3ZEUA 1QZ5A 2V52B 3JS6A 4HTLA 3S41A 1SZ2A 3UB5A 3ZX3A 3IFRA 5AQMA 3O4WA 2YHYA 3H1VX 1BDGA 1JCEA 4CZGA 4DB3A 1QQNA 5ADXA 3FR0A 1IJJA 4ISEA 2E20A 5TKYA 4WQ4A 3CJCA 1BU6O 3EL2A 4WQ5A 4WYBA 3R6MA 3VGKA 4BG9A 5BPMA 4A2BA 2QWNA 3IDHA 4BQZA 5JLFA 3WEEA 4IWVA 4O5FA 5EOYA 1U6ZA 2NZTA 4H5RA 4H5TA 1XQSC 4NB4A 3VEVA 3AY9A 4B1VA 5BN8A 1YVNA 3BF3A 4FWRA 3CQYA 3LM9A 2A3ZA 4JD2A 5AQGA 5AZIB 4BRIA 4CD1A 3UKRB 2P9NA 2P9UA 1MA9B 2QWPA 3WUHA 3QB0A 3QDKA 4Z94A 3TU5A 5AQHA 1RDWX 3GG4A 4H5WA 1XUPO 4IZ9A 2P9PA 2P9LA 4JNEA 1P8ZA 2YCHA 4DQ8A 3TPQA 3O80A 3SJHA 1D4XA 2ZF5O 4K43A 3KZBA 3OHRA 2AA4A 5BN9A 3A5LC 4H0YB 3ATUA 3DWLA 3FZHA 1NWKA 2QWLA 2IVNA 2CGLA 2HF3A 5JICA 4BRFA 2BTFA 5BREA 3FLCO 1X9JA 3H46O 3VF6A 4A2AA 3JXUA 3D2EB 5AQNA 3EKUA 4BC4A 2NLXA 1GLLO 3MN7A 4NO7A 4ISFA 4MO4A 1HUXA 2I7NA 4FWMA 4BRNA 2E8AA 2P9SA 2CH6A 3HM8A 4BQLA 3VOVA 1Z6RA 1HKCA 5JMVA 3VEXA 4BRMA 1ESVA 2VYPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GEMA 4CJSA 4R79A 3B6OA 3P83D 1EO1A 4J2AA 2HB5A 3CFOA 5BRFA 5HP1A 3T3FA 3KK3A 3CYMA 1VHXA 4CBXA 3KLFA 5B8HA 5AZJB 1OH7A 1NG9A 4BC2A 1T44A 4J2DA 4N47A 4F8RA 3K9KA 4CIEA 1K9MO 4B1YB 4DFPA 5GINA 3LZJA 4RWTA 5JS1A 3WXMB 1Y97A 3THWB 2QKKA 2F4VK 1RTDA 2DFHA 4WFNL 5C42A 4K0KK 3SQ1A 2NUBA 2B6AA 3NFAA 1GOBA 1J53A 3RSEB 4LSNA 3MN9A 4B9LA 1RGIA 4KH5A 1O13A 3VQBA 1GOAA 4CZEA 3ID6A 1LCUA 4JI1K 3J81O 5F2RA 4CGIA 3SV4A 3HP9A 4QS9A 2C1GA 1B9DA 2VWKA 3SQ0A 1IO2A 3AA2A 3QICA 1GLCG 2P9IA 2YHXA 4OLAA 3EKSA 4O8KA 1VSLA 5C0YA 2UXCK 4CIFA 1CXUA 1Z26A 4GV9A 5LL6Z 1Q81O 4DFMA 3CQXA 3D7EO 2G8FA 4FZZA 3CJBA 2ZD1A 3AA4A 3SAFA 1TGOA 3AVCA 4CERA 3NDKA 1NGIA 3O3HA 4FLXA 2BGGA 1JLEA 4B9MA 4E7JA 4HTUA 4DTOA 3A5OC 4KH4A 3MXIA 4DQIA 3HOSA 3UKUB 1XC3A 1HQEA 2FF3B 4JRPA 4N76A 4FWOA 5A2QO 4JKFA 3F9MA 1DEJA 3OBWA 4FJNA 5KPRA 3LDQA 5BRHA 3A2FA 1XC9A 3I33A 2ASOA 3VEOA 4E1JA 4DQPA 3O4NA 4F2RA 4E7HA 4PY5A 4BR9A 4IFEA 3HBTA 4B3TK 3F73A 2OTJN 2VQEK 3O9RA 3HO1A 5FDLA 5J2MA 5BPLA 3O6WA 1U4BA 5CYQA 3QESA 3ZSWA 4CZJA 1EQYA 3ZSZA 1KXPA 3IRXA 3SJJA 2OPPA 3SZ2A 4PQUA 1S1XA 2QK9A 4GVEA 1BOTO 1C1CA 4M3WA 4A61A 5CY4A 1GLBG 1Z05A 3L2RA 2Z1IA 4DQSA 1FW6A 2FLOA 5C12A 4V19S 1IKYA 4A5AA 4LH4A 4BRDA 3AVFA 4DR7K 3E9LA 5AZIA 5EX5A 3CJ9A 5AQPA 1X9SA 2ATQA 4MLHA 1NGDA 1QVFM 1SKSA 1S6QA 5KGXA 3QEXA 4OKKA 4E72A 5CZ2A 2X74A 1NOYA 4JI6K 1S1UA 1BCMA 4IJAA 4KH6A 4BVPA 4LFBK 4B9TA 4W5OA 3U3GA 4JD2B 3OVNA 1IG9A 3M3ZA 4HUGA 3K9JA 2P9UB 3J7AP 3O8MA 4EP4A 4JKBA 1A5VA 4CJLA 1NM1A 1NGAA 2HW3A 4CJQA 1SL0A 3V81A 4Q5VA 3H08A 4DV0K 4H0VB 3K5NA 3O9SA 3OJSA 3KLHA 2PY5A 5AQUA 1VQ9N 3D45A 1QSYA 2KTQA 3MN6A 2W6KA 2PBDA 5M1OA 4FLZA 1FK9A 1T05A 2HVIA 4GVMA 3A5MC 4HUEA 5M1FA 3PX0A 3BP8A 3NGIA 1YJ9N 4YHHK 3ZT3A 2XY8A 1S1WA 5M1PA 4CEOA 1TK0A 3C6HA 4H8KA 4FJJA 2OPQA 3NAEA 2E5LK 4O0IA 3VTIA 1SAZA 1ZBSA 5M1QA 3MWPA 4AHRA 4B9UA 4CZMA 1Z25A 4C1NI 1C6VA 4K42A 3P5JA 3L4IA 3M5RA 5K14A 4ZTJA 3LPTA 4FYDA 1KQSM 4OPJA 3LWLA 3MXMA 4NCAA 1XWLA 2OCEA 3VA3A 4BRPA 2YNIA 3EN9A 5KPTA 5CHIA 3QEPA 1EKEA 2D0OA 1RBVA 3OYNA 1NKCA 2QWQA 4E7LA 3C7NA 3HI0A 2IIRA 5DM7L 3CCJN 2ASPA 4PHTX 3BF1A 4DQRA 3IKMA 2FXUA 3HL8A 1YXQA 3AVLA 3H3NO 3G0ZA 4A5BA 1QQOA 4E7IA 2IAJA 1IBMK 3V9SA 1BQNA 2GV9A 3KKSA 3K59A 4NXNK 2VGNA 1S9GA 4XEIA 3ZSOA 1OVQA 2HBLA 4AH9A 2ZQBA 4BR2A 3HRGA 3SUNA 2P9IB 4KI4A 4LH5A 1IBLK 2P5OA 4H0OA 4IJNA 2Q0RA 3AVNA 3J7YP 2HHTA 1O1WA 4C8KA 4BACA 4CJVA 4OPKA 2CGJA 3WXLA 4DSIA 4ELTA 4W5NA 4I6MA 1JXEA 4X64K 3CYGA 5KTQA 2OANA 4ILGB 4NCBA 3ZX0A 3NF6A 4FJ5A 3RRGA 3W0LA 3KHYA 4DTNA 3OYKA 4OPAA 3DXKB 1S6PA 1JLAA 4N41A 1BWFO 4O4GA 4BY9C 1LWFA 5IT9O 1NK0A 3DRSA 3SAHA 1KRPA 2E2PA 3D0PA 3I55N 3NVMA 1JLCA 4FOIA 1SL2A 4BDPA 4HUFA 4KTQA 4JI3K 2NRZA 4IXCA 4AHTA 3HOTA 5AZJA 4HCBA 3ZEUA 2V52B 3JS6A 4HTLA 1T03A 2BANA 1Q8IA 1S1TA 4DFKA 3IFRA 5AQMA 3O4WA 3C65A 2YHYA 3H1VX 1CZBA 1XMQK 1QQNA 3FR0A 1IJJA 1JXBA 3WNGA 5TKYA 3OYAA 4FM2A 4LF9K 1RT7A 3CJCA 3EL2A 4WQ5A 4WYBA 3VGKA 4M3UA 1XHXA 3B6PA 5BPMA 2ITGA 4A2BA 2KKZA 4BQZA 4DR1K 1WSHA 2X6NA 4IWVA 4H5TA 5DK5A 5BN8A 4X62K 3AGRA 4DSJA 2D0BA 3CD6N 1YVNA 3BF3A 4FWRA 5AZIB 4BRIA 1NK5A 4CD1A 3RMBA 1VQ7N 4LF6K 4AHVA 2QWPA 3QDKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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