5IBNA

Ultra high resolution crystal structure of the apo- form of second bromodomain of brd2.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
111
structure length
110
Chain Sequence
ANPEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDAALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
publication title A Novel Phenanthridionone Based Scaffold As a Potential Inhibitor of the BRD2 Bromodomain: Crystal Structure of the Complex
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 110
sequence length 111
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ibnA00
3QZSA 3ONIA 4LYWA 5ENFA 3UV2A 4NR8A 5FH8A 4YC9A 5EGUA 4A9LA 4UIWA 5CQTA 4A9NA 4A9MA 3QZTA 4YBTA 4O70A 5EPSA 5LKXA 5F60A 5E9YA 3MUKA 5K29A 5E9LA 3S91A 4QSUA 4Z93A 5ENEA 5EA1A 5CGPA 5CUGA 5HJCA 4NUCA 5LUUA 4UYEA 4YAXA 5JWMA 5E9IA 4YADA 4O7EA 5HQ5A 5AMEA 3UVXA 3DAIA 4N4GA 4YATA 3MB4A 5IGLA 5A7CA 5DKDA 5LKUA 2DATA 2D82A 4NRCA 5CQ4A 3QZVA 5C85A 5TCMA 5A83A 1N72A 4HXOA 5BT3A 4O74A 4XUAA 4TTEA 4QB3A 5CQAA 2DWWA 5EPRA 3JVKA 2WP1A 5EWWA 5EPBA 5DKHA 5D24A 5I88A 5I29A 5I7XA 2LSPB 4QC1A 5KTUA 5ENHA 4QSWA 5DKCA 4QY4A 4Z6IA 5I89A 4QYLA 4HXKA 3O37A 4A9IA 4CLBA 4TU4A 4UYHA 4TQNA 3SVFA 5DYXA 3HMHA 2E3KA 4QR5A 4CURA 5HRXA 2YDWA 5FE1A 3Q2FA 5FH7A 2E7OA 4Z1QA 4O72A 4XYAA 5EP7A 5COIA 4NXJA 3UV4A 4J3IA 2RS9B 2G4AA 4NRBA 4LZRA 5H1VA 3FKMX 4IR3A 5CUAA 4NR7A 3U5OA 5F36A 3P1CA 4IR4A 1JM4B 3U5JA 4C67A 4MEOA 3SVGA 5CQ7A 5JI8A 4N4IA 3GG3A 4IOQA 4RVRA 4PKLA 4LYSA 5HELA 4QR3A 4XY9A 3O36A 5A5OA 4A9HA 5A85A 2RNYA 5D3SA 5D3RA 5FH6A 4HBYA 4TU6A 4YK0A 5HFRA 4YYIA 4YH4A 3LJWA 2R10A 5F25A 5FDZA 2YYNA 4KCXA 3P1EA 4CFKA 3UVYA 4BJXA 5CZGA 4MR5A 3UW9A 4UYFB 4MEPA 4UYGA 5A5NA 4QZSA 3MB3A 3U5NA 2DVSA 4GPJA 4A9KA 4TZ2A 2DKWA 2L84A 4NR4A 5E74A 5ENCA 5DYUA 5DY7A 3NXBA 2DVRA 4HBWA 4HBVA 4F3IA 5IIDA 5CQ8A 5L99A 4MR4A 2L85A 1EQFA 1ZS5A 5F2PA 2F6JA 4ZW1A 2YEMA 3P1FA 4QUUA 4O76A 5F61A 3P1DA 5ENGA 5EVAA 4KV1A 4Y03A 4YABA 4J0SA 3ZYUA 4IOOA 3O33A 4PS5A 5CUDA 5HCLA 4AKNA 3O35A 3MXFA 3LQHA 4LRGA 2D9EA 4WHUA 4QYDA 5CY9A 4O7BA 4CUQA 4YBMA 5ENIA 2OSSA 2GRCA 4YBSA 5L8UA 4O71A 2WP2A 5G4SA 4MR3A 3UVWA 5LVRA 4OUFA 4QSPA 4KV4A 4O75A 5D0CA 2OUOA 5FE7A 5E7DA 4NUDA 4QSRA 4UYDA 4QEWA 5A5SA 5LJ1A 4Q0NA 5FG6A 5DYAA 5H85A 4TS8A 4NUEA 5LKTA 3MQMA 4UIXA 4XY8A 4IORA 4NYWA 5E9VA 5FE9A 5HENA 5HM0A 5F3AA 5CUEA 4ZC9A 5FFWA 4UITA 5CU8A 4O78A 2R0SA 5KTXA 5DBMA 4YYKA 5FG4A 5LVQA 4TZ8A 5DX4A 3JVLA 5FFYA 2RFJA 2DVQA 5KTWA 3LQJA 5I86A 5D3JA 3D7CA 2OO1A 4N4FA 5A5QA 5I80A 4TT6A 1JSPB 4NQMA 4WHWA 4CUSA 5D7XA 5L8TA 4QSSA 4CFLA 2RI7A 5CUCA 3LXJA 4HXRA 2KTBB 4NS5A 5DLZA 3U5PA 4YYDA 5LKZA 5FE3A 5DFDA 5ETDA 5KU3A 5D25A 5C8GA 5DLXA 4O7FA 5F1LA 2R0VA 4QEUA 1WUMA 3DWYA 3G0JA 5EI4A 5AD2A 4NYVA 2I8NA 4CUTA 4QUTA 5I83A 5FE6A 1WUGA 5E0RA 4O77A 5CP5A 5CFWA 5IG6A 3AQAA 5BT5A 3U5LA 5A5PA 5A82A 5CRMA 5CUBA 4HXNA 5ENBA 4A9EA 2I7KA 4QSVA 5G4RA 5FE8A 5HQ7A 4BHWA 5CRZA 4ALGA 5CQ3A 5FE5A 5FG5A 2F6NA 5FB1A 4X2IA 2RNWA 5E9KA 5L98A 5E73A 5DW2A 5CQ5A 4ALHA 4LYIA 4BW1A 4MR6A 2DVVA 5EU1A 5CS8A 5IGKA 4LZ2A 5CQ6A 5D3TA 4OGJA 5C89A 5D26A 4J1PA 5EV9A 4YYGA 5EICA 3MULA 5LJ2A 1F68A 2RO1A 4PTBA 4Z6HA 5E3DA 5F63A 4UIVA 4HBXA 5C87A 5EK9A 3U5MA 5EWHA 5IGMA 4BW3A 2R0YA 5FFVA 4DONA 4QBMA 4A9OA 5DFBA 4HXMA 3TLPA 5ENJA 4YY4A 4Q0OA 4QSTA 4WIVA 3UV5A 2H60A 4O7AA 4ZQLA 4N4HA 3U5KA 2N9GA 5EQ1A 5FE0A 2E7NA 4NR5A 4UIZA 4NR9A 5KHMA 5EM3A 4NRAA 3SVHA 4FLPA 4QEVA 4QR4A 5E3GA 5AD3A 4QC3A 4IR5A 4UYFA 5II2A 5A5RA 3HMEA 5EWCA 3O34A 1E6IA 5J0DA 5FBXA 4PCEA 4C66A 5HRWA 5HLSA 4HXSA 4A9JA 5IBNA 3Q2EA 2FSAA 3UVDA 5CPEA 5DYCA 5F5ZA 5EISA 3IU6A 3LQIA 4YYMA 2YQDA 5HQ6A 3JVMA 4O7CA 4Z1SA 4CL9A 3JVJA 4NYXA 3P5OA 5I40A 5DFCA 4E96A 5ACYA 4LR6A 4XUBA 4PY6A 4QSXA 5I7YA 2YW5A 4LZSA 5BT4A 4LC2A 5F62A 4QSQA 5II1A 2RNXA 2MJVB 4BW2A 3HMFA 4NR6A 3AADA 3RCWA 5I1QA 4N3WA 2YELA 5E9MA 4YYHA 2L5EA 4MENA 4LDFA 5HEMA 5HFQA 4NQNA 5L97A 1X0JA 5CTLA 5IGNA 5C4QA 5F1HA 3K2JA 5D3HA 5AMFA 4HXPA 3S92A 2NXBA 4A9FA 4TT4A 5D3LA 4CUUA 4TYLA 5EWDA 4PCIA 4YYNA 5D3PA 5L96A 4YH3A 5H1UA 3IU5A 5HRVA 4QNSA 4YY6A 5KO4A 5LJ0A 5TB6A 4CUPA 4MEQA 5ETBA 4BW4A 3I3JA 4UIYA 5EWVA 5FE2A 5H1TA 3G0LA 4YYJA 5FE4A 4J0RA 4IR6A 4OGIA 5C7NA 2YEKA 4TT2A 5DW1A 5A81A 5FB0A 4UIUA 5D3NA 4HXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QZSA 3ONIA 4LYWA 5ENFA 3UV2A 4NR8A 5FH8A 4YC9A 5EGUA 4A9LA 4UIWA 5CQTA 4A9NA 4A9MA 3QZTA 4YBTA 4O70A 5EPSA 5LKXA 5F60A 3D1DA 3MUKA 5E9YA 5K29A 5E9LA 3S91A 4QSUA 4Z93A 5ENEA 5EA1A 5CGPA 5CUGA 5HJCA 4NUCA 5LUUA 4UYEA 4YAXA 5JWMA 5E9IA 4YADA 4O7EA 5HQ5A 3D1BA 5AMEA 3UVXA 3DAIA 1PUOA 4N4GA 4YATA 3MB4A 5IGLA 5A7CA 5DKDA 5LKUA 2DATA 2D82A 4NRCA 5CQ4A 3QZVA 5C85A 5TCMA 5A83A 1N72A 4HXOA 5BT3A 4O74A 4XUAA 4TTEA 4QB3A 5CQAA 2DWWA 5EPRA 3JVKA 2WP1A 5EWWA 5EPBA 5DKHA 5D24A 5I88A 5I29A 5I7XA 2LSPB 4QC1A 5KTUA 5ENHA 4QSWA 5DKCA 4QY4A 4Z6IA 5I89A 4QYLA 4HXKA 3O37A 4A9IA 4CLBA 4TU4A 4UYHA 4TQNA 3SVFA 5DYXA 3HMHA 2E3KA 4QR5A 4CURA 5HRXA 2YDWA 5FE1A 3Q2FA 5FH7A 2E7OA 4Z1QA 4O72A 4XYAA 5EP7A 5COIA 4NXJA 3UV4A 4J3IA 2RS9B 2G4AA 4NRBA 4LZRA 5H1VA 3FKMX 4IR3A 5CUAA 4NR7A 3U5OA 5F36A 3P1CA 4IR4A 1JM4B 3U5JA 4C67A 4MEOA 3SVGA 5CQ7A 5JI8A 4N4IA 3GG3A 4IOQA 4RVRA 4PKLA 4LYSA 5HELA 4AKHA 4QR3A 4XY9A 3O36A 5A5OA 4A9HA 5A85A 2RNYA 5D3SA 5D3RA 5FH6A 4HBYA 4TU6A 4YK0A 5HFRA 4YYIA 4YH4A 3LJWA 2R10A 5F25A 5FDZA 2YYNA 4KCXA 3P1EA 4CFKA 3UVYA 4BJXA 5CZGA 4MR5A 3UW9A 4UYFB 4MEPA 4UYGA 5A5NA 4QZSA 3MB3A 3U5NA 2DVSA 4GPJA 4A9KA 4TZ2A 2DKWA 2L84A 4NR4A 5E74A 5ENCA 5DYUA 5DY7A 3NXBA 2DVRA 4HBWA 4HBVA 4F3IA 5IIDA 5CQ8A 5L99A 4MR4A 2L85A 1EQFA 1ZS5A 5F2PA 2F6JA 4ZW1A 2YEMA 3P1FA 4QUUA 4AI6A 4O76A 5F61A 3P1DA 5ENGA 5EVAA 4KV1A 4Y03A 4YABA 4J0SA 3ZYUA 4IOOA 3O33A 4PS5A 5CUDA 4AKIA 5HCLA 4AKGA 4AKNA 3O35A 3MXFA 3LQHA 4LRGA 2D9EA 4WHUA 4QYDA 5CY9A 4O7BA 4CUQA 4YBMA 5ENIA 2OSSA 2GRCA 4YBSA 5L8UA 4O71A 2WP2A 5G4SA 4MR3A 3UVWA 5LVRA 4OUFA 4QSPA 4KV4A 4O75A 5D0CA 2OUOA 5FE7A 5E7DA 4NUDA 4QSRA 4UYDA 4QEWA 5A5SA 5LJ1A 4Q0NA 5FG6A 5DYAA 5H85A 4TS8A 4NUEA 5LKTA 3MQMA 4UIXA 4XY8A 4IORA 4NYWA 5E9VA 5FE9A 5HENA 5HM0A 5F3AA 5CUEA 4ZC9A 5FFWA 4UITA 5CU8A 4O78A 2R0SA 5KTXA 5DBMA 4YYKA 5FG4A 5LVQA 4TZ8A 5DX4A 3JVLA 5FFYA 2RFJA 2DVQA 5KTWA 3LQJA 5I86A 5D3JA 3D7CA 2OO1A 4N4FA 5A5QA 5I80A 4TT6A 1JSPB 4NQMA 4WHWA 4CUSA 5D7XA 5L8TA 4QSSA 4CFLA 2RI7A 5CUCA 3LXJA 4HXRA 2KTBB 4NS5A 5DLZA 3U5PA 4YYDA 5LKZA 5FE3A 5DFDA 5ETDA 5KU3A 5D25A 5C8GA 5DLXA 4O7FA 5F1LA 2R0VA 4QEUA 1WUMA 3DWYA 3G0JA 5EI4A 5AD2A 4NYVA 2I8NA 4CUTA 4QUTA 5I83A 5FE6A 1WUGA 5E0RA 3VKGA 3ERRA 4O77A 5CP5A 5CFWA 5IG6A 3AQAA 5BT5A 3U5LA 5A5PA 5A82A 5CRMA 5CUBA 1ZKRA 4HXNA 5ENBA 4A9EA 2I7KA 4QSVA 5G4RA 5FE8A 5HQ7A 4BHWA 5CRZA 4ALGA 5CQ3A 5FE5A 5FG5A 2F6NA 5FB1A 4X2IA 2RNWA 5E9KA 5L98A 5E73A 5DW2A 5CQ5A 4ALHA 4LYIA 4BW1A 4MR6A 2DVVA 5EU1A 5CS8A 5IGKA 4LZ2A 5CQ6A 5D3TA 4OGJA 5C89A 5D26A 4J1PA 5EV9A 4YYGA 5EICA 3MULA 5LJ2A 1F68A 2RO1A 4PTBA 4Z6HA 5E3DA 5F63A 4UIVA 4HBXA 5C87A 5EK9A 3U5MA 5EWHA 5IGMA 4BW3A 2R0YA 5FFVA 4DONA 4QBMA 4A9OA 5DFBA 4HXMA 3TLPA 5ENJA 4YY4A 4Q0OA 4QSTA 4WIVA 3UV5A 2H60A 4O7AA 4ZQLA 4N4HA 3U5KA 2N9GA 5EQ1A 5FE0A 2E7NA 4NR5A 4UIZA 4NR9A 5KHMA 5EM3A 4NRAA 3SVHA 4FLPA 4QEVA 4QR4A 5E3GA 5AD3A 4QC3A 4IR5A 4UYFA 5II2A 5A5RA 3HMEA 5EWCA 3O34A 1E6IA 5J0DA 5FBXA 4PCEA 4C66A 5HRWA 5HLSA 4HXSA 4A9JA 5IBNA 3Q2EA 2FSAA 3UVDA 5CPEA 5DYCA 5F5ZA 5EISA 3IU6A 3LQIA 4YYMA 2YQDA 5HQ6A 3JVMA 4O7CA 4Z1SA 4CL9A 3JVJA 4NYXA 3P5OA 5I40A 5DFCA 4E96A 5ACYA 4LR6A 4XUBA 4PY6A 4QSXA 5I7YA 2YW5A 4LZSA 5BT4A 4LC2A 5F62A 4QSQA 5II1A 2RNXA 2MJVB 4BW2A 3HMFA 4NR6A 3AADA 3RCWA 3VKHA 5I1QA 4N3WA 2YELA 5E9MA 4YYHA 2L5EA 4MENA 4LDFA 5HEMA 5HFQA 4NQNA 5L97A 1X0JA 5CTLA 5IGNA 5C4QA 5F1HA 3K2JA 5D3HA 5AMFA 4HXPA 3S92A 2NXBA 4A9FA 4TT4A 5D3LA 4CUUA 4TYLA 5EWDA 4PCIA 4YYNA 5D3PA 2EJNA 5L96A 4YH3A 5H1UA 3IU5A 5HRVA 4QNSA 4YY6A 5KO4A 5LJ0A 5TB6A 4CUPA 4MEQA 5ETBA 4BW4A 3I3JA 4UIYA 5EWVA 5FE2A 5H1TA 3G0LA 4YYJA 5FE4A 4J0RA 4IR6A 4OGIA 5C7NA 2YEKA 4TT2A 5DW1A 5A81A 5FB0A 4UIUA 5D3NA 4HXLA
chains in the Genus database with same CATH topology
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