5IBNA

Ultra high resolution crystal structure of the apo- form of second bromodomain of brd2.
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
111
structure length
110
Chain Sequence
ANPEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDAALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Novel Phenanthridionone Based Scaffold As a Potential Inhibitor of the BRD2 Bromodomain: Crystal Structure of the Complex
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
total genus 42
structure length 110
sequence length 111
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ibnA00
5HENA 5C89A 4A9OA 5EP7A 4E96A 4UYFB 1WUGA 5CUAA 5A82A 4J0SA 5CUGA 5TCMA 2DKWA 5IGKA 2RO1A 4NR5A 5C85A 2MJVB 4O7BA 2OUOA 5C4QA 5CFWA 4YATA 5FE2A 5HJCA 5CZGA 5FE6A 3MUKA 4QUTA 4QYDA 5A5NA 5IIDA 2YDWA 5IGMA 4WIVA 4IR5A 5CQTA 3JVKA 5FFYA 4FLPA 3UVYA 4LYIA 4O74A 4TYLA 4KV1A 5FE5A 3ONIA 5D0CA 5TB6A 2YEMA 4NR8A 5AMFA 4HXOA 4PY6A 5FDZA 5HQ6A 4IOOA 2D82A 5LVQA 4A9HA 3UV5A 5I40A 2I7KA 3IU5A 4A9JA 3SVGA 4HXNA 5EV9A 4YBMA 4YY4A 5KTXA 4CUSA 4TZ2A 3P1FA 5HLSA 4PCEA 4HXKA 4YAXA 2DVRA 5BT4A 3GG3A 1JSPB 5EPRA 5IBNA 4Y03A 5F36A 4QSWA 5DFCA 5BT5A 5EICA 2YEKA 4LZRA 2OO1A 4YYJA 3O34A 4O77A 4MR4A 5D3SA 5FG4A 4QR3A 4N4HA 3G0LA 5E3DA 5FE8A 4MR3A 2RNXA 4LR6A 4PCIA 5EI4A 4TZ8A 4MEOA 4QSRA 3UV2A 4BW2A 5CU8A 3IU6A 4BW3A 5CUEA 4IR6A 1EQFA 4YH4A 5I89A 4CURA 5F1LA 5CQ8A 4QSSA 5EWWA 5L99A 5FE9A 4QSVA 4UITA 5F2PA 4Z6IA 4YY6A 3P1DA 4QR5A 4UIYA 5I83A 3Q2FA 5HQ5A 4O75A 5A5PA 5DW2A 5C7NA 5EWCA 1ZS5A 5ETBA 2YELA 3U5OA 5FH8A 5JI8A 5HRXA 5ENFA 4IOQA 4LC2A 4XY9A 2R0YA 4XY8A 5FFWA 4A9KA 5L96A 4CFKA 4CUQA 2WP1A 4UYHA 5F1HA 4MEQA 4YC9A 5IG6A 4HBYA 4BW1A 4NRAA 4J3IA 4ZQLA 4YBTA 5DLZA 4A9NA 3UVXA 3D7CA 4QZSA 5ENCA 5CPEA 2D9EA 3TLPA 4QBMA 3LQHA 4TT6A 5D3RA 5I88A 4LZSA 4NRCA 3JVJA 3JVMA 5IGLA 5E9MA 4QSPA 5F60A 5HFQA 3MXFA 5E74A 3LXJA 3NXBA 2E7NA 5DFBA 4BHWA 3HMFA 3QZVA 5CRZA 3UW9A 4Z6HA 5F5ZA 3QZSA 5ETDA 4A9MA 5A81A 2G4AA 2YYNA 4CL9A 5D3HA 4A9LA 4HXMA 4NYVA 4UYDA 2R10A 4NR6A 3UVDA 5I1QA 3MQMA 5CRMA 5ACYA 5KO4A 2R0SA 4LRGA 5AMEA 2YQDA 2YW5A 4MR6A 4ALGA 5LKUA 5F62A 5FE0A 5AD3A 3U5JA 5A83A 5E9IA 4X2IA 5EWDA 4LDFA 4NRBA 4LYSA 4CUUA 5FH7A 4UYFA 5ENIA 5FH6A 5LJ1A 5II2A 2I8NA 5CQ3A 4O7AA 4QC3A 5I86A 3O33A 5BT3A 5G4SA 4OGJA 3MB3A 4QEWA 4N4IA 4O71A 5LJ2A 5ENGA 3O36A 4LZ2A 4QR4A 4CUPA 4YYMA 4WHWA 4Z1SA 5AD2A 2L85A 5D7XA 4TQNA 5FBXA 5ENBA 2RS9B 4N4FA 4TU4A 2N9GA 2R0VA 3LQJA 5DKCA 2H60A 5A5OA 5A7CA 5FE3A 4N4GA 3JVLA 2E7OA 3O37A 5LKXA 4TT2A 5E7DA 5EQ1A 3U5NA 5CQ5A 4CLBA 3P1EA 2OSSA 4QNSA 5KTWA 4TTEA 5D3NA 4QSUA 5D26A 5D3PA 4QEVA 5HQ7A 3HMEA 3G0JA 4Z1QA 5E9KA 5EPBA 4Q0OA 4DONA 5I7YA 5EK9A 5CUBA 5LJ0A 4YH3A 3O35A 4QSQA 5ENJA 5E3GA 3MULA 4PKLA 3LJWA 4HXRA 4O7EA 4QY4A 4TS8A 3S92A 5A5RA 4PS5A 2RNYA 4QYLA 5DBMA 4BJXA 1JM4B 4UYEA 5DW1A 4LYWA 4NS5A 2LSPB 4QSXA 1E6IA 4NR4A 2F6NA 4KV4A 5EGUA 4Z93A 5HCLA 5DLXA 4UYGA 3SVHA 5HEMA 5LUUA 5LKTA 3P1CA 5EM3A 5JWMA 5J0DA 4YYKA 3AQAA 4NUCA 4F3IA 1N72A 5I80A 5CQ6A 3MB4A 4KCXA 5KTUA 5A5QA 3U5PA 5H1TA 4YYNA 5HRVA 4NR9A 3RCWA 5D3TA 5E73A 4XUBA 5DYXA 5G4RA 4IR4A 3UVWA 5F61A 4HBWA 5II1A 5ENEA 4TU6A 3U5KA 5FG6A 5CTLA 5KU3A 5LKZA 2DVQA 5H1UA 4MR5A 5EWHA 5HFRA 5HM0A 4MENA 4A9IA 4NYXA 4MEPA 4TT4A 3SVFA 5CQAA 4OGIA 2NXBA 4YYGA 5LVRA 1F68A 3U5MA 5HRWA 5DYAA 5FE4A 4O72A 5CY9A 4RVRA 5E9VA 4YBSA 5IGNA 2GRCA 4ALHA 1X0JA 4O7FA 5CQ7A 4PTBA 4J1PA 4UIZA 4A9FA 4AKNA 4C67A 4XUAA 5EPSA 4YK0A 4NYWA 4UIVA 5L8TA 5C87A 2DVSA 1WUMA 5I7XA 5DFDA 4NQMA 3P5OA 4HBXA 5L98A 3DWYA 5CS8A 2RI7A 4YABA 4IR3A 3LQIA 5EISA 5COIA 3FKMX 5H1VA 4IORA 3Q2EA 5CUCA 3HMHA 4ZW1A 4CFLA 4NQNA 4QEUA 4BW4A 5DY7A 5F63A 4HXPA 5KHMA 3AADA 2KTBB 5DKHA 5FB1A 4WHUA 5FE1A 4OUFA 5I29A 3I3JA 4A9EA 4N3WA 5FG5A 4UIWA 4O70A 5E0RA 2FSAA 4NUEA 2DATA 5EA1A 5EVAA 4HXLA 4QC1A 5CQ4A 4ZC9A 3U5LA 5L8UA 4O76A 5HELA 2WP2A 5D25A 3UV4A 3DAIA 4O7CA 5K29A 5L97A 5CGPA 4GPJA 4NUDA 5D24A 4NXJA 3S91A 2RNWA 5C8GA 3ZYUA 5F3AA 5DYUA 5F25A 4XYAA 2L5EA 5DYCA 5DX4A 4C66A 5CP5A 5FFVA 4YYDA 4HBVA 4YYHA 4YYIA 5FB0A 2DWWA 5FE7A 2DVVA 5D3LA 4QB3A 3K2JA 5D3JA 5E9LA 4HXSA 4J0RA 5A85A 5A5SA 3QZTA 4Q0NA 4UIXA 4O78A 5EWVA 2RFJA 4QUUA 5H85A 5EU1A 4NR7A 5DKDA 5CUDA 5E9YA 4QSTA 4CUTA 2E3KA 4YADA 2F6JA 2L84A 4UIUA 5ENHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HENA 5C89A 4A9OA 5EP7A 4E96A 4UYFB 1WUGA 5CUAA 5A82A 4J0SA 5CUGA 5TCMA 2DKWA 5IGKA 2RO1A 4NR5A 5C85A 2MJVB 4O7BA 2OUOA 5C4QA 5CFWA 4YATA 5FE2A 5HJCA 5CZGA 5FE6A 3MUKA 4QUTA 4QYDA 5A5NA 5IIDA 2YDWA 3VKGA 5IGMA 4WIVA 4IR5A 5CQTA 3JVKA 5FFYA 4FLPA 3UVYA 4LYIA 4O74A 4TYLA 4KV1A 5FE5A 3ONIA 5D0CA 5TB6A 2YEMA 4NR8A 5AMFA 4HXOA 4PY6A 5FDZA 1PUOA 4IOOA 5HQ6A 2D82A 5LVQA 4A9HA 3UV5A 5I40A 2I7KA 3IU5A 4A9JA 3SVGA 4HXNA 5EV9A 4YBMA 4YY4A 5KTXA 4CUSA 4TZ2A 3P1FA 3VKHA 5HLSA 4PCEA 4HXKA 4YAXA 2DVRA 5BT4A 3GG3A 1JSPB 5EPRA 5IBNA 4Y03A 5F36A 4QSWA 5DFCA 5BT5A 5EICA 2YEKA 4LZRA 2OO1A 4YYJA 3O34A 4O77A 4MR4A 5D3SA 5FG4A 4QR3A 4N4HA 3G0LA 5E3DA 5FE8A 4MR3A 2RNXA 4LR6A 4PCIA 5EI4A 4TZ8A 4MEOA 4QSRA 3UV2A 4BW2A 5CU8A 3IU6A 4BW3A 5CUEA 4IR6A 1EQFA 4YH4A 5I89A 4CURA 5F1LA 5CQ8A 4QSSA 5EWWA 5L99A 5FE9A 4QSVA 4UITA 5F2PA 4Z6IA 4YY6A 3P1DA 4QR5A 4UIYA 5I83A 3Q2FA 5HQ5A 1ZKRA 4O75A 5A5PA 5DW2A 5C7NA 5EWCA 1ZS5A 5ETBA 2YELA 3U5OA 5FH8A 5JI8A 5HRXA 5ENFA 4IOQA 4LC2A 4XY9A 2R0YA 4XY8A 5FFWA 4A9KA 5L96A 4CFKA 4CUQA 2WP1A 4UYHA 5F1HA 4MEQA 4YC9A 5IG6A 4HBYA 4BW1A 4NRAA 4J3IA 4ZQLA 4YBTA 5DLZA 4A9NA 3UVXA 3D7CA 4QZSA 5ENCA 5CPEA 2D9EA 3TLPA 4QBMA 3LQHA 4TT6A 5D3RA 5I88A 4LZSA 4NRCA 3JVJA 3JVMA 5IGLA 5E9MA 4QSPA 5F60A 5HFQA 3MXFA 5E74A 3LXJA 3NXBA 2E7NA 5DFBA 4BHWA 3HMFA 3QZVA 5CRZA 3UW9A 4Z6HA 5F5ZA 3QZSA 5ETDA 4A9MA 5A81A 2G4AA 2YYNA 4CL9A 5D3HA 4A9LA 4HXMA 4NYVA 4UYDA 2R10A 4NR6A 3UVDA 5I1QA 3MQMA 5CRMA 5ACYA 5KO4A 2R0SA 4LRGA 5AMEA 2YQDA 2YW5A 4MR6A 4ALGA 5LKUA 5F62A 3D1BA 5FE0A 5AD3A 3U5JA 5A83A 5E9IA 4X2IA 5EWDA 4LDFA 4NRBA 4LYSA 4CUUA 5FH7A 4UYFA 5ENIA 5FH6A 5LJ1A 5II2A 2I8NA 5CQ3A 4O7AA 4QC3A 5I86A 3O33A 5BT3A 5G4SA 4OGJA 3MB3A 4QEWA 4N4IA 4O71A 5LJ2A 5ENGA 3O36A 4LZ2A 4QR4A 4CUPA 4YYMA 4WHWA 4Z1SA 5AD2A 2L85A 5D7XA 4TQNA 5FBXA 5ENBA 2RS9B 4N4FA 4TU4A 2N9GA 2R0VA 3LQJA 5DKCA 3ERRA 2H60A 5A5OA 5A7CA 5FE3A 4N4GA 3JVLA 2E7OA 3O37A 5LKXA 4TT2A 5E7DA 5EQ1A 3U5NA 5CQ5A 4CLBA 3P1EA 2OSSA 4QNSA 5KTWA 4TTEA 5D3NA 4QSUA 5D26A 5D3PA 4QEVA 5HQ7A 3HMEA 3G0JA 4Z1QA 5E9KA 5EPBA 4Q0OA 4DONA 5I7YA 5EK9A 5CUBA 5LJ0A 4YH3A 3O35A 4QSQA 5ENJA 5E3GA 3MULA 4PKLA 3LJWA 4HXRA 4O7EA 4QY4A 4TS8A 3S92A 5A5RA 4PS5A 2RNYA 4QYLA 5DBMA 4BJXA 1JM4B 4UYEA 5DW1A 4LYWA 4NS5A 2LSPB 4QSXA 1E6IA 4NR4A 2F6NA 4KV4A 5EGUA 4Z93A 5HCLA 5DLXA 4UYGA 3SVHA 5HEMA 5LUUA 5LKTA 3P1CA 5EM3A 5JWMA 4AKHA 5J0DA 4YYKA 3AQAA 4NUCA 4F3IA 1N72A 5I80A 5CQ6A 3MB4A 4KCXA 5KTUA 5A5QA 3U5PA 5H1TA 4YYNA 5HRVA 4NR9A 3RCWA 4AKIA 5D3TA 5E73A 4XUBA 4AI6A 5DYXA 5G4RA 4IR4A 3UVWA 5F61A 4HBWA 5II1A 5ENEA 4TU6A 3U5KA 5FG6A 5CTLA 5KU3A 5LKZA 2DVQA 5H1UA 4MR5A 5EWHA 5HFRA 5HM0A 4MENA 4A9IA 4NYXA 4MEPA 4TT4A 3SVFA 5CQAA 4OGIA 2NXBA 4YYGA 5LVRA 1F68A 3U5MA 5HRWA 5DYAA 5FE4A 4O72A 5CY9A 4RVRA 5E9VA 4YBSA 5IGNA 2GRCA 4ALHA 1X0JA 4O7FA 5CQ7A 4PTBA 4J1PA 4UIZA 4A9FA 4AKNA 4C67A 4XUAA 5EPSA 4YK0A 4NYWA 4UIVA 5L8TA 5C87A 2DVSA 1WUMA 5I7XA 5DFDA 4NQMA 3P5OA 4HBXA 5L98A 3DWYA 5CS8A 2RI7A 4YABA 4IR3A 3LQIA 5EISA 5COIA 3FKMX 5H1VA 4IORA 3Q2EA 5CUCA 3HMHA 4ZW1A 4CFLA 4NQNA 4QEUA 4BW4A 5DY7A 5F63A 4HXPA 5KHMA 3AADA 2KTBB 5DKHA 5FB1A 4WHUA 5FE1A 4OUFA 5I29A 3I3JA 4A9EA 4N3WA 5FG5A 4UIWA 4O70A 5E0RA 2FSAA 4NUEA 2DATA 5EA1A 5EVAA 4HXLA 4QC1A 5CQ4A 4ZC9A 3U5LA 5L8UA 4AKGA 4O76A 5HELA 2WP2A 5D25A 3UV4A 3DAIA 4O7CA 5K29A 5L97A 5CGPA 4GPJA 4NUDA 5D24A 4NXJA 3S91A 2RNWA 5C8GA 3ZYUA 5F3AA 5DYUA 5F25A 4XYAA 2L5EA 5DYCA 5DX4A 4C66A 5CP5A 5FFVA 4YYDA 4HBVA 4YYHA 4YYIA 5FB0A 2DWWA 5FE7A 2DVVA 5D3LA 4QB3A 3K2JA 5D3JA 5E9LA 4HXSA 4J0RA 5A85A 5A5SA 3QZTA 4Q0NA 4UIXA 3D1DA 4O78A 5EWVA 2RFJA 2EJNA 4QUUA 5H85A 5EU1A 4NR7A 5DKDA 5CUDA 5E9YA 4QSTA 4CUTA 2E3KA 4YADA 2F6JA 2L84A 4UIUA 5ENHA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HEN A;  5C89 A;  4A9O A;  5EP7 A;  4E96 A;  4UYF B;  1WUG A;  5CUA A;  5A82 A;  4J0S A;  5CUG A;  5TCM A;  2DKW A;  5IGK A;  2RO1 A;  4NR5 A;  5C85 A;  2MJV B;  4O7B A;  2OUO A;  5C4Q A;  5CFW A;  4YAT A;  5FE2 A;  5HJC A;  5CZG A;  5FE6 A;  3MUK A;  4QUT A;  4QYD A;  5A5N A;  5IID A;  2YDW A;  5IGM A;  4WIV A;  4IR5 A;  5CQT A;  3JVK A;  5FFY A;  4FLP A;  3UVY A;  4LYI A;  4O74 A;  4TYL A;  4KV1 A;  5FE5 A;  3ONI A;  5D0C A;  5TB6 A;  2YEM A;  4NR8 A;  5AMF A;  4HXO A;  4PY6 A;  5FDZ A;  5HQ6 A;  4IOO A;  2D82 A;  5LVQ A;  4A9H A;  3UV5 A;  5I40 A;  2I7K A;  3IU5 A;  4A9J A;  3SVG A;  4HXN A;  5EV9 A;  4YBM A;  4YY4 A;  5KTX A;  4CUS A;  4TZ2 A;  3P1F A;  5HLS A;  4PCE A;  4HXK A;  4YAX A;  2DVR A;  5BT4 A;  3GG3 A;  1JSP B;  5EPR A;  5IBN A;  4Y03 A;  5F36 A;  4QSW A;  5DFC A;  5BT5 A;  5EIC A;  2YEK A;  4LZR A;  2OO1 A;  4YYJ A;  3O34 A;  4O77 A;  4MR4 A;  5D3S A;  5FG4 A;  4QR3 A;  4N4H A;  3G0L A;  5E3D A;  5FE8 A;  4MR3 A;  2RNX A;  4LR6 A;  4PCI A;  5EI4 A;  4TZ8 A;  4MEO A;  4QSR A; 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