5IDI | Genus

Total Genus 177

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	177
sequence length	443
structure length	443
Chain Sequence	MKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKIGAKAYRFSISWPRILPEGTGKVNQKGLDFYNRIIDTLLEKNITPFITIYHWDLPFSLQLKGGWANRDIADWFAEYSRVLFENFGDRVKHWITLNELWVVAIVGHLYGVHAPGMKDIYVAFHTVHNLLRAHAKSVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEREEDIRAARFMHQFNNYPLFLNPIYRGEYPDLVLEFAREYLPRNYEDDMEEIKQEIDFVGLNYYSGHMVKYDPNSPARVSFVERNLPKTAMGWEIVPEGIYWILKGVKEEYNPQEVYITGNGAAFDDVVSEGGKVHDQNRIDYLRAHIEQVWRAIQDGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYNTQKRIIKDSGYWYSNVIKNNGLT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Thermotoga neapolitana
publication title	Crystal structure of beta-glucosidase 1A from Thermotoga neapolitana and comparison of active site mutants for hydrolysis of flavonoid glucosides. pubmed doi rcsb
molecule keywords	1,4-beta-D-glucan glucohydrolase
total genus	177
structure length	443
sequence length	443
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2016-02-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5idiA00

4AZIA 3WF4A 3CHEA 1GVYA 3WL1A 1C92A 4PUDA 3GBEA 1VAHA 1EXPA 3WQWA 4M29A 3PBGA 3WDIA 2VZOA 1M03A 2FGLA 4DWSC 1E4NA 1XD0A 3L4TA 3DYMA 5DMYA 1WAWA 1E0WA 4GI8A 1TCMA 2G3MA 1CXIA 4QDMA 5IFPA 1BG9A 4X9YA 1CDGA 1WDPA 3L4ZA 3PZTA 4FLOA 4UFJA 1HVQA 3GNRA 3W82A 2BXYA 4AZBA 1UD5A 4CUCA 5I23A 4IPNB 3AXXA 2D1ZA 3NJ3A 5A2BA 3AICA 2DSUA 5A8PA 1JZ4A 2VI0A 4AZHA 2XIIA 5FL0A 1GVIA 1VFOA 3VNZA 5E6YA 4W85A 1NP0A 1HVXA 3NIYA 2VR5A 4GQRA 1GHRA 1CEOA 3SCQA 3K1DA 2YJQA 4W7WA 1VIWA 5BRPA 4PTXA 1VFMA 2W91A 4Z2GA 5HPOA 4HPGA 1WZLA 1VFUA 1MW3A 5D4YA 1W1YA 1W9PA 2CEQA 3OGSA 2WB5A 2VVNA 3AXIA 3RCNA 3DYPA 4GI6A 3UEQA 1X1NA 5IHSA 1JIBA 1OM0A 4HU0A 3BAXA 3WDHA 1FH8A 4PSPA 4LYPA 1W1VA 1E55A 1I1WA 1RD6A 4OBSA 3SCSA 3U5YA 1EQPA 3CMJA 4UQDA 5I79A 1E4LA 4NI3A 1E5NA 1FH9A 3WH8A 4Z2KA 1V3MA 4HOXA 3I3EA 2EEXA 3MSGA 4J3WA 1E4MM 4U5KA 3DECA 3OZOA 1H4PA 3HJEA 2OWXA 5BRQA 3CUIA 4Z2LA 4L4OA 1XSJA 2XSBA 3AMDA 4V2XA 4BA0A 5M3WA 4D6CA 2QPUA 2DH3A 3ARTA 1MYRA 1W9UA 4PMXA 5CPSA 1DWFM 2ZXDA 3MUAA 5HBFA 3AZSA 1WZAA 4AEEA 5JBDA 2JEPA 5D8ZA 4PYSA 3BLPX 4LX4A 2X09A 4MADA 5HOSA 1Q6GA 4OOUA 2D3LA 1NOWA 3T0BA 3WQ8A 2D20A 5ABHA 1TVNA 4F9DA 4PMUA 4U3CA 5FD0A 4W87A 3OLIA 2X1IA 5A95A 1GHSA 1B3WA 5DEZA 4M80A 2BY1A 3AMLA 1B3XA 4CGTA 1ZL1A 3WQ6A 3W29A 3CO4A 1R85A 3ALFA 1YHTA 5A2CA 4P7OA 1SMDA 4OIFA 2J47A 2D23A 3ARYA 2BHZA 4S3JA 1E40A 2XFFA 1FA2A 1XCWA 3CZ8A 1E9LA 3SURA 1I75A 4HZ6A 2CNCA 2D3NA 3WUEA 3TP4A 2WWCA 2ZXBA 3GXIA 1VEOA 3L4XA 4ZE5A 3WDPP 3BH4A 1HIZA 1BGAA 1QBAA 3U5UA 2YBTA 4YHEA 5C71A 5AYIA 4Z2JA 4PTVA 2WBGA 4BS0A 4URIA 3VGFA 3VKKA 4PMQA 4CVUA 2V3EA 1BYAA 4Q7NA 2ZICA 4ATWA 1DWJM 2GUYA 3ARSA 2DPEA 3GNPA 4M8UA 3SUUA 1J0HA 2IXUA 1KGXA 4U2YA 3SCWA 5FOOA 3WN6A 5E9AA 3UESA 3ZO9A 3UETA 1MQRA 4CD4A 3ZM8A 4AD5A 4D6GA 2CBVA 1R8LA 1V0LA 2BHUA 4H41A 1BSIA 2J77A 2JEQA 3ARQA 2WNWA 1Q6CA 3SCUA 2A3EA 4W7VA 3WD1A 1BPLB 1RPKA 3RJYA 2TAAA 1JAEA 3AHVA 1HKKA 2D24A 2VJXA 3QR3A 4DWSA 3W6LA 3JUGA 1MW0A 1LL7A 1XH2A 1E3XA 1UYQA 1QI0A 3F5JA 1UR0A 2GK1B 1EDTA 3TA9A 2PWHA 2CIPA 3NDZA 5I78A 2DIEA 1OIMA 3WNKA 4EE9A 3GM8A 5CG0A 1MQQA 5M5DA 1G0CA 2G4FA 1P6WA 1CGXA 3KZSA 5BXTA 3B9DA 1CXEA 1M53A 1ISWA 1CECA 5EB8A 2QPSA 2VC9A 4RE4A 2YOCA 1XYZA 3GH4A 3CZKA 3ZT6A 4W5UA 3W28A 2WC7A 5JIWA 1H49A 2ZIDA 1W9DM 5A8NA 4UQ9A 4GO8A 4AIEA 2VCCA 3BGAA 1JI2A 4WIWA 4MNMA 3ALGA 8CGTA 2CBUA 3FAXA 4GZIA 3VM7A 1IV8A 3WDJA 4E8DA 1PPIA 3G6MA 3LPPA 2GJPA 4HP5A 3CUHA 4BCEA 3UG3A 5A6BA 4BQ4A 1E43A 2WBKA 1UR1A 3F5LA 3D5HA 3MMUA 3E1F1 3MKKA 7TAAA 4AISA 3ZT7A 1OCQA 2J7GA 3FNDA 4P7QA 4MAVA 3CUFA 1E6QM 3WD3A 1J10A 1J0KA 4TUFA 1RH9A 1IT0A 3ZJ6A 4HOWA 1PEZA 2XHYA 3PZ9A 1GJWA 3UR7A 2JALA 1EIBA 3K4AA 3QHOA 3CIVA 4XX6A 2VR4A 3RMEA 3EYPA 5HNNA 4DWSB 4X0NA 1HN1A 1UD4A 5GNZA 2ZE0A 1ZBWA 4FLRA 1WCGA 4DUXA 1FFQA 2DSZA 4AWEA 1E72M 5HPCA 4HA3A 1WE5A 3L2LA 3M7SA 1NWRA 3SUTA 4EKJA 1JAKA 1BTCA 3DHUA 2YL5A 2ZUSA 1H1NA 2FHFA 2ZXAA 3SCTA 4WJXA 2G3JA 2DEPA 2XG9A 1I1XA 2A3CA 1MW2A 2A3AA 1US2A 3SCRA 1EGZA 4PMDA 1EDGA 4B3KA 2WK2A 5ABEA 4D6IA 3VDCA 1VEPA 2QMJA 1GOWA 1QNQA 1QI3A 5F7UA 4MNLA 1ZBVA 1KFWA 4W86A 4D6FA 2ZWYA 2D0HA 3N11A 4UCFA 4AXNA 1JZ6A 2BY3A 1UKPA 5JIPA 4UTFA 4TTGA 3OLDA 2G8ZA 3EMCA 3W81A 2O9PA 3AHTA 1UZ4A 3WMCA 1UD6A 1U30A 2XFRA 1H0IA 1EHAA 4TXEA 3FY1A 1IZJA 3MUY1 5D9PA 3VIIA 4B9ZA 2XJ7A 4P8UA 3RIKA 4CCCA 3WL0A 4U5IA 1EO7A 1SMAA 2GDUA 1ZJBA 1OT2A 1AQHA 1JFXA 3BCFA 1CGUA 1B3VA 5I24A 4LGXA 2PBOA 3WY1A 4AEFA 2XGBA 2Y8VA 4ZEPA 3FHAA 4FK9A 3ECQA 3VD7A 1OBAA 4GPNA 3WFLA 2YL6A 5GPRA 2J74A 1JNEA 5HXMA 1KGUA 3FHQA 4MPKA 3VUPA 1QHOA 1LLOA 1WPCA 3AIEA 3ZMRA 2JIWA 4W8BA 3AZTA 1OWQA 3POHA 1B3ZA 1ITXA 1K9DA 5I77A 2ZX7A 1GQKA 1J0JA 1MVYA 3PZGA 1JZ5A 3BSGA 2AOSA 1LWHA 3W27A 3K8LA 1CGWA 2CKSA 1M01A 1X6LA 3OB8A 1H09A 1J9YA 3AS2A 4YHGA 2XVLA 1GQJA 4PUEA 1E1FA 3IAPA 4KRTA 4IISA 4ATDA 3M6DA 3WNMA 2DSKA 4IPLA 2IUZA 1XC6A 2ZUTA 3RO8A 1V6UA 5I6SA 2WVTA 4KGLA 1H0GA 3I3BA 3ARPA 4W8AA 2WCAA 2O9RA 4TOQA 2YDSA 2VRQA 1FFRA 2QMKA 1NH6A 3IAQA 3WH6A 2FH8A 3WD4A 3CZEA 4HMDA 3RM4A 2WHJA 3AQUA 3AS3A 3B8SA 4GZJA 4Y7EA 4EANA 3NSNA 3ARRA 3CH9A 5ABFA 1NQ6A 2ZX5A 1WB0A 2VQUA 4LPCA 5CLTA 3AJ7A 2DH2A 2BVYA 3WF0A 1WZKA 1E56A 1ZBKA 2E3ZA 4NF7A 4Z2HA 5E6ZA 4PTWA 1WO2A 4CU8A 1C8XA 1JXKA 5A6AA 1MQPA 4EK7A 3PZIA 5EBAA 3APGA 1NWSA 2BNJA 4C7GA 4DUVA 5ECUA 5BXRA 1XSIA 3CTTA 2XGIA 3WEMA 1O6IA 1UHVA 4KH2A 1V0NA 4YPJA 1RP9A 1XV8A 2XPKA 2WCSA 4PCSA 1GOQA 3VPLA 3MMWA 3WUFA 3WMSA 4OBRA 1JGIA 4J3VA 2E4TA 3AMKA 1ZB5A 3SIMA 2Z1SA 2DT0A 1QNPA 2E40A 3LPFA 2DGAA 4QFUA 3W26A 2EBNA 4PN2A 3L2MA 3L4YA 2WW5A 3WDQA 2VX5A 1L0PA 1E0VA 2ZUWA 1HP4A 1A47A 3PN8A 4MNKA 1AMYA 3VM5A 2OLHA 4PSRA 1GZJA 1VFFA 2OWCA 1JZ7A 4XZWA 5CPTA 3BMVA 4UFHA 3TONA 3AHXA 3CPUA 1KXHA 3PTMA 1NWUA 5ABFB 1VBUA 2J7BA 5C8BB 1HJXA 4OJYA 2C7FA 4NSBA 3WBEA 1KQYA 1DTUA 2CESA 5I5RA 5ABGA 2C0HA 1V0KA 3RPMA 4TVUA 4W93A 9CGTA 1KR0A 4GIAA 4GO9A 2RGLA 1B1YA 3AS0A 1GJUA 4LYRA 3AXHA 5AC4A 4CD5A 3GYCA 3O6AA 3OLEA 2GJXA 1B31A 1PAMA 1UR8A 1BVZA 3RDKA 1BGGA 2NT0A 5CXPA 1UG6A 2JE8A 1FHDA 3BAIA 3GNOA 1HF6A 2BY0A 1SYTA 1ISVA 1C3FA 5KEZA 1UWQA 2VZVA 4JHOA 4JFWA 3AIVA 3POCA 1J0ZA 1OT1A 4HTYA 1WDRA 4FF5A 4LQ1A 3D3AA 1G5AA 5BCAA 3PZUA 1V3LA 2BY2A 3MV01 2WVVB 3B9AA 1W2PA 1TFVA 2WHKA 4J27A 3VMNA 1R7OA 4JKMA 3EDDA 2VCAA 4CD7A 1SR0A 5A1AA 2G3NA 1ISYA 1LG1A 2WVSA 1VBRA 3VDHA 5LA1A 4D6DA 1PX3A 4B15A 3WH7A 5DF0A 1LF1A 1JYVA 3AIWA 2GK1A 3K8MA 1OSEA 3CBWA 4JFVA 4P8VA 4W88A 4W7UA 3KWXA 3GTNA 1EHNA 1BYBA 1D7FA 4MJ4A 7CGTA 1GOIA 1K9TA 4AW7A 3I3DA 2UY3A 4WSJA 4OZOA 2F8QA 3II1A 3N12A 3A4WA 2V3FA 4UOQA 4TX6A 1UD3A 4BZYA 2F2HA 2PBGA 2GJXB 3AYRA 1XGZA 3GBDA 1CGTA 4ZFMA 1CWYA 1QW9A 4H8UA 2VRKA 2WHLA 3F4VA 3VGEA 1TE1A 4E2OA 2VUYA 1W1PA 1FOBA 3CGTA 3WFZA 2WYSA 1B9ZA 6TAAA 1QBBA 4UZUA 1Q6DA 1Q4NX 4NRRA 2VX7A 1TUXA 1GW1A 1R87A 3PZOA 1BHGA 4B3LA 4QP0A 1JF6A 1VF8A 1EH9A 3VINA 5I3DA 3K8KA 4CU6A 1FHLA 1K6AA 4MJ2A 4PMZA 3WNNA 1BYCA 2J7FA 2CBJA 4AY1A 2J7CA 3A4AA 2YLLA 1IZKA 3WQVA 2HVMA 5LA0A 2W4XA 3F5KA 5FL1A 1R86A 1DWGM 1J0YA 1BF2A 3CHFA 3DHPA 3VU2A 1UWUA 1LJYA 1KWGA 4XV0A 4E8CA 1KXTA 3OLGA 1AQMA 1MW1A 4HOZA 2WM0A 3GH5A 4F8XA 8A3HA 5D9NA 5A94A 1TA3B 2QLYA 4BF7A 3UG5A 4TX8A 1JG9A 1UA3A 4CN1A 1KXQA 3GDBA 2OSYA 2OYLA 1GOMA 4CCEA 4AD1A 3N04A 4M82A 4KMQA 4C7DA 3HU7A 4TVCA 2WPGA 3MUIA 1VJZA 1KGWA 3WF2A 5DT7A 1CGYA 1LQ0A 2WMIB 2JF7A 4ML4A 1E3ZA 2XVKA 5CZKA 4DM2A 4LYQA 1UZ1A 2WSPA 1V6WA 5C70A 1UQZA 3KEHA 5A6KA 1J01A 1GOKA 3RM8A 1JDCA 2E9BA 2EQDA 3BMWA 5GQBA 4AD4A 5A8OA 1GCYA 1V3KA 1UH3A 3PZQA 1KWKA 1ISZA 1CXKA 1HJSA 1OGSA 3ZR5A 4UQAA 1V3HA 5HDRA 1MFUA 3QHNA 4AC1X 2WWDA 2XFYA 2JF6A 1HL8A 2J25A 5IDIA 1H3GA 5D8WA 3WH5A 3OIHA 3ARZA 4DM1A 3ZJ7A 1J11A 3BXWA 2OYKA 5EMYA 1DHKA 2WAGA 1V3IA 3WIJA 4FMVA 1KXVA 2XM1A 4D6HA 3RM9A 1W3LA 2RGMA 3AHYA 4M1RA 2ZX9A 3TTYA 1TMQA 3B9EA 4ACZA 1OGBA 1JNDA 5AY7A 4E4PA 1JD9A 3L4VA 3U7VA 4CN4A 3VIGA 4HA1A 3WNOA 1PX8A 4JL2A 4ZXOA 2G3IA 4P7NA 2CXGA 1LWJA 2Y4SA 3NUKA 4UQEA 2PF0A 2BVDA 4GKLA 3IJ8A 2VZUA 3W0KA 4GXPA 3EDKA 3HMCA 3ZR6A 1HX0A 4XB3A 1W2VA 1US3A 3G6LA 4XZBA 5A6SA 3QGVA 1B30A 1ESWA 4MDOA 3AISA 1QNSA 1XH1A 1HJQA 4HMCA 4AYSA 4P8XA 2B31A 4CD6A 4W8LA 4JFUA 4B9YA 2VVSA 3S6TA 4W89A 3VD4A 4MB3A 3WEZA 4R5EA 3U7BA 2G41A 1CXFA 2CHNA 1CXHA 3VO0A 3SCPA 4PBGA 1OB0A 2XWDA 1PZ2A 5CJ5A 1WNOA 1V3JA 1OD8A 1DWAM 1H5VA 1M7XA 1EQCA 2CCRA 2J8GA 4H2CA 1EA9C 3MANA 4BQ3A 1FP8A 4GQQA 2DQXA 4N0RA 4UOJA 5A8QA 1UWTA 5E70A 3CZJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WBA A;  4J3X A;  4AZC A;  4OOZ A;  2BFG A;  1VJS A;  2W62 A;  2PWE A;  2ZUV A;  1GQL A;  1HP5 A;  2BS9 A;  3LPO A;  3OGR A;  1UKT A;  2VUR A;  4ZXL A;  3CLW A;  3T2P A;  3NDY A;  1JZ3 A;  1UR2 A;  1JYW A;  1GON A;  4R27 A;  4LXF A;  5E09 A;  3IJ7 A;  3VIM A;  3VNY A;  5FKY A;  2CYG A;  4ZE4 A;  1Q6F A;  3M07 A;  2DIJ A;  2OSW A;  3RIL A;  2BV9 A;  4HZ7 A;  2EJ1 A;  3GXD A;  4RE2 A;  3ZJ8 A;  4UOZ A;  1TG7 A;  2CBI A;  2VQT A;  1W3J A;  1WKY A;  3WF1 A;  4U33 A;  3KL5 A;  4C7F A;  1MWO A;  1CLX A;  4UFI A;  3MO4 A;  1QI4 A;  1F4H A;  4JCM A;  1AVA A;  5KZ6 A;  3W25 A;  1C7S A;  3L4W A;  1UKS A;  4WF7 A;  2GFT A;  4QAW A;  2O9O A;  3OA5 A;  3IAN A;  2XYL A;  1K9F A;  1V6V A;  3NSX A;  5DFA A;  1QNR A;  1UH4 A;  5JBF A;  5DO8 A;  2J62 A;  2WSK A;  4NZC A;  1UR9 A;  1XSK A;  1D3C A;  2MAN A;  1ODZ A;  1UKQ A;  1BFN A;  4MB5 A;  2QF8 A;  1QI5 A;  2V5D A;  1V0M A;  1WZM A;  4ZEN A;  3AIU A;  1KCL A;  1U33 A;  1KR1 A;  1K9E A;  3CZG A;  4MB4 A;  1OIF A;  4WSK A;  3CHD A;  5EFF A;  5GNY A;  2D0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2OQL A;  3M5V A;  3MSG A;  1BEU A;  4U5K A;  4Y9N A;  3HJE A;  5BRQ A;  1T96 A;  3W3O A;  3URA A;  5J04 A;  4Z2L A;  5AHL A;  2C6Q A;  4WOQ A;  2QPU A;  4H9Y A;  4ZGY A;  4LUJ A;  1W8G A;  2ZXD A;  4EXQ A;  5HBF A;  3AZS A;  1A5S A;  5T9C E;  3R94 A;  3EB2 A;  1DE6 A;  1V4Y A;  2P53 A;  2X09 A;  1Q6G A;  4OOU A;  3T0B A;  1KFB A;  1NOW A;  3WQ8 A;  1TVN A;  4IIB A;  1VFL A;  1ZAH A;  3GD6 A;  4DAI A;  5A95 A;  3TH6 A;  1B3W A;  5FJU A;  3DKJ A;  4LB3 A;  4LFY A;  1AH4 A;  3CV2 A;  3W29 A;  3CO4 A;  1EJT C;  7ENL A;  2YGY A;  4QE5 A;  1EUN A;  2UZ9 A;  3LER A;  2BHZ A;  3CZ8 A;  3SUR A;  1I75 A;  1I45 A;  3LXC A;  2D3N A;  3MZ2 A;  2NVC A;  3I7S A;  4M5P A;  4GAC A;  4JYD A;  3A12 A;  3L4X A;  5JH2 A;  2DIK A;  3A24 A;  4YTT A;  2WBG A;  4IIG A;  4URI A;  3VGF A;  1RCO B;  4RV3 A;  4CLM A;  3T05 A;  1SM9 A;  1DWJ M;  2FZ9 A;  3P5Z A;  3BQ6 A;  1U5V A;  3GNP A;  2CXE A;  1LOR A;  5G1M A;  2PSN A;  3SN1 A;  3ZO9 A;  3BJF A;  3UET A;  3S5O A;  3ZM8 A;  4D6G A;  5F4W A;  4RDW A;  2BHU A;  1I8J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IDIA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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