5IE1A

Crystal structure of bace1 in complex with 3-(2-amino-6-(o-tolyl)quinolin-3-yl)-n-(3,3-dimethylbutyl)propanamide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
361
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-Linking Approach Using (19)F NMR Spectroscopy To Obtain Highly Potent and Selective Inhibitors of beta-Secretase.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 361
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ie1A02
5P8LA 2OHMA 4PYVA 3D20A 1SDVA 1MRWA 3KM4A 1HVHA 2BB9A 4YBFA 4LC7A 1LYAB 3ZPTA 1T6EX 1TW7A 4YDGA 3IVIA 2UY0A 2PH8A 5ISKA 4Y3PA 1FB7A 5P6IA 2OAHA 2PYMA 2RKGA 1GVTA 3UFNA 5P3PA 3L5BA 5P50A 2QI3A 2QZXA 2WEZA 3K4VA 2A1EA 3SA4A 1RV7A 4B78A 1MVPA 5DGWA 1PPKE 5P70A 4K4PA 2V0ZC 5P8CA 5P20A 2JYSA 3R4BA 5HCOA 1BVEA 3PBDA 4LXMA 3O9HA 2PSGA 3QBFA 5F00A 3IXOA 2FLEA 5P4IA 3ZPUA 3DK1A 2QNNA 3TPJA 1GNNA 5P4MA 2QZKA 1EC2A 3IA9A 1IDAA 1IBQA 3NYGA 2B7ZA 4Y9WA 1KJGA 5P15A 5P7IA 3PWRA 2ZHSA 5P13A 5JFPA 1EPNE 5P3JA 3G72A 5P57A 4RVJA 3VEUA 5P3IA 5P31A 3NU5A 2O40A 2PC0A 5P2FA 1FF0C 3I25A 4Y4EA 3TKGA 5P09A 2NXDA 4XKXA 4Y3RA 3UPJA 4DPFA 5KQZA 2B60A 2H6SA 3QP0A 5P88A 1W50A 4F75A 3ZKIA 5OZ0A 5OZVA 5P3CA 3UDYA 4HZTA 2PWRA 5OYQA 3T7PA 2QAKA 3PVKA 4QJ7A 5P76A 5KR0A 4RYCA 3FV3A 3IAWA 3EM6A 3TPLA 2FNSA 3UQWA 4H3GA 5AHAA 5P1NA 5OYUA 3D91A 2G1OA 2FGUA 1GNOA 3TKWA 3VYFA 5OZOA 1LF4A 4R91A 2NMZA 5P5HA 4Y48A 4FL8A 2ZE1A 5P6HA 4XX3A 5P7WA 3R2FA 4B1DA 2UPJA 4OBGA 4MC9A 3ZL7A 3PSYA 5P1VA 5P0HA 3MWSA 3SACA 5P32A 5OZRA 5P12A 2HS1A 1GVVA 5AH7A 5P78A 4Y4GA 2ZYEA 4TVHA 1MSNA 3BUFA 1EC0A 1RNEA 5OZQA 3KFNA 5P28A 4Y37A 4GIDA 3FNSA 5P6DA 1BXQA 5P42A 3D1ZA 4Y3EA 3EM4A 2WJOA 1EC1A 5P01A 1RL8A 5P7BA 3TL9A 3GW5A 2HM1A 3UDHA 4Y4BA 3S8IA 5P5EA 4J0ZA 2PK5A 3G6ZA 1D4KA 5DR1A 5P60A 1C6YA 1YG9A 4R8YA 3I2LA 1EC3A 5P6RA 5P14A 4TVGA 4WY6A 4Q1XA 1W6HA 3DJKA 1FIVA 2Q55A 3NDUA 4APRE 3SA5A 3GI4A 5KQXA 5P7RA 2F3FA 2IRZA 3EBZA 1HEGE 5P0LA 1XL5A 4RZ1A 4J0YA 3HD8A 2JJJA 5P8DA 2OHSA 4EPJA 3KDBA 3SKGA 3S7LA 3UDPA 5P1TA 1K6CA 1MSMA 3DCRA 3MXEA 4L7HA 1LYBA 5HDXA 4QJ9A 4FM8A 5P5ZA 3NUOA 4Y5GA 1ODXA 3RTHA 5P8NA 3BRAA 1SGUA 2G1YA 5P35A 3VV6A 2PWCA 2BPZA 2Q11A 5P59A 2VA6A 5HCTA 5P8UA 2VS2A 5OZXA 5P66A 1BAIA 1KJ4A 5P4OA 1AZ5A 5P39A 1QS8A 5P51A 5P4VA 3D1XA 2EWYA 4GZFA 5P7MA 2BQVA 5P6QA 1E80E 3TOFA 2QNQA 4N00A 4PHVA 5P3OA 5P22A 5P4YA 2P8HA 2WF0A 3OWNA 3HLOA 2J9KA 3BGBA 1AM5A 5P0VA 4A4QA 3ER5E 4Y4XA 1MIQA 1BVGA 5P8TA 3UF3A 3ECGA 2FGVA 1YTJA 3FX5A 2V13A 1HPOA 3O9LB 3HDKA 5HD0A 4CKUA 1BWBA 1MT7A 5JFUA 2JE4A 4Y45A 5P7YA 5P5VA 3ZKSA 1HRNA 3KF0A 4GMIA 3MSLA 3GGUA 5P4EA 1IZEA 3FIVA 1ME6A 1W5YA 5OZJA 3LIXA 2PH6A 2BKSA 4Y5BA 4RCDA 2I1AA 3EKWA 5P5CA 2B8LA 2Z54A 1FFFC 5P4LA 5P5KA 4YCKA 4YOAA 4Y47A 1EPOE 2R3WA 2VIYA 1GVXA 2WEAA 3N3IA 1HXBA 4LHHA 4PEPA 4RRSA 3O9FA 3Q70A 5P5XA 3SM2A 1DPJA 2NTRA 2I4XA 4FGXA 2HB3A 3TPRA 5E5JA 1M4HA 3WSJA 2AOGA 3VFAA 4Y3FA 4F74A 4TRWA 5OZCA 3NU4A 1A30A 3NXEA 5P3HA 1TCWA 3OU4A 5OZAA 2IGXA 2ZJHA 3O99A 3HAUA 4XX4A 2IGYA 1IZHA 4AA8A 2HPFA 3GI0A 5AH8A 2ER7E 4DJUA 4J0VA 4FE6A 4J5JA 4XXSA 5P0MA 1TZSA 2WF4A 4I0FA 3OUDA 5OZTA 4DVFA 5P1UA 1TCXA 5DR0A 3B7VA 5P2HA 3LITA 4X2LA 3BGCA 5P1ZA 3HZCA 5P2IA 5P3FA 1APVE 3HBOA 3QRSA 4ZLSA 1HTRB 2G26A 1CPIA 3SABA 3S2OA 5P1WA 3OAGA 5P7EA 5P5AA 3I8WA 2QZLA 3CIDA 4WY1A 3NDXA 2IDWA 3LIYA 5TOLA 5P85A 4CPUA 1QRPE 4EJDA 5P3BA 5P23A 1LS5A 5DPZA 5P89A 3ZPSA 1FMBA 2Z4OA 5OYVA 5OZ7A 5P2AA 4PZXA 5OZEA 5P0EA 4I0ZA 2VNMA 1OHRA 5P49A 3IN3A 5P0CA 3PRSA 4CPQA 4S1GA 2BPXA 2FDPA 3VFBA 2XFJA 5P4HA 5P5BA 2G1NA 4NKKA 5OZ3A 4ZSRA 5P0SA 4YBIA 1UH8A 3OUCA 4NPTA 5HU0A 1W5VA 3OU4B 1MESA 4ZSMA 2WECA 3IXKA 4DJVA 2VKMA 2F81A 1BDQA 3LZSA 3EKTA 5P5TA 4NJTA 4M8XA 4CPTA 4FRSA 3OUDB 5P2VA 4CPSA 5P4KA 4B1CA 1META 3SFCA 1HPXA 1ODWA 3OK9A 3O9BA 1IZDA 2CEJA 4Y5KA 1FKNA 4DJYA 2VIEA 2QD8A 4Y5AA 5P6EA 2QI5A 4Z50A 3JVWA 3CICA 5P0OA 2QMPA 1BWAA 1IIQA 3PMYA 4OBJA 5HVPA 3PCZA 4Y4JA 5P43A 1GVUA 3S54A 5P6BA 2AOHA 1ZPKA 3TPPA 4A6CA 1LEEA 4Y3HA 1C6ZA 4GJDA 2ZJNA 3SA6A 5P7JA 3EKQA 4RROA 5OZ6A 4L7JA 4J1HA 3QPJA 5P5QA 3MSJA 1LYAA 4BFBA 4ER2E 1QBSA 2AVOA 4YA8A 1ER8E 4FAEA 4U7QA 4I0IA 3WB4A 5P24A 3M9FA 4B05A 4QJAA 4FRKA 2ASIA 3OADA 5P36A 5OZMA 1OEWA 1K6TA 2APRA 4R93A 4Y4TA 5C9DA 4J1EA 3T3CA 2QU3A 1MPPA 5P0AA 5IVTA 2R5PA 1W51A 5P6LA 1HOSA 1HVKA 5CLMA 1HIVA 1T3RA 3GI5A 5P7CA 4J1FA 4ZSPA 5P03A 5P8FA 3S53A 4AUCA 5AH9A 2VNNA 1YX9A 3O9CA 3VV8A 5I70A 2QI6A 5P3DA 5P1RA 4MC6A 4GJ8A 5P8PA 3LINA 2B42A 3MSKA 1QBUA 3VUCA 1SDTA 2O4LA 5P64A 4CPWA 4B0QA 1AJXA 4KB9A 1G2KA 2I4UA 1OEXA 5P54A 5P7DA 2ANLA 4DQBA 4Y3JA 5P44A 2G1SA 3NWQA 3L59A 5P7SA 5P04A 3OADB 1FLHA 4LAPA 2NNPA 4Y6MA 5P0RA 1B6KA 4I0HA 5P1QA 3TNEA 2ZJMA 5P5UA 4HDFA 2QMGA 1HWRA 4R5NA 3KMXA 4YOBA 4J54A 5P4NA 5DR4A 4CPRA 1FG8C 5P3YA 3NR6A 2WF1A 5P7NA 1ZBGA 5P06A 5P48A 4EP3A 2NXLA 4DV9A 1CMSA 2P3AA 2BJUA 5P6XA 4PPHA 4YE3A 4H3IA 3K5CA 2P83A 2PSVA 5P1MA 2PSUA 4M8YA 3DUYA 1UH7A 3K4VC 3EL9A 5P52A 2FDEA 3OUAA 4FRIA 1MUIA 3D1YA 2F3EA 2I0AA 4OBKA 4L1AA 1T7JA 5IVRA 5DQ5A 2NMYA 5P6JA 5P80A 2VA5A 4Y38A 3QRMA 2R38A 1VIJA 1BBSA 3OU3A 2AZ8A 5P6UA 3KFRA 5KAOA 4DFGA 4OBHA 3NU9A 1E5OE 2F3KA 2IEOA 3GGAA 4B1EA 1FMUA 3OTYA 4J0TA 3QBHA 4CP7A 5IE1A 4HE9A 4LXKA 1K6VA 3TOHA 2V16C 1AXAA 3UQPA 5OYRA 3NXNA 4Y4DA 3K1WA 5P5SA 4BELA 4J1KA 1EPQE 4I1CA 5P67A 3LIVA 1EBWA 4LBTA 5P45A 1QDMA 1K2CA 1FQ5A 5ISJA 5P29A 4DJXA 3I7EA 1KJ7A 1BV9A 3TLHA 3PLDA 4DPIA 3ST5A 2ZHVA 2PQZA 3SA8A 3EKPA 5EZZA 2AOCA 5HU1A 4ZEAA 5P0DA 3FSMA 5P38A 4Y5MA 5P2BA 1APWE 1ZPAA 2BKTA 5B18A 1QBRA 5SZ9A 3O9LA 4L1AB 5F01A 4D8CA 1HVLA 3NUJA 4QJ8A 1UH9A 3OGPA 5P2YA 1PPME 2SAMA 3L58A 3O9GA 4Y3MA 4Y39A 1E82E 5DQCA 3UDRA 3VSXA 1DAZC 1BXOA 4J55A 1UPJA 1SIVA 5P4GA 5P2GA 5P4BA 1B6MA 5OZDA 3VV7A 5P4UA 5IVSA 4L6BA 2IKUA 1B11A 1YTGA 2R5QA 3UFLA 3KT2A 5OZBA 5P1HA 4Z4XA 4FSEA 3KDCA 5OZ1A 1Z1RA 5P1GA 3L5EA 5J25A 1MT8A 2P3BB 5P56A 3GGXA 5P5JA 1ZLFA 4YD4A 3S45A 1EPME 3T7QA 4EXGA 4CPXA 3UQRA 1B6LA 4AMTA 2R9BA 4H1EA 4U8WA 2ZHUA 5P2WA 4B77A 2HB4A 2NXMA 3AIDA 1NPAA 5P8BA 4B72A 4LL3A 2XYEA 3TH9A 5P55A 5P07A 4HVPA 4Y57A 2HAHA 5P7GA 4YHQA 2AVQA 3T11A 1FFIC 5OZKA 5P3QA 3KN0A 5HDZA 4DQHA 3URIA 3O9AA 5OZZA 2BPVA 4EHCA 5P27A 3UDKA 4FLGA 2ZGAA 2ZJKA 5P5YA 4BFDA 1YT9A 3CIBA 4ER4E 4Y3NA 3INHA 5P3UA 5P1JA 2PMAA 5P1AA 4K4QA 1JLDA 5COKA 5PEPA 5P7AA 3EXOA 1YTIA 5P10A 1HTFA 3I6OA 5P86A 3OQDA 1AIDA 3U71A 5P0FA 1HPSA 5P11A 4WTUA 5OYXA 3JW2A 5P2UA 4KE0A 5EZXA 2MIPA 1KJFA 3HVPA 1T7IA 1SH9A 3VF7A 5P5LA 4Y3YA 1YTHA 5UPJA 5P7TA 2J9JB 1F7AA 3OTSA 2AZ9A 4Y5CA 1MT9A 1RPIA 2RSPA 5P58A 5HTZA 2HIZA 5P0QA 3NU3A 3KT5A 2HC0A 2UXZA 5P3SA 4I0EA 4JECA 5P0JA 5P26A 4HDPA 1U8GA 1XDHA 3PHVA 5C9FA 2VJ9A 4DI2A 2O4SA 4APEA 5P46A 5P87A 3ZKQA 4K9HA 3GI6A 5P5RA 1HTGA 4RCFA 4AA9A 3KFPA 4I0DA 1EAGA 4I10A 1NSOA 4I8ZA 2IL2A 3QROA 5P7KA 5HE5A 5P1OA 4JPEA 4FM6A 3OXVA 3Q3TA 2RENA 3ZMGA 1D4HA 5P8EA 5P02A 5P4DA 3VLBA 4F76A 5OZLA 2ZHRA 4ER1E 5P08A 2O4NA 5P4ZA 2CENA 2G21A 2QP8A 3QN8A 3S56A 5P68A 4YD7A 5P2TA 2G20A 7HVPA 3JVYA 3QVCA 5P18A 3L5CA 3Q6YA 5P5GA 1BV7A 3PI5A 2OHRA 5JODA 2XFIA 4MC1A 3OU1A 2WEDA 4Q1WA 5P5FA 1D4JA 3LNKA 5P73A 3PM4A 3LPKA 3UTLA 5DQ4A 5P0IA 1MTRA 2QNPA 4I8WA 4X7IA 1BILA 5P4FA 3PLLA 5P4QA 4EXHA 5P8JA 1SP5A 1A8KA 4ZIPA 3BXSA 2IS0A 5P72A 5P40A 1MERA 3CKRA 1C6XA 4RVXA 2AIDA 2PK6A 2IQGA 3WZ8A 2ER6E 5I3YA 5P6ZA 4KE1A 5ER2E 4Y5EA 1EBZA 4Y3SA 4LXAA 2R43A 1D4LA 3SPKA 2Q3KA 3K5FA 2ZJLA 3EL1A 5P2QA 5P6YA 4Y5LA 4Y5NA 3VYDA 5ER1E 4D83A 5P25A 3K5GA 5P8HA 2HB2A 1HSIA 4RYGA 5HE7A 3IGBA 3PI0A 4OBDA 2QK5A 3H0BA 4ACXA 3LPJA 1D4YA 2AODA 2V12C 3DM6A 4Y3QA 3PJ6A 4I12A 4D85A 5DR8A 5P3ZA 3R0YA 2AVSA 3B80A 2FNTA 4F73A 3PGIA 3T6IA 2AOIA 3NWXA 2G27A 2ZDZA 2F8GA 1AJVA 2QI4A 4R92A 3PEPA 3OY4A 5P7HA 5P7ZA 4Q1YA 5P3TA 1IDBA 5P75A 1YM2A 1GKTA 1HVRA 3OU1B 3ZLQA 3LHGA 5P3AA 3RU1A 2QMDA 5P0NA 5AHCA 5T4SA 1EPLE 5P41A 2I4DA 3OXCA 3EKVA 1HVSA 5P3MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8L A;  2OHM A;  4PYV A;  3D20 A;  1SDV A;  1MRW A;  3KM4 A;  1HVH A;  2BB9 A;  4YBF A;  4LC7 A;  1LYA B;  3ZPT A;  1T6E X;  1TW7 A;  4YDG A;  3IVI A;  2UY0 A;  2PH8 A;  5ISK A;  4Y3P A;  1FB7 A;  5P6I A;  2OAH A;  2PYM A;  2RKG A;  1GVT A;  3UFN A;  5P3P A;  3L5B A;  5P50 A;  2QI3 A;  2QZX A;  2WEZ A;  3K4V A;  2A1E A;  3SA4 A;  1RV7 A;  4B78 A;  1MVP A;  5DGW A;  1PPK E;  5P70 A;  4K4P A;  2V0Z C;  5P8C A;  5P20 A;  2JYS A;  3R4B A;  5HCO A;  1BVE A;  3PBD A;  4LXM A;  3O9H A;  2PSG A;  3QBF A;  5F00 A;  3IXO A;  2FLE A;  5P4I A;  3ZPU A;  3DK1 A;  2QNN A;  3TPJ A;  1GNN A;  5P4M A;  2QZK A;  1EC2 A;  3IA9 A;  1IDA A;  1IBQ A;  3NYG A;  2B7Z A;  4Y9W A;  1KJG A;  5P15 A;  5P7I A;  3PWR A;  2ZHS A;  5P13 A;  5JFP A;  1EPN E;  5P3J A;  3G72 A;  5P57 A;  4RVJ A;  3VEU A;  5P3I A;  5P31 A;  3NU5 A;  2O40 A;  2PC0 A;  5P2F A;  1FF0 C;  3I25 A;  4Y4E A;  3TKG A;  5P09 A;  2NXD A;  4XKX A;  4Y3R A;  3UPJ A;  4DPF A;  5KQZ A;  2B60 A;  2H6S A;  3QP0 A;  5P88 A;  1W50 A;  4F75 A;  3ZKI A;  5OZ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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