The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
108
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sequence length |
320
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structure length |
320
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Chain Sequence |
SMEVVLKFHSFPPMPANSNAKFVKPWSEKVLAESNGEIKVEIYPAMQLGGKPPQLVDQVRDGVVDIVWTVAGYTPGRFPHLEAFELPFMPASAEATSQALQEYVDTVAASDLKDYKVLAVFCHAPGKIHTKEKVIASAADLNGMKMRGPTRVITKMLEGLGATPVGMPVPAVAGALSKGVIDGMVVPWEIMPSFKLHELTAAHTTVSGSRGLYTTPFLFLMNKAKYESLSDEHKKVIDNNAGLALAKLAGQLWDGFEVPARKLALDAGGTIHSLSGGPLAEMKAAGEGLEADWIKSANDRGLDGAMLVKTAKDLISKYDK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a marine metagenome TRAP solute binding protein specific for aromatic acid ligands (Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition, unidentified microbe, locus tag GOS_1523157, Triple Surface Mutant K158A_K223A_K313A) in complex with co-purified parahydroxybenzoate
rcsb |
| molecule keywords |
TRAP TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN
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| source organism |
Uncultured bacterium
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| molecule tags |
Transport protein
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| total genus |
108
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| structure length |
320
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| sequence length |
320
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 | D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PBH A; 4MEV A; 4PET A; 2XWV A; 4N15 A; 4PGN A; 4DI3 D; 4PDH A; 4OVQ A; 4PBQ A; 4NN3 A; 4DI4 B; 2ZZV A; 4N17 A; 4N8G A; 4PFI A; 4MNI A; 4P47 A; 4P8B A; 4X8R A; 4OAN A; 4NF0 A; 5IZZ A; 4NQ8 A; 4NHB A; 2V4C A; 4XFE A; 4MX6 A; 2XWK A; 5I5P A; 2WYP A; 4MIJ A; 4UAB A; 4PC9 A; 4PDD A; 4PFR A; 2XXK A; 4P3L A; 2WX9 A; 5I7I A; 2HZK A; 4OA4 A; 2PFZ A; 4P1L A; 4PAK A; 2HZL A; 3U65 A; 2XWI A; 5IM2 A; 5CM6 A; 2ZZX A; 4PF6 A; 4P1E A; 3FXB A; 4N8Y A; 4OVT A; 4NGU A; 4P9K A; 4YIC A; 4N6D A; 4MCO A; 4LN5 A; 2PFY A; 4PE3 A; 2WYK A; 4PF8 A; 4PCD A; 2HPG A; 4MHF A; 4N6K A; 3B50 A; 2VPO A; 4O94 A; 4MMP A; 4NX1 A; 2CEX A; 2VPN A; 4NG7 A; 3GYY A; 2CEY A; 4O7M A; 4NAP A; 4MAG A; 5IGA A; 4PGP A; 5LTC A; 4OVR A; 4MNP A; 4O8M A; 4PAI A; 4OVP A; 4P56 A; 4X04 A; 4N91 A; 2XA5 A; 4N4U A; 4YZZ A; 2XWO A; 4OVS A; 4PFB A; 4XF5 A; 4XEQ A; 4MNC A; 4PAF A; 2ZZW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1UQW A; 4PBH A; 1LST A; 2Q2C A; 4G8M A; 3IFA A; 3M3F A; 1MY0 A; 2O1M A; 4GIZ A; 1Y3P A; 4PBQ A; 4GWY A; 1IXH A; 3GZG A; 3JV9 A; 3RQT A; 2G29 A; 1JQF A; 4C0R A; 3S4U A; 3RN8 A; 2V4C A; 3K2D A; 2DP8 A; 3G3G A; 4XKN A; 3DP6 A; 2OCU A; 1INP A; 3QXM A; 1RKM A; 3A29 A; 1N76 A; 5JK4 A; 4IO5 A; 2ZNU A; 4ELQ A; 1MXY A; 1ZU0 A; 3VVE A; 1MS7 A; 3SKP A; 1UTH A; 4H8I A; 1EU8 A; 3MWB A; 1N7X A; 1I6B A; 2UVJ A; 3TCF A; 2O69 A; 4H8J A; 4XIG Q; 1B6H A; 2P3N A; 3PGF A; 1LBC A; 4O7I A; 1OIB A; 3T9U A; 4FBP A; 3GXA A; 4F2O A; 3BFU A; 3CFL A; 4GWW A; 1NV1 A; 4ESW A; 2V93 A; 4G8H A; 4GWZ A; 2BJI A; 4JBZ A; 3H6W A; 3MQ9 A; 1AH5 A; 3QUJ A; 3O29 A; 2VPO A; 2THI A; 2P1S A; 4R9F A; 5FHN A; 3KBZ A; 4YAH X; 2CEY A; 3K02 A; 4FJP A; 4GLI A; 3HCQ A; 4QXD A; 3EN3 A; 1LBZ A; 3VFJ A; 1PB7 A; 1CE2 A; 5CI5 A; 4QFN A; 1EZP A; 2XWO A; 2HAV A; 4MNC A; 1G0H A; 5I56 A; 2OWZ A; 1AMF A; 2QVU A; 3TTN A; 4KQP A; 1YPN A; 3MVZ A; 1B2H A; 3B6W A; 3RUM A; 1KWH A; 4PFY A; 4N8G A; 5H8N A; 4PFI A; 4P8B A; 2NWJ A; 5AA4 B; 2I4C A; 3TTL A; 1BLF A; 4GX3 A; 1SYH A; 4ONY A; 2FA7 A; 1NNT A; 2R8T A; 1MQJ A; 4TOZ A; 3R26 A; 1LBW A; 4MBP A; 4UAB A; 3TPA A; 3N5L A; 1LAH E; 3IOR A; 1JW5 A; 2F5X A; 5DVJ A; 5FTI A; 1FJ9 A; 2XXU A; 2VGQ A; 2FNC A; 2XWI A; 3PMX A; 1ATG A; 4KR5 A; 3KOT A; 3CR9 A; 3FXB A; 4OVT A; 5F24 A; 3R6U A; 3OOA A; 1IIT A; 3B7D A; 1NNF A; 4ZEF A; 4MCO A; 5H8H B; 3K01 A; 3SZP A; 1SW1 A; 4MHF A; 3G7W A; 5FTH A; 2F35 A; 2Y5K A; 3FUZ A; 2XXY A; 2V84 A; 5ELV A; 3H6T A; 4JVC A; 3K4U A; 2XXH A; 2XXQ A; 4PGP A; 2O1L A; 5CRY A; 5B7D A; 5LOM A; 3AXF A; 3TZA A; 4U21 A; 3E3K A; 4YZZ A; 3D4C A; 3MVW A; 1OQG A; 3TAJ A; 3M8U A; 2Z8D A; 4IO6 A; 4MJO A; 3CI8 A; 1A55 A; 4UAC A; 1RDZ A; 4FAJ A; 1JVY A; 3IB1 A; 3KEI A; 3TEL A; 4GWS A; 3RGY A; 5KDT A; 2KLF A; 3D4G A; 1UIV A; 1FQB A; 1UTH B; 4R6Y A; 2ZZV A; 2REJ A; 4NF0 A; 4H5F A; 3K1P A; 4F22 A; 3C33 A; 4R73 A; 2X26 A; 2DYX A; 3IAZ A; 2Z22 A; 3KSX A; 5HPQ A; 5H8S A; 3K6V A; 4XTC Q; 3U94 A; 1VE4 A; 4RNS A; 4OFJ A; 1B32 A; 3IJO B; 3U92 A; 3OO9 A; 2YJP A; 4EXL A; 1SBP A; 5DTB A; 1OLA A; 4PDD A; 3O6H A; 2QS1 A; 2Q2A A; 2XXK A; 1YTV A; 3T96 B; 3MBP A; 1JW1 A; 3QK6 A; 3E9X A; 4GX4 A; 1RYX A; 5HM4 B; 4NMY A; 4AS4 A; 3K6U A; 4GBW A; 3RT8 A; 2IEE A; 3H6U A; 4YKI A; 1FJ6 A; 1HSL A; 2UYE A; 4OVJ A; 4U4X A; 5K2X A; 3OEM A; 1Z7M E; 3PPQ A; 4DDD A; 3UIF A; 5I59 B; 5I56 B; 4WKM A; 1ZTY A; 3MZB A; 1H76 A; 4YB7 A; 4HE2 A; 4JSO A; 1B5H A; 4LVQ A; 4OVR A; 3PPO A; 2ZYN A; 4O8M A; 3L6G A; 3MAM A; 3IX1 A; 1MM6 A; 1I6A A; 2E1S A; 2ONR A; 4G61 A; 1SPI A; 4E0X A; 1QGX A; 3WAF A; 4MEV A; 4YMA A; 1B3E A; 2DXR A; 3OO8 A; 5AA2 A; 4POX A; 1XVY A; 1MG1 A; 1NV6 A; 2V25 A; 2DVZ A; 4N17 A; 3KG2 A; 2H25 A; 3DP4 A; 4FED A; 4KD5 A; 3DEL B; 3FJM A; 1NH8 A; 1IMA A; 4GBV A; 4XKQ A; 4GXA A; 1XT8 A; 4L17 A; 3SEV A; 2X7P A; 2GRV A; 4HTG A; 4NF8 A; 1UTB A; 1EZO A; 1LCF A; 4F2Q A; 1MM7 A; 2B4L A; 1WOD A; 4P1E A; 4OMB A; 1MPB A; 1LBB A; 4N6D A; 2AIX A; 1L5T A; 4OHN A; 1TT1 A; 3BIG A; 4PE3 A; 3A3C A; 1NFT A; 1MXV A; 3FXQ A; 4KPT A; 4ELR A; 4EQ9 A; 3N6U A; 4QFO A; 2AL5 A; 2NVU B; 4XKP A; 3G3I A; 1P1Q A; 3VXC A; 3FVK A; 1JNF A; 5IZ3 A; 4NAP A; 3SEW A; 2DE4 A; 1WVJ A; 3T1B A; 4C1U A; 4JSD A; 4H45 A; 3LR1 A; 4N91 A; 5L9O A; 1B9J A; 1GGG A; 2QL3 A; 2ONS A; 3FXR A; 2Q88 A; 1IMC A; 4H1X A; 2O6A A; 4EDP A; 4OET A; 3K6X A; 4Z0I A; 3IOU A; 1XI6 A; 2VT5 A; 1LFH A; 1BTJ A; 3S9N C; 4Q5T A; 1S7Y A; 3IL1 B; 2Z8F A; 3HHG A; 4DI4 B; 1LB9 A; 1ZIU A; 3CSB A; 5EQ9 A; 2QS2 A; 1ZBM A; 3V8X B; 3PV0 E; 4F1Y A; 4I9D A; 3E13 X; 1JP4 A; 3QSL A; 1Y20 A; 3CIJ A; 3UK4 A; 2UYF A; 2E0S A; 3UA8 A; 1EZ9 A; 1B5I A; 2UVH A; 5KCJ A; 2XX7 A; 1URD A; 1D9Q A; 3I3V A; 4EF2 A; 3LSF B; 2O84 X; 4BDN A; 1DTG A; 4PAK A; 4F19 A; 3C9H A; 4KCC A; 4ZE9 A; 3ECR A; 3O28 A; 4YKJ A; 2QVV A; 1LCT A; 1QJM A; 1J1N A; 1PBP A; 2H4I A; 3IO4 A; 4G4P A; 4ZEI A; 1B51 A; 5EQ7 A; 4OFL A; 1MY4 A; 3PD8 A; 1FPJ A; 2F3B A; 2DVC A; 3VLW A; 4QRZ A; 2DWH A; 4GRK A; 2WBB A; 4U1O A; 1D3K A; 1ZKB A; 2O7I A; 4GFR A; 2FIX A; 3K6W A; 2NUV A; 1JW4 A; 5EHM A; 4XXU A; 3A3U A; 2W7Y A; 2Q8M A; 3U1O A; 1PC3 A; 1OVB A; 4R72 A; 2X7Q A; 3R7X A; 3MZ1 A; 2UVI A; 1Y4T A; 4O3C A; 3TQL A; 2DQV A; 2GHA A; 5J1D A; 2MKZ A; 2OJT A; 4PFB A; 5IZ1 A; 2D21 A; 4HCW A; 2DDK A; 2I6E A; 4PFT A; 4KYE A; 1MY3 A; 4NF8 B; 3RPL A; 4N15 A; 3EHT A; 5ET8 A; 4DI3 D; 3I5O A; 4G68 B; 1DTZ A; 1B1H A; 4OAN A; 1IXC A; 5J16 A; 1IZ1 A; 1B3G A; 3O66 A; 3DP8 A; 5CMM A; 1H43 A; 2RC8 A; 4WED A; 4GWU A; 4AB6 A; 3K0V A; 3TQW A; 1B40 A; 3DM0 A; 3KN8 A; 2WYP A; 3FZV A; 5ET5 A; 3LBS A; 4F31 B; 4PQJ A; 1USY E; 4DXC A; 2FHY A; 1MPD A; 4G2Z A; 3LSL A; 1FTJ A; 4H46 A; 1S50 A; 3UOR A; 2REG A; 4R6H A; 2FYI A; 2Z8E A; 1T0K A; 3BFT A; 1DPP A; 1FPI A; 5EHS A; 3U65 A; 3RTF B; 1N3W A; 3WAE A; 3O6G A; 1P1W A; 1MH4 A; 2IA4 A; 3ONM A; 1FTM A; 5DYH A; 4AB5 A; 5I58 A; 4N81 A; 3VVD A; 2QFL A; 2Y84 A; 1N0T A; 4N6K A; 2KQZ A; 4ELO A; 4F1U A; 4K3F A; 4O94 A; 4QFP A; 3FJ7 A; 5F7V A; 3C35 A; 2PMS A; 2RCA A; 4DIG A; 1FTL A; 2XX9 A; 4U1Z A; 2I4B A; 3V5A A; 2NOO A; 5DEX A; 4O3B A; 2XD2 A; 1IEJ A; 2F36 A; 4P0I A; 1BK4 A; 3EF7 A; 5H8F A; 1HSJ A; 4YB6 A; 4PFU A; 3KJ7 A; 1PBQ A; 3MYU A; 4NED A; 5H8Q B; 4U22 A; 5TP9 A; 5DVF A; 3O97 A; 1Q1K A; 3PTY A; 3U72 A; 1ELJ A; 3FVG A; 3CG3 A; 3FIR A; 3QMF A; 3G3K A; 5EYG A; 4XFE A; 1BP5 A; 3QYT A; 2XXP A; 4ZDM A; 3QUF A; 2RC7 A; 1AOV A; 3LSX A; 3MPK A; 4HS7 A; 3M3L A; 1ZLQ A; 4GL0 A; 1Z7N E; 4R74 A; 1MQH A; 3HHF A; 2VP1 A; 1A54 A; 2HQ0 A; 3S2V A; 4OTE A; 4JWO A; 4YU0 A; 3FXU A; 4LP2 B; 2ZYO A; 3KN3 A; 5KZT A; 3KZG A; 1DSN A; 1FQF A; 3PPP A; 3Q29 A; 4RJZ A; 3B50 A; 4PP0 A; 3B6T A; 3RPL B; 2OBG A; 4UA8 A; 2V3U A; 1YXI A; 2A5T A; 3V89 B; 3S9M C; 2XA5 A; 1P1O A; 1LBV A; 2HCA A; 4ZE8 A; 4ESX A; 5CMK A; 5DVI A; 1B4H A; 3OEL A; 4BDO A; 1IME A; 5I57 A; 2ZZW A; 3E4R A; 2CZL A; 4QF9 A; 3GBB A; 5CC2 A; 3HN0 A; 3CSG A; 1P1U A; 2FBP A; 2GH9 A; 1KA0 A; 3C31 A; 4U2R A; 4NN3 A; 2D5W A; 4R6K A; 1SYI A; 3FV2 A; 1QKB A; 4NHB A; 3MC2 A; 1SVX B; 1IIW A; 1FBH A; 5I5P A; 3P7I A; 3KSJ A; 1IXG A; 4YKP A; 3H06 B; 2XHD A; 3OXN A; 2OWS A; 1R1N A; 4KI0 E; 4OA4 A; 4OEN A; 3Q25 A; 3KGC A; 4LUB A; 1FBP A; 3SEX A; 1LB8 A; 3O2A A; 4ZEK A; 3RY3 A; 5CM6 A; 4WXJ A; 4KYD A; 3VLV A; 4PF6 A; 1MY2 A; 4FAT A; 1GR2 A; 2QPQ A; 4JWX A; 3FBP A; 4HXV A; 4NF6 A; 5JTY A; 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