5IGKA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with bromosporine (bsp)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Promiscuous targeting of bromodomains by bromosporine identifies BET proteins as master regulators of primary transcription response in leukemia.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5igkA01
5DBMA 2RNYA 4KV4A 5F62A 3G0JA 4Z93A 4TS8A 5E9LA 4PCIA 4BW3A 4YYIA 5EV9A 4CUSA 5A7CA 4BW2A 3S91A 4A9HA 4NXJA 5ENEA 4QSRA 2YYNA 5DKDA 4PCEA 4HBVA 5F25A 4O76A 5CU8A 5I83A 3LJWA 2DVQA 4LZSA 5D0CA 3JVKA 4A9OA 4O72A 5BT5A 5CRMA 5EM3A 5EU1A 5FH8A 2LSPB 4NQNA 5LVRA 5H1VA 4LZ2A 5AD2A 4NYVA 5HRVA 4A9MA 4QEVA 4ZQLA 4MENA 3RCWA 4UYEA 5H1TA 4NUEA 5DW2A 3P5OA 4TTEA 3AQAA 4J3IA 4A9JA 5DYUA 4YY4A 5L8TA 5A85A 4MR3A 4HXRA 3DAIA 2R0SA 2YDWA 4HXNA 5HJCA 3LXJA 4GPJA 5HELA 4YBTA 4IR6A 4IOOA 4Q0OA 4IORA 3D7CA 3SVGA 5D26A 5FE6A 4WHUA 5KTUA 3U5MA 5A5SA 5I29A 5KO4A 4O7FA 4TQNA 5FFWA 4O7EA 4MR6A 5CQ5A 4YABA 5II2A 5DFDA 5BT3A 5FE4A 5D3RA 2N9GA 4QSXA 4XY9A 4UYFA 5ENBA 4XY8A 4ALHA 4UIXA 4AKNA 4KCXA 4O70A 4NR8A 4TT2A 3LQHA 5CUGA 5E3GA 4DONA 5EISA 5L96A 5E7DA 4NR6A 5FB1A 5LVQA 2DWWA 4NR4A 4UITA 5I7YA 5FDZA 5C85A 4O75A 3SVHA 4NQMA 2L5EA 5D3NA 5II1A 5CTLA 4NYXA 5A83A 4QEWA 5EICA 5DFCA 5D24A 4Z1SA 5F1LA 5E9KA 2DVRA 4LR6A 4QC1A 5TB6A 5K29A 1JM4B 3MXFA 4PTBA 4N4HA 5D3LA 3NXBA 1E6IA 2DATA 4QC3A 5KTXA 4QSUA 5DKCA 5EPRA 5E0RA 5F3AA 4QYLA 5EPBA 4A9NA 4Y03A 5ENHA 3O37A 2NXBA 5HQ7A 4O78A 5A5PA 3UVWA 5DYAA 4UIZA 5D3JA 5LJ0A 5EWCA 4UYHA 5IGKA 5AMFA 5EWVA 5DFBA 5CUAA 3O35A 5I7XA 4YC9A 5CPEA 4MEPA 2D9EA 2RNWA 4LYIA 4QR4A 5LJ2A 5EWDA 4RVRA 4YH3A 5FE1A 3LQIA 2DVSA 4YATA 4YYKA 5FE0A 4MR5A 5E9IA 4A9KA 4OGIA 5F60A 5H85A 2RNXA 4CUUA 2L84A 3QZVA 4WHWA 5ENIA 5HCLA 3UVDA 4TZ8A 5CQ3A 4OUFA 5ENFA 4A9LA 5COIA 5E3DA 4CL9A 2WP2A 4YYMA 4YYNA 2RFJA 5DY7A 5FE2A 4QSVA 5CQAA 5KU3A 5F36A 5D3TA 4XYAA 4ALGA 5ENJA 2RO1A 3UV4A 5IGMA 2I7KA 5CP5A 5CUEA 3U5KA 3JVLA 3ZYUA 1F68A 3LQJA 5DYXA 3GG3A 5FE9A 3S92A 5D3PA 4YBMA 4IR5A 4BJXA 4ZW1A 5I1QA 2KTBB 4PY6A 3ONIA 1EQFA 5EQ1A 5HFRA 4HBYA 4LYWA 2OO1A 4N3WA 4J0SA 4HXKA 4O7AA 4TT4A 4QSWA 5LUUA 3U5NA 4FLPA 4NUDA 2F6JA 2MJVB 4A9IA 4IOQA 3AADA 1N72A 4QZSA 4CFKA 4QSPA 4OGJA 2RS9B 5DYCA 5D7XA 2H60A 4ZC9A 1JSPB 5CQ7A 2E3KA 4N4IA 4UIUA 5LKZA 4E96A 3MQMA 5CUCA 5FE3A 3O34A 5G4RA 3Q2EA 5I40A 2DKWA 2E7OA 5L8UA 5FE7A 5F61A 4UIVA 5HEMA 5FFYA 5CQ8A 5EA1A 4O7BA 3U5LA 4BHWA 4O71A 3UV5A 5J0DA 4HXSA 5E74A 2I8NA 5HLSA 5KHMA 2YEMA 5A81A 4CUTA 5F5ZA 5F2PA 4N4FA 5FH6A 5CUBA 5E9MA 5F63A 4IR4A 5CZGA 5D25A 4YBSA 4TU6A 4NUCA 3FKMX 3MUKA 4QSSA 5L99A 4XUAA 3U5OA 2YW5A 4IR3A 4WIVA 5DKHA 5HENA 3U5PA 4HXOA 5ETDA 3UW9A 5CGPA 5HQ5A 4UYDA 4NS5A 4Z6IA 5EVAA 4Z6HA 5IGNA 5CY9A 2YELA 4MEOA 5F1HA 4A9FA 3P1FA 5AD3A 3HMFA 5DW1A 5C89A 1ZS5A 5DLXA 4O77A 4TZ2A 4O7CA 4PS5A 4NR7A 5DLZA 4UIWA 5CS8A 2R0YA 4Q0NA 4YAXA 4QEUA 4UIYA 5FG4A 3G0LA 5D3SA 3IU5A 5FB0A 1WUGA 2WP1A 3UV2A 4YH4A 2GRCA 4TU4A 5E9VA 5LKUA 4NRBA 5IIDA 2R0VA 5L97A 4CUPA 4PKLA 5KTWA 5A5NA 4Z1QA 5HRXA 5EK9A 5A5QA 4NR5A 3P1CA 2YEKA 4BW1A 4HXMA 2OUOA 3SVFA 3I3JA 4YK0A 5CQ4A 5I88A 4CUQA 3O36A 4CURA 2FSAA 3P1EA 5CFWA 5A5OA 5H1UA 2L85A 4YYGA 5EPSA 3HMEA 4YYJA 5AMEA 3P1DA 2E7NA 4TT6A 3O33A 2D82A 5I86A 2R10A 4A9EA 4HBXA 5L98A 5FE8A 5FBXA 4YY6A 4QUTA 3HMHA 4MEQA 4HXPA 4HXLA 5LJ1A 4NRCA 3MULA 5I80A 3Q2FA 5HQ6A 5C4QA 2YQDA 4QBMA 5A82A 3U5JA 4UYGA 5JWMA 4KV1A 5EP7A 4C66A 5IBNA 4J0RA 4YYHA 4O74A 5ENGA 5IGLA 4HBWA 5E73A 4NRAA 3JVMA 5TCMA 2F6NA 5LKTA 5FG6A 4BW4A 4QB3A 5JI8A 4XUBA 4J1PA 4NYWA 4YYDA 5EI4A 3UVYA 4C67A 2G4AA 5EWHA 4LC2A 4LYSA 4UYFB 2DVVA 1WUMA 4F3IA 4QUUA 5CQTA 5E9YA 5G4SA 5CQ6A 5EWWA 3TLPA 5ACYA 4LRGA 5CRZA 5I89A 2OSSA 5D3HA 5CUDA 4QSTA 4YADA 4X2IA 5FH7A 5EGUA 5FG5A 4MR4A 4NR9A 5FE5A 5DX4A 3QZSA 5HFQA 5IG6A 5HM0A 4QR3A 3JVJA 5C7NA 5A5RA 4QY4A 5C8GA 5C87A 5LKXA 3DWYA 4QSQA 2RI7A 3MB4A 3QZTA 4CLBA 4CFLA 1X0JA 5BT4A 4TYLA 4QR5A 5FFVA 3MB3A 4QNSA 4QYDA 5ETBA 3K2JA 4N4GA 4LZRA 3IU6A 4LDFA 3UVXA 5ENCA 5HRWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DBMA 2RNYA 4KV4A 5F62A 3G0JA 4Z93A 4TS8A 5E9LA 4PCIA 4BW3A 4YYIA 5EV9A 4CUSA 5A7CA 4BW2A 3S91A 4A9HA 4NXJA 5ENEA 4QSRA 2YYNA 5DKDA 4PCEA 4HBVA 5F25A 4O76A 5CU8A 5I83A 3LJWA 2DVQA 4LZSA 5D0CA 3JVKA 4A9OA 4O72A 5BT5A 5CRMA 5EM3A 5EU1A 5FH8A 1PUOA 2LSPB 4NQNA 5LVRA 5H1VA 4LZ2A 5AD2A 4NYVA 5HRVA 4A9MA 4QEVA 4ZQLA 4MENA 3RCWA 4UYEA 5H1TA 4NUEA 5DW2A 3P5OA 4TTEA 3AQAA 4J3IA 4A9JA 5DYUA 4YY4A 5L8TA 5A85A 4MR3A 4HXRA 3DAIA 2R0SA 2YDWA 4HXNA 5HJCA 3LXJA 4GPJA 5HELA 4YBTA 4IR6A 4IOOA 4Q0OA 4IORA 3D7CA 3SVGA 5D26A 5FE6A 4WHUA 5KTUA 3U5MA 5A5SA 5I29A 2EJNA 5KO4A 4O7FA 4TQNA 5FFWA 4O7EA 4MR6A 4AI6A 5CQ5A 4YABA 5II2A 5DFDA 5BT3A 5FE4A 5D3RA 2N9GA 4QSXA 4XY9A 4UYFA 5ENBA 4XY8A 4ALHA 4UIXA 4AKNA 4KCXA 4O70A 3D1BA 4NR8A 4TT2A 3LQHA 5CUGA 5E3GA 4DONA 5EISA 5L96A 5E7DA 4NR6A 5FB1A 5LVQA 2DWWA 4NR4A 4UITA 5I7YA 5FDZA 5C85A 4O75A 3SVHA 4NQMA 4AKIA 2L5EA 5D3NA 5II1A 5CTLA 4NYXA 5A83A 4QEWA 5EICA 5DFCA 5D24A 4Z1SA 3D1DA 5F1LA 5E9KA 2DVRA 4LR6A 4QC1A 5TB6A 5K29A 1JM4B 3MXFA 4PTBA 4N4HA 5D3LA 3NXBA 1E6IA 2DATA 4QC3A 5KTXA 4QSUA 5DKCA 5EPRA 5E0RA 5F3AA 4QYLA 5EPBA 4A9NA 4Y03A 5ENHA 3O37A 2NXBA 5HQ7A 4O78A 5A5PA 3UVWA 5DYAA 4UIZA 5D3JA 5LJ0A 5EWCA 4UYHA 5IGKA 5AMFA 5EWVA 5DFBA 5CUAA 3O35A 5I7XA 4YC9A 5CPEA 4MEPA 2D9EA 2RNWA 4LYIA 4QR4A 5LJ2A 5EWDA 4RVRA 4YH3A 5FE1A 3LQIA 2DVSA 4YATA 4YYKA 5FE0A 4MR5A 5E9IA 4A9KA 4OGIA 5F60A 5H85A 2RNXA 4CUUA 2L84A 3QZVA 4WHWA 5ENIA 5HCLA 3UVDA 4TZ8A 5CQ3A 4OUFA 5ENFA 4A9LA 5COIA 5E3DA 4CL9A 2WP2A 4YYMA 4YYNA 2RFJA 5DY7A 5FE2A 4QSVA 3VKGA 5CQAA 5KU3A 5F36A 5D3TA 4XYAA 4ALGA 5ENJA 2RO1A 3UV4A 5IGMA 2I7KA 5CP5A 5CUEA 3U5KA 3JVLA 3ZYUA 1F68A 3LQJA 5DYXA 3GG3A 5FE9A 3S92A 5D3PA 4YBMA 4IR5A 4BJXA 4ZW1A 5I1QA 2KTBB 4PY6A 3ONIA 1EQFA 5EQ1A 5HFRA 4HBYA 4LYWA 2OO1A 4N3WA 4J0SA 4HXKA 4O7AA 4TT4A 4QSWA 5LUUA 3U5NA 4FLPA 4NUDA 2F6JA 2MJVB 4A9IA 4IOQA 3AADA 1N72A 4QZSA 4CFKA 4QSPA 4OGJA 2RS9B 5DYCA 5D7XA 2H60A 4ZC9A 1JSPB 5CQ7A 2E3KA 4N4IA 4UIUA 5LKZA 4E96A 3MQMA 5CUCA 5FE3A 3O34A 5G4RA 3Q2EA 5I40A 2DKWA 2E7OA 5L8UA 5FE7A 5F61A 4UIVA 5HEMA 5FFYA 5CQ8A 5EA1A 4O7BA 3U5LA 4BHWA 4O71A 3UV5A 5J0DA 4HXSA 5E74A 2I8NA 5HLSA 5KHMA 2YEMA 5A81A 4CUTA 5F5ZA 5F2PA 4N4FA 5FH6A 5CUBA 5E9MA 5F63A 4IR4A 5CZGA 5D25A 4YBSA 4TU6A 4NUCA 3FKMX 3MUKA 4QSSA 5L99A 4XUAA 3U5OA 2YW5A 4IR3A 4WIVA 5DKHA 5HENA 3U5PA 4HXOA 5ETDA 3UW9A 5CGPA 5HQ5A 4UYDA 4NS5A 4Z6IA 5EVAA 4Z6HA 5IGNA 5CY9A 2YELA 4MEOA 5F1HA 4A9FA 3P1FA 5AD3A 3HMFA 5DW1A 5C89A 1ZS5A 5DLXA 4O77A 4TZ2A 4O7CA 4PS5A 4NR7A 5DLZA 4UIWA 5CS8A 2R0YA 4Q0NA 4YAXA 4QEUA 4UIYA 5FG4A 3G0LA 5D3SA 3IU5A 5FB0A 1WUGA 2WP1A 3UV2A 4YH4A 2GRCA 4TU4A 5E9VA 5LKUA 4NRBA 5IIDA 2R0VA 5L97A 4CUPA 4AKGA 4PKLA 5KTWA 5A5NA 4Z1QA 5HRXA 5EK9A 5A5QA 4NR5A 3P1CA 2YEKA 4BW1A 4HXMA 2OUOA 3SVFA 3I3JA 4YK0A 5CQ4A 5I88A 4CUQA 3O36A 4CURA 4AKHA 2FSAA 3P1EA 5CFWA 5A5OA 5H1UA 2L85A 4YYGA 5EPSA 3HMEA 4YYJA 5AMEA 3P1DA 2E7NA 4TT6A 3O33A 2D82A 5I86A 2R10A 4A9EA 4HBXA 5L98A 5FE8A 5FBXA 4YY6A 4QUTA 3HMHA 4MEQA 4HXPA 4HXLA 5LJ1A 4NRCA 3MULA 5I80A 3Q2FA 5HQ6A 5C4QA 2YQDA 4QBMA 5A82A 3U5JA 4UYGA 5JWMA 4KV1A 5EP7A 4C66A 5IBNA 4J0RA 4YYHA 4O74A 5ENGA 5IGLA 4HBWA 5E73A 4NRAA 3JVMA 5TCMA 3ERRA 2F6NA 5LKTA 5FG6A 4BW4A 4QB3A 5JI8A 4XUBA 4J1PA 4NYWA 4YYDA 5EI4A 3UVYA 4C67A 2G4AA 5EWHA 4LC2A 4LYSA 4UYFB 2DVVA 1WUMA 4F3IA 4QUUA 5CQTA 5E9YA 5G4SA 5CQ6A 5EWWA 3TLPA 5ACYA 4LRGA 5CRZA 5I89A 3VKHA 2OSSA 5D3HA 5CUDA 4QSTA 4YADA 4X2IA 5FH7A 5EGUA 5FG5A 4MR4A 4NR9A 5FE5A 5DX4A 3QZSA 5HFQA 5IG6A 5HM0A 4QR3A 3JVJA 5C7NA 5A5RA 4QY4A 5C8GA 5C87A 5LKXA 3DWYA 4QSQA 2RI7A 3MB4A 3QZTA 4CLBA 1ZKRA 4CFLA 1X0JA 5BT4A 4TYLA 4QR5A 5FFVA 3MB3A 4QNSA 4QYDA 5ETBA 3K2JA 4N4GA 4LZRA 3IU6A 4LDFA 3UVXA 5ENCA 5HRWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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