5ISUA

2.2 angstrom crystal structure of abc transporter substrate binding protein ctap (lmo0135) from listeria monocytogenes.
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
488
structure length
488
Chain Sequence
KDGGSLIIGVTGDPEVINPNYASDRVTLTIQQAVYAPLFWEVDGKPALAKSLDISDDNLTYTVKLKDGLTWHDGKPLTADDVVFTVNSILDTKQNSPNRGNFVFDDKPVKVEAVDDTTVKFTLPTVAPAFENTIKTFFPIPKHIFEGVENIEKSDKNKNPIGSGPYKFVEYKTGEYVSLERFNDYFDGKPKLDKVTFRITKDQNAANLALQNGEINLKSIQPSDRNKVEKASAVNIITYPENRLSYATFNENQPALKSKELRQALSYALDREEIIDAAYGSDEYAKPASSFLTENTKYFTDKVETYDQDIAKAKKLVKESGFDTSQKLTVYYLNNSKSQESIALYLQQQYKEIGVTLDLKPTDPNALSNITLDRKNADYSIALNGYIMGNDPDAYKSLYLSDAPYNYSNYHNKDLDALWEKGAVTADDKERQEIYEKIQNTIADDAVIYPISYDNAVLALDSRYGGQKAATPQPVTMFRDLSKLYLTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transport protein
source organism Listeria monocytogenes egd-e
publication title 2.2 Angstrom Crystal Structure of ABC Transporter Substrate Binding Protein CtaP (Lmo0135) from Listeria monocytogenes.
rcsb
molecule keywords Lmo0135 protein
total genus 169
structure length 488
sequence length 488
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5isuA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5isuA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5isuA02
4YKIA 4LONB 3ONMA 5DVIA 2O68A 3FASA 2Y7RA 3PD8A 1B0LA 3G3IA 1NNTA 2I4BA 5I57A 1FQAA 3MPKA 4EQBA 4JSOA 1QKAA 3BFUA 5JTYB 1LB9A 4R75A 1LLSA 5HBCA 4ZEBA 2PVUA 3V89B 2ONRA 1II5A 2AL5A 5I2NA 1ANFA 4I1DA 4QRZA 4WEPA 3DLNA 3FUZA 4YB6A 1R1NA 2VOZA 4LQ5A 4MBPA 4H5GA 1OIBA 3HV1A 5DEXB 2P0SA 3MW0A 4H65A 1MH3A 4IO7A 4EDPA 1LGBC 3PUWE 3V8XB 2Q2AA 3KN8A 1SQYA 1YTVA 2QJEA 5CRYA 2XXXA 4JSDA 2PMSA 4FEDA 4IO3A 4QFNA 4TQUQ 3IO4A 1H45A 3GZGA 5CBSA 5L9OA 1D3KA 3PU5A 4EQ9A 4R72A 3D4CA 2RKMA 1SW5A 2DP8A 3GBAA 4BDLA 3C9HA 4U2RA 4FORA 1N76A 1MY1A 2ONKE 5AA4A 1CB6A 2QS2A 4P0GA 4KR5A 3KEIA 5F7VA 5TP9B 3N6TA 1KWHA 2IA4A 2QS1A 3K6XA 3CSGA 3T22A 3TTKA 3ILTB 3KG2A 3Q29A 4YU0A 2DWHA 1AH5A 3Q25A 1B3LA 2B3FA 5FHOA 3PV0E 4FJPA 3HSTA 1MQGA 4NF4B 3TQWA 4QHQA 1B51A 3K0VA 1H43A 4FEBA 1EH3A 1A8FA 1R6ZA 3B7DA 1TT1A 3FJGA 1DSNA 2XXIA 3RTFB 2OWSA 5FHMA 3FVGA 4IO6A 2PT2A 1MQHA 3KOSA 3PUZE 2CZLA 1S9TA 2VP1A 5IAIA 4GD5A 3B6QA 3RY3A 1OLAA 2RC8A 5KDTB 4ESWA 3QXMA 1BLFA 3KJTA 3LSWA 4PETA 5CM6A 2OK2A 4DXCA 3W9WA 1B46A 3TTNA 3EQ1A 2ZXTA 4ZZAA 1D4NA 2UYEA 3SDFA 4N6PA 4FATA 2XXRA 1EZPA 5M2VA 2Q88A 1WDNA 3M8UA 1P1OA 4GIZA 4U4XA 2XHDA 1N7WA 4FAJA 4F22A 3M3KA 1MXZA 3K02A 3IB1A 2Y7PA 1POY1 4HTGA 1MH4A 4KYSA 1Y20A 4O3BA 1NNFA 3ZKKA 4GLIA 2P2AA 1B2HA 1OLCA 1OVTA 2QPQA 4PFYA 1HSEA 4ECFA 5CMCA 1MPDA 4QFOA 3TUSA 4OESA 5DT6A 1XVXA 2NOOA 1O64A 1IXCA 2V3TA 4P11A 1DMBA 3KJ7A 4TLMB 2RCBA 4M1VA 5CMMA 2RC9A 4X1DA 1LAFE 3CFZA 1R9QA 3CVGA 1HSLA 4MLVA 3DM0A 1B5HA 1YAEA 3LR1A 4Z7EA 3ZS6A 4MH5A 3TQLA 4PFUA 3QAXA 4Q5TA 2DE4A 4OFOA 1DPPA 2RINA 4G68B 4RXLA 1LFGA 5DEXA 1PB8A 3CR9A 4F29A 4DXBA 2I58A 3IX1A 2THIA 3OO8A 5DVJA 3O6PA 4LVQA 4F19A 1NKXA 4BDNA 3SERA 1N7XA 4YAHX 5ITOA 1SYIA 1JETA 1O7TA 2HCAA 2PT1A 2XXHA 3FIRA 1UQWA 2GRVA 2REJA 3LUYA 4ELRA 1Y4CA 2H4IA 2QRYA 4QFPA 1ZU0A 3OO9A 1MPBA 5JEIA 4F1UA 4QSEA 4F31B 2OLBA 3H6TA 4BDQA 2REGA 2GHAA 1Q35A 5TP9A 4YKPA 4C0RA 1A55A 4KHZE 4R9GA 4XKQA 1I6BA 3SETA 1B4HA 5H8HB 3O66A 4P0IA 1LAHE 1TFAA 3I6VA 1FTJA 3EHSA 3RUMA 2O84X 4GWOA 4U1ZA 3GLBA 4OFJA 3K1MA 1B9JA 4OTEA 1IIWA 1UTHB 2AIXA 3UK4A 2QL3A 4R6KA 5AA1A 1IXGA 2OBGA 2I4CA 3RPWA 1B1HA 1DOTA 5KDTA 4TLLB 1GGGA 1SDXA 1ZMGA 4R6HA 1JEVA 1LCFA 3KZGA 2O1MA 4PFWA 3WAFA 3T66A 3MVYA 3AXFA 4F39A 3P7IA 1F9BA 4YMBA 1H76A 2F5XA 3S9EA 4POWA 2B65A 5J1DA 2OWTA 2F35A 3EF7A 5K2XA 3LSFB 2F97A 1MRPA 1MY3A 1LCTA 1B40A 4EXLA 3MBPA 2G29A 3KN7A 1IITA 4MFIA 4X48A 2Q8JA 3TTLA 3H4ZA 1H44A 2HEUA 4H67A 2DS9A 2HZLA 1BKAA 3MP8A 2DWIA 4OXVA 3RYBA 2PYYA 2FYIA 1IEJA 4NF8B 3H7MA 1CE2A 2I0CA 1T0KA 4RPNA 5TPAB 2O6AA 5L9SA 1EZOA 1DPEA 3BFTA 3RLFE 2IEEA 2Y7IA 3I3VA 4H5FA 1B58A 3SKPA 3TELA 1A8EA 2YPNA 4ZEIA 1B7UA 4GOTA 1H3DA 4O3AA 2Z8FA 1B52A 3GBBA 1FTKA 3USDA 4R73A 1FQEA 3H03A 1ZJLA 3FGSA 1FQBA 1UIVA 4GXSB 1Z7NE 4NE4A 3R7XA 3CRBA 1IZ1A 2XXVA 3PMWA 1LFHA 1Y1ZA 3G3HA 1FTLA 3K6UA 3IAZA 4BLAA 1LFIA 1B4ZA 4R6YA 1AIVA 3LBSA 1M5DA 4WEDA 1QJMA 2O1LA 4IY5A 1MM6A 3MZBA 4ISUA 4R74A 3PAMA 4OVJA 3FJ7A 5H8NB 3VVFA 1JW5A 5JK4A 3VV5A 1ZTYA 3VXBA 2F7AA 1NH7A 3TKDA 5CBRA 1FQDA 2H9BA 1M5FA 3RT6B 2XXWA 2H99A 5FTIA 3LVUA 3T9VA 3VFJA 1MY0A 4ZE9A 1VSOA 5AA2D 3G3GA 3HHFA 4KI0E 1RKMA 1MM7A 2F78A 3O6GA 1XVYA 2F34A 4AQ4A 1ZKBA 3OD7A 2O7UA 3FXUA 1GVCA 3H3GA 4IO5A 2PBWA 4H8JA 2H25A 2Z8DA 5AA2B 2YLNA 2DXYA 4E0WA 1LBBA 4WKMA 2H98A 3U93A 4OMBA 3BKIB 4DZ1A 3S2VA 1SI1A 1A99A 1JVXA 4QSDA 4RNSA 3RQTA 3OEKA 4GVOA 1UTHA 4YKJA 2O69A 4JDFA 4Q30B 1PC3A 4OZ9A 3OO6A 2CMOA 4BDRA 4F3SA 1BP5A 3MJNA 4L17A 4YICA 1P99A 2Z22A 3JV9A 4G8MA 3TYHA 3SEUA 4PE5B 2WOLA 1N3WA 2M8CA 1IQ7A 3T9HB 2ONSA 3OENA 1NH8A 2ZYOA 3H6VA 5I2KB 5A5XB 2E0SA 4EUOA 2D5WA 2XX9A 3RYAA 5DTBA 4AB5A 3TTMA 3A3UA 3MZ1A 4Q0CA 4QFKA 2GHBA 4OERA 3IK6B 2Q89A 1M5EA 4PFTA 1NFTA 4XIGQ 3F11A 3EN3A 5I58A 4HCWA 3IB0A 4HS7A 4OEVA 3T96B 4FE8A 2ZYNA 1OQGA 1SW2A 4OHNA 3IOVA 3KSXA 4LP2B 4IB2A 4ZEKA 1I6AA 1A7LA 1Z7ME 4X9TA 1P1UA 3TPAA 3OOAA 1B1XA 5TPAA 2ALUA 4GFRA 4NMYA 1M5CA 2OZZA 4JWXA 3SEWA 3CIJA 3SEVA 2ZNSA 1EZ9A 1URSA 4OENA 4XXUA 3FTOA 1SW1A 5DVFA 1NNKA 3HHGA 3V5AA 3RTWB 5HPQA 3TEPA 1JW4A 4I62A 3L6HA 3WAEA 4UACA 4ONYA 4NEDA 5KCJB 3VLWA 3G3JA 1N3XA 1XC1A 5JTYA 5CC2A 1UTBB 4R2FA 3DP6A 1SD3A 2DQVA 1FTOA 3IJOB 1URDA 3W9VA 4H0WA 3ZKLA 2VD3A 3ZSFA 3PMXA 2GH9A 3GXAA 4GXAA 3G3FA 2XXUA 5BUUA 3IOWA 1MXWA 3Q27A 1US4A 1USYH 1ZLQA 4G4PA 5I57B 1VE4A 5H8NA 4ND9A 3IJXB 1L5TA 3H6UA 3K4UA 2ESNA 4GQOA 1XOCA 1SI0A 1NMUA 2AYSA 1MG1A 3OMBA 2R9JA 3IL1B 3QUFA 3MUQA 2XXYA 1MQIA 5EHMA 2WKYA 5CI5A 5EHSA 4KYEA 3HCQA 4NWDA 1VFEA 4C1TA 5ISUA 1OMPA 4IY6A 1IXHA 2F8DA 4RK9A 3K6VA 1MDQA 2V84A 3VDFA 3KGCA 1PB9A 2OJTA 2XX8A 1LAGE 2B4MA 3U8QA 2UVJA 3DRJA 1XS5A 4FIMA 4G2ZA 1FW0A 2XX7A 3C31A 4EXKA 4ELOA 4BDOA 3S4UA 3KSJA 5H8SA 1JNFA 4R2BA 3MWBA 3FXRA 2XD2A 2YJPA 4NF4A 1MY4A 4OQOA 3H06B 4OYVA 1MQJA 3PUXE 2DXRA 3MVZA 3RT8A 1Y9UA 4GL8A 5CMKA 5ICTA 3VLUA 1DTZA 3EHTA 2D21A 3JZJA 3LSLA 1ELJA 3FZVA 4AB6A 1MY2A 5I2KA 3O6HA 4GL0A 4OEUA 3MVXA 1TWYA 2DVZA 3A09A 3DRKA 3UIFA 2ZNUA 3Q26A 3E4RA 3U94A 5B70A 5IKBA 4H1XA 1S50A 5LOMA 2O51A 1XT8A 2R6GE 1MXUA 1D9VA 2VD2A 3HO7A 2X26A 2ZMBA 5I56B 2RC7A 2LAOA 3KN3A 2VGQA 2V3UA 2PX1A 3D4GA 4JBZA 4F1YA 2F7BA 1Y3QA 3RGYA 4C1UA 2W7YA 1IXIA 4M4GA 3M3FA 2Z23A 5L8DA 3A3CA 4LA9A 3PPPA 2E1SA 4U23A 2O7IA 4DIGA 2A5SA 3S9MC 1QKBA 3C34A 4IGRA 4ZEFA 4YZZA 2QS4A 3DP8A 2HQ0A 2DWAA 3V83A 4RJZA 5FHNA 2I6EA 4U1OA 3TAJA 1ATGA 4N07A 2B3BA 4DXUA 4DCXA 2XXTA 1WODA 4G77A 3DRFA 4POXA 1B0HA 2DE2A 1EU8A 2ANJA 1Y3NA 3QSLA 4NF6B 2Q2CA 1OQHA 3KOTA 3CSBA 4G68A 4PP0A 2Y7WA 3K1NA 5FTHA 2HAVA 3N5LA 1YCJA 2Q9TA 4LZ8A 1B3EA 1B6HA 4LZ5A 1FTMA 1HSJA 1LB8A 1AL3A 3K6WA 2Y7KA 3CI8A 1QW0A 3IORA 4GRKA 3IOUA 1I6QA 2F6GA 2QS3A 3CG3A 1B05A 3FVNA 2DE3A 4HCYA 3TMGA 1MQDA 4QFLA 1BTJA 3TTRA 1B7HA 3N6UA 3OSQA 2V25A 3VVDA 3DRHA 1QUJA 4ZECA 3B6WA 1US5A 1B3FA 1GTKA 1PBQA 4IO4A 2I48A 3LSXA 1B3HA 5AE4A 5H8FB 3VVEA 3G7WA 4F2QA 2VHAA 3PMVA 4EF2A 2Z8EA 3E13X 2GFEA 3LC8A 3VLVA 1PEBA 5H8HA 2NUVA 4F3GA 1N0TA 3QK6A 4RY1A 5I59B 4F1VA 3DRGA 4YB7A 3VE1B 2WOPA 5H8QB 1Y3PA 3T93B 4NTLA 1I69A 1D9YA 4HW8A 1A54A 2QMXA 3SESA 3O9PA 3FV2A 3KBRA 2FNCA 4Z0IA 4JWYA 1PBPA 4LATA 3C36A 3CFLA 3EPEA 5TU0A 3MAMA 3I5OA 3O6IA 4LZ7A 2WOKA 4U4SA 1SYHA 3KFMA 3JYRA 1LAXA 4GF8A 2QMWA 3CG1A 1JW1A 3FVOA 1TFDA 2V93A 3ODBA 3O29A 3TFLA 4XTCQ 5ICQA 3ECRA 1DTGA 3MQ9A 3TZAA 2B4LA 1VFDA 1LSTA 2UVGA 1N84A 3IR1A 5I56A 3ILUB 3HN0A 4KFQA 5CMBA 3K1PA 2DWJA 3O97A 5ITPA 2RCAA 4MF3A 4OETA 4H6DA 3C32A 5F1QA 1XHYA 3UP9A 2G93A 4BDMA 4ELQA 4RYAA 3G3KA 1O63A 4X1BA 4NF8A 3H6WA 4EF1A 3PUVE 4G8NA 3VXCA 1J1NA 4OFLA 3R6UA 1WVJA 3K01A 4ZE8A 4IO2A 4YMAA 4K3FA 3T9UA 3L6GA 3TDJA 1S7YA 2RF1A 1B32A 2A5TB 3U1OA 3E3KA 3OEMA 3MPLA 1VR5A 1B3GA 1FQFA 2I3WA 3MVWA 3OELA 5B7DA 1R9LA 4NF6A 2XXQA 4Q8RA 1M5BA 1LBCA 3QUJA 1IUDA 3CFXA 4NF5B 2ZNTA 3BBRA 1B5IA 2NXOA 1N04A 3UN6A 1FCKA 1ZIUA 1P1NA 3PPOA 4RK2A 3FATA 1B7ZA 4LUBA 3R26A 3EHUA 4ZS9A 4FECA 2H5YA 4DCYA 1AOVA 3SEYA 2UVIA 4ELPA 3K2DA 3IB2A 4ZZEA 4QSCA 4KQPA 2QSXA 2FA7A 1POTA 4THIA 3O28A 4ZDMA 2XXPA 2HFBA 4RPOA 3HPIA 4I8CA 5DYHA 2UXAA 3PPRA 2NWJA 1P1WA 4I9DA 3PPNA 4U21A 2P1SA 3C33A 4H8IA 3FD3A 3OO7A 2I0BA 3PPQA 4JWOA 5H8FA 4U22A 3TCGA 1SVXB 2BJJX 3THIA 5I2NB 2X7PA 4EQ7A 4ESXA 4YKKA 2F36A 3U92A 3DELB 4QF9A 4IGTA 1PDAA 4R9FA 5BWJA 1RYOA 3QIMA 2ZYKA 4PQJA 3QYTA 5AA2A 2D3IA 3E9XA 3N26A 3IO6A 1MXYA 3U72A 4DE8A 5KZTA 5I59A 3PGFA 5H8QA 1URGA 4DDDA 1RYXA 1BIYA 3SEXA 1MXVA 5HM4B 1MS7A 1JVYA 1AMFA 2HAUA 2ZYMA 1YPNA 3MZ9A 2DOJA 2XD3A 1MDP1 1NL5A 3OXNA 1FQCA 1GV8A 1SBPA 3S9NC 2UYFA 4XKPA 1JEUA 5AA3A 1P1QA 1Y1MA 4DLDA 4F2OA 2F7CA 2V3QA 3W15C 2KLFA 5EYFA 4KPTA 5AA4B 4F3BA 3FV1A 3DRIA 4KCDA 3FVKA 3IOTA 1Q1KA 5I84A 1QVSA 4KYDA 1Y4TA 2I3VA 2Y84A 3K00A 4UA8A 5A5XA 4TOZA 3DP4A 3C35A 2UVHA 3TODA 3B6TA 2R71A 3M3LA 4E0XA 4G8HA 3RN8A 4G68C 3RNNA 5ELVA 3PUYE 3FJMA 3PD9A 5K2YA 3O2AA 3TCHA 5L9MA 2ABHA 3MP1A 4ZEDA 4KCCA 1USYE 4LQ2A 1PB7A 1UIUA 2F6PA 3Q28A 4N13A 2HZKA 4MLQA 1TXFA 1QUIA 1B5JA 3C4MA 2AL4A 2X7QA 4XKRA 1MXXA 3FXQA 2I49A 4YB5A 4NWCA 4JB7A 2DSFA 4O3CA 1GR2A 1SW4A 3N94A 3UORA 2A5TA 1A40A 2HXWA 5I58B 2DYXA 4RA1A 2DVCA 2OCUA 2NVUB 4JXIA 1QULA 1NNPA 5KCJA 1QUKA 1ZBMA 4F3PA 3CHGA 4XKNA 1UTBA 4KD5A 4NF5A 3UGWA 4WXJA 4OWDA 4F18A 1OVBA 3MC2A 3UA8A 3MP6A 3T9XB 1JQFA 3S9LC 1MPCA 3TCFA 3OSRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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