The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
72
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sequence length |
289
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structure length |
268
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Chain Sequence |
PEGPELHLASQFVNEACRALVFGGCVEKSSVSRNPEVPFESSAYRISASARGKELRLILSPLPGAQPQQEPLALVFRFGMSGSFQLVPREELPRHAHLRFYTAPPGPRLALCFVDIRRFGRWDLGGKWQPGRGPCVLQEYQQFRENVLRNLADKAFDRPICEALLDQRFFNGIGNYLRAEILYRLKIPPFEKARSVLEALNPDLLELCHSVPKEVVQLGGKGYGSSGEEDFAAFRAWLRCYGMPGMSSLQDRHGRTIWFQGDPGPLAP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Tautomerization-dependent recognition and excision of oxidation damage in base-excision DNA repair
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Endonuclease 8-like 1
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| molecule tags |
Dna binding protein/dna
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
72
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| structure length |
268
|
| sequence length |
289
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
4.2.99.18: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase. |
| pdb deposition date | 2016-03-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01149 | Fapy_DNA_glyco | Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain |
| A | PF09292 | Neil1-DNA_bind | Endonuclease VIII-like 1, DNA bind |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | Helicase, Ruva Protein; domain 3 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Barrel | N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins | MutM-like, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GPY A; 1XMQ M; 3JAM S; 2HKJ A; 4DR5 M; 1N36 M; 2UUC M; 4B3T M; 4LF5 M; 1IBM M; 3SAR A; 1L2D A; 3SBJ A; 3DOA A; 2ZBK B; 1IBK M; 1KFV A; 4LF9 M; 3A45 A; 2VQF M; 4JV5 M; 4JI2 M; 1NNJ A; 3JR5 A; 1TDH A; 3A46 A; 2UUA M; 1XNR M; 2UXB M; 1HNZ M; 4DV1 M; 1MU5 A; 3W0F A; 1Q3B A; 5LMU M; 2UUB M; 2Q2E B; 3U6D A; 4DR1 M; 4PD2 A; 1L1T A; 3U6M A; 3GQ5 A; 4LFC M; 1K3W A; 5ITY A; 3VK8 A; 3GO8 A; 4JI0 M; 1L1Z A; 2OQ4 A; 4JYA M; 1MX0 A; 1IBL M; 4PDG A; 4DR7 M; 3VK7 A; 3A42 A; 3U6L A; 5ITQ A; 1TDZ A; 1Z59 A; 4DV5 M; 1N34 M; 1Z5B A; 4NXM M; 4DV2 M; 4DV3 M; 5ITX E; 2F5N A; 4DV7 M; 3U6O A; 3SAS A; 1K3X A; 5ITR A; 3GQ4 A; 4MB7 A; 3GP1 A; 1I94 M; 1FJG M; 4X65 M; 1J5E M; 3J81 S; 3U6Q A; 3TWK A; 4X62 M; 1PJJ A; 4DR2 M; 4JI6 M; 4JI7 M; 4X66 M; 3GPX A; 1HNX M; 4G4O A; 1EE8 A; 4JI8 M; 4LF8 M; 4JI3 M; 3U6P A; 1R2Z A; 4OX9 M; 3J80 S; 2UU9 M; 5BR8 M; 3GPU A; 2XZF A; 4DR4 M; 3GQ3 A; 3U6S A; 4CIS A; 1XC8 A; 4G4Q A; 5ITX A; 4PDI A; 1XNQ M; 4B3R M; 1Z5A A; 4PCZ A; 4DR6 M; 2UXD M; 4LF7 M; 1N33 M; 3OTO M; 3JR4 A; 4DUZ M; 4JI1 M; 3SAU A; 4KHP M; 3C58 A; 2F5Q A; 4DV0 M; 2F5O A; 4B3S M; 1PJI A; 5IWA M; 1Q3C A; 2EA0 A; 2F5P A; 4B3M M; 4LF6 M; 4LFB M; 4JI5 M; 4GKJ M; 3U6E A; 4LF4 M; 1R2Y A; 5ITU A; 4NRV A; 4DV6 M; 4ITQ A; 4YY3 M; 4G4R A; 1HR0 M; 2VQE M; 1Q39 A; 4X64 M; 3GPP A; 1PM5 A; 3J7A S; 3SAT A; 5ITT A; 1N32 M; 3T1Y M; 4LFA M; 5FLX S; 4DV4 M; 1XMO M; 4JI4 M; 4GKK M; 4NRW A; 2ZM6 M; 1L2B A; 4G4N A; 4DUY M; 5IT9 S; 3T1H M; 4NXN M; 4AQY M; 4K0K M; 3TWL A; 2HHH M; 3U6C A; 2F4V M; 2UXC M; 3TWM A; 5A2Q S; 4DR3 M; 2E5L M; 1HNW M; 1L2C A; 2F5S A; 3SAV A; 3SAW A; 5LMN M; 1Z5C A; 2XZU A; 1K82 A; 2OPF A; 4YHH M; #chains in the Genus database with same CATH topology 1D2N A; 3KXE C; 3GPY A; 2HKJ A; 5KQD A; 4GC5 A; 4NC6 A; 2D7H A; 1IXZ A; 2DWZ B; 2DZO B; 3HX3 A; 4UN2 B; 2XFT A; 2ZBK B; 1KFV A; 3FE3 A; 5DNY A; 4MGK E; 1L8Q A; 1ZV1 A; 1EIJ A; 4XGI A; 1V34 A; 2Z4R A; 2KRU A; 2CHG A; 2HWJ A; 4FCV A; 1T3T A; 4MGI E; 4D81 A; 2RRU A; 3L25 A; 1Z6T A; 2KNZ A; 1F4I A; 3J27 B; 1Y8G A; 2L6O A; 5FTK A; 1HT1 E; 2HL7 A; 2VDB B; 1VDD A; 2ZTC A; 2CFO A; 3FUW A; 4L15 A; 3AFH A; 2UXB M; 3CTW B; 3HHX A; 3WHK A; 2Z8Y M; 2KDL A; 1G3I A; 5LMU M; 1SXJ E; 1QUT A; 1N78 A; 3U6D A; 1PGY A; 4GC9 A; 5EXT A; 5DFL A; 1L1T A; 3GQ5 A; 2XFS A; 2CWB A; 1VEK A; 1NHW C; 1DGH A; 1MX0 A; 3HU2 A; 4KOD A; 1IBL M; 3U61 A; 3VK7 A; 4FWH A; 4IBD A; 2ZAO A; 3GLH A; 2DAK A; 1MN3 A; 3KOW E; 4ANR A; 1HQC A; 2CV0 A; 1Z59 A; 4B08 A; 3KVW A; 2K9D A; 2MGW A; 2JUJ A; 2CRU A; 2C99 A; 4DV3 M; 2F5N A; 4DV7 M; 3VDP A; 3SAS A; 1GJT A; 5EJC A; 2R44 A; 2QPA A; 3FUV A; 1G41 A; 2R18 A; 2XF3 A; 3LCU A; 2KHH A; 1ZAE A; 4B7H A; 1AIP C; 4JI6 M; 1VEG A; 3B9P A; 3MJ5 A; 3KW6 A; 4AZF A; 4G4O A; 4QOZ C; 1IN7 A; 1WXQ A; 1H6U A; 4LJA A; 4LGY A; 1DGH B; 3ZH9 B; 2VF7 A; 3I4V A; 1QAO A; 4LJ6 A; 1SXJ C; 5FTN A; 3U61 B; 2MRO B; 3QWL A; 2BJW A; 2C96 A; 3LQR A; 3GLH B; 4I81 A; 3GLG A; 5BR8 M; 2LHC A; 3GLF B; 3I01 M; 3KS8 A; 2L7H A; 1G59 A; 1GJS A; 2QNJ A; 1IXS A; 2GNO A; 2DZN B; 1W5S A; 5ITX A; 3C9P A; 5IZ7 D; 2Z4S A; 1PJQ A; 1NJG A; 4BLC A; 1QZM A; 1Z5A A; 4PCZ A; 1EFU B; 1XXH A; 1QZE A; 4IBI A; 3OTO M; 4KHP M; 4DV0 M; 1R6B X; 1UM8 A; 2F5O A; 3HJQ A; 1J09 A; 2RGH A; 3SYL A; 5IWA M; 4B3M M; 4GRI A; 4JI5 M; 2B3T A; 3E21 A; 4AG5 A; 1NJF A; 1T43 A; 3TE6 A; 2ERC A; 4Y28 F; 4X64 M; 2VQE M; 3VLF B; 1PM5 A; 4QHS A; 3GLG B; 1IY0 A; 2RKO A; 3CGW A; 3LQQ A; 2DWN A; 4LFA M; 4JI4 M; 1IXS B; 3AOG A; 4NRW A; 3NBX X; 1IN8 A; 8CAT A; 2ZM6 M; 5DYI A; 4G4N A; 1XB2 B; 3FD9 A; 1NY6 A; 2JY7 A; 2J5Y A; 4WW0 A; 5IT9 S; 4LY6 A; 1XXH B; 3D8L A; 2G3Q A; 1QAQ A; 3AOE A; 5FTM A; 1R4G A; 4OU7 A; 1E94 E; 3R9X B; 5A2Q S; 4DR3 M; 3L27 A; 3W67 A; 4F1I A; 2EUC A; 3V76 A; 1TR8 A; 2R62 A; 3SAV A; 2DI0 A; 4I8O A; 2GQF A; 3TPZ A; 4KT0 F; 2LVQ D; 1KSF X; 2YNM D; 4Q7J A; 3FKE A; 4OVZ A; 2D7E A; 1XNR M; 2OPF A; 2N35 A; 4IBE A; 3UZU A; 1N75 A; 1IBM M; 1HQY E; 1ZMW A; 2Z7J A; 3SBJ A; 1R7R A; 4M9Z A; 2KZU A; 3HWS A; 4LRS A; 3LVV A; 1IBK M; 3WHL A; 2VQF M; 2EO2 A; 4JV5 M; 2KEB A; 2P5T A; 1YE9 A; 2J7O A; 3JR5 A; 4IIW A; 1NHG C; 1ZMV A; 3GRV A; 3MMP A; 5EP2 A; 3L26 A; 3A46 A; 1N77 A; 2V1C A; 2R4J A; 4A3V B; 1GLN A; 4LJ9 A; 2UUA M; 1CUK A; 4GH9 A; 3FUT A; 4OVZ B; 5KO3 A; 4LZJ A; 1HNZ M; 4NSO B; 1IY2 A; 1VG5 A; 2WSC F; 3B7Z A; 1OAI A; 3VDU A; 4QHT A; 4M0W A; 2DXI A; 4NL4 H; 1MU5 A; 2EJS A; 3AOE C; 3C3E A; 3T15 A; 2UUB M; 4L16 A; 1E32 A; 1JQJ C; 3FTF A; 2XH9 A; 4LFC M; 5C1B A; 2QZ4 A; 3GO8 A; 1L1Z A; 3HY5 A; 4L6V 6; 4JYA M; 4I5S A; 7CAT A; 2Y20 A; 3A42 A; 1G4A E; 1WHC A; 3U6L A; 1OFH A; 5ITQ A; 1J7K A; 2CE7 A; 2JNH A; 3B7N A; 2R65 A; 4AKI A; 4DV5 M; 1N34 M; 3UJN A; 3THG A; 3LW5 F; 4QNR A; 3HJS A; 1SXJ A; 4Z8X A; 4LJ8 A; 3U6O A; 1IQP A; 1QQW A; 1QAN A; 4G6Z A; 1JB0 F; 4MB7 A; 4P17 A; 3UMM A; 1FJG M; 2O25 A; 1WGN A; 1J5E M; 3TWK A; 2VF8 A; 4X62 M; 1JR3 D; 4AKH A; 4QNM A; 3GPX A; 3PVS A; 4XK8 F; 3I04 M; 3K1J A; 5C18 A; 1XHB A; 3FYD A; 3FYC A; 1TGU A; 3J7B A; 3TL4 X; 4OX9 M; 3GRU A; 3J80 S; 2UU9 M; 1HJP A; 2H5X A; 3FRH A; 4I4L A; 4DR4 M; 3SMS A; 2JZ1 A; 1XC8 A; 1DGB A; 1IN5 A; 4PDI A; 3GRR A; 3HZJ A; 3PXG A; 3GLF A; 1ZMU A; 3QYB A; 4B3R M; 2UXD M; 1SXJ B; 2DZL A; 3K8Z A; 4LF7 M; 4HEO A; 2L7I A; 3JR4 A; 4IJF A; 1IM2 A; 2BWB A; 3AV0 A; 3HHW A; 3SYK A; 3HGI A; 2EA0 A; 2F5P A; 4LF6 M; 4GKJ M; 1WR1 B; 2BJV A; 1PRB A; 1OFI A; 3U6E A; 1GKI A; 3Q8X A; 2CHV A; 3W68 A; 2DAI A; 5BPV A; 4M0D A; 4DV6 M; 4G4R A; 1Q39 A; 2M5Z A; 4FCW A; 4IBB A; 1R5L A; 3EIE A; 1IN4 A; 3KS4 A; 2OOA A; 4D80 A; 4EIW A; 3ILK A; 5ITT A; 1N32 M; 3NBI A; 4DV4 M; 1XMO M; 2JY5 A; 4JN6 A; 5GKN A; 2Y0T A; 1YSY A; 2BWE A; 4MGH A; 3T1H M; 2L4E A; 4WP2 A; 3GRY A; 2EKF A; 2QCU A; 4LJ7 A; 3I4Y A; 1HNW M; 4KO8 A; 1OIP A; 1JR3 E; 2HCB A; 4GIP A; 4R7G A; 1L2C A; 4DBG B; 2QBY A; 2K47 A; 4MGY E; 2WSF F; 2F5S A; 2W82 A; 1NO1 A; 1DO0 A; 3L29 A; 3SAW A; 2C5R A; 3MK6 A; 4D82 A; 1E9R A; 5KPT A; 2CEA A; 2DWL A; 3KOZ E; 4P16 A; 4YHH M; 4B7G A; 1XMQ M; 1N36 M; 2LHG A; 1UFZ A; 3K9P A; 4M9X A; 3SAR A; 3GLI E; 2FFJ A; 4M9S A; 3CF2 A; 4GHA A; 2LVO C; 3FTE A; 3KP1 E; 2MH8 A; 2XSZ D; 3DOA A; 2DAE A; 4G3O A; 1NSF A; 4LF9 M; 3A45 A; 2JZ0 A; 3RE8 A; 2QBY B; 1YUB A; 4JI2 M; 3VFD A; 1NNU C; 4GHL A; 4MM3 B; 1I4W A; 2FH0 A; 1A5T A; 5DYG A; 1TDH A; 5IRE B; 3RFW A; 1IFY A; 1ORY B; 4CIZ A; 3IEC A; 2LWX A; 3BBZ A; 1FNN A; 3IG5 A; 5EXS A; 1TF0 B; 3C3D A; 2YQZ A; 1OKS A; 2CHQ A; 3CF6 E; 4DV1 M; 2HAK A; 2JY6 B; 2MJ5 B; 3QYE A; 4W5W A; 2KNV A; 4DR1 M; 2XGN A; 4PD2 A; 3FTD A; 3K9O A; 3UGJ A; 2JA2 A; 2G5G X; 5EXX A; 4FWG A; 5ITY A; 4LG2 A; 3EIH A; 4II7 A; 3W0L B; 3J2P B; 2C9C A; 3U5Z A; 2L2D A; 1KYI A; 4BBA A; 5JI3 E; 1NV9 A; 2Y21 A; 1W5T A; 2DKL A; 1TDZ A; 2WSE F; 2A5Y B; 3HHY A; 3ZC7 B; 1Z5B A; 1TH2 A; 3LCV B; 2C98 A; 4CJ6 A; 2AHM A; 5KPZ A; 1IY1 A; 3LMM A; 3M6A A; 5ITR A; 4RF0 A; 3GQ4 A; 3B89 A; 4IBC A; 4AW4 A; 3HJ8 A; 4NOO B; 4REZ A; 4X65 M; 3J81 S; 3U6Q A; 1C1K A; 4PT5 A; 3SFZ A; 2OO9 A; 4OW0 A; 4X66 M; 1TH3 A; 2KW0 A; 4DR2 M; 2CV1 A; 1EE8 A; 4S12 A; 1E9S A; 4JI8 M; 4JI3 M; 3U5Z B; 3U6P A; 1OQY A; 3IG8 A; 3VKG A; 1R2Z A; 2J7N A; 3CF0 A; 2APL A; 2XZF A; 2I7P A; 1RU3 A; 5EP4 A; 3GQ3 A; 4IBJ A; 3HKP A; 2MR9 A; 2XEP A; 3F92 A; 4LRT A; 4L8R C; 1TH4 A; 4GIT A; 3BXW A; 4F2L A; 4DR6 M; 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1IN6 A; 3VKH A; 1DGG A; 3T6P A; 5FTL A; 2CP8 A; 2K6B A; 3GLI A; 3W0F A; 1Q3B A; 2Q2E B; 2I7N A; 4CGY B; 1WJ7 A; 2K0B X; 2D7G A; 3FTC A; 3U6M A; 3B7Q A; 2YFQ A; 1K3W A; 2OOB A; 3K2L A; 2FS1 A; 3VK8 A; 2Y0Q A; 4AKG A; 4JI0 M; 1QAM A; 2OQ4 A; 1T6O A; 3E4R A; 2O5R A; 2QEN A; 2CV2 A; 4PDG A; 4DR7 M; 2O01 F; 3SC3 A; 3GLG E; 4LJ4 A; 1D0M A; 3DA1 A; 1SG9 A; 4NXM M; 3M7G A; 4DV2 M; 5ITX E; 3D8B A; 4AI6 A; 5EP1 A; 1QDT A; 3FUU A; 3HHZ A; 2L4F A; 2YR0 A; 3GLI B; 1K3X A; 3GP1 A; 3UK6 A; 1XXH E; 3MHV C; 1I94 M; 2X4A A; 1Q02 A; 1PJJ A; 4JI7 M; 1NVM A; 1QDR A; 4FWD A; 2ZTD A; 4FW9 A; 1HNX M; 3AL0 C; 1GL7 A; 2R6F A; 2C9O A; 1V33 A; 4GEW A; 4MGZ E; 2V1U A; 3L2A A; 1MJG M; 3E46 A; 4LF8 M; 4LJ5 A; 2LTU A; 1C7Y A; 1G71 A; 4QOS A; 2FOI C; 1QVR A; 2DEN A; 2QSF X; 5EXP A; 3ZQJ A; 2XLJ A; 3SHF A; 3GPU A; 3U6S A; 4CIS A; 2RGO A; 3HU3 A; 2JXN A; 2LVN C; 2VII A; 4G4Q A; 4GMQ A; 3RGS A; 4RKU F; 4KLN A; 1XNQ M; 4HLQ A; 3AJI B; 3DFZ A; 1D0K A; 2LH0 A; 1GAB A; 1XWI A; 4MH0 E; 4DUZ M; 3SAU A; 1DO2 A; 2F5Q A; 4B3S M; 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