5IVSA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-benzhydryl-2-[2-[2-[(2r,5s)-5-(benzylcarbamoyloxymethyl)morpholin-2-yl]ethyl]anilino]-2-oxo-ethyl]carbamate
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivsA00
1BILA 5SY3A 5HTZA 2R43A 5P52A 1N49A 5P57A 3FSMA 5P54A 2I0DA 3FNSA 5P2QA 1XE5A 4RCEA 5KAOA 1BDRA 2I4UA 1HPOA 3B7VA 3KFPA 5P7LA 3OQFA 4RVJA 3BUHA 5P64A 1B6LA 4HLAA 5ISKA 2AVOA 4ZPFA 3VLAA 5P8JA 2NTRA 2HS1A 3VV6A 3GW5A 5P5ZA 5P74A 3SQFA 3TPLA 5JFPA 2IDWA 3O99A 3ZKIA 3U71A 4RCDA 4MC6A 5DGWA 2HS2A 1B6KA 5COOA 2JXRA 4Y53A 3CICA 5P2EA 5P24A 5OZSA 4Y5AA 4PPHA 5P53A 2VA5A 2FGUA 1B5FB 2OHPA 3SM1A 3KT5A 4D89A 4Y5MA 3N3IA 3INDA 3EL9A 1IZIA 3DJKA 3QIHA 3TPRA 4Y5GA 4Y3TA 5OYXA 3PEPA 1SGZA 2AVSA 4OBJA 5P0VA 2I4QA 5P3UA 5P72A 3LPIA 5P3BA 3MXDA 3TOGA 4CP7A 3HBOA 5I3YA 5DR0A 5P27A 5OZVA 3PHVA 5P6EA 4A6BA 3HAUA 1HVIA 5P19A 4QJ2A 1MVPA 2ZGAA 1EC0A 1SDUA 1G0VA 5OYQA 5P2XA 1T7JA 1HBVA 5P47A 5P4LA 5P8HA 3D3TA 4ZSQA 4TRYA 2WKZA 5COPA 5P0DA 1AJXA 1PPLE 1UH9A 3EKVA 3RTMA 3NXNA 3D1YA 5C9FA 4JOOA 4BEKA 4X2LA 1AZ5A 4YBFA 5P8BA 3EKPA 3KF0A 4H3IA 2AOIA 5DQ2A 5P55A 3GGXA 1GKTA 5P63A 4EHCA 3PCWA 1BXQA 3O9AA 5P7UA 3QVCA 2ANLA 2IQGA 3OQKA 5P67A 3ZOVA 4CPSA 5P7TA 3QRMA 3KDCA 1A8GA 5P0IA 3K4VC 3S53A 5OZLA 5P69A 3DM6A 5CONA 4Z4XA 3UQRA 4YCKA 3PBDA 3N4LA 1GVXA 1PFZA 3GI6A 3PRSA 5KOSA 1KJ4A 3EL4A 3LIXA 4FLGA 2ER0E 3D20A 5OZDA 2ZHSA 2VKMA 4CPTA 4IVSA 2B8VA 4Y4AA 5P5HA 4TVHA 3TL9A 2VS2A 4RYCA 1LYWA 1HXBA 3MSLA 5OZPA 4EJKA 3WB4A 3O9LA 5P0YA 2BPVA 3KA2A 1D4JA 1IZHA 5P2OA 3SA5A 4ZSPA 5P6OA 1T3RA 2QMPA 1ODYA 2VNMA 5P4NA 2NXLA 2P4JA 5P5KA 5DR7A 4L7JA 2WF3A 5P1KA 4D85A 1TSQA 3FNUA 1AJVA 1BIMA 4DH6A 3GI4A 4FSLA 5P5SA 3BUFA 5HCTA 2I4XA 5OZJA 3SA7A 2G1RA 4YCYA 5HDUA 4QJ7A 1ZSRA 5P4ZA 4Y5LA 1K6TA 5P4XA 4FM8A 5HE5A 5ISJA 3NDWA 5KQYA 5P0LA 4YA8A 3BVBA 5P34A 2G1NA 4ZIPA 5P1OA 3SM2A 2AOJA 2F3KA 3LZUA 3HW1A 2BBBA 4DJVA 2NMYA 3DOXA 5P1YA 3BXSA 2AZBA 3EKTA 1HOSA 1QDMA 5P7NA 1HPVA 4K4RA 4Y4JA 4XXSA 4JPEA 3URIA 2I4VA 1UH8A 1E80E 5P2IA 1WBMA 4J0VA 5P5OA 5AHBA 4CPWA 4Y48A 1K6CA 1T7IA 2B8LA 3I7EA 1ER8E 1PPME 3T3CA 4X7IA 5OZAA 4LXKA 3NXEA 4LL3A 1E81E 3T6IA 5KQXA 3MSKA 1HXWA 2RKFA 5P5XA 4I8WA 1META 2IENA 2QZKA 5HU0A 4QJ9A 5P2UA 2Q55A 3Q70A 5P40A 3ECGA 5P1EA 4AUCA 1VIJA 3GI5A 2NR6A 2J9JB 1BBSA 2WF4A 3PWWA 5P4KA 5P5LA 4Y4BA 3NU5A 5P7AA 4I0EA 5EZXA 5HCOA 2PYNA 3WZ7A 3I6OA 2ASIA 3AIDA 5OZKA 2PWCA 5P11A 5KR0A 1W50A 3LITA 5P49A 1IZDA 5P3AA 3G72A 5P1ZA 3ZMGA 5P8MA 3ZKMA 4Y3YA 3VEUA 2BQVA 4GJ6A 4DQBA 5P3NA 1BVEA 3LZYA 5ENMA 3PCZA 4R92A 5DPZA 5ER1E 1MT9A 1RNEA 5P6LA 5P8GA 2O4KA 3O9HA 5P6QA 1PPKE 1QS8A 5BWYA 5CLMA 2QHZA 4YDGA 1APWE 5HVPA 5OZ7A 5P39A 5JFUA 5P7CA 5P56A 5P1PA 5P79A 2F3EA 1AAQA 5P1HA 1KJ7A 4AZYA 2I0AA 5HDXA 4R91A 5P6UA 1W6HA 2CEMA 5P3DA 4Y5BA 1MSNA 5KR8A 2QAKA 1K1TA 3L58A 3PM4A 5P7SA 5P7GA 1XE6A 3O9FA 4ER2E 1EEDP 2FDDA 3SPKA 5P2ZA 5P7XA 2AZ8A 5P4TA 5P0NA 4Z2ZA 5P6WA 5OYYA 4KB9A 3UDQA 4Y56A 5P08A 2VA7A 5P62A 1HIVA 1NPWA 5ER2E 5P7EA 3OOZA 2V10C 3UQWA 3OU4A 5P6PA 4Y3AA 1FFFC 4EWOA 5P1RA 3VYFA 2G27A 4GYEA 2RKGA 5E5JA 1ZLFA 5P7IA 4J1KA 1W5XA 2ZDZA 5P73A 1K6VA 3DV1A 3IGBA 4KUPA 3T7QA 3VFAA 1FQ7A 2QNPA 3OHFA 4CPQA 7UPJA 3OOTA 4Y3MA 5TOLA 2ER7E 4GIDA 1M4HA 5P3TA 5P8EA 1LF4A 4RRSA 5AHAA 3ZPUA 3DCKA 2QMGA 5P7PA 1EPLE 2Q5KA 4Y3HA 4B1EA 5DR1A 5APRE 3CIDA 2P8HA 4YOBA 5P66A 5P4RA 5P42A 3U6AA 2F80A 3NDXA 5P28A 4K8SA 3OU1B 3IAWA 4R8YA 3KDBA 5P2AA 1MTRA 5P4OA 1K2CA 2BPYA 3K1WA 5B18A 5P5JA 5P0HA 4R95A 5P5EA 4Y4TA 3KDDA 5AH8A 1QBRA 5P0KA 5P3XA 1FIVA 4GB2A 4DJYA 2H6SA 1LYBA 5FIVA 2RENA 3WZ8A 5OZUA 3PWRA 3PMUA 5P4DA 4NJVA 1G2KA 2ZJHA 4Y51A 2IGYA 5P1VA 5P2FA 3T7PA 3ER3E 3QAAA 1HEGE 2QZXA 1HTGA 2HB3A 3VFBA 4Y44A 1SDVA 3LIQA 4Y36A 1GVVA 5P88A 3VG1A 4HE9A 2NPHA 5P6ZA 3NU4A 1CMSA 5P16A 4B72A 2VNNA 5HD0A 1A9MA 2IGXA 3RSVA 1MRXA 3IXJA 9HVPA 4ER1E 2PH8A 1APVE 3UDMA 3S7LA 3URJA 2QK5A 1FQXA 5P8CA 2HPEA 4HDBA 2VIZA 1WKRA 3QS1A 4L7GA 4Y50A 1HIHA 4F73A 5P60A 3SAAA 3L38A 1B5FA 1JLDA 1DIFA 4B1DA 4J1IA 3UFLA 2ER6E 2IKOA 3PI5A 3OWNA 4FRSA 1XL2A 2PQZA 4R5NA 4Q5MA 1SIVA 1C70A 5I3XA 3O9CA 5SXNA 5OZCA 5P6AA 4F76A 3K4VA 1ZPAA 2HPFA 4GJDA 4XX4A 2SAMA 5P5RA 1LF2A 3IA9A 2V00A 4OBGA 2PSVA 4RGHA 5P6RA 1BV9A 4I0FA 3PSUA 4PYVA 4MC9A 4APRE 4COEA 1ZSFA 5P5UA 2G1SA 4OBZA 2V13A 1GVTA 3KMXA 4RVIA 5P7YA 4YE3A 3OGPA 3BVAA 4GJ5A 5P0ZA 3PLDA 5P2VA 4I1CA 5HE7A 3S8IA 5P2GA 5P33A 1HPXA 3OAGB 2QMFA 3RU1A 3TKWA 1YM4A 4H3JA 3EKQA 4EQ0A 4Y41A 6UPJA 5P2CA 5P1BA 3EM6A 1BVGA 4FL8A 1FQ6A 5DGUA 4TVGA 4OBHA 4YBIA 2OAHA 5P0QA 2PWRA 5P5BA 2B7FA 4DJWA 1EPRE 5P6NA 2PSGA 2ZJIA 5P10A 5P3SA 1HVLA 5P59A 5P1IA 1LV1A 1IZEA 5P6MA 3UDKA 4F75A 3TTPA 4YCTA 5OZGA 5P6IA 5P2HA 2VJ9A 2ZJKA 3SA3A 2B42A 5AH6A 3RTHA 3VF3A 5BRYA 4AA9A 4ZEAA 5P29A 3KFNA 2ZJMA 2QMDA 4GZFA 4OBDA 3S43B 5P5QA 4J1HA 5KQZA 1EPQE 2FNSA 5P51A 4R93A 5P8RA 4J5JA 2Z54A 5DQCA 3VV8A 1TQFA 1HIIA 5OYUA 5P32A 2B7ZA 3R0YA 5P20A 3ZLQA 6APRE 3L59A 5HU1A 1E82E 4DJQA 4FAFA 2NNKA 4EQJA 4AA8A 1NPAA 1TCXA 2Q64A 3GGVA 3Q4BA 4KE1A 1DW6C 4RZ1A 5P1SA 2QI0A 4ZPGA 5P15A 3OXCA 5P6FA 1EC3A 5P6BA 2WF1A 1EPOE 1LEEA 2HB4A 1C6XA 4TRZA 4YD7A 1E5OE 4OC6B 5P1JA 5OZFA 1FFIC 5DR4A 5P8QA 4J17A 3QPJA 4AMTA 5P1NA 4B78A 5P3VA 3DK1A 3QBFA 3R2FA 5T4SA 1A8KA 1IVQA 2FDPA 2AOEA 3BGBA 2OHUA 5P7ZA 2QD7A 5P5AA 4F74A 5IE1A 5P13A 1XN2A 1MSMA 2IEOA 1LYAA 5BS4A 3NU3A 3NUJA 5P1FA 2JJJA 4Y3RA 2ZHUA 4PZWA 3Q3TA 1D4HA 5P4IA 1T6GA 3DCRA 5P8LA 5P8UA 2G24A 1YX9A 2V16C 2AQUA 4Y4GA 3L3AA 2Q63A 5P3GA 1PROA 3EKYA 2VIEA 1UH7A 2AOGA 1IVPA 5P30A 3HAWA 2BB9A 2OHTA 1HSIA 5SY2A 2O4NA 1ZAPA 5JG1A 1WBKA 5KQFA 2PK6A 3NU9A 4YDFA 3ZKSA 3QRVA 5P1GA 3R1GB 4FCOA 5P37A 5P2KA 3INFA 5P4HA 4J0TA 5P03A 3HLOA 3K5CA 3QBHA 5OZTA 4Y3LA 5DR3A 1K2BA 5P85A 1BDQA 1FLHA 1KJHA 4LXMA 1LZQA 1TCWA 2JE4A 4K4PA 5P5FA 3IXOA 2WHHA 4CPRA 1ENTE 2QD8A 5P5VA 1RPIA 5P12A 4YOAA 4GJ8A 3OUDA 1MERA 4Y5KA 3PLLA 3Q6YA 3VF7A 1YTIA 4Y5CA 5P3WA 2ZE1A 5P3FA 4E43A 3G6ZA 4Y4DA 3IN3A 3ST5A 3SABA 4WY6A 6FIVA 4LC7A 4XKXA 3H5BA 4YD6A 4GJCA 4FRIA 5I70A 5P3YA 3OQ7A 4DJPA 3VF5A 4Y4WA 3PB5A 2Z4OA 3OXXA 1YM2A 3SKFA 1MT7A 5P4MA 5P3HA 3EKXA 3WZ6A 3S56A 4OD9A 5ENKA 5P5TA 4QJAA 2FMBA 1XS7D 1T7KA 7HVPA 3EKWA 3WB5A 2Q11A 4Y3EA 2OHRA 3O9LB 5P70A 4Q1WA 2OHMA 4B0QA 5P2NA 1VIKA 2VJ7A 5P4JA 4I11A 3UDHA 2OHKA 1GNOA 1OD1A 2IS0A 2R5PA 2PK5A 3NUOA 5P23A 4Y45A 4CPUA 1HVCA 5P7VA 5P0BA 5OZWA 3TH9A 2Q3KA 1C6YA 4JP9A 2J9KA 3D1XA 1MTBA 3T11A 5P0RA 5P0UA 1SBGA 1U8GA 3LZSA 5P7BA 5P6KA 1IIQA 1SIPA 2HC0A 2F81A 4QGIA 1UPJA 4DPIA 1MRWA 4U7VA 3K5GA 4B77A 5OZYA 4FE6A 2WJOA 1GVWA 2MIPA 4RLDA 1IDBA 3VUCA 2PYMA 3OHHA 5OZ9A 4I0ZA 4GJBA 4RCFA 5P6SA 5P09A 1FMBA 4Y37A 1ODXA 5P71A 1EPPE 4GJ7A 3OK9A 5P8IA 5P3ZA 5P05A 5P0JA 5P86A 3LINA 5P3PA 2QI5A 2FS4A 2O40A 5P2RA 3L5CA 3O9EA 3UF3A 4Y3PA 3R0WA 5AHCA 5OYSA 5P1CA 4U8WA 2G26A 2AVQA 3HVGA 4QLHA 1A30A 4QJ8A 1FKNA 1B6MA 4LAPA 1SMRA 3S2OA 5P25A 1TSUA 4I0JA 1XL5A 5P50A 2QNNA 2NXDA 5P36A 3Q5HA 2O4SA 1IBQA 4BFBA 5AGZA 5P8PA 3KFRA 2AVMA 5P77A 2NNPA 2NXMA 2F3FA 1J71A 3EL1A 4FGXA 5OYZA 4JECA 4D88A 1FG6C 3TPPA 1DMPA 3K5DA 4S1GA 3TOFA 3QVIA 2R5QA 2WECA 5P0TA 5OYRA 3FKTA 5P1XA 3RVIA 4D83A 4FRKA 5OZRA 5J25A 4L1AA 4RYGA 4PZXA 5KR2A 1HTRB 4FS4A 2QI7A 2R3WA 4N00A 3UTLA 1FGCC 2AZ9A 5DQ4A 4FRJA 4YHQA 1NPVA 2ZHRA 5IVQA 3RSXA 3UDJA 4EJDA 4EPJA 3JVYA 4RVXA 4Y6MA 3HZCA 4J1EA 1FG8C 1SMEA 3R4BA 3PGIA 5HDZA 3EC0A 3OY4A 4EJLA 5P80A 2ZYEA 5P45A 2VIYA 4DQCA 3EM3A 3TPJA 5P0SA 3NDUA 3CYWA 3OADB 1G6LA 5P3IA 3NLSA 3FV3A 4ZLSA 3AUPA 3HD8A 2BKTA 1CPIA 1K6PA 5P5IA 1RV7A 3SKGA 3QRSA 3UQPA 4I0HA 2P3DA 3NWQA 1HVJA 3IN4A 4J0PA 5E5KA 4EP2A 1FMXA 1QRPE 2BKSA 4I8ZA 3C9XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BIL A;  5SY3 A;  5HTZ A;  2R43 A;  5P52 A;  1N49 A;  5P57 A;  3FSM A;  5P54 A;  2I0D A;  3FNS A;  5P2Q A;  1XE5 A;  4RCE A;  5KAO A;  1BDR A;  2I4U A;  1HPO A;  3B7V A;  3KFP A;  5P7L A;  3OQF A;  4RVJ A;  3BUH A;  5P64 A;  1B6L A;  4HLA A;  5ISK A;  2AVO A;  4ZPF A;  3VLA A;  5P8J A;  2NTR A;  2HS1 A;  3VV6 A;  3GW5 A;  5P5Z A;  5P74 A;  3SQF A;  3TPL A;  5JFP A;  2IDW A;  3O99 A;  3ZKI A;  3U71 A;  4RCD A;  4MC6 A;  5DGW A;  2HS2 A;  1B6K A;  5COO A;  2JXR A;  4Y53 A;  3CIC A;  5P2E A;  5P24 A;  5OZS A;  4Y5A A;  4PPH A;  5P53 A;  2VA5 A;  2FGU A;  1B5F B;  2OHP A;  3SM1 A;  3KT5 A;  4D89 A;  4Y5M A;  3N3I A;  3IND A;  3EL9 A;  1IZI A;  3DJK A;  3QIH A;  3TPR A;  4Y5G A;  4Y3T A;  5OYX A;  3PEP A;  1SGZ A;  2AVS A;  4OBJ A;  5P0V A;  2I4Q A;  5P3U A;  5P72 A;  3LPI A;  5P3B A;  3MXD A;  3TOG A;  4CP7 A;  3HBO A;  5I3Y A;  5DR0 A;  5P27 A;  5OZV A;  3PHV A;  5P6E A;  4A6B A;  3HAU A;  1HVI A;  5P19 A;  4QJ2 A;  1MVP A;  2ZGA A;  1EC0 A;  1SDU A;  1G0V A;  5OYQ A;  5P2X A;  1T7J A;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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