The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
79
|
structure length |
79
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Chain Sequence |
KIKNYQTAPFDSRFPNQNQTRNCWQNYLDFHRCEKAMTAKGGDVSVCEWYRRVYKSLCPISWVSTWDDRRAEGTFPGKI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Oxidoreductase
|
| publication title |
Complex structure of cytochrome c-cytochrome c oxidase reveals a novel protein-protein interaction mode
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cytochrome c oxidase subunit 1
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| total genus |
26
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| structure length |
79
|
| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
U
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-03-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02297 | COX6B | Cytochrome oxidase c subunit VIb |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Arc Repressor Mutant, subunit A | Cytochrome c oxidase, subunit VIb |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3AG1 H; 2ZXW H; 2EIN H; 3ASO H; 1V55 H; 3ABM H; 2EIL H; 3AG3 H; 5IY5 H; 3WG7 H; 3ABK H; 1OCR H; 2DYR H; 5B3S H; 1OCC H; 3AG2 H; 2EIK H; 1V54 H; 2Y69 H; 3ASN H; 2EIM H; 3ABL H; 1OCZ H; 3X2Q H; 2DYS H; 2EIJ H; 2OCC H; 5B1B H; 1OCO H; 5B1A H; 3AG4 H; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BQA A; 1JHF A; 3OMY A; 1G3W A; 2L0K A; 1D3Y A; 4ZC3 A; 3OS1 A; 5DCM B; 2MD0 A; 2HVS A; 2VOD A; 2BOL A; 3G6E I; 2QZ8 A; 1D8K A; 2AQE A; 4N9I A; 4HV6 A; 2ME0 A; 2O0Y A; 1WWX A; 3HSR A; 3A0H C; 5F08 A; 2NAZ A; 2JA7 J; 2IS1 A; 4EQQ A; 4L0Y B; 2ZME C; 3BTJ A; 5FGM A; 2VBY A; 2K9L A; 2WWY A; 4UVC A; 2HQ5 A; 4XID A; 1T98 A; 1HBX G; 2A5Y B; 3KLN A; 3JRD A; 1WJB A; 1K79 A; 2V6C A; 1Q1H A; 3HOT A; 3L2V A; 2CQN A; 3SQN A; 4BHP A; 1QGP A; 1SD4 A; 2BE5 F; 2KJC A; 4YEL A; 2QUF A; 5E20 A; 1LJ9 A; 3CJN A; 3OS2 A; 5FLX K; 3H92 A; 1VQO I; 4NQW A; 4KT5 C; 4OOI A; 1FIP A; 3FF5 A; 3MKZ A; 1PUF B; 2V1X A; 5E1W A; 2LY9 A; 4W97 A; 3KET A; 1TBX A; 2EV6 A; 2R4G A; 2MH9 A; 1QPM A; 4XLE A; 1WI3 A; 2KRC A; 5HOO A; 2CUJ A; 3WTU C; 3G71 I; 4ETS A; 2VOP A; 3E1S A; 3P5J A; 1BR4 A; 4HA8 A; 3K4B A; 2GA1 A; 2FXA A; 1KZH A; 1TQI A; 3WGI A; 3L9F A; 2O5R A; 1ZGW A; 1FJL A; 4BAY A; 5GAG J; 2CH0 A; 1K4T A; 3WTW C; 3U9G A; 1BJZ A; 4BE1 A; 3KP5 A; 5E18 F; 3Q3S A; 5M3F J; 3G3Z A; 3TDU C; 1RPW A; 5L3E A; 1YTY A; 3LSK A; 2G7U A; 3NAU A; 4U87 A; 2B0L A; 3WTZ A; 1VQN I; 1P9Q C; 2DFH A; 1T0F A; 3RPU A; 2Y9Z A; 2IBD A; 1IN8 A; 3BDD A; 3HUG A; 2WV0 A; 2CQX A; 3ZQL A; 5TRD A; 3WOD F; 2ZKZ A; 3FXM A; 3BT9 A; 5EJC A; 2Z1D A; 1N25 A; 1RC9 A; 3I59 A; 2KIM A; 2EK5 A; 2FNA A; 2DO7 A; 2FX0 A; 2PMZ N; 2L4A A; 1BOA A; 2DOF A; 4IRG A; 4WK8 F; 2N8G A; 4NBQ A; 4U0W A; 4XBF A; 1KQ9 A; 3S1R J; 2V26 A; 1EKE A; 1WKM A; 1XMK A; 3QOE A; 2Z16 A; 3TP0 A; 4L18 B; 2LH9 A; 2K86 A; 5FD6 A; 4CCM A; 3M1E A; 3C2G A; 2A61 A; 1JUP A; 3LOC A; 2VQG A; 3RDI A; 3BLY A; 5L3B A; 3PNY A; 3BC8 A; 4FQG A; 3G1L A; 3S3O A; 1X1A A; 5F0F A; 2A3S A; 3WU2 C; 2R3S A; 2P6T A; 4RAZ A; 3UNG C; 2R7F A; 5J40 A; 1ON1 A; 2VKH A; 5LHI A; 2RKH A; 4UB8 C; 3I5U A; 2V6E A; 2B9S A; 3DXJ F; 3IL2 A; 2OCC H; 2WBM A; 4F3Q A; 3FXJ A; 4G8X A; 3PSI A; 1TLH B; 2QSH X; 2IXS A; 4FE7 A; 1HLV A; 3CTA A; 2KKO A; 5CVJ A; 3P9C A; 3BCB A; 5DCF A; 3H3V K; 3W6K B; 4M9X A; 4S05 A; 2AXT C; 4NC6 A; 2DOE A; 4H4K C; 4AU7 A; 2YX7 A; 3MZ8 A; 2KRH A; 4D7M A; 2AHQ A; 4HF0 A; 2HFH A; 2XDV A; 4MGR A; 2DXI A; 4PJ0 C; 4BH9 A; 3OYC A; 2BW3 A; 3VYS B; 1MMD A; 1X2N A; 2CRG A; 4OAZ A; 5B1B H; 3X2Q H; 5JVG F; 1IXS B; 5D5U B; 4E70 A; 3H1C A; 4AWX B; 1SMY F; 1BI3 A; 1IUF A; 5EEG A; 2K40 A; 4ASN A; 3MKY B; 3F23 A; 4HEA 2; 2MLG A; 1LVA A; 1Y1W J; 4HPQ A; 3ASO H; 3LSM A; 1OCP A; 1MMN A; 4RAY A; 3U1K A; 2DA4 A; 3GX4 X; 4XLA A; 1IAW A; 4ZYA A; 3BOQ A; 1TTY A; 5FB2 A; 1MND A; 2MAB A; 2GWR A; 1TC3 C; 1YX5 A; 2DT6 A; 2O8K A; 3ZQC A; 4Y17 A; 2V1U A; 2EH3 A; 4HQM A; 2LDU A; 5H6Q A; 4CO8 A; 4HSR A; 2HOS A; 3I56 I; 1O57 A; 1ON2 A; 1W5S A; 3CDI A; 4PGH A; 1SAX A; 1AU7 A; 1FTT A; 4RAG A; 1X3U A; 4ZTF A; 2OTL I; 2F5F A; 2ZJ2 A; 3A03 A; 2NOG A; 2H8R A; 3ZMU A; 5CVI A; 1W7P D; 5LGN A; 3HSE A; 1AKH A; 2R7V A; 3QPS A; 4PJN A; 3P7N A; 1GVD A; 1W36 D; 1TQM A; 4M72 A; 2K9M A; 3EUK L; 2OC6 A; 3SHF A; 2VBZ A; 2JRM A; 1QPI A; 1YJ9 I; 3BG6 A; 4XRF A; 2XRN A; 4XNF A; 2HI3 A; 2DMT A; 2A05 A; 2X6Y A; 2HS5 A; 3FXO A; 1MBH A; 2XKP A; 3O2P E; 1P92 A; 3OYE A; 3R4K A; 3VOD A; 2M87 A; 4BHB A; 4IX7 A; 1MKM A; 1ZLJ A; 1IN5 A; 2KIU A; 2VXD A; 2CGP A; 1YW7 A; 3BWG A; 3F6O A; 5AON A; 1UAA A; 2H6B A; 3B73 A; 1SFK A; 5LLQ A; 2X6O A; 2Q2E A; 1E17 A; 3DU5 A; 5L3C A; 4E4H A; 3OYN A; 3ESW B; 1ZKG A; 4U0V A; 1R9T J; 3CDH A; 1WH5 A; 1IC8 A; 1S7E A; 3MVP A; 3DPT A; 4ANJ A; 2R7D A; 4OAY A; 2DFE A; 3LAJ A; 3MKL A; 2UWM A; 2DA6 A; 1APL C; 5FRO A; 2JZY A; 2EJR A; 1MH4 A; 5EEH A; 1QHH D; 2KIF A; 4UUV A; 2VC1 A; 2X51 A; 3L2W A; 3WU1 B; 3GXO A; 1X3Z B; 1TWA J; 2L54 A; 3F8N A; 3WE2 A; 1D1B A; 1XGO A; 2OV7 A; 2Y30 A; 1YFH A; 3VPR A; 2LTP A; 3LA7 A; 5J1R A; 1IUY A; 5FRM A; 2EFN A; 4BQQ A; 2BHZ A; 4ZYE A; 1MMA A; 2K4J A; 3DTE A; 3WTY C; 2RRE A; 1YS6 A; 2PX9 A; 1BBY A; 2HKO A; 1IRG A; 2IA2 A; 4HDU A; 4XKW A; 3VYR B; 2YPR A; 2UZK A; 1LPQ A; 2STW A; 1TWG J; 2L4M A; 1FOY A; 3DWL E; 2ELH A; 2R5Y B; 4IRH A; 3K0L A; 2LR8 A; 3LSI A; 3E6D A; 3RJP A; 1UG2 A; 2IGN A; 3I0T A; 4RM2 A; 2DJN A; 1ETO A; 1RZ4 A; 2RQQ A; 2D2W A; 5JR3 A; 5JLW A; 3HBL A; 4GGG A; 4LD5 A; 2HVQ A; 2QSF X; 4BYY A; 1LE8 A; 3ZMZ A; 4PSX A; 3PIO F; 4I7H A; 4XKB A; 4A3J J; 2EB7 A; 4XOT A; 2CFO A; 3NWS A; 1QNT A; 3UR3 C; 3GEZ A; 5ILS A; 3CCE I; 3QP6 A; 3ERM A; 5ERI A; 2XAJ A; 2R7X A; 1OCO H; 4WXD A; 1YG2 A; 4GRI A; 4RGU A; 3HTS B; 1B9N A; 3SEZ A; 2P0W A; 2OQG A; 1T2K A; 1BI0 A; 1O3Q A; 3BJ6 A; 2W82 A; 2NVT J; 4A69 C; 2JJ7 A; 3OIP A; 5JLX A; 3JRG A; 2HTJ A; 5F0H A; 6PAX A; 3E7L A; 3OYJ A; 4Y3O A; 3HDD A; 3QP5 A; 2ISZ A; 2GBY A; 4B43 A; 3S1M J; 5F1R A; 4YEJ A; 4BDZ A; 1REP C; 2E2J J; 3ELK A; 4D0P A; 2XAG A; 3H5R A; 1R58 A; 2OCE A; 3QOP A; 4PFO A; 2ZB9 A; 1TW3 A; 1LKX A; 1QHG A; 3QRF F; 2IPQ X; 4CDG A; 2MC3 A; 1XCB A; 5FKK A; 3C1D A; 4M71 A; 3CP8 A; 4N9H A; 5EEA A; 3GME A; 3W2A A; 2QKM B; 4LIV A; 1ITY A; 1ETK A; 3F8B A; 3FK6 A; 1LDJ A; 3PUF A; 2OZU A; 3ZQQ A; 2IS2 A; 3ZXS A; 1RRJ A; 2LNB A; 2LFB A; 4G94 A; 3NEU A; 3BG9 A; 2XRL A; 2HGC A; 1MNM C; 3LL7 A; 1Z6T A; 3IRQ A; 4JX6 A; 2E19 A; 4IJA A; 3JRH A; 5K1Y A; 2Q1Z B; 2XIG A; 1M1E B; 3ZOB A; 2QEX I; 3BG3 A; 5D4R A; 5LBQ A; 4G6Q A; 1I3A A; 3F9K A; 1IF1 A; 4PUS A; 4ZZL A; 1H9G A; 5CQG A; 3TQN A; 3V7C A; 1BR1 A; 1F5T A; 4MHG A; 3CUQ C; 3WTS C; 1AA7 A; 3IH2 A; 1OLT A; 2M30 A; 2L7K A; 2JA6 J; 3D5L A; 4I76 A; 3KP2 A; 1YX3 A; 3ABT A; 3V42 A; 3HHG A; 2ZFW A; 3LFU A; 2QSG X; 5CPR B; 1QU3 A; 1EA3 A; 1KA8 A; 1UB9 A; 4JQF A; 2YU3 A; 5E8I A; 2VLA A; 4HAM A; 3D5R C; 2P5L C; 4LK0 F; 4I09 A; 1YLF A; 2EA2 A; 3JRB A; 4BXF A; 4HX4 A; 3ULQ B; 2PN6 A; 1CF7 B; 2E1M C; 2EFP A; 4DGW B; 2DT7 B; 4QSH A; 3TGN A; 4HW0 A; 5FLM J; 4U88 A; 4IHW A; 5LRS A; 2LY1 A; 2J5O A; 4EM1 A; 1YO5 C; 2DK5 A; 2E36 A; 4PJL A; 5IYB J; 1BL0 A; 3OY9 A; 1UEL B; 1LQ1 A; 4UNO A; 3VEP A; 1OMI A; 1OKR A; 2NVQ J; 3K70 C; 3BR3 A; 4R8H A; 4MEX F; 2JPC A; 4GYI A; 1NTC A; 5EGO A; 2Z33 A; 3DQV C; 4B44 A; 2DMQ A; 2MA3 A; 2QM3 A; 2A6T A; 4BE2 A; 1WJC A; 2L9V A; 1DPR A; 1IGN A; 1J5Y A; 1R36 A; 3MMY B; 5F6F A; 4XKC A; 4BXX J; 4KIF A; 3FXU A; 3J80 K; 3PIP F; 3GW2 A; 3E5X A; 2E5N A; 3PQK A; 3NQO A; 3A4C A; 1Y8Q B; 4I0A A; 1XB4 A; 1QVU A; 4ESF A; 4G6D A; 3KPH A; 2VKD A; 4BY7 J; 1IDZ A; 3K4N A; 2K27 A; 1FWZ A; 1PUE E; 1WQ2 A; 3BJA A; 2E35 A; 2QGU A; 1OR7 C; 4MFD A; 3JSO A; 3HKZ A; 2R5Z A; 1T39 A; 3BG5 A; 3OIQ A; 2O8X A; 4HBL A; 1I3Q J; 3CJQ B; 2CU7 A; 4G9Y A; 1TL8 A; 1SMT A; 3ZQG A; 2E2I J; 2ZXH A; 2VON A; 3ISP A; 3HB9 A; 4RGS A; 3N97 A; 1G59 A; 3BPX A; 2RVC A; 2AQF A; 2HU9 A; 2XGD A; 3MKW B; 2CQ7 A; 2VAS A; 1T08 B; 3A02 A; 3Q5F A; 1B9M A; 4LG0 B; 3K4C A; 4AIK A; 4HDV A; 1LDD A; 1USS A; 2XGX A; 2CUF A; 5D8K B; 5IY5 H; 1EH8 A; 2M7A A; 3BRO A; 3DF8 A; 3LFK A; 1D5V A; 3R61 A; 4KMU X; 1GVJ A; 2ESH A; 3Q9V A; 1A6I A; 1BN5 A; 1FX7 A; 1SAU A; 2OPT A; 3OSG A; 1HKS A; 1XCV A; 3DEE A; 4RM3 A; 3F22 A; 3M8E A; 3ERE D; 1HKQ A; 5ED4 A; 1HF0 A; 3HUG B; 3I3L A; 3FXR A; 2DOD A; 5FD5 A; 4CUG A; 4HLX A; 5IYC J; 1AWC A; 3FK7 A; 2FU4 A; 1JKP C; 1TWC J; 3OYF A; 4IXA A; 3HL2 A; 2BEO A; 1OFC X; 3I59 B; 1XPX A; 1Y56 A; 3J80 Z; 3IUO A; 4M6Y A; 2FML A; 3PO2 J; 3ZGK A; 4P1W A; 5BNG A; 2LKP A; 2PJP A; 5F27 A; 2M4G A; 3GUD A; 2QA4 I; 1CQT A; 1DP3 A; 3DPU A; 3F8M A; 3OYH A; 4PSW A; 4PJM A; 4EGZ A; 4D9J A; 1F9N A; 3FZV A; 1B6A A; 3IAM 2; 4N4O B; 1WFX A; 3OL3 A; 3GFM A; 4M3F A; 4WF2 A; 2F4M B; 2MGQ A; 1JKO C; 3KEO A; 3TED A; 4BJ5 C; 1HDD C; 2ZFU A; 1GHC A; 5HNH A; 4G6T B; 3BCA A; 3RYP A; 1H89 C; 2AO9 A; 4ZYG A; 1U5T C; 5IT9 K; 2UV1 A; 3CES A; 3CQZ J; 3HKZ N; 4PCQ A; 1FOK A; 3OL4 A; 2FRH A; 4EAT A; 1O7F A; 1FIA A; 3CCU I; 5L3D A; 2HOE A; 3IWZ A; 3L1P A; 2O03 A; 4Y7N J; 1IN7 A; 2MLK A; 4EJW A; 3WHC A; 2OA4 A; 2QCO A; 2VJ5 A; 3KYD B; 1MJB A; 2E7X A; 1R49 A; 1AOY A; 1MW7 A; 5M5Y J; 3AL0 B; 3LMM A; 5JVT A; 4S04 A; 1B59 A; 2DYR H; 4E7I A; 1SD7 A; 2BW3 B; 3IV5 A; 3G2B A; 1Y0N A; 1U78 A; 1NK2 P; 1XG1 A; 4LK1 F; 1BW6 A; 2KHM A; 5C4X J; 3SDB A; 2CUE A; 3KP7 A; 5E8G A; 2GIZ A; 4KYW A; 3JRI A; 2WTE A; 2I5U A; 3WTT C; 2PMH A; 3TMO A; 3JRE A; 2M3A A; 3IH4 A; 1JTX A; 3EET A; 4CA0 A; 3E0J B; 2COM A; 2GXA A; 1TWF J; 3KP6 A; 1Q1V A; 4BNC A; 2LBF A; 3JW4 A; 4JX5 A; 3DEU A; 4AC0 A; 3L2U A; 4IHY A; 5CVV A; 1OQY A; 1U6G A; 3TO9 A; 4ON0 A; 3REO A; 4NC7 A; 2DDA A; 5DDG A; 3GVA A; 2QBY B; 2L5Q A; 2Y2Z A; 4MLO A; 5L3F A; 1XSX A; 4AIH A; 1Z77 A; 4KIS A; 1X4O A; 2FBK A; 2FQ3 A; 2ZME A; 1R7J A; 2M8E A; 3OOP A; 4P9F A; 2FUG 2; 1QZZ A; 3M07 A; 4CYD A; 4IHX A; 2E1N A; 1OCT C; 3A01 A; 2M34 A; 2M1B A; 2X6W A; 1AKH B; 5IT9 Z; 3RKY A; 1D1C A; 1NH3 A; 2L7Z A; 5JFR A; 1J09 A; 3HOY J; 4RBO A; 5FFZ A; 2MH2 A; 4IL6 C; 4XN3 A; 2HXO A; 1VQM I; 3F8F A; 2L2O A; 4ZDP A; 3HRT A; 1BC7 C; 1MBF A; 5ICC A; 3L2C A; 1S6L A; 2IEK A; 1TWH J; 2CW7 A; 3P9K A; 3LSP A; 1KQ0 A; 3I4N J; 4A3B J; 1JI8 A; 4XSX F; 1ZEL A; 1IZ1 A; 1QBJ A; 3SJM A; 1GLN A; 2BXZ A; 1MMG A; 3DBR B; 3KP3 A; 5HDG A; 4BBR J; 1FEX A; 2VT2 A; 4HQE A; 2KP6 A; 4HF1 A; 3IAS 2; 2ZXW H; 2DJI A; 2LMD A; 1W5T A; 5A2Q K; 1WH7 A; 2Q2E B; 3F0C A; 2E1O A; 1T6S A; 2HDD A; 4BUP A; 2RC4 A; 3M8J A; 2KZG A; 4B48 A; 2P8T A; 1IDY A; 3AKZ A; 2XV4 S; 3ZQH A; 2F5E A; 1RI7 A; 2JUC A; 5E3M A; 1PJR A; 3OIO A; 1FY7 A; 4UV9 A; 3I64 A; 5CVU A; 1FYK A; 2F5D A; 4WXH A; 4A0Z A; 4F91 B; 2XPU A; 4V2G A; 4U7D A; 1U8R A; 4QIW N; 3R6S A; 2EFO A; 5H20 A; 4U7B A; 4KIT B; 1LB2 A; 3GZ5 A; 3LSH A; 2HOA A; 2A07 F; 2YU9 J; 1SFX A; 4MIM A; 2RNG A; 4A3F J; 1XX5 A; 2CS3 A; 3VFZ A; 5K5Q A; 3H9J A; 4CZZ A; 4Z2Y A; 2YR2 A; 4W1U A; 4RA2 A; 4O3M A; 4B3A A; 4P55 A; 5CQE A; 3OR2 C; 1LVK A; 4J01 A; 3AAF A; 3CLQ A; 2HOT A; 2K5C A; 2DDB A; 4BKX A; 3K10 A; 2W24 A; 4HLY A; 2LF8 A; 4UUT A; 4KIC A; 3ECO A; 2BY0 A; 5EDN A; 1NG6 A; 5TJJ A; 2EIJ H; 4ZTJ A; 2R93 J; 1FPQ A; 2EZH A; 4RLQ A; 1IN4 A; 3MZY A; 3OYM A; 1YYV A; 2R7Q A; 1A36 A; 1TT0 A; 3ZCO A; 3CMA I; 5KHD A; 2VPL A; 2FMY A; 2ZXI A; 1P6R A; 1Z67 A; 2MC4 A; 3HG9 A; 2H27 A; 4ENK A; 1HSJ A; 1FYL A; 3S16 J; 2BY2 A; 2WV1 A; 3MWM A; 2IS4 A; 4XRM A; 2OZ6 A; 3DLA A; 5CKT A; 1X1B A; 3SZG A; 2GOM A; 3BG7 A; 4KNY A; 1FNN A; 3S1N J; 1SFO J; 1LE8 B; 5A2Q Z; 1MBJ A; 1OCR H; 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