5JFPA

Hiv-1 wild type protease with grl-097-13a (a adamantane p1-ligand with bis-thf in p2 and isobutylamine in p1')
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Probing Lipophilic Adamantyl Group as the P1-Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors: Design, Synthesis, Protein X-ray Structural Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jfpA00
5P00A 5P0ZA 1K2BA 2Q3KA 1BXOA 5P43A 4CPTA 3RSXA 2VA5A 3L3AA 5P08A 2QNQA 1TW7A 2Q5KA 1DPJA 3S2OA 2JYSA 1FG6C 1ME6A 2ER7E 5P0EA 3VSXA 1EPQE 5P0JA 1EBWA 5DQ5A 1E80E 5HDVA 2G20A 3RVIA 2PQZA 5P2LA 1HTGA 1HIHA 5E5KA 3I6OA 2PWRA 1TSUA 5P5UA 4OBHA 3ER5E 5P5PA 5P1OA 1C6ZA 5P31A 1W5XA 5P0KA 2QI3A 2G69A 2B60A 3H0BA 2VNMA 1TCXA 4AZYA 4J1KA 3SKGA 5OZIA 3PM4A 5P6UA 2P3BB 2RENA 2G1SA 3EL9A 3O9HA 3S85A 5AGZA 2AVSA 5P1SA 1HPSA 3FNTA 1EC3A 3LIZA 5P3FA 4F76A 1PSOE 5DGWA 5P6FA 4R91A 3NDWA 1MVPA 5P6BA 5P11A 4KE1A 4GJDA 1A8KA 4K4PA 5ENKA 5P69A 2A1EA 5P79A 4I0IA 2XFJA 4J0TA 1BILA 3OQFA 1Z1HA 5P0MA 4K8SA 5OZMA 2VS2A 4Y4XA 4TVGA 5P17A 5OZNA 3QBHA 4Y51A 3UQRA 3TPPA 4PZWA 2I4XA 5P1BA 4EJ8A 1EBYA 3LIYA 1HVHA 5E5JA 3HVGA 5OZ8A 1C6XA 2J9KA 4DJRA 5P0DA 2BB9A 1HHPA 5P1TA 4I12A 4DJUA 4QJ6A 4YHQA 5P7HA 2OHPA 5P55A 5IVSA 4EYRA 5P30A 3S53A 1APTE 4YDGA 2HB4A 1QBTA 1EPNE 1IVPA 4NJUA 4Y3JA 1T6GA 3CICA 1FG8C 1JLDA 2HB3A 4YD5A 1HSHA 1YG9A 1MT9A 2VJ9A 2ZJLA 4Y3RA 4KB9A 2ZHRA 3EKQA 5P8MA 5ENMA 1B6KA 5P4CA 1D4IA 5DR7A 2P83A 5P23A 4TVHA 4RCEA 1CZIE 4I0DA 5P18A 3OADB 5P6JA 3VF7A 3L58A 2G24A 1AVFA 4Y3PA 2FIVA 4Y6MA 3QRVA 5P8AA 2FDPA 1PPME 5P48A 5ISJA 3VV8A 1MUIA 2F8GA 4F73A 1ODYA 3HZCA 2QCIA 5P49A 1LYAB 3NU4A 5P7CA 5OZTA 1B6MA 2PSVA 1MSNA 2I4WA 3KFSA 5OZPA 5P1LA 3KYRA 3MSKA 5P4MA 3QVIA 3HVPA 2AVVA 2O4LA 2R5QA 1T7JA 3OY4A 2IDWA 3IVIA 3K5DA 6APRE 1W51A 5P1MA 4OBFA 1UH7A 1J71A 5OZUA 5OZ9A 5P0NA 3RTNA 4YOAA 3IN4A 4J1HA 2HC0A 1A9MA 2BKTA 3NLSA 4FRKA 3DV5A 3R4BA 3TPJA 2VJ6A 5P51A 1A30A 1WKRA 3OAGB 3PCWA 5P87A 1B6JA 3PWMA 2ZYEA 1IZEA 1ZPKA 2I4QA 5P4AA 5P7MA 5P1XA 2R43A 3OXCA 3OHFA 1W5YA 5KQZA 3FNSA 3DM6A 6UPJA 4Y4JA 1MIQA 5HCTA 3ST5A 3OADA 5I3WA 5OZOA 1HVCA 2WF1A 4GIDA 5C9DA 5P0WA 1RPIA 1LZQA 3SACA 4DJOA 3U6AA 1SIPA 3GGAA 2IKOA 4L1AB 5P61A 4RRSA 5P85A 1IDBA 3QI1A 4K4RA 5P1KA 1RL8A 1HIVA 1LV1A 4ZSPA 4RLDA 1XS7D 1LYAA 2ZE1A 3TOGA 3UDPA 5P33A 3UDKA 5P72A 4FCOA 3UF3A 3R0YA 3PHVA 4YCYA 2G1NA 3CKTA 3ER3E 3KFPA 1W6HA 5P01A 5P1NA 4HDPA 3BXRA 5P65A 3TKGA 5OYUA 3LPIA 4YD6A 4Y5CA 4Y3QA 4Y3XA 2OHNA 3OU4A 1BWAA 5P37A 5P3DA 2ZGAA 3S8IA 4DJYA 1SDUA 2AIDA 1TSQA 2QMGA 4Y3NA 2NMZA 2G1OA 1W6IA 4GJ8A 3Q3TA 2BPVA 5P2DA 2G26A 5P4RA 1HTEA 5P2IA 5OZYA 3INFA 3TPRA 1HSIA 2F3KA 1AAQA 5P36A 4OBGA 5P3UA 1ZP8A 3NR6A 5JODA 3OAGA 5P0GA 4M8XA 3PI0A 4AA9A 1B11A 5P45A 5P7SA 4R8YA 3SABA 5P7WA 1KJGA 4JPEA 5P54A 4Y4AA 3UTLA 3INDA 1ENTE 2BPYA 2NPHA 2VKMA 1BIMA 5P34A 4FAEA 1LF3A 3VYEA 3UDMA 3GGXA 3LNKA 3F9QA 1PPLE 5P6WA 2ZJKA 4L1AA 5AH9A 4L7GA 5P8FA 3UDRA 1LYBB 2R9BA 5P0FA 2ZJMA 3QROA 3PSGA 4J1EA 2R38A 1FMUA 1LS5A 1Z8CA 4Y5BA 5P6RA 5P2XA 4Z4XA 1M43A 2ZHUA 2IGXA 5P2BA 3SA8A 1PSAA 1W5WA 4I10A 1AM5A 5DR0A 3PRSA 3UDJA 2PSGA 2QI4A 2PH8A 4Y4EA 5P0SA 3K1WA 4U8WA 4RVXA 2A4FA 1OD1A 5P4OA 5SY2A 3UFLA 2B8LA 2IEOA 1IZDA 4GJ9A 4WY6A 4EP3A 1IZIA 1DIFA 2FGVA 5HDXA 4LBTA 5P1CA 2VNNA 2QZLA 3ZKSA 5OYXA 3NWQA 3LIXA 5KQYA 4I0FA 3EBZA 4I8ZA 4Y3DA 3EM3A 4GJBA 4EJLA 5P4LA 4DV9A 2XYEA 2WEZA 4R5NA 5IVQA 4Y45A 1KZKA 2AVOA 3OXXA 1KJHA 5OZHA 2OHKA 3LIQA 4Y48A 3GGUA 1FFIC 4GYEA 5P4DA 3K4VC 2R3WA 5P5MA 5AHCA 2G27A 1UPJA 2WEDA 1B5FA 3PBDA 2PK6A 4Y4UA 2I4UA 3WSJA 4QLHA 5P7XA 5OZ3A 4NJSA 3NSHA 3DJKA 4D88A 3CKRA 5OZ5A 2VIEA 4ZEAA 1A94A 3ZKXA 1LYBA 3EC0A 1MT8A 3D91A 1HTFA 3M9FA 3GI0A 3ZLQA 4RCFA 4RVJA 2QZWA 5P4HA 5P4FA 1T6EX 5I3VA 5P5GA 1BDLA 5P4ZA 5P0PA 5P4WA 4YA8A 1HEGE 3L5CA 2HS1A 5P8BA 5P0VA 4Y44A 3G72A 3UDHA 3OU3A 5P80A 2VIJA 1BVEA 5P8KA 5HTZA 4B72A 5I3XA 3A2OA 5P4PA 5P7YA 4Q1XA 5AH6A 3PB5A 3FKTA 5DQ1A 4DJQA 4Y5NA 3VF5A 3PLLA 4Y3LA 3S45A 1QDMA 5KOQA 3CIBA 4OC6A 1HIIA 3SA9A 1GVWA 5COPA 3ZKQA 5P4JA 1NSOA 3VLAA 3BVAA 2QU2A 1NH0A 3VV7A 2J9JB 2ZJHA 3BC4A 2Z4OA 1T7IA 3D1ZA 3PSYA 3VYDA 1GVTA 2OAHA 5P5CA 5P7RA 4FM6A 5P8TA 2PYNA 4Z2ZA 4DVFA 5P4KA 5HE4A 2PK5A 3TLHA 3WZ7A 5P06A 1FQ4A 5P6AA 2FDDA 3UHLA 1IBQA 5OZVA 5P7QA 4U7VA 4KUPA 3R0WA 2QHYA 5OZBA 3PBZA 5P3EA 1D4HA 5P6NA 2VA6A 4Y5LA 3INHA 5P2WA 5OYWA 2AVQA 3D3TA 3EM6A 4Y35A 4ER2E 2V00A 3IA9A 5P52A 1HVLA 2PH6A 3LZYA 3VV6A 4YD3A 1FF0C 4CKUA 5F00A 1HPXA 3L5EA 1FGCC 4LL3A 5P1RA 2UY0A 3ECGA 1QBUA 3LZSA 2HB2A 5SY3A 2I0AA 2QD7A 5OZ4A 2XYFA 5P3YA 5OZXA 2QZKA 3HW1A 2QK5A 3S43B 4LAPA 5P63A 5P2ZA 2AOJA 4FL8A 2F80A 3L5BA 1HPVA 5CLMA 3OTSA 1HXWA 3K4VA 5P50A 3URJA 2NXLA 4Y3GA 2UXZA 5P2CA 4DUSA 4DQEA 2AOCA 2RMPA 3SFCA 4JOOA 2QAKA 5P46A 1QRPE 5P56A 3PEPA 3I8WA 5PEPA 5P5OA 1FQXA 4B1CA 4DQHA 5P3LA 5P60A 2J9JA 2IRZA 3NUOA 4CPQA 5OYSA 4D85A 4Y4DA 5P8IA 5IVRA 1YTJA 4QJ2A 1HBVA 5P8DA 5F01A 1ER8E 3BRAA 3TH9A 4Y3TA 2WEBA 5UPJA 5P5ZA 1EAGA 5P41A 1SGUA 5P1ZA 4EPJA 2G94A 3OUBA 4RGHA 5OZ7A 5P8CA 1VIJA 5P2JA 5P4SA 5P3NA 5P3HA 3B80A 5C9FA 1YTGA 5P4VA 1Q9PA 3OQAA 2H6SA 5I3YA 2AQUA 5P7KA 4Y4ZA 4OD9A 2IL2A 5P1EA 5P1GA 3VG1A 1XDHA 5P3MA 1HXBA 3L5DA 2Q55A 5P5AA 3S43A 4CPXA 2I4VA 1HRNA 3ZKIA 3WB5A 3L5FA 5OZEA 5P66A 2AZBA 3T7QA 1ZTZA 1LYWB 3O9EA 1ZLFA 1E81E 2BPXA 5OYVA 3IGBA 3O9BA 4J1FA 5P77A 5P1FA 5HVPA 1EBKC 1DP5A 4LP9A 5P71A 3UQWA 4YCKA 4R92A 4HDFA 2FXEA 4AMTA 4YBIA 1FQ7A 3EKWA 5P5HA 2V12C 4Y43A 5P6EA 5P5JA 5DPZA 4Y4WA 5P3BA 1D4YA 5P19A 4HEGA 2O4NA 1EC2A 5P5WA 5OZGA 1IVQA 2SAMA 3I25A 3T3CA 2PC0A 1MPPA 3RTMA 5P0XA 1BAIA 1T3RA 4OBZA 4J55A 5P12A 3O9CA 5P73A 5JFPA 2OF0A 3CYXA 3NDTA 2Q15A 5OZDA 5HDZA 4ZSQA 5P44A 2QHCA 3LZVA 3EM4A 3VSWA 5P0BA 3OU4B 4HE9A 3OOTA 1UH8A 4QJ9A 4DFGA 5P4YA 2VIZA 5P57A 5OZAA 3N3IA 4L7JA 5P6ZA 2BPZA 3Q6YA 3BGBA 5KR8A 5HCOA 2BQVA 5P5FA 3T6IA 1W50A 4FS4A 3WB4A 5P1WA 1OHRA 4EWOA 3G70A 4Y3HA 5P5EA 4LC7A 5P38A 5P2AA 5P1DA 2ZJJA 4H1EA 3KM4A 2AOGA 5P0AA 4DJPA 3EL1A 1DAZC 5P62A 1LYWA 3WZ6A 3VF3A 2O4PA 4Y41A 5P75A 2PMAA 5SZ9A 1GNOA 3NU3A 4QJ8A 4NKKA 3KMXA 1F7AA 4Y5GA 3JW2A 5P5NA 5DGUA 2FNTA 3PJ6A 2B7FA 2ASIA 3VUCA 5COOA 4CMSA 4H3FA 3TNEA 4LXMA 1HVKA 5P70A 3OUDA 2ZHTA 1FMBA 4EQJA 4K4QA 2QI5A 3NDUA 2F3EA 4Y5MA 2OHLA 2ZJIA 4Y5PA 2ER9E 4Y53A 4ZSMA 4I0HA 5P3XA 1K6PA 1EPLE 2QMPA 1AZ5A 4RYGA 5P2KA 3QN8A 4YD7A 5P3VA 5P04A 1FQ5A 5P7IA 4LXAA 4M8YA 5OZ1A 2I4DA 5DR4A 3C9XA 2F81A 5P8SA 3NXEA 1CPIA 2BJUA 4IVTA 3GI6A 1HVRA 1ZAPA 5P47A 5P8LA 4Y3YA 3OXWA 1LF2A 5P5XA 3TOFA 1PFZA 4B77A 3TL9A 1U8GA 4XKXA 5P1YA 3QPJA 3I7EA 3BGCA 5J25A 1D4JA 4XXSA 3B7VA 2G22A 5P58A 1MERA 2AZCA 4J17A 2WF3A 4PYVA 3K5CA 3O9DA 1EPME 3O9GA 4FE6A 3SKFA 4Y57A 4GJ7A 3PGIA 3VFBA 3VLBA 2VIYA 3OTYA 3EXOA 1ODWA 2PYMA 4TRZA 5P10A 5P53A 2NNPA 3RTHA 3KT5A 1MTRA 5P02A 1SMEA 4DJXA 4GJ5A 4OBKA 1B5FB 5P59A 5CONA 5P5LA 4HDBA 5HU0A 1EPRE 2OHRA 5P0OA 3ZPTA 2V13A 2AZ9A 3AUPA 5P5KA 1HEFE 4MC9A 1GNMA 5P7OA 3IXKA 5P1AA 3PSUA 2P3CA 5OZZA 1F34A 5P3OA 4DQGA 1EBZA 2I0DA 3QVCA 5AH7A 2WL0A 3K5FA 3QAAA 5P2HA 3OU1A 1D4SA 2AOFA 1YT9A 2V10C 3OHHA 5P3QA 4Y9WA 1G6LA 5P2VA 5P13A 2OHSA 3APPA 1ZBGA 3TKWA 4Y38A 5P0HA 4LHHA 4Y36A 4IVSA 1MESA 3T7XA 3HBOA 2NTRA 5P2NA 4DPFA 4I0JA 1EEDP 4AUCA 7UPJA 1AJXA 1PPKE 2FS4A 3INEA 1B6LA 1AJVA 2EWYA 4J0VA 3K5GA 2RSPA 4RYCA 4B70A 1APUE 3QS1A 5P5TA 2Z54A 5DR3A 3OQKA 5P3GA 4OC6B 1NPAA 5P6TA 4Y5KA 3U71A 1BWBA 3N4LA 1AXAA 3MXEA 3CYWA 1SMRA 3BUGA 1WBMA 4PEPA 2WF2A 5P5SA 1FEJC 3SPKA 3OXVA 1RQ9A 1HOSA 2JXRA 2QHZA 9HVPA 1MRWA 5P7VA 5P6GA 3LHGA 4TRWA 1GNNA 3PMYA 5OYZA 5C9BA 3OQDA 4CPWA 3HD8A 5P64A 1CMSA 1GVXA 5P1HA 5OZFA 5P7PA 2P3DA 5P4XA 5P3RA 4I11A 1NPWA 3D1YA 5P1IA 3TPLA 2ZJNA 2QP8A 4XX4A 4JECA 3O9IA 5P88A 1YX9A 5ER1E 5P1PA 2QI1A 2HAHA 4J0PA 4ACXA 2G1YA 4DI2A 4HZTA 3RSVA 4RZ1A 2HS2A 4DQFA 5P7ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P00 A;  5P0Z A;  1K2B A;  2Q3K A;  1BXO A;  5P43 A;  4CPT A;  3RSX A;  2VA5 A;  3L3A A;  5P08 A;  2QNQ A;  1TW7 A;  2Q5K A;  1DPJ A;  3S2O A;  2JYS A;  1FG6 C;  1ME6 A;  2ER7 E;  5P0E A;  3VSX A;  1EPQ E;  5P0J A;  1EBW A;  5DQ5 A;  1E80 E;  5HDV A;  2G20 A;  3RVI A;  2PQZ A;  5P2L A;  1HTG A;  1HIH A;  5E5K A;  3I6O A;  2PWR A;  1TSU A;  5P5U A;  4OBH A;  3ER5 E;  5P5P A;  5P1O A;  1C6Z A;  5P31 A;  1W5X A;  5P0K A;  2QI3 A;  2G69 A;  2B60 A;  3H0B A;  2VNM A;  1TCX A;  4AZY A;  4J1K A;  3SKG A;  5OZI A;  3PM4 A;  5P6U A;  2P3B B;  2REN A;  2G1S A;  3EL9 A;  3O9H A;  3S85 A;  5AGZ A;  2AVS A;  5P1S A;  1HPS A;  3FNT A;  1EC3 A;  3LIZ A;  5P3F A;  4F76 A;  1PSO E;  5DGW A;  5P6F A;  4R91 A;  3NDW A;  1MVP A;  5P6B A;  5P11 A;  4KE1 A;  4GJD A;  1A8K A;  4K4P A;  5ENK A;  5P69 A;  2A1E A;  5P79 A;  4I0I A;  2XFJ A;  4J0T A;  1BIL A;  3OQF A;  1Z1H A;  5P0M A;  4K8S A;  5OZM A;  2VS2 A;  4Y4X A;  4TVG A;  5P17 A;  5OZN A;  3QBH A;  4Y51 A;  3UQR A;  3TPP A;  4PZW A;  2I4X A;  5P1B A;  4EJ8 A;  1EBY A;  3LIY A;  1HVH A;  5E5J A;  3HVG A;  5OZ8 A;  1C6X A;  2J9K A;  4DJR A;  5P0D A;  2BB9 A;  1HHP A;  5P1T A;  4I12 A;  4DJU A;  4QJ6 A;  4YHQ A;  5P7H A;  2OHP A;  5P55 A;  5IVS A;  4EYR A;  5P30 A;  3S53 A;  1APT E;  4YDG A;  2HB4 A;  1QBT A;  1EPN E;  1IVP A;  4NJU A;  4Y3J A;  1T6G A;  3CIC A;  1FG8 C;  1JLD A;  2HB3 A;  4YD5 A;  1HSH A;  1YG9 A;  1MT9 A;  2VJ9 A;  2ZJL A;  4Y3R A;  4KB9 A;  2ZHR A;  3EKQ A;  5P8M A;  5ENM A;  1B6K A;  5P4C A;  1D4I A;  5DR7 A;  2P83 A;  5P23 A;  4TVH A;  4RCE A;  1CZI E;  4I0D A;  5P18 A;  3OAD B;  5P6J A;  3VF7 A;  3L58 A;  2G24 A;  1AVF A;  4Y3P A;  2FIV A;  4Y6M A;  3QRV A;  5P8A A;  2FDP A;  1PPM E;  5P48 A;  5ISJ A;  3VV8 A;  1MUI A;  2F8G A;  4F73 A;  1ODY A;  3HZC A;  2QCI A;  5P49 A;  1LYA B;  3NU4 A;  5P7C A;  5OZT A;  1B6M A;  2PSV A;  1MSN A;  2I4W A;  3KFS A;  5OZP A;  5P1L A;  3KYR A;  3MSK A;  5P4M A;  3QVI A;  3HVP A;  2AVV A;  2O4L A;  2R5Q A;  1T7J A;  3OY4 A;  2IDW A;  3IVI A;  3K5D A;  6APR E;  1W51 A;  5P1M A;  4OBF A;  1UH7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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