5JFUA

Hiv-1 wild type protease with grl-007-14a (a adamantane p1-ligand with bis-thf in p2 and benzylamine in p1')
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Probing Lipophilic Adamantyl Group as the P1-Ligand for HIV-1 Protease Inhibitors: Design, Synthesis, Protein X-ray Structural Studies, and Biological Evaluation.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5jfuA00
3APRE 4Y4AA 1JLDA 5KR2A 2F81A 1YM4A 2I1AA 2QD8A 4I0FA 5P7AA 1LZQA 5OZ7A 3SABA 4Z4XA 2PK6A 5P6NA 4Z50A 3WZ7A 2PWCA 2QHCA 2UXZA 4F76A 2B8LA 5P4ZA 2HIZA 5AHCA 5P3NA 3CKRA 5P8UA 5P2FA 3NDXA 3L5DA 5P7SA 4DH6A 3B80A 1N49A 3H5BA 2O40A 2O4KA 5DQ1A 5P5UA 1PFZA 4M8XA 5P6IA 2F80A 3FNTA 1EBYA 5OZNA 5COOA 3ZKGA 3IVIA 1B5FB 2NNKA 3OGQA 4IVSA 5P5LA 2Q3KA 2R5PA 6APRE 3LZYA 4XX3A 3EL1A 5P1SA 2NXMA 1LEEA 5EZZA 4N00A 4QLHA 4RCDA 5P8HA 2QNQA 3OQKA 2QI1A 5P46A 4HA5A 2NMYA 2OHRA 2OHQA 4DI2A 2R43A 1ZJ7A 2AOFA 1DAZC 1FKNA 3NWQA 4LXMA 1E81E 3TPRA 1MTRA 2UY0A 5OZEA 5P8DA 3OU4B 1DP5A 5P01A 2BPWA 2PQZA 4RLDA 5FIVA 4CP7A 2UPJA 2QU2A 5P3SA 1HEGE 1G0VA 1SBGA 3OADA 3U71A 2HM1A 5E5JA 4Y43A 2JE4A 4ER1E 5P41A 1T6EX 5P2LA 5OYVA 2QI7A 5DGUA 5P3QA 1W5XA 1OEWA 4I0JA 3ZKMA 2B7ZA 4Y3NA 4Y54A 2PH6A 2NPHA 2P3DA 3K4VA 1Z1HA 5C9BA 4M8YA 2QNNA 5P24A 1EPOE 2QMGA 2APRA 4Q5MA 4AA9A 4FAEA 5KQYA 5P1MA 8HVPA 1XL2A 3CYXA 1HXBA 5IVSA 3EKQA 2I0AA 5P4GA 4Y4BA 3Q4BA 1M43A 1HHPA 5P27A 3PSGA 5HE7A 2F3KA 4FM7A 5P3AA 4J0VA 2WJOA 3SA7A 5P4QA 5OZKA 3BXSA 3DM6A 3OAGA 5F01A 2ER6E 2A4FA 3INDA 1WKRA 4J0YA 2WEAA 5P2NA 5P5RA 4BELA 3O9DA 3OY4A 4ZPGA 5P0LA 5BRYA 4ZIPA 4Q1YA 2JJJA 5P2UA 2ZGAA 4FS4A 2G1NA 4YD6A 1MSNA 2AVQA 3UDPA 3SQFA 5P1FA 1C6ZA 3TLHA 3OUCA 4RGHA 4CPWA 4DQFA 1RL8A 5P65A 1K2CA 1BILA 1CZIE 2FXDA 5P64A 4R93A 5P57A 2QI6A 4XXSA 4OBZB 2QU3A 5P35A 1ZLFA 4ER4E 1T3RA 4APRE 3QVIA 4YHQA 4Y35A 1D4JA 4Y3WA 3CKTA 1IZIA 5P1OA 4L7JA 4J17A 2FDPA 1T6GA 3OQAA 1NH0A 3QBHA 4HVPA 4D8CA 3LIVA 3ZKSA 1K2BA 4Y3YA 3VYFA 1W6IA 4K8SA 2G22A 3JVWA 4NJTA 3ZKXA 4GIDA 5P8LA 1ZBGA 4NPTA 2V0ZC 3NDWA 4HDBA 5P6KA 5P2KA 2G21A 5P76A 4TRZA 2B42A 5P4UA 3EMYA 4RCFA 5P6PA 2ZHVA 1EC0A 5P6JA 5C9DA 1HXWA 5P5KA 3K5FA 5P23A 5P3UA 2PYNA 1LV1A 5BS4A 3MWSA 5KQXA 2VA6A 4WTUA 4PEPA 3T7PA 2BPZA 3HDKA 3INFA 4LBTA 5P3DA 2AOCA 5P4CA 1BWBA 1EBKC 5P8MA 5P6BA 1KJ4A 1APTE 1EBZA 5OYRA 1BBSA 4RZ1A 1BXQA 2VIEA 3D20A 3RU1A 1ZAPA 4L1AB 4FCOA 5APRE 5DR8A 5P56A 4Y3EA 3D3TA 4CPXA 2VIZA 2IKOA 3HZCA 5AHAA 4PZXA 4QJAA 3QS1A 5P0ZA 3O9CA 2ASIA 1IVPA 3U7SA 2G27A 2HC0A 3OHFA 5P5TA 3EKPA 2XFJA 4RVIA 5P2IA 2VJ6A 2OHTA 2WF3A 4F73A 4Y58A 3SA4A 5P02A 3SA3A 3S53A 3ZPUA 2Q11A 2P83A 5P7VA 1IZDA 2QHZA 4EXHA 4Z2ZA 1APUE 3NWXA 5P71A 4YE3A 2AVVA 4RRNA 3S43B 3G70A 2SAMA 5E5KA 3S45A 4DJVA 4Y57A 3UQPA 4YD5A 1IZHA 1T7JA 5P28A 4TRYA 3SKGA 5P3TA 4CPUA 3SM2A 1QRPE 1UH8A 5P7WA 5P89A 4I0IA 4OBFA 5P7FA 1HVKA 2ZYEA 4OC6A 4BEKA 1UPJA 5OZLA 1W5YA 2WF0A 5P15A 1GNOA 4NKKA 3HAUA 3Q6YA 2QD6A 4Y36A 1ODXA 3N4LA 2CEJA 2HB4A 1LS5A 3H0BA 5P5IA 5P0SA 2R5QA 4YDFA 5P4KA 4A6BA 1META 1QBUA 2Z4OA 2B60A 4GJBA 4ZLSA 2OHNA 2VJ9A 4DJXA 4CPSA 5DQCA 5P2YA 5P68A 5P2TA 2G1OA 5KQZA 1MPPA 5JODA 5P7LA 2AIDA 4Y4GA 5P60A 1EC2A 2BKTA 3NSHA 4FGXA 3EXOA 5P73A 3S54A 3OQFA 5P0YA 3GW5A 1KJHA 5OZUA 1RV7A 5IS4A 3EKYA 4Y4XA 5P4FA 1EPNE 3IN4A 3GGUA 3SM1A 5P2MA 3QRSA 5P0DA 5P3BA 3OUAA 5P26A 5P6AA 1EPQE 2QMFA 5AH6A 4APEA 4HEGA 1HPSA 1LF2A 5ENKA 5EZXA 2AODA 5CONA 3EKTA 4FRIA 4HDPA 5OZ9A 5P2EA 5AGZA 2FLEA 5P1PA 5P8PA 2V00A 2BPXA 5P6SA 3PB5A 1AIDA 5HE4A 4CPTA 2VS2A 4K9HA 5OYZA 2PSGA 1HVCA 4ZEAA 3VFAA 3VF7A 5P0JA 4DQGA 2FMBA 4QJ7A 5P1HA 2G26A 2F3FA 3L3AA 3URLA 5P62A 5OYWA 5P6HA 3OHHA 1TZSA 1YTIA 3KMYA 3OU4A 5P8CA 4K4QA 2G1RA 1LYWB 5P4IA 5OZXA 4NJUA 2V16C 4YA8A 2P4JA 2ANLA 2QZWA 2PC0A 1IIQA 3PWRA 3SA5A 4Y3MA 4J55A 3UFLA 5P4EA 4Y4JA 1MT7A 2IGXA 5P0HA 3LNKA 3L5BA 5P4LA 1W5VA 3BUFA 1GKTA 1FQ8A 3FKTA 4J1KA 2R38A 5T4SA 5F00A 3SA9A 5OZFA 5P7GA 2PK5A 5SY2A 4Y47A 5P3KA 2QZKA 2R8NA 1A30A 4EWOA 4DVFA 5P13A 2RMPA 3UQRA 3INHA 2R3WA 1HTEA 3IVHA 5P5SA 1TCXA 3R2FA 1D4SA 2FXEA 5OZMA 3ECGA 2ZE1A 5P7UA 1T7KA 5P80A 1FF0C 4HE9A 4FLGA 4GJ8A 3TKWA 5OZ1A 5DR7A 4B1DA 1B6PA 1EAGA 2ZHTA 3TPLA 5HVPA 3GGVA 5P04A 3JVYA 4I0EA 3OQ7A 4F74A 1HRNA 2IENA 2J9JB 3INEA 4Y3FA 4Y4ZA 5ISKA 4CKUA 3CICA 2BPYA 3PLDA 1LF3A 1BWAA 3FSMA 5P5XA 5P5PA 4GJDA 5P7OA 6UPJA 5P7IA 1APWE 1YX9A 5OZ6A 1BDQA 3CKPA 5P22A 3PRSA 3O9AA 1D4HA 3Q3TA 5OZDA 3VLAA 1MRXA 3JW2A 2ZJMA 5P0NA 5P29A 2IDWA 5P5EA 3PCZA 5SY3A 3IXKA 2G24A 4DQBA 3VEUA 5HD0A 5P6FA 1QBRA 5P63A 1GVUA 2NTRA 1YG9A 1SGZA 2P3AA 4QJ9A 5OZWA 4YBFA 1FGCC 4NJVA 4NJSA 5P1EA 2IEOA 5P14A 2H6SA 2QI3A 5P0UA 3UDRA 7UPJA 3HVPA 1SH9A 4RCEA 1HIIA 1EPRE 4RROA 3EM4A 3VF5A 5P3WA 1NPWA 5HDVA 1FG8C 3LPKA 1W5WA 5P61A 3U6AA 3D1ZA 5P39A 4I12A 3O9IA 2ZJIA 1EPPE 2ZJKA 3EKXA 2B8VA 1HPXA 4ZSQA 5I3YA 4ZSMA 5P12A 4I8ZA 4JPEA 5DR3A 1BDLA 1MIQA 2V11C 3L5EA 5P2ZA 4B78A 5P7KA 2AOIA 4A4QA 5P3FA 5P3LA 3ZPSA 2I4VA 5IVQA 5P4DA 2QMPA 3WZ6A 5KR8A 1XN2A 3GGAA 2ZHSA 4L7GA 5P8OA 2HPFA 3NU6A 3T7XA 1BXOA 4DQHA 3L59A 5OYYA 2OF0A 3ZMGA 2HB3A 3QRVA 5P4VA 5DR0A 2IRZA 4OBKA 4EHCA 3BUGA 5P7QA 3UDNA 2B7FA 2ZHRA 3O9LB 3FIVA 2QCIA 2QI5A 3GI6A 3K5CA 2WECA 5P75A 5TOLA 5P33A 4WY6A 5DGWA 3O9FA 4EPJA 2P3CA 1HPOA 4YD4A 4LAPA 5JG1A 5P1LA 1B6LA 5P6OA 3G6ZA 5P83A 3PM4A 4L1AA 1GVXA 1EPLE 1NSOA 4I0ZA 1ENTE 3IXJA 1VIJA 3OUDB 3HLOA 4Y3ZA 5P0XA 4X2LA 1AJVA 5P2HA 1ODYA 3EL0A 4Y4WA 5P5FA 3EKVA 5ER1E 4LL3A 5P31A 3WZ8A 4EYRA 1E5OE 4YCTA 5PEPA 1D4KA 1LYAB 2P3BB 5P2BA 3VFBA 1LYBA 1G6LA 1PPLE 5P0MA 4KE1A 1XS7D 4FSEA 5OZ2A 3FX5A 3VV8A 4Y4EA 3SKFA 1AJXA 4LP9A 5P84A 2VNNA 3Q70A 2Q54A 5P8VA 2J9KA 1MRWA 5DPZA 5P4RA 5SXNA 3L5FA 1HVLA 4ZPFA 3MXEA 5P0QA 4DFGA 3FV3A 3T3CA 1SIPA 1HIHA 4U8WA 3NU4A 5KOSA 5P1VA 2AZBA 3DOXA 2HS2A 5P45A 3ZKNA 3VUCA 5P1KA 3HVGA 5P0GA 4GJ7A 1A9MA 3BGBA 1Z1RA 3WB5A 1GVTA 5KR1A 3KA2A 4GYEA 1HVHA 5P08A 1K6VA 4Y6MA 5OZPA 4EP3A 5OYTA 5P07A 3PI5A 3PBDA 3UDQA 1DW6C 1HTRB 2PWRA 4Y53A 3RTHA 2RKGA 3VYEA 5P79A 4WY1A 5P4WA 3I2LA 5P8FA 3EL5A 1EC3A 3LPJA 4FRKA 3DK1A 2Q63A 2QNPA 5AH9A 5P6VA 1QBSA 5P8NA 5COPA 5P5ZA 3GGXA 5B18A 5HDUA 3NR6A 4Y9WA 3IXOA 3TOHA 1OEXA 5I3WA 5P2CA 1B11A 4B00A 5OZSA 1APVE 4KUPA 1YTJA 2WF2A 3UQXA 5P7TA 1HEFE 4EJ8A 2QZLA 3IA9A 5P4HA 5P7EA 3TOGA 3S56A 4RYCA 4J1CA 5P2SA 4K4RA 9HVPA 2NR6A 5P05A 2H6TA 3HAWA 4H3FA 5P58A 1C6XA 2XFKA 4Y4TA 3LIQA 5IVRA 3T6IA 5P6MA 5P3IA 3QIHA 5P0AA 1XDHA 4DJQA 2I0DA 3PBZA 4COEA 4ZSRA 2NXLA 5P4TA 4LC7A 3TPPA 5P1CA 4E43A 4J1IA 2WEZA 3D1XA 4YOBA 2VNMA 3OAGB 5P8IA 3OWNA 4EXGA 5P1AA 1EPME 4RVJA 5HU0A 5OZ4A 5P7DA 3LITA 3T11A 5P8BA 1FIVA 1E82E 3KDCA 5P8GA 2G1SA 5J25A 4GJCA 3OGPA 3KDDA 3NUJA 3KT2A 1ME6A 4H1EA 1PSAA 3VF3A 5P09A 3KMXA 4Y5EA 1MERA 3SPKA 1BV9A 2HB2A 4X7IA 2F3EA 3BHEA 3EL9A 4Y5NA 1TQFA 4BFDA 5P0OA 3S85A 5OZBA 3QVCA 5P3MA 3L58A 3EBZA 3BVAA 5BWYA 3BXRA 3PEPA 5P49A 3I25A 1W51A 1IDAA 5P6UA 3D91A 5P72A 4Y3DA 4DJPA 3N3IA 3PSUA 4JP9A 5OZAA 4S1GA 2PH8A 4PYVA 4U7QA 2CEMA 5P81A 4Y3HA 4B72A 2J9JA 1GNNA 3CIBA 5P0RA 3ZPTA 3LZSA 5HDZA 4QJ6A 1PPKE 1UH9A 5OZGA 4GJAA 3VYDA 3EM3A 2XFIA 5SZ9A 3LIYA 5KQFA 3UDHA 4ZSPA 1A94A 2WF4A 5P5VA 1QBTA 3NLSA 5P7JA 5P5HA 5IE1A 1MT8A 5P3PA 5P36A 5P2JA 4MC6A 1IVQA 5OZRA 3UCBA 5P8RA 5I3VA 3OU1B 5OZQA 2NXDA 5OZ0A 5P4PA 3KFNA 1PSNA 3I7EA 5OZOA 5P5YA 2OHKA 1IDBA 1B5FA 3PI0A 3QP0A 4YBIA 5CLMA 3MSKA 4R91A 3ZLQA 1HOSA 3MSJA 2OHPA 2BB9A 4YOAA 5P7XA 1SDVA 2QD7A 5P0TA 5P2AA 5P5MA 4XX4A 2Z54A 3K4VC 4Y3XA 3NU3A 5P5BA 4ZE6A 5P5CA 5P1TA 3PJ6A 5P6WA 5P1YA 3BC4A 5P5NA 5P44A 5P3CA 3AIDA 4YCKA 2WEBA 3KF0A 4Y5AA 5P6EA 5P4AA 5P7PA 2OHLA 5P4SA 5P4MA 5P4NA 4R8YA 3O9HA 5P0IA 2O4NA 5HCOA 5P19A 4J0ZA 5P3EA 4B1EA 5P17A 5P3OA 3GI5A 1MUIA 5JFPA 2AZCA 1ER8E 3TKGA 3O9LA 2ER9E 2EWYA 3DV1A 5P77A 1Q9PA 5P5JA 3VV6A 3UDJA 1U8GA 3NDTA 2G69A 4FE6A 3K5DA 1C70A 3ZKIA 3UF3A 2RSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3APR E;  4Y4A A;  1JLD A;  5KR2 A;  2F81 A;  1YM4 A;  2I1A A;  2QD8 A;  4I0F A;  5P7A A;  1LZQ A;  5OZ7 A;  3SAB A;  4Z4X A;  2PK6 A;  5P6N A;  4Z50 A;  3WZ7 A;  2PWC A;  2QHC A;  2UXZ A;  4F76 A;  2B8L A;  5P4Z A;  2HIZ A;  5AHC A;  5P3N A;  3CKR A;  5P8U A;  5P2F A;  3NDX A;  3L5D A;  5P7S A;  4DH6 A;  3B80 A;  1N49 A;  3H5B A;  2O40 A;  2O4K A;  5DQ1 A;  5P5U A;  1PFZ A;  4M8X A;  5P6I A;  2F80 A;  3FNT A;  1EBY A;  5OZN A;  5COO A;  3ZKG A;  3IVI A;  1B5F B;  2NNK A;  3OGQ A;  4IVS A;  5P5L A;  2Q3K A;  2R5P A;  6APR E;  3LZY A;  4XX3 A;  3EL1 A;  5P1S A;  2NXM A;  1LEE A;  5EZZ A;  4N00 A;  4QLH A;  4RCD A;  5P8H A;  2QNQ A;  3OQK A;  2QI1 A;  5P46 A;  4HA5 A;  2NMY A;  2OHR A;  2OHQ A;  4DI2 A;  2R43 A;  1ZJ7 A;  2AOF A;  1DAZ C;  1FKN A;  3NWQ A;  4LXM A;  1E81 E;  3TPR A;  1MTR A;  2UY0 A;  5OZE A;  5P8D A;  3OU4 B;  1DP5 A;  5P01 A;  2BPW A;  2PQZ A;  4RLD A;  5FIV A;  4CP7 A;  2UPJ A;  2QU2 A;  5P3S A;  1HEG E;  1G0V A;  1SBG A;  3OAD A;  3U71 A;  2HM1 A;  5E5J A;  4Y43 A;  2JE4 A;  4ER1 E;  5P41 A;  1T6E X;  5P2L A;  5OYV A;  2QI7 A;  5DGU A;  5P3Q A;  1W5X A;  1OEW A;  4I0J A;  3ZKM A;  2B7Z A;  4Y3N A;  4Y54 A;  2PH6 A;  2NPH A;  2P3D A;  3K4V A;  1Z1H A;  5C9B A;  4M8Y A;  2QNN A;  5P24 A;  1EPO E;  2QMG A;  2APR A;  4Q5M A;  4AA9 A;  4FAE A;  5KQY A;  5P1M A;  8HVP A;  1XL2 A;  3CYX A;  1HXB A;  5IVS A;  3EKQ A;  2I0A A;  5P4G A;  4Y4B A;  3Q4B A;  1M43 A;  1HHP A;  5P27 A;  3PSG A;  5HE7 A;  2F3K A;  4FM7 A;  5P3A A;  4J0V A;  2WJO A;  3SA7 A;  5P4Q A;  5OZK A;  3BXS A;  3DM6 A;  3OAG A;  5F01 A;  2ER6 E;  2A4F A;  3IND A;  1WKR A;  4J0Y A;  2WEA A;  5P2N A;  5P5R A;  4BEL A;  3O9D A;  3OY4 A;  4ZPG A;  5P0L A;  5BRY A;  4ZIP A;  4Q1Y A;  2JJJ A;  5P2U A;  2ZGA A;  4FS4 A;  2G1N A;  4YD6 A;  1MSN A;  2AVQ A;  3UDP A;  3SQF A;  5P1F A;  1C6Z A;  3TLH A;  3OUC A;  4RGH A;  4CPW A;  4DQF A;  1RL8 A;  5P65 A;  1K2C A;  1BIL A;  1CZI E;  2FXD A;  5P64 A;  4R93 A;  5P57 A;  2QI6 A;  4XXS A;  4OBZ B;  2QU3 A;  5P35 A;  1ZLF A;  4ER4 E;  1T3R A;  4APR E;  3QVI A;  4YHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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