5JSMA

Brafv600e kinase domain in complex with chemically linked vemurafenib inhibitor vem-3-vem
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
277
structure length
265
Chain Sequence
SEFDDWEIPDGQITVGQRIGSGSFGTVYKGKWHGDVAVKMLNVTAPTPQQLQAFKNEVGVLRKTRHVNILLFMGYSTKPQLAIVTQWCEGSSLYHHLHASETKFEMKKLIDIARQTARGMDYLHAKSIIHRDLKSNNIFLHEDNTVKIGDFGLATEKSGSILWMAPEVIRMQDSNPYSFQSDVYAFGIVLYELMTGQLPYSNINNRDQIIEMVGRGSLSPDLSKVRSNCPKRMKRLMAECLKKKRDERPSFPRILAEIEELAREL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase B-raf
publication title Chemically Linked Vemurafenib Inhibitors Promote an Inactive BRAF(V600E) Conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 265
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5jsmA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5jsmA01
1GY3A 2UW9A 2ZMCA 2JFLA 4LRMA 5HTIA 5H2UA 3F2NA 4M68A 3Q53A 5H8BA 3VW6A 5FXRA 3HAVA 3UVRA 2GHMA 2XNMA 3WI6A 5AWMA 5JT2A 4F9CA 5D12A 1GOLA 4DG0E 3ZO2A 4UY9A 5FTOA 5A6OA 4CCUA 4BY9E 3T3VA 3C7QA 4J98A 4OR5A 3ZFYA 3C4FA 4EL9A 2R3GA 3CTQA 4IQ6A 3VS1A 5HOAA 5BUJA 4ZSJA 3UG1A 2WMSA 5CF4A 2XK3A 4Z16A 2C3KA 4QMSA 4BHNA 4DH7A 5HTBA 5FTQA 4LUEA 5E8TA 3OT3A 4IWQA 1BL7A 2BHEA 4IAFA 4OBPA 4O0YA 3VUMA 2C5OA 3OXIA 1FINA 3RK7A 1KE7A 4G9RA 3D0EA 3OEFX 5K4IA 2JGZA 5KMKA 4USDA 4FG9A 4ZLZA 3R8LA 2IVVA 1GAGA 3FY0A 5E9EA 3UTOA 4EH4A 4U81A 3MI9A 5CAPA 4KIKB 2X9EA 5FUTA 2Z7RA 5B0XA 3RK5A 2BDFA 4IACA 1S9IA 4O2PA 3UPZA 3DDPA 2BROA 2V7OA 3QTQA 4C35A 4BCPA 3LHJA 4DF3A 2XK9A 3IGOA 2JKKA 5LARA 3PA4A 2QC6A 4NU1A 4OGRA 4L53A 4MKCA 4AT5A 2BZJA 3B2WA 2XNEA 3NS9A 3QX2A 5KMOA 2WKMA 3QCXA 1GJOA 4O7RA 1PMEA 5AP4A 1KSWA 4PDPA 2JKQA 4E6AA 3QRJA 4U45A 4FTJA 3OUNB 4BZOA 5GZ8A 1X8BA 1OZ1A 2YM3A 3LCDA 3QCQA 4WD5A 2WQMA 2XK8A 4L01A 5BYZA 2ZDTA 4LOPA 4YC3A 4KKEA 5ANKA 3NUYA 5HIBA 3K5UA 4AUAA 4BKJA 4DHFA 4AZTA 3KF4A 4FV6A 2BUJA 4B7TA 3P08A 3QQJA 4NH1A 4K6ZA 2OZOA 3UYSA 4FNXA 4G3DA 2XZSA 4G31A 2ZB1A 4IM2A 4L8MA 3LM0A 2ZDUA 3OBJA 4UV0A 3TDVA 4EUUA 1H28A 2VZ6A 2X2LA 3BHHA 1W84A 3BLHA 2WHBA 4L44A 1JSVA 1FMOE 2IZTA 2J9MA 2PHKA 4KUJA 2ITOA 4DITA 4KIOA 5L6WL 5BVEA 1J7UA 2WU7A 4I6BA 4TXCA 2GNFA 4AA4A 3CLYA 4WNOA 1ERKA 4OUCA 3SD0A 2ZV2A 4CFVA 3A7JA 4FUYA 4U44A 4M14A 3P78A 1Y91A 4JAJA 2NNWB 3DQXA 3FDNA 2DQ7X 2IZRA 4Y95A 4HZSA 2C4GA 3MTLA 2FVDA 4NW5A 4F7SA 2B0QA 2WMQA 4UMUA 3ZDUA 5ANJA 3PJ1A 5FD2A 4WUAA 3VF8A 3ALNA 4JX3A 4M67A 4TYHA 2J2IB 2UUEA 3AMAA 3NGAA 4GV1A 5EYKA 1RJBA 4JNWA 3WYYA 1IA9A 2UZVA 5AP7A 5TT7A 4C3FA 4TNDA 2WMXA 4FIGA 1R0PA 3I6UA 3DFAA 4J8NA 5HE3A 1PW2A 3FQHA 4KKGA 5ACKA 4QMWA 3RAWA 4FKGA 3TL8A 1PY5A 4B9DA 3U9CA 1WVWA 1XH4A 3DZOA 1Z57A 3E3PA 5HORA 3HZTA 4AOJA 1QMZA 4XV1A 1RW8A 4S2ZA 3HMOA 5I4NA 2F7ZE 2IZSA 3I4BA 4QTEA 4OTRA 5C4LA 4YMJA 2OF2A 4Z7GA 4GMYA 4RA5A 4L00A 2V7AA 3R7GA 3K2LA 5E90A 2YZAA 4EQCA 1O9UA 4CLJA 4IC8A 4NKSA 4ZY4A 4V05A 4BCKA 4HGSA 4EBVA 5M56A 4TYGA 3CD8A 3C51A 4RIXA 5AUZA 4R1VA 4L52A 3CQEA 4YLKA 4E5BA 5CS6A 4R3RA 2R9SA 2YITA 3JVSA 5LVLA 4GU9A 4BHZA 1KV2A 4AA5A 2E9VA 2PMLX 3FMNA 4IM0A 3UC4A 3OUKA 1E1XA 5CAQA 2FUMA 4TL0A 3SOAA 3CPCA 3QZGA 4EH5A 2JIVA 3F2AA 1KE5A 2GS2A 3ZLWA 5IMXA 5KO1A 3FLNC 2CKPA 4ANOA 1MRUA 2HIWA 2QOQA 3KCKA 3LMGA 4FOCA 4EQMA 2UV2A 3I1AA 3UMWA 3N51A 5EOLA 5KBRA 4FNZA 3VBQA 1OKYA 3QD4A 4YSMA 3R7VA 2X1NA 4R7HA 4PPAA 5KMJA 5HO6A 4IIRA 5JKGA 4TRLA 3QU0A 2G2HA 2BAQA 3KCFA 3PPKA 3F66A 4C4HA 3PJCA 4JOAA 2W5HA 3BKBA 3NNUA 5FBOA 2OFUA 3D2IA 1BYGA 4KNBA 3ZZWA 5ETIA 1PXMA 3O7LD 2F57A 3BI6A 2WTCA 3D5WA 3ENHA 4I5HA 3NW5A 5IUIA 3FSFA 1TQIA 4E26A 5L8LA 3ET7A 3K3IA 5HNIX 5HVKA 5E4HA 4K18A 3ACKA 3S0OA 3QUDA 4KSPA 2WTIA 3LFFA 2RSVA 3AMYA 4GVJA 1TVOA 4RC4A 3DKCA 3QKLA 4FKUA 4LRKA 4N6ZA 4XP0A 3FKOA 3P7AA 2QOOA 2ZM1A 2YLFA 4BKYA 1U5RA 5IQEA 4BBFA 5DI1A 3BZ3A 2W4KA 2UW0A 4K77A 3Q3BA 4V0GA 4A9TA 3ZBFA 1DI8A 5FXSA 2XA4A 4YLLA 2ZJWA 3FC1X 4IZ5A 4GYGA 5E8WA 3R7EA 3RM7A 2PMIA 3DQWA 3WBLA 3IOKA 3PIYA 4FGBA 2X0GA 5CVFA 3RI1A 3PLAE 3FAAA 3OC1A 3EOCA 3DBEA 4QOXA 2Y9QA 4RG0A 4MEDA 4O96A 4HYUA 4FZFB 3UIXA 1QPCA 3E5AA 4TPTA 2XBJA 3KXNA 5M06A 1IR3A 1Q99A 2HWOA 3SW4A 1UU3A 5I3RA 4JBVA 4NCTA 3HUBA 3QTXA 4RC2A 5HICA 3UE4A 2CKOA 4IXPA 3KXGA 3NDMA 4FV8A 2OF4A 4PP9A 2P2HA 3UIBA 2ZB0A 1U54A 4RLKA 5E8VA 3LCSA 2YM4A 4FT9A 4Y5HA 2XKDA 2CGUA 3EWHA 4K8AA 3FHIA 4D2SA 3ZONA 3IW8A 2VTNA 1REJA 5TOZA 4W8EA 3H9RA 4QMTA 1Q4LA 2BIKB 5HIDA 4H1MA 4ASEA 3VC4A 4J53A 3BQCA 3A4PA 4B99A 4YTFA 3D5XA 4MQ2A 3QQHA 3TG1A 4BZNA 5A54A 3Q2JA 3KQ7A 5A14A 5EI2A 3QUPA 4O82A 3OWKA 3P9JA 4MBLA 3Q32A 2YABA 3R8MA 3ZFMA 3UBDA 4TWCA 3UC3A 3I6WA 1M2RA 1IA8A 3D7TB 2XNGA 3C0HA 2FSLX 4R8QA 5CU3A 4AW2A 2PUPA 4FKQA 4IMYA 1Q97A 1WBOA 3C5UA 2ZYBA 2XKCA 4ZTRA 4JI9A 2Z02A 2CDZA 4R5SA 4UMTA 1PYXA 2JDVA 4PV0A 2J0JA 1YRPA 4WKQA 5K9IA 2YJSA 5AP0A 4I1ZA 2PK9A 4E3CA 2UVZA 2WPAA 5E91A 2GQGA 2XVDA 3EFWA 3FBVA 4IWPA 4YJNA 3ODYX 4F9BA 2OIDA 4BCFA 5GNKA 2PVMA 3A4OX 2AYPA 3WF5A 4TW9A 1OUYA 2FSOX 4N0SA 4G3FA 3CR0A 1J1CA 2NO3A 4NKAA 5TO8A 3HKOA 1NY3A 5J5SA 5AAFA 3A61A 4BBMA 4ERWA 1YHWA 3L8XA 4AGUA 5J5TA 2QKWB 3ZSHA 4DEAA 3SAYA 4KIPA 2R3OA 4MXAA 4XNEA 4EH8A 2CPKE 3RCJA 3TACA 4EK8A 3DOGA 5CEQA 5KE0A 2E9PA 3LAUA 3TJCA 3Q6WA 1Q8UA 2XRWA 4FX3A 4II5A 4BCQA 3KMMA 4JAIA 4DGMA 2GSFA 2OFVA 2OXDA 4NJ3A 2OXYA 3QUEA 3IDBA 2ITPA 4YJPA 4G6OA 4JBPA 1XBCA 5CQWA 5DT0A 1R39A 3QALE 4FGRA 2B9FA 2Y8OA 4IVDA 4AOIA 4ITHA 4JXFA 2JDRA 4ZJIA 2BR1A 3R9HA 3UO6A 4H1JA 4UMQA 4CQGA 4AWIA 2WIHA 3A8WA 4GT5A 2PVLA 3I5NA 3L8SA 3UQGA 3M11A 2XBAA 3VS0A 3BV3A 1Q8TA 2NPQA 4TTHB 4CEGA 2X4FA 4CD0A 4Q5EA 4A4LA 4YC8A 1OUKA 3VQUA 5H9BA 1P14A 2XCKA 4FTOA 3GB2A 3NR9A 5TF9A 1H00A 1J3HA 4CFFA 4AN3A 3FZPA 3AD4A 3OY1A 2QURA 2XK7A 2F2UA 3M1SA 3PY3A 4U8ZA 5FDPA 3OZ6A 3W33A 3HDMA 5AUXA 5H8EA 3R71A 5EW8A 4H05A 1JSTA 5FEQA 2E9OA 2OO8X 4FV7A 4B4LA 4DGNA 4CVAA 1PXLA 3I81A 4JBOA 4AZWA 5D7AA 3PY0A 5HLPA 1URWA 2RFSA 4AGWA 2IWIA 5CWZA 2XM9A 3BLQA 1SVHA 2PWLA 4U40A 3RALA 3EQGA 5HO8A 5ANOA 2R64A 4ZTQA 3SVVA 3GU4A 4MF0A 5DOSA 4BI0A 5CT0A 4FBXA 4QTCA 4FR4A 4EHEA 5EKNA 1VJYA 2VTHA 4HPUE 4LV8A 2YZLA 2RFNA 4GT4A 3D5UA 4WIHA 3DV3A 4KB8A 1V0PA 5FBNC 5M44A 1Q61A 2E9NA 1O6LA 2C1AA 4ZP5A 3ZSGA 4BKZA 4BN1A 4FTMA 4I24A 5AP2A 3R0TA 5EHLA 3T3UA 3VBXA 5IQDA 2J5EA 1PKGA 4F64A 2O2UA 3W2SA 5CVHA 5M09A 2JKOA 4AFEA 4CFUA 1Q8ZA 3FLZA 2H6DA 2WFYA 4DFBA 1WFCA 2PULA 1M52A 1PXPA 4IX6A 4BVUA 3ZC5A 4D55A 1JSUA 4EOPA 2I0VA 3ZRKA 5EM6A 1IASA 2H9VA 4YNOA 2CSNA 4FKSA 3PY1A 5HVYA 4D1XA 3U6IA 2B9JA 4C59A 3D9VA 2ITZA 4ZEGA 4C58A 3BBWA 4HCUA 3K5VA 4ZLYA 5CAVA 3EQRA 5J8IA 4WT6A 3JXWA 5EW9A 5DYJA 3OCGA 5DIAA 1DI9A 3TZMA 5JN2A 3MFUA 5IKWA 5T3QA 2QOKA 3W2RA 4AF3A 1YDRE 2EU9A 3A7FA 5EW3A 1E9HA 3FXXA 1YWNA 3DPKA 4M15A 4IDTA 3ID6C 2QVSE 3ETAA 3HX4A 1O6YA 4GG5A 4H39A 2W06A 4EOLA 3Q4ZA 4CT1A 4IVBA 3OFMA 4J95A 3VAPA 5GJGA 5HBJA 3FC2A 3C13A 5AUVA 3KN5A 3TTIA 3W2QA 5JZJA 3FXWA 3E8DA 3RAHA 1J7LA 1WAKA 3MJ1A 3H4JA 4S34A 4O7VA 3RPVA 3NUAA 4EI4A 3EN4A 4FUXA 1S9JA 4HYHA 3KEXA 2WAJA 3PJ2A 2ZM4A 3SRVB 5DFPA 4GIIA 5AP3A 3NUNA 2PYWA 2VRXA 4DA5A 2REIA 4J71A 2YN8A 4TN6A 2VO0A 3PRFA 3EKNA 1ZOHA 4TYEA 3R9RA 3D15A 4RJ3A 1Y8GA 2OGVA 3DLZA 4PWNA 5DR2A 4RJ6A 2YISA 1GIIA 4DN5A 4NWMA 3WIKA 5M4CA 4XLVA 2CHLA 2W05A 3NYVA 5HNBA 3P0MA 3QRUA 2UZEA 4PF4A 2O3PA 3H9OA 4ZZOA 4I92A 4I21A 4AE6A 2C6TA 4I6HA 3RM6A 2H34A 3H0ZA 4LL0A 2YCRA 3R21A 3ZXTA 4C34A 2VTPA 4D1SA 5KHXA 3DB8A 3KN6A 4LM5A 3TUCA 3LZBA 4OBQA 1XR1A 5H8GA 5I9VA 5CEKA 2C1BA 4ZK5A 3HMPA 3MPTA 4GJ3A 1FOTA 4XH6A 4EYMA 4QMYA 4EH9A 1I09A 3F6XA 4U42A 2OIQA 3JVRA 4HYSA 3V8WA 4R1YA 5JFWA 4RWJA 3MH1A 5EHOA 2VX1A 3PZHA 4U41A 4M84A 3LJ2A 3GFWA 3IDPA 1UVRA 2XYNA 2OZAB 5LOHA 4OT6A 4ANSA 4U0IA 1JOWB 4QP7A 2VUWA 2VWXA 5BPYA 2G1TA 1WBWA 5J79A 3UPXA 5LCJA 1JKKA 3W55A 3OD6X 3KU2A 1GIHA 2Z8CA 4PTCA 2GS7A 4C3PA 3DNEA 3BYVA 3QC4A 4EK4A 3DKGA 5JSMA 4MNEA 1UU7A 3BEAA 3COKA 3NCZA 5CZIA 3Q5IA 3RPYA 2UW3A 4XOZA 4XRJA 1V0BA 5KKRC 3GCUA 3ZHPC 2CN8A 3V6RA 2ITVA 2PVJA 4RX8A 5DBXA 4GK4A 3ZC6A 1KV1A 2RG5A 4BR3A 3DK3A 1U4DA 2X7GA 3UP7A 1FPUA 2WD1A 4DFXE 4FA2A 3KRRA 5D7VA 1XBBA 2HZIA 4MWHA 4RJ7A 4IH8A 3H10A 5JRSA 4F6WA 1OKWA 3U8WA 1JBPE 2CKEA 4M69B 5DN3A 4E1ZA 2BZHB 5FEEA 2VTJA 3G9LX 3BQRA 1OL5A 1I44A 3LM5A 4L45A 4O1OA 4RMZA 4XMOA 4D9UA 3PJ3A 5DEYA 2X2MA 3QKMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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