5JVGL

The large ribosomal subunit from deinococcus radiodurans in complex with avilamycin
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jvgL01
2OTLN 5GAGP 3CPWM 3CD6N 2ZJRL 1YITN 1VQ5N 5H1SQ 3CCJN 5JVHL 1M1KO 1YJ9N 2OTJN 1Q7YO 1VQLN 3CCLN 3CCSN 3CXCM 3I55N 4IOCL 1VQNN 3PIPL 3PIOL 1M90O 1YHQN 1VQMN 1VQKN 3CC4N 3CCMN 1S72N 5GAHP 1YJNN 5DM7L 1K8AO 4WCEL 1K9MO 4WFAL 1W2BM 4IO9L 3CCEN 3I56N 3CMAN 3J7ZO 3CCUN 5HL7L 1Q86O 4WFNL 3G4SN 1QVGM 1VQPN 1VQ8N 1YIJN 1VQON 1VQ4N 5MLCQ 2QA4N 5DM6L 1K73O 3G6EN 1YI2N 1Q81O 3CC2N 3CC7N 3DLLL 4IOAL 5GAEP 4WFBL 2ZJQL 1Q82O 3CF5L 1OVYA 3OW2M 1KQSM 4U67L 1NJIO 1YJWN 1VQ6N 1VQ7N 1JJ2M 5JVGL 1QVFM 1KD1O 1KC8O 3CMEN 3CCRN 5GADP 2QEXN 4UY8O 1VQ9N 3CCQN 1ILYA 3CCVN 3G71N 4WF9L 2ZJPL 1N8RO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OTLN 3CPWM 5AQTA 3RMAA 2FLOA 5A2QO 4DUYK 1ZBSA 4R79A 1HNVA 1YVNA 4KH6A 4BREA 1XHZA 4UQGA 1OH6A 3OYAA 4M3WA 3B8AX 5JVHL 3THVA 4CJ3A 1DGKN 4O0JA 3RSEA 3M5RA 3T1HK 3P4IA 3MN6A 4IG3A 5HRPA 3CXCM 3CCSN 3I55N 2DY4A 3RR8A 1VSLA 1NGIA 5ELZA 4DKWA 2NLXA 1IBLK 3LDOA 4NCAA 2BUPA 1H1VA 5AZJB 5KPRA 3D2EB 4B1XB 3CCMN 4XH4A 4C8MA 3MXIA 3PX4A 1RBSA 2Q0RA 3KK3A 3U9ZA 4IEEA 4BQLA 3HP6A 4JI1K 4CGDA 4BY9C 3WXLA 5C24A 3VPZA 4AHTA 3EY1A 1BWFO 2RHKA 4PL7A 1GOBA 3QIOA 2P9SB 2O4IA 2O8EA 1SQKA 3R1XA 4CFAA 4KHPK 4ELVA 1SL2A 1QSSA 4BR4A 4FWLA 1HRHA 2DTUA 2ATQA 1MA9B 1S22A 3KTQA 1XHXA 2E4LA 3UB5A 5CE3A 2P9LA 3ZT4A 3GE1A 2O8CB 2ITGA 1Y97A 3ZSOA 1IKXA 1KVAA 5BRHA 4ID5A 4DTUA 2P9NA 4KKOA 4FLVA 1SL0A 4DV2K 3TAPA 3K58A 4DR7K 5HROA 1JLFA 3O4WA 3C95A 4HCBA 2X78A 2Q3SA 2F4VK 3AVGA 3M6GA 3TAFA 3PO5A 3P31A 4A5AA 2D0OA 1VSIA 4W5QA 4JEPA 3Q7BA 4WYBA 3G0ZA 1BISA 3HVRA 4JKGA 2KHOA 2GUPA 3OBWA 3OYLA 3KHYA 2D0PA 1DTTA 3PUFA 4BROA 3ZETA 1JXBA 3QESA 1J5EK 3FGUA 1KFSA 3BDPA 2YCHA 3OJSA 4FJGA 5J1EA 4F8RA 5AFUA 2FSNA 1DT9A 4FZXC 1D4XA 1QHTA 1SV5A 3AY9A 2A1SA 4CF9A 4DHYA 3VQ7A 3NGZA 4C23A 4DTMA 4KV8A 1XWLA 1J5OA 3CFPA 2IS3A 5BN9A 2P5OA 3OYIA 3JAMO 3LWLA 1WSEA 4A59A 2D4WA 1VQNN 1BQNA 3HI0A 2PYJA 4B3OA 4M3XA 2UU9K 1L3TA 1A5VA 4Z4IA 2VGNA 1U4BA 4CK2A 4B3SK 1R0AA 1J54A 3LM9A 3OYNA 1E4FT 5AQGA 3I0SA 4DQQA 4CEEA 1D8YA 2E1ZA 1NK8A 4H03B 1BIZA 1C0FA 4LF8K 4CJPA 4BG8A 4DS5A 3CHWA 5KPTA 3J7ZO 3CCUN 5HL7L 1L3UA 1ASUA 4CJWA 3OHRA 1RDDA 3HP9A 4K43A 1LAVA 2KFZA 4YOWA 4GW6A 1DTQA 1EP4A 4FM1A 3FR0A 5BR8K 1YI2N 4FYDA 3HVTA 2DFHA 1V4TA 3IG1A 3S3OA 4N41A 3QBWA 2HNYA 4X62K 3H1VX 4BC5A 2P9UA 2FSKA 4BRDA 3RRHA 3DXMA 5ADXA 2X6SA 5JVGL 1QVFM 4XH1A 1NJWA 3OYCA 3WUHA 1WB9A 3R6MA 3HK2A 4JKDA 1RNHA 1U2VA 4XIUA 4FLWA 4CHOA 3H3OB 4JRQA 1KSPA 5EXWA 3VQDA 3ISNC 1GLJO 5GAGP 1IKYA 3TAGA 1EQYA 1N8RO 2IIRA 1WAFA 4FZZA 3KLEA 3U3GA 4JS4A 3IAYA 3GDQA 3JXUA 2BDPA 4BRCA 1YAGA 3DWLA 5KRTA 3BEXA 1BU6O 4Y0WA 4GMJB 4BC2A 1NGHA 2FSJA 5CZ1A 2HHTA 5HRSA 3FZMA 3NF8A 4WE1A 4OKJA 2X74A 4RW4A 1TVRA 2A40A 4WQ4A 2KLAA 3SCXA 1XC9A 1WOQA 1GLLO 4OJRA 1T7PA 5GAHP 2FBYA 2Q97A 1XQSC 1RFQA 1K8KB 3SAFA 1S1WA 3SJHA 1X3MA 1BIUA 3DRRA 1W2BM 4BR7A 3H46O 3QFPA 3I56N 3DLGA 4DR5K 4ELUA 3ITHA 2NRVA 4JK8A 3K59A 1KTQA 4CHQA 3K57A 4DV4K 1KAXA 1P8ZA 4E3SA 3SQ0A 3H3NO 4BGBA 3ZCMA 3ZT3A 4AHRA 1SKSA 3CPEA 3VEYA 5JLFA 1N34K 3VERA 2AP1A 3AAPA 3ZX0A 3SBGA 3B6OA 5AQOA 2B6AA 1IO2A 3KWGA 3HJFA 4KHNA 1E3MA 3E9OA 1WSHA 2P1JA 3OW2M 2HB5A 2E20A 4U67L 1YJWN 3ZSXA 4XEIA 4H5VA 2CGJA 1W9HA 5K14A 4ISGA 2HBKA 3D0PA 3J81O 3MXJA 1VSJA 3EKSA 1WSJA 5BR9A 1X9WA 2FBTA 4X66K 1NMDA 4B3RK 4BC4A 5EVZA 4AILC 4Q5VA 4CEAA 4UY8O 1TKTA 3O1BA 1QQCA 3K9JA 4FO0A 3IFRA 3LZIA 2HHVA 3ZT2A 2HBJA 2YJFA 4DTNA 5AJ3K 4J2DA 4JRPA 2HHWA 4OPAA 4IBNA 3THWA 4FLYA 1GLFO 4CIEA 3EZWA 3WXMB 1GLEG 2QWNA 4FJLA 4M3YA 1C0UA 1CXUA 2RE2A 3WNHA 5HOOA 1L3SA 3HL8A 2HBMA 3DYAA 5SWMA 4YOUA 1UAXA 2W6LA 3QBXA 4DSIA 2OTJN 3CJ7A 4CF8A 1WAJA 3TPQA 5M1KA 4HVJA 2UUCK 2WTUA 3J8AA 4O0IA 1C1BA 2IGIA 5C25A 1NLVA 2F96A 3NFAA 4BDPA 1S1XA 1Z26A 4CEBA 3TAMA 5AQMA 2JWKA 4CHNA 1YJNN 4Z4CA 2QWOA 1EXQA 3A8YA 3EEQA 1CZBA 3L4IA 2HW3A 3DRSA 1NGJA 3CMAN 3WXJA 4DR2K 1GLCG 4OKEA 4RTFD 4CEDA 3MEGA 1DEJA 2VCPA 2Z1JA 4M63C 3O6WA 4Y1DA 1TAQA 1WSFA 2D0BA 1UA1A 3NH0A 1VQON 3V9UA 4MDBA 1RTDA 4L8RB 3QEIA 1JCFA 3V9ZA 2NRHA 3O9RA 4FWPA 3LALA 1VRUA 5J2QA 3OYMA 1E4GT 3K5MA 3SUNA 1S6QA 4JS5A 3ATUA 1Q82O 2R7YA 3UIQA 3AARA 2BANA 2IVNA 3F9KA 4E7IA 1U45A 3VQEA 3EN9A 3O08A 3R8EA 4BC3A 3KD1E 1KCFA 3L2WA 2BH1A 1KD1O 1KC8O 1C0MA 5GADP 1VQ9N 3PV8A 3ID6A 2ASPA 3VENA 3WQUA 4FCYA 3BZKA 2JWLA 3UKUB 5FRMA 1TK0A 3SPZA 1D9DA 1NGGA 4K8XA 3KKSA 1X3NA 2KQ2A 2E2QA 3CERA 3LP1A 4DV5K 2O8DA 4WQ5A 3CCJN 3G10A 1ESVA 4BR5A 4J2EA 4YOXA 1YJ9N 4BDZA 1RBUA 1HPMA 4JK9A 4HCCA 4B9MA 2YNGA 1NGAA 1JKHA 3AAQA 2G8FA 3ZX2A 3AVLA 1SAZA 3UKRA 4W5TA 4RW9A 3LWMA 4DR1K 1U48A 4BGAA 1IG9A 1FXXA 4DTRA 4Z4HA 3V6DA 4B9QA 1FK9A 2PFUA 4PHTX 3VQAA 3LZJA 4ISFA 4L3QA 2KZMA 3T19A 3T3FA 5FDLA 4DV6K 3F5TA 4CJFA 4I7FA 3W3DA 4HTLA 4EIAA 2V7YA 3NAEA 4K41A 3KLFA 3THXA 3HTVA 4LSNA 1NGBA 2NZTA 2WONA 4QCLA 3RSEB 3OS2A 2FF3B 4OO1J 1HYVA 1S5JA 5C2FA 1RT5A 4B3TK 3C7NA 3MK6A 4CJKA 1ZBHA 3RMCA 2Q0UA 4JHDB 3D2EA 1SKWA 1D9FA 1I39A 5T7BA 4BRNA 1VQ7N 2WOMA 4DQPA 4E7LA 4FK4A 5E41A 4PQUA 4Y1CA 3QEVA 5D3GA 3K5LA 4KI4A 3I8DA 4OPJA 4CGIA 4GV6A 3H08A 1IKWA 1ASVA 2P9SA 2Y1JA 4LC9B 3VETA 2HHQA 4HUGA 3P1GA 2G8WA 3W0LA 3F73A 4F3TA 3BF3A 4FZYA 3CYMA 3VEXA 3HPGA 4I9LA 4PKHA 1HNWK 3L3VA 5JS2A 5JICA 1VAZA 3S41A 3AGRA 4IKFA 3V4IA 4HTUA 2P9NB 3AO3A 3SAHA 3HSTB 1HNZK 3AVCA 3KK1A 5F2RA 3V1RA 3DOLA 2NUBA 2P51A 3C6HA 3LDPA 4IZ9A 4O8UA 3CJAA 3IS9A 2DPNA 4KHYA 5F1XA 1S72N 2OCEA 5KGXA 4YORA 4CBWA 2GV9A 1KFDA 2BGGA 2HF4A 2HBLA 2QXLA 3SYZA 1RBTA 4WFAL 1BHLA 1OKJA 4IDHA 2XY6A 3TU5A 5I3UA 3GOIA 3LPTA 1TL1A 1L3VA 3AVHA 3LANA 4CESA 4DU3A 1DLOA 4KH4A 4O8KA 4X64K 1SKRA 4FJIA 3J80O 1NU0A 3G4SN 3MN9A 3HRGA 3E01A 3QINA 3RTVA 4B9UA 3RMBA 3K5OA 3TTCA 3ASMA 1Z6RA 2P9IB 1ITGA 3T7ZA 2E2PA 4FW1A 4DB3A 3HZ6A 3PX0A 4DTXA 3QEWA 4BRAA 4CF1A 1MU2A 3AO2A 4EFHA 4DQRA 2F9WA 4H5RA 4KI6A 3TR8A 5LMUK 2OZMA 1GOAA 5C10A 4EHUA 4Z4FA 4GKKK 1JCEA 3O4QA 1YTUA 4J2AA 2E2NA 2ZJPL 1T8EA 3CC2N 3M8SA 2B4JA 3SLCA 2OA8A 4BRHA 4DR4K 3S3MA 3GBTA 3WXKA 1NJXA 1CLQA 1NGEA 3ZYYX 4CJUA 4DSFA 2F9TA 1QQOA 4FPAA 2HVHA 3MXMA 3TARA 1M1KO 3ZSRA 2I7NA 4IFEA 3MN7A 1JL1A 4LF6K 1Q7YO 4H5NA 2VG5A 1I94K 4KTQA 1S1UA 2XRIA 3OYKA 4IOCL 3HBTA 4CZIA 2P9LB 2QWPA 3FZKA 4E0DA 2ASOA 3UKRB 4U7BA 3AA3A 2HF3A 3A5NC 4BVOA 3WT0A 1WN7A 1XMQK 3O4NA 4DU4A 1KLMA 3VF2A 4FJNA 2FC0A 1GLAG 3CI5A 4C1NI 4NO7A 3U8XA 4JI7K 2YNFA 2UUBK 2HNZA 4FJ5A 4GNIA 5BRDA 2OPSA 1WBBA 4I9QA 1A5XA 3EO3A 3THXB 2P9KA 5BRFA 4DSEA 4DQSA 4AM7A 4ID1A 5B8HA 4CF2A 2VWKA 4DTSA 4FPBA 3IUCA 4F4KA 3NCIA 3EZ5A 4A5BA 1W97L 3MN5A 5C2DA 5DM6L 1XNQK 1VSDA 2A3ZA 5FRNA 1NBWA 5EOYA 3FFIA 3FZLA 1RDAA 2P5GA 4GVMA 2IDOA 2ZWHA 3LPUA 3VQBA 5HBMA 4O44A 4DSKA 2E8AA 1NM1A 4JKHA 2XHBA 1NJIO 4AQYK 3WQTA 1BDGA 1Q9XA 3NBPA 2IVOA 2NRZA 3AO5A 5AQIA 3LDQA 3CMEN 4RW6A 3O8MA 3BY5A 3CCRN 3VGMA 2QEXN 4DV7K 5J2NA 5AQQA 3U9DA 4BE1A 4EZ9A 2BTFA 4Z0UA 3SMSA 1BG3A 1TYQB 1JLAA 3OJUA 1VK0A 2YHYA 3I8BA 1ZBUA 2A6AA 5CHIA 4IDKA 1JCGA 1RDUA 5HP1A 3FFKB 1NKBA 1BCOA 4BDYA 3TTFA 3SBTA 3AVBA 2EHGA 2NRXA 4BRFA 4EP5A 4CGJA 1WNSA 3CCLN 1TGOA 4B9NA 3SQ1A 4I2PA 5AR0A 3C65A 4FVUA 2HMPA 5HRNA 1JLGA 2QW9A 1YF5L 3SI6A 4DG1A 1VQKN 4DR6K 5BPNA 4IJAA 1T3VA 4CFDA 3L3UA 1NWKA 3V9WA 2HHUA 1YUWA 2YHWA 1QTMA 1FW6A 5E26A 3MEEA 4B8CA 4B9VA 2OZSA 3K9KA 4CJ7A 4B1ZA 2GELA 3RRGA 3M1FA 3E9LA 3AV9A 5LMNK 1L5UA 2E2OA 1B9FA 3BZCA 3L4QA 3QEXA 1WSIA 3NMUA 4CJQA 4BRPA 4WFNL 3A5MC 1KVBA 1KAZA 2WC9A 1X9SA 1VQPN 4G9ZA 5HLFA 4IG0A 4DFJA 2P9PA 4M3ZA 2GX9A 2YKNA 1KAYA 3AVFA 4CFBA 2AA4A 1VSFA 3D2FB 4LH4A 3E1YA 4BWJA 4YOVA 3SV4A 1MWKA 1D5AA 2JGUA 5AQJA 4CZKA 4FJXA 1Z25A 1O13A 5AQNA 1VQ6N 1JJ2M 3S3NA 4CJEA 3VQ4A 3KK7A 3SZ2A 3EKUA 4JKBA 5KQ8A 2O8BB 3DLBA 4CZFA 2OYQA 3CFOA 4CBUA 3TSPA 4H0TB 4E7HA 4KHSA 4FWSA 4DF4A 1FJGK 4DFMA 3SUQA 3BGRA 1ASWA 2W40A 3C0BA 2RKIA 4MFBA 4CBXA 3LL3A 3NF6A 1ZC6A 1YITN 4PKGA 4KHQA 4C8LA 4ZHRA 4IEIA 2FF6A 3QFUA 5AQPA 2NRTA 3QICA 5EU7A 1T6CA 3PLAA 1C1CA 4Z4GA 1NGFA 1Z05A 5C42A 4CZJA 1VQLN 1TKXA 4DWIA 2JLEA 3NVKA 4MDAA 2O4GA 4C1NK 5JMVA 2HOEA 1EWQA 3C6TA 1M90O 1G15A 1RT4A 3WEEA 3VQ5A 4FLZA 2ASMA 3E9PA 4JI0K 2Q1NA 1LW0A 3KLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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