5JVGL

The large ribosomal subunit from deinococcus radiodurans in complex with avilamycin
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 19
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jvgL01
5MLCQ 1YJ9N 1YITN 3CCSN 1YJNN 4UY8O 1Q7YO 3CCRN 4IOCL 5HL7L 1VQ8N 4WF9L 3CCMN 5GAGP 3PIOL 3PIPL 1VQ4N 5JVHL 1QVGM 1VQLN 1VQ6N 1KD1O 3CCUN 5JVGL 3CXCM 5DM7L 3CMEN 2QA4N 1M1KO 1NJIO 2ZJQL 1YJWN 1VQ9N 5DM6L 3I55N 2ZJPL 1YHQN 1Q82O 1M90O 1W2BM 1N8RO 3G6EN 1YI2N 1VQ5N 1VQKN 1K9MO 5GADP 5H1SQ 3CPWM 1K73O 1Q86O 3J7ZO 3CD6N 4WFNL 3G4SN 3CCQN 2QEXN 4U67L 4WFAL 1KQSM 4WCEL 1KC8O 5GAEP 4IOAL 1ILYA 1S72N 1VQMN 3DLLL 3CMAN 3CCEN 2ZJRL 1VQNN 2OTJN 1Q81O 1VQ7N 1JJ2M 3CF5L 1OVYA 3CC2N 3CCLN 2OTLN 3OW2M 3CCJN 4WFBL 3CCVN 3G71N 3CC4N 1VQPN 3I56N 1QVFM 3CC7N 5GAHP 4IO9L 1VQON 1K8AO 1YIJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QERA 4G1QA 1YJ9N 1GLFO 1YF5L 1CZ9A 2O8CA 1YITN 4AHUA 5AQNA 4XH4A 2NLXA 5D3GA 2FSJA 1DT9A 4B1VA 5AQTA 3OYKA 4BE0A 3D6RA 4DV4K 4ELTA 4DR4K 1ASVA 3OBYA 4ZTJA 2LSNA 2HNYA 4FZZA 1T05A 1BI4A 4E89A 4OLAA 1N34K 3JSMA 4OKJA 4C1NK 4FLYA 4DV7K 1RT6A 4B9UA 4JS5A 1NJWA 3F5TA 5CZ1A 1SL0A 3LALA 5FPEA 3UE5A 4ISEA 1ZBFA 4OPKA 4JN4A 3J7AP 3U9ZA 1NWKA 4CFCA 4NLCA 4BY9C 4DTPA 2P9UA 2R7YA 4BDYA 2V7YA 3K5LA 4CJWA 5CY4A 3QICA 1QQNA 1W97L 4MO4A 4B1YB 4CZGA 1BUPA 4CHPA 2HNDA 3PY8A 1TKZA 1GLAG 2J4RA 4R79A 3IRXA 4B9TA 3FE1A 4DCHA 4K8ZA 1YT3A 3KIOA 3CFPA 2X74A 3HVRA 3BF1A 4ILHA 1KTQA 1GLCG 3SAFA 5AQFA 1RDDA 3EKSA 4WE1A 3T19A 3WEEA 3VA0A 1K73O 4H5RA 1MDUB 1NGBA 3CCQN 5BN9A 2HB5A 3QINA 4BR5A 1HPZA 4FJ7A 3VGLA 3WQUA 4IOAL 4FWNA 2VQEK 2FBYA 4Q5VA 4Z94A 1T44A 3HP9A 3O9TA 4ELUA 3CYMA 4CECA 2VG5A 3F9MA 3VF4A 3VQBA 1VRUA 2RN2A 4EAHD 2QW9A 4Y1CA 3O08A 2G8WA 4KFBA 4B1WB 1VQPN 4W5QA 3CI5A 4OKEA 2OPPA 3MWTA 1LW2A 1L3TA 5C0YA 4FVMA 4B3OA 3CJCA 4CF1A 4JKCA 2VQFK 3AO5A 3KLHA 5AQMA 1NK9A 4KREA 3K9JA 3ASMA 3IUCA 3O9UA 4I7FA 1J54A 4OGCA 4BRLA 3WNHA 1U45A 4BVPA 4JKHA 4BRMA 3I8DA 3M8PA 1VRTA 4CCHA 4EP5A 1L5UA 1IKVA 1NKEA 3DM2A 5M1QA 3SQ0A 3V9SA 4DHYA 3KK7A 1XMQK 2KFZA 1XHXA 3LANA 4FWKA 5AQQA 4HTLA 1SL2A 2UYTA 4N5SA 4FLUA 3UKRA 2FSNA 2Q36A 1T03A 2AA4A 1KAZA 2ZGYA 3IAYA 1WAFA 2PZSA 2OA8A 4O8KA 4LD0A 4IFYA 1HR0K 1REVA 1Z6RA 4B3MK 2ZJPL 4ID1A 2YNHA 1QQOA 3C94A 4F9OA 3O8MA 4BGBA 1N8RO 4O0JA 3VA3A 3ID6A 3RSEB 1CLQA 3CJ1A 3K5OA 4FJGA 1BISA 2IVOA 2HHQA 4OPAA 2I7PA 4B1ZA 4YFUA 3G10A 2KZZA 3MX5A 1IO2A 1DLOA 3NH1A 4YDUC 3JXUA 4CZMA 3CD6N 4I6MB 1FKPA 3F9KA 1FW6A 3AO1A 4M45A 1U4BA 5T7BA 4FJHA 3GBTA 2QWPA 1BIUA 4CFBA 1ATNA 4H4OA 2F8SA 3G25A 3WNGA 3THXB 2JWLA 4M42A 4DS5A 1YVNA 2PBDA 3VTHA 4CEEA 4KHQA 3AARA 1WSFA 4DV1K 4DSFA 4JRQA 2KZMA 2Q3SA 1ZC6A 3N4QA 5BRFA 1U48A 3GDQA 5FRMA 1QQCA 4OPHA 3R3LA 1QZ6A 2G8HA 1NGEA 4W5RA 2A1SA 1RTHA 3A5OC 3MXMA 4BDPA 3LAMA 4HTUA 3QFUA 1EKEA 3AVAA 3I0SA 3D2EA 4FPBA 3VQ9A 3WNEA 4C23A 1ATRA 2YHXA 5F1XA 3FR0A 3M5RA 3JYTA 1S6QA 1LV5A 4BE2A 5M1PA 4FWRA 3ZT4A 3RMBA 4JD2A 2VCPA 2DY4A 4CK3A 4FYDA 2YKMA 1RDCA 4DTOA 4ID5A 1RBRA 4AHTA 1EX4A 1IBMK 4MO5A 1LOTB 2E2PA 3AVBA 4DQRA 3HOTA 4A5BA 4M3RA 4ZHRA 3THVA 1W7AA 3UKUA 3EKUA 1VQ8N 4DUZK 3CJAA 3SBTA 4H0VB 2F8TA 1VSEA 4ILJA 4KKOA 5BREA 1VQ4N 4BWMA 3P1GA 2YJEA 3SQ2A 4AM7A 4BREA 3ZSYA 5ADXA 4BACA 3QNNA 2O8CB 1Q9XA 2EX3A 3SV3A 3NCIA 5DM7L 2O8FA 5A2QO 3E9OA 1QTMA 4DF4A 4AHVA 1TKDA 1RT4A 3BDPA 3MAQA 3PO5A 1S1VA 1KXPA 4CI6A 3T1YK 2Z1GA 1WB9A 3KLEA 1U2VA 1YAGA 5AZJA 4Z4CA 1IKYA 4NCGA 3LP2A 2YHBA 4PA1A 1V4TA 4N47A 5F0XA 5AQHA 3AVMA 3GE1A 3AO2A 1HQEA 2NRRA 3L3VA 3NE6A 5HP1A 2IDOA 2P9UB 4BRFA 2YI1A 2IGIA 4KI6A 3CQYA 2Y1JA 1C1CA 5CYQA 3TR8A 3AA5X 3TABA 1HPMA 3HXMA 3CFOA 3DAWA 4EHUA 2IOCA 4LSNA 4MLHA 3CJ9A 4H5NA 1YTUA 3KK3A 4KHSA 4FJNA 4BRQA 3AY9A 2KW4A 3WEEB 4DR6K 4DMNA 5FRNA 4W5TA 1QQMA 1E4GT 3CC4N 1RDUA 3O5BA 1JXBA 3QEPA 3M3ZA 2GEMA 4JI4K 4BRIA 3NDKA 4BRCA 2QXFA 3MN6A 1TKTA 4FM0A 3BGRA 1BIZA 3KLFA 3OYNA 1NU0A 3ZX2A 4DTMA 4NCAA 2F4VK 5KPTA 4KB0A 3L4IA 5HRPA 3LDSA 2KKZA 4DTJA 1VAZA 3DOLA 4DLEA 3PSFA 3L2WA 1IV0A 5M1FA 1QVGM 3HM8A 4KTZA 4AHRA 3KKRA 2E6MA 1MWMA 2XO7A 4OO1J 1EETA 3G0ZA 3MEEA 5GIOA 3K57A 3FZKA 3OYBA 4B3SK 1QHAA 4IDHA 4QS9A 5BRDA 3WT0A 1KCFA 3LM9A 1TK8A 3HO1A 2FSKA 1G99A 3C7NA 3O80A 3R8EA 2GX9A 4ISFA 3RVCA 3UKRB 4GVEA 1VQ5N 4JI5K 1A5WA 2NRWA 3DRPA 3OS2A 1VSIA 4AILC 4DV3K 3C6TA 4DTRA 3V9UA 5GADP 4FJIA 2QEXN 1T7PA 4M3XA 4HCBA 4FJKA 3V4IA 3N4PA 3HJFA 5K14A 2X6NA 3MXJA 4EIAA 5AQLA 3SCXA 1UA0A 4IG0A 1WAJA 3VF2A 4CJPA 3VQ4A 5KQ8A 4HCCA 3S3NA 1EO1A 4R5PA 3O3FA 3U6FA 4LH4A 3LP0A 1HYVA 5E41A 1XC9A 4JKBA 1IJJA 4FOIA 4DF8A 4CGIA 3QEIA 1X1PA 4JI7K 3I33A 2YJFA 4NXMK 4FWMA 1JLQA 4KI4A 2P51A 3VOVA 3CC7N 3VEXA 3FZLA 1W0HA 3TWHA 4FLWA 4FM2A 4BRDA 2YV0X 2NRTA 1MU2A 3JAMO 4O0IA 3VGMA 4JEPA 1RDAA 4IJAA 1RBUA 4CBWA 3AVFA 1KVBA 2D0OA 3D2EB 5AQGA 5AFUA 2Q2RA 2KFNA 4FL9A 5HLFA 1HX1A 1E3MA 3VEZA 3SNNA 4FJ5A 3P83D 3NBPA 1S5JA 2ZQBA 3L2RA 1TYQA 3D0PA 4JD2B 4NB4A 4BR0A 1NGFA 1RTDA 4BRHA 5JS2A 3L2QA 1RT5A 2FBVA 2O8EA 4CEZA 5GINA 2DTUA 2OZSA 1NNEA 4B9SA 3CCUN 1BOTO 4CK2A 3OS0A 3GOIA 4CIEA 4YORA 2QA4N 3UKUB 1VSLA 3C6HA 5EVZA 3THYA 4C8NA 2A6AA 3HYFA 3TAEA 4CZHA 3PX4A 4YDUA 1I94K 1XWLA 5EY4A 4CE9A 3DOKA 1Q18A 2P9KA 2O8FB 3HK2A 3CPEA 3R6MA 2O8BA 3KHYA 3RTVA 3RR7A 3TTDA 1OH8A 1YXQA 1XHZA 1NG9A 1K9MO 3L2UA 3EL2A 1Z25A 3ITHA 3MN5A 4RW7A 4FJMA 1U2VB 5AZJB 4K8XA 1QSLA 2XY5A 1NMDA 3LP1A 3C65A 3HSTB 1VK0A 1CZBA 1LAWA 4DTUA 4GKJK 1O1WA 1JL2A 1S72N 3LPTA 5AQKA 1XQSC 3SUQA 1VQNN 4CJ4A 2B6AA 3ZETA 1Q81O 1S1WA 3ISNC 4FLVA 3O4NA 1HLUA 3WXMB 1JLEA 4BR7A 4DR7K 4MLEA 5CYMA 2PYJA 2Q0UA 3TAFA 1W9HA 2F96A 3LZIA 3MEGA 4JLHA 4FW1A 3C0BA 3PX0A 1IG9A 3AO4A 2GUIA 2QTDA 3LAKA 4L3QA 4LF8K 4JK8A 1C0FA 4DQQA 4OKKA 4CEBA 3ATUA 3ZEUA 5BPNA 1YVUA 5AQPA 2A5XA 3A8YA 4DU4A 2ZF5O 5C24A 1C6VA 1S9GA 4ISGA 1BL3A 2UUAK 4OGEA 1SQKA 2HHUA 4F3OA 1SAZA 2D5RA 3CJBA 4RWTA 3QEVA 4E7KA 5EX5A 3IS9A 3HT3A 3L3UA 3CHWA 3C6UA 3IDHA 1NJZA 3TANA 3QESA 1JL1A 3EZWA 4KHYA 4H0OA 4CESA 3KVGA 4DV0K 3A0IX 2QWQA 3R9PA 2Q1NA 1J9AA 2WBNA 3WXIA 5EXWA 2OPQA 4K43A 1ZXOA 2BANA 5FDLA 4V19S 3QETA 1GLLO 5AQUA 2HF3A 4FK2A 1HRHA 4XH1A 2V51B 1FJGK 4CJQA 3EY1A 3OJSA 3ZT0A 4Z4EA 3K9KA 3SAGA 1MA9B 5KTQA 3HP6A 2HHVA 1LWFA 4YOVA 3C7NB 4GW6A 4CJSA 5LMNK 1OVQA 3VQ8A 1WSGA 2I7NA 4QS7A 4QCLA 3P38A 3AO3A 1L3UA 3VEVA 1NJYA 3S3OA 3MX2A 3HPHA 3EN9A 3F2KA 3ZYYX 3CCEN 4C8KA 3KD5E 4DV2K 3LZJA 1XNQK 2CGJA 3EE8A 1C0TA 4IZ9A 1NKBA 4WQ5A 1ITGA 5LL6Z 1HYSA 2YNFA 3MN7A 1WUAA 1HUXA 3AA4A 4XH5A 4YNQA 4E19A 1NGDA 3LPUA 2FBXA 3CCJN 4WFBL 2HMIA 3SJJA 4A2BA 1TUUA 2ETJA 4BRGA 2E2OA 5HRSA 3OYDA 2XY8A 4M3YA 1YTAA 4CF0A 3QNOA 1IBLK 4JS4A 2QM1A 3A5NC 1K8AO 4ELVA 3ULEA 1WSEA 4JKAA 4CD3A 3A5LC 5C25A 1HKCA 1Y64A 4LFCK 5B8HA 3FZHA 1TGOA 4KV8A 3QEXA 1NGJA 1T6CA 4H5TA 3V9XA 4DSEA 4Z4GA 1T8EA 4H0TB 4B9LA 2HVIA 4CEQA 3OYFA 4N41A 2AP1A 4CJRA 2QWNA 4K25A 5LJWA 3WXKA 3NF9A 4GV6A 2VGNA 4RW9A 1KSPA 1T6DA 2X78A 4FK0A 1X3NA 4X65K 4CZFA 3CM5A 4IXCA 1DGKN 4DQ8A 2D1KA 4JKGB 1O13A 5ADXH 1G15A 3DYAA 3O9QA 4H5VA 1M1KO 2VWBA 5J2QA 1YJWN 2G8VA 4O55A 1TYQB 4B3RK 4QS8A 1QE1A 2O8EB 2HVHA 3CM6A 4BVOA 4YOWA 2V7ZA 1C1AA 1KFDA 2NUBA 3H1QA 5KRSA 3U4LA 3TAPA 1BU6O 1XNRK 2GUPA 1BA1A 4DR2K 3THYB 4YOTA 4KBOA 4FWLA 1KFSA 2EWSA 4BC4A 3NF8A 4WFAL 1KQSM 4PKHA 3ZT2A 2P9KB 3LDQA 2O8BB 3VF6A 3OHRA 3CQ8A 2QK9A 4FLTA 5AQYA 2YHAA 1B9FA 1HNXK 1EWQA 1Z26A 2BTFA 3LM2A 5FPMA 1ZBUA 3FGUA 3M8QA 5I3UA 3IMXA 3ZX3A 4CZEA 2D4WA 4NCBA 1KLNA 3SI6A 2G8KA 3HPGA 1QVFM 5EU7A 3VQDA 1C0MA 4DTXA 3PUFA 1JCGA 1IBKK 3ZSVA 3ZETB 3ZX0A 3BY5A 5M1NA 1S9EA 5JLHA 4TSXA 1JLAA 1BDGA 4CJFA 3SQ1A 4A2AA 4F4KA 1TL1A 1BCOA 4A62A 1J5EK 2HBLA 4J2AA 4CJLA 3QIPA 2A1RA 1EXQA 4E7LA 4CHQA 3E01A 2XRIA 2NRHA 3WXLA 4IKFA 4CEOA 4JYAK 1GLBG 3D45A 5C2FA 4FVUA 1UAXA 3QDKA 2JLEA 3IFRA 3QFPA 4DU1A 4YOYA 4DV5K 1NOYA 4CHYA 2D0PA 3H46O 4JI1K 3ZEUB 3CXCM 1ESVA 4WQ4C 4I9QA 1GOCA 1ZBIA 3C95A 2ZJQL 2UU9K 1VQ9N 2YX6A 1KAYA 4L8RB 3FZFA 1X9JA 3OYHA 5JLFA 4KRFA 1VSHA 1J6ZA 4FK4A 4X62K 3THWA 4RG8A 3LDLA 2VYPA 1D5AA 4RW8A 5KQDA 4RTFD 1NGGA 4DKWA 4NLBA 4XIUA 3SPZA 3KTQA 3TSQA 3PV8A 3U3YA 1U6ZA 2YNGA 3TTCA 5CHIA 4E1NA 3EZ5A 3CPWM 2QI2A 4MDBA 3J7ZO 4KO0A 2ZM6K 1Y97A 4EZ9A 3H08A 4M41A 4EFHA 2IVNA 1A5XA 1BGXT 4HVJA 1IKWA 1I3AA 4FZXC 1RCHA 1VQMN 4AHSA 2D0CA 4YY3K 2H3GX 2P9SA 5BR9A 2IVPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QER A;  4G1Q A;  1YJ9 N;  1GLF O;  1YF5 L;  1CZ9 A;  2O8C A;  1YIT N;  4AHU A;  5AQN A;  4XH4 A;  2NLX A;  5D3G A;  2FSJ A;  1DT9 A;  4B1V A;  5AQT A;  3OYK A;  4BE0 A;  3D6R A;  4DV4 K;  4ELT A;  4DR4 K;  1ASV A;  3OBY A;  4ZTJ A;  2LSN A;  2HNY A;  4FZZ A;  1T05 A;  1BI4 A;  4E89 A;  4OLA A;  1N34 K;  3JSM A;  4OKJ A;  4C1N K;  4FLY A;  4DV7 K;  1RT6 A;  4B9U A;  4JS5 A;  1NJW A;  3F5T A;  5CZ1 A;  1SL0 A;  3LAL A;  5FPE A;  3UE5 A;  4ISE A;  1ZBF A;  4OPK A;  4JN4 A;  3J7A P;  3U9Z A;  1NWK A;  4CFC A;  4NLC A;  4BY9 C;  4DTP A;  2P9U A;  2R7Y A;  4BDY A;  2V7Y A;  3K5L A;  4CJW A;  5CY4 A;  3QIC A;  1QQN A;  1W97 L;  4MO4 A;  4B1Y B;  4CZG A;  1BUP A;  4CHP A;  2HND A;  3PY8 A;  1TKZ A;  1GLA G;  2J4R A;  4R79 A;  3IRX A;  4B9T A;  3FE1 A;  4DCH A;  4K8Z A;  1YT3 A;  3KIO A;  3CFP A;  2X74 A;  3HVR A;  3BF1 A;  4ILH A;  1KTQ A;  1GLC G;  3SAF A;  5AQF A;  1RDD A;  3EKS A;  4WE1 A;  3T19 A;  3WEE A;  3VA0 A;  1K73 O;  4H5R A;  1MDU B;  1NGB A;  3CCQ N;  5BN9 A;  2HB5 A;  3QIN A;  4BR5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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