The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Electron transport
|
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| total genus |
21
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-06-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5TIS Z; 4PJ0 Z; 3WU2 Z; 3A0H Z; 5GTH Z; 4UB6 Z; 4UB8 Z; 5B5E Z; 3A0B Z; 1S5L Z; 5KAF Z; 4IL6 Z; 5H2F Z; 5E79 Z; 3KZI Z; 5GTI Z; 2AXT Z; 5B66 Z; 3JCU Z; 5KAI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EZY A; 2VQF B; 1S77 D; 3ICX A; 2KSD A; 4NXM O; 4KHP B; 2R9R B; 4XDK A; 1THZ A; 4XBF A; 2H3O A; 3DSQ A; 2W0X A; 4LFC O; 4JZG A; 1QLE C; 3SPI A; 1AIL A; 1EBO A; 3WG7 B; 5CBF A; 2A06 H; 1R6T A; 3RGB A; 3QNE A; 1CP9 A; 1Y67 A; 4CH5 A; 4JF3 A; 4JI8 B; 4UVB A; 1Y66 A; 3ZMZ A; 3IC9 A; 1SC5 B; 2UXD O; 2QKS A; 4X66 O; 1KKC A; 1HR0 O; 2A9H A; 4MW3 A; 5IWA O; 1N34 B; 2ZR3 A; 2Q7G A; 3CRA A; 4DR4 O; 1G4Y B; 2YID A; 3AG3 C; 4KUM A; 2WLI B; 1HNW O; 5LMN O; 1GN3 A; 1EN6 A; 2XAH A; 2GUZ B; 2ZXW B; 1NZ6 A; 4LC1 A; 3ZRW B; 2ADQ B; 4B7K A; 3JAK A; 2Z3Y A; 4ZBM A; 5KUK A; 3ZS8 C; 2EUL A; 1K5Q A; 3ETG A; 5J2U A; 3RWR D; 1XNR O; 4HAM A; 1MMM A; 1YI2 V; 4BIZ A; 4EB6 B; 2CTP A; 2RJZ A; 1F7Y A; 4DW0 A; 1YDX A; 1WB8 A; 4GZR B; 1SZT A; 1PKX A; 1N36 B; 3ZHT A; 4AIL C; 4JPR A; 4LH6 A; 1P49 A; 1M1K W; 4JI3 B; 1QCE A; 1I5X A; 5HFM A; 1FPO A; 1HW7 A; 5IT9 N; 1QBZ A; 2RNB A; 5JH7 B; 4R7C A; 1QHT A; 4U7N A; 5FLX N; 3OE7 G; 3GB7 C; 1Q6H A; 2E74 B; 5KHK A; 5B1N A; 2JS3 A; 2OTJ V; 3SPH A; 3K9S A; 2Q67 A; 3HKD B; 4MW8 A; 4FVM A; 4DV0 O; 5EBL C; 5H9C A; 3M8A A; 3ASO C; 1PNL A; 2EIJ B; 1Q6U A; 1BE3 H; 1KB9 F; 3RYF B; 4QPJ A; 4U7O A; 4LBE C; 3T1Y O; 2A7W A; 5H5N A; 4DV5 O; 1TUE B; 3GVM A; 1URF A; 1TUB A; 2BOB C; 1IXB A; 2NLJ C; 3SYA A; 3K5L A; 4IT5 A; 3JAW B; 4LF5 O; 1AP5 A; 2DWE C; 2ZIN A; 3AG2 C; 2W6I G; 3TK1 A; 1FXK B; 1KMI Z; 2JEX A; 4X8A A; 1S5H C; 5JQG B; 1XBL A; 3ZED A; 1JOY A; 5K1X A; 4J10 A; 1XL6 A; 2ZE7 A; 2JRI A; 1IVS A; 1V55 C; 4RUF A; 4AHC A; 1QR9 A; 2FML A; 3JAL B; 3K04 A; 2QGN A; 1OCR C; 1SES A; 2P6J A; 3JCZ A; 4I4T A; 2CE4 A; 5TIS Z; 1ORQ C; 5IE9 A; 3QO5 A; 1FFX B; 4UCS A; 1VQM V; 1JJO A; 1QU7 A; 2RCV A; 2M7W A; 2IU0 A; 1K3E A; 3A0R A; 3FB5 C; 4JI5 B; 4TUY A; 2B5U A; 5EYP A; 3ZJZ A; 4FLU A; 4N21 A; 1M93 A; 1MSW D; 4GCZ A; 2P4V A; 2JGD A; 3MDS A; 5GTI Z; 1BT8 A; 1NKD A; 2ZM6 B; 1MSD A; 3TXQ A; 2Y4U A; 4FPP A; 2IJJ A; 1YIJ V; 2CK3 G; 4PA7 A; 3Q4H A; 4TOI A; 4MVO A; 2DOS A; 4UCV A; 3K59 A; 4I55 A; 1H8E G; 4PA9 A; 2CH7 A; 2EIL C; 4NXN B; 3CCL V; 3CJH A; 2HR3 A; 2MW2 B; 1VQN V; 3A2F A; 3GWO A; 4QJF B; 2IH3 C; 2IBZ H; 2CTW A; 2QWR B; 2X6C A; 2YXH A; 4LH7 A; 4ZHQ A; 3RYC A; 4R50 A; 1WP8 A; 4P2Z A; 4FM1 A; 3FAV A; 2IH1 C; 1K4D C; 3HKC B; 4JI1 B; 4WBN B; 2Z0A A; 2IM9 A; 3M7M X; 4KHP O; 2FYU H; 2KG7 A; 4FLZ A; 3L72 H; 1PPJ H; 4JYA O; 1F23 A; 1GN4 A; 3K08 A; 5BR8 B; 1L0N H; 1Q8I A; 3E8G A; 4J9Y B; 2BSK B; 4LF6 B; 4MTX A; 4ASU G; 4MVM A; 1NR7 A; 3AG1 B; 2YI8 A; 4MS2 A; 4A5U B; 5IYB O; 1KP3 A; 3N27 A; 1Y74 B; 5JVD B; 3ZRV A; 4KL1 A; 1NR1 A; 1KQS U; 5BXZ A; 5IJ0 B; 2M6Y A; 4P9O A; 5GON A; 4YJ3 B; 1H2N A; 2LW7 A; 1IBL B; 2IU3 A; 1N33 B; 4U3F H; 1XEQ A; 1AR1 B; 2WAM A; 2RQ6 A; 2XAF A; 3BFR A; 1XNQ B; 3B8M A; 2Q7E A; 1IDS A; 2ZT9 B; 4U3J B; 5CA0 A; 4LFA B; 1OJH A; 1VQ4 V; 2YEV B; 3AK2 A; 1JFF B; 1VIB A; 2PGG A; 1QVG U; 3TJT A; 4I0X B; 4H13 B; 5CB4 B; 3UQ8 A; 3CWB H; 1VQK V; 1Z5V A; 3IFX A; 1RSO B; 3ZN1 A; 4DV6 B; 4DUY B; 1BZK A; 3KG2 A; 4JYB A; 2DYS C; 4PDL A; 5CBG A; 1PNM A; 4JI3 O; 3H1I H; 2N74 A; 1KU9 A; 2ZE5 A; 2XAQ A; 3OTF A; 3LDC A; 4JI6 B; 2YI9 A; 1SQP H; 4H33 A; 2HLD G; 1R1B A; 3BEH A; 3F5T A; 1NT2 B; 3ASN C; 2XUM A; 5BMV B; 3MHS C; 1MAB G; 1B3Q A; 4UB8 Z; 2CGN A; 5EIB C; 1ZX3 A; 3P3N A; 4JGS A; 4PDR A; 4DXW A; 4X64 O; 1YF2 A; 1Y76 B; 3K5O A; 2VRZ A; 2YDE A; 2QM4 A; 3OR7 C; 1TAE A; 1JCH A; 3JAR A; 3ZRW A; 5B3S B; 5KA6 A; 3G71 V; 3RT3 C; 2B1I A; 2ZD9 A; 1YCI A; 4UVA A; 1Q86 W; 3CRM A; 1Q5O A; 1H2S B; 1QVF U; 2QWO B; 1S5J A; 4B3T B; 4IYI A; 2L6L A; 3CC2 V; 3LSQ A; 1RM1 C; 4RQF A; 1WN7 A; 1ZL8 A; 3U11 A; 5LGU A; 2OWO A; 1Q7Y W; 2LP7 A; 4IHJ B; 1L8D A; 3G4S V; 2AXT Z; 3HKB A; 3OFN G; 3JCU Z; 1WLE A; 3JD4 A; 4J7J A; 1JMK C; 2C2A A; 3E83 A; 3E22 A; 4KP4 A; 3AG4 B; 4H37 A; 3RYI A; 2JDI G; 4B7E A; 2VWJ A; 3K5N A; 3BA8 A; 5LA6 A; 1WA8 B; 1FFT B; 4TSF G; 4PDV A; 2UUB O; 1BHA A; 2EIM C; 5LP6 B; 2VWK A; 3F7V C; 3ABM B; 4LNU B; 4O2B A; 1TGO A; 4YIP A; 1JQ0 A; 1M56 B; 1AR4 A; 5KHH A; 2ZM6 O; 1OCZ B; 5IY5 B; 2P7T C; 3WB2 A; 4HNA A; 3UO2 A; 2YIB A; 1SA0 B; 1GM9 A; 3JYC A; 1QR8 A; 3RW0 A; 2Y48 A; 4NXN O; 2LW1 A; 2VQE B; 4AQY B; 2KQX A; 2B9Z A; 1NQT A; 4X1K B; 5L3B A; 5EBM C; 3MAQ A; 3ETE A; 1Y4M A; 2WLK A; 2PUS A; 3JSN A; 4ZOL B; 4CZZ A; 2GTS A; 1VAR A; 3PN1 A; 2HFE C; 3P3P A; 3JAL A; 1X4T A; 4FLX A; 3OEE G; 4JI1 O; 2ADP A; 1PL0 A; 3UT5 B; 3S3X A; 1XRE A; 1FD9 A; 3A8T A; 3JD0 A; 5KMG B; 2E5L B; 1G1X B; 1SQV H; 4O4J A; 2P90 A; 5BR8 O; 3N2K B; 3A0H Z; 1XMQ B; 4NVP A; 1Q6I A; 1NBM G; 4LF8 B; 4X9Q A; 1I94 B; 4W4K A; 5DN6 G; 2Q68 A; 3SPC A; 5L3E A; 1ENV A; 1SRY A; 3FYE B; 3HR0 A; 5EBW C; 1WNS A; 2YXL A; 2HKO A; 3HPL C; 3IAY A; 3CXH F; 4DRX A; 2NR5 A; 1FS0 G; 2NN4 A; 3UM7 A; 1R6N A; 3S3W A; 1YIT V; 3B2E E; 2QSA A; 4GX1 A; 2ITD C; 1N33 O; 1Q81 W; 3ABK B; 4K35 A; 4DR5 B; 3CE2 A; 5K1P A; 1YJW V; 1AI6 A; 2DJV A; 1XNQ O; 1S5L Z; 3J7A U; 1DLB A; 4Z1M G; 1MNG A; 3HKC A; 3AG7 A; 1NI8 A; 2UXB B; 1R73 A; 4B3R O; 4R6Z A; 1BGY H; 4TV8 B; 1L0L H; 1SF9 A; 1H8H G; 2BSK A; 3W7W A; 4DV6 O; 3AG3 B; 3IC7 A; 4IIJ B; 4DUY O; 3PJS K; 1K9M W; 2F23 A; 3L71 H; 5ITZ A; 2HP8 A; 4RAI A; 1J5E B; 1L1F A; 5L3F A; 3SYC A; 1K97 A; 1LNQ A; 3ZRX A; 4PV1 B; 4K0K O; 2V7Q G; 1FXH A; 3IGA C; 4JI6 O; 2GBO A; 3L74 H; 3VQX A; 2YUA A; 3L75 H; 4YY3 B; 2AZ2 A; 1MZE A; 1OCO C; 3OEH G; 4YJ3 A; 1FKA O; 5HFL A; 1GRJ A; 4X1I B; 3B77 A; 4FK5 C; 4J42 A; 5FL7 G; 4DR6 B; 2OIG A; 5FNV A; 3L9D A; 3SPG A; 5KX5 A; 4BAY A; 1SQF A; 3JAS A; 2UU9 B; 3ZBH A; 4D7T A; 3TET A; 1P7B A; 4ZI7 B; 4B3T O; 1SET A; 4UUJ C; 4YHH B; 1PM9 A; 3B4S A; 3ABU A; 3DXR A; 2XT9 A; 1Q90 D; 2K1E A; 3FX7 A; 2WLL B; 1RSO A; 3LSS A; 2EIK C; 3ZRS A; 1HNX O; 4MSW C; 4DV1 B; 4FFB A; 5J2T A; 3HB3 B; 4YXW G; 1IXM A; 1S3J A; 4O4L B; 4JTD B; 3CB2 A; 4X20 B; 3BVO A; 2UXN A; 1M4U A; 4IYH A; 1JJ2 U; 5B1A B; 1H2G A; 2OCC C; 5C8Y A; 4NB5 A; 1BQZ A; 2DN9 A; 1VQL V; 4UCR A; 3VBB A; 5LMU B; 4QE7 A; 1K4C C; 5KHG A; 2WSS G; 1EFR G; 4X65 B; 3CPW U; 3CP1 A; 3E89 A; 4LWS A; 4L87 A; 1V55 B; 2BOC C; 1NS1 A; 2H8P C; 2Q6A A; 1KEC A; 1DF5 A; 5EC2 C; 4CS2 A; 2LGW A; 1R3I C; 5LOV B; 4JYY A; 2VQE O; 2DYR C; 4J80 A; 4IHJ A; 1LR1 A; 3OTO O; 3U10 A; 1XHX A; 1VEW A; 3DC6 A; 1VMG A; 3STZ C; 3W7T A; 2UUA O; 1M90 W; 4RQE A; 2ZIO A; 2E5L O; 3SYO A; 3OMN B; 3WG7 C; 3AK1 A; 2GTA A; 2AHY A; 2UUC O; 3N2G A; 4NYK A; 3IJ4 A; 3U0Z A; 3E8H A; 2EIL B; 3RN4 A; 5LP6 A; 5LYJ B; 4X1Y A; 1FXV A; 3ETD A; 1XMQ O; 2Q8V A; 2E75 B; 4TV9 A; 1I94 O; 5BY1 A; 3B8N A; 4WCE V; 1M57 B; 1QNM A; 5KAI Z; 2X0L A; 3I5D A; 1QQC A; 1WPB A; 4CS4 A; 2DWD C; 4J41 A; 1RPO A; 3APO A; 1FAF A; 1N0J A; 4I7Z B; 5CMU A; 3GWK C; 2MK3 A; 4X88 A; 1EM1 A; 3BAB A; 1X59 A; 2E76 B; 2JVD A; 1HNZ O; 4DR1 B; 4F6R A; 5IJ9 B; 2ZXW C; 4OGQ B; 1SKV A; 1IBK O; 1N8R W; 1GK9 A; 4CH3 A; 5IYZ A; 1TVK A; 1FJG B; 4DR5 O; 4ABM A; 3ML0 A; 1WJZ A; 2FTK A; 1AI5 A; 2FB5 A; 3RBZ A; 3EHB B; 2EJR A; 3UT5 A; 5H2F Z; 5KMG A; 4WF9 V; 4H0L B; 1F4N A; 2UXB O; 4WFF A; 3BAA A; 1IBM O; 1Z5W A; 5B1B C; 3WB1 A; 3N2K A; 1ZSP A; 2CTQ A; 3L73 H; 1WB7 A; 1J5E O; 4R8C A; 2XAS A; 2PYL A; 4GX2 A; 1UPG A; 3K58 A; 2N04 A; 4GYC B; 2EBO A; 4OX9 O; 3OUS A; 3CSX A; 3SJQ C; 1AVM A; 4YY3 O; 1E79 G; 2D2C B; 2XND G; 2XTA A; 3KZI Z; 1NH2 B; 3FKS G; 5L3D A; 1QLN A; 2Q9L A; 2QM7 A; 2QR4 A; 1R3K C; 3VOU A; 4X62 B; 3TGU H; 2RN9 A; 4MVR A; 4DW1 A; 3CX5 F; 2IJI A; 5LHH A; 4JI7 O; 4DR6 O; 3F5W C; 2BTQ A; 2VQF O; 1N4C A; 1PL4 A; 4OPA A; 2OT5 A; 4DV3 B; 2UU9 O; 4BW9 A; 1GO3 F; 4O4I B; 2CUG A; 4YHH O; 5LHG A; 3ZCC A; 3H1L H; 2GSM B; 3K3W A; 1FXK C; 4JI8 O; 4W4L A; 2YXY A; 1VQ5 V; 1IX9 A; 4YJ2 B; 2JEU A; 3JSL A; 4DYL A; 2GDS A; 5C93 A; 2P67 A; 1K92 A; 2EX3 A; 1N34 O; 2YS8 A; 2PI4 A; 2PI5 A; 2B1G A; 2F1M A; 2QWN B; 4K8X A; 2EIN C; 4O2A B; 4JI0 B; 3LSU A; 3H9V A; 3QVN A; 3HKE B; 1MG1 A; 2KKW A; 1VQ9 V; 2CDY A; 3CCV V; 2EZP A; 1MOF A; 4NTY A; 3JAT A; 3E35 A; 1YSC A; 4I50 B; 4MVS A; 5LMU O; 2HHH B; 1I08 A; 4JAV A; 3CMA V; 4DUZ B; 3C3S A; 3RYH B; 1O9G A; 1JX9 A; 4WFH A; 1JVM A; 3UO3 A; 5EZY B; 3O9O A; 3AK3 A; 5F2V O; 3B09 A; 1N36 O; 1K73 W; 1VQP V; 3ABL C; 2QKC A; 1K5S A; 3ZIA G; 1HDJ A; 3LUT B; 3QG5 A; 3D3I A; 4JV5 B; 4K8Z A; 2WLI A; 3WFV A; 4DR7 B; 4MTG A; 4RWU A; 4X20 A; 2F93 B; 2GUZ A; 2GV9 A; 2IW5 A; 1OCC B; 3SDL A; 3AG1 C; 3ZMV A; 1D5N A; 1J95 A; 3APQ A; 1HP8 A; 2IJK A; 3JAK B; 1CXZ B; 3OGC C; 1JR9 A; 4MTO A; 4EB6 A; 2EJ7 A; 1XUQ A; 4PA6 A; 2QJ1 A; 2HVK C; 1K34 A; 3NR7 A; 3JD1 A; 1I5Y A; 1XIL A; 4DR1 O; 4LFC B; 4DV7 B; 3OGI B; 1KC8 W; 1BS3 A; 4LFB B; 4CC6 A; 2ZQM A; 4HZ3 A; 2HVJ C; 5JH7 A; 1FJG O; 4DV2 B; 1KD1 W; 1N32 B; 3K5M A; 3CME V; 1WP7 A; 4X66 B; 4PEL A; 2LGQ A; 2CTR A; 5IWA B; 3HKD A; 3W7X A; 3CEI A; 4JI5 O; 3E86 A; 4QGP A; 4GX0 A; 2WA3 A; 3ABT A; 3RYF A; 4GUN A; 2JK5 C; 3DTU B; 1NVP B; 4DR3 B; 1H2K A; 1YZB A; 5JCO C; 3T4D A; 1YTF B; 5E79 Z; 1D5A A; 4YIO A; 4TWK A; 4DO2 A; 3JAW A; 3T1C A; 1P84 F; 5LXT B; 1CPY A; 5LL6 Y; 1KP2 A; 3CC4 V; 3EVK A; 1FXK A; 4DK0 A; 3LNN A; 3CD6 V; 2WLM A; 3CS5 A; 3EXA A; 5JQG A; 3ZMS A; 4Q20 A; 4X62 O; 3ZMU A; 3J80 N; 3OT7 A; 2ETN A; 4CH4 A; 5B3S C; 2ZIM A; 1EN5 A; 3X2Q B; 3TXS A; 3J81 N; 2PYJ A; 4ZKI A; 4IGG A; 3CHX A; 5CBH A; 4LF7 B; 2ZCE A; 3BRC A; 1H38 A; 4DV3 O; 1FFX A; 4UV8 A; 3T2M A; 3RVZ A; 1V54 B; 5A2Q N; 1DK1 A; 2P06 A; 2F66 C; 4LF6 O; 3FB7 C; 2Q0A A; 3E8B A; 5H6Q A; 1OV9 A; 3MD0 A; 1IZ3 A; 4CBC A; 1T5E A; 3CC7 V; 4WFE A; 4TUY B; 5EYP B; 2HJD A; 4FLV A; 2JGD B; 1ROP A; 3AG4 C; 2F43 G; 1COW G; 2PZS A; 1RFY A; 2R70 A; 3Q4H B; 5FPR A; 5EK0 A; 4LCU C; 5AG2 A; 1P7G A; 4I55 B; 2XOK G; 3K0D A; 4JI0 O; 5B5E Z; 2CH7 B; 1IBL O; 1QLE B; 5LP6 C; 1CEZ A; 4TT3 G; 3CJH B; 3KCY A; 1HWY A; 3ABM C; 1U97 A; 2DMX A; 4FZ1 A; 4TQD A; 5D5Q A; 1M56 C; 4Z1V A; 4DUZ O; 1NTM H; 4PA3 A; 3OUF A; 4Z2W A; 4ZHQ B; 1OCZ C; 3RYC B; 5IY5 C; 2JS5 A; 4WBN A; 1NH2 D; 4LFA O; 1VQ6 V; 1G6U A; 5FPO A; 3FAV B; 3CYO A; 1AP6 A; 4PD4 F; 4WFA V; 4MVZ A; 1W2B U; 3G67 A; 1B6Q A; 2PY5 A; 2KG7 B; 2ODM A; 4J11 A; 1BMF G; 1YXB A; 2OYQ A; 4FLT A; 4GX5 A; 3ZHS A; 2RDC A; 2OCC B; 2L35 A; 1Y74 A; 2ZE6 A; 5JVD A; 4TQF A; 3H1K H; 2OIE A; 5IJ0 A; 2ZDI A; 1NU1 H; 4IL6 Z; 4JV5 O; 1EN4 A; 2AZ0 A; 5GON B; 4DR2 B; 2PF4 E; 1S0V A; 3W7S A; 1WPX A; 1SQX H; 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