5KGWA

Hiv1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
total genus 44
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgwA00
1VRUA 5CYQA 3SUNA 3LP2A 3F9KA 3SUOA 3SPYA 3V1OA 1RBVA 1S6QA 1BGXT 1HMVA 3VQBA 3F73A 2R7YA 4KHNA 5JS2A 1IKWA 4CGJA 1VSFA 1XWLA 1UAXA 2F96A 3DOKA 4GVMA 3LP0A 4JS5A 4C8LA 3NH1A 1RNHA 1JLGA 4OGCA 2W42A 4ELUA 1VSMA 3PX0A 4KV8A 2PY5A 3RRGA 1TL3A 3AVAA 3ZT3A 4E0DA 4FJXA 1W9HA 1ZBHA 4FW1A 3HP6A 3P83D 4M3RA 5T7BA 1EXQA 1RBUA 4DFKA 3NH2A 4FLUA 1C0TA 3OYBA 4FXDA 4CEAA 4PQUA 2P1JA 1Q9YA 2O4GA 3D45A 1B9FA 1CXUA 3U6FA 2RF2A 3V6DA 1VSDA 4HTUA 3NH0A 2HHTA 1S1TA 4N47A 4OGEA 4H4MA 3CFRA 5SZTA 4EZ6A 4W5NA 4E7LA 3ZSYA 5FRNA 4DMNA 3LZIA 3TAGA 3AVHA 4FJIA 1LW0A 3ZT4A 1S1WA 4FK0A 1SKRA 3S3OA 2OA8A 3CM6A 1RTHA 3I8DA 1T7PA 2F8TA 4CJRA 1BI4A 4CEFA 4DWIA 1X9SA 2FC0A 3I0SA 3L2RA 5KTQA 3SQ1A 1NKCA 4B9TA 4CJVA 3K5OA 4E3SA 1LW2A 3SNNA 4IG0A 3V9WA 4C8KA 4AHUA 4DTPA 4F8RA 4J2DA 1HYZA 2VWKA 4F2SA 5KRTA 3HJFA 3DI6A 4CHYA 3NHGA 2Q3SA 3MECA 4W5TA 3VQPA 4KI4A 3V4IA 4Y1DA 4N76A 4FJMA 4E7IA 1RT2A 1TAUA 4RW4A 2YHAA 4CJKA 1A5XA 5CZ1A 2G8HA 4CF2A 2XY8A 4KB0A 3VQ7A 2P5OA 4ZTJA 2GV9A 3KJVA 3QEIA 2G8VA 3ZSRA 3UIQA 2O4IA 1BQNA 3K5MA 3ZSXA 5JS1A 4FZZA 3EZ5A 4CGDA 4W5QA 3V9XA 4O0JA 1C0MA 1S9EA 1VSEA 4CEZA 5I3UA 3KIOA 4KO0A 3ZT1A 3OYKA 3RMCA 3NF7A 4XIUA 2Z1IA 4PA1A 4O44A 4FLWA 3TAEA 4Z0UA 1N6QA 1L3TA 1NK9A 3OY9A 3VQ5A 1IKYA 3WNHA 1T8EA 3THVA 2ITGA 3C94A 3OYMA 3OYEA 2HHXA 2NUBA 4CERA 3AA3A 3ZSWA 1YTAA 1XI1A 4FM0A 3DLBA 1RILA 3PO5A 1J5OA 1ASVA 4M3TA 3RMAA 1I3AA 3LP3A 2ZQBA 2EHGA 1NK7A 4FJKA 1S1XA 4I9LA 3U3GA 1NOZA 4FJHA 4BWMA 3AA2A 1JL1A 2YKNA 3VQEA 4RW8A 3VA3A 3PV8A 1LAVA 4FJ5A 4KHWA 4E1MA 3O3FA 2DFFA 3VQ8A 4EP4A 2YHBA 3QLHA 1GOBA 4DU1A 4FVMA 2OPSA 1RDBA 4CJQA 1HJRA 4CFAA 4DS5A 1X9MA 1U04A 2OPRA 2XY6A 1NK0A 4M42A 1C1AA 3L2VA 1QSSA 4DTJA 1ZBFA 4OKEA 1B92A 2BDPA 1A5VA 4F3OA 3V81A 3DLHA 1IH7A 3VN5A 2XRIA 3OYCA 4IDKA 5EU7A 4ELVA 4HUEA 4CF0A 4FLXA 3SV4A 2IAJA 1U49A 1L3SA 3FFIA 3HPHA 4Z4HA 3K5NA 1QSLA 3AO3A 5HRRA 4HCCA 1LAWA 4JS4A 4QAGA 2QKKA 3P1GA 2B6AA 1ASWA 1GOAA 2QXFA 1JL2A 1A5WA 3AO1A 5SWMA 3EYZA 3QERA 3HK2A 4E7KA 4N5SA 2DY4A 3M8SA 4H4OA 1MU2A 1DLOA 3RMBA 5HROA 4FK2A 3MEGA 3SZ2A 4HUGA 4DSJA 3E01A 3G0ZA 4ID1A 4CF8A 2Y1IA 3C6UA 1JXBA 1JLFA 4R5PA 3OJSA 2IOCA 3SPZA 4OPKA 1SKWA 1NOYA 1BI4B 3CFOA 4RG8A 4RW6A 1RT1A 1S5JA 2X6SA 3IAYA 1BL3A 4BDPA 1CLQA 4B08A 1JLAA 4TSXA 3DLGA 4CGIA 4CK2A 1KSPA 3HVRA 1HPZA 1WSIA 2DFEA 3NE6A 1ITGA 4UQGA 1RTJA 2HHUA 1X9WA 3OYLA 1IG9A 5C25A 3OYNA 1S1UA 4AH9A 1KLNA 3IG1A 4ID5A 3O3GA 1JXEA 3S3NA 1KFDA 3RWUA 4MQ3A 3DLRA 4B3OA 1BCMA 3H08A 4OJRA 3K59A 1LWCA 3B6PA 4ZHRA 3OYAA 3CFPA 1QSYA 2E4LA 3KKSA 4B8CA 1R0AA 1Q9XA 2KFZA 4FJGA 4FJLA 4DLGA 4KKOA 2X78A 4DFMA 4CGFA 3EY1A 1DTTA 4KTWA 1EP4A 4NCGA 4BE1A 3QETA 4CIFA 3QEWA 2G8KA 1RCHA 4E19A 4E7HA 1RTDA 4KI6A 3LDSA 2LSNA 1S1VA 4ELTA 3LANA 4CIEA 1D5AA 3KLGA 1T05A 4KHUA 1IKVA 4NYNA 1KVAA 3RR7A 1Z25A 3TAPA 1XC9A 4KHSA 1QE1A 1Q8IA 3JSMA 3OVNA 4AHRA 3LWLA 4JRPA 2B4JA 3ZSQA 3HXMA 3HM9A 2P51A 3KLIA 3MEEA 4CJ3A 1ZBLA 3SQ0A 5K14A 4CHQA 4LH4A 1N5YA 4OKKA 4B9SA 2X6NA 2QKBA 3QIPA 4Y1CA 1BIUA 1SUQA 5HBMA 1TGOA 1RDDA 5CYMA 4DFJA 3ZSZA 5KGWA 3SUPA 4K8ZA 2D0AA 3G10A 4FZYA 4I9QA 3HYFA 4CGHA 5HRNA 3NDKA 2OYQA 4CIGA 3K5LA 1TKZA 3AVCA 1C0UA 4OKJA 1NJWA 3RR8A 3V1RA 3TWHA 3NBPA 1VSKA 4CJUA 4F4KA 4BDYA 1LWFA 3P5JA 3ASMA 3DLEA 3VQ9A 2E6MA 3HP9A 4H8KA 1BIZA 4ZTFA 3AO2A 4DFPA 2XO7A 3AVFA 3TAMA 1SV5A 3BGRA 4CGGA 5J2MA 3SQ2A 3S9HA 1KFSA 3QINA 1RT6A 1NKBA 4FJ9A 4Z4EA 1QQCA 1U45A 4I2QA 4CHOA 4I7FA 4M3UA 3OYDA 2FBXA 1S6PA 2JGUA 4CECA 4FLTA 3K2PA 5C24A 1HQEA 1RDCA 4NCAA 4IFYA 4E7JA 5DMRA 5FROA 4FJ8A 2Z1JA 1L3UA 1HQUA 1KLMA 3LP1A 2G8WA 4DSLA 4NCBA 4Q5VA 4CJSA 4CHPA 1BHLA 1TKTA 2G8IA 1RBRA 4Z4CA 1J9AA 4OLAA 1RTIA 1TK5A 4CCHA 2DFHA 3M8RA 4FLYA 1Z26A 1LWEA 3DRRA 1YVUA 3NGYA 2HNZA 4MFBA 4CJLA 2FBTA 4CK3A 3HSTB 4DSKA 4DQRA 3KK2A 5HP1A 1L5UA 2GBZA 2D0CA 3LAMA 4CE9A 2I5JA 4CFBA 3KLEA 2A1SA 4O0IA 3NF6A 4CJTA 1TL1A 1W0HA 1D9FA 3TR8A 2YNGA 3NAEA 1HRHA 3LZJA 4DQSA 3HVTA 1X1PA 2KQ2A 1C1CA 1C6VA 3M8PA 1U47A 3RMDA 3L3UA 2D5RA 3L2QA 1RBTA 5CY4A 4AHVA 4DTRA 4N41A 2OPQA 1NJZA 1WSGA 3V1QA 1WSHA 4FM1A 3CM5A 4DQQA 3AV9A 1FK9A 2HMIA 3TARA 4IG3A 1FXXA 3OJUA 1NK4A 3DOLA 2HNYA 4CEDA 3ZCMA 3ALYA 3DLKA 2VG5A 2WONA 4KRFA 5J2QA 4J2EA 2D0BA 2BGGA 2YNIA 3ISNC 3NGIA 3HPOA 4B9LA 4CHNA 3QESA 3KTQA 3VQ6A 1KVCA 4L8RB 1O1WA 3OYHA 3PY8A 4W5OA 1I39A 3ITHA 3MEDA 3I0RA 4CF9A 3NCIA 4HVJA 1FKPA 4FM2A 2PYJA 4PWDA 2GUIA 3CG7A 3K58A 3AVKA 5D3GA 2IDOA 2YNFA 3PX4A 5I42A 4KAZA 1KVBA 2OPPA 4YFUA 2G8UA 4KTQA 4KREA 3WNEA 4YNQA 2KTQA 1KCFA 1F21A 3ULDA 1UA1A 3VQDA 3CYMA 1HYSA 1WN7A 4J2AA 2F8SA 4FJNA 4G1QA 3AVIA 3D0PA 1K6YA 5HRSA 3OS2A 4J2BA 1CZBA 5J1EA 4PY5A 1EETA 1G15A 4B9MA 5FRMA 1IKXA 4RW7A 1JLQA 3MAQA 4AILC 3VA0A 5HRPA 4DF4A 2BANA 3TABA 1D9DA 4KHYA 3AA5X 4Z4GA 1RBSA 4AHCA 3AVGA 1JLBA 4AHSA 1VK0A 2KFNA 3VQAA 1VSLA 3NFAA 2PZSA 1YT3A 3HPGA 2WOMA 3DM2A 4CJ5A 2X74A 3TI0A 3WNGA 1TKDA 3L8BA 3QNOA 4FJJA 3AO4A 4E1NA 3QNNA 3A2FA 1BQMA 3HO1A 3AVNA 4RW9A 1JLEA 1UA0A 3L3VA 4C8NA 4W5RA 3V9UA 1L3VA 1ZYQA 4B8AB 2ZD1A 1EKEA 3LAKA 1S9GA 2IGIA 1NJYA 2HNDA 4GW6A 4HCBA 4M45A 4WE1A 1J53A 4KPYA 3DRSA 4JLHA 4KTZA 4HHTA 1BISA 1TV6A 4CESA 2RN2A 2HHQA 3NF8A 1VSIA 1GOCA 2KW4A 4FLVA 4N56A 4E89A 4DU4A 2E6LA 1NJXA 4BWJA 3O4QA 3SQ4A 4LSNA 4Z4IA 1SL2A 5E41A 1XHXA 2QK9A 4BE0A 1JLCA 2HHSA 3KLHA 3B6OA 3SUQA 4FZXC 3OYGA 1TVRA 4DTXA 4IBNA 2FBYA 5DK5A 1BCOA 3DMJA 1VSHA 4CF1A 1RT4A 5J2PA 3SCXA 1RT3A 1SL1A 3ZT0A 3IRXA 3V9SA 2HVHA 3K57A 1HNVA 4O4GA 3TAQA 3MXMA 1NK6A 2HHWA 4CJ4A 1WSJA 4IKFA 5KRSA 3HL8A 4C8OA 2HVIA 1RT5A 2HB5A 5J2NA 1WSFA 4AHTA 4K8XA 4Z4FA 4LY7A 4JRQA 2VG7A 3LPTA 4NYFA 3SV3A 3ZT2A 1WNSA 4DF8A 2HW3A 3KD5E 3S3MA 2YKMA 4PUOA 4Q0BA 1CXQA 2Z1HA 3C6TA 2IC3A 3MXJA 1JKHA 3LPUA 3L2WA 3OYJA 3QO9A 4DS4A 1DTQA 4CEBA 4F3TA 2AJQA 4DSIA 2PYLA 1SKSA 4FCYA 3OS1A 1B9DA 4EZ9A 3TANA 1T03A 1EX4A 2P5GA 4M41A 2RKIA 1FKOA 3AVJA 2XHBA 1REVA 2ATQA 5HLFA 3MXIA 2JLEA 3ZSVA 4KB1A 1ZBUA 4KFBA 3PX6A 4M3WA 4FYDA 1WAFA 3NF9A 4DTNA 2OZSA 3PO4A 2KZZA 4I2PA 3O3HA 1IO2A 4M3ZA 4LD0A 3O4NA 4CEEA 2HHVA 1TK8A 3CQ8A 3RTVA 4OVLA 4QOZB 4F2RA 2A1RA 4DSEA 4FW2A 4B9NA 1CZ9A 1YTUA 4DTSA 2BE2A 2XY5A 4CEQA 5C42A 1ZBIA 1Y97A 2YNHA 1HYVA 3RRHA 3QEPA 2XY7A 1KRPA 3QEVA 4M3XA 4BE2A 4EP5A 2EX3A 4CEOA 4DSFA 1C1BA 3VQ4A 3SI6A 3T19A 3NGZA 1WSEA 1HNIA 3V9ZA 4B9VA 4LSLA 4CJPA 1SL0A 1NKEA 4FK4A 1TAQA 2Z1GA 4O5BA 2RPIA 2ZE2A 4OLBA 4M3YA 1ASUA 4O55A 4BACA 4BDZA 3ZSOA 4DTMA 1J54A 3OYFA 2G8FA 3BDPA 3SYZA 2VG6A 3HT3A 4CFCA 3DYAA 5FDLA 3LWMA 4QCLA 3AVLA 3M8QA 4DLEA 3JYTA 3OS0A 4IFVA 1RDAA 1VSJA 1WLJA 3AVBA 1U4BA 4DQIA 3OYIA 1QS4A 2B5JA 4CJFA 3TAFA 3U3YA 4CJWA 4CK1A 3QEXA 1LV5A 3DRPA 3KKRA 4DTUA 3LALA 2YV0X 1VRTA 2KZMA 3KK1A 1TK0A 1D8YA 4C8MA 4OPJA 4GMJB 4CFDA 4DTOA 5KGXA 4HUFA 3KLFA 4DQPA 3T1AA 3C95A 4ICLA 2ETJA 1NK8A 1KTQA 3IS9A 4FJ7A 1XHZA 3AVMA 3T3FA 4KHQA 3KD1E 4CJEA 3VQCA 3L2UA 2FBVA 1QTMA 2IS3A 4DU3A 4LH5A 3SJJA 4CHZA 3WNFA 2Y1JA 1WAJA 4DG1A 3AA4A 1UOCA 3PUFA 5CZ2A 1RT7A 1TKXA 1NK5A 1U48A 2DTUA 1QHTA 5KI6A 3KK3A 4B9UA 2VWJA 3VQQA 1UWBA 4FLZA 2OZMA 3AO5A 3QIOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EKUA 1VRUA 3GG4A 5CYQA 5E26A 5AFUH 1MDUB 3V1OA 1S6QA 5EY4A 2P9NA 1IKWA 4C8LA 5I9EB 3NH1A 2W42A 1VSMA 2UYTA 3ZT3A 4FJXA 1XMOK 4FW1A 3P83D 4M3RA 5T7BA 1EXQA 3ID8A 3BF3A 4FLUA 4F9OA 3MMVA 1CXUA 4JHDA 3KZBA 4YY3K 1VSDA 1FJGK 4YOXA 4N47A 4JKBA 3CFRA 4JN4A 3TAGA 4FJIA 1SKRA 4DV1K 4CJRA 4DWIA 1X9SA 3SQ1A 3SAGA 3EE9A 5EXWA 4F2SA 3C6HA 3P4IA 3HJFA 3NHGA 3VF2A 3MECA 3VQPA 3IUCA 4KI4A 2E2PA 1RT2A 1TAUA 2BH1A 2QTDA 5CZ1A 4CF2A 4JK9A 3VQ7A 2GV9A 4NO7A 3ZSRA 3K5MA 3ZSXA 2FSKA 3LM2A 4JKDA 4GKKK 1C0MA 1NGEA 2D1KA 3ZT1A 1OH5A 2WC9A 3J8AA 3U4LA 4JI8K 4XIUA 2Z1IA 1BA0A 4PA1A 4FLWA 1NK9A 3OY9A 3VQ5A 3AAQA 3C94A 3OYMA 3AA3A 3ZSWA 4DV7K 1TUUA 1J5OA 1ASVA 3R6MA 3RMAA 3LP3A 1NK7A 5MLCQ 5F1XA 1S1XA 3U3GA 1JL1A 3VQEA 1Q81O 3VA3A 4KHWA 3O3FA 3AGKA 1X3MA 4DUZK 3THYA 1GOBA 4FVMA 1GLLO 2OPSA 4CJQA 4DS5A 4M42A 4LFCK 4O8KA 1QZ6A 3L2VA 1BO5O 1KQSM 3UKRB 2IAJA 1U49A 1L3SA 1QSLA 2O8DB 3I33A 4NXMK 4JKFA 3VGKA 3FE1A 5BPNA 3HK2A 1DLOA 3RMBA 5HROA 4HUGA 3E01A 1WBDA 4CF8A 4QS8A 3F2KA 2QI2A 3TSQA 1NU0A 1JXBA 2I7NA 2IOCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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