5KGWA

Hiv1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgwA00
2NUBA 1IH7A 3M8QA 3SI6A 3AO4A 4DG1A 3OYLA 4CFAA 2FBXA 1LAWA 4KTWA 3FFIA 1YTUA 4KRFA 2D0AA 1LW0A 2FBTA 1UAXA 1TKZA 2VWKA 1WSIA 3OYFA 3KK1A 3TAFA 1Z25A 2YHBA 4FZZA 2DTUA 2OPQA 1BQNA 1IO2A 3OVNA 5FDLA 4EP4A 3VQQA 1QE1A 2G8FA 3PUFA 3IG1A 3AVMA 1KFDA 3IRXA 4CEDA 4FM1A 4F8RA 4Z4HA 3M8PA 4LH5A 3NE6A 3RWUA 4CJUA 5EU7A 4DQQA 1KVCA 1NJWA 1SL1A 1QSYA 3DLBA 4M3TA 2Q3SA 1A5WA 4CFCA 4KHNA 1J54A 1VSJA 2E6LA 2GUIA 4CCHA 4F2RA 1KLNA 3SUPA 3WNFA 3F9KA 4CEBA 4RW6A 4NCAA 3HJFA 1SKWA 1EP4A 3C6TA 3RRHA 4Y1DA 1U48A 3CFOA 3P83D 4CESA 3NF9A 4CFBA 3RMCA 3L2VA 3ZT1A 2ITGA 3C94A 4CEZA 3QO9A 5HRRA 3K5OA 3AVIA 4W5QA 3K59A 4BDZA 4DU1A 4PQUA 3DM2A 3B6PA 2W42A 2D0CA 2BDPA 1A5VA 3U3YA 1L3UA 4B9VA 1HYSA 3OYGA 3SPZA 2VG7A 3NGYA 3ZT0A 4KHUA 1WSFA 3QESA 3QEVA 1RDBA 3VQPA 3KKSA 4KREA 4CJEA 4BDYA 4CFDA 1QHTA 1EKEA 3MEGA 4CF0A 4CEOA 4CE9A 3VN5A 4CJKA 4H4OA 4DSEA 3QNOA 5CYQA 4KO0A 4M42A 1NKEA 3PX4A 3SQ0A 4GVMA 4DTSA 1ZBUA 3VQEA 4OLAA 1REVA 1ZBFA 2HB5A 4N47A 3NGIA 4DTUA 4FJIA 4KHWA 1VSIA 4CERA 2OYQA 2FC0A 5JS1A 3KLIA 1RCHA 1ZYQA 3OYIA 2WONA 1U49A 1VRUA 2ATQA 4CK3A 2KFZA 2ETJA 4BE1A 5J1EA 4XIUA 4HCBA 4ELTA 3SUQA 4KB1A 3ASMA 1RILA 3CM5A 4CEFA 4N5SA 5SZTA 4M3WA 3TR8A 1NOYA 3RMDA 4Z4IA 2GV9A 3V81A 3KK2A 3KKRA 2KFNA 3NFAA 4KHQA 2HHWA 2JGUA 1C0TA 1XHZA 4I9LA 3VA0A 2DY4A 3TAMA 2OPSA 2HMIA 4HVJA 3LP2A 1BIUA 3SJJA 4BACA 1O1WA 3V6DA 2RKIA 4L8RB 4AHCA 4M3RA 4W5TA 3TARA 1QSLA 2YNHA 3QIPA 1RT1A 4W5RA 3C95A 3VA3A 1BISA 1VK0A 3KK3A 1I3AA 3OYEA 1VSLA 1NK4A 1TKDA 3H08A 3VQ4A 3ZSOA 4CJVA 1NK0A 2EHGA 2QKBA 3OYCA 4FJ7A 5FRMA 3CM6A 3CG7A 1KVBA 4LSLA 3ZCMA 3SPYA 3RRGA 1TAUA 3L2QA 4FZXC 4Z4CA 3V9WA 1QS4A 1U4BA 3AVLA 4DLGA 4FLTA 4ID5A 4B9TA 2X6SA 1HPZA 4PY5A 1B92A 3PO5A 3VQ9A 3DOKA 3DRSA 4CEQA 3EY1A 1T7PA 3HPHA 3MEEA 3OS1A 3PV8A 3V4IA 2LSNA 1W0HA 3LP1A 1J9AA 3T3FA 3P5JA 3VQ7A 4R5PA 3L3UA 4DSKA 4Z4EA 2IS3A 3KIOA 3D0PA 3V9ZA 2EX3A 4JS5A 1MU2A 1D9FA 4DFKA 3T1AA 4DF8A 3L8BA 1U45A 2BGGA 1HYVA 3DLGA 4CK1A 4M45A 4BE0A 4E3SA 3DMJA 1KLMA 3QINA 1C0MA 3VQBA 1S6QA 4KFBA 4E7IA 3TAPA 1RBUA 2ZQBA 3PO4A 4K8XA 5FRNA 3LALA 5KTQA 2O4IA 2HHSA 4ZTJA 3DLEA 1RDDA 1LAVA 3OYAA 1GOBA 1BCOA 1RBRA 5CY4A 3CFPA 3TI0A 4YFUA 2G8KA 4C8LA 1RTJA 4DTRA 5HROA 3DLRA 4Q5VA 2B4JA 4N56A 3QEIA 3AVBA 4BWJA 3SV4A 3JYTA 4KAZA 1SL2A 1JLEA 2IAJA 5E41A 3ZSWA 1BIZA 4AHVA 1BGXT 3DLKA 5KGWA 1N6QA 4FJGA 3EYZA 2X74A 4AHRA 1NOZA 1JLAA 1TGOA 4CJSA 3KJVA 3CFRA 2X78A 4EZ9A 2GBZA 5C42A 3DLHA 2OPPA 1UWBA 2D0BA 3VQCA 1HYZA 3NGZA 3O3HA 3K5LA 3SUNA 5HP1A 1X9WA 1X1PA 1RTDA 2DFHA 1XHXA 2P5OA 5HRSA 4M3ZA 4FM2A 3ISNC 3ALYA 4AHTA 4DS4A 4DQIA 3ZT4A 4FLXA 2D5RA 2KZZA 4O44A 4DU3A 1D9DA 4CK2A 3K5MA 4YNQA 4FLUA 1WSGA 1A5XA 3DOLA 4CGDA 1IKWA 1TK8A 3V9UA 3O3GA 1BCMA 3ITHA 4CF1A 4DSFA 2HNYA 5HBMA 3CYMA 4B9MA 4FZYA 3M8RA 1WLJA 1QTMA 4FJMA 1RTIA 1LWCA 3L2WA 5C25A 1XI1A 2HVHA 4NYFA 2Z1GA 3AA3A 4N41A 2PYLA 1KCFA 3MECA 3KLGA 1IG9A 4DSJA 1I39A 3LDSA 4HCCA 4KV8A 1S1UA 4DTOA 1L5UA 4ICLA 5T7BA 1KRPA 4FJ5A 3AVKA 1EETA 4OKEA 2HHTA 2AJQA 1B9FA 3DRRA 2Z1IA 3HL8A 4E7KA 1KVAA 4FLZA 2OA8A 4RW9A 4CHZA 1RT7A 4JRPA 3QEPA 3OYDA 5HRNA 1NK6A 3HVTA 3OS2A 4FJXA 3S3MA 3IS9A 4LD0A 2A1RA 4DLEA 4FJ9A 2XY6A 4NCBA 1IKVA 1WN7A 1NKCA 2X6NA 1VRTA 4UQGA 2HHUA 3E01A 5HRPA 1C1BA 1JLGA 4DTXA 3KLFA 2G8UA 3F73A 4DTPA 2IOCA 1IKYA 4CJ5A 1BQMA 3LAKA 2YNGA 3OYKA 4DTNA 3L2UA 4DSIA 4JRQA 5K14A 3NF7A 2F8SA 1EXQA 4OVLA 1ZBLA 3LPTA 1TK5A 4CGHA 1WNSA 4E1NA 1Y97A 2FBVA 3V9XA 3EZ5A 4I9QA 3HP9A 5JS2A 3HK2A 1LWEA 4DQRA 4C8NA 4KHSA 4FW2A 4BWMA 3RR7A 2IGIA 1ASVA 4HTUA 4KHYA 3AO3A 4OJRA 3QIOA 3UIQA 4IFYA 3K2PA 4ID1A 3L2RA 3O3FA 4CHYA 4F4KA 3DRPA 3MEDA 4ZHRA 3JSMA 1QQCA 2XY5A 1RTHA 2RPIA 5KI6A 1J53A 4NYNA 4F3OA 3ZSZA 3HPGA 3TAQA 3HVRA 1XC9A 3B6OA 4E19A 3LANA 2G8HA 3NH0A 2YNIA 1RT6A 3AO2A 3AV9A 4E7HA 1NKBA 3QLHA 3O4QA 4FLYA 1VSDA 2P51A 1RT2A 2YHAA 3OYJA 3PY8A 2XHBA 1S1XA 1KFSA 5HLFA 1W9HA 4RW8A 4C8MA 3V1OA 3VQDA 3LWLA 4RW4A 3IAYA 1N5YA 3ZSRA 4RG8A 3K58A 1CLQA 4RW7A 1TV6A 4J2DA 5DMRA 5CZ1A 3OY9A 4ZTFA 1NJZA 4O55A 2B6AA 1TVRA 3AVCA 4B8CA 1DLOA 3ZSQA 3NF6A 1BHLA 1RBSA 3LPUA 3NCIA 4FW1A 3LZJA 1FKPA 4AILC 3SCXA 3MXMA 1UA0A 3KLEA 3K5NA 2QKKA 5D3GA 1HMVA 4B08A 1IKXA 3NBPA 3ZT3A 3OJSA 3QNNA 4B9SA 4E7JA 1NK5A 2OZMA 4KI6A 4CJFA 1ZBIA 2HHVA 2KTQA 1NK9A 1UOCA 1ASUA 3SYZA 1B9DA 4MFBA 5C24A 1S1TA 2KQ2A 3U6FA 4IBNA 2HHQA 4F3TA 1RNHA 1C0UA 4DQSA 1WSHA 2B5JA 3SQ1A 3TAEA 2G8WA 3NH2A 4FJNA 4DSLA 3SV3A 2Y1JA 5DK5A 3RTVA 1S9GA 5KRTA 5J2MA 1S1WA 3P1GA 3I0RA 4H4MA 3OYNA 4DU4A 3QEWA 1TKTA 2DFFA 2IC3A 3I0SA 3RMBA 1U47A 1Q9XA 3AA2A 3KLHA 1D8YA 1S5JA 4F2SA 4AHUA 4CEEA 3AA4A 4DF4A 1JKHA 3NF8A 4CIEA 3V1QA 1YTAA 3S3OA 4EZ6A 3SQ2A 4C8OA 3K57A 3G10A 4O0IA 2I5JA 3THVA 3AVAA 4B9NA 4BE2A 3ULDA 1QSSA 4KTZA 4FVMA 3BDPA 4Z4FA 4LY7A 4PUOA 4ELVA 2BE2A 4Z4GA 2XO7A 2HW3A 3VQ6A 3AVGA 4PWDA 3DYAA 3DI6A 4AH9A 4M3XA 3LZIA 4BDPA 1HQUA 1XWLA 5SWMA 5J2QA 1K6YA 4GW6A 3QEXA 2PYJA 5KRSA 3OYBA 1DTTA 4FJHA 2YV0X 4CJQA 3WNGA 1GOAA 1U04A 3AVFA 1DTQA 3D45A 3OJUA 1X9MA 1BL3A 1YVUA 4Y1CA 4JLHA 3HM9A 1S9EA 2A1SA 3ZSVA 4FCYA 4IFVA 3G0ZA 2YKMA 3MXIA 3HO1A 1KTQA 1JXBA 1LWFA 2F8TA 4M3YA 4Q0BA 4FK4A 4H8KA 1FXXA 4E1MA 1WSJA 4CIGA 2G8IA 2BANA 1JL2A 3MXJA 2Z1HA 1HQEA 2E4LA 1TKXA 4IG3A 4CJ3A 1NJXA 4FM0A 1G15A 2F96A 1HNIA 4B8AB 1JLQA 4CECA 3HT3A 3HPOA 1NJYA 4KB0A 4CF8A 3RMAA 4CGIA 4OGCA 1CXQA 1RDCA 4FJKA 1SKRA 4OPJA 3ZSXA 4O0JA 1R0AA 2Y1IA 4M41A 1JLCA 3VQAA 4C8KA 4CJRA 1TL1A 4DS5A 1VSMA 4CHNA 4I2PA 4FJJA 3AA5X 4I7FA 3AO5A 3AO1A 1WAJA 4J2EA 3HSTB 1VSHA 4HUEA 3TANA 1S6PA 4O5BA 1HRHA 2RF2A 3AVNA 1FKOA 1L3TA 4FK2A 1CZ9A 5CZ2A 4KTQA 4W5OA 2HHXA 4CF2A 1NK8A 4IKFA 2OPRA 1C6VA 4EP5A 3V1RA 4DTMA 1ITGA 2QK9A 1JL1A 3C6UA 3WNHA 4OKKA 1CXUA 2YKNA 4IG0A 3TWHA 3VQ5A 3BGRA 2XY8A 3LAMA 4LH4A 4W5NA 3T19A 1YT3A 2XRIA 1VSEA 4CGJA 1WAFA 1GOCA 3U3GA 3OYHA 3MAQA 2KW4A 3SZ2A 4KI4A 1C1CA 3AVJA 5I42A 2R7YA 1VSKA 1X9SA 1LV5A 3L3VA 4QAGA 4KPYA 5J2PA 2FBYA 1EX4A 1RT3A 2DFEA 4CEAA 2G8VA 3NDKA 3SQ4A 4CHQA 3A2FA 4O4GA 4CJLA 2VWJA 1T03A 4CF9A 3WNEA 4E0DA 2KZMA 2VG6A 4OKJA 4DMNA 2ZD1A 4PA1A 2Z1JA 2HNZA 4CJWA 4DWIA 4FLWA 4FYDA 3NAEA 4J2BA 1RDAA 2HNDA 1JXEA 1RT4A 3HXMA 3ZSYA 4CIFA 2P5GA 4CHPA 4DFJA 4OPKA 1FK9A 2YNFA 4MQ3A 4DTJA 4Z0UA 5KGXA 4OGEA 4HUGA 4G1QA 1SKSA 3PX6A 3AVHA 3S3NA 2PY5A 1LW2A 4K8ZA 3HP6A 3QETA 1SUQA 4CHOA 4J2AA 1T8EA 2QXFA 4OLBA 4FK0A 3NHGA 2P1JA 2JLEA 2VG5A 1NK7A 4E89A 1KSPA 1RT5A 5CYMA 1J5OA 4B3OA 4DFMA 3NH1A 4AHSA 5J2NA 4GMJB 3PX0A 3KD5E 3OYMA 1C1AA 2ZE2A 4CJPA 3I8DA 4B9LA 1CZBA 4HUFA 1UA1A 1ASWA 3V9SA 4JS4A 1L3SA 3QERA 1TK0A 2OZSA 4IDKA 1JLFA 2WOMA 1TL3A 3M8SA 4FJ8A 4CJ4A 1ZBHA 4WE1A 1BI4A 1D5AA 2RN2A 4E7LA 3RR8A 3S9HA 2XY7A 1Q9YA 5FROA 1RBTA 1Q8IA 3OS0A 4FXDA 4DQPA 4LSNA 3SUOA 1JLBA 4CJTA 4ELUA 1L3VA 4HHTA 4FLVA 4I2QA 1F21A 4CGFA 1SL0A 4N76A 3O4NA 4M3UA 4QOZB 4DFPA 4FJLA 3TAGA 1Z26A 3SNNA 1HNVA 2IDOA 1S1VA 1TAQA 3HYFA 3LP3A 1WSEA 3LP0A 4TSXA 3ZT2A 3CQ8A 3KD1E 4QCLA 3TABA 2HVIA 3VQ8A 1SV5A 4KKOA 5I3UA 3LWMA 4NCGA 4CGGA 1T05A 2PZSA 3KTQA 4B9UA 1VSFA 2E6MA 1BI4B 2O4GA 1HJRA 1RBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GG4A 3AO4A 2ASMA 1LAWA 2D0AA 2QW9A 3OYFA 1Z25A 2OPQA 1BQNA 4EP4A 3VQQA 3IRXA 4A61A 4CEDA 4FM1A 1XMQK 2GWKA 4Z4HA 3M8PA 2E88A 5EU7A 3WXKA 2D0OA 1SL1A 2WTUA 3DLBA 3LDQA 2CGJA 4H0TB 4CZLA 2E6LA 2GUIA 2Q36A 1BG3A 3F9KA 4RW6A 1SKWA 1EP4A 3C6TA 2VGMA 3RRHA 4Y1DA 4O8UA 3VEXA 3MDQA 1VHXA 3ZT1A 4BGBA 3C94A 4LF8K 2UXDK 1TYQA 4JI7K 5HRRA 4BDZA 3KZBA 3FZMA 4PQUA 1S3XA 3B6PA 2FLOA 4IEIA 3MMVA 2YI1A 4XH4A 4H0XB 3QEVA 4JD2B 4CFDA 1EKEA 4CF0A 4BRLA 3QNOA 2GX9A 4M42A 3AAQA 4DTSA 4N47A 4DTUA 3WQTA 4CZKA 1ZYQA 1VRUA 4KB1A 1RILA 4N5SA 1XQSC 1DKGD 3TR8A 1YF5L 4EHTA 3RMDA 2GV9A 4DV7K 3KK2A 3V81A 4J8FA 2HHWA 2HF3A 3KWIA 5C2FA 2DY4A 1OH5A 2OPSA 3A5NC 4HVJA 1O1WA 3V6DA 3WEEA 4AHCA 3ID8A 2NRWA 4W5TA 4CW7B 5I9EB 2FF6A 4JK8A 1TKDA 3H08A 1X3MA 4CJVA 3CC7N 3SAFA 2QKBA 2FSJA 4FJ7A 1BUPA 1T6DA 3CG7A 4CD3A 3JXUA 1QS4A 2X6SA 1HPZA 1U6ZA 1B92A 3QBXA 3PO5A 3VQ9A 4JI6K 3L3UA 4Z4EA 2IS3A 3L0QA 3CI5A 3D0PA 4DFKA 3T1AA 4FWPA 4OPAA 4DR2K 3DMJA 1KLMA 3VENA 4DR7K 2E1ZA 4E7IA 3FZKA 4JKCA 4KFBA 3PO4A 3LALA 2RE2A 3DJCA 2HHSA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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