5KGWA

Hiv1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
b'CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
total genus 44
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgwA00
1C1AA 4KHYA 3BGRA 1RBRA 2XO7A 2Q3SA 4KRFA 2HHXA 3MXIA 2G8IA 4E7JA 2HHTA 1NJWA 3WNEA 2VG5A 4C8MA 3TAQA 3QLHA 3MECA 3VQCA 3TAEA 3RR7A 1BHLA 3KIOA 3OS2A 1J53A 4C8LA 1K6YA 2RN2A 4CIFA 4NYFA 3PX4A 2W42A 4FLYA 4ICLA 4O0JA 4OJRA 4BACA 3QINA 1RDCA 4CJ4A 3AO5A 5FRMA 3DMJA 3LP1A 3AA4A 1WAJA 3V9UA 4BE1A 3KKSA 2YV0X 1DTTA 1VSLA 3MEEA 4KTZA 1TL3A 4FZZA 4MFBA 4CGHA 1NK9A 4DG1A 2XRIA 4O5BA 4E7KA 3ZT3A 4FK4A 1LAVA 2Z1JA 1KLMA 4OPKA 3CM6A 4KTWA 4K8ZA 4Q0BA 1O1WA 4N5SA 2RKIA 3HPHA 3VQEA 4RG8A 4CJLA 3RMBA 4B9LA 5SWMA 3O3GA 3PX6A 2HHVA 3OYBA 2XY8A 1YVUA 2YKNA 3PX0A 5HRPA 1DLOA 5J2QA 1L5UA 5D3GA 5CZ2A 1BCOA 4CFAA 1EKEA 3O3HA 3C6TA 5C25A 1D9DA 4N47A 3V9XA 2IC3A 1U47A 4DTJA 3I0RA 3HM9A 4KHWA 4W5NA 1JLAA 4I2PA 3AA5X 2X6SA 1GOBA 2DFHA 1I3AA 4OGEA 4E1MA 3SQ4A 1NJYA 1BQNA 4B3OA 4FLXA 1LV5A 1JLQA 1SL0A 4FZYA 2G8WA 4HUGA 2KZMA 3AVBA 1TKXA 1L3UA 4NYNA 3NFAA 1JLCA 1RILA 2FBXA 3ZT4A 3M8QA 4CF2A 1CXUA 1W0HA 3IG1A 1C0MA 3AO2A 4O55A 3IAYA 1QE1A 4G1QA 4CEAA 3WNFA 4KB1A 2HHQA 3DLEA 3ITHA 4FJIA 3NF9A 3SV4A 4FLTA 2VWKA 4DTMA 1Z26A 3DOLA 2DFEA 3DYAA 3SUNA 4FJGA 2YNGA 2Z1IA 1J5OA 4DU1A 3NBPA 3BDPA 4AHSA 3QETA 4CE9A 4CK2A 4JRQA 4BE0A 5E41A 5HLFA 3ZSOA 2PYJA 4B9UA 4OVLA 4CECA 1SKSA 4H4MA 2FBYA 3OYAA 4FJ7A 4FW1A 4Y1DA 4DQPA 4B9VA 3TI0A 4BE2A 4DQQA 3L2VA 2O4IA 4DTRA 2OPSA 4DU4A 3PY8A 1WAFA 4CGFA 1RBSA 2IDOA 3QO9A 3AVGA 4C8NA 1W9HA 3F9KA 4CERA 2DTUA 3RMCA 4E89A 5DK5A 2O4GA 3OYFA 4KPYA 5CZ1A 4E7LA 1G15A 2IS3A 2RPIA 4KV8A 2QK9A 1RT2A 1KVAA 3K59A 2VG7A 4CF8A 4CGIA 4CHNA 3K58A 3T1AA 5JS1A 1KLNA 2AJQA 4JLHA 1QQCA 4CHYA 1ZBUA 2EX3A 1X9WA 3K57A 4HUFA 3AVLA 5T7BA 1L3VA 4OGCA 4PA1A 3HVRA 1ASVA 1IKWA 2QKKA 2A1SA 4DQRA 3QIPA 1FXXA 3KLFA 1YTUA 4HUEA 4B8AB 3HXMA 3HJFA 5KGXA 3TAGA 1DTQA 3NCIA 2OPRA 1R0AA 3AV9A 1FKOA 3S9HA 1S5JA 2D0BA 1JL2A 4M3ZA 4DSLA 4B9MA 2I5JA 4EP5A 4E0DA 1J9AA 2E6LA 2ZD1A 1ZBFA 1HQUA 1KVBA 5FDLA 3U6FA 1RBUA 4DFJA 1J54A 5HRNA 1UOCA 3IRXA 1HRHA 4JS4A 4DSJA 4O44A 4ZHRA 4UQGA 3AA3A 4NCAA 1S1XA 3TAFA 4QOZB 1QHTA 1SL1A 3CYMA 1JKHA 4DS5A 3C95A 2ATQA 1S6PA 4DSFA 1KFSA 4CEBA 3A2FA 1F21A 3MEDA 3P5JA 1D5AA 4CEFA 3KJVA 4DFPA 1EXQA 4F4KA 4FJ8A 4M3RA 4NCBA 2E4LA 2BDPA 1WSFA 4E1NA 3P83D 4Z4GA 4W5QA 4W5OA 3RWUA 1JXBA 3L8BA 2DFFA 3LWMA 3SYZA 3RRHA 3TANA 5J1EA 1HPZA 4B9SA 1QTMA 3I8DA 3LALA 3M8SA 4FK2A 4ID1A 1NKBA 3OYHA 4B08A 3DLBA 4FLWA 3PV8A 1VRTA 1D9FA 1HNVA 2F96A 2HNDA 3QEXA 3SUPA 2DY4A 3V1RA 2HW3A 1UA1A 3AVFA 4DLEA 3B6PA 3NHGA 1IO2A 4DWIA 1X9SA 3QEIA 3MAQA 5DMRA 3V9ZA 1RT1A 4J2AA 2NUBA 1C0UA 2GBZA 3LPTA 1IH7A 3AO4A 2KZZA 1NK0A 1C6VA 4OPJA 4K8XA 4FYDA 1NJZA 1HYZA 5J2PA 4IDKA 3VQ5A 3HT3A 4F8RA 1VRUA 4AILC 1NK6A 2KQ2A 5C24A 4M3WA 1NKEA 2FBVA 3L2UA 3SI6A 3NAEA 2PZSA 1NKCA 2HNZA 4Z4IA 4JRPA 1CXQA 1UWBA 3SQ2A 3QEPA 1RTDA 1QSYA 3VQDA 2OYQA 4GVMA 3DRPA 4CHQA 4F3OA 2OPPA 4KFBA 3RMDA 5K14A 4IFYA 4O4GA 3WNHA 2X74A 4B9TA 3OYMA 2HVIA 5I3UA 3RRGA 1LWFA 3CFOA 3QEWA 4H4OA 2HVHA 2R7YA 2OA8A 3CQ8A 1TKTA 1LWEA 3S3MA 3LZJA 1RT7A 4LSNA 3AVJA 3KD5E 3MEGA 3AA2A 4R5PA 3AO3A 1C0TA 3AO1A 2HHUA 4N56A 3L2RA 4DF4A 4H8KA 1SL2A 3NE6A 4F2RA 3ISNC 1S1WA 4FJLA 4L8RB 3AVAA 1BIUA 1HNIA 3AVIA 3M8PA 2XHBA 1U49A 1C1BA 1REVA 3NF7A 1U4BA 4NCGA 2HHSA 1SV5A 4CHOA 3OS1A 1TK5A 1NOYA 1ITGA 3SCXA 2IOCA 4M42A 1B9FA 3OYIA 3LP3A 3DI6A 3DLGA 4DTPA 1ASUA 2XY6A 4KO0A 2G8FA 3B6OA 5J2MA 4ELTA 3RMAA 5CY4A 4DS4A 1EETA 2WONA 3AVNA 1B92A 1Z25A 4J2DA 1WNSA 3OJSA 4GMJB 3DOKA 2JLEA 3L2QA 4PY5A 5EU7A 1HMVA 3LAMA 3VQ7A 3V9SA 4IFVA 1ZBLA 1FKPA 1RT5A 3LAKA 1S6QA 3T19A 4DLGA 1KSPA 3OYCA 3OYKA 5HRRA 4AHRA 4Q5VA 2YHAA 3HL8A 1WN7A 3ZSZA 1N5YA 3ZSQA 4AHUA 2OZMA 4FM0A 1VSMA 3SQ0A 1WLJA 1FK9A 3HP6A 4LD0A 3HP9A 4FM2A 4E7HA 4CESA 4KHQA 3PO4A 1JLGA 4OKJA 4BWMA 1SKWA 1NOZA 3KD1E 1CLQA 3HPGA 4LH4A 3JSMA 3SUOA 2EHGA 3QNNA 3TARA 2LSNA 5JS2A 4CJUA 3VQ8A 1UA0A 4Z4EA 3LANA 3EY1A 2PYLA 5KI6A 1SUQA 2ETJA 1UAXA 4FJ5A 1ZBIA 4HVJA 1Q9YA 1WSJA 2WOMA 4CEQA 5I42A 3UIQA 1VSDA 3NGYA 3MXJA 1TGOA 4I7FA 1TAQA 2P1JA 3NGZA 3ALYA 1A5VA 1HJRA 1RTJA 4N76A 4QCLA 3KLGA 1IKVA 2IGIA 1L3SA 4CJ3A 1QS4A 3I0SA 3NGIA 2XY5A 3SJJA 2QKBA 2VWJA 1KFDA 4CGGA 3SZ2A 4CGJA 4DFMA 1RT3A 3LP2A 4CJWA 4HTUA 4CEEA 4KB0A 3HO1A 3VQPA 4CIGA 1T03A 4W5TA 1U48A 3D0PA 1Y97A 4JS5A 2OPQA 4YFUA 1S1TA 3OYJA 4E3SA 4RW8A 3G10A 3TR8A 3NH0A 3WNGA 4J2BA 3TAPA 4ZTJA 4E19A 3ZT1A 3KLEA 2QXFA 1X9MA 4CCHA 1TL1A 5HRSA 4F2SA 1NK8A 2B5JA 2YKMA 2KTQA 4DTXA 3QNOA 2D0AA 2IAJA 3OYGA 3QESA 4PUOA 3ZT2A 1BL3A 4C8OA 3LPUA 1S1VA 4IBNA 1BIZA 1VSKA 4DMNA 1D8YA 4ID5A 2RF2A 3VQ9A 4CFBA 3VN5A 4FM1A 4FJJA 1JLEA 4KI6A 3ASMA 4FLVA 4KAZA 3NDKA 4Z4FA 3LDSA 1EP4A 1WSEA 4OKKA 1X1PA 4CJEA 2ZE2A 3VQ4A 3OS0A 1CZ9A 3D45A 4LY7A 1TKDA 1XC9A 1WSGA 4Z4CA 2GUIA 4HCBA 3G0ZA 4EZ6A 1RBVA 4HHTA 3DLKA 1LWCA 1KCFA 4DQSA 3ZT0A 2OZSA 5HP1A 4I2QA 1JLFA 4B9NA 1Q9XA 2F8SA 3K5MA 1ZYQA 2E6MA 3TABA 3JYTA 2G8UA 1XI1A 2PY5A 4J2EA 3DRRA 4RW6A 1BCMA 4LH5A 4DTNA 4AHTA 1RT4A 3OYLA 4KKOA 5KRSA 3E01A 1LW2A 1YTAA 4RW9A 3O4QA 5J2NA 2G8HA 1HYVA 2GV9A 1L3TA 1S1UA 3OVNA 3S3OA 2BANA 3RR8A 3RTVA 3NH2A 1RDAA 2Z1GA 3C6UA 1GOCA 4CF1A 3OYEA 4FVMA 4GW6A 3KLHA 3M8RA 3QERA 2XY7A 4FJMA 4KHNA 4OLAA 2YNFA 3SV3A 1KTQA 1ASWA 4AHCA 4IKFA 3ZSXA 4CFDA 3VA0A 3OYDA 1TVRA 4AH9A 1RNHA 1RT6A 3ZSVA 1NK7A 3PUFA 1BI4B 4BDYA 4FLZA 4E7IA 4CJ5A 4DTUA 3THVA 4ZTFA 1BQMA 2HB5A 1T8EA 4HCCA 2F8TA 4EP4A 4OLBA 3HYFA 4CJRA 3NH1A 1T7PA 1JLBA 1U04A 1VSFA 3LP0A 4CJFA 1A5XA 3OYNA 4IG0A 3K5OA 3S3NA 3TWHA 3L3UA 1I39A 1GOAA 1N6QA 1RBTA 1CZBA 2FC0A 1KVCA 3AVKA 1YT3A 1T05A 3V81A 4CF9A 4FJKA 4M3TA 1RDBA 1S9GA 3AVCA 1NK4A 3C94A 1XHXA 3KLIA 4CEZA 1VSHA 3K5NA 4FCYA 3DLHA 3DLRA 3OJUA 1BI4A 4YNQA 3NF8A 3MXMA 3ZSYA 4F3TA 4PQUA 3FFIA 4M3XA 3CM5A 1IG9A 4PWDA 3EZ5A 4BWJA 4CIEA 3F73A 1IKXA 1WSHA 3DRSA 4CJKA 4KHSA 3CFPA 5HROA 2HHWA 5FRNA 3HSTB 4CHPA 3HK2A 4I9LA 1JL1A 4FJXA 1VSJA 2A1RA 1XHZA 4OKEA 2FBTA 4CJTA 4MQ3A 3U3GA 3VQ6A 4FW2A 4CK1A 1SKRA 4DQIA 2HNYA 2P51A 4CHZA 4CJVA 4ELUA 3IS9A 2BGGA 2X6NA 4KHUA 1BGXT 4FJHA 3DM2A 3SUQA 3SPYA 1RDDA 3K2PA 3ZCMA 3T3FA 1RTIA 4CEOA 4TSXA 1XWLA 4XIUA 1TAUA 1RTHA 2Y1JA 2B4JA 1U45A 3H08A 3KKRA 4M41A 4BDZA 3CG7A 1VSEA 1S9EA 2YNHA 3HPOA 3L2WA 4DTSA 4QAGA 4CJPA 3KK3A 3SPZA 2B6AA 3ZSRA 1C1CA 4FK0A 3LZIA 3V9WA 1HQEA 5KTQA 1QSLA 5FROA 4FXDA 1LAWA 1VK0A 3P1GA 4FJ9A 3VQBA 3L3VA 2G8VA 4Z0UA 4DFKA 1Q8IA 4Z4HA 3QIOA 3LWLA 3SNNA 3K5LA 4Y1CA 3V1QA 3CFRA 3VA3A 2Y1IA 4LSLA 1KRPA 5HBMA 2P5GA 1WSIA 4BDPA 4CGDA 2KFZA 4DTOA 4CEDA 2KW4A 3VQAA 3ULDA 4KREA 3TAMA 5CYMA 4FLUA 3V6DA 4O0IA 3EYZA 4N41A 5KGWA 3OY9A 3AVMA 2HMIA 2BE2A 1LW0A 4IG3A 2Z1HA 4DSEA 4DSIA 1B9DA 4EZ9A 2JGUA 4M3YA 3KK1A 1BISA 3V1OA 3NF6A 1ZBHA 4CFCA 1HYSA 1TKZA 4CJQA 1VSIA 4FZXC 2X78A 2P5OA 4C8KA 1JXEA 1A5WA 1EX4A 4RW7A 4DF8A 1NJXA 2D0CA 4W5RA 5C42A 1RCHA 4CF0A 4I9QA 5SZTA 2VG6A 4RW4A 1QSSA 3SQ1A 5CYQA 4M45A 4KTQA 3O3FA 3VQQA 4DSKA 4FJNA 4CK3A 3O4NA 3V4IA 4AHVA 3PO5A 4DU3A 1NK5A 4CJSA 4WE1A 3ZSWA 2KFNA 1TK0A 1TK8A 2ZQBA 4KI4A 1TV6A 1IKYA 2YNIA 3U3YA 2D5RA 2ITGA 2YHBA 2G8KA 1MU2A 4ELVA 5KRTA 4B8CA 3HVTA 3KTQA 3KK2A 3AVHA 4M3UA 3QEVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3BGRA 2Q3SA 1P8ZA 3VQCA 1TUUA 2NRRA 4BC4A 4C8LA 2RN2A 1VQON 4EHTA 3PX4A 4ICLA 3E1YA 3A5OC 1TYQB 2VWBA 3D2EB 4CJ4A 5AQNA 2NRVA 1WAJA 2HF4A 1C0GA 4KTZA 3FZFA 4CGHA 3I56N 3CXCM 2XRIA 4E7KA 4FK4A 1BOTO 2Z1JA 1U6ZA 3LDQA 4KTWA 4K8ZA 1T44A 4Z94A 2RKIA 3HPHA 4RG8A 4H03B 3JS6A 3O3GA 1DT9A 2XY8A 2ZGYA 5CZ2A 4GV3A 4FOIA 1D9DA 4N47A 2IC3A 2UUBK 3I0RA 3HM9A 1VQ6N 1WUAA 3AA5X 5IWAK 2X6SA 1GOBA 3C7NB 1BA0A 2G8WA 5BRDA 3OBYA 1TKXA 5IT9O 2P9UB 3CC2N 1P90A 3J80O 2P9LA 3IG1A 4O55A 4E1JA 1QE1A 4G1QA 3TU5A 2HHQA 4H0PA 3ITHA 1GLCG 1Z26A 3H1QA 1OH8A 2Z1IA 1J5OA 3BDPA 4AHSA 3QMLA 4B9UA 2O8BB 4OVLA 4LF5K 2FBYA 3O9SA 3TI0A 2O4IA 4LF9K 2IDOA 4E89A 3VGLA 5DK5A 2O4GA 4DQ8A 5CZ1A 4KPYA 4KV8A 1Z05A 3QB0A 4CF8A 3K58A 1HKBA 4CHNA 4JLHA 4CHYA 2EX3A 2HF3A 4FWQA 4PA1A 1IKWA 4DR1K 2FSNA 3CJAA 3KLFA 4B3SK 3IFRA 3L0QA 3HXMA 1DTQA 1R0AA 5E84A 3S9HA 4JEPA 1J9AA 3I8BA 1KVBA 2QEXN 1J54A 4ISFA 3VENA 1HRHA 3KHYA 4JS4A 4O44A 1K9MO 3TAFA 4QOZB 5KPTA 5GIPA 3UKUB 4B1YB 4NO7A 3CD6N 1S6PA 4DSFA 1KFSA 4CEBA 3KJVA 1U2VB 4BRDA 3VERA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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