5KKJA

2.0-angstrom in situ mylar structure of hen egg-white lysozyme (hewl) at 293 k
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title A Versatile System for High-Throughput In Situ X-ray Screening and Data Collection of Soluble and Membrane-Protein Crystals.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kkjA00
5KXNA 1BB4A 3B0OA 1O23A 3J6KA 2BQCA 4TUNA 5C6LA 4WLDA 3EXDA 1GWDA 5I4WA 2ZIKA 1HNLA 4WOAA 1H6MA 4PRQA 1DPWA 4ETBA 5LYMA 2HU1A 1AKIA 4WLXA 4XENA 4BS7A 1JPOA 3WU8A 5DM9A 4BAFA 3WPJA 4XN6A 134LA 3AYQA 1B7PA 1IORA 3AZ5A 4H1PA 4CGEA 3M18B 5FELA 1OUFA 1OUGA 1TAYA 1JTOL 1LTMA 1WTNA 2EKSC 4U3XB 1AM7A 1AZFA 4CFPA 1LZYA 1SQ2L 4ETAA 4UWVA 2MEGA 1J1XY 1RCMA 3A96A 4EOFA 3LYZA 4E3UA 3TMUA 1NWGA 1BWHA 1GF0A 3A3QA 1UA6Y 1UIBA 3RW8A 1GFTA 2W1LA 2H9JA 3D9AC 4XJFA 1HEWA 1AT5A 1VDPA 1OUIA 5KKIA 2ZQ4A 3HBHA 1F10A 1NMMA 4YEMA 1QDRA 5EBHA 3CSZA 4PHIA 5F9UA 1IY3A 1BB7A 4WO6A 1HC0A 4I0CA 5DL9A 3W6EA 1T3PA 4MSTA 3IJVA 1LSAA 2C8PA 1IP3A 1LZ5A 1FDLY 4HJZA 2MEFA 1JTPL 1LSGA 1GB7A 1Z55A 1LZBA 4ET9A 2D4IA 1B7SA 4NGWA 1JWRA 1EL1A 3P4ZA 1BB5A 4R0FA 1GB9A 4H93A 1LHIA 1YAQA 1KIRC 5F14A 4GCCA 1NDGC 1GDXA 2XJWA 2BQHA 2Z37A 3WPLA 3WYHA 4WM5A 1MELL 2FYCA 4NGOA 5LVHA 1HF4A 4H9HA 4QY9A 5L9JA 4KL7A 1GB0A 2IHLA 1XGRC 5II3A 1JHLA 1JIYA 2DBTA 1LJ3A 1UIEA 5KXSA 3WVXA 1VDSA 4LT3A 5D5CA 1YAOA 1WQOA 3B6LA 3TXEA 4NGIA 1QQYA 5LVKA 1IP7A 3N9EA 4DT3A 1IP6A 2DQDY 2N5ZA 2CDSA 2GV0A 1GFEA 4GN3A 5LVIA 2XBRA 1VEDA 2DQHY 4RW2A 4GCDA 3HBDA 3W6DA 4Z3MA 1CJ7A 1GBWA 1KXWA 1LZDA 4W96A 1BWIA 4WLYA 4HTQA 1YAMA 1HENA 2BPUA 4YM8A 5IELA 5KXXA 5KXRA 4DDBA 1B5XA 1LJFA 2DQJY 2BQIA 1IWUA 1GHLA 4NSJA 3AGIA 4B49A 1XGQC 5DN5A 1LJNA 1NHEA 1G7JC 1GFAA 1WVVA 3WMKA 5B59A 4L41A 1W08A 1F0WA 1JKCA 1JKAA 1HEMA 2DQEY 5KJ9A 2ZIJA 5I5QA 2Z38A 1RI8B 4RLMA 3AZ7A 193LA 4G4BA 5KXPA 4G9SA 1LSZA 4NGZA 4NGVA 1GFHA 2WARA 4NEBA 1GE4A 2D91A 4WG7A 1GXXA 2HEFA 2XBSA 4YF2A 1W6ZA 2LYMA 4GN5C 5LA8A 1DKKA 3T6UA 4TSCA 1I56A 3A90A 1LJGA 1GF4A 2ZNXY 5LAGA 1CJ6A 4NSIA 5APFA 1GB8A 1YANA 1GE3A 2W1YA 4N5RA 4B4IA 1XEJA 5IHGA 3LZTA 4NSHA 4H8YA 3CSRA 4R6CA 2D6BA 4TWSA 3A67Y 3A93A 4LGKA 1UBZA 1N4FA 4CHXA 1VAUA 4DDCA 132LA 4FJRA 4XYYA 1GAZA 2YVBA 4WG1A 3ZEKA 4HP0A 4ANRA 3TXDA 3WUMA 5KKJA 4H9EA 3ZVQB 5HNCA 4TX7A 1LHLA 3LHMA 4AXTA 1GBSA 1LZ9A 4NIJA 4O34A 2LHMA 3A92A 1LAAA 5KXYA 2ZYPA 1IP2A 3WU9A 5KXTA 208LA 3TXJA 4GLAA 4J7VA 4OWHA 1DZBX 5I53A 5KXKA 2AUBA 5HQ1A 1IOTA 1UIAA 3RT5X 2EPEA 1D6QA 1HHLA 4B0DA 3CSQA 1D6PA 2Y8PA 1REMA 1GFUA 3HBEX 1IP5A 2BQJA 1IVMA 3A8ZA 5HMVA 3RNXA 5KXLA 1GPQC 3F6ZA 3AB6A 1LSFA 1LZ1A 2Q0MX 1DQJC 1JUGA 1JJ3A 1D9UA 1I1ZA 1QUTA 2G4QA 3G3BB 4HSFA 1REYA 4MR1A 1G7LC 4GCFA 2BQGA 3AGGG 1BB3A 4NGJA 1LJHA 1LKRA 2DKVA 1QSWA 2Z2EA 1LMAA 1HEOA 1WQMA 4XADA 5L3IA 3ZVQA 2CJLA 4PRUA 5B06A 1J1PY 3WULA 4ZEEA 2F4GA 1J1OY 1OQMA 1UIFA 1LYZA 1YL1X 4H9FA 4WMGA 1HMKA 2ZILA 2BQBA 1OUDA 4WM2A 3TXKA 1LZNA 1NBYC 3AJNA 2DQGY 4UWNA 3WPKA 2I6ZA 4PGJB 3WU7A 1XGPC 4N1CC 4WL6A 1IP1A 2MEBA 1JITA 5E9RA 2Z39A 4LFPA 4WM1A 2BQMA 4LYTA 5KXZA 1LSNA 1NBZC 3LYMA 2DQCY 1JTTL 2FBBA 1CKFA 1HMLA 4UWUA 1GF9A 4NGYA 4J1AA 1GD6A 3AW6A 1HEQA 1IOCA 3CT1A 3IJUA 4N9RA 4YOPA 2HEAA 4NGLA 4PPOA 1F6SA 5K7OA 1ALCA 1RFPA 3ATNA 2HTXA 2LYZA 3QNGA 3B0KA 1JISA 1JJ1A 1WQNA 3OK0A 1BGIA 1B7QA 1GEVA 4DC4A 4NSGA 1LSYA 1IWZA 2YBNA 4N8ZA 4OWBA 1GF3A 1GBZA 3G3AB 1HERA 3WVYA 3QY4A 1GF7A 4M4OA 1INUA 2BLYA 1C45A 3TMXA 1ZVHL 5A3ZA 4H94A 3A6BY 1BQLY 3VWOA 4NHPA 5LAFA 5A3EA 1WVUA 2VB1A 1LHJA 4GLVA 1LYSA 1LZRA 1C08C 4DD7A 2BAAA 4LYZA 3P65A 5HNLA 1LZGA 1MLCE 1PZYA 1UIHA 1IC4Y 1C7PA 3AW7A 3CQLA 4HPEA 1GB3A 2CWIA 4IATA 1WTMA 4OOOA 4XJBA 4ETCA 1KXYA 5LIOA 2YDGA 5J7CA 1LMNA 2EQLA 2HU3A 5FEKA 7LYZA 5LXWA 2YSSC 9LYZA 1HFZA 1JKDA 1XGUC 4LT0A 1C46A 2BQDA 1OUCA 1V7SA 1AT6A 4H9AA 1GAYA 1IOSA 4LZTA 1B9OA 1LZ4A 1LJKA 2HECA 3TXBA 4EMNA 1UUZC 5M1YA 4FDYA 3RU5A 1VDTA 1BHZA 1A2YC 5HLLA 1LMPA 1IEEA 3LN2A 3OJPA 1YILA 1RJCB 1TBYA 1NKHA 5APDA 3TMVA 1LZTA 3EO5A 1UACY 4N1EI 1GFKA 5B05A 4NHTA 4NWEA 4H9CA 3ULRA 5KXWA 1B5YA 4X3BA 1JSEA 1PS5A 1RE2A 1G7MC 1GFGA 3CT0A 1LZSA 4DWXA 5I4XA 2Z18A 4TTDA 2W1MA 4QEQA 1V7TA 1DXJA 2DQIY 3IWRA 1DI5A 2HEEA 3P66A 5AMYA 1EQ5A 4QGZA 4XJHA 5LA5A 3TMWA 3W3EA 1LMOA 5HMJA 1LMQA 1TEWA 4P2EA 4IASA 4RDSA 207LA 1GE0A 4QDNA 3TXIA 3M3UA 2DQFC 5B1FA 1B5UA 4NY5A 4G4CA 1C43A 1TCYA 1LKSA 2MEHA 2X0AA 4WL7A 4HJYA 5F81A 2BQNA 2I26L 5D5FA 1G7HC 4KPMA 2LYOA 2ZWBA 4OWCA 3QE8A 1QUSA 4Z41A 1FLWA 4LT1A 5T3FA 1BWJA 1T6VL 3WW5A 1FLQA 4NFVA 3W6CA 1LSBA 6LYTA 1GB6A 1CKDA 3D3DA 4NG1A 3KAMA 1CJ8A 1HELA 1IOQA 1NQIA 3WL2A 3WXTA 1XGTC 4D9ZA 3GXRA 1HEPA 1VDQA 1XFPL 4M6DA 1IX0A 1IWTA 1GDWA 4WO9A 4YEOA 1F6RA 4GCEA 1DPXA 1YQVY 2ZQ3A 5DN4A 5FCPA 2MEDA 4OWEA 2ZNWY 1QDTA 4H9BA 3T36A 1QSAA 1UC0A 2HEDA 1ZV5L 1D0LA 1HSXA 1YROA 1FLUA 1GF5A 1IY4A 5LVJA 1JEFA 1REXA 1LSEA 4DD9A 1LZ8A 1B5VA 4NGKA 4NWHA 1XEIA 4YENA 1GXV2 3AZ4A 5F16A 3WW6A 4KXIA 4ZFPA 5KXMA 1QIOA 4XJDA 1B7MA 1YL0X 1IP4A 2H9KA 2YBHA 4HJVA 1DI4A 5L3HA 2BQEA 3WH1A 154LA 5I54A 135LA 3B0IA 1GBYA 4J0LA 1UICA 2LZ2A 2ZYCA 4NHIA 2W1XA 3A91A 4BADA 4C5FA 5ILCA 1GFVA 1LZAA 1XEKA 4LYMA 1LYOA 1LJIA 3B72A 4WM3A 1JKBA 4ETDA 3LYTA 1GF8A 1ZMYL 5FHWA 4G49A 1GFJA 194LA 1GE2A 2YBMA 2HUBA 1YKZX 3FI7A 3TXGA 1B0DA 4LYOA 1LPIA 4J1BA 4KT3A 1D0KA 1NDMC 6LYZA 5E4PA 1IC7Y 1LYYA 1LSCA 2G4PA 2Z19A 1IWVA 1HSWA 2G4NA 1WQRA 4IJ4A 3SP3A 4ET8A 5APEA 3A34A 1DI3A 2YBIA 4B1AA 3FE0A 1EQEA 3CT5A 1OUEA 1LSDA 1OUBA 3J4GA 4B4JA 5ILFA 1D0MA 4I8SA 2H5ZA 1B5ZA 1CNSA 1FN5A 1OP9B 2IFFY 2BQOA 2MEAA 3N9CA 1OUHA 2RSCA 5APCA 4LFXA 4OWAA 4XJGA 2PC2A 3P68A 5LYTA 4MCKA 3HFMY 2CGIA 3A94A 1B5WA 4CFOA 4DD3A 1BVKC 5DLAA 1E8LA 2BQKA 4H8XA 1IWYA 4BAPA 1LSPA 5LINA 4Z98A 4HTNA 1VFBC 1GBXA 1B7NA 1LJ4A 1B7RA 4G4HA 2XTHA 4A7DA 2A7DA 3EBAB 1YKYX 2DQAA 1IR9A 4Z46A 2D4JA 5C6IA 5LYZA 1KXXA 3AGHA 4DDAA 3WUAA 1LCNA 3EMSA 1REZA 4DD1A 1SLYA 1LJJA 2FYDA 1WQQA 1I20A 1VATA 2YBLA 4WM6A 1GB2A 3E3DA 4LYCA 2NWDX 1B7OA 2D4KA 2EIZC 1H87A 1UCOA 4DYGA 4HPIA 5KY1A 1IO5A 1CKCA 1A4VA 1LSMA 1OUAA 4GCBA 4LYBA 4N0JA 1YIKA 3K3TA 1GEZA 3TXHA 2YBJA 1WQPA 4PJ2C 1IR7A 2F30A 4H91A 3W6BA 4NHSA 153LA 5FSTA 1GBOA 1OUJA 1FKQA 1LMTA 1LZEA 2HEBA 4RW1A 2LZTA 1GB5A 1ZVYB 1IWWA 3LYOA 5FDJA 1QTEA 1FBIX 1IC5Y 1IR8A 4ZIXA 1YAPA 1UIDA 2FBDA 1UIGA 4LT2A 2MEIA 4H92A 3ATOA 4W94A 2A7FA 4AGAA 2Z12A 4HV2A 1IWXA 1G7IC 3A3RX 4HTKA 1P2CC 3LZ2A 3A95A 2Z2FA 4ETEA 1HFYA 3W6AA 4DD0A 3BKHA 1LZ6A 5F9XA 3A6CY 133LA 4NHQA 1CKGA 3W6FA 4TSBA 1BVXA 5B1GA 3WXUA 1LMCA 1GF6A 4H90A 4ML7A 5IDDA 1KIQC 2MECA 1LZCA 1LJEA 2BQLA 1LHKA 5KXOA 1DKJA 1JJ0A 1KIPC 1FKVA 4GN4A 3BKVA 4H9IA 4CJ2A 3MGWA 4OW1A 1NF5A 4DD2A 3CB7A 1JSFA 1LHMA 4RLNA 2MEEA 1CKHA 4II8A 2BQAA 4OOTA 5JENB 3RZ4A 5LVGA 4HV1A 1YKXX 1BB6A 3GXKA 3P64A 1B7LA 3TXFA 2F2NA 1GE1A 1XSFA 1TDYA 4C3WA 2BQFA 1QTKA 1C10A 2C8OA 2F4AA 1B2KA 2B5ZA 4H8ZA 2I25L 1LOZA 3N9AA 1FLYA 4WLTA 8LYZA 1HFXA 1IIZA 5I4YA 1LHHA 1EQ4A 3AZ6A 5B07A 4WM4A 1CJ9A 2BLXA 4NG8A 3WUNA 4XJIA 1GFRA 4B4EA 5C6JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BB4A 2O7AA 2BQCA 4WLDA 1L60A 1HNLA 1H6MA 4ETBA 2HU1A 3UONA 1JPOA 3WU8A 1B7PA 115LA 4H1PA 1C6AA 4CGEA 3M18B 5FELA 3HUKA 4U3XB 1AZFA 4UWVA 3A96A 219LA 112LA 3C82A 3RW8A 1GFTA 1L0KA 231LA 259LA 3HH4A 4XJFA 1AT5A 1QS9A 5KKIA 3HBHA 1NMMA 1KNIA 4YEMA 5EBHA 1L19A 4MSTA 3C83A 1IP3A 1JTPL 1LSGA 1L80A 1LZBA 1PQKA 1BB5A 1L63A 3HU8A 1KIRC 5F14A 1NDGC 2Z37A 3CDOA 3WPLA 2FYCA 4QY9A 1ZWNA 2OU9A 2DBTA 249LA 1UIEA 5KXSA 4NGIA 1IP7A 4GN3A 1C6KA 4B4JA 4GCDA 1L93A 1KXWA 1LZDA 1LGWA 1BWIA 2BPUA 4ARQB 4ARMA 4DDBA 1LJFA 1OWZA 253LA 1IWUA 4NSJA 5B59A 1LJNA 1NHEA 217LA 223LA 5I5QA 2Z38A 1RI8B 3AZ7A 4G4BA 7LZMA 1GE4A 2D91A 1GXXA 188LA 2XBSA 4YF2A 1D9WA 1CJ6A 1LWGA 2W1YA 3LZTA 4H8YA 190LA 1G0KA 2NTHA 1N4FA 4DDCA 4FJRA 3ZEKA 1GAZA 173LA 4H9EA 4I7KA 1CU6A 1L51A 4NIJA 1C6EA 152LA 5KXYA 1IP2A 3WU9A 248LA 1L61A 5HQ1A 1IOTA 2EPEA 1HHLA 3CSQA 1D6PA 1CV0A 2BQJA 1IVMA 5HMVA 3RNXA 1GPQC 3F6ZA 3AB6A 1SWYA 218LA 2Q0MX 180LA 1DQJC 1JUGA 1QT5A 3DN6A 200LA 3AGGG 1BB3A 1LJHA 1QT7A 2DKVA 236LA 2Z2EA 4ZEEA 4W55A 3DN2A 4H9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXN A;  1BB4 A;  3B0O A;  1O23 A;  3J6K A;  2BQC A;  4TUN A;  5C6L A;  4WLD A;  3EXD A;  1GWD A;  5I4W A;  2ZIK A;  1HNL A;  4WOA A;  1H6M A;  4PRQ A;  1DPW A;  4ETB A;  5LYM A;  2HU1 A;  1AKI A;  4WLX A;  4XEN A;  4BS7 A;  1JPO A;  3WU8 A;  5DM9 A;  4BAF A;  3WPJ A;  4XN6 A;  134L A;  3AYQ A;  1B7P A;  1IOR A;  3AZ5 A;  4H1P A;  4CGE A;  3M18 B;  5FEL A;  1OUF A;  1OUG A;  1TAY A;  1JTO L;  1LTM A;  1WTN A;  2EKS C;  4U3X B;  1AM7 A;  1AZF A;  4CFP A;  1LZY A;  1SQ2 L;  4ETA A;  4UWV A;  2MEG A;  1J1X Y;  1RCM A;  3A96 A;  4EOF A;  3LYZ A;  4E3U A;  3TMU A;  1NWG A;  1BWH A;  1GF0 A;  3A3Q A;  1UA6 Y;  1UIB A;  3RW8 A;  1GFT A;  2W1L A;  2H9J A;  3D9A C;  4XJF A;  1HEW A;  1AT5 A;  1VDP A;  1OUI A;  5KKI A;  2ZQ4 A;  3HBH A;  1F10 A;  1NMM A;  4YEM A;  1QDR A;  5EBH A;  3CSZ A;  4PHI A;  5F9U A;  1IY3 A;  1BB7 A;  4WO6 A;  1HC0 A;  4I0C A;  5DL9 A;  3W6E A;  1T3P A;  4MST A;  3IJV A;  1LSA A;  2C8P A;  1IP3 A;  1LZ5 A;  1FDL Y;  4HJZ A;  2MEF A;  1JTP L;  1LSG A;  1GB7 A;  1Z55 A;  1LZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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