5KQFA

(4~{s},6~{s})-4-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-4-methyl-6-pyrimidin-5-yl-5,6-dihydro-1,3-thiazin-2-amine (compound 12) bound to bace1
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
358
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of S3-Truncated, C-6 Heteroaryl Substituted Aminothiazine beta-Site APP Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 358
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqfA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqfA02
2WEAA 5P4LA 2B8VA 3EM4A 4Y3NA 3VYFA 4KE0A 4FAEA 5P3HA 3TNEA 3CKTA 5P3TA 2QZLA 5P3PA 4DJVA 4YBIA 3U6AA 5OYTA 2FGUA 3OU1A 5HVPA 5P5UA 3WB5A 4ZIPA 2I4WA 4DJWA 5P0GA 5P6CA 2P3AA 4BFBA 4Y4ZA 3O9LA 1W6IA 1HVLA 3UDRA 4A4QA 5IE1A 1EPPE 3EBZA 3OOZA 5DQCA 5AH6A 5ENKA 3ZKIA 1HTGA 1ZLFA 1MSMA 2BPWA 3TKWA 3PWMA 3DCRA 5P5LA 1BAIA 3OQDA 4J54A 3BRAA 2XYFA 3OWNA 3D91A 1EBZA 4YE3A 4TRYA 4AMTA 2BBBA 3HDKA 2ZYEA 4R8YA 5P65A 3EKWA 2HIZA 3UQPA 3DOXA 1FFFC 3S85A 2IKOA 2I4QA 1T7IA 4U8WA 1JLDA 5OZAA 3MSJA 1BV9A 2HS2A 1A94A 5P56A 1NSOA 5OZ9A 3DV1A 5IVRA 4ZPEA 2NMZA 2P3BB 1OEXA 5P03A 4LHHA 3L5CA 5P6FA 1XE5A 5P8PA 2ZDZA 5P12A 5P6BA 2F3FA 2AQUA 5P7GA 4J1CA 1HEGE 5P10A 4K9HA 3QVCA 4RVXA 5OYZA 3IXKA 1META 4Y37A 1ZTZA 1HPVA 5ENMA 1PSOE 4B0QA 2PSVA 4Y5EA 3S43A 1B6KA 5P7TA 1KJFA 4H1EA 4AA8A 2PMAA 4HDPA 5CONA 3DV5A 2HB2A 4B72A 3KFNA 3NU3A 3WSJA 3R1GB 3KT5A 4YD6A 1BDRA 5P2IA 5KR1A 2ZHTA 3OU4B 2Q5KA 3KA2A 1F34A 2VJ6A 3INHA 2PYMA 2VIYA 2HPFA 5P1PA 1YTHA 3KMXA 4L1AA 1K6CA 1MESA 2AOGA 3T7QA 1WKRA 2OHSA 5P4SA 3NXEA 4YCTA 4GJ8A 2QHZA 5P4IA 4EJKA 1C6XA 4FS4A 3L5DA 4FSEA 4OD9B 2I4XA 3PWRA 3QAAA 3OADB 5P3DA 2QI6A 1HTEA 2WEZA 2F80A 4OBKA 3NU4A 1GNNA 3UDMA 2WF3A 2WF0A 4EXHA 5P2NA 4EJLA 5P82A 3QIHA 5P85A 3UQRA 1SGUA 1BBSA 1T6GA 3CMSA 5P8NA 4JOOA 2OHLA 5P5SA 2JE4A 5P3AA 3OY4A 2IKUA 5COPA 1APUE 4TVHA 5KQXA 3QRMA 3K4VC 5P4MA 4I0IA 5P1GA 4Y4XA 3FX5A 5P5JA 5P7ZA 2B42A 2Q63A 3K4VA 5DR7A 2WKZA 1UPJA 2APRA 1B6LA 1IZIA 4K4PA 5JFUA 4Y45A 1YTGA 1B5FB 6FIVA 2R8NA 3T11A 5P0NA 3ZMGA 2G94A 5P5DA 3FSMA 5OYRA 5OZNA 1FF0C 2G20A 5P2VA 4CPQA 1TSQA 4FSLA 4ACUA 5P5PA 1VIJA 2WF2A 3EMYA 1HEFE 1XL5A 3HAWA 5P4HA 2XFJA 4HZTA 4RRSA 4RVIA 2BB9A 5P0PA 1FFIC 3OXVA 2AIDA 3PI0A 1ZP8A 4HLAA 2RKFA 4QJ9A 1HIIA 3UFLA 4WTUA 2PYNA 5P2BA 1QDMA 5OZ8A 5P6KA 5P5KA 2R9BA 4D88A 5P0UA 5P8HA 1SDTA 1AJXA 1WBMA 3TPPA 3EL9A 1D4YA 5HDVA 4YA8A 4DQBA 4Q1WA 2WJOA 1UH8A 2P3BA 5P89A 4JPCA 1G35A 1YX9A 3O9CA 5P6QA 4Y9WA 3PGIA 1HVIA 5P8KA 2O4KA 5P3EA 3G72A 1BDLA 1K6TA 4OC6B 5P55A 5OZLA 5SY2A 4I0ZA 2WF1A 4AZYA 3JW2A 4NPUA 2AOIA 3NWQA 1HXBA 3PB5A 3ZKGA 3O9AA 1ZAPA 3SA8A 3CYWA 2QZWA 1MUIA 5P6YA 5P1HA 1PSNA 3TL9A 5P0BA 3VV6A 2F3KA 4OBJA 5P50A 5P2WA 1GVWA 5B18A 4COEA 2P3CA 2B7FA 1HVCA 3IVHA 5APRE 5P52A 3LZYA 4FGXA 3UHLA 3I25A 1FGCC 4XXSA 2ER7E 4Z22A 3PMYA 3ZPSA 4JPEA 4B1DA 5P7AA 3LINA 3OU4A 2Q15A 2NTRA 4H3GA 5AHBA 5DQ5A 5P16A 3R4BA 3RTMA 2BPXA 1PSAA 4IVSA 2B8LA 5P0JA 4Y3EA 4Y58A 1MT8A 2G1OA 1IDAA 2QI3A 2QHYA 1AJVA 1BV7A 2Q11A 4EPJA 5I70A 3WZ7A 2BPVA 3INFA 3K5GA 2BKSA 4OD9A 3Q3TA 4FIVA 5DQ4A 4Y5AA 3ZKMA 5P2XA 5P6MA 5P4FA 3LIYA 3TOFA 2NXMA 1NPWA 3OADA 2ASIA 1FB7A 1LYWB 1ENTE 5P4NA 5P61A 4GIDA 1CPIA 3H5BA 4GMIA 4HA5A 3R0WA 3BUGA 3KDDA 1XL2A 1EBYA 2ZHSA 4PHVA 3OQAA 2UXZA 2I4DA 4GJ6A 5P19A 4QLHA 4OBDA 3OGPA 3FIVA 3TPRA 4DQHA 3WB4A 4ZSRA 3TKGA 2FS4A 1LV1A 3G6ZA 4DQCA 3OU3A 2FMBA 4FRKA 4Y54A 2AVOA 3T7XA 1EAGA 3L59A 1RV7A 5P01A 4DH6A 2QU2A 1B5FA 1GNMA 3FNUA 5P4WA 1N49A 2QMDA 3D1XA 5P1NA 1APTE 3NYGA 3GGXA 4RCDA 5P15A 5P53A 1EBWA 3DM6A 2ZHUA 3NWXA 3PCZA 3LIVA 4Y36A 5P66A 5IVSA 2G1YA 5P3GA 5OZUA 5OZSA 2F81A 5P1ZA 5P42A 3ECGA 4Q1YA 5P62A 2VNMA 4FL8A 3LITA 4ER1E 2G27A 1HSHA 1D4LA 1D4KA 5OYVA 3BC4A 5HD0A 2QD7A 5P3SA 2ER9E 4NJVA 4J5JA 2O4PA 4MC1A 1BXOA 1BIMA 4RVJA 5ISJA 3SACA 3IAWA 1A9MA 3NLSA 4RYCA 1BILA 2V12C 5OZYA 2G69A 3LNKA 4Y4UA 2WECA 1D4JA 5P0WA 5P77A 5P33A 4CPXA 5OZOA 4OBGA 4CPRA 2IL2A 4X7IA 5P8OA 4D83A 4Y50A 1FQ4A 4A6BA 2G26A 5P7WA 4Y6MA 5HDZA 4B1EA 5P4AA 3PLDA 3QBHA 4BELA 2QZKA 1EC2A 5P72A 1ZSRA 5P5WA 1ODYA 5DR8A 5P79A 3TOHA 5P3NA 1EC3A 2V13A 4OC6A 2NNPA 1TW7A 5OZ2A 5P1WA 3OQFA 3UDQA 1M43A 4AA9A 1FQ5A 1KJGA 3PCWA 4M8YA 5P4YA 3VG1A 3G70A 2WEBA 5DR4A 1W50A 5P7NA 4KB9A 5P1AA 5P44A 1DIFA 5P2CA 3HAUA 5P29A 7HVPA 1K1UA 2Z4OA 5P37A 4MC9A 5OZHA 3UCBA 2QAKA 3S56A 2PSUA 2IENA 5P4QA 1EBKC 4QGIA 5P4JA 4YD7A 4XKXA 1C6ZA 1T7KA 5P7VA 1IVPA 5P4OA 5P8EA 2FDDA 5P88A 5P0CA 5P34A 3D3TA 5P78A 1TCWA 2G21A 4CPUA 5OYQA 5P2ZA 5P68A 5P4EA 5P6RA 4Y44A 1LYWA 5P0KA 1IIQA 5P2JA 2PH6A 5P02A 2P83A 4J0YA 3OQ7A 5E5KA 3FV3A 4EP2A 5P3VA 3EM3A 2FDPA 1DAZC 3UDNA 2AOHA 4FCOA 2Q3KA 2QI1A 1APVE 1C6YA 1G6LA 4U7VA 3PJ6A 2ZJKA 4FRIA 5DPZA 2ZJMA 1HWRA 5P7MA 1HSGA 3HZCA 3TTPA 4TRZA 4DJQA 3I7EA 4DJRA 3VCMA 1YG9A 5P4UA 3D1YA 4DQEA 5P20A 5OZ5A 2XYEA 5P2OA 5P4RA 3LZSA 4LP9A 3PEPA 4H3JA 4CPTA 1LYBB 1MTRA 5P3OA 2FNSA 5DR3A 4L7GA 5P5GA 5P81A 5OZ0A 3R0YA 5OZJA 1RNEA 4DUSA 4LAPA 5P0DA 1K2BA 4LC7A 2AVQA 2PWCA 4EWOA 4X2LA 5P1VA 2VA5A 1D4IA 5P6ZA 1K6PA 5P69A 1KZKA 3BVBA 3GI5A 1ER8E 5HTZA 1MVPA 2OF0A 3PM4A 1RQ9A 3S2OA 1A8KA 2PC0A 3S8IA 1TZSA 4LBTA 4ZSPA 4RCEA 5P5IA 4LXAA 5P8IA 3UFNA 2VNNA 1HVJA 2RMPA 3DUYA 1QBUA 2I0DA 2V11C 3OUBA 3LZVA 3UQWA 5P3MA 1MSNA 2CEMA 5P5MA 1AZ5A 1K6VA 4Y43A 3PSYA 3NDXA 3F9QA 5OZ6A 3T7PA 1PFZA 1F7AA 5OZMA 2ZJNA 4DFGA 1EPRE 4R91A 5P8FA 3VSXA 1APWE 1HSIA 5P32A 2FNTA 3O9FA 1LF3A 2AVMA 5P74A 5P1LA 1UH9A 3GI4A 2AZ9A 2PK5A 5P1FA 3MXEA 5P4KA 3WZ8A 5P1MA 5P8DA 5TOLA 4Y3PA 1AAQA 1B6PA 2HM1A 3SO9A 3VV7A 1HHPA 5BRYA 1FLHA 4DJUA 5P1SA 2V16C 3EKTA 3QRSA 3PLLA 1W6HA 1J71A 3RVIA 5OYSA 5P8RA 3ZL7A 5IS4A 4Y4TA 5OZXA 2OHTA 3HD8A 5P8LA 1G2KA 5P1YA 3LPKA 3QVIA 2AOFA 2F8GA 3BXSA 5P6DA 4OBZB 3O9DA 1VIKA 4Y38A 1FG6C 1EEDP 5KR8A 4Y5MA 3SQFA 2J9JB 4RROA 4QJ7A 2VS2A 5P64A 3NU6A 3OK9A 4YD5A 3KYRA 1FQ6A 3TPLA 5P71A 3PMUA 2H6SA 2RKGA 4Y3RA 1HVKA 2O4NA 2V00A 5I3WA 4EJ8A 3K5CA 5KOSA 5OZCA 3EKVA 5OYYA 1WBKA 1CMSA 5P5TA 4I0HA 5P0VA 2QI7A 4YCYA 1PPLE 5OZRA 5OZWA 4ZSQA 1QS8A 1XS7D 4ZPGA 5P6OA 4Y3MA 4Y5NA 4Y5KA 5P6TA 3GGAA 4KE1A 1HVRA 3BUFA 1BDQA 2QK5A 4F73A 4L7HA 5P8CA 5OYXA 1SMEA 5P7JA 3Q70A 4I0GA 4J0VA 8HVPA 3TOGA 1AVFA 2B60A 5P13A 3ER5E 3BGCA 3NUJA 3L5FA 5P3QA 1SDUA 5P7SA 3D1ZA 3EL0A 1ODWA 2ZE1A 1TSUA 5P6NA 3NSHA 5P0HA 5P3KA 2OHQA 2QD6A 4AUCA 1XE6A 5HDXA 1FEJC 1IVQA 1IDBA 1LYBA 5P6XA 5HE5A 4Y48A 5FIVA 3CIDA 4BFDA 1FMXA 5JFPA 2CENA 4A6CA 3FNSA 1TQFA 5P8MA 3L58A 5P6JA 5P3YA 5P54A 2R3WA 4Y4JA 4LXKA 3PSGA 5P46A 4PPHA 4GZFA 2PH8A 4RLDA 3RSXA 3WZ6A 1GNOA 2HAHA 2UPJA 3VLAA 5P5RA 4FM8A 5P76A 2CEJA 4GB2A 3URIA 3D20A 2IS0A 3SA3A 4Y35A 1A8GA 1Q9PA 2JXRA 5P6SA 5PEPA 3ZOVA 5P59A 5P6GA 1IZEA 1SBGA 5DQ1A 5P7RA 3RTHA 5P7PA 5P1OA 4Q1XA 1U8GA 5OZBA 3KFPA 1W5VA 5P0OA 5P6LA 4R93A 2ZHRA 4GJ5A 4GJDA 2ZJIA 3KF0A 4CPWA 1OHRA 2Q54A 2ZJJA 1OEWA 1SIVA 5AHAA 3LPIA 3VYDA 5P3XA 5P0YA 4JP9A 2PWRA 5HE4A 4Z4XA 5P06A 4Y4DA 5ER2E 3UTLA 5P47A 2Q64A 3JVWA 5P17A 3Q4BA 1E81E 2BPYA 4N00A 4EQJA 2JJJA 5P8SA 2BJUA 3B80A 4YOBA 2HB4A 5P2QA 4PYVA 2P8HA 5P48A 1HPOA 2FLEA 3EKPA 1LZQA 2AOEA 5P25A 4I8ZA 2G1SA 3AIDA 1NH0A 5KQFA 1MT7A 1W51A 3OOTA 3DCKA 3UPJA 3VFBA 4RYGA 3C9XA 7UPJA 3QPJA 4QJ2A 1M0BA 1EC1A 3H0BA 5OZ7A 5P14A 5P1DA 5T4SA 3HBOA 2G1RA 1W5YA 5KAOA 3SM2A 4OBZA 5BWYA 4HDBA 4YHQA 2RSPA 1FG8C 3NU5A 2G22A 1RL8A 1AXAA 2J9JA 4I1CA 5OZEA 4ZLSA 5P40A 5P2FA 3S7MA 3OHHA 5P4PA 2VKMA 1BXQA 2HC0A 1FQXA 2JJIA 3KDBA 1K1TA 5P6HA 3R2FA 5P75A 1Z1RA 1T7JA 5OZ1A 4Y4EA 3OAGB 3PHVA 4CPSA 1GKTA 4I0FA 1E82E 4NJSA 4EJDA 3BUHA 1M4HA 5P49A 4F74A 4S1GA 3O99A 3PBDA 4D85A 3TLHA 1QRPE 3O9BA 1ME6A 3MSKA 3NXNA 3VUCA 2QHCA 3NUOA 2MIPA 1B6JA 1BVGA 3UDKA 3QBFA 3L38A 5AHCA 5P3BA 5JG1A 5HCOA 5P31A 5OZTA 1HBVA 4D8CA 3JVYA 5P1XA 3HVGA 5HU1A 2OAHA 4B00A 1SDVA 5C9FA 1GVUA 4J1EA 2B7ZA 2QD8A 4Y4WA 3VF7A 3VFAA 5P87A 1YM2A 5SY3A 5P0XA 3NDUA 5HDUA 4OBHA 5P63A 3TPJA 3T6IA 3CKPA 4K8SA 3EL4A 2ZJLA 2NMYA 1HIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WEA A;  5P4L A;  2B8V A;  3EM4 A;  4Y3N A;  3VYF A;  4KE0 A;  4FAE A;  5P3H A;  3TNE A;  3CKT A;  5P3T A;  2QZL A;  5P3P A;  4DJV A;  4YBI A;  3U6A A;  5OYT A;  2FGU A;  3OU1 A;  5HVP A;  5P5U A;  3WB5 A;  4ZIP A;  2I4W A;  4DJW A;  5P0G A;  5P6C A;  2P3A A;  4BFB A;  4Y4Z A;  3O9L A;  1W6I A;  1HVL A;  3UDR A;  4A4Q A;  5IE1 A;  1EPP E;  3EBZ A;  3OOZ A;  5DQC A;  5AH6 A;  5ENK A;  3ZKI A;  1HTG A;  1ZLF A;  1MSM A;  2BPW A;  3TKW A;  3PWM A;  3DCR A;  5P5L A;  1BAI A;  3OQD A;  4J54 A;  3BRA A;  2XYF A;  3OWN A;  3D91 A;  1EBZ A;  4YE3 A;  4TRY A;  4AMT A;  2BBB A;  3HDK A;  2ZYE A;  4R8Y A;  5P65 A;  3EKW A;  2HIZ A;  3UQP A;  3DOX A;  1FFF C;  3S85 A;  2IKO A;  2I4Q A;  1T7I A;  4U8W A;  1JLD A;  5OZA A;  3MSJ A;  1BV9 A;  2HS2 A;  1A94 A;  5P56 A;  1NSO A;  5OZ9 A;  3DV1 A;  5IVR A;  4ZPE A;  2NMZ A;  2P3B B;  1OEX A;  5P03 A;  4LHH A;  3L5C A;  5P6F A;  1XE5 A;  5P8P A;  2ZDZ A;  5P12 A;  5P6B A;  2F3F A;  2AQU A;  5P7G A;  4J1C A;  1HEG E;  5P10 A;  4K9H A;  3QVC A;  4RVX A;  5OYZ A;  3IXK A;  1MET A;  4Y37 A;  1ZTZ A;  1HPV A;  5ENM A;  1PSO E;  4B0Q A;  2PSV A;  4Y5E A;  3S43 A;  1B6K A;  5P7T A;  1KJF A;  4H1E A;  4AA8 A;  2PMA A;  4HDP A;  5CON A;  3DV5 A;  2HB2 A;  4B72 A;  3KFN A;  3NU3 A;  3WSJ A;  3R1G B;  3KT5 A;  4YD6 A;  1BDR A;  5P2I A;  5KR1 A;  2ZHT A;  3OU4 B;  2Q5K A;  3KA2 A;  1F34 A;  2VJ6 A;  3INH A;  2PYM A;  2VIY A;  2HPF A;  5P1P A;  1YTH A;  3KMX A;  4L1A A;  1K6C A;  1MES A;  2AOG A;  3T7Q A;  1WKR A;  2OHS A;  5P4S A;  3NXE A;  4YCT A;  4GJ8 A;  2QHZ A;  5P4I A;  4EJK A;  1C6X A;  4FS4 A;  3L5D A;  4FSE A;  4OD9 B;  2I4X A;  3PWR A;  3QAA A;  3OAD B;  5P3D A;  2QI6 A;  1HTE A;  2WEZ A;  2F80 A;  4OBK A;  3NU4 A;  1GNN A;  3UDM A;  2WF3 A;  2WF0 A;  4EXH A;  5P2N A;  4EJL A;  5P82 A;  3QIH A;  5P85 A;  3UQR A;  1SGU A;  1BBS A;  1T6G A;  3CMS A;  5P8N A;  4JOO A;  2OHL A;  5P5S A;  2JE4 A;  5P3A A;  3OY4 A;  2IKU A;  5COP A;  1APU E;  4TVH A;  5KQX A;  3QRM A;  3K4V C;  5P4M A;  4I0I A;  5P1G A;  4Y4X A;  3FX5 A;  5P5J A;  5P7Z A;  2B42 A;  2Q63 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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