5KQYA

Protease e35d-drv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVIEDMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease E35D-DRV
publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kqyA00
3NUOA 5C9DA 3OADB 5P8MA 4B78A 1EC3A 4OD9A 5P00A 1FQ6A 4Y4DA 5P81A 3RSXA 5AGZA 3D1YA 4DJVA 1D4KA 1XE6A 2NMYA 5KOSA 2UXZA 3SA7A 2RKGA 4TVHA 1C6ZA 3O9EA 3UDHA 4RVIA 5P1GA 2ER9E 1IDBA 2PYMA 5P3ZA 2QI6A 5P4AA 3URIA 4QJ2A 2QNPA 5OYVA 5P6NA 1IVQA 1NSOA 3HZCA 1EPOE 1D4SA 3PI5A 7HVPA 5P75A 5P43A 5P8FA 3K1WA 5T4SA 1D4JA 2MIPA 3UHLA 2P3AA 5P4VA 4J0YA 5P1KA 1MRXA 4CPSA 3TLHA 5P51A 4TVGA 4FAEA 3LHGA 3O9LB 5OZRA 5P1XA 4IVSA 1EBKC 4RVJA 3UDKA 2Q5KA 1GKTA 3G70A 3PSGA 2NR6A 2R3WA 1SP5A 3L5DA 3QBHA 2BPVA 1Z8CA 2FDPA 1BVGA 5AH8A 3QIHA 4K4PA 4HA5A 5AHAA 2B7FA 5P6LA 5P6VA 3PWWA 3KMXA 4DI2A 2Q55A 1B11A 1HWRA 3H0BA 3O9GA 4Y3AA 2CEJA 1W5XA 1KJGA 5COOA 1IBQA 1OD1A 1FFFC 5ER2E 5P1HA 3OQAA 3NDWA 3FNUA 2G1YA 1GNMA 5P1TA 3L5CA 1GVUA 1YT9A 5HCOA 5P5LA 4FSEA 5P41A 5P6JA 1G2KA 1K6VA 3EM3A 2SAMA 2G27A 1IZDA 5P40A 4MC1A 4Y3JA 4FCOA 5HU0A 5P5IA 5KQYA 4ACUA 4H1EA 4B0QA 3BGCA 5ER1E 5IVRA 4DVFA 5P0BA 5IVTA 4AMTA 3L5FA 5P3AA 1LZQA 5P1PA 1SBGA 4Y44A 4E43A 1FMUA 2QZKA 2OHTA 2PYNA 3OU3A 2Q64A 5P2JA 4KUPA 1E5OE 3INEA 1FB7A 3O9IA 1MVPA 5IVQA 5P18A 5P2NA 5OYQA 2FS4A 1FFIC 1HVRA 1QBSA 5P15A 2QK5A 5P44A 4Y35A 3SKGA 4QLHA 3LIVA 5OZIA 3GGXA 4NJUA 1K1UA 2FXDA 5P6RA 3U7SA 5P5DA 1K2CA 5P3WA 3I2LA 2VNNA 3QS1A 5P23A 5KOQA 3U71A 3QPJA 3LZSA 5CONA 2ZJNA 3VYFA 5OZBA 2R3TA 5P0UA 5P89A 5P47A 4I0JA 2F3KA 5P2HA 4HZTA 3OU1B 2AOEA 5P5NA 4AUCA 5P1ZA 3SM2A 4Z50A 5SXNA 5OZTA 3IGBA 1AJXA 5P3PA 5OZ2A 5P20A 5P4IA 5PEPA 2BPWA 5P7VA 5OZXA 5P8UA 3S45A 5KAOA 3CIBA 4FRSA 5DGUA 1XE5A 3HW1A 1MTBA 5P4MA 2IDWA 3LPKA 1ODWA 4HLAA 5DR0A 5P1DA 3KN0A 4DQFA 3DV1A 1PSAA 1YTIA 5P4KA 3IN4A 1M43A 3S43A 5P54A 1TW7A 4Y3YA 2IL2A 4K9HA 2ER6E 3LIZA 5P6TA 3LIQA 3JVWA 5P16A 5P7GA 4Y48A 1EPQE 4B70A 5OZZA 2JJIA 5P2FA 3EL4A 3O99A 1HVLA 5BWYA 2H6TA 1MRWA 5P3BA 5P8IA 5P50A 2XYFA 2PK5A 1APTE 5OZKA 5P6SA 2R43A 5P3FA 4LHHA 3N4LA 5P8EA 1APWE 4PZWA 5OZAA 3DV5A 3BXSA 3NDXA 3JVYA 4Q1YA 1FEJC 3EXOA 4B1CA 3VSWA 4YCTA 5P60A 3T7PA 4RRSA 4IVTA 3LZYA 3PB5A 5BRYA 3K5FA 3R2FA 1SDUA 2AVMA 5DQ5A 1N49A 4DJQA 1EPPE 2HAHA 5P8LA 4XKXA 1UH7A 1PPKE 3GI0A 5EZZA 2WF0A 3VUCA 5OZLA 1HIVA 1HEFE 4EHCA 3OOZA 5P2BA 1QBRA 1PSNA 5P2QA 2P83A 3TKWA 3FNSA 6FIVA 5P55A 5P8VA 3SO9A 5OZ7A 3LZVA 4I0ZA 4FLGA 3SA6A 1B5FB 2OAHA 5P7XA 2ER7E 2PC0A 1W50A 4Y3GA 2NMZA 4LXKA 4Y4BA 5P2OA 1FF0C 4YBFA 3BC4A 3S7LA 4ZSQA 5P52A 2NXMA 2WECA 2O4SA 3NU5A 1SMRA 4DPIA 2QD6A 1T7IA 4FS4A 2OHQA 5P67A 1FG8C 2PMAA 8HVPA 2V10C 4H3JA 3IN3A 5P7TA 5P86A 3PJ6A 3UQRA 4OBGA 1MT7A 4DJOA 4JPEA 2QNNA 1W6HA 3OTSA 3TOGA 3SA9A 1A8KA 4I0EA 2PWCA 4YE3A 5P2ZA 3IAWA 5P48A 2IKUA 3VLAA 2ZHUA 5P4SA 4YD5A 5OZ9A 2WF1A 4CPWA 1EAGA 5P4CA 5P6MA 2R9BA 3O9HA 1HVCA 4Z2ZA 1FG6C 4OBJA 2Z54A 3B7VA 3SA4A 2VA7A 5P8TA 2R5PA 4J0TA 2BBBA 2F3FA 4JPCA 5P7FA 2ZJKA 5P30A 4N00A 2IEOA 3OUDB 4Z22A 3HBOA 3SABA 5P4FA 3GGAA 4AZYA 2B7ZA 2O40A 3ER5E 4DJUA 1T7KA 5P65A 3RTNA 4EQ0A 4J0PA 5OYXA 1A30A 3ZLQA 1HVKA 4L6BA 4CPTA 3URLA 3UDMA 5P2KA 6APRE 2P3BA 5P2UA 4FRJA 3WSJA 5P7JA 4BEKA 5P77A 3BVAA 5P85A 5P1MA 1A8GA 3OGPA 1RV7A 5P3DA 3Q3TA 5UPJA 1HPXA 3OAGA 3PSUA 3ZL7A 5SY3A 5P39A 4FAFA 5P2LA 3T7XA 4CPQA 5C9BA 4JOOA 2R38A 4FL8A 4RYCA 2WEZA 2ZGAA 4Y53A 2QMGA 1SDTA 5P5PA 1QBTA 1Q9PA 3ST5A 5P1CA 3S43B 3VEUA 5P34A 3LNKA 1T6EX 3KFPA 3D20A 2B8LA 4GJ6A 2EWYA 2QNQA 4LAPA 3BXRA 3PCWA 1T7JA 4GJAA 3KT2A 5OZMA 2WEBA 2OHPA 4M8YA 4R93A 4YD6A 4F73A 5OZPA 4COEA 2AOIA 2QMDA 3CIDA 4B77A 3PCZA 1TSUA 5P73A 5EZXA 5P5UA 4RVXA 3Q4BA 4I0GA 2VJ6A 5P10A 3WB4A 4K4RA 5P0ZA 3VCMA 3EM6A 4NJVA 5P1FA 1EPLE 3CKPA 2AZCA 5P76A 4R95A 3L38A 4I8WA 4FIVA 4Y3NA 4HDFA 5I3XA 3FSMA 3HLOA 3QRMA 3BRAA 5OZGA 1ZTZA 4Y5LA 5P5CA 2ZJIA 1AXAA 4J54A 5OZYA 3WZ8A 3AUPA 5OZ8A 5P79A 5P2XA 5P3HA 1FQ7A 5P5WA 3LIXA 1AJVA 4CPRA 5P0VA 2I0AA 2J9KA 5P7MA 5DR4A 5ENKA 1ER8E 3VV8A 3TPRA 5P1SA 2PH6A 2AOFA 5P4QA 2QZWA 2QCIA 2PWRA 3CYXA 4TRWA 4ZLSA 5P1QA 3OXCA 5P5HA 2QHZA 1T3RA 1NPVA 5P6WA 3TOHA 3WZ6A 3QAAA 5ENMA 5OZCA 3APRE 4J1FA 4WY6A 1MSMA 2G24A 4DH6A 4QJ9A 1B6JA 3GGVA 1MT8A 1KZKA 2OHUA 3M9FA 3WZ7A 4Y56A 1MT9A 5P14A 5IS4A 3VF3A 3BUFA 4ZPFA 3IVHA 5P3LA 3Q6YA 3MWSA 3NU4A 4Y3SA 4OBDA 5F00A 3NUJA 2WF4A 4QGIA 4EJLA 5P3IA 3UDPA 1META 4I0HA 2FLEA 3NU6A 5P80A 5P2EA 4F74A 2O4NA 5HDUA 5OZ4A 4Y3ZA 4YD3A 4HE9A 4Y50A 5P3RA 5P1VA 1W5VA 5P6UA 2JJJA 4Q5MA 5P5VA 1W5WA 5P0EA 5P1OA 2G22A 5HE7A 5DQ1A 2ER0E 1G6LA 4R8YA 5P36A 4Y47A 2NNPA 2BPXA 3T6IA 5JFUA 4Y57A 5P27A 5HCTA 1FQ5A 1BBSA 5P1NA 4Q1XA 4Y43A 1FIVA 3RVIA 3DK1A 1HTGA 2G1RA 3EC0A 5HE4A 2F3EA 5I3WA 4A6CA 5B18A 1HPOA 4PPHA 3TPJA 5DQ2A 5P17A 4J0ZA 3BHEA 4Y3WA 1WKRA 4ER4E 5P6DA 4B1DA 3D3TA 1DIFA 5P8GA 3JW2A 4YD4A 3IVIA 5P53A 1EEDP 2WF3A 1YX9A 3EKVA 4Y4UA 3B80A 3S7MA 2ASIA 5P62A 1LYAB 5P5BA 3OAGB 4RRNA 4BELA 2BB9A 5P13A 5HTZA 5HVPA 2NXLA 2PQZA 3OTYA 2WEAA 1HVHA 5P88A 1HIIA 1QRPE 2VA5A 5P66A 4PYVA 1PFZA 3LITA 3K4VA 3QI1A 5P3QA 5AHBA 1HTRB 1ENTE 4APEA 3HD8A 4Q1WA 1YM4A 4L1AA 2UY0A 1VIJA 5P6KA 4NKKA 3R4BA 5HDVA 1YTHA 1BDLA 5P74A 3S53A 1SIPA 5P6ZA 3CYWA 5P7UA 1EC1A 1SMEA 4Q1NA 5P8BA 3ZPUA 4ZPGA 2QD7A 2I4XA 4EWOA 1IZEA 1ZSFA 2FDDA 3FKTA 1SDVA 1UH9A 3CKTA 1TQFA 4BFBA 5OZOA 5P3XA 3MXEA 3OUCA 2QI7A 3D1XA 3LPIA 1KJHA 4QJ6A 5COKA 3ZMGA 5P6YA 5P7BA 5OYTA 1KJ7A 1PPME 3NU9A 1HXWA 5P8AA 4GZFA 5I3VA 1DMPA 5P0FA 4NJSA 5P2SA 5OYSA 1HTEA 5P8PA 3K5DA 1FMXA 2HPFA 4RCEA 2VJ7A 5P5ZA 2G94A 2WJOA 3HAWA 4DQEA 5P82A 4J5JA 5P4PA 5P6EA 4J0VA 4XX3A 5AH9A 4F76A 3Q5HA 2AVOA 5OZEA 3ZKQA 5P71A 4Y4TA 4YDFA 1LYWA 3C9XA 1VIKA 4D89A 3ZKGA 1A9MA 5P4GA 4OBFA 5P0GA 1FLHA 2NXDA 2QP8A 3OQDA 4Y3XA 4OC6A 5APRE 2QZLA 1Z1HA 5P7CA 5P3JA 3L59A 3VFBA 9HVPA 4Y4XA 4OD9B 1XDHA 5E5JA 4U7VA 3UDJA 4EYRA 1HHPA 3SKFA 5JODA 2VA6A 5P5FA 1BV9A 2QU2A 3IA9A 1BVEA 5P3EA 3TTPA 4I8ZA 3S8IA 3PM4A 4U8WA 1F7AA 4GJBA 4RGHA 4CKUA 4RLDA 4KB9A 2QI3A 3Q70A 3SA5A 1ZBGA 1EC2A 4YOAA 4MC6A 4DUSA 5P46A 1EBYA 2AOJA 5P61A 4APRE 3UFNA 4I12A 1FGCC 4Y3HA 5P2YA 2OHLA 3HVPA 4JP9A 1LF2A 3UDYA 5P0QA 1XL2A 3DM6A 3ZPTA 5DR8A 4Y5CA 5P5OA 2WEDA 3NLSA 1BXOA 4YA8A 5JFPA 4NPTA 5F01A 3FIVA 5P3OA 5P0AA 5P6AA 2UPJA 5P0RA 2AOGA 2ANLA 5P03A 3LIYA 5P4XA 3T3CA 1EPME 3U6AA 3EKXA 5P2VA 4PHVA 5P09A 1MESA 1LYBA 1GNNA 1IVPA 5OZHA 4A4QA 5OZFA 5P3UA 3BUHA 4FRKA 5OYZA 2QI5A 4LXAA 4LXMA 5OZDA 2G69A 1CMSA 1NPAA 4WTUA 1DP5A 5KQZA 4NPUA 2XFKA 3PGIA 2V13A 3K5CA 5P4NA 2HS1A 3NWXA 4ZE6A 3EL0A 4QJ7A 3OY4A 3EM4A 3T11A 2P4JA 5E5KA 4H3GA 2IQGA 1XL5A 3DCKA 4LC7A 5P4LA 2FIVA 1D4HA 2JXRA 4FM7A 2ZJLA 5KQXA 4L1AB 5P2DA 5COPA 3N3IA 3PI0A 3R1GB 5P1BA 3OK9A 1SIVA 5AH6A 1K2BA 5P8DA 1TSQA 5P72A 3ECGA 1ZJ7A 2B60A 3VV6A 2IKOA 1FQ4A 3UTLA 5OYYA 5P8NA 5P0CA 3O9FA 4Y3FA 4YCYA 4MC2A 5P37A 3PSYA 5P49A 3PWRA 3GI4A 5P7YA 1W51A 2F8GA 3O9AA 4LL3A 4DPFA 4Y3TA 4TRYA 2V16C 1FQXA 2AVQA 5ISKA 4QJ8A 3TKGA 3BGBA 5P31A 4DJYA 2NNKA 2WKZA 3VSXA 3SA8A 2PSUA 3VYDA 2OHRA 1HBVA 3BVBA 4R5NA 3INHA 4J17A 4MC9A 3UCBA 2I4DA 3RU1A 1BXQA 3VFAA 5P0HA 2APRA 4DV9A 3EL9A 5P3NA 2HB3A 5CLMA 5P4BA 5P83A 1YM2A 5P1EA 1ZPKA 2V11C 3SA3A 1E80E 5OZWA 4I0FA 2V00A 1AM5A 5P5RA 3UPJA 4GIDA 4Y5KA 1BAIA 2A4FA 1Z1RA 3ZPSA 5P0DA 2IGYA 1EBWA 4RCDA 4HDBA 5P1LA 3KA2A 5P33A 5P5AA 1ZSRA 2AZBA 4B72A 5P42A 1HSHA 3I7EA 2OHKA 5P2CA 4EXGA 1GVXA 4OBZA 2ZHSA 2ZDZA 1AVFA 4Y4ZA 1C6YA 3OGQA 5P8JA 4B00A 4Y5NA 1DAZC 3ER3E 4Y3EA 3O9DA 3GI6A 2CENA 3QRSA 3R0YA 3NWQA 4Y58A 4TRZA 5KQFA 3KM4A 2RSPA 2AQUA 4RZ1A 5P4OA 5P7ZA 2QHCA 5P7SA 5P0YA 3A2OA 5HDXA 1ZP8A 2G26A 5FIVA 5P7PA 1D4IA 4Y5PA 3NU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NUO A;  5C9D A;  3OAD B;  5P8M A;  4B78 A;  1EC3 A;  4OD9 A;  5P00 A;  1FQ6 A;  4Y4D A;  5P81 A;  3RSX A;  5AGZ A;  3D1Y A;  4DJV A;  1D4K A;  1XE6 A;  2NMY A;  5KOS A;  2UXZ A;  3SA7 A;  2RKG A;  4TVH A;  1C6Z A;  3O9E A;  3UDH A;  4RVI A;  5P1G A;  2ER9 E;  1IDB A;  2PYM A;  5P3Z A;  2QI6 A;  5P4A A;  3URI A;  4QJ2 A;  2QNP A;  5OYV A;  5P6N A;  1IVQ A;  1NSO A;  3HZC A;  1EPO E;  1D4S A;  3PI5 A;  7HVP A;  5P75 A;  5P43 A;  5P8F A;  3K1W A;  5T4S A;  1D4J A;  2MIP A;  3UHL A;  2P3A A;  5P4V A;  4J0Y A;  5P1K A;  1MRX A;  4CPS A;  3TLH A;  5P51 A;  4TVG A;  4FAE A;  3LHG A;  3O9L B;  5OZR A;  5P1X A;  4IVS A;  1EBK C;  4RVJ A;  3UDK A;  2Q5K A;  1GKT A;  3G70 A;  3PSG A;  2NR6 A;  2R3W A;  1SP5 A;  3L5D A;  3QBH A;  2BPV A;  1Z8C A;  2FDP A;  1BVG A;  5AH8 A;  3QIH A;  4K4P A;  4HA5 A;  5AHA A;  2B7F A;  5P6L A;  5P6V A;  3PWW A;  3KMX A;  4DI2 A;  2Q55 A;  1B11 A;  1HWR A;  3H0B A;  3O9G A;  4Y3A A;  2CEJ A;  1W5X A;  1KJG A;  5COO A;  1IBQ A;  1OD1 A;  1FFF C;  5ER2 E;  5P1H A;  3OQA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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