5KR2A

Protease pr5-sqv
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKVGGQLKEALLNTGADDTVIEDMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVKQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease PR5-SQV
publication title Effects of Hinge-region Natural Polymorphisms on Human Immunodeficiency Virus-Type 1 Protease Structure, Dynamics, and Drug Pressure Evolution.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5kr2A00
2I4XA 5P31A 3K1WA 2PH8A 1ODYA 5SZ9A 2WL0A 1APUE 3TOFA 1BV9A 1FQ6A 4Y5AA 2R5QA 5P8OA 4CPXA 4Y4WA 4DQFA 1C6XA 3O9HA 3AUPA 5P6LA 1MERA 2R8NA 5DR0A 4DQGA 5P2TA 1T3RA 5P8UA 4I0ZA 4Y4XA 5P5SA 3N3IA 2QNQA 5P7ZA 1K6TA 4RCFA 2OAHA 3K5GA 2PH6A 1K6CA 1BDLA 5P02A 5P7RA 2IS0A 4NJSA 4ZSRA 3R2FA 5P85A 5P1AA 5P87A 2VA7A 5P2GA 3EM4A 4K4RA 5P0ZA 3UDNA 5JFUA 2WF0A 1AVFA 1APVE 1HVSA 4Y3GA 2H6SA 2QI3A 1YTGA 3VF5A 4YBFA 3WSJA 3ZKNA 4J54A 4WTUA 2VIZA 3I2LA 4Y56A 5P3YA 5P7MA 6APRE 1PSOE 5P1WA 4MC9A 5P3UA 1EPNE 3AIDA 2RKGA 4DJWA 4Y43A 3T7PA 1LYBA 5AGZA 2ZJLA 4I11A 4YHQA 4H3GA 2AOGA 1LF2A 2I0AA 4J5JA 3VEUA 3U6AA 1W6IA 3KFRA 5P1QA 5P5LA 5P26A 3VLBA 3KFSA 5P8QA 5UPJA 5P5HA 4B72A 1MRWA 4Z50A 5P4NA 1HWRA 4Y51A 5OZ7A 1IZDA 3L3AA 4MC6A 2AOJA 3PCZA 4B1DA 3O9BA 5P19A 5P66A 1RPIA 3SQFA 4XX4A 2OHLA 5P1LA 5TOLA 4M8YA 2VKMA 2IKUA 1BBSA 2P3AA 3HAUA 4LC7A 5P4VA 5P60A 5JFPA 3UTLA 3S43B 1MT8A 1Q9PA 3PRSA 3INEA 5P6PA 4YCKA 4J1HA 5P86A 1K2CA 1T7IA 3OQ7A 2G21A 4DVFA 3PEPA 5P5BA 4QJAA 5I70A 3IVHA 4NJUA 5P83A 1D4KA 5P1UA 5P2VA 5P1FA 4FRIA 5P5AA 2P83A 2NXMA 4Y5LA 1EPRE 5JODA 1KJ7A 1LYWB 4CKUA 1GVUA 5P7DA 4Y3YA 4HLAA 2IRZA 4RROA 5P6WA 5P3TA 3TL9A 3UQXA 1FIVA 1M0BA 2XYEA 3IN3A 3UFLA 1PPKE 3NYGA 4XKXA 5P71A 4F74A 2PSVA 5KQZA 1IDAA 4APEA 5P7GA 2ER0E 4R93A 4ZEAA 3NWXA 2NNPA 5OZ2A 5P67A 5P0IA 4OBHA 4HZTA 3MSKA 3OOTA 1ZAPA 5P82A 2NMYA 4J0YA 4COEA 5P51A 4ER4E 4N00A 5P22A 5P3XA 1OEXA 5P2IA 1T6GA 4Y4EA 5BWYA 5P7BA 3KYRA 3EXOA 3FX5A 2FMBA 5P06A 4X7IA 2G22A 1W51A 5P54A 5P8SA 3EKXA 3O9CA 4Y3EA 2CEMA 1FQ7A 4DUSA 5P0QA 4AA8A 4K4QA 5P2NA 3TKGA 2OHQA 3G72A 3EKWA 5P28A 4Y3ZA 5P0XA 1SDUA 4Y3MA 1ZJ7A 3PBZA 1ENTE 3T6IA 4Y47A 5DR3A 3DCRA 2WHHA 3PI5A 1RNEA 1A8GA 3LNKA 4HDPA 3OAGA 5P38A 9HVPA 2QI1A 4EXGA 5P01A 3S56A 3OUAA 3OUDB 5HU1A 1W6HA 3VSXA 5OYRA 3TPRA 3L5FA 1XN3A 2G24A 3OADA 5P8EA 1KJFA 3UDKA 2I4VA 1SH9A 4JECA 3PLDA 1J71A 3QBFA 4LAPA 5P34A 4EJ8A 4Z22A 1B11A 5P08A 1EPQE 3QVCA 1K6VA 1W5XA 2QI5A 3EL4A 4FM7A 5P64A 2BB9A 3OXXA 3QAAA 2RKFA 5P3RA 1XE6A 5P36A 5P0CA 1LYAA 5OZYA 5EZXA 4APRE 5P2HA 5CLMA 1META 5P1OA 5P0WA 1TCXA 3CMSA 4I0DA 2HB4A 4M8XA 5P0EA 5P5ZA 3I6OA 1BILA 3SAAA 5OZEA 1FKNA 4Y5MA 4DH6A 1RQ9A 3SKGA 1RL8A 2QU3A 5DQ2A 1HTRB 2HAHA 5P7WA 5P3VA 1HPXA 2OHUA 3QRMA 3UQPA 2WJOA 5HDZA 2J9JB 3EM3A 3APRE 1B6PA 4GJAA 2PYNA 5OZ0A 2JJJA 3WZ6A 5P3LA 5HD0A 3ER5E 3MWSA 5DGUA 4OBKA 3D1YA 5IVQA 3RU1A 4OD9A 2V11C 4DJQA 1HOSA 1C70A 2AVMA 4ER1E 4Y3NA 3UDYA 5P7PA 1KJGA 5P6ZA 4Y9WA 2QI7A 2XFKA 1HIHA 4PPHA 3ST5A 2XFJA 3SACA 3CICA 2ZE1A 5P2AA 2IENA 3OU4A 2QP8A 3FV3A 3OWNA 4CPUA 1EC3A 5P1RA 5P0SA 3R0WA 3KDCA 3CYWA 3EKYA 3KF0A 5HE5A 2F80A 5P55A 2B7ZA 1B5FA 3DV5A 5P7SA 3KN0A 4L7JA 4D8CA 2QNNA 4GJCA 5P6TA 2QZXA 2ZJIA 2IEOA 5P2YA 4YD6A 1SP5A 3ECGA 1NPAA 1VIJA 5KQXA 4YBIA 5BRYA 4Y3QA 3IGBA 5P4YA 2QHYA 2PK6A 5P1DA 1TZSA 3CIBA 5P6MA 1ZLFA 4LXAA 5P5JA 4GJ8A 5P73A 5P49A 4GB2A 2R3TA 4R92A 3UCBA 5P5RA 2AVOA 1W5VA 4Y3AA 3DCKA 5DQCA 5P0DA 1IZHA 1SDVA 1MSMA 3S8IA 4DFGA 5OZLA 2ZYEA 4NJTA 3OQFA 5P3OA 5P5KA 5OYSA 3URIA 1ODWA 3O9LA 2RSPA 3EL1A 3UDHA 3EL0A 1D4HA 2I4WA 4B05A 1Z8CA 2QI0A 5OYZA 5P00A 1OD1A 2AOFA 5P29A 3EL9A 1DMPA 2IGXA 4MC1A 5P33A 4GJ9A 4F75A 1PSNA 2R43A 5HE7A 2AZ8A 5I3WA 2QMDA 5P59A 1OEWA 1W50A 3K5DA 4Y3PA 3OOZA 4HEGA 4B1EA 1HVIA 3A2OA 3BVAA 1SBGA 1MT7A 2IKOA 3NXEA 3KM4A 4JPEA 1BVEA 1QRPE 3OY4A 1GVWA 4YD5A 5OZXA 1NPWA 5P0HA 3GGAA 5OZUA 1Z1RA 5P7AA 3PI0A 3DM6A 5P03A 3VFAA 3NDXA 2NTRA 5P8PA 3NR6A 4K4PA 5DR4A 2QI4A 3L5CA 3PLLA 2G1RA 1EC0A 5P10A 4H3FA 3OXVA 5OZMA 2ZJKA 2G20A 5I3XA 5P18A 3HDKA 3INHA 4OBDA 5AH7A 4J1FA 5P70A 3ZL7A 3EKPA 2AZCA 5OZ1A 3VYDA 4Y5NA 5IVRA 2ZHSA 4NPUA 5P3DA 1SGUA 1FEJC 3LIZA 2IGYA 1B6KA 2Q5KA 5P14A 5P4UA 5P5MA 3BC4A 5P2UA 2BPWA 1W5YA 4I0HA 5IVSA 2PMAA 4Y44A 1XE5A 3ZOVA 4HA5A 5P8CA 3TH9A 5ISKA 3NU6A 2FNSA 2G69A 5P8BA 4Y3HA 4JP9A 4F76A 2QK5A 5P45A 1M4HA 4YD7A 4EPJA 2ZGAA 5P7EA 3RTHA 4TRZA 4DJYA 2QMGA 2CENA 4I12A 5P3PA 3QRVA 3URLA 1AM5A 1EBYA 5DGWA 3LPIA 5AH6A 3RSVA 4RVXA 5P30A 5P3HA 2O4PA 4EJDA 5P5OA 1EEDP 5P7CA 5P1TA 5P2BA 1YX9A 2B8VA 5IE1A 2G1SA 1NSOA 4B77A 3GGXA 3GGVA 3TTPA 1KJ4A 3I8WA 4Y4BA 5P1HA 1HEFE 1LYWA 3VF3A 1D4IA 4LHHA 4Y45A 5DR7A 1LV1A 5OZ5A 4PEPA 4YCYA 4FIVA 3INFA 3MSLA 5P5IA 3S45A 2FDPA 1M43A 2WEAA 4EHCA 1BAIA 5P5VA 3SO9A 2HM1A 3OXWA 1FB7A 1HTFA 5B18A 4Y3LA 5P3FA 4CPWA 5DR1A 1YT9A 1Z1HA 5P3QA 3EKTA 5P2ZA 2VNNA 5P77A 5P3ZA 3C9XA 5P07A 5P7OA 2VA5A 1BWBA 5P4EA 2BPZA 2Q54A 4Y41A 5KR1A 4J17A 3PWRA 4FM6A 3UDPA 1D4LA 5P88A 2J9KA 3G6ZA 5P3NA 1HVHA 3OXCA 4IVTA 4TRYA 2FIVA 2WF2A 3VV6A 2ZJNA 2WEZA 3OQAA 5COPA 3KT5A 3QRSA 1IZIA 5OZBA 2VIYA 5P47A 4Y4AA 2R3WA 1W5WA 2P4JA 2FLEA 3KA2A 5KQFA 5P74A 7UPJA 1DIFA 3IXKA 4FGXA 4L6BA 3D91A 3S2OA 1FMXA 3OUCA 5P46A 4Y5EA 2APRA 1T7JA 3ZPTA 4Y4DA 2R9BA 2JE4A 1EBWA 4YOBA 4OBFA 5P76A 5PEPA 5P80A 2JXRA 3T11A 5P41A 2HS2A 3UPJA 5ER2E 2JYSA 4ACUA 5P2KA 4DJRA 3O9EA 5ENMA 2F3FA 4DJOA 2B42A 5P4DA 3RSXA 5P61A 5P4WA 4DQBA 5P32A 5P7YA 3JVWA 1LS5A 3SPKA 1MTBA 2AOCA 5IS4A 3PMYA 4ZSMA 3U7SA 4Q1YA 5DQ4A 5OZ6A 4D83A 5OZWA 2OF0A 3QI1A 2BKTA 4FM8A 4OBJA 1BVGA 1FMBA 2AZBA 4QJ9A 4I0GA 5P3GA 5DQ5A 3VG1A 5P52A 4ZIPA 3HVPA 3VV7A 4DJUA 2QNPA 2QU2A 4Y5CA 4PYVA 3PSGA 4RVIA 3QIHA 4LL3A 5P8GA 2O4SA 2WKZA 2Q55A 4XX3A 2V10C 3O9AA 2J9JA 2O4NA 4HDBA 2UXZA 3PSUA 2QI6A 5P2JA 3SA6A 5P6GA 3ZPSA 3IVIA 3WB4A 1HSGA 4HE9A 3UDRA 5P0PA 4DQEA 3DOXA 4RLDA 1SIPA 3SABA 5IVTA 4Y3DA 1C6YA 1B6JA 4AMTA 3K4VC 2AIDA 3NWQA 4BELA 2RENA 4LXKA 5P17A 5P0BA 5P13A 1HIIA 1QBUA 2OHKA 3KDBA 5P6CA 3SM1A 4J55A 5HDXA 1HPOA 2WEBA 2HB2A 4J1IA 3EMYA 3OU1B 4D85A 2QHCA 5P6NA 5ENKA 1UPJA 5SY2A 3CIDA 1A8KA 5P0YA 4B1CA 2UPJA 3ZKXA 4Y6MA 5OZ9A 3FKTA 5P4SA 1TSUA 1YTHA 3HD8A 4QJ8A 4UPJA 5P8DA 1C6ZA 2B8LA 4FL8A 2QCIA 4FSEA 2F3EA 4J0ZA 4EYRA 5P15A 1CPIA 2NNKA 4DV9A 4FS4A 2AOHA 5KAOA 5P79A 3UQUA 2FNTA 4Y3FA 1HRNA 2WF3A 1LF4A 2P3DA 4RRSA 1MESA 5OYUA 4RVJA 4DJPA 3OGQA 4PHVA 1E82E 4OC6A 3R4BA 1AIDA 5AHAA 5P5WA 5P7LA 5P4RA 1D4SA 4LP9A 5P5YA 2ZHUA 4XXSA 3T7QA 5P1NA 3VYEA 1EBKC 4RCDA 5P0RA 5P89A 1LF3A 2B60A 2ZJHA 4MC2A 5P23A 5OZGA 4YDGA 3O9GA 3O9DA 1K1TA 3BHEA 3L5DA 1MEUA 2Q63A 1HVRA 5P44A 3UDMA 4OBZB 3Q4BA 4Y48A 3RTNA 5P3IA 5P6OA 1OHRA 1FG6C 5OZPA 3LZVA 4U7QA 5P4OA 4Y3SA 3Q5HA 5P72A 3UDQA 4DJXA 2ZJJA 4Y4JA 2QZKA 4DQHA 4A6BA 4CMSA 2HIZA 4JOOA 5HVPA 5OZVA 3EKVA 5P62A 5C9BA 5P3WA 1ME6A 1UH7A 5P1BA 5P43A 1GVXA 3L5BA 3BUHA 3VLAA 1ZTZA 3KDDA 3IA9A 5I3VA 3I7EA 4K8SA 5P1JA 4QJ6A 2JJIA 3QROA 4YD4A 2Q11A 5P6RA 2FDEA 1SIVA 4Y35A 4RYCA 3EBZA 1HVLA 3UHLA 3ZLQA 2NR6A 5P0FA 1FQ4A 1EPOE 2IQGA 1SGZA 3QN8A 4Y58A 5HCTA 5P7QA 2R38A 3CYXA 4CPQA 2PSGA 5P39A 3URJA 5P4GA 5P4KA 4RCEA 1T7KA 1TW7A 5P6SA 4GJ6A 4GIDA 5P6AA 4Y4TA 3ZPUA 5OZ8A 4ZLSA 5HTZA 4H3JA 5P4PA 2BPYA 5P1ZA 1HXBA 3NSHA 2ER7E 3H0BA 4KB9A 3BUFA 5P7HA 4FLGA 1CMSA 5P5CA 5P4BA 5P3JA 4B00A 5P7NA 2WECA 5P7FA 1PPME 2VIEA 3O9FA 5SXNA 3OADB 5OYYA 3SA3A 5BS4A 4Y5KA 3LITA 2BQVA 5P1XA 3LPKA 4FCOA 3BXRA 5P8KA 3ZKQA 2OHSA 4B70A 5P1SA 1LYAB 4F73A 1HPVA 2P8HA 4J0VA 3L5EA 5P0MA 1WBMA 2FGVA 5P8AA 5DQ1A 5P1EA 1F7AA 4S1GA 4Y5GA 4Y53A 3SA5A 2QHZA 4YD3A 5P7JA 4AUCA 3R1GB 3OHFA 1EPPE 2QZWA 3OHHA 2V0ZC 3NU3A 5P09A 2F81A 1SMRA 4L1AB 3HAWA 4AZYA 4BFDA 2AODA 3LIXA 2G1NA 4CPTA 1LEEA 4OD9B 1MT9A 5P81A 4R91A 3PJ6A 5OZSA 3Q70A 5P65A 5OZZA 5P6HA 4Y3XA 5KOSA 3PSYA 1EC1A 2G1OA 4YA8A 5OZTA 5P1GA 5P40A 5P50A 1EPLE 3O9IA 5P0JA 2PSUA 1MUIA 2PWRA 5P1MA 1E5OE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4X A;  5P31 A;  3K1W A;  2PH8 A;  1ODY A;  5SZ9 A;  2WL0 A;  1APU E;  3TOF A;  1BV9 A;  1FQ6 A;  4Y5A A;  2R5Q A;  5P8O A;  4CPX A;  4Y4W A;  4DQF A;  1C6X A;  3O9H A;  3AUP A;  5P6L A;  1MER A;  2R8N A;  5DR0 A;  4DQG A;  5P2T A;  1T3R A;  5P8U A;  4I0Z A;  4Y4X A;  5P5S A;  3N3I A;  2QNQ A;  5P7Z A;  1K6T A;  4RCF A;  2OAH A;  3K5G A;  2PH6 A;  1K6C A;  1BDL A;  5P02 A;  5P7R A;  2IS0 A;  4NJS A;  4ZSR A;  3R2F A;  5P85 A;  5P1A A;  5P87 A;  2VA7 A;  5P2G A;  3EM4 A;  4K4R A;  5P0Z A;  3UDN A;  5JFU A;  2WF0 A;  1AVF A;  1APV E;  1HVS A;  4Y3G A;  2H6S A;  2QI3 A;  1YTG A;  3VF5 A;  4YBF A;  3WSJ A;  3ZKN A;  4J54 A;  4WTU A;  2VIZ A;  3I2L A;  4Y56 A;  5P3Y A;  5P7M A;  6APR E;  1PSO E;  5P1W A;  4MC9 A;  5P3U A;  1EPN E;  3AID A;  2RKG A;  4DJW A;  4Y43 A;  3T7P A;  1LYB A;  5AGZ A;  2ZJL A;  4I11 A;  4YHQ A;  4H3G A;  2AOG A;  1LF2 A;  2I0A A;  4J5J A;  3VEU A;  3U6A A;  1W6I A;  3KFR A;  5P1Q A;  5P5L A;  5P26 A;  3VLB A;  3KFS A;  5P8Q A;  5UPJ A;  5P5H A;  4B72 A;  1MRW A;  4Z50 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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