5KRSA

Hiv-1 integrase catalytic core domain in complex with an allosteric inhibitor, 3-(1h-pyrrol-1-yl)-2-thiophenecarboxylic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
146
Chain Sequence
DSSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIPYNPGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Allosteric HIV-1 Integrase Inhibitors Identified by Crystallographic Fragment Screening of the Catalytic Core Domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Hydrolase, transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 146
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5krsA00
4NCBA 2HHUA 1NJWA 4DTPA 2HHQA 4HCBA 3LDSA 3AA2A 3OYNA 4DFJA 1B9FA 1VSIA 4YFUA 2PY5A 1ZBIA 1WNSA 1YTAA 1D9DA 4AHTA 4KB1A 3E01A 3P83D 1S9GA 1FKPA 4B8CA 4CHZA 4FLWA 4DQSA 3SQ2A 2HHWA 3DMJA 4C8NA 1NKCA 1D9FA 4FZYA 3VQ6A 3V9XA 3CYMA 3DRSA 4G1QA 4CGJA 4HHTA 1BI4A 3P1GA 3VQ8A 3C95A 4N56A 4CF1A 1C1AA 1VRUA 4IG0A 4CERA 3DOLA 4CJEA 3NF6A 1QSSA 3KK2A 2I5JA 1NK8A 4E89A 1NJYA 4NYFA 4NYNA 4PUOA 3NF7A 4B9TA 2YNHA 3SQ1A 1I39A 2Y1IA 2P5OA 2KTQA 3DRPA 4KHQA 3VA0A 2PYLA 1BCOA 3MXIA 1L3TA 2VG7A 4IBNA 4KHUA 4FW1A 4M3UA 1RDBA 1S1XA 3MEDA 4DU4A 5CY4A 1TK8A 4B9UA 4DTJA 4CIEA 4RG8A 3ZSQA 1MU2A 4CEFA 3LZJA 1Q9XA 3I0SA 3RRHA 2XY5A 5HLFA 1IKYA 4FK0A 1TGOA 2X6NA 4CJWA 3QEPA 1KVBA 3BGRA 3TABA 4Z4GA 1WSFA 3HSTB 1RTJA 2ZD1A 4IKFA 4M42A 1EKEA 3ZT4A 4KI6A 3EYZA 2KZZA 4C8KA 3HT3A 1Q8IA 1UWBA 4I9LA 5CZ1A 1GOCA 1LWEA 1TKZA 1IH7A 3WNHA 1U4BA 4B9SA 3SUQA 4TSXA 2G8HA 1IKVA 4CEEA 4DG1A 4NCGA 3SPZA 1RT2A 5KRTA 4DS5A 1ZYQA 3K59A 3B6OA 4E7LA 4ELUA 4CFBA 4W5NA 1U48A 4PWDA 3EZ5A 1A5WA 4Z4EA 1D8YA 3HL8A 3WNEA 1GOBA 3NF9A 2HHXA 4M3YA 1QE1A 2P1JA 4DF4A 4BE1A 4F3OA 4DS4A 4ICLA 1C0MA 2P51A 2B6AA 3VQ9A 4DSEA 2QKKA 3AO1A 1SL1A 5FRNA 4IFVA 5HBMA 3OYAA 3K5MA 3U3YA 3U6FA 1T7PA 2G8FA 4JS5A 1SKSA 4O5BA 4W5QA 2YHBA 1LW0A 3AVMA 3HYFA 3CG7A 2E4LA 4OKJA 1KVAA 5K14A 3O3FA 4ELVA 1TL3A 3VA3A 1SKWA 1RBRA 1LWFA 4RW8A 2IGIA 3ASMA 3F73A 1VSHA 3V6DA 4HUEA 2YNFA 1S5JA 2FBYA 1S9EA 2JLEA 4CESA 1HYSA 4JRQA 2O4GA 3I0RA 3LPUA 4Z4HA 3VQDA 2FBVA 4KFBA 3OYGA 3HVRA 4M41A 4DTUA 1TAQA 3K2PA 3NFAA 2A1RA 1LAVA 4O0IA 3ULDA 1XHZA 3BDPA 1KFDA 2HVHA 4O0JA 4J2BA 3TAPA 1ZBUA 1XWLA 1HYVA 4I7FA 2HNYA 1C1BA 4H8KA 4DQRA 1S1WA 4CJKA 1VSLA 2IAJA 4DSIA 3HP6A 4AH9A 3ZSZA 3QIPA 3DOKA 4DU1A 2GBZA 4B9VA 2HHVA 4LH5A 3V1QA 3SQ0A 3QEIA 4Q0BA 1TKDA 4ID1A 4Y1CA 4FM0A 4I2PA 4IFYA 3AVJA 1NK4A 1REVA 4K8ZA 2RPIA 4OGEA 1RTIA 5JS1A 4FJ9A 4EZ9A 3AVKA 4B9MA 4F4KA 3K5NA 4QCLA 4CJLA 2AJQA 2GV9A 3QESA 3ZCMA 4CF2A 4E7KA 3KD1E 5T7BA 2OYQA 4FJLA 5D3GA 4F2RA 1HJRA 1I3AA 4MFBA 4FLTA 3AA4A 2DTUA 3C6UA 4EP4A 3P5JA 4E1MA 2D0AA 4KO0A 4Q5VA 3SQ4A 2YV0X 4CJ5A 3RTVA 4CJSA 3KLEA 4CK3A 2OZSA 1RT7A 3K57A 3SI6A 3G10A 3QNOA 1W9HA 1SL0A 1LV5A 4KREA 2G8IA 1VSDA 3PX0A 3NE6A 2BDPA 4FK2A 4LD0A 1LWCA 4FJJA 4M3WA 4RW4A 1FKOA 4CJFA 4CJ4A 4CHOA 3HM9A 1N6QA 4KKOA 4HCCA 2XO7A 1RTHA 4PQUA 3O3HA 1O1WA 4HVJA 3SCXA 2BANA 3OYLA 2VG5A 1U47A 1U45A 3G0ZA 2FBXA 4RW7A 1VSKA 3SNNA 2BGGA 3ISNC 5C42A 4OPJA 3KLFA 2F8TA 4QOZB 3SPYA 1HPZA 1NOYA 3IAYA 3MXJA 1C6VA 3VQ4A 2DY4A 2QK9A 4DQQA 3PUFA 4LY7A 4CEBA 4FYDA 3QEVA 3RMCA 1F21A 1KVCA 1RT5A 4CGDA 5E41A 4W5RA 3DLGA 3M8SA 2R7YA 3OYKA 4DF8A 3FFIA 3OYHA 4E7JA 4BWMA 3L3VA 3AO5A 3MECA 1JLFA 4AILC 3S3MA 1RTDA 4BACA 4DTXA 1Z25A 4MQ3A 1TVRA 3PY8A 3JYTA 3KD5E 1HQUA 1RDCA 3WNGA 1DLOA 3NH0A 1WSIA 1X9SA 1BGXT 3O3GA 1Q9YA 4CHYA 1VK0A 4KHNA 4DSFA 4BWJA 2EX3A 4FJIA 2YKMA 3LP3A 2HB5A 1ASVA 1JXEA 3ZSYA 3OYCA 1TAUA 1HRHA 4B9NA 1ITGA 1C0TA 1GOAA 3U3GA 4B8AB 1RBTA 1NJZA 2OZMA 1IKWA 4KPYA 4DQPA 3AVCA 3OYDA 3D0PA 3CFOA 4CEAA 3ZSRA 5J2QA 3VQ5A 4CGHA 2VG6A 3RMAA 3DLRA 3QETA 4KTWA 4DFPA 3VQAA 3SV4A 1WSEA 2XRIA 3AVLA 3OYFA 4KTQA 4C8OA 4NCAA 2HVIA 1J53A 3KLHA 3SUNA 1X9WA 3NGZA 1SL2A 3M8QA 4IG3A 1ZBLA 3TR8A 4OKKA 3THVA 4EZ6A 5KRSA 3L2QA 3PO5A 4FZZA 1KCFA 3DRRA 3SYZA 3C6TA 3V9UA 1L3SA 2VWKA 1FK9A 4CHNA 4N5SA 4CFAA 1NK0A 3K5OA 1L3UA 3ZSWA 1NK5A 3AVIA 3ITHA 1BISA 4CE9A 5KTQA 3LZIA 4KTZA 1VSEA 2HMIA 3S3NA 2PZSA 3VQCA 1JL1A 3ZSXA 1BCMA 1JLEA 4FJHA 3DLKA 4I9QA 1WSJA 2F8SA 3DI6A 4FVMA 3ZT0A 5C24A 5HRNA 3QNNA 1XC9A 4FJMA 4FM1A 3LAKA 4CJTA 3ZSOA 1CLQA 4KI4A 1LAWA 1IKXA 2ZE2A 2ITGA 3L2UA 3LWMA 1WSGA 4C8MA 1EP4A 3S9HA 4KB0A 2ZQBA 4FXDA 4H4OA 1HNVA 1NKBA 4CJQA 1C1CA 4DLGA 1RBVA 4DSKA 2KFNA 1N5YA 4LSNA 4JRPA 3AO2A 4DTMA 4E3SA 1C0UA 3SJJA 3V4IA 3TAEA 4KV8A 2HW3A 4KAZA 4Y1DA 3QERA 1T05A 1TKTA 4ZTJA 4DSJA 3T19A 5SZTA 1RT6A 1QQCA 3HPOA 1D5AA 4N47A 1YT3A 3OJSA 5HP1A 4Z4IA 3O4NA 4E7HA 1NJXA 3F9KA 3O4QA 5FDLA 1T03A 2Q3SA 1BQNA 4FLUA 3RR7A 2P5GA 2RN2A 1HMVA 4KHWA 1K6YA 3NCIA 2HNDA 2RF2A 3DYAA 2XHBA 1UAXA 3HPHA 4BDZA 3CFPA 4FLZA 4FLXA 4CFCA 1NK9A 1KFSA 3RWUA 4OLAA 4CJRA 2RKIA 1J9AA 5HRPA 3QLHA 4Z4FA 4ZHRA 4CF0A 2YNIA 3OJUA 2X6SA 3IRXA 3DLHA 5DK5A 3KJVA 3LALA 4I2QA 3ZT1A 2YKNA 1VSJA 1L5UA 1SV5A 5JS2A 1WN7A 5KI6A 4E19A 3KLGA 3LWLA 3OS2A 2DFHA 4R5PA 3AVGA 4GW6A 4CEOA 4L8RB 4CGIA 2B4JA 3RR8A 5C25A 3CM5A 3LANA 3M8PA 3VQEA 4F8RA 4XIUA 2OA8A 4FJKA 3PX6A 4ZTFA 4WE1A 2D5RA 1BQMA 1JLGA 1RT4A 2OPRA 2Z1JA 3QINA 4DMNA 1FXXA 5KGWA 3L2VA 1B92A 3SUPA 3TARA 1X9MA 3OYBA 3B6PA 3ZT3A 1TKXA 3AO3A 1S1UA 1YVUA 5DMRA 1QSYA 4CCHA 4E1NA 3LAMA 3V9WA 1KLMA 2WONA 3AVFA 4CHPA 4DFMA 4B3OA 2LSNA 3HO1A 5J2MA 5FROA 3V1OA 1EXQA 3TAMA 1QSLA 4YNQA 4BDYA 2E6LA 4FJNA 2IC3A 2GUIA 3OS1A 4M3ZA 3HK2A 3WNFA 4CEZA 4J2AA 4CFDA 4BDPA 5I3UA 1CZBA 3T3FA 4F3TA 4CIFA 3MEGA 1ASWA 1S1TA 4IDKA 4EP5A 4DSLA 4CF9A 5J1EA 2PYJA 1TL1A 3L8BA 1W0HA 1DTQA 3AVHA 3AVNA 4OKEA 3HP9A 5HRSA 4OLBA 3DM2A 3L2WA 1TK0A 1JKHA 1RT3A 2A1SA 4GMJB 3KK1A 2DFEA 1EETA 4QAGA 4B08A 3I8DA 1HYZA 2G8WA 4HUGA 1QTMA 1J54A 3QIOA 4DU3A 1JXBA 3AO4A 4CJPA 3TAGA 2F96A 1UA1A 1ASUA 4DQIA 3TI0A 1CXQA 4AHRA 1HNIA 3KK3A 3PO4A 1UOCA 1J5OA 3MXMA 1EX4A 4M3XA 2QKBA 3VQPA 1B9DA 4HUFA 4N41A 1CZ9A 1WLJA 3D45A 2HNZA 5CYQA 2E6MA 1RDDA 2G8UA 1CXUA 4FJ5A 1KTQA 4RW6A 3VN5A 4F2SA 1T8EA 4GVMA 3AVAA 1SUQA 3MEEA 4AHCA 3QO9A 3OYMA 3PV8A 3M8RA 1G15A 3NHGA 1KLNA 5J2PA 1TK5A 1JLQA 1RCHA 4O44A 4CK2A 3CFRA 4AHUA 2O4IA 2XY6A 4AHSA 4W5TA 1SKRA 4FCYA 1Y97A 3KKSA 1QHTA 1BI4B 2VWJA 3V9ZA 4UQGA 1RBSA 2D0BA 4LH4A 3ZSVA 3NGIA 5I42A 2B5JA 3K5LA 4PA1A 5CYMA 4Z0UA 3NGYA 4JS4A 2IOCA 3ALYA 2NUBA 3AVBA 2G8VA 4K8XA 4DTOA 3LP2A 2ETJA 3NF8A 1VRTA 4J2DA 3NH2A 1RDAA 1WSHA 4DLEA 3VQQA 4CJVA 4FJGA 2WOMA 3NAEA 1UA0A 3KIOA 1BHLA 1RNHA 3QEXA 3KTQA 4FJXA 1KRPA 5EU7A 4J2EA 4FJ7A 4HTUA 4ID5A 2Z1GA 1A5VA 1S1VA 2QXFA 4CGFA 3RMDA 1RT1A 2G8KA 2YHAA 4C8LA 3RMBA 3TWHA 4PY5A 3C94A 4BE2A 3SUOA 1WAJA 1L3VA 1ZBHA 3OYIA 3T1AA 2BE2A 1S6PA 2EHGA 4CIGA 3RRGA 4KHYA 1RBUA 3SZ2A 2KW4A 1JL2A 1BIZA 1Z26A 5J2NA 4M45A 4W5OA 3K58A 2Y1JA 1X1PA 4FW2A 3QEWA 2Z1IA 3OYJA 4AHVA 4LSLA 3V1RA 3HJFA 2KZMA 4DFKA 2HHSA 4M3TA 2IS3A 5HROA 2W42A 3PX4A 1IG9A 2OPQA 3VQ7A 3HPGA 3LPTA 1TV6A 4DTNA 3TAFA 4FM2A 4KHSA 3KKRA 2KQ2A 4CEQA 4H4MA 3H08A 3LP0A 3KLIA 1JLAA 2X74A 2KFZA 3DLBA 1S6QA 4CJ3A 5FRMA 1YTUA 1BIUA 2YNGA 1NOZA 3AV9A 4OVLA 3JSMA 2ATQA 3L2RA 1QS4A 3ZT2A 4E0DA 3NH1A 2FBTA 2OPPA 2OPSA 4OGCA 1NKEA 1HQEA 3S3OA 4CEDA 3AA5X 4O4GA 4CGGA 3OY9A 1ZBFA 4ELTA 4Z4CA 1JLBA 3DLEA 5HRRA 3OVNA 4M3RA 4DTSA 1R0AA 1KSPA 3UIQA 3IS9A 4B9LA 1DTTA 2FC0A 4FLVA 3SV3A 1NK7A 3CM6A 2IDOA 3IG1A 3NBPA 4RW9A 4CF8A 2JGUA 1BL3A 4FLYA 1WAFA 3TANA 4DWIA 4KRFA 2XY8A 3OS0A 4O55A 3EY1A 1VSFA 1IO2A 4CHQA 3V81A 1RILA 3HXMA 1NK6A 2D0CA 1XI1A 3TAQA 3CQ8A 3OYEA 1VSMA 2XY7A 4DTRA 1XHXA 1U49A 3AA3A 2Z1HA 4CJUA 4FJ8A 3V9SA 4BE0A 4FK4A 4N76A 1A5XA 2HHTA 3A2FA 5KGXA 4OPKA 2X78A 2DFFA 3LP1A 1JLCA 3L3UA 4CK1A 1LW2A 4JLHA 5CZ2A 4E7IA 5SWMA 3NDKA 4CECA 4OJRA 3VQBA 1U04A 3MAQA 4FZXC 3HVTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NCBA 2HHQA 2ZM6K 3T1HK 4DFJA 2O8EB 2PY5A 3GG4A 5JICA 4M7YA 4CHZA 4FZYA 3LDPA 3CYMA 4G1QA 1LCUA 1BI4A 5FPNA 3VQ8A 2RHKA 1VRUA 4CERA 5BREA 3P39A 1C0FA 3A5OC 3KK2A 1NK8A 4NYFA 4NYNA 4B9TA 3SQ1A 5AQNA 2Y1IA 4CZIA 4BRFA 1BCOA 5FPDA 5CY4A 4JYAK 5IT9O 3I0SA 2JWKA 1NM1A 2Q0RA 1TGOA 2PBDA 3BGRA 3WXLA 4IKFA 3C7NB 4IO8A 4M42A 3EYZA 2KZZA 1T6DA 5KQDA 1GOCA 1U4BA 1IH7A 5EY4A 2G8HA 3L4IA 4E7LA 3PIPL 3EZ5A 4OX9K 1A5WA 1P90A 3HL8A 3FFKB 4F3OA 1C0MA 3ULEA 4DSEA 4LFCK 5FRNA 4NO7A 4B3RK 3K5MA 4EFHA 3DLLL 2G8FA 1SKSA 4W5QA 2QTDA 2E4LA 4ELVA 2JLEA 4FWRA 3IUCA 3OYGA 4M41A 1TAQA 1KFDA 3TAPA 1ZBUA 1C1BA 1S1WA 3CC4N 2IAJA 3WT0A 1XNRK 2GBZA 4LH5A 5C12A 3BP8A 4Y1CA 1QQNA 4FM0A 4K8ZA 1RTIA 5JS1A 4IWVA 1VQ5N 4B9MA 3K5NA 4BR0A 1OVYA 4CF2A 4E7KA 3KD1E 4BRAA 4FLTA 3C6UA 1QZ5A 4JI0K 4KO0A 4Q5VA 2F7TA 2YV0X 3KLEA 3SI6A 3G10A 4AF1A 2G8IA 2NRZA 3KVGA 4AM6A 3NE6A 4PKHA 4BREA 4FJJA 4EHUA 3SAHA 3MN5A 4CJFA 1N6QA 3H3NO 5LY3A 2XO7A 1RTHA 4HVJA 4X66K 1VQ8N 1T44A 2WUSA 4JAXA 2J4RA 3H1VX 4G9ZA 1VSKA 4OO1J 3J7ZO 3MX5A 4OPJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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