5KXKA

Hen egg white lysozyme at 100k, data set 1
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 57
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxkA00
1CNSA 1GAZA 1B7SA 1HELA 1UIAA 4HJVA 1LZ5A 3WH1A 4H9FA 4NHIA 5M1YA 1JWRA 4G49A 1BWJA 4WL7A 1LZ9A 1JKBA 4IATA 3M18B 2Z2EA 3ULRA 1GE0A 1I56A 3RNXA 1JKCA 1HFXA 2G4NA 4ANRA 4CJ2A 4J0LA 5KXYA 1GF8A 4NSJA 4BADA 4WG7A 1GB2A 3WVXA 1TAYA 5F14A 1J1XY 3N9AA 4KPMA 193LA 1G7LC 1LJNA 4XN6A 2YBIA 2FYCA 1IVMA 1YL0X 5LVIA 2ZNWY 3LZTA 3J6KA 3LN2A 3AGHA 4YENA 3TMVA 1LSPA 4H93A 1IIZA 2DQHY 154LA 1EQ4A 4IASA 5B1GA 1GD6A 4WM3A 1ZV5L 4B4JA 1IR9A 2DQGY 1LCNA 3W3EA 2MEIA 3TXDA 4NSHA 3CSRA 1LSGA 1ALCA 4DD7A 3TXEA 5I54A 5KXRA 1GF0A 5B07A 2DQIY 1DKJA 1OUCA 1XEKA 3LYOA 1BB5A 1LMOA 3FE0A 1GE4A 1C10A 4YF2A 4X3BA 4DC4A 1IP4A 4ZEEA 1LZRA 1OUFA 4LYMA 4MR1A 2BQMA 2DQFC 2RSCA 1JTTL 5JENB 1KXXA 4GCBA 3F6ZA 4NGJA 1BB4A 4BAPA 1HSXA 1DXJA 1GF7A 3WVYA 4CFOA 5KXPA 153LA 1GFAA 1NDGC 2BQLA 3KAMA 1GE1A 2PC2A 4XJBA 1XGPC 3SP3A 4MSTA 5AMYA 3T6UA 1D9UA 3CSQA 1NWGA 4B0DA 2BQGA 1QUTA 9LYZA 5FSTA 1G7JC 2Z39A 1TCYA 3AB6A 5I4XA 3WW5A 1RI8B 2LYOA 2XJWA 4QEQA 4HPEA 4PJ2C 1F0WA 5KXKA 5L3HA 3HBEX 4XJFA 5L3IA 4N9RA 2F4AA 1REZA 2G4PA 2CWIA 4OOTA 4ML7A 1GF6A 1QTKA 2D91A 3EMSA 2HEFA 4B4EA 2BQNA 1LTMA 3WUAA 2DBTA 1LMAA 3WULA 2MEHA 1GBXA 1KIQC 2ZIKA 1H6MA 3AGGG 1IC5Y 2YVBA 3OK0A 1YAPA 2EKSC 4QDNA 4CFPA 4P2EA 4I8SA 3FI7A 2I26L 3AGIA 6LYZA 4GCDA 5E4PA 4MCKA 2H5ZA 4QGZA 4YM8A 1F10A 2BQIA 4OWAA 1WQRA 1BWHA 1JJ3A 4TX7A 1C46A 1HSWA 1XGRC 2DQDY 1REXA 1HEPA 2DKVA 2LYMA 4WMGA 2Z38A 4B1AA 5D5CA 194LA 5KXWA 4N8ZA 3D9AC 3TMWA 1GFGA 1EQ5A 4LYTA 1P2CC 5ILFA 4LGKA 3T36A 5LXWA 4UWNA 1JHLA 1AKIA 2H9KA 3D3DA 4HTNA 5HMVA 4DT3A 4NGYA 1HERA 3A34A 5LA8A 1VATA 1C43A 4OWBA 1GE2A 2F4GA 1IP3A 3EO5A 4NHSA 1N4FA 4NGWA 4Z98A 5KJ9A 1DPWA 1FDLY 1LPIA 4LT2A 3TMUA 4ETEA 1W6ZA 3W6EA 3AZ4A 4LT0A 4RW2A 5E9RA 5C6JA 1GFEA 3AW6A 4N1EI 2ZILA 5APEA 3TXHA 1LZGA 1NQIA 2YBJA 1B5WA 3RU5A 3AJNA 3WYHA 2FYDA 1RE2A 3CSZA 1LYYA 2EIZC 3IWRA 3A6BY 1QIOA 3A94A 4GCCA 2VB1A 1LSBA 208LA 4I0CA 4DD2A 3M3UA 1XGTC 1FBIX 1KIPC 5A3EA 4G4CA 3ATNA 3WPLA 4LT3A 1GBOA 1IWVA 1BVXA 1UUZC 5FCPA 2AUBA 5KXMA 1IWXA 4DWXA 1GF3A 3G3BB 1LZBA 4NG8A 5K7OA 3GXKA 1RJCB 4WM1A 5I53A 1CJ6A 1GDWA 1WQMA 1VEDA 4H92A 5KXNA 1AZFA 1LSNA 5LVHA 1OUIA 2Q0MX 5KXLA 1GB6A 2IFFY 1FLUA 3WU9A 4TUNA 4WL6A 1OUHA 4EMNA 3G3AB 4HV1A 1LYZA 3A93A 4NGLA 1BHZA 1SLYA 2YSSC 1IWWA 1LZSA 4LT1A 4XJHA 135LA 5I4WA 1JSEA 2LHMA 2X0AA 3EBAB 5LYTA 1CKGA 2F2NA 5B06A 4C5FA 5F9XA 1OUBA 4D9ZA 2D4JA 1JKDA 4DYGA 1LJIA 1LMNA 2BLXA 3N9CA 1TDYA 3AZ6A 1QSAA 1TEWA 1T6VL 3A90A 4RLMA 5DLAA 1TBYA 1V7TA 1BQLY 2GV0A 5FEKA 3EXDA 1RFPA 1F6SA 1YAQA 1LKSA 4DDAA 4ZFPA 133LA 4HPIA 1JTPL 5HNCA 1HEOA 4YEOA 3A3RX 1CJ9A 1PZYA 2HEAA 1LMQA 3IJUA 4ZIXA 5KXZA 1RCMA 1JJ0A 4O34A 4U3XB 2DQAA 1AM7A 1OUDA 1GFVA 1VDSA 4GN3A 5LYZA 1GHLA 1EL1A 1IOSA 3ATOA 3P4ZA 134LA 1XGQC 4H9CA 1QTEA 1YIKA 4PRUA 2MEFA 1IR8A 4R6CA 2LZ2A 3CB7A 2ZYPA 1CJ8A 1LSCA 4NGIA 4H9IA 1B5YA 1QDRA 5APCA 1LHKA 4RW1A 5IDDA 3HBHA 1HF4A 1IY4A 3A91A 2ZIJA 4HTKA 1O23A 3AZ7A 2WARA 1JKAA 1REYA 1WQNA 2HECA 1LJEA 5IHGA 1QDTA 1UA6Y 2Y8PA 4HV2A 4E3UA 5L9JA 1LSMA 1JPOA 4LZTA 1WTMA 4H9HA 1DPXA 1IOCA 1KIRC 4OOOA 3TXIA 2D4KA 4KXIA 1NDMC 1YANA 1YL1X 2BQDA 3WW6A 2XTHA 3P65A 4G4HA 4J1AA 2EQLA 4H90A 4WLYA 3W6AA 2A7FA 5I5QA 1GFJA 3LYTA 1IWUA 2I6ZA 1GF9A 2LZTA 4HSFA 4WG1A 1YAOA 4HJZA 4A7DA 1WVVA 1B0DA 1FLQA 1B5UA 1LSAA 1BB3A 1LSDA 1GEVA 2B5ZA 5DM9A 5LAGA 4LYOA 3WMKA 1B5VA 1XGUC 4AGAA 1LSFA 2DQEY 2W1YA 1UBZA 1B7LA 1J1PY 3B0OA 5B59A 1LHMA 2CDSA 2MEEA 1B7QA 1BVKC 3J4GA 3BKHA 2W1XA 3A95A 3P66A 3WPKA 4ETAA 1MELL 4H1PA 3LHMA 1OUAA 2CGIA 4NHPA 4OWEA 1E8LA 2YBHA 1IC4Y 5APFA 5I4YA 2NWDX 1WQOA 3B0KA 4GCEA 1Z55A 1WQPA 2ZQ3A 1AT5A 1I20A 3A67Y 4RDSA 3P64A 3E3DA 5LA5A 1FKVA 2BQHA 4TWSA 1UCOA 1IWZA 2XBSA 4UWVA 1T3PA 5F9UA 4OW1A 1LMCA 4WLTA 3WPJA 2BPUA 1UACY 8LYZA 4H91A 4YEMA 1LZDA 1CKFA 1GB5A 1NBYC 4LYBA 3AW7A 4H9AA 2Z19A 1YQVY 1B7RA 4NHQA 1GFUA 1W08A 5C6LA 1LJ4A 1XEJA 5DL9A 1KXYA 2A7DA 1LJGA 5J7CA 1IORA 1DKKA 4WLXA 2W1MA 5B05A 1QSWA 3B72A 1HMLA 4LFPA 4LYCA 3RZ4A 4LFXA 4OWHA 4M4OA 1LHHA 1DQJC 4LYZA 4PPOA 1C7PA 4WOAA 4IJ4A 2EPEA 1BB7A 1UIHA 1VDPA 4GN5C 1LZ1A 3QY4A 4NY5A 1IP1A 5DN4A 1FN5A 1CKHA 1LZ4A 132LA 1MLCE 1VDTA 1LZAA 4Z3MA 4UWUA 2BAAA 3WUNA 1HFZA 1BB6A 1JISA 1A4VA 3WXTA 5ILCA 1GFTA 4PHIA 2BQBA 1B5XA 3GXRA 2BQCA 1INUA 4GLAA 5T3FA 1LMPA 5C6IA 4HP0A 1FKQA 1KXWA 1HENA 4NGZA 4WO6A 4OWCA 1GB7A 1BWIA 2G4QA 4EOFA 1IWTA 1B9OA 3CQLA 5LVKA 3BKVA 3P68A 4FDYA 3ZVQB 2Z18A 4DDBA 1DI5A 3WXUA 4NGOA 4PGJB 1GB8A 4ET9A 5II3A 3VWOA 1IP6A 3N9EA 1LZNA 2YDGA 3HBDA 1ZVYB 1QQYA 1LZ8A 3RT5X 1GF4A 5B1FA 1GFKA 4NEBA 4B4IA 1C45A 1JIYA 1HHLA 1LMTA 2BQKA 4GLVA 5KXXA 1B7NA 1B7OA 2DQJY 1F6RA 4N1CC 3W6FA 5HNLA 3MGWA 5IELA 1HNLA 1WVUA 1GDXA 4WM6A 1J1OY 1JJ1A 1LOZA 1V7SA 3WL2A 1B7MA 1IP5A 5KXSA 1GAYA 2HEDA 4R0FA 1HEWA 4ETDA 3CT5A 4G9SA 4WM4A 5LVJA 3W6DA 3TXGA 1NKHA 2XBRA 1IOQA 1C08C 4WO9A 4KT3A 3TMXA 1LHJA 3B0IA 2FBDA 1GBSA 2MEAA 1IWYA 7LYZA 3CT1A 4HJYA 4TSBA 1LAAA 1NMMA 3LYMA 3QE8A 5DN5A 2DQCY 1GBZA 2HU3A 3OJPA 2BQAA 4B49A 1WQQA 1ZVHL 3CT0A 4DD9A 5F16A 5KKJA 1LHIA 5EBHA 1IEEA 1UICA 1LJKA 4XYYA 1OUEA 1LZEA 3ZVQA 4WM5A 5LYMA 1REMA 4H8ZA 1LSEA 4Z41A 1IP2A 3LYZA 1OUJA 1IOTA 1D0KA 1WTNA 1IY3A 4BAFA 3AZ5A 1YAMA 1G7MC 3AYQA 4PRQA 4N5RA 4NIJA 1JUGA 1YILA 1IR7A 1GWDA 1GXV2 1I1ZA 1IO5A 1JITA 5KKIA 1IC7Y 3HFMY 1B2KA 1GFRA 1NBZC 2BLYA 4CGEA 4ETBA 1LSYA 1XEIA 1YROA 1LJFA 2ZYCA 4G4BA 1H87A 2YBMA 3RW8A 1GF5A 1LHLA 1VDQA 4NFVA 5FHWA 3WUMA 5KY1A 5KXTA 3A96A 2Z2FA 1D0MA 1PS5A 2N5ZA 2C8OA 4GN4A 1HEQA 1OP9B 4WLDA 6LYTA 3WU7A 1QUSA 2HUBA 2HTXA 4HTQA 2MEGA 1GE3A 4XJIA 4NHTA 1CKCA 1ZMYL 4ET8A 1FLYA 1NF5A 5HLLA 1HC0A 1NHEA 2ZNXY 1CKDA 1B7PA 4NWEA 5FDJA 1A2YC 3TXBA 1GFHA 4NSIA 1VAUA 3A6CY 4DDCA 2YBNA 5LVGA 2FBBA 1YKXX 5LIOA 1LJHA 1UIEA 1YKZX 4CHXA 1LJ3A 1LZCA 4DD0A 4H8YA 1GEZA 3WU8A 3QNGA 2MEBA 1JTOL 4C3WA 1D0LA 3LZ2A 3TXFA 5A3ZA 1XSFA 4N0JA 1LJJA 4J7VA 4XADA 4FJRA 3IJVA 3A3QA 1HFYA 2HEEA 1DZBX 2I25L 4W96A 4TSCA 2H9JA 4RLNA 4H9EA 4J1BA 3W6BA 4W94A 2W1LA 4II8A 5LAFA 1AT6A 2IHLA 1GB0A 1DI4A 3B6LA 4YOPA 1LYOA 5HMJA 4L41A 1GB3A 4H9BA 1GPQC 4M6DA 1BGIA 1LSZA 4H8XA 4NSGA 5APDA 3TXKA 1B5ZA 4KL7A 1JEFA 4NGKA 4TTDA 1D6PA 1CJ7A 2ZQ4A 1UIDA 1IP7A 207LA 4ETCA 1GBWA 1JSFA 2BQEA 3A92A 4XJDA 1HEMA 2CJLA 5HQ1A 2C8PA 1HMKA 1SQ2L 1UIBA 4XJGA 5D5FA 3ZEKA 4Z46A 1XFPL 2HEBA 1YKYX 1LYSA 1GXXA 1G7HC 2BQOA 3A8ZA 2D4IA 1UC0A 2F30A 1IX0A 4XENA 5KXOA 1UIFA 4NG1A 3W6CA 2ZWBA 2Z12A 4H94A 4DD3A 1OUGA 3TXJA 4BS7A 2MECA 1LZTA 4GCFA 1GBYA 4NWHA 1EQEA 1VFBC 2BQJA 5F81A 1D6QA 4QY9A 5LINA 2D6BA 1OQMA 4AXTA 2HU1A 2MEDA 1LKRA 2LYZA 1GB9A 1DI3A 5FELA 1LZ6A 2BQFA 4NGVA 2Z37A 1UIGA 3K3TA 4WM2A 2YBLA 4DD1A 1FLWA 1G7IC 1LZYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L01A 1UIAA 1QTHA 1NHBA 4H9FA 3HTFA 129LA 4G49A 1L11A 1LZ9A 3M18B 2Z2EA 3RUNA 3GUKA 4J0LA 5KXYA 1T8GA 1J1XY 4KPMA 1L28A 193LA 1QTCA 4GRVA 1L18A 115LA 4YENA 3TMVA 186LA 1QUDA 1L47A 1GD6A 3NYAA 4DD7A 1ALCA 5I54A 127LA 5KXRA 1GF0A 5B07A 1OUCA 4ZEEA 166LA 170LA 1LZRA 1OUFA 2RSCA 5JENB 1KXXA 1HSXA 1DXJA 5KXPA 1NDGC 2RB0X 2PC2A 151LA 3CSQA 3NY9A 1LYIA 4B0DA 2BQGA 9LYZA 2Z39A 4EJ4A 4IAPA 4HPEA 3HBEX 4XJFA 2F4AA 1REZA 4ML7A 165LA 1QTKA 3DN2A 2HEFA 1LGWA 2BQNA 3WUAA 1P2RA 2DBTA 3SBBC 228LA 1LMAA 1L35A 2MEHA 1CX7A 248LA 2QARC 3HT6A 4CFPA 4P2EA 2I26L 3AGIA 2H5ZA 4QGZA 4DJHA 1C6IA 3CDOA 2ANVA 2DKVA 194LA 3CDQA 3D9AC 169LA 1XJTA 1P2CC 3T36A 5LXWA 1AKIA 2H9KA 3D3DA 1HERA 3A34A 1GE2A 1DPWA 1W6ZA 4RW2A 1TLAA 4N1EI 5APEA 1L32A 2YBJA 3AJNA 1RE2A 1L06A 2EIZC 4DD2A 242LA 1XGTC 1FBIX 3EMLA 1ZWNA 249LA 159LA 1BVXA 1UUZC 5KXMA 1L53A 4WM1A 1P7SA 1GDWA 123LA 1VEDA 1LSNA 1OUIA 2RB2X 1GB6A 4NGLA 3HU8A 1BHZA 1SLYA 4LT1A 4XJHA 5B06A 4C5FA 2OU8A 5F9XA 3HTBA 1OUBA 1LMNA 2BLXA 199LA 1QSAA 3A90A 4RLMA 5DLAA 1RFPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CNS A;  1GAZ A;  1B7S A;  1HEL A;  1UIA A;  4HJV A;  1LZ5 A;  3WH1 A;  4H9F A;  4NHI A;  5M1Y A;  1JWR A;  4G49 A;  1BWJ A;  4WL7 A;  1LZ9 A;  1JKB A;  4IAT A;  3M18 B;  2Z2E A;  3ULR A;  1GE0 A;  1I56 A;  3RNX A;  1JKC A;  1HFX A;  2G4N A;  4ANR A;  4CJ2 A;  4J0L A;  5KXY A;  1GF8 A;  4NSJ A;  4BAD A;  4WG7 A;  1GB2 A;  3WVX A;  1TAY A;  5F14 A;  1J1X Y;  3N9A A;  4KPM A;  193L A;  1G7L C;  1LJN A;  4XN6 A;  2YBI A;  2FYC A;  1IVM A;  1YL0 X;  5LVI A;  2ZNW Y;  3LZT A;  3J6K A;  3LN2 A;  3AGH A;  4YEN A;  3TMV A;  1LSP A;  4H93 A;  1IIZ A;  2DQH Y;  154L A;  1EQ4 A;  4IAS A;  5B1G A;  1GD6 A;  4WM3 A;  1ZV5 L;  4B4J A;  1IR9 A;  2DQG Y;  1LCN A;  3W3E A;  2MEI A;  3TXD A;  4NSH A;  3CSR A;  1LSG A;  1ALC A;  4DD7 A;  3TXE A;  5I54 A;  5KXR A;  1GF0 A;  5B07 A;  2DQI Y;  1DKJ A;  1OUC A;  1XEK A;  3LYO A;  1BB5 A;  1LMO A;  3FE0 A;  1GE4 A;  1C10 A;  4YF2 A;  4X3B A;  4DC4 A;  1IP4 A;  4ZEE A;  1LZR A;  1OUF A;  4LYM A;  4MR1 A;  2BQM A;  2DQF C;  2RSC A;  1JTT L;  5JEN B;  1KXX A;  4GCB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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