5KXNA

Hen egg white lysozyme at 100k, data set 4
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxnA00
3ULRA 5FDJA 3ZVQB 1QDTA 1UIFA 2MEHA 1LHHA 3HBDA 3WUMA 2BQOA 1B2KA 5HNLA 5I4YA 4GLAA 1LSFA 1D6PA 1BB4A 3TMWA 4XJGA 1DXJA 1LSMA 1LZCA 3TXKA 5LVJA 1ZVHL 2CGIA 1GF4A 1OUGA 4NHPA 4DD7A 1HERA 3A6BY 3WH1A 5B05A 4DWXA 4X3BA 3LYOA 1AT6A 1BB5A 1LZ6A 2BQJA 1XFPL 4OWEA 3TXFA 1WVUA 2HU1A 3W6EA 4BAPA 1VDQA 1HFZA 3TXHA 4RDSA 1CKFA 4EOFA 2AUBA 2DBTA 3LZ2A 1XGQC 5K7OA 4LT0A 1VAUA 1WQOA 5F9UA 3ZEKA 1YILA 1GFAA 4YEMA 5I4WA 1A2YC 3W6DA 2W1XA 5F81A 1DI5A 3LZTA 5FHWA 3AZ4A 1IP1A 3RU5A 1LHIA 2BQAA 5HLLA 1WQMA 3EMSA 4HJVA 4PPOA 2DKVA 4LYZA 5LA8A 1FN5A 4B49A 4N8ZA 5AMYA 1NDGC 1REZA 2MEGA 2W1MA 3RT5X 2EIZC 2ZIKA 3MGWA 1DPWA 3SP3A 5LXWA 1EQ5A 1G7IC 1RE2A 1LOZA 1LMCA 1LZGA 3N9AA 1LSDA 3TXJA 4LFPA 2G4PA 5KXPA 1IORA 1G7HC 1LJFA 4ET8A 3TMXA 1YAOA 4N5RA 1DKJA 4DD1A 4G4HA 2ZIJA 208LA 2HEEA 2FYDA 1LMOA 4R0FA 4H9BA 3ZVQA 2DQCY 1CJ9A 1GF0A 1KIRC 1LZYA 1ALCA 3B0OA 4TSCA 3IWRA 4O34A 2MEFA 5KXWA 3AGHA 1JJ0A 2DQDY 4QDNA 5DL9A 1G7MC 4LFXA 4WM2A 4NSIA 1IWXA 4LT1A 1UIEA 4NWHA 1NDMC 1UBZA 3A93A 133LA 1GFKA 3HFMY 1LJKA 1UIAA 4WM4A 1YANA 1YAQA 1DQJC 1QSWA 5E9RA 2LYMA 4HV1A 194LA 4NGLA 9LYZA 1UCOA 4H8ZA 4Z46A 4YOPA 3T6UA 1IWVA 2BLYA 3AJNA 3P65A 3LN2A 4ZFPA 135LA 1UIHA 2DQHY 4NFVA 5J7CA 1UA6Y 3G3AB 4DDBA 1VDSA 4AXTA 4XJHA 4NG1A 4Z98A 3M18B 3W6BA 1LJHA 1LZSA 1JIYA 5I4XA 4H1PA 4H9EA 5B59A 3G3BB 5LVIA 1GFJA 1JUGA 1I1ZA 1OQMA 1DI4A 4CHXA 3CQLA 1NWGA 1VATA 1IWWA 4XJBA 2D4IA 1IOTA 3AGGG 4ETDA 5KXXA 1J1XY 4XJFA 1AZFA 4TX7A 4DD0A 5LAFA 1LSAA 4NSJA 1UIGA 2BQGA 3AYQA 3N9CA 1RCMA 3HBEX 2BQNA 1I56A 2FBBA 2XJWA 3D9AC 1QSAA 1JTTL 5T3FA 4ANRA 1IVMA 1LCNA 1JSEA 1YKYX 3WXUA 4HTKA 4C5FA 4J7VA 4DD9A 1GFVA 2BQDA 3GXRA 5A3EA 1IWUA 1QIOA 3QE8A 1GAYA 2BQHA 2MEEA 1LPIA 4QEQA 153LA 1HC0A 1B7QA 1C08C 3P68A 1TDYA 4WG1A 4NGKA 3P4ZA 4TUNA 1FKQA 1D9UA 1C46A 4XN6A 4AGAA 4J1BA 4DD3A 4P2EA 1AM7A 1B5XA 5LYMA 1GBWA 2RSCA 2MECA 4NSGA 1LSGA 1GE2A 4NGWA 3TXBA 1CJ8A 1IEEA 2VB1A 4HSFA 2LZ2A 1FLYA 4IASA 1IWZA 1YL1X 1IY4A 1XSFA 2ZNWY 4FJRA 4DDCA 1A4VA 1GF3A 1HMKA 3CT5A 1QUSA 1YIKA 1XGUC 3AZ6A 4H8YA 2Z2FA 2G4NA 3J6KA 1HEMA 2Z38A 4XYYA 4LYOA 4H93A 1NKHA 4UWVA 5C6IA 4WMGA 3BKVA 1OUBA 3HBHA 1JISA 1BGIA 2HTXA 3A6CY 2IFFY 3IJVA 5C6JA 1LZEA 4CFPA 4OWBA 4H91A 2Z19A 2Z39A 1WQRA 1LKSA 4TTDA 2Z18A 4ET9A 2F4GA 2LYZA 1GEVA 4GCDA 3A3QA 4NGOA 3RW8A 5L9JA 1HNLA 1LTMA 1REMA 4GN3A 3WW6A 3ATNA 3CSRA 4XJDA 2BQKA 1YAMA 5I53A 3W6AA 4Z3MA 2DQJY 4B4JA 1LMTA 207LA 4G4BA 1LZBA 4WO9A 4ETAA 1LSPA 3J4GA 6LYTA 1JKBA 1LZDA 2B5ZA 1HEOA 4UWNA 4XJIA 1KXYA 1J1OY 1LSCA 1W6ZA 3LHMA 1CNSA 2BQBA 1BB3A 1HFYA 4GCBA 4HV2A 1IR7A 1B7LA 2YBJA 5M1YA 5APCA 1JITA 1INUA 3LYTA 5DN4A 1UUZC 2BQEA 3P66A 4NHQA 3TMUA 3EO5A 2HEAA 3CT0A 1IP6A 1DI3A 1B9OA 3B72A 1J1PY 1LZ1A 4XENA 4DD2A 5D5FA 3GXKA 2ZWBA 2ZILA 4J1AA 1LHMA 2ZNXY 1UACY 1FKVA 3FI7A 1RFPA 1GXXA 5E4PA 1QUTA 2A7DA 5FSTA 1OUHA 1JKAA 1LJNA 1E8LA 2Z2EA 4KT3A 1ZV5L 4MSTA 4KXIA 1HELA 1LJJA 4BADA 2NWDX 1YAPA 4B1AA 1DKKA 4WLTA 5DN5A 4BS7A 4YF2A 1LYZA 2IHLA 1REYA 3B6LA 1LZ5A 1YKZX 4WL6A 4NHTA 4M6DA 2LZTA 1LYYA 4U3XB 2DQGY 4YEOA 4MR1A 2HUBA 4DDAA 2DQEY 3N9EA 4ZEEA 2GV0A 4HTQA 1IWTA 1CKGA 1JJ3A 1CKHA 3W6CA 3WVYA 1QQYA 1GF8A 2Z37A 2F4AA 2I26L 1B7MA 4WM1A 1FDLY 2C8PA 5KXNA 5IELA 3AZ7A 1BQLY 1JHLA 2BQLA 1GPQC 2DQAA 1WTMA 4C3WA 7LYZA 1O23A 3E3DA 1UICA 1LMQA 1JPOA 2CDSA 1C7PA 1JKDA 1XEKA 1FLUA 1W08A 1BB7A 3CSZA 3CSQA 5APDA 1D6QA 1KXXA 5B1FA 1HENA 5F16A 2ZQ3A 3A90A 4N1CC 2G4QA 4WLXA 5KXYA 1GE4A 4N9RA 4H9IA 1JEFA 1UIBA 5FELA 4NGVA 3TXIA 1KIQC 1GB5A 1LMPA 2LYOA 3A92A 4E3UA 1HEWA 1LZAA 1WQNA 4G49A 4WO6A 2DQFC 2YVBA 3RZ4A 1GFGA 2WARA 3P64A 5FEKA 4N0JA 3TXEA 3WUAA 5I5QA 5FCPA 2HU3A 4OW1A 3A95A 3OJPA 1IY3A 1NQIA 5HNCA 2H5ZA 1BB6A 2ZQ4A 2HECA 2Y8PA 1IOCA 2XBRA 3K3TA 1KIPC 1RI8B 3CT1A 5F9XA 4ETBA 1GB9A 1JWRA 4LT2A 1N4FA 3RNXA 1GBSA 3TMVA 1F6SA 4BAFA 4NY5A 1G7JC 4OWCA 4LT3A 4B4EA 2EPEA 4TWSA 4L41A 4LGKA 1LMAA 1XGRC 1GE0A 1WQQA 3WYHA 5KXOA 1GBYA 1TAYA 5II3A 1OUIA 3A34A 1OUEA 1GB7A 1D0MA 2YDGA 1HMLA 3OK0A 2LHMA 4II8A 4CGEA 2H9JA 2MEDA 1GBZA 1KXWA 2BPUA 2BQMA 3M3UA 1LYSA 1B5YA 2H9KA 4WLYA 1IP7A 4NIJA 2I6ZA 4LYTA 1DPXA 1REXA 3AW6A 4H9HA 1GXV2 1F6RA 4WG7A 5ILFA 1GD6A 5HMVA 1HSXA 2Z12A 4WM3A 3B0KA 5KXTA 1LSBA 5JENB 4W94A 1UC0A 4HPIA 1GFTA 1YKXX 4WL7A 1GWDA 1VDPA 5LVGA 5KXRA 1LJEA 1HHLA 1T3PA 2CJLA 1HFXA 3VWOA 1LSYA 1EL1A 4IATA 1GB6A 1LSEA 2MEBA 5KKIA 2YBHA 4NHSA 1IOSA 1YQVY 1D0LA 1GBXA 6LYZA 5L3HA 1NMMA 3T36A 1IP2A 1SLYA 1LZ9A 1GFUA 4H9AA 5LVHA 5LYZA 3AGIA 3KAMA 4GCFA 1QDRA 4KPMA 4N1EI 4NEBA 3WPKA 3ATOA 1YROA 2FYCA 5EBHA 1EQEA 2X0AA 1QTKA 4RW1A 2W1YA 4CFOA 2EKSC 5KJ9A 1GFHA 1XEIA 4QGZA 4LYMA 1NBZC 4NGYA 4D9ZA 1IOQA 1MELL 1G7LC 3QY4A 4J0LA 4YENA 3W6FA 1XEJA 4DYGA 5LIOA 3WW5A 5ILCA 1AT5A 1GF9A 1BWHA 1LYOA 2Q0MX 2D4JA 4DC4A 1GB2A 2BQCA 2A7FA 3QNGA 5A3ZA 5B06A 134LA 4RW2A 1GB8A 3W3EA 1IWYA 4YM8A 5DM9A 1P2CC 1H6MA 1LAAA 1V7SA 4GCCA 1LZ8A 1B7NA 2D91A 1GFEA 1GB3A 4HPEA 2BQIA 2C8OA 1LHJA 1OUDA 2YSSC 4OWAA 1I20A 2YBNA 3IJUA 1C43A 1YL0X 5C6LA 4CJ2A 2XTHA 5LYTA 1D0KA 1IIZA 5B07A 4HP0A 4LZTA 1NHEA 3EXDA 5APFA 1BVKC 3LYMA 1BHZA 1PZYA 4NGJA 5LA5A 2XBSA 1IP4A 3AZ5A 1ZMYL 1IR8A 1Z55A 1LZNA 1B7PA 3WPLA 4B4IA 1WVVA 4GCEA 3AB6A 4TSBA 1LZRA 1GE3A 1LSZA 1CKDA 1PS5A 4GN5C 4W96A 5KXMA 1LSNA 1C10A 2BQFA 1C45A 1JKCA 1AKIA 1CKCA 4NWEA 1HEQA 1ZVYB 2DQIY 2MEAA 4PRUA 1LKRA 2HEBA 4NSHA 3EBAB 1HSWA 1JTPL 4DT3A 2D6BA 1LMNA 3LYZA 4GN4A 5LVKA 5F14A 5KXSA 5KXLA 1GHLA 1LJ4A 3F6ZA 4KL7A 1NBYC 3A3RX 1JJ1A 1FLWA 1V7TA 4Z41A 4WOAA 4A7DA 1RJCB 1B7OA 5LINA 4WM6A 1OP9B 1BWJA 1DZBX 1LZTA 1HEPA 1IC4Y 1GB0A 1XGPC 2HEDA 3A67Y 3WVXA 3A96A 3BKHA 3FE0A 2ZYCA 1GF6A 2BLXA 4R6CA 1JTOL 1MLCE 1TCYA 3A8ZA 5L3IA 3CB7A 1OUCA 3TXGA 1OUJA 4M4OA 1NF5A 4H9FA 1GEZA 1SQ2L 4WLDA 1LJIA 1B5WA 193LA 132LA 1IX0A 1LHKA 4H9CA 3A91A 1F0WA 4I8SA 154LA 1IO5A 2W1LA 4G4CA 4WM5A 4PGJB 1XGTC 4ML7A 4OWHA 2HEFA 2YBMA 2N5ZA 1OUFA 4LYCA 4NHIA 3WMKA 4NGZA 4ETEA 4HJZA 2ZYPA 1OUAA 1IR9A 4RLMA 1B5UA 4NG8A 1B7SA 3WUNA 2I25L 2F30A 3AW7A 1LJGA 3A94A 3WU8A 2YBLA 4HTNA 4I0CA 4LYBA 1H87A 1VEDA 4H94A 1IP5A 5KXZA 1B5VA 2CWIA 3TXDA 8LYZA 1IP3A 1GBOA 2EQLA 4FDYA 1F10A 1JSFA 4GLVA 1T6VL 4XADA 4B0DA 3D3DA 4OOOA 5D5CA 1FLQA 1WTNA 5LAGA 4UWUA 1B0DA 4QY9A 3B0IA 4H90A 1B5ZA 1EQ4A 1CJ6A 1TBYA 5KXKA 5I54A 5IDDA 4G9SA 5IHGA 5KY1A 3WU9A 4MCKA 2FBDA 4IJ4A 2F2NA 1LHLA 4HJYA 3WU7A 4ZIXA 1VFBC 4PHIA 5HQ1A 5APEA 1GE1A 1GFRA 4H92A 5DLAA 4H8XA 2D4KA 4OOTA 2PC2A 1CJ7A 1BVXA 1GF5A 5HMJA 3WULA 3WL2A 2YBIA 1IC5Y 1BWIA 2BAAA 4PRQA 5KKJA 1QTEA 1GF7A 1VDTA 4PJ2C 1FBIX 4RLNA 1B7RA 3WPJA 1GDWA 1WQPA 1GAZA 1IC7Y 2MEIA 1GDXA 1LZ4A 4NGIA 4EMNA 3WXTA 4ETCA 1HF4A 1UIDA 1LJ3A 5B1GA 1TEWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ULRA 1UIFA 1LGXA 190LA 5HNLA 1D6PA 1LZCA 5LVJA 1L47A 1L54A 2CGIA 1GF4A 1OUGA 4NHPA 1HERA 3A6BY 3LYOA 2QARC 3W6EA 3TXFA 2HU1A 2RBPA 1P5CA 1CKFA 5F9UA 3ZEKA 1L46A 5F81A 3AZ4A 1IP1A 3RU5A 1C6TA 3DN0A 4E97A 3EMSA 1L07A 4PPOA 1FN5A 229LA 1NDGC 4DJHA 1DPWA 5LXWA 1EQ5A 1XEPA 1LMCA 1LZGA 1B6IA 3TXJA 3PDSA 262LA 1G7HC 2ANXA 3B0OA 4TSCA 4EPFA 1L65A 205LA 2MEFA 2LZMA 1JJ0A 2OTZX 1EPYA 1L34A 4LFXA 5LZMA 1NDMC 199LA 1UIAA 4WM4A 1YAQA 1DQJC 2LYMA 194LA 4NGLA 1UCOA 4H8ZA 4Z46A 4YOPA 3T6UA 3AJNA 1D3JA 2B72A 5J7CA 1UA6Y 4NG1A 4Z98A 3M18B 1LJHA 139LA 4H1PA 5B59A 3G3BB 4LZMA 5LVIA 1DI4A 4DKLA 2D4IA 1J1XY 251LA 3C8QA 4TX7A 4DD0A 2BQGA 3AYQA 3DMXA 5T3FA 1JTTL 1LCNA 1YKYX 4DD9A 5A3EA 1G0PA 3QE8A 153LA 1L19A 4NGKA 4TUNA 4AGAA 1C46A 149LA 4XN6A 1GBWA 1L39A 1NHBA 4NSGA 1LSGA 3TXBA 1L11A 1L12A 1A4VA 1HMKA 3CT5A 1QUSA 1SSYA 3GULA 3UONA 1SX2A 2G4NA 1C6JA 2Z38A 3DKEX 4H93A 4UWVA 1L75A 1JISA 159LA 148LE 3A6CY 5C6JA 4OWBA 4H91A 1LKSA 2Z18A 1GEVA 4NGOA 3RW8A 5L9JA 1LTMA 127LA 4XJDA 3HT6A 1YAMA 3W6AA 3D4SA 1LMTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ULR A;  5FDJ A;  3ZVQ B;  1QDT A;  1UIF A;  2MEH A;  1LHH A;  3HBD A;  3WUM A;  2BQO A;  1B2K A;  5HNL A;  5I4Y A;  4GLA A;  1LSF A;  1D6P A;  1BB4 A;  3TMW A;  4XJG A;  1DXJ A;  1LSM A;  1LZC A;  3TXK A;  5LVJ A;  1ZVH L;  2CGI A;  1GF4 A;  1OUG A;  4NHP A;  4DD7 A;  1HER A;  3A6B Y;  3WH1 A;  5B05 A;  4DWX A;  4X3B A;  3LYO A;  1AT6 A;  1BB5 A;  1LZ6 A;  2BQJ A;  1XFP L;  4OWE A;  3TXF A;  1WVU A;  2HU1 A;  3W6E A;  4BAP A;  1VDQ A;  1HFZ A;  3TXH A;  4RDS A;  1CKF A;  4EOF A;  2AUB A;  2DBT A;  3LZ2 A;  1XGQ C;  5K7O A;  4LT0 A;  1VAU A;  1WQO A;  5F9U A;  3ZEK A;  1YIL A;  1GFA A;  4YEM A;  5I4W A;  1A2Y C;  3W6D A;  2W1X A;  5F81 A;  1DI5 A;  3LZT A;  5FHW A;  3AZ4 A;  1IP1 A;  3RU5 A;  1LHI A;  2BQA A;  5HLL A;  1WQM A;  3EMS A;  4HJV A;  4PPO A;  2DKV A;  4LYZ A;  5LA8 A;  1FN5 A;  4B49 A;  4N8Z A;  5AMY A;  1NDG C;  1REZ A;  2MEG A;  2W1M A;  3RT5 X;  2EIZ C;  2ZIK A;  3MGW A;  1DPW A;  3SP3 A;  5LXW A;  1EQ5 A;  1G7I C;  1RE2 A;  1LOZ A;  1LMC A;  1LZG A;  3N9A A;  1LSD A;  3TXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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