5KXRA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 3
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 53
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxrA00
1JTPL 3FI7A 1FDLY 1UA6Y 4ET8A 1I1ZA 4IJ4A 5L3IA 6LYZA 2BQBA 1G7IC 4J1AA 3TXFA 1A4VA 3TXIA 1KXXA 1QUSA 1W6ZA 3TXKA 3RU5A 1DXJA 1JHLA 4KL7A 1JJ0A 4LYCA 1FLUA 3CSQA 2DQGY 3AW7A 1T3PA 3AZ4A 1GD6A 1IP1A 3LZTA 1WVUA 4PGJB 1DI3A 1LZBA 4H90A 1IY3A 5T3FA 4XADA 3G3BB 1LYSA 2BQKA 4M6DA 1OUHA 2Z2EA 1GFHA 3T36A 4GCEA 1OUGA 1GFJA 1LMCA 1VEDA 2IFFY 4G4BA 4UWVA 4BADA 1LJ4A 4II8A 4XENA 1EQEA 4Z98A 4HJYA 1IC5Y 1H6MA 3WPJA 4GN3A 1FKVA 1PZYA 1C43A 1JPOA 3A92A 4DD2A 4YOPA 1AZFA 1XGPC 1GDXA 1LSNA 3P65A 4WOAA 5KXYA 194LA 1GWDA 4GCDA 4XJHA 2XBRA 1WQQA 1KIRC 1LJEA 2DQDY 3TXHA 1LPIA 1ZVHL 1WQOA 5HNCA 1IR7A 4J1BA 4LFXA 5D5FA 1LYZA 2I25L 1IWYA 3A6BY 1TEWA 1YL1X 1VATA 2Z12A 4WM1A 3GXRA 1G7HC 4RDSA 5B1FA 1RI8B 4LZTA 2HECA 4BAFA 1DI4A 3ZEKA 4DWXA 5I54A 4X3BA 1YKYX 1QSWA 1D6PA 1J1XY 1I20A 193LA 3AGHA 1B9OA 4YM8A 1V7TA 1HF4A 4HP0A 3B0KA 1OUIA 3ULRA 1H87A 1GFKA 1IP3A 4B0DA 1B7SA 4H93A 3LHMA 2H9KA 4NSGA 5KJ9A 4NGWA 4I8SA 3LYOA 3AGGG 5HLLA 3WXTA 5LAFA 3CT0A 3N9EA 4LGKA 4NGZA 1REMA 4NFVA 4HJVA 4QDNA 4Z3MA 1WQMA 1D6QA 4WMGA 4OWHA 1OUAA 1JKAA 3TMWA 2Y8PA 5C6JA 5KXTA 5L3HA 4H8ZA 4RW1A 3WMKA 1C7PA 4NEBA 134LA 5LYMA 1CKGA 133LA 2C8PA 3A90A 2DKVA 5F81A 154LA 3W6BA 1LTMA 4OWBA 2XBSA 4WM5A 1OUDA 5I4XA 1NQIA 2HEDA 2DQJY 4OOTA 2D91A 1OUEA 1JTOL 5HMVA 3QNGA 2BQMA 1GF4A 5I4WA 3W6CA 1GB8A 1YAMA 4HTQA 4EOFA 1LZYA 2I26L 4XJIA 1JKCA 3A3RX 3TMXA 2BQEA 4ZFPA 1GFTA 3WULA 1LSEA 2EPEA 3J4GA 3WPLA 5KXKA 1JEFA 4LFPA 4H9CA 4GCCA 4NGOA 1LZ9A 1NDGC 1IWWA 1QDTA 1IVMA 1BWIA 2HU1A 4LYBA 1GB3A 2CDSA 1LZ4A 5II3A 1GF0A 2GV0A 3TXEA 4QY9A 1LJGA 2ZNWY 4DC4A 1GAYA 3A8ZA 1LHLA 1G7LC 1HFXA 1GF7A 2EIZC 4HPEA 4B4JA 5F9UA 1UIGA 1JISA 1LJFA 2Z39A 4WM4A 1O23A 5J7CA 1LSCA 5LAGA 4XJBA 4XYYA 1BWJA 2D4IA 5C6LA 1DZBX 3WU7A 1GDWA 3MGWA 1IOCA 8LYZA 1GF6A 1GBZA 5KXSA 1AT6A 3RZ4A 1OUCA 3TXGA 1CNSA 1J1PY 3AYQA 1HELA 3P4ZA 4R6CA 1DKKA 4TTDA 3G3AB 1GF8A 1B5YA 4W94A 1W08A 2BQFA 5AMYA 3ZVQB 1LJ3A 1LHJA 1YAOA 5C6IA 4CFPA 4H92A 1BGIA 2CJLA 3HBDA 4XJFA 1LSAA 1N4FA 3OK0A 2G4QA 1XFPL 2BQHA 2DQIY 5B1GA 5KXLA 1B7MA 2C8OA 4G9SA 1GE2A 4GN4A 1WQPA 2YBHA 5LYZA 4WLDA 1LZ8A 1GF5A 2NWDX 1GFEA 3LN2A 4GLAA 5ILFA 5LYTA 5FDJA 3GXKA 1IP4A 2BQJA 3CB7A 3IJVA 1BVXA 1B2KA 4H91A 3T6UA 5LVJA 1E8LA 1IIZA 1FN5A 5DLAA 1CJ9A 2YBJA 5I4YA 4WL7A 1AM7A 3WXUA 4OOOA 7LYZA 4NGIA 3WVXA 3AW6A 1FLQA 5D5CA 1AT5A 1JSEA 1TBYA 5HQ1A 3B6LA 2HU3A 1LJNA 3AB6A 5KXMA 1IP2A 1UBZA 4WM3A 4H9AA 2H9JA 2ZIKA 2MEHA 1ZVYB 1IP5A 1BB3A 4PHIA 1LHKA 5IDDA 1UIEA 4YENA 4LYZA 3LYZA 4WO6A 1EL1A 5KXRA 1LYOA 2F4GA 2ZYCA 5KXZA 2CWIA 2DQFC 4J0LA 5I53A 3W6FA 3EO5A 2A7FA 4WM6A 2D4JA 1QTKA 2BQIA 4D9ZA 4ML7A 1DPWA 3M18B 3K3TA 3D9AC 4YEMA 4M4OA 4Z46A 2MEFA 1YILA 4FDYA 1LKSA 3P64A 1BB5A 1BWHA 4H9EA 2AUBA 1HEQA 1UUZC 2YBIA 4WLXA 2DBTA 1GE0A 3AZ5A 4B1AA 3EBAB 1QQYA 3HFMY 2LYOA 1LMOA 3WL2A 1LZAA 2Z37A 3AZ6A 3ZVQA 2BQGA 1FBIX 5DN5A 4N9RA 4N8ZA 3A3QA 2YBMA 1VDPA 1JJ3A 1NBZC 4GLVA 4J7VA 1SQ2L 1UIHA 3TXBA 3P66A 1IP7A 4GN5C 4B49A 1F6RA 3RNXA 3LYTA 4WG1A 3TXDA 3EMSA 1LCNA 2W1XA 2CGIA 1D9UA 1JWRA 1VDQA 2LYZA 4H8YA 135LA 1GB5A 1C46A 4ETAA 5M1YA 2ZWBA 1QTEA 3LYMA 1NF5A 2YSSC 1BB7A 2H5ZA 2W1MA 4G4CA 1HENA 1XGQC 1FLYA 1GFAA 1IY4A 1HEPA 1LZEA 4G4HA 4QGZA 3W6EA 4DT3A 5E4PA 5LXWA 3ATOA 2BQDA 4NHSA 1CKDA 1GEVA 2BQLA 4HJZA 2DQCY 5B07A 2BQAA 3TXJA 2FYDA 1MELL 4NSHA 5HNLA 3WPKA 5FCPA 3KAMA 1IOSA 4HV1A 3B0IA 1XGRC 3RW8A 1CKHA 2F4AA 1XGUC 1RJCB 2YBLA 2ZNXY 4DDAA 5IHGA 2HTXA 4G49A 1HEWA 1REYA 153LA 1HC0A 1HNLA 3AJNA 3IJUA 9LYZA 3IWRA 1LYYA 4ETBA 5KXOA 2Q0MX 4NHQA 4H9HA 4ANRA 1FKQA 2BQNA 1KXYA 4CFOA 1IOTA 1LSDA 1LZNA 1RE2A 1F0WA 5DN4A 1LMPA 4WLTA 4KXIA 2EKSC 1WTMA 2B5ZA 2XTHA 4NG8A 1XEKA 1QSAA 4TX7A 4XJDA 1KXWA 1OUJA 2MEGA 5KKJA 2LZTA 1GFRA 2FBBA 3CT5A 3TMVA 5B06A 5L9JA 6LYTA 4DD3A 5FHWA 1YAPA 5FELA 1B7OA 4DDBA 1UIDA 1XSFA 1B7LA 1JKDA 1GFGA 2I6ZA 4KT3A 1YKZX 1IWUA 3J6KA 2X0AA 3A34A 1LSBA 1BQLY 3P68A 1GBXA 4NGYA 1LZTA 1LZCA 1IP6A 5IELA 5LA8A 2MEIA 3A96A 1F10A 1CKFA 1GE4A 2Z19A 4LYMA 1TCYA 3WYHA 3FE0A 4DD9A 3M3UA 1HEMA 1QIOA 2D6BA 4HTKA 1BB6A 2HUBA 1IR8A 1XGTC 4LYOA 1LHIA 4RLNA 1JJ1A 3OJPA 5A3ZA 5LVKA 1OP9B 1LJKA 1ZMYL 1LKRA 4ET9A 4CJ2A 2DQEY 4W96A 2YVBA 5APCA 3W3EA 2YBNA 3A67Y 1LHMA 3E3DA 1NBYC 1D0LA 1XEJA 3A95A 3EXDA 2BLXA 5LVGA 4NIJA 4C3WA 2MEAA 5LA5A 1B5VA 5KY1A 2G4PA 4HV2A 5FEKA 1LMQA 4N1CC 3W6DA 4IASA 3WVYA 4MCKA 4TWSA 1LJJA 4H9FA 4LT1A 1HERA 3CSZA 4TUNA 1LAAA 3AZ7A 1NKHA 1YKXX 1UACY 4LT3A 1DI5A 2F30A 1F6SA 1JSFA 4NGJA 4NY5A 1GHLA 1B5XA 1GPQC 2MEEA 1GEZA 3WUNA 1HFYA 1LHHA 2VB1A 1IWVA 5APFA 1JITA 1JIYA 1GBWA 1YQVY 1GFVA 1LSMA 2WARA 2FYCA 4IATA 1WVVA 4NWEA 2HEFA 1NWGA 4XN6A 1LMAA 1BB4A 1QDRA 4H94A 1SLYA 4NSIA 3VWOA 4N1EI 4QEQA 5JENB 3N9AA 2BLYA 1GE3A 4LYTA 3AGIA 4C5FA 4NGLA 1INUA 4RW2A 4RLMA 1IX0A 4ETEA 1HEOA 4I0CA 3CQLA 4MSTA 1UC0A 5LINA 3SP3A 4HTNA 5DL9A 1IO5A 1G7MC 4OW1A 5I5QA 4EMNA 1C10A 4KPMA 2Z18A 2N5ZA 2MECA 1T6VL 4AGAA 1D0MA 1HHLA 1LMTA 2D4KA 3CT1A 3W6AA 3RT5X 1CJ8A 1GB6A 4H8XA 2BPUA 2HEAA 5E9RA 1Z55A 2ZQ3A 4NGKA 3WU8A 1I56A 1LZ6A 5KXWA 3BKHA 4WL6A 5KXPA 2F2NA 2RSCA 5B59A 1RFPA 4E3UA 1YANA 1P2CC 2LHMA 4P2EA 1B5WA 4ZIXA 2IHLA 1IC4Y 4N5RA 4XJGA 1LJIA 4NHTA 4WO9A 4AXTA 4DD1A 1TAYA 3WUAA 3ATNA 1B0DA 1D0KA 1NDMC 1B5UA 1GB0A 5LIOA 1DPXA 1DQJC 2BQCA 1JUGA 4DYGA 3BKVA 4HPIA 2W1LA 1B7QA 5FSTA 1MLCE 1REXA 1J1OY 4PRUA 4A7DA 1UIBA 1BHZA 1GF3A 1UIFA 5DM9A 3HBEX 1HFZA 4DD0A 1VDTA 1V7SA 2HEEA 3A94A 4B4IA 208LA 1HSWA 3QY4A 2BAAA 4OWAA 1B7PA 132LA 3HBHA 1IWTA 4Z41A 1RCMA 207LA 2ZILA 4H9IA 5K7OA 1IC7Y 1YAQA 2DQHY 2LZ2A 1PS5A 1B7RA 4L41A 1LZDA 3WW6A 3WUMA 1IOQA 2W1YA 2LYMA 4DDCA 1OUFA 5KXXA 5LVHA 1LJHA 1CJ6A 2ZYPA 4NGVA 4GCFA 1VAUA 1UIAA 4TSCA 5F9XA 1LSYA 1ALCA 1BVKC 4MR1A 4UWNA 1GB2A 5KXNA 1YL0X 1AKIA 1IWZA 1NHEA 3B0OA 1LMNA 5KKIA 1LZRA 1LSFA 1GF9A 1EQ4A 5A3EA 2EQLA 5APEA 3A91A 3WH1A 4ETCA 4WLYA 1GB9A 1GAZA 1OUBA 1HMLA 2ZQ4A 4NG1A 5HMJA 1IEEA 1LOZA 2MEBA 4ETDA 3CSRA 1IWXA 4U3XB 1A2YC 1GBSA 1KIPC 1JKBA 5APDA 2BQOA 5EBHA 1CKCA 4LT2A 4CGEA 1LZ5A 2YDGA 2PC2A 2FBDA 3LZ2A 1UICA 1VFBC 2ZIJA 4PJ2C 4UWUA 1DKJA 4NWHA 4NSJA 5F14A 1C45A 1CJ7A 2DQAA 4YF2A 1LSZA 3B72A 4BAPA 4YEOA 1LSPA 3TMUA 1B7NA 3D3DA 3WU9A 1WQRA 1C08C 2HEBA 4OWEA 4PRQA 5F16A 1EQ5A 4DD7A 2Z38A 1LSGA 1WQNA 1YROA 1LZ1A 4H1PA 4OWCA 4WM2A 4LT0A 1IORA 3QE8A 4NHPA 4O34A 1GXV2 3WW5A 4R0FA 1GXXA 4N0JA 5ILCA 2A7DA 4H9BA 4HSFA 1JTTL 4BS7A 2MEDA 1XEIA 1IR9A 2G4NA 4ZEEA 4FJRA 1KIQC 1VDSA 1FLWA 1ZV5L 3N9CA 1LZSA 4TSBA 1GFUA 1TDYA 2Z2FA 1GE1A 2XJWA 1WTNA 1HMKA 4GCBA 5LVIA 1REZA 4WG7A 1HSXA 3F6ZA 1GBOA 1UCOA 1LZGA 1YIKA 4CHXA 1GBYA 4B4EA 3A93A 1NMMA 4PPOA 1GB7A 1G7JC 1QUTA 1B5ZA 5B05A 3A6CY 4NHIA 1OQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4W58A 3C83A 241LA 1G7IC 3TXFA 1L25A 3RU5A 4LYCA 3CSQA 1L18A 1GD6A 3FADA 4EPFA 3UONA 1C6IA 5T3FA 3T36A 1GFHA 3C8RA 1OUGA 1GFJA 1VEDA 4Z98A 1KW5A 1PZYA 1JPOA 5KXYA 1XGPC 1GWDA 4GCDA 2XBRA 2DQDY 1C62A 1LPIA 1L80A 1ZVHL 1WQOA 115LA 3FI5A 1TEWA 1YL1X 1L67A 4I7KA 2HECA 4DWXA 5I54A 1QSWA 1D6PA 1V7TA 1OUIA 1CV5A 1H87A 1GFKA 165LA 4NSGA 205LA 3LYOA 3AGGG 5LAFA 3CT0A 4LGKA 4NGZA 4Z3MA 1D6QA 3WMKA 1C7PA 134LA 1CKGA 2C8PA 5F81A 3W6BA 2XBSA 2DQJY 2D91A 5HMVA 3W6CA 1YAMA 2O79A 4H9CA 1L46A 1GB3A 1LZ4A 1LYJA 3HU9A 1HFXA 1GF7A 130LA 1JISA 171LA 1L96A 1BWJA 1P37A 3WU7A 1GDWA 3MGWA 1IOCA 1GF6A 5KXSA 196LA 1CNSA 3G3AB 1LI6A 1W08A 1LJ3A 2B74A 4G9SA 1WQPA 2HUKA 5I14A 1GFEA 1C64A 4W54A 3IJVA 3HTBA 1B2KA 1L79A 4WL7A 3AW6A 237LA 1TBYA 1JSEA 2B6XA 2HU3A 3GUMA 1LJNA 5KXMA 1UBZA 2OE7X 5IDDA 1UIEA 2RBSA 5KXRA 2F4GA 2CWIA 5I53A 1P7SA 1QTKA 109LA 4ML7A 3D9AC 4Z46A 1LKSA 4H9EA 1L36A 259LA 4EKRA 3AZ5A 1CUPA 1LZAA 4EXMA 1FBIX 1VDPA 4GLVA 4B49A 3RNXA 1LYFA 2CGIA 2LYZA 5M1YA 1QTEA 209LA 1NF5A 1XGQC 5LXWA 1P64A 4NHSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JTP L;  3FI7 A;  1FDL Y;  1UA6 Y;  4ET8 A;  1I1Z A;  4IJ4 A;  5L3I A;  6LYZ A;  2BQB A;  1G7I C;  4J1A A;  3TXF A;  1A4V A;  3TXI A;  1KXX A;  1QUS A;  1W6Z A;  3TXK A;  3RU5 A;  1DXJ A;  1JHL A;  4KL7 A;  1JJ0 A;  4LYC A;  1FLU A;  3CSQ A;  2DQG Y;  3AW7 A;  1T3P A;  3AZ4 A;  1GD6 A;  1IP1 A;  3LZT A;  1WVU A;  4PGJ B;  1DI3 A;  1LZB A;  4H90 A;  1IY3 A;  5T3F A;  4XAD A;  3G3B B;  1LYS A;  2BQK A;  4M6D A;  1OUH A;  2Z2E A;  1GFH A;  3T36 A;  4GCE A;  1OUG A;  1GFJ A;  1LMC A;  1VED A;  2IFF Y;  4G4B A;  4UWV A;  4BAD A;  1LJ4 A;  4II8 A;  4XEN A;  1EQE A;  4Z98 A;  4HJY A;  1IC5 Y;  1H6M A;  3WPJ A;  4GN3 A;  1FKV A;  1PZY A;  1C43 A;  1JPO A;  3A92 A;  4DD2 A;  4YOP A;  1AZF A;  1XGP C;  1GDX A;  1LSN A;  3P65 A;  4WOA A;  5KXY A;  194L A;  1GWD A;  4GCD A;  4XJH A;  2XBR A;  1WQQ A;  1KIR C;  1LJE A;  2DQD Y;  3TXH A;  1LPI A;  1ZVH L;  1WQO A;  5HNC A;  1IR7 A;  4J1B A;  4LFX A;  5D5F A;  1LYZ A;  2I25 L;  1IWY A;  3A6B Y;  1TEW A;  1YL1 X;  1VAT A;  2Z12 A;  4WM1 A;  3GXR A;  1G7H C; 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 4UWN A;  1GB2 A;  5KXN A;  1YL0 X;  1AKI A;  1IWZ A;  1NHE A;  3B0O A;  1LMN A;  5KKI A;  1LZR A;  1LSF A;  1GF9 A;  1EQ4 A;  5A3E A;  2EQL A;  5APE A;  3A91 A;  3WH1 A;  4ETC A;  4WLY A;  1GB9 A;  1GAZ A;  1OUB A;  1HML A;  2ZQ4 A;  4NG1 A;  5HMJ A;  1IEE A;  1LOZ A;  2MEB A;  4ETD A;  3CSR A;  1IWX A;  4U3X B;  1A2Y C;  1GBS A;  1KIP C;  1JKB A;  5APD A;  2BQO A;  5EBH A;  1CKC A;  4LT2 A;  4CGE A;  1LZ5 A;  2YDG A;  2PC2 A;  2FBD A;  3LZ2 A;  1UIC A;  1VFB C;  2ZIJ A;  4PJ2 C;  4UWU A;  1DKJ A;  4NWH A;  4NSJ A;  5F14 A;  1C45 A;  1CJ7 A;  2DQA A;  4YF2 A;  1LSZ A;  3B72 A;  4BAP A;  4YEO A;  1LSP A;  3TMU A;  1B7N A;  3D3D A;  3WU9 A;  1WQR A;  1C08 C;  2HEB A;  4OWE A;  4PRQ A;  5F16 A;  1EQ5 A;  4DD7 A;  2Z38 A;  1LSG A;  1WQN A;  1YRO A;  1LZ1 A;  4H1P A;  4OWC A;  4WM2 A;  4LT0 A;  1IOR A;  3QE8 A;  4NHP A;  4O34 A;  1GXV 2;  3WW5 A;  4R0F A;  1GXX A;  4N0J A;  5ILC A;  2A7D A;  4H9B A;  4HSF A;  1JTT L;  4BS7 A;  2MED A;  1XEI A;  1IR9 A;  2G4N A;  4ZEE A;  4FJR A;  1KIQ C;  1VDS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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