5KXXA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 7
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
source organism Gallus gallus
total genus 55
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxxA00
5KXXA 1LZTA 1XFPL 3CT5A 2HTXA 5F9UA 5LA5A 4W94A 4GCBA 2YBMA 1SQ2L 1JKBA 1WQRA 5B06A 2HEDA 1RE2A 3AW7A 3AGGG 1GB8A 3B0IA 2EQLA 1F6SA 1HFZA 4NG8A 3WL2A 1LSNA 1IC5Y 4G9SA 1LZEA 2W1LA 3CT1A 2W1YA 4DYGA 4C3WA 1B7SA 1IOTA 1ALCA 4KL7A 4WL6A 5J7CA 1TBYA 3LYZA 1UIEA 2Y8PA 2YBJA 3W6AA 2XBSA 1GE4A 4LYOA 3WH1A 1B7QA 3WMKA 1EQ4A 4XJBA 5F9XA 2F4GA 2D91A 2HEBA 2ZYCA 1J1OY 2C8PA 1YROA 4NSIA 4NWEA 1A4VA 1JKCA 2DBTA 1GF8A 4NHSA 4M4OA 4GCCA 5LYZA 1YAOA 1LZ5A 7LYZA 4GN4A 4OOTA 5HLLA 1DPWA 1ZVHL 4CGEA 1IP7A 3HBHA 3W6BA 3WXUA 1UCOA 4H92A 4LZTA 2Z2EA 1FDLY 1GBOA 1OUDA 208LA 5LINA 1IEEA 1WQMA 2BQLA 5I4YA 2MEIA 5B59A 1NDMC 4G4CA 5ILFA 1B7MA 1GBYA 1LYOA 4RW2A 3TXHA 1LYZA 1GE2A 1DPXA 1REXA 5HNCA 3IWRA 1OUBA 3BKVA 1TDYA 1LSBA 4HJZA 3CQLA 4XENA 4GLVA 4XJFA 1IWVA 1GAZA 1JJ3A 4LYZA 1IVMA 5DL9A 5KXYA 4QDNA 3D9AC 132LA 2LHMA 1UIAA 2ZNXY 3EO5A 1IX0A 1B0DA 4LGKA 1GBXA 4NWHA 4FDYA 4DD0A 134LA 1GD6A 2H9KA 5LVGA 4G4HA 1LAAA 4H8YA 1LZGA 2MEEA 3P68A 5E9RA 1JUGA 1LSCA 5F81A 4J0LA 5I4XA 2BQMA 4R6CA 1UIGA 1FN5A 1GXV2 1WQNA 1FKQA 2PC2A 3B0KA 1H87A 1B7RA 4NGOA 3W6DA 1GXXA 3CSQA 1REYA 4NG1A 2Q0MX 1BWHA 3AGIA 4MCKA 4CJ2A 1I1ZA 1CKHA 1LZ6A 154LA 2D4KA 3A3RX 2H9JA 5LIOA 3TXGA 1GDWA 4YM8A 4J1AA 3OJPA 1G7MC 4I8SA 2HECA 1OUAA 2YBNA 2YBHA 5C6IA 4ET8A 1HEQA 1LJ3A 4AXTA 2VB1A 1B7LA 3TXEA 1BB6A 1DZBX 1B2KA 3TXFA 4BS7A 153LA 2N5ZA 1GWDA 1GHLA 5LVKA 3RZ4A 1INUA 1GEZA 5KXOA 5L9JA 1CKCA 1B9OA 1YKYX 1OUGA 2BQJA 3N9CA 1I20A 1V7TA 1AT6A 4LYMA 1YAPA 1DI3A 4D9ZA 4NGVA 5KXLA 3HBDA 4XYYA 1G7LC 5M1YA 4B4IA 133LA 3G3BB 1O23A 1QUTA 5KXMA 1GB0A 4NGLA 4ETDA 3IJVA 3AYQA 1GE3A 4H94A 1JSEA 3CB7A 2CWIA 2HEEA 2LYOA 3AZ5A 1B5XA 1IP5A 1MELL 1OUEA 2ZILA 1VDPA 5DLAA 4WG7A 1CJ8A 1LHIA 1H6MA 5LAFA 4WMGA 5B1GA 1IWWA 3CSZA 4OOOA 5DM9A 5APDA 5I54A 1GFAA 1GBWA 2BQHA 4N5RA 3WPJA 2F4AA 1CKFA 1LMOA 2HU1A 3A90A 3LYTA 1KIPC 4MR1A 4MSTA 4NGKA 3RNXA 3RU5A 2F30A 4CFOA 1C7PA 1QSAA 2LZ2A 4TUNA 5HQ1A 1EQEA 3A91A 1IWYA 1IC7Y 1LHJA 1FKVA 4XJDA 4HPEA 2A7FA 4ZEEA 1CNSA 1GF6A 1GF4A 5JENB 2G4NA 3TXJA 4KPMA 1IO5A 3AZ4A 5KXNA 1B7PA 3T36A 1C43A 1LHMA 4M6DA 2HU3A 1CJ6A 2EPEA 4HTKA 5D5FA 4G4BA 1DI4A 3FI7A 1GB2A 3WULA 4GN5C 4L41A 1HENA 5T3FA 1QDTA 2D4IA 1IP6A 4LT2A 1G7JC 1JITA 2BQIA 4W96A 4BADA 2Z2FA 1GPQC 1YIKA 3TXBA 1XGPC 4TWSA 4HTQA 4N9RA 1GAYA 4II8A 3TXIA 1GFUA 3W3EA 4E3UA 5B1FA 1WTMA 1OUIA 4TSBA 1JEFA 4HP0A 3M18B 1KXYA 2DQAA 3A8ZA 1I56A 1QDRA 2DQEY 2HEAA 2XTHA 2D4JA 4RW1A 1UICA 1NBZC 1CJ7A 1IOCA 5II3A 2BLYA 1DKKA 1JHLA 1IR9A 4LYBA 2WARA 2FYDA 1B5VA 1LOZA 3ULRA 5KJ9A 1REMA 1LJ4A 4H1PA 5A3EA 1IP4A 4ETAA 193LA 3A94A 4FJRA 4NGIA 1IWUA 1LSPA 3G3AB 4GCFA 4XJGA 1T3PA 5L3IA 1LSGA 3LYMA 5LVIA 2I25L 3M3UA 2ZIJA 1VDSA 4TX7A 1BVKC 1BVXA 4H9EA 2D6BA 4G49A 3ZVQA 1OUHA 1REZA 1FBIX 3W6CA 4J1BA 1NKHA 3HFMY 1ZVYB 5APFA 2HEFA 1LZ8A 4J7VA 4H9FA 1HELA 5LVHA 4N0JA 1XGTC 2ZWBA 1IWTA 2BQFA 1YANA 4WM1A 1HEWA 1P2CC 1W08A 4OWBA 4YEOA 3P66A 1OQMA 1VDQA 2Z19A 4N1EI 3ZVQB 1UIFA 1UACY 1YL1X 1B5WA 1BGIA 3EBAB 3WPLA 4N1CC 1IR8A 1G7HC 4X3BA 1F6RA 5ILCA 4WM6A 1A2YC 4WM2A 4WL7A 1VATA 4B49A 1GDXA 3WU9A 3WW6A 1B5UA 5C6JA 1BB3A 4CHXA 3E3DA 3QNGA 1LZYA 4LYTA 1LSMA 1JJ0A 1NMMA 3B72A 4H8XA 4HTNA 3HBEX 1D6QA 1D0KA 4LFXA 1B7OA 1GF5A 4ML7A 8LYZA 4YEMA 4HSFA 2Z38A 4NSHA 2YSSC 1GFHA 1D0MA 1FLYA 1ZV5L 4KXIA 4YENA 2DKVA 4UWUA 5FEKA 5F16A 4WLXA 1AM7A 1OUCA 1GBSA 1XGQC 1HSXA 2NWDX 1AZFA 3AJNA 5LYTA 2MECA 1EL1A 4WO9A 1LSFA 4U3XB 2ZIKA 1DQJC 5IDDA 4WG1A 3N9EA 1JWRA 3EXDA 1NBYC 3A3QA 1B5YA 1QUSA 3WVYA 1XGUC 3WYHA 1DKJA 4ETBA 2GV0A 1PZYA 1IR7A 1GB9A 1LJKA 4GCDA 3P64A 135LA 4IJ4A 1VFBC 4QGZA 4NIJA 2BQCA 4RLMA 1NF5A 5LXWA 4WO6A 1HNLA 1QSWA 1LTMA 2ZQ4A 4OW1A 1XSFA 4ETEA 5KKJA 1GFKA 3B6LA 4DC4A 3WU7A 1TEWA 1B5ZA 3T6UA 3AW6A 3QY4A 1OP9B 5HMJA 2W1MA 5EBHA 4YOPA 1LJNA 5KXWA 1C08C 5APEA 3WUAA 1JKAA 2ZNWY 1GF3A 1UIDA 4Z41A 5B07A 1JKDA 1GBZA 3RT5X 1DXJA 1WQPA 3A93A 1LJGA 1NQIA 2BQKA 1GFJA 3J6KA 3IJUA 4OWHA 4H93A 1JPOA 1HEOA 1LHLA 4NHIA 2LYMA 207LA 1IP2A 1FLUA 5FHWA 3ATNA 1IIZA 2MEBA 4NGZA 5LAGA 4PRUA 3WW5A 1LMCA 2BQAA 2YBIA 4PGJB 1PS5A 1BQLY 1BWIA 2C8OA 2F2NA 1JTOL 1J1XY 4H9HA 4HJVA 1UIHA 1QIOA 6LYZA 2DQCY 3TMUA 4LT3A 1YL0X 4NSJA 1LZCA 2DQGY 4TSCA 4NSGA 4XJIA 1GF7A 1LZDA 4PPOA 3LZTA 4LYCA 4DDCA 1GF9A 1GF0A 4RLNA 5LA8A 4ANRA 1JIYA 4GCEA 1LMQA 4NY5A 5LYMA 1LSEA 4UWVA 2YVBA 3A96A 1HFYA 1JISA 2MEAA 5D5CA 1ZMYL 2YBLA 1HEMA 4HV1A 5KKIA 1LYSA 4PRQA 1UBZA 1WVVA 4UWNA 4QY9A 4YF2A 3ATOA 5AMYA 4DDBA 2DQHY 2BQGA 3LYOA 194LA 1SLYA 1BWJA 5IELA 4B1AA 1HERA 1KIQC 4DD2A 4HJYA 4ZFPA 5E4PA 1GE0A 3CT0A 5I5QA 1HF4A 1TCYA 1IORA 3WVXA 4WLDA 5I4WA 3KAMA 2LZTA 4TTDA 5DN5A 3TXDA 3A6CY 4WM4A 5KXSA 3W6FA 5LVJA 3GXKA 1KXWA 2IHLA 4ETCA 3LZ2A 4O34A 1LZSA 5A3ZA 1NDGC 5L3HA 2Z37A 4NGWA 3WPKA 1CKGA 1N4FA 1BB5A 3F6ZA 2Z18A 2ZQ3A 1B7NA 4Z98A 3WUNA 4IATA 1VDTA 1J1PY 1FLQA 2G4PA 3TMWA 1BB4A 1LSAA 5B05A 2Z12A 1IP3A 1OUJA 1RJCB 1IOSA 1C45A 1LSYA 1MLCE 4WM3A 5KXTA 3LHMA 2XBRA 4PJ2C 3EMSA 1BHZA 1JTPL 3MGWA 4H9AA 3CSRA 1GB6A 4DDAA 1GB7A 2X0AA 1LYYA 3A95A 3W6EA 4LT1A 1E8LA 5FSTA 4B4EA 4NEBA 2BAAA 9LYZA 4NGJA 1EQ5A 1RFPA 1UIBA 1XGRC 4GLAA 2DQIY 4I0CA 4IASA 2Z39A 5KXPA 1LMAA 4DWXA 1Z55A 5APCA 1LHKA 3ZEKA 1UUZC 1QTEA 3TXKA 3VWOA 2CGIA 4CFPA 2I26L 1LSDA 2BQEA 4H90A 1LZRA 5FELA 3WU8A 5F14A 6LYTA 3P4ZA 4LT0A 1KXXA 3A6BY 1KIRC 2EKSC 1IY3A 1GB5A 4A7DA 2W1XA 5FCPA 4RDSA 5I53A 1D0LA 5KXKA 2MEHA 2RSCA 3AZ7A 1HSWA 5DN4A 4BAFA 4HV2A 1JSFA 1G7IC 2FBDA 4XN6A 1HHLA 1YKZX 1W6ZA 3K3TA 4H91A 1IWXA 4LFPA 1GEVA 1LZNA 5HNLA 4EMNA 3GXRA 1TAYA 4WLYA 1HEPA 1WQOA 1VAUA 2CDSA 4GN3A 1HC0A 1LCNA 5HMVA 1LKSA 1AKIA 1T6VL 1LPIA 3AB6A 4OWCA 2MEFA 3TMXA 2LYZA 1HMLA 1C10A 2HUBA 4DD9A 2IFFY 3OK0A 3WUMA 1YKXX 1D6PA 1F0WA 1QTKA 4B0DA 2BQNA 1QQYA 1YAQA 4P2EA 2MEGA 5K7OA 5FDJA 1LZ9A 1WQQA 1GE1A 1YAMA 1UC0A 4H9IA 4PHIA 4WOAA 2DQFC 4B4JA 1VEDA 1BB7A 1IC4Y 5KXZA 4AGAA 4DD3A 3A34A 4N8ZA 1F10A 2BLXA 4HPIA 1GFRA 1LJJA 1RCMA 1UA6Y 1RI8B 1IP1A 2BPUA 4EOFA 4Z3MA 4NHTA 3D3DA 1XEKA 1GFVA 1HMKA 1YILA 5C6LA 4NGYA 3RW8A 1LZAA 3WXTA 4OWEA 4NHQA 4DD1A 3FE0A 3B0OA 4Z46A 2FYCA 1CKDA 1LMNA 1LZBA 3TMVA 2FBBA 4H8ZA 2EIZC 2XJWA 4ET9A 1AT5A 5IHGA 1D9UA 4OWAA 4QEQA 1LMPA 1IWZA 1DI5A 4R0FA 2YDGA 4WM5A 1HFXA 1NHEA 4NFVA 1JTTL 2MEDA 1C46A 1GFEA 1IOQA 4H9BA 2DQJY 1GFGA 1LZ1A 4KT3A 1YQVY 3N9AA 3QE8A 2DQDY 1LJEA 4NHPA 3SP3A 1GB3A 1WTNA 1LMTA 3LN2A 1XEJA 3AGHA 1WVUA 4WLTA 4XJHA 1V7SA 5KY1A 2G4QA 1LZ4A 2ZYPA 2H5ZA 3A67Y 1CJ9A 4C5FA 1LJFA 2CJLA 2AUBA 2I6ZA 5KXRA 1FLWA 4ZIXA 4XADA 1XEIA 2BQOA 2B5ZA 3AZ6A 1GFTA 1LJHA 1LSZA 3BKHA 1OUFA 1LJIA 1JJ1A 4DT3A 3A92A 4H9CA 2BQDA 1IY4A 4BAPA 1NWGA 3J4GA 2A7DA 3P65A 1LKRA 4DD7A 1LHHA 2BQBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZTA 1XFPL 1CTWA 4W94A 1WQRA 5B06A 1QTVA 1RE2A 112LA 4EPFA 1GB8A 1LYGA 169LA 4I7RA 1ALCA 5J7CA 3LYZA 1GE4A 1L72A 4DAJA 2F4GA 3QAKA 1LLHA 1L95A 1YROA 258LA 2DBTA 4GCCA 7LYZA 4GN4A 3CDTA 1ZVHL 4CGEA 1IP7A 247LA 3C7WA 3HBHA 3W6BA 1L80A 4LZTA 1IEEA 1DYBA 5B59A 3LZMA 1NDMC 1LYZA 1GE2A 1DPXA 1REXA 3IWRA 2OU0X 1TDYA 1LSBA 4XENA 4XJFA 3L2XA 1JJ3A 1L15A 1IVMA 5KXYA 3D9AC 1KNIA 1UIAA 1L23A 1L98A 1IX0A 1GD6A 2B75A 1LZGA 2MEEA 3P68A 1LSCA 4I7LA 1L39A 1FN5A 1GXV2 1L93A 1QSBA 1KW7A 3DN2A 1L36A 4CJ2A 1LZ6A 154LA 1QTBA 3HTGA 4YM8A 2OU9A 3OJPA 3TXEA 1DZBX 3TXFA 3RZ4A 1GEZA 1CKCA 1C6DA 1I20A 4D9ZA 1YAPA 5KXLA 4NGVA 1C6KA 1JSEA 4LYMA 2CWIA 2LYOA 3AZ5A 2RB0X 254LA 4WG7A 1L14A 3DKEX 5I54A 232LA 1GFAA 4N5RA 4E3UA 3LYTA 4NGKA 1C6TA 2LZ2A 3A91A 1LW9A 4XJDA 2QB0B 240LA 5KXNA 4PK0A 4W58A 1L51A 3T36A 1C6HA 1LHMA 2RBQA 4HTKA 3FI7A 3WULA 1C63A 1L04A 1JITA 2Z2FA 1YIKA 4II8A 3TXIA 1CUPA 1WTMA 4W51A 1JEFA 1L56A 2XTHA 4RW1A 233LA 1L74A 1B5VA 1LOZA 5KJ9A 2OU8A 158LA 1L43A 252LA 3A94A 3GUMA 4TX7A 1BVXA 1L0JA 2D6BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXX A;  1LZT A;  1XFP L;  3CT5 A;  2HTX A;  5F9U A;  5LA5 A;  4W94 A;  4GCB A;  2YBM A;  1SQ2 L;  1JKB A;  1WQR A;  5B06 A;  2HED A;  1RE2 A;  3AW7 A;  3AGG G;  1GB8 A;  3B0I A;  2EQL A;  1F6S A;  1HFZ A;  4NG8 A;  3WL2 A;  1LSN A;  1IC5 Y;  4G9S A;  1LZE A;  2W1L A;  3CT1 A;  2W1Y A;  4DYG A;  4C3W A;  1B7S A;  1IOT A;  1ALC A;  4KL7 A;  4WL6 A;  5J7C A;  1TBY A;  3LYZ A;  1UIE A;  2Y8P A;  2YBJ A;  3W6A A;  2XBS A;  1GE4 A;  4LYO A;  3WH1 A;  1B7Q A;  3WMK A;  1EQ4 A;  4XJB A;  5F9X A;  2F4G A;  2D91 A;  2HEB A;  2ZYC A;  1J1O Y;  2C8P A;  1YRO A;  4NSI A;  4NWE A;  1A4V A;  1JKC A;  2DBT A;  1GF8 A;  4NHS A;  4M4O A;  4GCC A;  5LYZ A;  1YAO A;  1LZ5 A;  7LYZ A;  4GN4 A;  4OOT A;  5HLL A;  1DPW A;  1ZVH L;  4CGE A;  1IP7 A;  3HBH A;  3W6B A;  3WXU A;  1UCO A;  4H92 A;  4LZT A;  2Z2E A;  1FDL Y;  1GBO A;  1OUD A;  208L A;  5LIN A;  1IEE A;  1WQM A;  2BQL A;  5I4Y A;  2MEI A;  5B59 A;  1NDM C;  4G4C A;  5ILF A;  1B7M A;  1GBY A;  1LYO A;  4RW2 A;  3TXH A;  1LYZ A;  1GE2 A;  1DPX A;  1REX A; 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 1QTK A;  4B0D A;  2BQN A;  1QQY A;  1YAQ A;  4P2E A;  2MEG A;  5K7O A;  5FDJ A;  1LZ9 A;  1WQQ A;  1GE1 A;  1YAM A;  1UC0 A;  4H9I A;  4PHI A;  4WOA A;  2DQF C;  4B4J A;  1VED A;  1BB7 A;  1IC4 Y;  5KXZ A;  4AGA A;  4DD3 A;  3A34 A;  4N8Z A;  1F10 A;  2BLX A;  4HPI A;  1GFR A;  1LJJ A;  1RCM A;  1UA6 Y;  1RI8 B;  1IP1 A;  2BPU A;  4EOF A;  4Z3M A;  4NHT A;  3D3D A;  1XEK A;  1GFV A;  1HMK A;  1YIL A;  5C6L A;  4NGY A;  3RW8 A;  1LZA A;  3WXT A;  4OWE A;  4NHQ A;  4DD1 A;  3FE0 A;  3B0O A;  4Z46 A;  2FYC A;  1CKD A;  1LMN A;  1LZB A;  3TMV A;  2FBB A;  4H8Z A;  2EIZ C;  2XJW A;  4ET9 A;  1AT5 A;  5IHG A;  1D9U A;  4OWA A;  4QEQ A;  1LMP A;  1IWZ A;  1DI5 A;  4R0F A;  2YDG A;  4WM5 A;  1HFX A;  1NHE A;  4NFV A;  1JTT L;  2MED A;  1C46 A;  1GFE A;  1IOQ A;  4H9B A;  2DQJ Y;  1GFG A;  1LZ1 A;  4KT3 A;  1YQV Y;  3N9A A;  3QE8 A;  2DQD Y;  1LJE A;  4NHP A;  3SP3 A;  1GB3 A;  1WTN A;  1LMT A;  3LN2 A;  1XEJ A;  3AGH A;  1WVU A;  4WLT A;  4XJH A;  1V7S A;  5KY1 A;  2G4Q A;  1LZ4 A;  2ZYP A;  2H5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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