5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
4WKMA 1MPDA 4OFOA 2O6AA 3JZJA 3PUZE 4O3BA 4U4XA 5CM6A 2V93A 5H8QA 3QUJA 1IXCA 2WOLA 2DSFA 2ZYKA 4JXIA 1JEVA 5F7VA 5TP9A 4GQOA 1MXWA 4R9FA 2E1SA 1SI1A 2QSXA 4YMBA 5KCJB 4X1DA 4DXUA 4F3SA 3M3LA 1M5FA 4P0IA 1MS7A 4I62A 4IO3A 1B3GA 3V5AA 1QKAA 1PB8A 2Z23A 2O84X 5HM4B 3BBRA 1DSNA 2H98A 1H3DA 3B6TA 2DXYA 3I6VA 3K6VA 5AE4A 4U4SA 3OO8A 5IKBA 3MZ9A 4H0WA 3LUYA 2Q89A 2HFBA 3V8XB 3TTKA 2ALUA 2RCBA 3FD3A 5ITPA 2I4CA 3C34A 3DELB 3S2VA 1O63A 2XX7A 3FATA 3CHGA 1YCJA 4NF4B 4BDLA 4LQ2A 4C1TA 2XX8A 3U8QA 1A8FA 1MRPA 3IO6A 4G77A 4MLQA 1AL3A 2F36A 4RK9A 2ANJA 4KD5A 3MVXA 1N7XA 4GLIA 1B7ZA 4R2FA 2O7IA 3SETA 2NXOA 3AXFA 1OIBA 3E9XA 4FORA 3T9VA 1B3LA 4FAJA 2OWSA 1OLCA 3G3KA 4LP2B 3RT6B 2ZNSA 1B51A 4ISUA 3KGCA 3U92A 4F2OA 5J1DA 3O97A 2FA7A 5KCJA 1FQBA 1MXZA 2IEEA 4LQ5A 4XKRA 4FEBA 1KWHA 2HZKA 4ZZEA 3TTMA 2I58A 3E4RA 3IJOB 2QS4A 1USYE 3W9VA 4NF5A 2ZXTA 3F11A 3TELA 3PV0E 2DXRA 3TODA 3Q25A 5L9OA 2X26A 5CBRA 3ZS6A 2QS2A 3TZAA 4F3GA 3KJ7A 5H8HB 1FW0A 4U2RA 4THIA 1MPCA 3KZGA 5DEXA 2VD3A 3PGFA 3LR1A 4IY5A 2QMXA 3D4CA 4KHZE 4KPTA 4OTEA 1MXXA 3HCQA 1B32A 3BFUA 1MM6A 1B5IA 1SW2A 3FVKA 3LSXA 4GOTA 4JWXA 3RUMA 5IAIA 4XKQA 1N7WA 3TTRA 3MVWA 2GHAA 3VVEA 4C1UA 1Y3QA 3TEPA 1B6HA 4G8NA 3Q28A 4L17A 2RC9A 1DMBA 2HEUA 3CR9A 2CZLA 4GXSB 4E0WA 5HPQA 4QFPA 1LAGE 3PUVE 4FATA 2ZMBA 2PMSA 2FNCA 1B7HA 1SDXA 1LFHA 2Y7WA 3HSTA 3V83A 1UTBB 2F34A 1ZJLA 2M8CA 2ONRA 3L6GA 3VLWA 5CBSA 3S9EA 1MY4A 3U93A 3PPPA 1B05A 3K4UA 1JEUA 3OD7A 1VFDA 2G93A 5I2KA 3T9HB 2H4IA 3O6GA 5ELVA 2V3TA 3TCHA 4GD5A 1RYXA 4N13A 2Z8FA 1M5CA 5I59B 3TQLA 2UVJA 4F3PA 4QFOA 2Q9TA 3RYBA 1LAHE 3IO4A 3MC2A 1NFTA 3Q26A 1IUDA 1OLAA 4GF8A 1FQAA 2F35A 1EZ9A 2HCAA 2Z8EA 2O1LA 3CG3A 3G3IA 3OELA 1XVYA 2XX9A 4GRKA 4M4GA 1IQ7A 4NF4A 1ZTYA 1MY3A 2D3IA 3Q29A 2XXUA 1EZPA 1WDNA 3O2AA 4IO6A 3M3KA 1GR2A 5K2XA 2OCUA 1B1HA 3G3HA 1LBBA 3FJMA 2RINA 3QAXA 3KOSA 5FTIA 3RT8A 1NH7A 2F8DA 4G8HA 2XD2A 3UP9A 1B0LA 3K02A 5AA3A 2Y7KA 1MXUA 1PB9A 5AA2B 5B7DA 1H43A 2F78A 3FVGA 4MF3A 2XXYA 3V89B 1BP5A 3IR1A 4AQ4A 4KCDA 2B3FA 3PD9A 1NNKA 4RYAA 4F1VA 1MXYA 3EHTA 4R9GA 4EDPA 1URSA 1XC1A 3FV2A 4P0GA 1MH4A 5CMCA 3BFTA 5JTYB 1MQDA 1Z7ME 1B3EA 2A5TA 1FTJA 2QJEA 4ESXA 1EU8A 4DXBA 3B6WA 3FXQA 2P2AA 1N3XA 4OESA 2UVGA 3FIRA 4XKPA 3CFLA 4FE8A 1NNFA 4NF5B 4HS7A 2B4MA 5I58A 4X9TA 4EQ7A 3IX1A 4OWDA 5KDTA 2VHAA 1OQHA 3GBBA 2XXHA 4R6YA 4F19A 4PE5B 2LAOA 2OZZA 3EQ1A 3OENA 2XHDA 4XTCQ 1R1NA 3TPAA 3FTOA 3PUYE 3EN3A 4LUBA 1MY0A 5DVFA 3ILTB 3DM0A 5TU0A 4BLAA 4Q5TA 3KN3A 3L6HA 1ELJA 1SW1A 4POWA 2ONSA 5LOMA 2NOOA 3EF7A 3DP8A 2W7YA 4K3FA 1B52A 2XD3A 3OEKA 1MG1A 3B6QA 3RNNA 3G7WA 3VVFA 2PYYA 3K1PA 1XS5A 3PMWA 4ECFA 5H8FB 5EYFA 1YTVA 1D9YA 2I0CA 4IGRA 5AA1A 4OMBA 1R9QA 2Q8JA 1DOTA 2UYEA 1ZIUA 3PMXA 2B65A 2R71A 3IL1B 4XKNA 3CRBA 5HBCA 1FTLA 2HXWA 1II5A 2O1MA 1F9BA 3IOVA 4YMAA 1MQGA 1N3WA 1QVSA 4F3BA 1B3FA 3OSQA 4E0XA 1ATGA 4GWOA 2I49A 4F1YA 1Q1KA 1XOCA 3MWBA 1T0KA 3CIJA 4G2ZA 1A99A 4R73A 1S50A 3PPOA 5FHNA 4ELQA 3ZSFA 1I6BA 4IO2A 4PETA 3K1NA 3KFMA 3N5LA 3T66A 5I2NA 3RTWB 4DIGA 4MLVA 1IEJA 1LLSA 1OQGA 2QPQA 3B7DA 3IAZA 3R6UA 2DWJA 3G3JA 2DE4A 2RC8A 3GXAA 4KYSA 4AB6A 2REJA 5DVIA 1BLFA 2Z8DA 2G29A 1IXHA 3IORA 1XHYA 4H1XA 4Z0IA 3U72A 5I2NB 3T9XB 1NKXA 2V84A 1OMPA 5L9MA 5K2YA 1L5TA 5L9SA 1AOVA 1M5DA 1Y4CA 4JWOA 5I59A 4EXKA 1RKMA 1P1OA 5H8SA 1Y20A 3K6WA 3MVZA 4R75A 2GRVA 4R6KA 1VR5A 3TAJA 3TDJA 1FQFA 3VLVA 3WAFA 4F39A 3C31A 4ONYA 3MP6A 1H76A 1R9LA 5DTBA 3UA8A 4KCCA 3TTNA 4YB6A 1ZU0A 5H8NA 1FQCA 3O9PA 3EPEA 4O3AA 4R2BA 2XXRA 4JB7A 1AMFA 3IJXB 3MZBA 3CSBA 4FECA 3DRGA 4X1BA 5FTHA 2ONKE 3KOTA 1D4NA 3QXMA 3PMVA 1FCKA 4HTGA 1WODA 1POY1 3MAMA 4BDOA 4PFWA 1FTOA 1H44A 3GZGA 2F6PA 3K1MA 1M5BA 1MY2A 3C4MA 4LZ7A 4BDNA 5L8DA 4OHNA 1HSJA 1B58A 1Z7NE 3FJ7A 3ECRA 3MJNA 4ELPA 1IITA 2GHBA 3E3KA 1AH5A 3FUZA 3RGYA 3TYHA 3N6TA 1NL5A 5AA2D 4QFKA 4GVOA 3OO7A 1UQWA 5CMKA 1TXFA 2BJJX 3QK6A 5I57B 2DE2A 4N6PA 4YB7A 1JQFA 4OEUA 5A5XB 1I6QA 1LB9A 4P11A 2V25A 2ZNTA 1NH8A 2ZYMA 1B0HA 4TOZA 4I1DA 1LAXA 4Q0CA 4YKPA 1DTGA 3RN8A 3FGSA 2D5WA 4TLLB 5DVJA 1RYOA 3CI8A 3RPWA 1MQIA 1PB7A 1H45A 3G3GA 5TP9B 4JSDA 2RF1A 2UVHA 2V3QA 2XXTA 4NF6A 2PT1A 4WXJA 5DEXB 1YPNA 2H9BA 3R7XA 3VDFA 4DCYA 2KLFA 3GBAA 3H03A 1OVBA 1JNFA 2IA4A 2WKYA 5ITOA 4JBZA 4EUOA 3O29A 2F6GA 2XXWA 2Z22A 1BKAA 2O68A 4Z7EA 1CB6A 3MP8A 1DTZA 4I9DA 1LBCA 1NNPA 2VD2A 1I6AA 2O69A 3LBSA 4QSCA 3PUXE 4EF2A 1SVXB 5JK4A 4OERA 2XXXA 4NWCA 5H8FA 1PDAA 2OBGA 3D4GA 4JWYA 2F7AA 3FVOA 2XXIA 4G68B 1BIYA 4I8CA 1USYH 2QS1A 1J1NA 4N07A 5KDTB 1IXGA 1N04A 1VSOA 2CMOA 2FYIA 1B40A 3MW0A 2I0BA 3A09A 2OK2A 3JYRA 3MPKA 3KJTA 5CMBA 3TTLA 3UK4A 1BTJA 3ZKKA 4KI0E 5I84A 1A40A 1LCTA 4R74A 3DRJA 2DS9A 2DQVA 2PBWA 3VV5A 4DZ1A 1ZMGA 1MQHA 4RA1A 1NMUA 3FXRA 4KQPA 3TUSA 4ZS9A 3IOWA 4HW8A 2XXQA 3OMBA 1ZLQA 1LSTA 2ESNA 2V3UA 3Q27A 4ZEBA 1FTMA 2RCAA 4PQJA 4YAHX 5FHOA 3SESA 1URDA 1WVJA 4RPOA 2ABHA 1JW5A 2H5YA 2X7QA 4QHQA 3IB2A 1SYIA 1B3HA 4YKJA 5ICQA 1PBPA 4M1VA 3MBPA 1ANFA 4IO5A 3MQ9A 2AL4A 5B70A 4TLMB 4RJZA 2H99A 2NUVA 3N26A 4G4PA 1UTHB 3KSXA 4BDQA 1R6ZA 3LSLA 5I58B 1P99A 1JVYA 1LB8A 4MH5A 4MFIA 3ZKLA 4OEVA 1LFGA 4PP0A 1YAEA 4UA8A 4NMYA 3K01A 3E13X 4F31B 2P1SA 3K00A 2I6EA 3LSFB 3U1OA 2B3BA 2WOPA 4DE8A 4F29A 4OZ9A 5CRYA 5A5XA 3ILUB 5ICTA 3DRIA 2F5XA 2AL5A 3H7MA 4OXVA 2I48A 3FASA 4OENA 4RNSA 5JEIA 1SQYA 1Y3PA 3K2DA 3O6IA 3HV1A 1B5HA 3T22A 3N94A 3S4UA 4FJPA 1Y3NA 2Q2AA 3C9HA 3DLNA 2NVUB 4ESWA 5CI5A 5KZTA 3A3UA 3PPQA 4NF8B 4XXUA 2H25A 4ZE8A 1A7LA 3TKDA 3IOUA 3KG2A 3W9WA 4Q8RA 1N0TA 4QRZA 4ZDMA 3GLBA 1TWYA 1MDP1 1UTHA 1S9TA 4R72A 3HN0A 1IXIA 1EH3A 2QS3A 1TFDA 2YPNA 3USDA 2DOJA 2Y7RA 3HPIA 4JDFA 2NWJA 3CG1A 1JW4A 4QSDA 5AA2A 3LVUA 2HQ0A 1XT8A 3A3CA 4U23A 4PFUA 3EHSA 1B2HA 1GV8A 2HAUA 4YICA 2Y7PA 1UTBA 1VE4A 2ZYNA 1IZ1A 4ELRA 3T93B 3C32A 1HSLA 2ZYOA 3H4ZA 2PX1A 2GFEA 1JETA 1Q35A 1MY1A 2D21A 2F97A 4GL8A 1B1XA 4ZZAA 1VFEA 3OO9A 4IO4A 1OVTA 4R6HA 2F7BA 2HAVA 3PUWE 3IB1A 3N6UA 5H8NB 3VVDA 4KFQA 4GIZA 3TFLA 1B5JA 2GH9A 2Y7IA 3CFXA 4U21A 4YB5A 3SKPA 4IB2A 1GTKA 1JVXA 3JV9A 3TQWA 2R9JA 4AB5A 1US5A 1TT1A 1B9JA 3C33A 3RTFB 3VXCA 3LSWA 4H5FA 4WEPA 1SYHA 3OOAA 4NEDA 3SERA 4OQOA 4QSEA 2YJPA 3TCFA 2DWHA 1UIUA 3QIMA 2A5TB 3UGWA 4ZECA 3S9MC 3C36A 1SI0A 5CMMA 1MPBA 1A8EA 1M5EA 2Y84A 1PC3A 1D9VA 4LVQA 2OLBA 1SBPA 3O66A 3OXNA 1QUKA 3RYAA 3SDFA 1S7YA 3PD8A 4RY1A 2I3VA 3PPNA 3QUFA 3H6WA 3ONMA 5I57A 3UN6A 4RXLA 3IK6B 4HCWA 3SEVA 2OWTA 3S9NC 1AIVA 2I3WA 2OJTA 3FV1A 1P1UA 3DP6A 2XXVA 1HSEA 2PT2A 3MVYA 5I56A 2QMWA 1ZKBA 4KR5A 4QFLA 3HO7A 1FTKA 3MZ1A 3U94A 1MM7A 3G3FA 1B4HA 2RC7A 3HHFA 3KN7A 3PPRA 2QRYA 1GVCA 4DXCA 5AA4B 1SW4A 3KEIA 3VE1B 3K6XA 1GGGA 3P7IA 2DVZA 1N76A 4RK2A 4U22A 4POXA 4BDRA 3QYTA 2REGA 1D3KA 4OFJA 3MP1A 4YZZA 3H06B 1O64A 5TPAA 1XVXA 3UORA 3VXBA 5AA4A 5M2VA 1N84A 3DRKA 2QL3A 5EHMA 1ZBMA 1A54A 2RKMA 4IY6A 4H8IA 1O7TA 1QJMA 1SD3A 3OO6A 1B4ZA 3EHUA 3LC8A 2DWIA 4G68A 3WAEA 5H8QB 4ZEFA 2PVUA 1DPPA 3I5OA 4ZE9A 1QKBA 1POTA 3HHGA 4LZ5A 4RPNA 4NTLA 4NE4A 3FZVA 4JSOA 1MQJA 3PU5A 4HCYA 3T9UA 5CC2A 4DDDA 4OYVA 1LAFE 1Y4TA 3BKIB 4G68C 4H8JA 5I56B 1MXVA 3OEMA 1QUJA 4YKIA 4PFYA 2UXAA 1IIWA 1SW5A 4IGTA 2DE3A 1FQEA 4LONB 3KBRA 2UVIA 3MUQA 3H6VA 5F1QA 3DRFA 4DLDA 2O51A 3FVNA 4GFRA 4LZ8A 1P1NA 2DWAA 2O7UA 5BUUA 4G8MA 4TQUQ 4H65A 3ODBA 1B7UA 4EQBA 4NWDA 3VFJA 1P1WA 4OVJA 1MH3A 2B4LA 5DYHA 2VP1A 4KYEA 5JTYA 2A5SA 3TCGA 3H6TA 4H67A 3KN8A 4ELOA 4KYDA 1TFAA 4EQ9A 1CE2A 2Q88A 3I3VA 4U1OA 3PAMA 4LA9A 1FQDA 5BWJA 4QF9A 1LCFA 4C0RA 4U1ZA 2ZNUA 1NNTA 3K0VA 4WEDA 3CVGA 3RY3A 3DP4A 3SEYA 3TMGA 3MPLA 3FXUA 1Y9UA 2P0SA 1QULA 4PFTA 4GL0A 5EHSA 3FJGA 3R26A 4OFLA 4YKKA 3KSJA 3M3FA 2HZLA 3RQTA 4BDMA 5I2KB 4XIGQ 4H6DA 3IB0A 1DPEA 4Q30B 2X7PA 3SEUA 1QUIA 5ISUA 1Y1ZA 3IOTA 3O28A 4UACA 4OETA 2XXPA 3CSGA 2VOZA 4MBPA 3T96B 3W15C 5DT6A 1P1QA 1URGA 2YLNA 2E0SA 3C35A 4NF8A 4GXAA 4EXLA 5FHMA 4O3CA 3H6UA 5TPAB 3RLFE 1LFIA 3UIFA 4ZEDA 1MDQA 3QSLA 4F22A 2DP8A 1B46A 3OSRA 3H3GA 3THIA 4EF1A 2DYXA 5H8HA 4QFNA 2I4BA 2VGQA 4ZEIA 1JW1A 1QW0A 1Y1MA 2Q2CA 3O6HA 4F1UA 2AYSA 2AIXA 1I69A 1US4A 2THIA 2WOKA 1LGBC 2R6GE 1PBQA 3CFZA 4FIMA 4NF6B 4DCXA 4IO7A 1PEBA 2UYFA 2DVCA 4ND9A 4YU0A 1UIVA 3SEWA 1EZOA 2F7CA 4H5GA 4LATA 3M8UA 3SEXA 4F2QA 1A55A 3K6UA 3VLUA 3S9LC 3O6PA 4FEDA 4F18A 4X48A 3DRHA 4ZEKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JZJA 2V93A 5H8QA 1IXCA 2DSFA 1JEVA 4AS4A 4YMBA 4X1DA 4F3SA 3VLUA 5JEIA 1QKAA 2O84X 2Z23A 3BBRA 5HM4B 1H3DA 4U4SA 3MZ9A 4H0WA 2QVVA 4JVIA 3TTKA 3DELB 2XX7A 2Q74A 1YCJA 4LQ2A 3IO6A 4G77A 3MVXA 3SETA 1B7ZA 2O7IA 2NXOA 4LP2B 5CM6A 3RT6B 2ZNSA 4F2OA 4FEBA 4ZZEA 3Q25A 4DI4B 3ZS6A 3TZAA 4F3GA 3KJ7A 5H8HB 1MPCA 4XFEA 1FPKA 3PGFA 3VLWA 1B32A 4GOTA 3FVKA 1N7WA 3TTRA 4C1UA 1Y3QA 4L17A 1DMBA 5HPQA 3PUVE 2ZMBA 2PMSA 5IZ1A 1B7HA 2Y7WA 1ZJLA 2M8CA 3L6GA 1MY4A 3T9HB 2H4IA 3O6GA 4N13A 4QFOA 3RYBA 3A29A 1OLAA 5AA2B 2F35A 1IQ7A 1KA1A 4GX6A 4N8GA 1GR2A 5K2XA 2OCUA 3QAXA 1LBBA 5FTIA 2F8DA 4G8HA 1PB9A 4OA4A 3FVGA 4MJOA 2B3FA 4RYAA 1LBWA 3EHTA 4EDPA 1XC1A 4P0GA 3BFTA 5JTYB 4KXPA 3FXQA 1N3XA 4OESA 4NF5B 1NNFA 4EQ7A 3IX1A 1RDYA 2OZZA 4XTCQ 3OENA 3FTOA 4GWZA 4BLAA 3L6HA 3HFUA 4POWA 3DP8A 2W7YA 4K3FA 3K1PA 1D9YA 1R9QA 1DOTA 3IL1B 4PAIA 5HBCA 2HXWA 1II5A 1F9BA 3IOVA 4F3BA 1ATGA 4F1YA 1Q1KA 1XOCA 3CIJA 5FHNA 2XXKA 3ZSFA 4IO2A 4PETA 3N5LA 3R6UA 2DE4A 2RC8A 4H1XA 4Z0IA 2QVUA 5IZ3A 1Y4CA 4JWOA 1RKMA 5H8SA 1FPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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