5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
molecule tags Peptide binding protein
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
5IKBA 1LBCA 2AL5A 4XKNA 1SW5A 4G68C 2I4BA 1SYHA 4H0WA 4NE4A 4ZZAA 4F2OA 3DRIA 1PDAA 2ONRA 3FV2A 3OEKA 3KBRA 4H5GA 4LQ5A 1QKAA 3FVGA 4GL0A 1P99A 1R1NA 5I57A 2O51A 2ONSA 2QL3A 1QUKA 2XXRA 2F36A 3IJXB 3RYAA 3MP8A 4LA9A 4XTCQ 3RPWA 1VFEA 4JWXA 3RUMA 3UGWA 3SETA 2Q2AA 4YB7A 4U4SA 4YB5A 4DDDA 4ESWA 1NNTA 3T66A 4ZEDA 4DXCA 1GGGA 4OQOA 2XXIA 2RINA 1D3KA 3O2AA 1AL3A 1B51A 3A3UA 1GTKA 2GFEA 2Z22A 3CG3A 1CE2A 1QUJA 1ZBMA 2ZXTA 3SEYA 4ZE9A 1OVTA 5IAIA 4G68A 3G3IA 2VD3A 3MVYA 3QUFA 1ZU0A 5F1QA 1B46A 1ELJA 2O69A 4I9DA 3QIMA 3OO6A 4FEBA 1FTJA 1OVBA 1VR5A 4IO3A 4OEVA 3P7IA 4FEDA 4RXLA 3U93A 1SD3A 4K3FA 4HTGA 1D9VA 1HSEA 3K1MA 5H8FA 2WOKA 2DXYA 1LAXA 1MPBA 3CFLA 1XT8A 5TPAA 3K00A 5B70A 2Q89A 5KCJB 2W7YA 3TMGA 2H98A 3L6HA 5FHOA 4OVJA 5AA4A 2AIXA 3LSFB 3N94A 1IUDA 3TTNA 1LGBC 3PPPA 1UTBA 1BIYA 1TXFA 2V25A 5JEIA 2XXVA 4YKIA 3MP1A 1B1HA 4XKPA 1URGA 2I49A 4QSCA 4MBPA 4I1DA 1UQWA 2R9JA 2F78A 2V3QA 4R74A 3VVEA 2Z23A 3QUJA 3D4CA 1FQBA 3UA8A 2DWAA 5I58B 1SW4A 2YLNA 3VVFA 3FXRA 1N84A 3TAJA 2B3FA 3OEMA 1B2HA 5M2VA 4ND9A 2VOZA 3HHFA 2QS3A 3FJGA 1PB9A 2Z8FA 3BKIB 1SVXB 2HXWA 3I3VA 2FNCA 3IR1A 2OCUA 3FJMA 5F7VA 3VXBA 4IO2A 2AYSA 3CIJA 3V8XB 1Y4CA 2NVUB 4YKJA 1URSA 3F11A 2VP1A 2XXQA 2GHBA 4DXUA 2Z8DA 3TQLA 1SBPA 2DE4A 1ZLQA 3C31A 3EF7A 4F39A 3QK6A 4G8MA 3SEWA 3IB2A 2NOOA 3KN8A 5ISUA 3C9HA 3EQ1A 4IO4A 2X7PA 2HZLA 1BKAA 3R6UA 4KFQA 5CMCA 3MVXA 1J1NA 5ELVA 3O6GA 1Q35A 4RK9A 3PU5A 4YMBA 1B5HA 1JETA 5I2NB 4F22A 5KDTB 5KCJA 3PD9A 1SW2A 4MLVA 3TTMA 5DEXB 3O28A 2VD2A 3KOTA 3OO7A 2QRYA 1RYXA 1B9JA 3O6IA 4NF4B 4NTLA 4R6KA 4TLMB 2D5WA 1JQFA 1WDNA 3C4MA 3CFXA 3O97A 4H6DA 3G7WA 4DIGA 5I2NA 1LFHA 3EN3A 4JDFA 3U72A 1NNKA 2XXTA 3W9VA 4F3PA 4NF6B 3ONMA 1DSNA 3Q26A 2WKYA 5H8HB 1ANFA 1MXWA 4HCWA 4F1YA 3VLVA 2PVUA 2RCAA 4F18A 1OQHA 3S9LC 5A5XA 2F7CA 2F34A 2XXWA 2I3VA 3N6UA 4KI0E 2UXAA 3LBSA 4N13A 3TQWA 3M3LA 4ZS9A 4H8IA 1LFGA 4Q5TA 1BLFA 4JWYA 2O7IA 4Q30B 1SDXA 1VFDA 3T96B 4EXLA 2XXUA 2DXRA 4NF5A 1N76A 1ZKBA 3VV5A 1IXCA 1N7XA 5DYHA 1N3WA 5ICQA 3KJ7A 2REGA 2I0BA 3PUVE 4JSOA 5AA2D 3IAZA 2GRVA 4OEUA 3Q27A 4X1DA 3RNNA 4QFNA 4PE5B 1ZIUA 5FHNA 3SEVA 2F7AA 4FJPA 1DTZA 1UTBB 1A40A 3FV1A 1FTOA 1JVYA 1WODA 3IOVA 1B3FA 2B65A 4TQUQ 1ZTYA 1MPDA 5AA4B 1B6HA 3IB0A 2XXXA 1YAEA 4ELQA 2RC9A 4KYDA 1QVSA 4IGTA 2Y7RA 1NH8A 4G8NA 3H3GA 3UORA 5TU0A 1A8EA 1D4NA 2DP8A 1MY2A 1A99A 3R7XA 4BDLA 2F8DA 4C1UA 4OESA 4POXA 3DRKA 1B7ZA 4O3CA 2Y7IA 5L9MA 1M5EA 4GLIA 2Q8JA 5ICTA 4YB6A 4PFWA 2OJTA 2ZYMA 4FIMA 3PPQA 4GD5A 4P11A 4NF8A 3E3KA 2D21A 3C32A 4RA1A 2CMOA 3C33A 1A54A 1MY4A 4RNSA 3VLWA 1OIBA 1N04A 1RKMA 3FD3A 3V83A 1JNFA 1I6QA 1H3DA 4R9GA 2F35A 3IOUA 3KN7A 4PQJA 3PMXA 3WAFA 4OFJA 3K6UA 4KCCA 5I57B 4EF2A 2B4MA 3LSXA 3LR1A 4RPOA 4I62A 4EQ7A 4Q8RA 2ZMBA 2DWJA 3S9MC 3FGSA 3MJNA 3B6TA 3ILUB 3KG2A 5H8NA 3ZKKA 3B6QA 3KN3A 4FORA 1TFDA 1JW5A 3OO9A 4IO7A 4OETA 4L17A 4AB5A 2WOPA 4WKMA 1F9BA 4U1OA 4ELOA 4LVQA 3RTWB 1D9YA 3IX1A 2PMSA 4G8HA 4IB2A 4F3SA 1IXGA 2H99A 2OLBA 3DLNA 1Z7ME 3T9XB 3TODA 3S9EA 2ZNUA 4GWOA 1YCJA 4QSEA 2WOLA 4R9FA 3CHGA 3HPIA 1B4HA 4KR5A 1S9TA 3DP6A 3HCQA 4LZ8A 3LC8A 2Y7KA 5H8SA 3ILTB 3FTOA 3TELA 3RY3A 1MQGA 4O3AA 2YPNA 4PETA 3KJTA 1LB9A 4JBZA 4UACA 2KLFA 5FTHA 1LAHE 4AQ4A 1MPCA 3B6WA 4U22A 4IO5A 4GFRA 2A5SA 2O1MA 4YICA 1USYE 3MZ1A 3O6HA 1P1OA 4KHZE 3GZGA 1BP5A 4GOTA 1M5BA 1NFTA 2DVZA 1RYOA 3H03A 2XD2A 2XX8A 3T9VA 5I2KA 3R26A 3OD7A 2E1SA 1FQAA 3PD8A 3M3FA 3IOTA 4ECFA 1MRPA 3K0VA 3DRHA 1TFAA 3SEXA 4BDNA 4ONYA 5CMBA 2ZNTA 4THIA 3IK6B 4X48A 3KOSA 5H8HA 1VE4A 1B5JA 1A55A 1B4ZA 2V84A 1FQEA 1B05A 4E0XA 4QHQA 4F3BA 2BJJX 1VSOA 1MQHA 3FATA 4NF6A 4C1TA 1FW0A 2ZNSA 4HW8A 3QXMA 3WAEA 1OLCA 4IY6A 3MVZA 4GVOA 1MXZA 3CG1A 4OFLA 2QMXA 3K1NA 2PX1A 3PGFA 4GL8A 3K6WA 5JTYA 3PV0E 3GBAA 3USDA 5KDTA 1MY0A 1O7TA 2I4CA 3RN8A 2OBGA 2PT2A 4YZZA 3SERA 3H6TA 4RYAA 2PT1A 2OWSA 1ZJLA 3SKPA 3S2VA 3T93B 2F97A 4FE8A 4XKQA 1MDQA 1GVCA 3FIRA 4U4XA 1LFIA 2NUVA 2RKMA 4QFPA 1B32A 1NH7A 2E0SA 2UVIA 1FQFA 5EHSA 4TOZA 4ELPA 3K4UA 1XVYA 2QMWA 3H06B 2XX7A 1FQDA 4F1UA 5HPQA 1JEVA 1Y3NA 4ZE8A 2B3BA 2F6GA 3BBRA 3BFUA 3CSGA 1OQGA 4ZEIA 1IITA 2QPQA 4WEPA 3U92A 4F31B 1YPNA 1PB7A 4OZ9A 4R73A 1JW4A 1AIVA 1EZOA 4OXVA 2UVJA 2A5TB 4M4GA 2Q2CA 1B3LA 1QKBA 2XXYA 2ZYKA 3DM0A 3E13X 3FVOA 4ZZEA 2M8CA 5L9SA 2Q88A 3H6UA 2Q9TA 4XXUA 3CI8A 3OENA 1MH4A 1H76A 2ABHA 2REJA 3VXCA 4WXJA 4RY1A 2XHDA 3E4RA 5AE4A 4DCXA 2RCBA 3GBBA 1PBQA 3CRBA 3CR9A 4GIZA 4U23A 3M3KA 3MPLA 3DP4A 2UYEA 3PMVA 4NF4A 4LQ2A 4YMAA 1MXXA 1JVXA 1QJMA 1Y3QA 2I6EA 4EF1A 4YAHX 3O9PA 1Y3PA 2P1SA 3TFLA 3U8QA 2H25A 3MQ9A 4LP2B 4N6PA 3ZKLA 3DRGA 5CC2A 5I59A 2RC8A 1SI0A 2DE3A 3IJOB 3KGCA 1SI1A 1AOVA 4QFOA 4OWDA 1MXUA 2ONKE 5CI5A 3JZJA 4OYVA 3A09A 4Z0IA 2YJPA 2GHAA 3FZVA 2ALUA 3UK4A 3Q29A 3VFJA 4JWOA 3VDFA 1S50A 3W15C 5AA2B 4Z7EA 3O6PA 3TYHA 5CMKA 3HHGA 4QRZA 3OXNA 4H8JA 3I5OA 4LATA 4R6YA 4R2FA 4R72A 3RQTA 5I2KB 5I58A 1FCKA 1LAFE 1POTA 1R9LA 1SYIA 2XX9A 4R2BA 3SDFA 3TTRA 1IXHA 4PFTA 3JYRA 2V93A 1I69A 2Y7PA 1B3GA 3KSJA 3TCGA 3C34A 3DELB 3PUYE 5H8QA 2DQVA 1AMFA 4QFKA 1DOTA 3AXFA 3DP8A 3FXQA 3G3HA 4E0WA 2HAVA 3OSRA 2LAOA 5I56A 4HCYA 1NL5A 5JTYB 1P1NA 5TPAB 4ZEFA 4C0RA 2I3WA 5ITPA 2UVHA 5H8FB 2HZKA 3TTKA 4AB6A 4LZ5A 3GLBA 1IIWA 1M5CA 2QJEA 2FA7A 2OZZA 1ZMGA 4QFLA 1MM6A 1LB8A 2ZYOA 3ZS6A 3EHSA 3FJ7A 4Q0CA 2PBWA 3MW0A 3VLUA 3KFMA 4F3GA 4G68B 4NWCA 3UIFA 5CBRA 5AA2A 1P1UA 3TEPA 1MH3A 3PPNA 2QS2A 2NWJA 3KSXA 1B7HA 1FQCA 1SQYA 2P0SA 3IOWA 4NMYA 3LUYA 5DT6A 1B1XA 4DLDA 1QW0A 1US5A 3QAXA 2FYIA 3SESA 3CSBA 1NNFA 1FTMA 2HFBA 2O68A 1UIUA 4PFUA 4H67A 5H8NB 3VVDA 4ZEBA 3RTFB 1MG1A 4OMBA 4WEDA 1I6BA 1LSTA 2ESNA 4YKPA 1CB6A 2R6GE 2X7QA 1FTLA 3C36A 1MQDA 3MP6A 2HEUA 4BDMA 1USYH 1UTHB 1QUIA 4BDOA 3TPAA 1IZ1A 4PP0A 5JK4A 1MY3A 2HAUA 2Y7WA 5FTIA 4EXKA 4H1XA 5DVFA 1MY1A 2O7UA 1MXYA 2OWTA 3IL1B 4TLLB 3T9UA 3H4ZA 1XOCA 3N5LA 4I8CA 2HCAA 1KWHA 1Q1KA 4MH5A 4NF8B 5EYFA 5H8QB 1Z7NE 3BFTA 3PPRA 5I56B 2ZYNA 4FAJA 2AL4A 2XXPA 1XS5A 2I48A 3ZSFA 4RPNA 3SEUA 2QSXA 4FATA 4KPTA 2A5TA 4MF3A 3DRFA 3HN0A 3H7MA 4FECA 3B7DA 3KEIA 4NWDA 1I6AA 4GQOA 4RK2A 3FVKA 1JW1A 1GV8A 3OOAA 1PBPA 3TZAA 1PB8A 3K1PA 2V3TA 3V89B 1EZPA 3A3CA 4GXAA 2PYYA 2DYXA 2O6AA 3IO6A 1JEUA 3E9XA 3OMBA 4LONB 4IO6A 1Y20A 1LCTA 1HSJA 4JSDA 3DRJA 2I58A 4OENA 4X9TA 1Y4TA 3IORA 3PMWA 1MQJA 4DZ1A 2DOJA 5HBCA 5BWJA 1Y9UA 2HQ0A 5I59B 1UIVA 4PFYA 2NXOA 3H6VA 1T0KA 5CMMA 3MPKA 2RF1A 4OFOA 1Y1MA 1DMBA 3I6VA 2O1LA 1O63A 5TP9A 1LAGE 1US4A 2DWIA 3O29A 3U1OA 5HM4B 4NF5B 4BDRA 3ECRA 1H44A 1DTGA 4RJZA 1YTVA 3O66A 1P1QA 4P0IA 5K2YA 5B7DA 3QYTA 4JXIA 1MS7A 1IQ7A 2DVCA 1NNPA 3QSLA 1XVXA 1DPEA 3U94A 2G93A 4U21A 4ZDMA 1OLAA 4G2ZA 1QULA 3MZBA 5I84A 3K02A 2XD3A 3FASA 3L6GA 2B4LA 1Y1ZA 4JB7A 4ESXA 4EQ9A 2H4IA 2H5YA 2QS4A 4NEDA 3JV9A 3MAMA 5DVJA 1POY1 1B40A 3FVNA 5L8DA 3MC2A 4U2RA 1B7UA 2I0CA 3Q25A 3FUZA 5DVIA 3TKDA 2GH9A 2F6PA 1AH5A 1MQIA 3LVUA 4R6HA 2CZLA 4N07A 1HSLA 4LUBA 4POWA 5LOMA 3RYBA 1XC1A 3Q28A 5DEXA 1PC3A 1LBBA 4U1ZA 1IEJA 3EHUA 3G3JA 4IY5A 2IEEA 3FXUA 4YKKA 2DE2A 1A8FA 5TP9B 2O84X 5BUUA 2RC7A 5EHMA 1N7WA 4EUOA 3S9NC 4ZECA 2UVGA 2X26A 2THIA 4KD5A 4QSDA 3OO8A 4ISUA 3THIA 3V5AA 4F2QA 1TWYA 2R71A 3S4UA 2Z8EA 4H5FA 5K2XA 5AA1A 3CVGA 1NKXA 4F19A 4EDPA 3ODBA 3N26A 2XXHA 3IO4A 2Y84A 1LLSA 4KYEA 3K6VA 1TT1A 2QS1A 5CM6A 3T9HB 4GXSB 1A7LA 3PUXE 2P2AA 4MLQA 4M1VA 5CBSA 2UYFA 1B52A 3IB1A 4OHNA 3TTLA 1ATGA 3K01A 2F5XA 3OELA 3W9WA 4G4PA 1II5A 4EQBA 5AA3A 1R6ZA 4O3BA 3RLFE 3D4GA 3GXAA 5A5XB 3T22A 1MXVA 2V3UA 3EHTA 1DPPA 3LSWA 1H45A 1MDP1 3VE1B 3MBPA 1B0HA 4OERA 3H6WA 2VHAA 3MUQA 3MWBA 3N6TA 1EZ9A 4P0GA 2F7BA 3HSTA 4YU0A 2G29A 4DE8A 1LCFA 4BLAA 1B0LA 3HO7A 3OSQA 3TCHA 2IA4A 4HS7A 1MM7A 1UTHA 1N3XA 3LSLA 5DTBA 1B5IA 4GF8A 4DCYA 4ELRA 3TDJA 1URDA 5J1DA 1N0TA 3EPEA 3MZ9A 3TCFA 4H65A 4F1VA 1EH3A 3KZGA 4F29A 1NMUA 4R75A 3C35A 3MVWA 5KZTA 3HV1A 1M5FA 1SW1A 1XHYA 3G3FA 4KQPA 4KYSA 1P1WA 3G3GA 4XIGQ 5ITOA 3TUSA 4LZ7A 5FHMA 3K6XA 3UP9A 2ANJA 4XKRA 3M8UA 5L9OA 3PUZE 1R9QA 4KCDA 2D3IA 3CFZA 3PUWE 2DSFA 1B3HA 4X1BA 1M5DA 1OMPA 2VGQA 5CRYA 2DWHA 1GR2A 3PPOA 1BTJA 1O64A 1B3EA 1S7YA 4GRKA 3UN6A 3RT6B 3RGYA 3RT8A 1FTKA 1L5TA 2DS9A 4ZEKA 1EU8A 4DXBA 4OTEA 2H9BA 4IGRA 4BDQA 2OK2A 3K2DA 4MFIA 1H43A 4G77A 4QF9A 1PEBA 1IXIA 3G3KA 1WVJA 3PAMA 4UA8A 1B58A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R8TA 2I4BA 1SYHA 2ONRA 4LQ5A 1R1NA 4LA9A 2ONSA 4MJOA 1VFEA 3RUMA 3O2AA 1GTKA 2Z22A 1NV7A 3MVYA 3QUFA 2O69A 4I9DA 3OO6A 1FTJA 5I7IA 4FEDA 3P7IA 4OVPA 4K3FA 5H8FA 1D9VA 3K1MA 2DXYA 2Q89A 2W7YA 3L6HA 4OVJA 2AIXA 1LGBC 1UTBA 2V25A 4PFRA 4YKIA 1B1HA 4I1DA 2R9JA 2F78A 1SW4A 2YLNA 3FXRA 2B3FA 4JVCA 1PB9A 2Z8FA 1G0IA 2CEYA 3FJMA 3VXBA 1URSA 2VP1A 3TQLA 2DE4A 4F39A 4N8YA 2X7PA 4GX4A 1BKAA 5ELVA 1JETA 4F22A 5KCJA 4NF4B 2D5WA 1WDNA 2DDKA 5I2NA 4H6DA 4F3PA 3ONMA 1MXWA 2PVUA 2RCAA 1OQHA 4PAKA 4I3EA 1LFGA 4JWYA 4Q30B 3T96B 2DXRA 4NF5A 3VV5A 1ZKBA 1N7XA 5ICQA 2REGA 5AA2D 2GRVA 2FVZA 3RNNA 2F7AA 3FV1A 1WODA 3IOVA 5AA4B 1MPDA 1K9YA 4ELQA 1NH8A 4G8NA 3UORA 4P1LA 2DP8A 4POXA 1LBYA 4O3CA 5L9MA 4GLIA 4YB6A 4PFWA 2OJTA 2ZYMA 3C32A 1K9ZA 2CMOA 1A54A 1RKMA 3V83A 1JNFA 4R9GA 2F35A 4PQJA 1EYJA 4O8MA 5I57B 3B6TA 4XF5A 5H8NA 4PC9A 4OETA 1D9YA 2PMSA 4IB2A 1IXGA 4GWXA 1Z7ME 4GWOA 4QSEA 2WOLA 4R9FA 3HPIA 3HCQA 3LC8A 1MQGA 1FJ9A 4O3AA 2YPNA 3KJTA 4JBZA 2OX3A 1DCUA 5I5PA 4GFRA 2O1MA 3O6HA 1P1OA 1M5BA 2E1SA 3IOTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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