5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
molecule tags Peptide binding protein
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
1SQYA 1MQGA 4KFQA 4JXIA 4NWDA 1MXWA 5AA2A 3KN8A 3I6VA 2V93A 4KPTA 4G4PA 5I57B 4JDFA 4DLDA 1VFDA 1DMBA 4YB5A 4C1UA 1KWHA 4WXJA 2Y84A 4IY5A 4HS7A 1LAGE 4Q8RA 4QFOA 1A55A 1LAXA 2RC8A 3IO4A 3KSJA 4N6PA 4YB6A 1WVJA 2RCAA 2D21A 4G68C 4DDDA 1A8EA 2FYIA 2DWJA 3N6UA 5TP9A 1PB8A 2E0SA 3TAJA 4ELQA 4ZZEA 3FXRA 2Y7KA 2R9JA 3ECRA 3FZVA 1VE4A 5CMBA 3QUFA 3T9VA 2I4CA 4DE8A 2F6GA 1GVCA 3IO6A 3OSRA 4F18A 2XXVA 3G3IA 4OXVA 2Z8DA 1SDXA 3KEIA 3SEXA 1JW4A 4OZ9A 1MXXA 4NF8B 1FW0A 3VXCA 5FHNA 2G93A 2QJEA 3RUMA 2G29A 4NF5A 2UXAA 3G3KA 1R9QA 3O6IA 2A5TB 4ZDMA 4JB7A 5K2XA 3A09A 3C36A 2QSXA 3O6PA 3MPKA 1AMFA 3DRIA 3RLFE 4NE4A 1M5BA 2Y7PA 1MXUA 1UTBA 3RQTA 4E0XA 3JYRA 4ZECA 5CM6A 4U23A 4ZE9A 4U4XA 4RA1A 1YCJA 4H8JA 3TTRA 5EHMA 3CFZA 4HW8A 1TWYA 4NMYA 3PUYE 4IY6A 3R6UA 2ZNUA 4R6KA 1JNFA 2I49A 5KCJA 4IO2A 2Q2AA 2NOOA 4EDPA 3KN3A 3M3FA 2B4LA 1WODA 1P1OA 5AA4B 3OO7A 1I69A 2Y7RA 2XHDA 5L9SA 3CG1A 1ZJLA 4ZEIA 3RYAA 4EF2A 2REJA 3Q27A 2Y7IA 1MXYA 1B0LA 4TLMB 4KCDA 1LB9A 2YJPA 1MH3A 2ZXTA 3MAMA 4LP2B 2FNCA 3U94A 2YLNA 2ONKE 4GXAA 3N6TA 1OMPA 3K00A 2OWTA 3CFLA 1I6BA 4JSOA 1H3DA 4DCYA 4ZEBA 4LONB 1MXVA 4L17A 3PMWA 1B4HA 3VLUA 1USYH 3K0VA 5CBSA 3MJNA 3H6TA 1JW5A 3G7WA 1OLCA 3KG2A 4U1OA 2B65A 1ZKBA 3O29A 1LCFA 1M5EA 4IO6A 1WDNA 2DE4A 2F8DA 5AA3A 1URSA 5H8HB 4P0IA 4TOZA 4LVQA 4ZS9A 3MP8A 2B3BA 3D4GA 4KQPA 3GBAA 1S7YA 3LSWA 5DTBA 1SW1A 2Q2CA 1FCKA 2X26A 5H8SA 3O2AA 4Z7EA 3U8QA 2XXIA 3QSLA 4BLAA 1N7WA 4ZEKA 2AL4A 1ZMGA 1PBQA 1QJMA 3CR9A 1A99A 5I2KA 1L5TA 1D9VA 2ONSA 3ZKLA 2UVIA 5I56A 4G8NA 3CIJA 2O68A 3IB0A 3W9VA 1ZTYA 1SVXB 4YMBA 1EZOA 4N07A 3FVKA 2UYEA 2XXHA 1AL3A 3T96B 4DZ1A 3S9LC 3T9XB 3M8UA 3KGCA 1MH4A 4ZEFA 1B2HA 4QSEA 3M3KA 1LAHE 3K6WA 2WOLA 5CC2A 1PEBA 1SI0A 2DYXA 3UP9A 2XXPA 3KOTA 4F31B 5CMKA 1B5IA 3QIMA 3G3JA 3PPPA 3IB1A 5L9OA 1XOCA 5BWJA 3ZS6A 3R26A 2I4BA 2DQVA 1SBPA 1AIVA 2DXRA 4RXLA 1TXFA 5CMMA 2OLBA 3S9NC 3PAMA 4THIA 3PUXE 4U2RA 2XXTA 2XX9A 1YAEA 2ZYNA 1MDQA 2V84A 1B46A 3EHSA 1SYHA 1UTHA 1XS5A 3QAXA 3PUZE 4F3PA 5H8NB 3V83A 1B5HA 4IO5A 1OVTA 2Z22A 4RYAA 4LA9A 1MG1A 1CE2A 3RY3A 4LZ5A 1UIVA 4X1DA 5ICQA 1FTLA 5H8QA 1YTVA 1MQHA 4MH5A 3VE1B 2O84X 1Y1ZA 4WKMA 3SEWA 1DTGA 2NUVA 3LBSA 3VLWA 2QS3A 1S50A 1PB7A 2I0CA 3EPEA 1B32A 3PMXA 5BUUA 2RKMA 3TTLA 4NTLA 2Q88A 3QYTA 2ZYMA 1B9JA 4F22A 1HSJA 3DP6A 1MRPA 4ISUA 4YB7A 4EXKA 4KI0E 3TFLA 2PYYA 1T0KA 1PB9A 2HCAA 3B6WA 1B7HA 1NNKA 5ITOA 1GV8A 3ZSFA 3HCQA 3MW0A 3IJOB 2D3IA 5DEXA 1QUJA 2PT1A 1R6ZA 4GL0A 3SESA 3ONMA 3HV1A 3JV9A 1JVXA 1TFAA 2Z23A 3PPRA 1A7LA 1MQIA 2D5WA 5KZTA 1J1NA 1M5CA 1SD3A 5L8DA 2ZMBA 4TLLB 5JTYA 1IEJA 5H8NA 3EN3A 3DRKA 2O7UA 4PFWA 3S2VA 4H5GA 1URGA 3V5AA 2O6AA 3SERA 3FVNA 5JK4A 4KR5A 4ND9A 3H03A 2HQ0A 5DT6A 1OLAA 2I48A 4QSDA 4BDMA 4XKQA 5L9MA 1MPDA 5AA1A 5CI5A 4G77A 2RF1A 1JETA 4MFIA 4BDRA 1IZ1A 3TTMA 3K01A 1ATGA 4N13A 3G3GA 1UQWA 1TT1A 1LBCA 3HPIA 3OEMA 3I5OA 4QRZA 4ECFA 1MY4A 4RK9A 1VFEA 3OELA 3K02A 4F3GA 3OMBA 3FVOA 3MVXA 3PGFA 5B7DA 1B58A 3LSXA 3QUJA 2DVCA 3A3UA 5TU0A 3QK6A 2I0BA 3TCHA 2H98A 4F29A 2PT2A 1PC3A 3O9PA 2OCUA 1FQCA 2GH9A 3IOVA 5DVJA 3TUSA 2VOZA 4H65A 1A8FA 2QL3A 3BFUA 2HEUA 5HM4B 1QKBA 4Q30B 4HCWA 3SETA 2OBGA 4NF4B 5I59A 4X1BA 1CB6A 2REGA 4EQ7A 4BDLA 1H44A 2RC7A 3IJXB 1F9BA 4NWCA 5I58A 5FHMA 4I1DA 4H8IA 3HO7A 1QULA 3OD7A 1IXIA 5EHSA 4GWOA 4Q0CA 3O6GA 3CG3A 1MQJA 2QMXA 4PFUA 5KDTA 3VV5A 4R75A 4EQBA 1B4ZA 2AYSA 2A5SA 4PFTA 3EHUA 2R6GE 5DVFA 2WOPA 4G2ZA 3WAEA 2F7AA 3OEKA 4JBZA 5H8FB 1DOTA 1B40A 3K4UA 3MWBA 2WKYA 5I57A 1B3HA 1MQDA 3PV0E 2Z8FA 3C35A 3U92A 4IO3A 2AL5A 1EZPA 1NL5A 1ELJA 3OOAA 2F78A 1MS7A 4LQ5A 3TCFA 3SKPA 4IO7A 1FQFA 3TQWA 2V3UA 2RINA 3C33A 4FEBA 3MVYA 2H4IA 5I84A 4FIMA 3EHTA 5ELVA 4ESXA 2X7PA 3UA8A 2UVGA 1OVBA 4XIGQ 1NNFA 1LFGA 4QFNA 2HAVA 1FQAA 2V25A 3G3HA 1B6HA 1UIUA 2W7YA 4ESWA 4X9TA 3LVUA 4PFYA 3CFXA 2DSFA 4GQOA 1FTMA 3B7DA 4IGTA 3KSXA 3Q29A 2XXXA 3O97A 4OFJA 4R9GA 4EUOA 4NF8A 4F39A 3GZGA 3IOWA 1IITA 2A5TA 1MY2A 3K2DA 2VHAA 1O64A 2V3TA 3K6VA 5DVIA 5AE4A 3C34A 4I9DA 1Y3NA 1Y1MA 3FXQA 2DOJA 3BFTA 1ZU0A 1I6AA 3L6GA 3IR1A 2Q89A 3MZBA 4O3AA 2DWHA 1RKMA 3OXNA 3USDA 4E0WA 2I3VA 1B05A 4OEUA 3Q25A 3UK4A 4DXCA 3TTNA 2IEEA 2WOKA 4XXUA 3PPNA 1MM7A 1B7UA 2ZNSA 3MQ9A 4OFOA 5F7VA 1QUIA 3KBRA 2DE2A 3E9XA 3N26A 5AA4A 3GBBA 4EXLA 1O7TA 2BJJX 3RTFB 3SEVA 4F2QA 5I2NB 3CSBA 5ISUA 2HAUA 2I6EA 3MPLA 4NF6B 4OESA 1MPBA 1NMUA 1TFDA 4X48A 2PBWA 1DPPA 5TPAB 4OWDA 4MF3A 1FQDA 1VSOA 1A54A 4AB5A 1JVYA 3TQLA 3E3KA 4R73A 3VVFA 3LSFB 2QS1A 5CBRA 3G3FA 5FHOA 1B3GA 3D4CA 3UGWA 4PQJA 1XHYA 3C9HA 1N3XA 4FJPA 1JEUA 2O1MA 4OENA 2P1SA 4QFKA 1US5A 3H06B 2P2AA 4BDOA 3EF7A 3BBRA 1N76A 4EF1A 3RGYA 1Y3QA 4F19A 3Q28A 5H8HA 1MY1A 4UACA 4YKKA 1I6QA 1YPNA 4H6DA 3S4UA 3U93A 5M2VA 1NNTA 1ZLQA 2UYFA 2ABHA 1PDAA 2F35A 1OQHA 3TMGA 1QUKA 4Z0IA 1DTZA 1MDP1 3MC2A 2F97A 4GD5A 3RNNA 4DXBA 4U1ZA 4G68B 3DRJA 4POXA 4NEDA 3KOSA 5A5XB 3B6TA 2FA7A 2GRVA 3MBPA 3P7IA 2F6PA 3E4RA 3OO6A 3KFMA 4F1YA 4LATA 3B6QA 3DELB 4RK2A 1Y20A 1GTKA 2RCBA 5DYHA 2CZLA 4H1XA 3SDFA 3JZJA 3VXBA 2IA4A 1B3FA 5AA2D 4LZ8A 2QMWA 1Y3PA 1H45A 4AB6A 2R71A 3MP1A 3TTKA 3MUQA 1US4A 3FXUA 2DS9A 1LFIA 2VD3A 4GIZA 2YPNA 3IL1B 1EU8A 3W9WA 2NVUB 3DP8A 3FTOA 4U21A 3LSLA 1URDA 3BKIB 5ITPA 4KD5A 5FTHA 2H9BA 4YMAA 2HZKA 3KZGA 4ZE8A 3DP4A 2O7IA 3FV1A 2DP8A 3M3LA 3PD9A 2F34A 2DWAA 4OVJA 5TP9B 1P99A 4RNSA 4R2BA 3U1OA 4BDNA 3HN0A 4R6YA 4R74A 1R1NA 1XVXA 3O6HA 3UN6A 3VVEA 4OFLA 2OJTA 1BP5A 1H43A 3TDJA 1N84A 4FAJA 2OK2A 4F3SA 4MLQA 1P1UA 3RPWA 2I3WA 4FEDA 3FVGA 1SW5A 1B5JA 4NF5B 1LFHA 4P0GA 1AH5A 3CSGA 1OQGA 3RTWB 2M8CA 4IGRA 3VFJA 1B51A 4PP0A 3IOTA 2O1LA 1FQEA 2XXWA 1A40A 3FGSA 3E13X 1BTJA 3SEUA 1EZ9A 3ILTB 1LLSA 3F11A 3CVGA 1FTKA 2UVJA 4POWA 4GF8A 4WEPA 1UTBB 5JEIA 5J1DA 3DLNA 3UIFA 2ZYKA 2PVUA 3T9UA 4ZZAA 3Q26A 2XD2A 4Q5TA 2QS2A 4R2FA 2VGQA 3IK6B 1EH3A 1ZIUA 2PX1A 1MY3A 5KCJB 2VP1A 1QW0A 4QSCA 3A3CA 1R9LA 3TELA 1Q1KA 4GLIA 2B3FA 3DRFA 4KYEA 4JWXA 4BDQA 2F7BA 2ONRA 3GXAA 1HSLA 4RPOA 1USYE 1ZBMA 3FJGA 1NNPA 2NXOA 5IAIA 4C1TA 3TODA 2XX7A 2ANJA 3H6UA 1DPEA 2XXQA 2DVZA 1QKAA 4DXUA 2XXUA 3CI8A 4DIGA 2HFBA 3KN7A 1O63A 2F36A 4KCCA 3WAFA 3PMVA 3S9EA 1M5DA 1D3KA 3W15C 3K1NA 2P0SA 3VDFA 4TQUQ 1BLFA 3PUVE 3OENA 1P1QA 1NH7A 4KYSA 4RY1A 2XXYA 3MP6A 4R6HA 2ESNA 3N94A 4R72A 3U72A 3LR1A 4DCXA 1II5A 1PBPA 3PPOA 1SW2A 1BIYA 1Q35A 5LOMA 3TCGA 1Y9UA 2QPQA 4R9FA 1N04A 2LAOA 4K3FA 3C4MA 3TEPA 2DXYA 2F7CA 4XTCQ 1P1WA 4WEDA 4NF4A 2I58A 1MM6A 4AQ4A 3S9MC 3FIRA 5I2KB 1M5FA 2NWJA 2CMOA 2OWSA 5I56B 1NFTA 1B1XA 4ONYA 3DM0A 3K1MA 1B3EA 1POTA 4IB2A 4F2OA 3IAZA 1IXHA 3EQ1A 3OSQA 1NH8A 3MVWA 5CRYA 1IXCA 3RYBA 1DSNA 4H5FA 3VVDA 1D9YA 5EYFA 3FD3A 2O51A 3ILUB 4I8CA 4HTGA 3CHGA 1B1HA 4P11A 3VLVA 1FTOA 3O66A 2DWIA 4OQOA 3PD8A 4YZZA 1Z7ME 2F5XA 5H8FA 2V3QA 4G8HA 3IB2A 3THIA 1LGBC 1POY1 4GVOA 1LBBA 3C31A 3C32A 1B7ZA 1LB8A 4O3BA 4OMBA 3H7MA 1Y4CA 5B70A 1IXGA 4MBPA 3RN8A 3H6VA 3ODBA 4G8MA 1P1NA 1UTHB 1FQBA 4KHZE 3V8XB 4U22A 4OYVA 2Q8JA 1SI1A 3LC8A 2KLFA 1Z7NE 1XT8A 3R7XA 2ZNTA 5H8QB 2O69A 1FTJA 1XC1A 1JQFA 3V89B 4KYDA 4M4GA 3ZKKA 3TZAA 3H4ZA 4EQ9A 4IO4A 4ELRA 1LSTA 4YKPA 4RPNA 3DRHA 1JEVA 5IKBA 2XXRA 3O28A 5HBCA 1MPCA 2UVHA 4C0RA 1IIWA 2GHAA 3UORA 3OO9A 2H5YA 4F3BA 4FECA 1IQ7A 3TKDA 3T66A 1MY0A 3RT6B 5CMCA 3RT8A 1XVYA 2OZZA 4YKJA 1AOVA 3FJMA 4YAHX 2HXWA 5ICTA 4I62A 2H25A 3IOUA 3FJ7A 4O3CA 4GL8A 4OHNA 3MZ9A 4FE8A 5DEXB 4FORA 1N0TA 1N7XA 3K6XA 4PETA 2X7QA 4XKRA 3HSTA 1VR5A 3T93B 4YKIA 2GHBA 2B4MA 3OO8A 3FUZA 1D4NA 5JTYB 3TPAA 1QVSA 1JW1A 3H3GA 3FASA 4ELPA 5K2YA 4QFLA 4MLVA 4JWOA 4UA8A 2H99A 4ZEDA 3DRGA 1SYIA 5I2NA 4FATA 4U4SA 4HCYA 4H0WA 3K1PA 4NF6A 4H67A 3KJ7A 3PU5A 4QHQA 3MVZA 4LQ2A 2VD2A 1MXZA 4GRKA 3T9HB 2RC9A 1S9TA 5AA2B 5TPAA 1NKXA 4M1VA 4OEVA 3AXFA 4GOTA 1B3LA 3I3VA 1BKAA 1Y4TA 4F1UA 2HZLA 1OIBA 3K6UA 5HPQA 1H76A 4GXSB 4QF9A 1N3WA 5FTIA 4XKNA 4LUBA 3CRBA 1B0HA 4QFPA 2QS4A 3FV2A 4GFRA 2AIXA 3KJTA 4OTEA 4JSDA 1IUDA 3IX1A 3MZ1A 1RYXA 4YU0A 3QXMA 2PMSA 4JWYA 2Z8EA 3H6WA 1LAFE 3TYHA 4ELOA 4XKPA 5I59B 4YICA 2QRYA 4OETA 1ANFA 4F1VA 3L6HA 3T22A 2XX8A 1RYOA 4LZ7A 1HSEA 5I58B 2XD3A 3N5LA 3IORA 2Q9TA 1B52A 5F1QA 1GR2A 3HHFA 1SW4A 4PE5B 3GLBA 2DE3A 4G68A 3SEYA 4RJZA 5KDTB 5A5XA 3PPQA 1LCTA 1GGGA 2ZYOA 3HHGA 2Y7WA 3FATA 3PUWE 2GFEA 4OERA 2THIA 3LUYA 2ALUA 2E1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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