5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Peptide binding protein
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
5CI5A 3DLNA 2F6GA 3TQLA 1Y4CA 3A3CA 1ZLQA 5L9OA 2GH9A 3HHFA 2CMOA 2HAUA 1MY2A 5BWJA 3K1PA 3PUVE 3HSTA 5ITPA 3CFXA 2H98A 4FIMA 3K6WA 1IXIA 4XKNA 1DSNA 2X26A 1DPEA 4OERA 3MAMA 3VVEA 3JZJA 3EPEA 1MH3A 3O6HA 4ELPA 1EZPA 3EQ1A 4F19A 3SERA 3M3FA 3FIRA 2FYIA 3O6IA 4GXSB 1O63A 4YAHX 3VXBA 1MS7A 3E13X 4DLDA 4F1YA 3FZVA 1FQBA 1SW2A 1MQDA 1R1NA 2UYEA 4ZECA 1MXWA 3F11A 2Q8JA 4G8HA 3TPAA 2PYYA 4GVOA 1WDNA 2F5XA 1MY0A 1P1OA 3U92A 4EXLA 1MXYA 1OMPA 1MQGA 4WEPA 4U1OA 3TUSA 1MY4A 3U94A 3UGWA 4EF1A 4TOZA 1URSA 2DXRA 2D21A 4OYVA 4H67A 3LUYA 4TQUQ 4MH5A 1QULA 3E3KA 1FW0A 3G3GA 3DRHA 3MVZA 5FTIA 3C31A 4YKIA 3CFZA 4O3AA 2DQVA 3FATA 3K01A 4Q30B 1FTMA 3MPKA 1YAEA 2Q88A 4P0GA 3IOUA 1SQYA 2G29A 3VLVA 3V5AA 3TODA 2F7AA 1ZBMA 4POWA 3VLWA 4OHNA 3UK4A 2XXIA 2RF1A 3ILUB 3VDFA 4R72A 4K3FA 3TELA 4NF8B 1QUIA 3VFJA 1MQIA 1Y3PA 1JNFA 4OWDA 3LVUA 2ZYKA 2DWHA 1H76A 4FAJA 4IO7A 4XXUA 4PFWA 4WEDA 4YB6A 3PV0E 1UIUA 3HV1A 4NF5B 4YU0A 4JWYA 3DRIA 1II5A 2ONKE 1NNTA 2HXWA 2V3TA 1YCJA 2Z8FA 5DVJA 3SDFA 3ONMA 4ZS9A 3MVYA 4GL0A 3KGCA 2NOOA 2O68A 1KWHA 2ZNTA 2XD3A 1PB8A 3PD9A 4F29A 3AXFA 1A8FA 3G3HA 3FJ7A 2KLFA 2HAVA 4H1XA 4PQJA 4NMYA 4Z7EA 4HCYA 1Y1MA 2VD2A 3QAXA 3THIA 4JSDA 4MFIA 3Q27A 3TFLA 2AYSA 3K6VA 1DOTA 3FVOA 3OMBA 3E9XA 4NF8A 1N76A 1TWYA 1GR2A 3GBBA 3CVGA 1B9JA 3TKDA 5B70A 1FQCA 4RPOA 4NF5A 2ZYMA 3TCFA 3K1NA 3GBAA 1ZJLA 5FTHA 3K6XA 1PBQA 2HZLA 4QSDA 4IGRA 3TCGA 1ZKBA 4EUOA 1JW4A 2DXYA 1MXUA 1MDP1 5CMMA 4M1VA 1FCKA 4QFPA 4R2FA 1BTJA 4LONB 3T9UA 5F7VA 2F35A 1R9LA 3TZAA 1IQ7A 1RKMA 3O6PA 3FXRA 3MWBA 1LCFA 1LB8A 1SD3A 4IO4A 5H8SA 5ITOA 3HO7A 4DXUA 3I5OA 4ZZAA 4YKPA 4BDNA 1B2HA 1M5FA 2RKMA 3K2DA 2V84A 2OZZA 2UVIA 1N7XA 4NF6B 4YB5A 5EHSA 4QSEA 2FA7A 3G3IA 4RK2A 1DTGA 4EDPA 1YTVA 4GWOA 3KOSA 1P1QA 3SEVA 2PT2A 4YMAA 3BKIB 4H8IA 1JVXA 2H9BA 3Q28A 2GHAA 1US4A 4IO6A 5L8DA 2PT1A 1VSOA 4H6DA 3OEKA 1B58A 2RINA 2V3UA 3RTFB 5EYFA 2OWTA 3LR1A 4BDRA 2I48A 1ELJA 4TLMB 4AQ4A 1VFEA 2ZNUA 4MF3A 4OFOA 3JYRA 4EQBA 1LB9A 3RT8A 3C33A 2QS1A 1LGBC 4E0WA 3IK6B 5FHOA 2XXTA 3CRBA 3JV9A 3S2VA 2I0CA 4OXVA 3KSXA 4ZE8A 3N6TA 5BUUA 3A09A 4KHZE 4BDOA 3FVGA 4OMBA 1SI0A 3C35A 3W15C 3TTNA 1XC1A 1N3XA 4C1UA 3RQTA 2H4IA 4X48A 4RK9A 3U1OA 3T66A 3EHSA 1H44A 4PFUA 1SYHA 3OENA 4FATA 3TMGA 3FUZA 4Q0CA 3C34A 3EHTA 3BBRA 3KFMA 4TLLB 1OVBA 3SKPA 3ECRA 1S9TA 2A5SA 3OO7A 5DVFA 4H0WA 2H25A 2VP1A 3IJXB 4R6YA 1IITA 1B7UA 4GLIA 4Z0IA 3IO6A 4BDMA 1A55A 1UTHB 4ZEFA 4R73A 3MZBA 3UA8A 3KZGA 4ISUA 4YB7A 1GTKA 3O29A 4IO3A 4UA8A 5CM6A 3LSWA 1P1WA 3VXCA 1LAXA 1H45A 4BLAA 1POY1 1TFDA 4ZEBA 3QUFA 4G2ZA 1B7ZA 1EZ9A 4OESA 4O3CA 5AA2D 3DM0A 1IZ1A 3KBRA 1Z7NE 2ANJA 5CBRA 4F39A 1B1HA 4P0IA 3O9PA 1RYOA 4Q8RA 4RNSA 2P1SA 4OTEA 4N07A 4DCXA 4IB2A 3T9VA 4G4PA 1SI1A 1UTHA 2Y84A 1JQFA 3H6VA 1SYIA 5TP9B 4GD5A 2Z8DA 4FJPA 1JETA 2Y7IA 2B4LA 4NEDA 4YMBA 4ZE9A 5AA3A 2W7YA 4YKKA 3WAEA 3FV1A 3B6WA 1B3EA 3PU5A 4EQ9A 1USYE 5AA1A 4XIGQ 3FXUA 3PMVA 3RTWB 1QVSA 1QUKA 4HTGA 4OFJA 1VE4A 1M5CA 2O6AA 4KI0E 4GOTA 1NH7A 4GL8A 2XXYA 2P0SA 3PD8A 5A5XB 5I58A 5ICQA 4R6KA 5EHMA 3IB0A 4F3PA 2ONRA 2F7CA 1B0HA 2G93A 1N84A 3V89B 3FXQA 2NWJA 4POXA 1LAGE 5TP9A 4IO2A 2F36A 1PEBA 3IAZA 4JB7A 1M5DA 1GGGA 2HZKA 1IUDA 1B4ZA 1N3WA 2XXVA 1MPBA 1UQWA 2B3FA 3VV5A 2OCUA 3PUXE 5H8FB 1IXHA 2ZYNA 5DTBA 3RT6B 4C0RA 4QHQA 3MP1A 3TTLA 2ONSA 4F31B 4DDDA 1MY1A 1RYXA 1Y20A 4RY1A 1URGA 2H99A 3A3UA 4F1VA 1SW4A 5A5XA 2O7IA 5AE4A 1MPDA 3BFTA 4U4XA 4OEVA 3T93B 4QFOA 3FTOA 4KFQA 5J1DA 4DIGA 3HN0A 2O51A 3GZGA 3VLUA 3P7IA 1JW5A 1JEVA 4ZEIA 4PFYA 1MQHA 1LAFE 1US5A 2IA4A 5HPQA 4DCYA 2GFEA 2QL3A 4DZ1A 3H6WA 2UYFA 1Z7ME 1ATGA 5AA2B 1MPCA 2DE2A 2XD2A 4GF8A 1OLAA 4H5GA 4U4SA 3DP4A 2BJJX 3PUYE 1R9QA 4KD5A 4I1DA 5JTYB 3PUWE 1FTLA 3Q25A 4HW8A 1QKBA 1N04A 1B3GA 2I0BA 2REGA 2OWSA 4F3SA 3M3KA 3O28A 4HCWA 1AL3A 3OO6A 3CIJA 3G7WA 3HHGA 4EF2A 4GQOA 3USDA 3B6QA 3PAMA 3OSRA 2QSXA 4JWOA 4R6HA 5ELVA 2UXAA 3TDJA 2R6GE 2R9JA 3IOVA 1M5BA 3IOTA 2AL4A 4LATA 2D5WA 4GRKA 3DP6A 3K6UA 3RYBA 4NWCA 1B3FA 1OVTA 3L6HA 3KJTA 1USYH 5AA2A 1TFAA 3PPOA 2OBGA 3E4RA 5I56B 1B4HA 4FEBA 1OQHA 4XKRA 3PMXA 5JTYA 5AA4B 1A7LA 3TTRA 2NVUB 1B32A 3O66A 3W9VA 5IAIA 2XXPA 2DVCA 2AL5A 1ZTYA 1FQEA 3SEXA 4I8CA 2R71A 5K2XA 2QJEA 4XKQA 3MPLA 3QSLA 1A54A 3IX1A 4DXCA 1JW1A 1PC3A 2XXRA 4QFLA 4F1UA 3VVDA 3V8XB 4RA1A 1LFHA 1I69A 3H6UA 1SBPA 4R9FA 1NH8A 3RNNA 4ND9A 1Y4TA 3S9LC 3UIFA 3C4MA 4L17A 3ILTB 5FHMA 4M4GA 1N0TA 2HQ0A 5I56A 4LVQA 3O6GA 3T9XB 3H03A 1DPPA 4X9TA 3IJOB 5H8NB 5L9SA 2V25A 5AA4A 1JEUA 1JVYA 4LQ2A 2QMWA 3G3FA 2Z23A 1B6HA 1QKAA 2V93A 4GFRA 4EQ7A 1I6BA 4PE5B 3RYAA 2B65A 2PMSA 2YPNA 5ISUA 2QRYA 4LP2B 4R75A 3LBSA 4NTLA 3C9HA 2DWJA 1NNFA 4N13A 5M2VA 4EXKA 1Y3QA 2REJA 4NF6A 2ZNSA 4P11A 3KEIA 4G8MA 4F2OA 2ZYOA 3C36A 3S9EA 4GXAA 3K02A 3V83A 2Y7PA 1B52A 1QJMA 3VE1B 5CMCA 2O84X 1D3KA 5H8NA 5I2KB 1HSJA 2I3VA 3ZSFA 1BIYA 3U8QA 1OQGA 4G77A 4FE8A 1AOVA 5B7DA 1PB7A 4UACA 4BDQA 2Q2CA 4H65A 1S7YA 3PPQA 2I4BA 2XX8A 1B46A 2F34A 5I57B 1H43A 1LBBA 4R74A 3CR9A 4OETA 4KYDA 3R6UA 2YJPA 1LFIA 2DOJA 2XX9A 3T9HB 1L5TA 2PX1A 3LSLA 1Q35A 3PPRA 2X7QA 2I6EA 4G68C 1GV8A 5H8HB 3MZ1A 3N5LA 2FNCA 2VGQA 3EHUA 3ZS6A 2DSFA 2HCAA 1A40A 2HEUA 2H5YA 1FTOA 3C32A 3CG3A 2VHAA 4QFNA 1TT1A 3H4ZA 3QUJA 2NUVA 4DXBA 4IY5A 5I2KA 1BLFA 4LA9A 4G68B 3RN8A 1PBPA 3S9MC 1B1XA 2OK2A 5I2NB 4U1ZA 3KJ7A 1AH5A 4X1BA 1NFTA 3SEYA 1XT8A 2QMXA 3OELA 3KN7A 1A8EA 1UTBB 3OEMA 5JK4A 1P99A 4PP0A 5I57A 4ELRA 5DEXB 2XXQA 1FQAA 4WKMA 1VR5A 1EH3A 3DP8A 4OENA 1ANFA 1EU8A 3PGFA 3S4UA 5H8HA 1Y3NA 1B0LA 2VD3A 2P2AA 2WKYA 5I59B 4ESWA 2Y7KA 5DYHA 3PPPA 1OIBA 3TTMA 1FQFA 4U23A 4R2BA 4G68A 2B4MA 2I3WA 2B3BA 3KSJA 1B5JA 4U21A 3RPWA 3R26A 4YICA 2UVHA 2ALUA 4JXIA 4F3BA 3FASA 3D4CA 1UTBA 1P1UA 3H6TA 4ESXA 2V3QA 2O1MA 1B3LA 5DEXA 5TPAB 3O97A 3TEPA 3BFUA 2D3IA 2IEEA 4H5FA 2XXUA 1T0KA 2THIA 5CC2A 2O69A 3SESA 1WODA 2A5TB 3KN3A 2Y7RA 2Q89A 1MY3A 1MXZA 3IO4A 4FECA 4OVJA 3N6UA 2DP8A 4YZZA 3FD3A 1FQDA 4LUBA 1SW5A 4YKJA 3D4GA 5I59A 1PDAA 5FHNA 3IB1A 3ZKKA 2QS3A 1XVYA 3RGYA 3UP9A 2OLBA 1MG1A 3O2AA 1LBCA 4QRZA 4ZEDA 4LZ7A 1SDXA 3MP6A 2QS4A 3N94A 4QSCA 4AB5A 2DS9A 2WOLA 3VVFA 1GVCA 2DE3A 3K4UA 2DVZA 2VOZA 4LZ5A 2DYXA 3L6GA 5TPAA 1BP5A 4OEUA 3FVKA 4ZEKA 3QYTA 5KCJB 3H06B 1NNPA 1Y9UA 2A5TA 1NKXA 2DE4A 2I4CA 4ONYA 1A99A 3TYHA 3DRGA 3IOWA 2Q9TA 3K0VA 5HBCA 4JDFA 2XXHA 3W9WA 1B51A 1D9VA 4RJZA 3EN3A 1LSTA 5L9MA 4C1TA 2QS2A 4THIA 2UVJA 3H7MA 4WXJA 4MLVA 5H8FA 3GXAA 4KR5A 1IXCA 2YLNA 3MVXA 2RC8A 4F22A 4JSOA 2Z22A 2AIXA 1ZU0A 5CMKA 1MXVA 1D9YA 3CI8A 4BDLA 3HCQA 3H3GA 3HPIA 3LSXA 2I49A 3U93A 3QK6A 3S9NC 3DELB 5KCJA 5HM4B 4PETA 1POTA 1PB9A 4G8NA 5DT6A 4MLQA 3CSGA 1OLCA 3M3LA 2WOPA 5ICTA 4OQOA 4H8JA 2O7UA 3OSQA 1IIWA 1XVXA 1AIVA 4I9DA 2DWIA 3B7DA 4O3BA 4GIZA 2XX7A 4JWXA 3M8UA 3KOTA 4JBZA 3RLFE 3MW0A 3FVNA 3EF7A 5CBSA 4Q5TA 3DRFA 1XHYA 3OD7A 1S50A 2E0SA 3OOAA 1H3DA 2LAOA 2OJTA 3MP8A 3DRKA 1Q1KA 1IEJA 4OZ9A 2X7PA 1B05A 2F97A 5KDTB 4PFTA 2I58A 5TU0A 3CFLA 1XOCA 3MQ9A 1NMUA 2HFBA 3ZKLA 4KCDA 1AMFA 1MH4A 3FV2A 1HSEA 1UIVA 3G3KA 3FJGA 2GRVA 1LAHE 5DVIA 5CRYA 2F78A 5LOMA 1ZIUA 2RC9A 3B6TA 4X1DA 5H8QB 4ZDMA 1FTKA 3CSBA 5I84A 2NXOA 3SEWA 2RCBA 1ZMGA 4RPNA 3MJNA 3TQWA 4U22A 3OO9A 1LCTA 3SETA 2E1SA 1R6ZA 4IO5A 4QF9A 4HS7A 5KDTA 3PMWA 3OO8A 3K1MA 1D4NA 1VFDA 1B7HA 3MVWA 4AB6A 3OXNA 1YPNA 2WOKA 1B3HA 1MM7A 3T96B 1MQJA 4QFKA 4NE4A 3UORA 1BKAA 2ABHA 3WAFA 4ELOA 1O64A 1QUJA 4LQ5A 1HSLA 3R7XA 3I6VA 4ECFA 4ELQA 3QIMA 3MZ9A 3MBPA 2ZMBA 4KCCA 3DRJA 5H8QA 3KN8A 2PBWA 2GHBA 2RC7A 1P1NA 4KYEA 1FTJA 1QW0A 1SVXB 2F6PA 3Q26A 3QXMA 3U72A 3RUMA 5IKBA 4DE8A 4E0XA 1J1NA 3FJMA 3Q29A 3G3JA 4F2QA 1O7TA 5CMBA 5KZTA 4OFLA 2Z8EA 4NF4B 4RYAA 3IORA 5K2YA 2F7BA 2QPQA 4F3GA 3GLBA 3ODBA 4XTCQ 4ZZEA 4R9GA 3IR1A 1B5IA 1B5HA 3CHGA 3RY3A 3TCHA 2RCAA 1LFGA 3MUQA 1CB6A 5F1QA 1NNKA 3MC2A 3KG2A 3TTKA 3TAJA 2DWAA 3LSFB 3LC8A 3K00A 2ZXTA 1IXGA 2F8DA 1I6QA 3FGSA 1MDQA 3IL1B 4NWDA 3T22A 2CZLA 3SEUA 3PUZE 1EZOA 4KPTA 3PPNA 2ESNA 1XS5A 3I3VA 4I62A 4N6PA 4IY6A 1DTZA 4U2RA 4NF4A 1DMBA 3N26A 2UVGA 2M8CA 1MRPA 1MXXA 1N7WA 4F18A 5I58B 4LZ8A 1TXFA 4RXLA 1WVJA 4KYSA 5JEIA 4FORA 4XKPA 1URDA 1B40A 1Y1ZA 2XXXA 4FEDA 2Q2AA 2XHDA 1SW1A 2Y7WA 4MBPA 1M5EA 1I6AA 3UN6A 1MM6A 2O1LA 4IGTA 3CG1A 2PVUA 1CE2A 1F9BA 2XXWA 3IB2A 4KQPA 5I2NA 1LLSA 1NL5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CI5A 3DLNA 2F6GA 3TQLA 1Y4CA 5EYHA 3A3CA 1ZLQA 5L9OA 2GH9A 3HHFA 2CMOA 4N6KA 2HAUA 1MY2A 5BWJA 4O7IA 3K1PA 3PUVE 3HSTA 2QVUA 3CFXA 5ITPA 2H98A 4FIMA 5ESYA 2XWVA 3K6WA 1IXIA 1FRPA 4XKNA 1DSNA 2X26A 1DPEA 4OERA 3MAMA 3VVEA 3JZJA 3EPEA 1MH3A 3O6HA 4ELPA 1CNQA 1EZPA 3EQ1A 4F19A 3SERA 3M3FA 3FIRA 2FYIA 3O6IA 4GXSB 1O63A 4NN3A 4PDHA 4YAHX 3VXBA 1MS7A 3E13X 4DLDA 4F1YA 3FZVA 1FQBA 1SW2A 1MQDA 1R1NA 2UYEA 4ZECA 3E78A 2ZZVA 1MXWA 3F11A 2Q8JA 4G8HA 3TPAA 2PYYA 4GVOA 4N91A 1WDNA 2F5XA 1MY0A 1P1OA 3PTYA 3U92A 4EXLA 1MXYA 1OMPA 1MQGA 4WEPA 4U1OA 3TUSA 1MY4A 3U94A 3UGWA 4EF1A 4TOZA 1URSA 2DXRA 2D21A 4OYVA 4I3YA 4H67A 5IZ1A 3LUYA 5EQ9A 4TQUQ 4MH5A 1QULA 3E3KA 1D9QA 1FW0A 3G3GA 3DRHA 3MVZA 4P47A 5FTIA 3C31A 1NV2A 4YKIA 3CFZA 4O3AA 2GQ1A 3KC1A 2DQVA 3FATA 3K01A 4Q30B 1FTMA 3MPKA 1YAEA 2Q88A 4P0GA 3IOUA 1SQYA 2G29A 3VLVA 3V5AA 4P1EA 3TODA 2F7AA 4O7MA 4PGNA 2HPGA 1ZBMA 4POWA 3VLWA 4OHNA 5IZZA 3UK4A 2XXIA 2RF1A 3ILUB 3VDFA 4R72A 4K3FA 4XFEA 3TELA 4NF8B 1QUIA 1NV7A 3VFJA 1MQIA 1Y3PA 1JNFA 4OWDA 3LVUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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