5KZTA

Listeria monocytogenes oppa bound to peptide
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
518
structure length
509
Chain Sequence
SGEQVLNLTESALIPSADSTKADDQVGLNVVNQTNEGLYALDKDGIPAIAGAAEEPKISDDKTVYTIKLREDAKWSNGDPVTANDYVYSWRRAVDPNTAATYSYLFDAIKNGGDIVAGKKKPEELGIKAVDDYTLEVTLSKPTAYINSLFAFPTFFPLNEKFVTEKGEKYAQNSDNMLFNGPFELKDWTGTNKKWTYVKNDKYWDKDKVKLKQINVQVVQDSGTGLNLYNTDKVDRTVLSADYAAQNKNNKDYVTVNNSSTFYIKFNQKRAGKDTVFANKNIRKAIALAIDKQSYTDTVLKNGSKPANNLVPEGFTFDPGNKEDYTKESGKHLEYDVKEAQKAWKAGLKELGVNEITVEFTSDDTENARKSSEFIQDQLQKNLDGLTVKLKNVPFKVRLQNDQNQDYDFSMSGWGPDYQDPSTFLDLFVTDGAQNRMSYSNKDYDKILNDQKRWDEMVKAEKILLTDDVAIQPLYQRSTAYLQKDYIKNLQKNPFGPDYTYKETYLTKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Listeria monocytogenes OppA bound to peptide
rcsb
molecule keywords Peptide/nickel transport system substrate-binding protein
molecule tags Peptide binding protein
source organism Listeria monocytogenes serotype 1/2a (strain 10403s)
total genus 180
structure length 509
sequence length 518
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00496 SBP_bac_5 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.105.10 Alpha Beta Roll Dipeptide-binding Protein; domain 3 Dipeptide-binding Protein; Domain 3 5kztA03
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5kztA01
3.90.76.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Dipeptide-binding Protein; domain 1 Dipeptide-binding Protein; Domain 1 5kztA02
4G8NA 4ELOA 4DIGA 2XD3A 2RF1A 3QK6A 3T9HB 1H3DA 4BLAA 2VGQA 3CVGA 1DPEA 3K6WA 4KD5A 3M3KA 2P1SA 1UTHB 2O7IA 1O7TA 3UIFA 4R6YA 4ZE8A 2F5XA 3O6IA 4F18A 4GWOA 3TDJA 1UTBA 5DTBA 3FD3A 5L9OA 1B5IA 2ABHA 3BFTA 3FGSA 1QUJA 1ANFA 4H5GA 1QULA 5IKBA 3CI8A 5FHNA 4P11A 2NVUB 2WOPA 4R6KA 2I6EA 4ISUA 1NNPA 3MZBA 2PYYA 2NUVA 2QMWA 2XXVA 4OFOA 1FTMA 3HHGA 3LSWA 1B3EA 1A8FA 4OESA 4XKPA 4LVQA 4FE8A 2UVHA 2DXYA 1NH7A 4Q8RA 1AMFA 5I58B 5JEIA 2H25A 1NL5A 1DMBA 1JW4A 1P1NA 3JZJA 1I6QA 4U4SA 4IO3A 3ILUB 5CBSA 3L6HA 2W7YA 1GGGA 3RTWB 4JB7A 4BDRA 1OLAA 4E0WA 2D3IA 4IO4A 2AL5A 4BDOA 5L9SA 4H1XA 1USYE 1QUKA 1LLSA 1EU8A 5AA2B 3EF7A 3FV1A 1B1XA 2XXQA 5I57A 3IL1B 4ND9A 1VSOA 2XX7A 3N6TA 4OETA 2XX9A 1TWYA 3IO6A 1Y4CA 3RT8A 1LCFA 3IJOB 1MPBA 1MXXA 1LAXA 2XHDA 1TT1A 2GFEA 3CSBA 5DVFA 3H6TA 3RT6B 4MLQA 1GR2A 4RPOA 4KYEA 3DP4A 3FZVA 5DVJA 1ZTYA 2PVUA 3IOVA 1S50A 4BDNA 3T96B 4HW8A 3IB2A 1TXFA 3GBBA 2D5WA 3EHSA 2F7AA 4GXAA 1MY2A 3UA8A 1MPDA 2FNCA 1ZLQA 2F7BA 2FA7A 1D3KA 1PB8A 1Y20A 3MC2A 1Q1KA 2Q9TA 4I9DA 1Y3QA 1I69A 2BJJX 3M8UA 2M8CA 1H45A 4H6DA 2UXAA 5CC2A 4GFRA 1ZU0A 4XKQA 1Y4TA 1HSLA 3EQ1A 3W9WA 3FATA 4KCDA 3TTKA 1AOVA 3MP8A 2OWTA 2DYXA 3VXCA 4G68B 4FEDA 4YMBA 4RK9A 3I5OA 4R2BA 1XT8A 3IX1A 4KCCA 1LFIA 4WEDA 3KJ7A 3QAXA 1ELJA 2O6AA 1JEVA 2WOKA 1WVJA 4F1VA 1N76A 4ELPA 2O1LA 1YCJA 4QSCA 1MXYA 3C35A 1B4ZA 5EHSA 3G3JA 1UIUA 2Q2AA 3SERA 4E0XA 2V3UA 5I56A 5IAIA 1MQDA 3QUFA 4U4XA 1KWHA 5CMKA 1QKAA 4YAHX 3LSLA 4N6PA 1YPNA 3E13X 3USDA 1XVXA 4FATA 3U8QA 1S7YA 1URSA 1B32A 2REJA 4OTEA 3N26A 2ZNTA 4F22A 4ELRA 4ONYA 1FW0A 2QS3A 5H8SA 3G3GA 2GHAA 5CMCA 2P2AA 4HCYA 4HS7A 3OOAA 1MXWA 4PFTA 1SI0A 1SI1A 3IOTA 1Q35A 1Y3NA 3KJTA 3EHTA 3HV1A 4R73A 3PPOA 2UVJA 4IY5A 5ICQA 4U1OA 4LZ8A 4G68C 4TLMB 3K01A 4NF8B 4FJPA 1MQIA 4GL8A 2O7UA 4F1YA 4UACA 5L8DA 5K2YA 1N04A 3IK6B 4EXLA 4G77A 3MVXA 1EZ9A 4POXA 2RCAA 3U94A 5I2KA 3RUMA 1HSJA 4JWXA 4F2QA 4F3GA 4X9TA 1B3LA 1II5A 1JW5A 3M3LA 1FQDA 5F7VA 5KDTA 4U21A 3LBSA 2E1SA 4TLLB 3CIJA 3TFLA 3C33A 4GF8A 1N7XA 2I4BA 1DTZA 3KSJA 5H8QA 3SKPA 4RA1A 3UN6A 1B2HA 4GQOA 2Q89A 4QFKA 1P1QA 3MP6A 4YKIA 4OVJA 3G3HA 4U2RA 1B46A 4EF2A 2XXTA 1MY3A 3FV2A 1MRPA 5J1DA 1P99A 1MY4A 3MWBA 1HSEA 5AA4A 2V3TA 3K6XA 5H8FB 3BKIB 4JBZA 3MBPA 3RTFB 1IXIA 3DRGA 4YKJA 5KCJA 1VR5A 2QPQA 3GXAA 2E0SA 1NNFA 4HTGA 3S9NC 3DP6A 2UVGA 3MAMA 2I4CA 1O64A 4C0RA 4DCXA 5ELVA 3S9MC 3V5AA 4DCYA 3QYTA 4Q5TA 3CG3A 4Q0CA 4GIZA 3MVZA 1B5HA 2ZYMA 3N6UA 5ISUA 3LVUA 5TP9B 4WEPA 1MDP1 2X7PA 3EHUA 4QF9A 5JTYA 2V25A 1GTKA 5HPQA 2H99A 3VVFA 1NFTA 3TCFA 3VVDA 5L9MA 1GV8A 3U92A 2ZYOA 3O97A 2AYSA 1BP5A 4PFYA 2XD2A 1MPCA 1B4HA 3IOUA 3ODBA 1IIWA 2OZZA 2FYIA 4EXKA 1N3XA 2O69A 3Q28A 3PUZE 5CMMA 2DVZA 1MQHA 2Q2CA 3O28A 4NF6A 4H8IA 4NF4B 4RPNA 4NMYA 1DOTA 3T93B 1FTKA 3DRHA 5I2NB 4LQ2A 2F7CA 3CR9A 5ITOA 3MUQA 2ONKE 1DPPA 1ATGA 3PUYE 2Y7PA 3CFXA 4H67A 3ONMA 1ZMGA 4U1ZA 1TFDA 5HBCA 1M5BA 1H44A 1IXCA 4MFIA 1CE2A 5DYHA 1M5DA 1M5EA 3FJGA 5HM4B 2XXXA 1R9QA 4DLDA 1MXVA 1FQEA 2ZXTA 4QFOA 4PETA 1POY1 3PUWE 1P1WA 2Y7WA 2A5TA 1WODA 3FASA 4IY6A 3SEWA 1UIVA 5I59A 4KFQA 1MM7A 2ANJA 4R9FA 1PBPA 3G7WA 3UGWA 2O51A 5H8HA 4NF5B 4EUOA 1AL3A 3O6GA 1N84A 3K6VA 2Y7IA 2IEEA 5TPAB 3O66A 5AA3A 3OMBA 3TODA 1YTVA 3RPWA 1N3WA 2HZKA 1URDA 4NF8A 2CMOA 4EQ7A 3O6PA 3JYRA 1EZOA 3VVEA 1VFEA 4F3BA 3VV5A 4PP0A 3C34A 4MBPA 4OEVA 1MS7A 4GRKA 1Y9UA 1A40A 2DWHA 5ITPA 1JW1A 4KYDA 2RINA 2A5SA 4IO2A 5DEXA 3I3VA 4OEUA 3OO9A 4NE4A 5FTIA 2UYEA 5BUUA 5CM6A 4U22A 4H0WA 3KGCA 1MG1A 5B7DA 3V89B 3H3GA 1UQWA 1QKBA 2QJEA 1CB6A 2DWJA 3FVOA 3GZGA 1SD3A 2I0CA 4JWYA 3PD9A 2HZLA 1ZJLA 3VE1B 4JSDA 4F29A 2XXUA 3R6UA 3OELA 1MY0A 4LONB 2YLNA 4F39A 4N13A 3OSQA 2X7QA 1N0TA 4H65A 4F3PA 3DLNA 4RNSA 4TOZA 2H5YA 4ZECA 4F2OA 4ZEFA 3MP1A 2XX8A 3R26A 3K00A 3SEXA 2DWIA 3K02A 3GBAA 3RYAA 4XXUA 4Z0IA 1POTA 3DRIA 3V83A 3Q27A 5A5XB 5F1QA 1LBCA 1JVXA 3K1NA 4IO6A 3KFMA 4F1UA 3K1PA 1NMUA 2DOJA 4ZDMA 2DSFA 1OVTA 4P0GA 3H03A 2PMSA 5H8NB 1FQBA 2NOOA 4IO7A 5B70A 2F36A 3S9EA 3PGFA 3K6UA 4POWA 3MPLA 1JQFA 2I49A 4QSEA 1MH3A 4X48A 1SW5A 3KOSA 3PPRA 4JDFA 4OERA 1JVYA 2NXOA 2AIXA 1F9BA 4R9GA 4WKMA 2NWJA 3TELA 4LZ5A 1D9YA 2ZMBA 3VDFA 3TTRA 2VHAA 3R7XA 5LOMA 2F34A 3KN3A 2PT1A 2DVCA 1IUDA 3H4ZA 2KLFA 4F19A 2ZNSA 3A3UA 3PPQA 4YZZA 3OEMA 4O3CA 1A55A 2RC9A 4OXVA 1FQAA 2DE2A 4LZ7A 4ZZEA 1RKMA 4RYAA 4KQPA 3PUXE 3TUSA 3B6QA 4X1DA 3LSFB 4THIA 4ZEKA 1P1OA 3S9LC 1BKAA 3G3FA 1S9TA 2ESNA 5M2VA 3CFLA 3ZKLA 1UTBB 4BDQA 3HHFA 1BIYA 2QRYA 3ILTB 2V84A 3FUZA 2Y7RA 4DXBA 2G93A 3OO6A 2P0SA 2F97A 3UP9A 1B5JA 1SDXA 2B3FA 1B51A 3O6HA 3N94A 1UTHA 4M4GA 1SVXB 4FORA 2F6PA 3ZKKA 2Z23A 2H9BA 3MVWA 2RC8A 1SW4A 3BFUA 3LC8A 1A54A 3W9VA 1Z7NE 3FXUA 1P1UA 4YICA 3CFZA 3KBRA 1NH8A 3KZGA 2DP8A 3CRBA 3VXBA 4NF5A 3FTOA 4LA9A 2YPNA 4N07A 3C4MA 3PD8A 1H76A 1RYOA 2REGA 4XIGQ 4I62A 1FTOA 4FECA 2VD2A 3RQTA 4NWCA 3PMVA 3SEVA 3MPKA 2Z8DA 1LFHA 4C1UA 3OO7A 4Q30B 5AA2D 1IZ1A 1R9LA 1FTLA 2RCBA 3FVGA 5I58A 2ONSA 1O63A 1A7LA 4G8HA 5I57B 3TAJA 2DE4A 1R1NA 3TMGA 4LATA 4QFPA 2I58A 1XOCA 3OO8A 4X1BA 1LSTA 2HAVA 3SESA 4RJZA 5AA2A 4EF1A 5DVIA 3EPEA 1FQCA 3PMWA 4C1TA 5KZTA 1ZIUA 2Q8JA 2ZNUA 3KN7A 3B6WA 2B4LA 4GLIA 1NNTA 1MDQA 1PB9A 4FAJA 2OJTA 1QW0A 4G4PA 1DTGA 4R74A 1LB9A 2DS9A 2PT2A 3RNNA 3ZS6A 1LAHE 5K2XA 4JSOA 1B58A 2I3WA 1B40A 3IAZA 4I8CA 3KSXA 4YKKA 1TFAA 4PFWA 1VE4A 3LSXA 3A09A 5ICTA 4UA8A 2Y84A 2GHBA 4H8JA 1BLFA 2O68A 4O3AA 4R6HA 1MY1A 3FIRA 3RN8A 3OSRA 2B4MA 4PE5B 2Z8EA 3P7IA 3QXMA 2RKMA 3FJ7A 4JXIA 3H6WA 2OBGA 2QSXA 1SYIA 1A8EA 2CZLA 3C31A 1BTJA 1LAFE 4GOTA 4L17A 1MM6A 3CHGA 1B0LA 5I56B 3SEYA 3DM0A 4G68A 2QS2A 3TPAA 2I48A 2OLBA 2I0BA 1Z7ME 4EDPA 3OENA 3MQ9A 3PMXA 4ELQA 4PQJA 3RLFE 3L6GA 2OCUA 1B3GA 4GVOA 5AA1A 1JETA 1QVSA 4YB7A 2ZYNA 4OZ9A 2VP1A 4YMAA 1JEUA 2HCAA 3O29A 3O9PA 1N7WA 1B1HA 3U1OA 1B0HA 1B7ZA 3ECRA 3OD7A 4NTLA 4OQOA 5DT6A 4I1DA 2QS4A 2RC7A 2XXPA 2PBWA 1MH4A 2LAOA 3H6UA 4AB5A 4XKNA 2F8DA 3PPNA 3SETA 4Z7EA 3FXRA 3FVNA 5I2KB 5FHOA 4R2FA 4FEBA 2AL4A 3WAFA 2O84X 1LGBC 3K4UA 1PBQA 3THIA 3S4UA 1J1NA 5KDTB 1URGA 3V8XB 3D4GA 3TQLA 4H5FA 1LFGA 3D4CA 3ZSFA 4BDLA 1USYH 1MQJA 1A99A 4DE8A 2HQ0A 5H8QB 3IR1A 4IGTA 2G29A 3I6VA 1IITA 2UVIA 2H4IA 1LBBA 4YU0A 1B9JA 1B7UA 3QUJA 3G3IA 3RY3A 3C9HA 1WDNA 1EZPA 4TQUQ 1L5TA 3F11A 2O1MA 5TU0A 5AA4B 1I6AA 3MVYA 1EH3A 1AIVA 1YAEA 3LR1A 2F6GA 1VFDA 5KCJB 4OHNA 4YB6A 1Y1MA 1DSNA 3AXFA 1SQYA 3T22A 4KYSA 1ZKBA 4OMBA 2R9JA 5H8FA 3GLBA 3K0VA 3IJXB 1US5A 1T0KA 5JTYB 3TCGA 3PUVE 1XS5A 4GXSB 2B3BA 2ONRA 3M3FA 3FJMA 1MXUA 1Y1ZA 4IGRA 1PEBA 1OMPA 1IXHA 4XTCQ 1B52A 4YB5A 4OFJA 3Q29A 1NNKA 5CBRA 3MZ1A 4MLVA 5TP9A 3U72A 2HEUA 1SYHA 4OWDA 4U23A 5EYFA 3WAEA 4QRZA 4MH5A 1OLCA 4M1VA 5AE4A 1B05A 3IB1A 4OYVA 3RGYA 2I3VA 2GRVA 3OXNA 5CI5A 4NF6B 1RYXA 3MJNA 4RK2A 4LQ5A 2GH9A 4ZEDA 3EN3A 4ZS9A 1LAGE 3TZAA 1D9VA 4IB2A 1OVBA 1B6HA 1IXGA 3VFJA 4HCWA 4RY1A 3E9XA 3E4RA 4GL0A 4R75A 4OFLA 1R6ZA 3RYBA 4NF4A 5FTHA 1LB8A 3VLUA 3QSLA 4ECFA 5I2NA 3SDFA 2OWSA 3TYHA 5CRYA 4AQ4A 2H98A 4DXUA 4KHZE 1MQGA 2DWAA 3HPIA 2A5TB 1Y3PA 5I59B 3DRFA 3DELB 3HSTA 3IO4A 1B3HA 1XC1A 3G3KA 4KR5A 2WOLA 3TTNA 3DP8A 5H8HB 4FIMA 4ZE9A 4KPTA 1QUIA 3DRJA 4GD5A 3K2DA 1IEJA 5BWJA 1D4NA 4AB6A 3C36A 2XXHA 3FXQA 2OK2A 3IB0A 3H7MA 3PPPA 4ZEIA 2ALUA 2QMXA 2V3QA 4PFUA 4RXLA 5FHMA 4EQ9A 4DZ1A 1H43A 3FVKA 5TPAA 2XXRA 2VOZA 2Z22A 1I6BA 4G2ZA 3LUYA 2PX1A 4QHQA 4QSDA 3B6TA 2XXIA 4DDDA 3MW0A 3TTLA 3JV9A 4IO5A 1SW2A 1OIBA 1SBPA 5DEXB 2R6GE 3PAMA 3C32A 4KI0E 4NWDA 2Y7KA 3T9VA 4NEDA 3U93A 1LCTA 1FCKA 3H06B 4MF3A 2UYFA 4ZEBA 3IORA 2DQVA 1OQHA 4G8MA 3T9XB 1AH5A 2X26A 1FQFA 3UK4A 3VLWA 2HFBA 2XXWA 4OENA 3HN0A 2QL3A 4XKRA 3A3CA 3SEUA 2VD3A 1PC3A 3DRKA 4YKPA 2Z8FA 3W15C 4DXCA 2ZYKA 4WXJA 3VLVA 4EQBA 1FTJA 3KN8A 1ZBMA 2YJPA 1XHYA 1M5FA 1US4A 1PDAA 5JK4A 3B7DA 2B65A 4P0IA 3N5LA 2F35A 2Q88A 3KOTA 3OEKA 3CSGA 3PU5A 4JWOA 3CG1A 1MXZA 1JNFA 3K1MA 2IA4A 2WKYA 4ESXA 4QFLA 2XXYA 5CMBA 3KG2A 3UORA 2V93A 2HAUA 1M5CA 1XVYA 2HXWA 2DE3A 1SW1A 3TTMA 5A5XA 3H6VA 3Q25A 3T66A 3TKDA 4F31B 4K3FA 3BBRA 2R71A 3HCQA 3KEIA 3O2AA 1PB7A 4F3SA 3HO7A 3TCHA 2DXRA 3S2VA 3TQWA 2QS1A 2F78A 5H8NA 5EHMA 2D21A 1B7HA 4BDMA 3MZ9A 4LP2B 1NKXA 4ESWA 1IQ7A 4ZZAA 3TEPA 3QIMA 2THIA 5I84A 3E3KA 3T9UA 3PV0E 3Q26A 1OQGA 4QFNA 1GVCA 3IOWA 1QJMA 4O3BA 4R72A 4LUBA 1B3FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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