5L3IA

Re-refinement of 4dd6; cisplatin coordination chemistry determination at hen egg white lysozyme his15
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Cisplatin coordination chemistry determination at hen egg white lysozyme His15 with ligand distances and angles, and their standard uncertainties, and also reporting a split occupancy effect
doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5l3iA00
4KT3A 1UBZA 2BQIA 1BHZA 4NWHA 1GB8A 3HBEX 1IEEA 2G4PA 4B0DA 4ETAA 5IDDA 4R6CA 1HC0A 5KKIA 5I54A 1H87A 4HP0A 1RCMA 194LA 3TXBA 1UIBA 1HEOA 5FEKA 1UA6Y 4H9AA 5FHWA 5KXNA 3W3EA 2EQLA 2A7DA 4UWNA 1GHLA 3CQLA 1HERA 1QTEA 3VWOA 3P4ZA 1YAQA 1LMTA 3EXDA 4H9CA 1HEWA 4OWBA 3BKVA 1HFZA 4P2EA 4YENA 1HELA 1LJEA 4H93A 4ML7A 5LIOA 5LVJA 1NDGC 1JSEA 1IOTA 1FN5A 1BB5A 1BQLY 1TAYA 1JKCA 3KAMA 4H94A 4OWHA 4CJ2A 3P68A 3HBHA 5KXKA 2MEHA 4WM2A 1JUGA 4DDBA 4DD7A 1JISA 1OUFA 1A4VA 2WARA 4GLVA 4H1PA 1LZEA 5F14A 1INUA 1HMKA 1E8LA 3BKHA 1LHMA 1UIEA 3ATOA 1V7SA 1IC7Y 5LAGA 4NHTA 2ZQ3A 1I20A 1NQIA 1BWJA 5C6IA 4DD0A 5L3HA 2MEIA 1DI3A 1LZBA 5M1YA 1UIHA 5KJ9A 2ZIJA 2HEBA 1IOQA 1CKFA 3T36A 1DZBX 1OUCA 1B0DA 4BAFA 2LYZA 1GFRA 133LA 2Z37A 1ZV5L 3A95A 4OOOA 3W6AA 1TEWA 1GE2A 1YAMA 4YEMA 4YM8A 1LMOA 1GD6A 4PJ2C 2BQHA 2FBDA 4GCDA 4XJIA 4AXTA 5ILFA 1IWTA 4HPEA 1WQNA 5AMYA 3RU5A 1XGRC 2F4GA 1C10A 1LCNA 2ZQ4A 3TXDA 4H9HA 4BAPA 3ATNA 5ILCA 1LZ1A 1NBZC 4LYOA 1KXWA 3WPLA 4WLDA 1LHIA 1UIDA 3WU7A 1LJNA 1LZ8A 1VDQA 1UCOA 2XTHA 3W6EA 3A91A 2D4KA 1LOZA 1XEIA 3A3QA 2YBNA 3EBAB 154LA 4LT1A 5KKJA 4GCCA 4HTNA 1GBOA 4CHXA 1CKDA 2C8OA 1LSYA 3A6BY 1REZA 3WXUA 1EQEA 3N9EA 2MEEA 1J1XY 1LSPA 1GE3A 5B07A 3B0OA 4LFPA 2FYCA 4Z98A 5E9RA 2CDSA 3A3RX 2Z19A 4DD1A 5LVKA 1KIRC 4OOTA 1F6RA 1V7TA 1C08C 4LT3A 4CFPA 3TXIA 2LZTA 2CGIA 1IO5A 1HFXA 1PZYA 2ZYPA 1GXXA 1LHLA 1GFVA 1WQOA 5KXLA 1J1OY 1FLUA 4W96A 4NGZA 2HU3A 5F9UA 3HFMY 4TUNA 2C8PA 1WVVA 1LTMA 1HMLA 1REYA 1IORA 4ETCA 5II3A 2YBLA 2RSCA 4II8A 1UIGA 1G7JC 1IWUA 4E3UA 3LYOA 4OWCA 1YAPA 5L9JA 2BQOA 1B7LA 3CB7A 4WM6A 4WMGA 4MCKA 4XJHA 3TXKA 1VATA 1LSBA 1LSMA 2YBMA 2BQBA 1IIZA 4IJ4A 1TCYA 1HEMA 2BQEA 3OK0A 2D91A 2MEAA 2BLYA 4LGKA 1NMMA 1XEJA 4J7VA 4TX7A 3LZ2A 2CWIA 4NGWA 1GFEA 1LZSA 3WW5A 1LJGA 1CKGA 1GFTA 5KXRA 4O34A 4R0FA 4WL7A 4GCBA 1JKAA 3A6CY 5JENB 1CJ6A 3LYTA 1VAUA 1LZ4A 4GCEA 3AB6A 4LYBA 2H5ZA 3EO5A 1REXA 1T6VL 4X3BA 1DXJA 1PS5A 1AKIA 5KXPA 1QIOA 4GN3A 1GB7A 1B9OA 3LHMA 1JKDA 1B2KA 1YQVY 1UACY 4GN5C 5FELA 4HTKA 1GAZA 1LYOA 3WUAA 1DKJA 2YBIA 2W1XA 3LYMA 1DPXA 3WULA 4QGZA 2XBRA 5DN4A 3WPKA 1NF5A 3N9AA 3OJPA 4H92A 3WL2A 4HJVA 2ZILA 5LVGA 2DBTA 4J0LA 5T3FA 2MEDA 4I0CA 4NHIA 1KXXA 4WLTA 1GFHA 5HQ1A 4PRQA 1LMQA 4ZEEA 1HEPA 1RE2A 1JKBA 1WQRA 2BPUA 1LSDA 2F4AA 4H9EA 1YIKA 1LSCA 1JSFA 2D4IA 1GPQC 5I4YA 1DQJC 1OP9B 2DQFC 5KXWA 1OQMA 1YL0X 1GDXA 4WLYA 4B4IA 4PPOA 1XGPC 5HMVA 2I26L 3GXRA 5LAFA 1IR8A 4G9SA 4RLNA 4EOFA 2BAAA 2YBJA 4UWUA 5F16A 5B1FA 4C3WA 2A7FA 1J1PY 5LVHA 1HHLA 4QDNA 1LJFA 2Q0MX 3WW6A 1LZ6A 3A8ZA 1HNLA 4WM5A 5LXWA 5B05A 1IC5Y 2Z12A 4OWAA 1I1ZA 4FJRA 1JPOA 1LYYA 1H6MA 3LYZA 3CSRA 1IR9A 1GE0A 2HEEA 3IJUA 4OWEA 3LN2A 4U3XB 5C6LA 4B49A 4LYZA 1GEVA 1N4FA 1GF9A 1KXYA 1WQMA 1D9UA 3AW7A 2CJLA 5DL9A 4TSCA 5KXTA 1LJ3A 1FLQA 1QSWA 2F2NA 4WG1A 3AGHA 3FI7A 1CJ7A 1LSFA 4PRUA 4H90A 3QY4A 2FBBA 3IJVA 1JTTL 3WH1A 2BQLA 1IWWA 1IWYA 4NGOA 1LKSA 4LYMA 1GF8A 2D4JA 2LZ2A 2Z2FA 3M3UA 4PHIA 4DD3A 1UUZC 207LA 3TXEA 2DQAA 4HJYA 3FE0A 4I8SA 4KXIA 4G49A 4NSHA 4W94A 3TMVA 1XGUC 5EBHA 1GAYA 5LA8A 1CKCA 2GV0A 5HMJA 1CNSA 7LYZA 1F6SA 4KL7A 4LYTA 3RW8A 2MEFA 3WXTA 1OUAA 1Z55A 2YVBA 1BB4A 4IASA 1FDLY 1B5YA 1YANA 4XN6A 5D5FA 2YDGA 5FSTA 3AGGG 4NSJA 1IOSA 2BQDA 3GXKA 3AZ6A 1KIPC 3M18B 4DDAA 2G4QA 4NSIA 1VDTA 1GB2A 3SP3A 3AZ7A 1WVUA 1LHJA 2Z2EA 2HUBA 2YSSC 3E3DA 1GF7A 4NGIA 2ZNWY 5LA5A 3N9CA 1YKZX 1BVKC 5KXOA 4G4BA 4Z3MA 1EQ5A 1LZCA 5B06A 5L3IA 3A92A 4ANRA 1XEKA 1B5VA 2ZIKA 4NG8A 1LJKA 4NGLA 4Z46A 4CGEA 3CT1A 3WU9A 1BWHA 1LYSA 4GCFA 4XJGA 2MEGA 1IP2A 3CT0A 4OW1A 8LYZA 1OUGA 1VDPA 3TXGA 1LMAA 1B7MA 1ALCA 5APCA 4DYGA 5DN5A 4EMNA 4M6DA 3WMKA 1W6ZA 1SLYA 1LKRA 2DQCY 1LSAA 1D6QA 1DI4A 2BQKA 2I6ZA 1B5WA 1WQQA 4HV2A 3J6KA 4NHPA 4TSBA 3RNXA 1JJ0A 5I4XA 5KXMA 4WO9A 2IHLA 2N5ZA 1JTPL 1TBYA 5LINA 3F6ZA 4CFOA 5LYMA 2BQAA 1LZ5A 2EIZC 1UIFA 1OUEA 1LJHA 1C46A 4B1AA 3QE8A 2BLXA 4XENA 4C5FA 4YEOA 2W1YA 3P65A 1MELL 1GE1A 2HU1A 5F9XA 4DWXA 5B59A 2BQNA 3ZVQA 4N8ZA 4B4JA 4NGYA 2H9KA 1C43A 1B5UA 1GF3A 4NY5A 3A90A 4DT3A 153LA 1LZTA 1DKKA 1AT5A 2VB1A 1LZDA 2IFFY 2ZYCA 1G7HC 2Y8PA 4ETBA 1REMA 9LYZA 4XJBA 3WYHA 4H8ZA 2I25L 2LYMA 3W6BA 1LMNA 1MLCE 1ZVYB 3QNGA 4LT0A 1WQPA 1GFUA 4NSGA 4TTDA 5APFA 1IWZA 1QTKA 1VFBC 5HNLA 5A3ZA 3ZVQB 1QUTA 1B7NA 1C45A 2BQFA 1JTOL 1GEZA 4GLAA 4MR1A 1IP3A 4LT2A 4NFVA 1GF5A 1NDMC 4ET9A 1B5XA 1IC4Y 1HF4A 1G7MC 4MSTA 1UICA 1HFYA 3WUMA 1BGIA 1JJ1A 5LYZA 4NGVA 4H8YA 1RFPA 1GBYA 2NWDX 1G7IC 1IX0A 4H91A 3B0IA 1FKVA 1NWGA 3TMXA 5LYTA 1IP5A 1I56A 5C6JA 5J7CA 4N1CC 4WM3A 1HEQA 4H9BA 1GWDA 1QDTA 1B7SA 4PGJB 5DLAA 2YBHA 4NGJA 5DM9A 1LSNA 4B4EA 1HENA 4NIJA 1GE4A 1DPWA 1CKHA 1BB3A 3IWRA 3K3TA 1GFKA 2HECA 5HLLA 1O23A 1LHHA 5I5QA 1LJIA 1B7RA 135LA 2DQGY 1LZNA 3P64A 4TWSA 3ZEKA 4DD9A 2ZWBA 1EQ4A 1RJCB 4J1AA 4WLXA 5IHGA 5LVIA 3LZTA 1NKHA 2B5ZA 5KXXA 193LA 4N9RA 1P2CC 5B1GA 2FYDA 4LFXA 1OUIA 4NHSA 4ZFPA 5KY1A 4RDSA 1BWIA 4NHQA 4WOAA 3ULRA 3AYQA 1XFPL 1ZVHL 2G4NA 4XJFA 3TMWA 1WTNA 2DQJY 1IWVA 1CJ9A 1LSZA 1FLWA 1W08A 1A2YC 1B7QA 2XBSA 3MGWA 1LYZA 4D9ZA 4XJDA 3AGIA 1VEDA 1QSAA 1YKXX 2BQJA 3A67Y 3A93A 2Z38A 5FCPA 3AZ4A 1FLYA 1IP1A 2LHMA 3T6UA 1TDYA 4RLMA 132LA 1QDRA 134LA 1RI8B 1JHLA 1UC0A 4UWVA 3WVXA 4M4OA 2XJWA 2BQMA 1GFGA 1KIQC 5D5CA 4IATA 2X0AA 1JEFA 2HTXA 2Z18A 5F81A 3WVYA 5K7OA 1QUSA 4HTQA 4NGKA 5APEA 5E4PA 1GF6A 208LA 4LZTA 5KXZA 1GBSA 2HEFA 2ZNXY 1B7PA 1XGQC 3CSZA 4DC4A 4ET8A 3EMSA 4H9IA 1OUJA 2MEBA 1IWXA 1GB6A 1LZGA 4L41A 4NEBA 1XGTC 1B5ZA 1GB3A 2DQDY 5IELA 1YROA 2AUBA 4XADA 5I53A 1OUHA 3A34A 1JJ3A 1GFAA 3A96A 3WPJA 4AGAA 4G4HA 1LSGA 1FBIX 2H9JA 2EKSC 1YL1X 1HSWA 1WTMA 1GBXA 4HV1A 5KXSA 1IOCA 1JIYA 1IVMA 4FDYA 2DQEY 2W1LA 4YF2A 1F0WA 4HPIA 4HSFA 1LZYA 1JITA 1FKQA 4H8XA 4J1BA 1LMPA 4RW2A 1GBZA 2DQIY 1C7PA 2D6BA 3W6CA 1UIAA 3G3BB 1BB6A 1IP7A 4WM1A 4BADA 3B6LA 4Z41A 1HSXA 1GB5A 2HEDA 1GF0A 1YKYX 3A94A 4N0JA 3W6FA 4BS7A 2Z39A 4XYYA 4YOPA 1AM7A 1GDWA 1LJ4A 3D9AC 1JWRA 3HBDA 4NWEA 3WU8A 6LYZA 6LYTA 1AZFA 2DKVA 1D0MA 1B7OA 1LMCA 5FDJA 2F30A 4DD2A 4G4CA 1OUDA 2PC2A 3TXJA 4WO6A 2LYOA 4N5RA 1AT6A 2EPEA 4KPMA 1LZ9A 1GFJA 2HEAA 1NHEA 3B0KA 1GXV2 3J4GA 5KXYA 5A3EA 3G3AB 3B72A 2DQHY 1SQ2L 3RZ4A 3RT5X 3AW6A 4WL6A 1IY4A 1IP6A 1D0KA 1GB0A 3AJNA 1F10A 1BVXA 2BQCA 1CJ8A 4LYCA 3TXFA 5I4WA 4WG7A 1VDSA 1D0LA 4DDCA 3CT5A 3TXHA 3W6DA 1BB7A 3AZ5A 1LPIA 1XSFA 4RW1A 2MECA 1LHKA 1NBYC 1YAOA 5HNCA 4A7DA 1LSEA 1G7LC 4N1EI 1IY3A 1GB9A 2BQGA 4HJZA 3CSQA 5APDA 1IR7A 1LAAA 1ZMYL 3P66A 1LZRA 3TMUA 3WUNA 1IP4A 1GBWA 2W1MA 4QEQA 1EL1A 4H9FA 4QY9A 1OUBA 1DI5A 1T3PA 4GN4A 4ZIXA 1YILA 4ETDA 1LJJA 1QQYA 4ETEA 4NG1A 1GF4A 3D3DA 1D6PA 1LZAA 4WM4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4KT3A 3HBEX 1L65A 4R6CA 1HC0A 5I54A 194LA 1UIBA 1UA6Y 4H9AA 3W3EA 2EQLA 2RBPA 1C6PA 3VWOA 3HT6A 1L04A 1LMTA 4YXAC 4W55A 2RAZX 4OWBA 4YENA 5LIOA 4H93A 1LGUA 1NDGC 1IOTA 1TAYA 4OWHA 5KXKA 4DDBA 4H1PA 5F14A 3BKHA 4NHTA 1I20A 5C6IA 2LC9A 2MEIA 1DI3A 5KJ9A 2ZIJA 4DQJA 200LA 1B0DA 3DMVA 1L98A 2Z37A 3DMXA 4OOOA 3W6AA 187LA 4YEMA 4XJIA 5ILFA 4HPEA 3RU5A 2ZQ4A 4H9HA 1LZ1A 1PQDA 1L69A 4WLDA 1L73A 1LHIA 1UIDA 1P6YA 3W6EA 1XEPA 3G3WA 3A3QA 1LOZA 138LA 5KKJA 2HUMA 2C8OA 3WXUA 3C80A 2Z19A 1CU6A 6LZMA 1F6RA 1V7TA 4LT3A 162LA 3TXIA 2LZTA 1PZYA 1GXXA 1GFVA 1WQOA 4DQ5A 1FLUA 1L72A 3HFMY 214LA 4TUNA 2XQOA 1HMLA 141LA 1REYA 2B72A 4ETCA 1L57A 1UIGA 4OWCA 1LSBA 1IIZA 4IJ4A 2BQEA 4LGKA 4J7VA 1LZSA 4DQ7A 1CU0A 1CKGA 1L19A 4R0FA 4WL7A 1JKAA 2IGCA 5JENB 143LA 1VAUA 2O4WA 1DXJA 1PS5A 4GN3A 1B9OA 1B2KA 1LYOA 3WUAA 1T8GA 1QT6A 2W1XA 5DN4A 1L90A 4EPIA 1KXXA 5HQ1A 4ZEEA 1JKBA 1L09A 1YIKA 1L02A 1JSFA 2D4IA 1GPQC 1DQJC 1L49A 1OP9B 5KXWA 1OV5A 123LA 1XGPC 5HMVA 4G9SA 4LDOA 4EOFA 2YBJA 3WW6A 1LJFA 1LZ6A 1QS5A 1I1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KT3 A;  1UBZ A;  2BQI A;  1BHZ A;  4NWH A;  1GB8 A;  3HBE X;  1IEE A;  2G4P A;  4B0D A;  4ETA A;  5IDD A;  4R6C A;  1HC0 A;  5KKI A;  5I54 A;  1H87 A;  4HP0 A;  1RCM A;  194L A;  3TXB A;  1UIB A;  1HEO A;  5FEK A;  1UA6 Y;  4H9A A;  5FHW A;  5KXN A;  3W3E A;  2EQL A;  2A7D A;  4UWN A;  1GHL A;  3CQL A;  1HER A;  1QTE A;  3VWO A;  3P4Z A;  1YAQ A;  1LMT A;  3EXD A;  4H9C A;  1HEW A;  4OWB A;  3BKV A;  1HFZ A;  4P2E A;  4YEN A;  1HEL A;  1LJE A;  4H93 A;  4ML7 A;  5LIO A;  5LVJ A;  1NDG C;  1JSE A;  1IOT A;  1FN5 A;  1BB5 A;  1BQL Y;  1TAY A;  1JKC A;  3KAM A;  4H94 A;  4OWH A;  4CJ2 A;  3P68 A;  3HBH A;  5KXK A;  2MEH A;  4WM2 A;  1JUG A;  4DDB A;  4DD7 A;  1JIS A;  1OUF A;  1A4V A;  2WAR A;  4GLV A;  4H1P A;  1LZE A;  5F14 A;  1INU A;  1HMK A;  1E8L A;  3BKH A;  1LHM A;  1UIE A;  3ATO A;  1V7S A;  1IC7 Y;  5LAG A;  4NHT A;  2ZQ3 A;  1I20 A;  1NQI A;  1BWJ A;  5C6I A;  4DD0 A;  5L3H A;  2MEI A;  1DI3 A;  1LZB A;  5M1Y A;  1UIH A;  5KJ9 A;  2ZIJ A;  2HEB A;  1IOQ A;  1CKF A;  3T36 A;  1DZB X; 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 4HPI A;  4HSF A;  1LZY A;  1JIT A;  1FKQ A;  4H8X A;  4J1B A;  1LMP A;  4RW2 A;  1GBZ A;  2DQI Y;  1C7P A;  2D6B A;  3W6C A;  1UIA A;  3G3B B;  1BB6 A;  1IP7 A;  4WM1 A;  4BAD A;  3B6L A;  4Z41 A;  1HSX A;  1GB5 A;  2HED A;  1GF0 A;  1YKY X;  3A94 A;  4N0J A;  3W6F A;  4BS7 A;  2Z39 A;  4XYY A;  4YOP A;  1AM7 A;  1GDW A;  1LJ4 A;  3D9A C;  1JWR A;  3HBD A;  4NWE A;  3WU8 A;  6LYZ A;  6LYT A;  1AZF A;  2DKV A;  1D0M A;  1B7O A;  1LMC A;  5FDJ A;  2F30 A;  4DD2 A;  4G4C A;  1OUD A;  2PC2 A;  3TXJ A;  4WO6 A;  2LYO A;  4N5R A;  1AT6 A;  2EPE A;  4KPM A;  1LZ9 A;  1GFJ A;  2HEA A;  1NHE A;  3B0K A;  1GXV 2;  3J4G A;  5KXY A;  5A3E A;  3G3A B;  3B72 A;  2DQH Y;  1SQ2 L;  3RZ4 A;  3RT5 X;  3AW6 A;  4WL6 A;  1IY4 A;  1IP6 A;  1D0K A;  1GB0 A;  3AJN A;  1F10 A;  1BVX A;  2BQC A;  1CJ8 A;  4LYC A;  3TXF A;  5I4W A;  4WG7 A;  1VDS A;  1D0L A;  4DDC A;  3CT5 A;  3TXH A;  3W6D A;  1BB7 A;  3AZ5 A;  1LPI A;  1XSF A;  4RW1 A;  2MEC A;  1LHK A;  1NBY C;  1YAO A;  5HNC A;  4A7D A;  1LSE A;  1G7L C;  4N1E I; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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