5L8TA

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 2
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l8tA00
4LR6A 5A5NA 4XY9A 5ENBA 4BW1A 3P5OA 2RS9B 5BT4A 5A5SA 4MEPA 3LJWA 5EK9A 3S91A 4N4HA 5EP7A 5E3DA 3Q2EA 4MEOA 5D25A 4O78A 3UV5A 4MR4A 4NR7A 4YYHA 5I88A 4NYWA 5ENHA 2NXBA 4TZ2A 5E9YA 4Z1SA 4PKLA 5L8TA 4A9LA 4PTBA 5CRMA 5F1LA 3AQAA 3U5JA 3UVDA 3QZSA 5I83A 4LZ2A 2RNXA 5D3JA 5F61A 1ZS5A 3JVKA 1WUGA 5KTWA 4HXPA 4UYGA 5FG6A 5C89A 4QSXA 2MJVB 5D3SA 2F6JA 4CUTA 5KU3A 4J0RA 5CUEA 2E7NA 5HCLA 4CUQA 5FE7A 5A81A 5F3AA 3MXFA 4O7AA 4IOQA 5G4SA 5JI8A 2F6NA 5FG4A 5CQTA 4UYEA 5L98A 5HRXA 5FB1A 5CU8A 4Q0OA 4CFKA 2L5EA 5DFDA 3LXJA 5FE9A 2DVVA 5CUAA 5EI4A 3IU6A 4QR5A 2R10A 5DX4A 3D7CA 5EA1A 2OUOA 4ZQLA 4NRCA 4NQMA 4LDFA 4UIYA 3QZVA 4BJXA 5I1QA 4C67A 3UW9A 5D7XA 5A5RA 5I7YA 5EQ1A 3FKMX 4QEVA 4CUPA 5DW1A 4YABA 4NR8A 3IU5A 3DWYA 5ENJA 2KTBB 4CL9A 4ALGA 4PS5A 4LZRA 5FH7A 4E96A 3G0LA 2OSSA 4J0SA 4NR4A 5KTUA 4UYDA 4CURA 3MULA 5IGMA 5L99A 5H85A 5DLZA 4NUCA 5ENGA 3ZYUA 2I7KA 4FLPA 5KO4A 4TT2A 4DONA 3LQIA 5CUBA 5IIDA 5FE1A 5E9MA 4PCEA 5FE5A 4HBXA 4QBMA 4QYLA 4A9HA 5D0CA 3U5LA 4TYLA 4NXJA 3JVLA 5ENIA 5C87A 4QSTA 5LJ0A 5TCMA 4QSQA 2D82A 4YYMA 3GG3A 5FBXA 5F1HA 4UIVA 4NRBA 5HEMA 4TT6A 5JWMA 4IR6A 5I80A 2L84A 3MUKA 3P1DA 2YEKA 3Q2FA 4BW3A 5LUUA 4UYFA 4QSVA 4UIZA 4QNSA 4N4IA 5D24A 5L8UA 4QC3A 4NUDA 4TU4A 2DKWA 5CP5A 5A82A 5HM0A 5LKUA 4QSPA 5CUGA 5D3TA 4Z1QA 4HBWA 1N72A 4PCIA 4A9IA 5E0RA 5HENA 4PY6A 4IORA 4CUUA 3QZTA 4TS8A 4BW2A 4QSRA 4HBVA 4Z6HA 3UVYA 5CQ7A 4Z93A 5CTLA 5DYXA 5CZGA 4HXMA 3HMHA 3MQMA 4Q0NA 5F60A 3UVWA 5DYCA 3U5MA 4LC2A 4NRAA 3UV4A 2DVQA 4QSSA 5IG6A 4NYXA 5DYAA 5COIA 5DLXA 4TTEA 5J0DA 4MR6A 5HJCA 4O7BA 5ENEA 5DYUA 5E74A 5EU1A 4WHWA 4XUAA 5L96A 4YBMA 2DATA 3JVMA 5EISA 4YYGA 5F36A 4A9JA 4MR3A 5KTXA 4O75A 3HMEA 2D9EA 4NR6A 5HQ6A 4YYDA 5DFBA 5I86A 1E6IA 4QR4A 4QZSA 4HXSA 4QR3A 5F5ZA 5E7DA 4NR9A 5G4RA 5LKTA 4N3WA 2RO1A 4NYVA 4IR3A 5I89A 4O70A 3UVXA 5CUDA 4YADA 3ONIA 5C7NA 5EM3A 4O74A 5CQ3A 4YYNA 3P1FA 2DVSA 4QC1A 4IOOA 5D3PA 5AMEA 5L97A 5H1VA 4UIXA 5BT3A 5E9VA 4QYDA 5CRZA 4MENA 4TU6A 4UITA 2LSPB 4BHWA 4O7FA 5AD2A 4TZ8A 5ETBA 2E7OA 4A9OA 5A5OA 4QUTA 3AADA 4A9NA 4BW4A 1JM4B 2DVRA 4ZC9A 2YW5A 5LJ2A 4LYIA 4YBTA 5DKDA 5C85A 5D3LA 5FE3A 3U5KA 2R0SA 5FFVA 1JSPB 5LKZA 5DKHA 5IGKA 5CPEA 4IR5A 4GPJA 5HFRA 5IGNA 4MEQA 4CUSA 5EWWA 3JVJA 4YC9A 5D26A 5EICA 5F25A 5HQ5A 4TQNA 4O77A 5K29A 4QSWA 4A9KA 4HXLA 5E9LA 4YYIA 1F68A 5FDZA 4A9MA 4O7EA 5CQ4A 5A85A 5ENCA 5FB0A 2E3KA 5F2PA 2R0VA 3U5OA 4AKNA 5CQ8A 1X0JA 4QB3A 3G0JA 5HLSA 4HXOA 4IR4A 2FSAA 5LJ1A 1WUMA 4KV4A 3S92A 5LKXA 5CQ6A 5CUCA 2GRCA 3RCWA 2I8NA 4X2IA 5E9KA 4TT4A 5FFWA 2H60A 5FG5A 3SVFA 4KCXA 4LRGA 5ENFA 5EPSA 4O76A 5ETDA 3K2JA 5LVQA 4A9EA 5CGPA 5EWVA 4HXKA 5HFQA 4O72A 3UV2A 3O35A 4WIVA 5H1UA 4YATA 1EQFA 2DWWA 4LYSA 4WHUA 4XY8A 4YK0A 5TB6A 3MB3A 4QEWA 5H1TA 5CS8A 5A7CA 3LQJA 4XUBA 4QUUA 4HXNA 4YYJA 5D3HA 5I7XA 4MR5A 5EWCA 2RNYA 2YYNA 3TLPA 3NXBA 4OUFA 5EWDA 5II1A 3LQHA 5A5QA 2L85A 5FE2A 5CFWA 5EWHA 4NS5A 2YELA 5IGLA 5IBNA 3O33A 5E9IA 4KV1A 2RFJA 5FE4A 4QY4A 4UYFB 2RI7A 5C4QA 5DFCA 5E3GA 5EVAA 4N4GA 5II2A 2WP2A 4YBSA 3O34A 4ZW1A 3O36A 4HBYA 3P1CA 2YDWA 2RNWA 3I3JA 4YAXA 5AD3A 5CY9A 5DKCA 5I40A 5FE0A 5DY7A 5FE8A 4J3IA 3SVGA 5HRWA 4Z6IA 4ALHA 3HMFA 4UIWA 4YYKA 5HELA 4C66A 4A9FA 3O37A 5ACYA 5A83A 4HXRA 4O7CA 4RVRA 5DW2A 5FH6A 5KHMA 4UYHA 2WP1A 5BT5A 2N9GA 2R0YA 4OGJA 5EPBA 4UIUA 4YH3A 3U5NA 5EGUA 4YY6A 2OO1A 4NQNA 5HRVA 5HQ7A 5DBMA 5LVRA 4LZSA 2YQDA 4O71A 3MB4A 4CLBA 4NUEA 4NR5A 3P1EA 4CFLA 4J1PA 4N4FA 4QSUA 5F63A 4XYAA 4YY4A 4Y03A 2G4AA 5D3RA 4QEUA 5F62A 5A5PA 4F3IA 5I29A 3SVHA 5CQ5A 5FE6A 3DAIA 5EPRA 4YH4A 5FH8A 2YEMA 5AMFA 5E73A 5D3NA 5CQAA 5FFYA 5EV9A 5C8GA 3U5PA 4OGIA 4LYWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LR6A 5A5NA 4XY9A 5ENBA 4BW1A 3P5OA 2RS9B 5BT4A 5A5SA 4MEPA 3LJWA 5EK9A 3S91A 4N4HA 5EP7A 5E3DA 3Q2EA 4MEOA 5D25A 4O78A 3UV5A 4MR4A 4NR7A 4YYHA 5I88A 4NYWA 5ENHA 2NXBA 4TZ2A 5E9YA 4Z1SA 4PKLA 5L8TA 4A9LA 4PTBA 5CRMA 5F1LA 3AQAA 3U5JA 3UVDA 3QZSA 5I83A 4LZ2A 2RNXA 5D3JA 5F61A 1ZS5A 3JVKA 2EJNA 1WUGA 5KTWA 4HXPA 4UYGA 5FG6A 5C89A 4QSXA 2MJVB 5D3SA 2F6JA 4CUTA 5KU3A 4J0RA 5CUEA 2E7NA 5HCLA 4CUQA 5FE7A 3D1BA 5A81A 5F3AA 3MXFA 4O7AA 4IOQA 5G4SA 5JI8A 2F6NA 5FG4A 5CQTA 4UYEA 5L98A 5HRXA 5FB1A 5CU8A 4Q0OA 4CFKA 2L5EA 5DFDA 3LXJA 5FE9A 2DVVA 5CUAA 5EI4A 3IU6A 4QR5A 2R10A 5DX4A 3D7CA 5EA1A 2OUOA 3VKGA 4ZQLA 4NRCA 4NQMA 4LDFA 4UIYA 3QZVA 4BJXA 5I1QA 4C67A 3UW9A 5D7XA 5A5RA 5I7YA 5EQ1A 3FKMX 4QEVA 4CUPA 5DW1A 4YABA 4NR8A 3IU5A 3DWYA 5ENJA 2KTBB 4CL9A 4ALGA 4PS5A 4LZRA 5FH7A 4E96A 3G0LA 2OSSA 4J0SA 4NR4A 5KTUA 4UYDA 4CURA 3MULA 5IGMA 5L99A 5H85A 5DLZA 4NUCA 5ENGA 3ZYUA 2I7KA 4FLPA 5KO4A 4TT2A 4DONA 3LQIA 5CUBA 5IIDA 5FE1A 5E9MA 4PCEA 5FE5A 4HBXA 4QBMA 4QYLA 4A9HA 5D0CA 3U5LA 4TYLA 4AKGA 4NXJA 3JVLA 5ENIA 5C87A 4QSTA 5LJ0A 5TCMA 4QSQA 2D82A 4YYMA 3GG3A 5FBXA 5F1HA 4UIVA 4NRBA 5HEMA 4TT6A 5JWMA 4IR6A 5I80A 2L84A 3MUKA 3P1DA 2YEKA 3Q2FA 4BW3A 5LUUA 4UYFA 4QSVA 4UIZA 4QNSA 4N4IA 5D24A 5L8UA 4QC3A 4NUDA 4TU4A 2DKWA 5CP5A 5A82A 5HM0A 5LKUA 4QSPA 5CUGA 5D3TA 4Z1QA 4HBWA 1N72A 4PCIA 4A9IA 5E0RA 5HENA 4PY6A 4IORA 4CUUA 3QZTA 4TS8A 4BW2A 4QSRA 4HBVA 4Z6HA 3UVYA 5CQ7A 4Z93A 5CTLA 5DYXA 5CZGA 4HXMA 3HMHA 3MQMA 4Q0NA 5F60A 3UVWA 5DYCA 3U5MA 4LC2A 4NRAA 3UV4A 2DVQA 4QSSA 5IG6A 4NYXA 5DYAA 5COIA 5DLXA 4TTEA 5J0DA 4MR6A 5HJCA 4O7BA 5ENEA 5DYUA 5E74A 5EU1A 4WHWA 4XUAA 5L96A 4YBMA 2DATA 3JVMA 5EISA 4YYGA 4AKHA 3D1DA 5F36A 4A9JA 4MR3A 5KTXA 4O75A 3HMEA 2D9EA 4NR6A 5HQ6A 4YYDA 5DFBA 5I86A 1E6IA 4QR4A 4QZSA 4HXSA 4QR3A 5F5ZA 5E7DA 4NR9A 5G4RA 5LKTA 4N3WA 2RO1A 4NYVA 4IR3A 5I89A 4O70A 3UVXA 5CUDA 4YADA 3ONIA 5C7NA 5EM3A 4O74A 5CQ3A 4YYNA 3P1FA 2DVSA 4QC1A 4IOOA 5D3PA 1PUOA 5AMEA 5L97A 5H1VA 4UIXA 5BT3A 5E9VA 4QYDA 5CRZA 4MENA 4TU6A 4UITA 2LSPB 4BHWA 4O7FA 5AD2A 4TZ8A 5ETBA 2E7OA 4A9OA 5A5OA 4QUTA 3AADA 4A9NA 4BW4A 1JM4B 2DVRA 4ZC9A 2YW5A 5LJ2A 4LYIA 4YBTA 5DKDA 5C85A 5D3LA 5FE3A 3U5KA 2R0SA 5FFVA 1JSPB 5LKZA 5DKHA 5IGKA 5CPEA 4IR5A 4GPJA 5HFRA 5IGNA 4MEQA 4CUSA 5EWWA 3JVJA 4YC9A 5D26A 5EICA 5F25A 5HQ5A 4TQNA 4O77A 5K29A 4QSWA 4A9KA 4HXLA 5E9LA 4YYIA 1F68A 5FDZA 4A9MA 4O7EA 5CQ4A 5A85A 5ENCA 5FB0A 2E3KA 4AI6A 5F2PA 2R0VA 3U5OA 4AKNA 5CQ8A 1X0JA 4QB3A 3G0JA 5HLSA 4HXOA 4IR4A 2FSAA 5LJ1A 1WUMA 4KV4A 3S92A 5LKXA 5CQ6A 5CUCA 2GRCA 3RCWA 3VKHA 2I8NA 4X2IA 5E9KA 4TT4A 5FFWA 2H60A 5FG5A 3SVFA 4KCXA 4LRGA 5ENFA 5EPSA 4O76A 5ETDA 3K2JA 5LVQA 4A9EA 5CGPA 5EWVA 4HXKA 5HFQA 4O72A 3UV2A 3O35A 4WIVA 5H1UA 4YATA 1EQFA 2DWWA 4LYSA 4WHUA 4XY8A 4YK0A 5TB6A 3MB3A 4QEWA 5H1TA 5CS8A 5A7CA 3LQJA 4XUBA 4QUUA 4HXNA 4YYJA 5D3HA 5I7XA 4MR5A 5EWCA 2RNYA 2YYNA 3TLPA 3NXBA 4OUFA 5EWDA 5II1A 3LQHA 5A5QA 2L85A 5FE2A 5CFWA 5EWHA 4NS5A 2YELA 5IGLA 5IBNA 3O33A 5E9IA 4KV1A 2RFJA 5FE4A 4QY4A 4UYFB 2RI7A 5C4QA 5DFCA 5E3GA 5EVAA 4N4GA 5II2A 2WP2A 4YBSA 3O34A 4ZW1A 4AKIA 3O36A 4HBYA 3P1CA 2YDWA 2RNWA 3I3JA 4YAXA 5AD3A 5CY9A 5DKCA 5I40A 5FE0A 5DY7A 5FE8A 4J3IA 3SVGA 5HRWA 4Z6IA 4ALHA 3HMFA 4UIWA 1ZKRA 4YYKA 5HELA 4C66A 4A9FA 3O37A 5ACYA 5A83A 4HXRA 4O7CA 4RVRA 5DW2A 5FH6A 5KHMA 4UYHA 2WP1A 5BT5A 2N9GA 2R0YA 4OGJA 5EPBA 4UIUA 4YH3A 3U5NA 5EGUA 4YY6A 2OO1A 4NQNA 5HRVA 5HQ7A 5DBMA 5LVRA 4LZSA 2YQDA 4O71A 3MB4A 4CLBA 4NUEA 4NR5A 3P1EA 3ERRA 4CFLA 4J1PA 4N4FA 4QSUA 5F63A 4XYAA 4YY4A 4Y03A 2G4AA 5D3RA 4QEUA 5F62A 5A5PA 4F3IA 5I29A 3SVHA 5CQ5A 5FE6A 3DAIA 5EPRA 4YH4A 5FH8A 2YEMA 5AMFA 5E73A 5D3NA 5CQAA 5FFYA 5EV9A 5C8GA 3U5PA 4OGIA 4LYWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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