5L97A

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 3
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
total genus 39
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l97A00
2L84A 4OGJA 4MR3A 5DFCA 5A5RA 5AMFA 5FG6A 3ONIA 5F5ZA 5FB0A 5HM0A 5JI8A 2F6NA 1N72A 5D24A 5AD2A 5DYUA 4O76A 4ALGA 5CUAA 3G0LA 3LXJA 4QSWA 4N4FA 4O77A 5J0DA 4GPJA 5G4RA 4QZSA 5HQ6A 5A83A 4IR6A 5CUGA 4YATA 3UW9A 5D3SA 5CGPA 2F6JA 2H60A 4Z6HA 5CQ7A 5IG6A 2YEKA 4QEVA 5CRMA 4O72A 4QR3A 5I89A 2RS9B 5E74A 5FE9A 5HQ7A 4YBSA 5A81A 4IOQA 5ENEA 4KV1A 4OUFA 2DVQA 4NUCA 5EWCA 3U5NA 4QSSA 5EVAA 3D7CA 2OUOA 3MXFA 4J3IA 5A7CA 3UVYA 1WUMA 5D3TA 5FFVA 4PCEA 4QY4A 4QC1A 5ENGA 4ZC9A 4HXLA 4NRBA 4HXKA 5DX4A 5E73A 4YYIA 5CQ3A 5KTWA 5CUCA 4TU6A 3S91A 4NR6A 2E3KA 3U5MA 5JWMA 4CL9A 4TS8A 5HENA 5DBMA 4LR6A 3LQJA 4PTBA 4UYFA 5F1LA 5COIA 4NR5A 4PS5A 3AQAA 4YABA 4QUTA 5CFWA 3U5JA 3LJWA 3SVFA 5HELA 5L8UA 4NRCA 5DYAA 5E9KA 3IU5A 3JVMA 5KTUA 3MB3A 2DATA 5D3LA 4YYHA 5I1QA 3SVHA 4J0SA 5DY7A 2OSSA 4BW3A 5LKTA 1JM4B 4QSRA 3UV2A 5ENHA 5DKHA 5EPSA 5F25A 4BJXA 2KTBB 5BT4A 2DVSA 5A82A 3UV5A 4UYDA 2R10A 3U5KA 4OGIA 4QSQA 2YEMA 4QNSA 2OO1A 4A9MA 5CQ4A 5C85A 5KHMA 5CS8A 4QEUA 4ALHA 3P5OA 4UIUA 4O7AA 5A5PA 5FFWA 3U5LA 3UV4A 4PY6A 3IU6A 5CTLA 1X0JA 4BHWA 4QSXA 4CUSA 2R0VA 4E96A 4QUUA 4NS5A 4A9LA 2WP2A 5H1TA 4TTEA 4LYIA 4PCIA 5CQ6A 5FE4A 4YYNA 5FH8A 4ZW1A 4HBWA 3U5PA 4QSVA 5E9IA 2MJVB 5D0CA 5CY9A 5HLSA 4HBXA 5CUEA 4WHWA 4LC2A 5DKDA 5I7XA 2D82A 3ZYUA 5E9VA 4CUUA 5FE1A 4C66A 4LDFA 3P1DA 2RFJA 2RNWA 4NXJA 4F3IA 5AD3A 5C4QA 5DFDA 1ZS5A 5C7NA 4UYFB 5FH7A 4UIZA 5FG4A 4BW1A 5HQ5A 5C87A 4Z93A 4NUEA 3MULA 3NXBA 5A5QA 4Y03A 4UIYA 5EWDA 4HXPA 4PKLA 4MEQA 4YYGA 4A9KA 5EQ1A 5HJCA 5LKZA 4IR5A 3DWYA 5DYCA 4HXRA 5D3NA 5EWWA 5TB6A 4NRAA 2G4AA 5DFBA 5EISA 3O36A 2LSPB 5ENFA 3DAIA 4YAXA 5FE2A 3RCWA 5KO4A 2L85A 4KV4A 5EP7A 5K29A 5AMEA 3I3JA 5FE0A 5IGNA 4N3WA 5EA1A 4ZQLA 1F68A 5ENBA 4MR4A 5IGKA 5EV9A 4N4HA 4QBMA 3O33A 5L99A 5KU3A 5LUUA 5CQ5A 4BW4A 5ETDA 5F2PA 5EK9A 5HFQA 4QB3A 5FB1A 4O7EA 5F60A 3LQIA 4HXNA 2YDWA 4LRGA 4Z6IA 4NQNA 5C8GA 1WUGA 5FE6A 4CFLA 5D3RA 3P1FA 3HMFA 5D3HA 2YELA 4X2IA 5I86A 5EU1A 4YYJA 2RNYA 5E9YA 4NR4A 3MQMA 3G0JA 5D26A 4LYSA 5H85A 5CUDA 4YH4A 3FKMX 5FDZA 4UIXA 5E3GA 4IOOA 4CUTA 4LYWA 5II1A 1EQFA 5F36A 4NYXA 4CLBA 4FLPA 4TYLA 2E7OA 4XUAA 4YBTA 3HMEA 4LZ2A 5EWHA 5FE3A 4A9IA 3HMHA 2DVRA 3O37A 5LJ0A 5L97A 4N4IA 5I83A 5L96A 3QZTA 5I40A 4NUDA 4QSTA 5D3JA 3U5OA 5LJ1A 4YY6A 2DKWA 5F63A 5CP5A 5G4SA 4NR7A 5IIDA 4QYDA 2I7KA 4BW2A 5F1HA 5A5NA 5EWVA 3Q2FA 2L5EA 2YYNA 4XY9A 5I88A 5D7XA 2RNXA 5E3DA 5HCLA 4HBYA 4HBVA 2YW5A 3Q2EA 5ENJA 5HRVA 4MEPA 5E9LA 5FG5A 5CRZA 4O71A 2DVVA 3SVGA 3JVLA 5FE5A 5EPRA 5A5OA 5LKUA 3P1CA 5I7YA 2FSAA 4DONA 4YC9A 4UITA 5ENIA 4UIWA 4LZRA 3O34A 4CURA 5CUBA 5EPBA 4A9HA 4NYWA 3AADA 2GRCA 4UYEA 5CU8A 4HXMA 4YK0A 4Z1QA 4TT4A 5A85A 4WIVA 4QYLA 5LVRA 5KTXA 4YBMA 4MR6A 2D9EA 3UVXA 4MEOA 4CFKA 5H1VA 5TCMA 5E7DA 5I29A 3GG3A 3MUKA 4AKNA 3S92A 5E9MA 5D3PA 5H1UA 5DLZA 3UVDA 4IR3A 5EI4A 4MR5A 5DLXA 5HRWA 3JVKA 3O35A 4TZ2A 5EGUA 4YADA 4Q0OA 3QZVA 2I8NA 4UYGA 2RO1A 4KCXA 5FE8A 5C89A 4A9EA 4IR4A 5CQAA 4O7FA 4UYHA 2N9GA 5FBXA 4WHUA 4O70A 5E0RA 4MENA 3LQHA 2WP1A 4J0RA 5CQTA 4O78A 5DKCA 5IGMA 4C67A 4IORA 4NR9A 5IGLA 5CZGA 2RI7A 4XUBA 5EICA 4XYAA 4J1PA 3MB4A 5L98A 4QR5A 5IBNA 5LJ2A 4O7BA 5ACYA 1E6IA 2R0YA 5F62A 3UVWA 5ENCA 4YY4A 4CUPA 4QSUA 5DYXA 5F61A 5HEMA 4A9FA 4Z1SA 4YH3A 4HXOA 5FFYA 4O7CA 4UIVA 4XY8A 4TT2A 5ETBA 4HXSA 2R0SA 5FH6A 4YYKA 3K2JA 4CUQA 5CQ8A 4O74A 4LZSA 5LVQA 4NR8A 4QEWA 5II2A 1JSPB 5HFRA 2YQDA 4TQNA 3P1EA 4N4GA 5EM3A 3TLPA 4QR4A 5DW1A 5FE7A 3JVJA 4A9NA 4NQMA 5HRXA 2DWWA 5F3AA 3QZSA 4RVRA 5BT3A 5BT5A 4YYMA 2E7NA 4NYVA 5LKXA 4TZ8A 2NXBA 4TT6A 4A9JA 5I80A 4YYDA 5A5SA 5CPEA 5L8TA 4QSPA 4A9OA 4O75A 5D25A 4Q0NA 5DW2A 4TU4A 4QC3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L84A 4OGJA 4MR3A 5DFCA 5A5RA 5AMFA 5FG6A 3ONIA 5F5ZA 5FB0A 5HM0A 5JI8A 2F6NA 1N72A 5D24A 5AD2A 5DYUA 4O76A 4ALGA 5CUAA 3G0LA 3LXJA 4QSWA 4N4FA 4O77A 5J0DA 4GPJA 5G4RA 4QZSA 5HQ6A 5A83A 4IR6A 5CUGA 4AI6A 4YATA 3UW9A 5D3SA 5CGPA 2F6JA 2H60A 4Z6HA 5CQ7A 5IG6A 2YEKA 4QEVA 5CRMA 4O72A 4QR3A 5I89A 2RS9B 5E74A 5FE9A 5HQ7A 4YBSA 5A81A 4IOQA 5ENEA 4KV1A 4OUFA 2DVQA 4NUCA 5EWCA 3U5NA 4QSSA 5EVAA 3D7CA 2OUOA 3MXFA 4J3IA 5A7CA 3UVYA 1WUMA 5D3TA 5FFVA 4PCEA 4QY4A 4QC1A 5ENGA 4ZC9A 4HXLA 4NRBA 4HXKA 5DX4A 5E73A 4YYIA 5CQ3A 5KTWA 5CUCA 4TU6A 3S91A 4NR6A 2E3KA 3U5MA 5JWMA 4CL9A 4TS8A 5HENA 5DBMA 4LR6A 3LQJA 4PTBA 4UYFA 5F1LA 5COIA 4NR5A 4PS5A 3AQAA 4YABA 4QUTA 3VKGA 5CFWA 3U5JA 3LJWA 3SVFA 5HELA 5L8UA 4NRCA 5DYAA 5E9KA 3IU5A 3JVMA 5KTUA 3MB3A 2DATA 5D3LA 4YYHA 2EJNA 4AKGA 5I1QA 3SVHA 4J0SA 5DY7A 2OSSA 4BW3A 5LKTA 1JM4B 4QSRA 3UV2A 5ENHA 5DKHA 5EPSA 5F25A 4BJXA 2KTBB 5BT4A 2DVSA 5A82A 3UV5A 1PUOA 4UYDA 2R10A 3U5KA 4OGIA 4QSQA 2YEMA 4QNSA 2OO1A 4A9MA 5CQ4A 5C85A 5KHMA 5CS8A 4QEUA 4ALHA 3P5OA 4UIUA 4O7AA 5A5PA 5FFWA 3U5LA 3UV4A 4PY6A 3IU6A 5CTLA 1X0JA 3ERRA 4BHWA 4QSXA 4CUSA 2R0VA 4E96A 4QUUA 4NS5A 3VKHA 4A9LA 2WP2A 5H1TA 4TTEA 4LYIA 4PCIA 5CQ6A 5FE4A 4YYNA 5FH8A 4ZW1A 4HBWA 3U5PA 4QSVA 5E9IA 2MJVB 5D0CA 5CY9A 5HLSA 4HBXA 5CUEA 4WHWA 4LC2A 5DKDA 3D1BA 5I7XA 2D82A 3ZYUA 5E9VA 4CUUA 5FE1A 4C66A 4LDFA 3P1DA 2RFJA 2RNWA 4NXJA 4F3IA 5AD3A 5C4QA 5DFDA 1ZS5A 5C7NA 4UYFB 5FH7A 4UIZA 5FG4A 4BW1A 5HQ5A 5C87A 4Z93A 4NUEA 3MULA 3NXBA 5A5QA 4Y03A 4UIYA 5EWDA 4HXPA 4PKLA 4MEQA 4YYGA 4A9KA 5EQ1A 5HJCA 5LKZA 4IR5A 3DWYA 5DYCA 4HXRA 5D3NA 5EWWA 5TB6A 4NRAA 2G4AA 5DFBA 5EISA 3O36A 2LSPB 5ENFA 3DAIA 4YAXA 5FE2A 3RCWA 5KO4A 2L85A 4KV4A 5EP7A 5K29A 5AMEA 3I3JA 5FE0A 5IGNA 4N3WA 5EA1A 4ZQLA 1F68A 5ENBA 4MR4A 5IGKA 5EV9A 4N4HA 4QBMA 3O33A 5L99A 5KU3A 5LUUA 5CQ5A 4BW4A 5ETDA 5F2PA 5EK9A 5HFQA 4QB3A 5FB1A 4O7EA 5F60A 3LQIA 4HXNA 2YDWA 4LRGA 4Z6IA 4NQNA 5C8GA 1WUGA 5FE6A 4CFLA 5D3RA 3P1FA 3HMFA 5D3HA 2YELA 4X2IA 5I86A 5EU1A 4YYJA 2RNYA 5E9YA 4NR4A 3MQMA 3G0JA 5D26A 4LYSA 5H85A 5CUDA 4YH4A 3FKMX 5FDZA 4UIXA 5E3GA 4IOOA 4CUTA 4LYWA 5II1A 1EQFA 5F36A 4NYXA 4CLBA 4FLPA 4TYLA 2E7OA 4XUAA 4YBTA 3HMEA 4LZ2A 5EWHA 5FE3A 4A9IA 3HMHA 2DVRA 3O37A 5LJ0A 5L97A 4N4IA 5I83A 5L96A 3QZTA 5I40A 4NUDA 4QSTA 5D3JA 3U5OA 5LJ1A 1ZKRA 4YY6A 2DKWA 5F63A 5CP5A 5G4SA 4NR7A 5IIDA 4QYDA 2I7KA 4BW2A 5F1HA 5A5NA 5EWVA 3Q2FA 2L5EA 2YYNA 4XY9A 5I88A 5D7XA 2RNXA 5E3DA 5HCLA 4HBYA 4HBVA 2YW5A 3Q2EA 5ENJA 4AKHA 5HRVA 4MEPA 5E9LA 5FG5A 5CRZA 4O71A 2DVVA 3SVGA 3JVLA 5FE5A 5EPRA 5A5OA 5LKUA 3P1CA 5I7YA 2FSAA 4DONA 4YC9A 4UITA 5ENIA 4UIWA 4LZRA 3O34A 4CURA 5CUBA 5EPBA 4A9HA 4NYWA 3AADA 2GRCA 4UYEA 5CU8A 4HXMA 4YK0A 4Z1QA 4TT4A 5A85A 4WIVA 4QYLA 5LVRA 5KTXA 4YBMA 4MR6A 2D9EA 3UVXA 4MEOA 4CFKA 5H1VA 5TCMA 5E7DA 5I29A 3GG3A 3MUKA 4AKNA 3S92A 5E9MA 5D3PA 5H1UA 5DLZA 3UVDA 4IR3A 5EI4A 4MR5A 5DLXA 5HRWA 3JVKA 3O35A 4TZ2A 5EGUA 4YADA 4Q0OA 3QZVA 2I8NA 4UYGA 2RO1A 4KCXA 5FE8A 5C89A 4A9EA 4IR4A 5CQAA 4O7FA 4UYHA 2N9GA 5FBXA 4WHUA 4O70A 5E0RA 4MENA 3LQHA 2WP1A 4J0RA 5CQTA 4O78A 5DKCA 5IGMA 4C67A 4IORA 4NR9A 5IGLA 5CZGA 2RI7A 4XUBA 5EICA 4AKIA 4XYAA 4J1PA 3MB4A 5L98A 4QR5A 5IBNA 5LJ2A 4O7BA 5ACYA 1E6IA 2R0YA 5F62A 3UVWA 5ENCA 4YY4A 4CUPA 4QSUA 5DYXA 5F61A 5HEMA 4A9FA 4Z1SA 4YH3A 4HXOA 5FFYA 4O7CA 4UIVA 4XY8A 4TT2A 5ETBA 4HXSA 2R0SA 5FH6A 4YYKA 3K2JA 4CUQA 5CQ8A 4O74A 4LZSA 5LVQA 4NR8A 4QEWA 5II2A 1JSPB 5HFRA 2YQDA 4TQNA 3P1EA 4N4GA 5EM3A 3TLPA 4QR4A 5DW1A 5FE7A 3JVJA 4A9NA 4NQMA 5HRXA 2DWWA 3D1DA 5F3AA 3QZSA 4RVRA 5BT3A 5BT5A 4YYMA 2E7NA 4NYVA 5LKXA 4TZ8A 2NXBA 4TT6A 4A9JA 5I80A 4YYDA 5A5SA 5CPEA 5L8TA 4QSPA 4A9OA 4O75A 5D25A 4Q0NA 5DW2A 4TU4A 4QC3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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