5L98A

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 4
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
b'SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 41
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l98A00
4A9MA 5KO4A 4Z6HA 4N4GA 5I7YA 4C67A 4QYDA 5CP5A 5CQ4A 5I88A 1EQFA 4QC3A 3UVXA 5LKZA 3MULA 2D9EA 4QEUA 5D7XA 4LZ2A 4UITA 4QZSA 2FSAA 3LQJA 5F60A 5CUEA 5D3TA 5KTUA 5ETBA 5BT5A 3JVJA 5KU3A 5JWMA 3O34A 3UVDA 5E74A 5L98A 5D3RA 3MQMA 4TYLA 4CFKA 2E7OA 4KV1A 5CQ8A 5E73A 5EISA 2DVRA 4O7EA 4A9OA 4DONA 4N4HA 5CTLA 5CRZA 3G0JA 5EGUA 2F6JA 4O74A 4O72A 3I3JA 4YH4A 5FE9A 4BW1A 4Y03A 5A5NA 2WP2A 3NXBA 5EPBA 4C66A 5DFCA 5FDZA 4YYIA 5D26A 4NUEA 5A5OA 5BT3A 4OUFA 5D3JA 3JVMA 4N4FA 5L99A 2G4AA 4YYGA 4A9LA 2OSSA 2YYNA 5HRVA 5F61A 2YW5A 4O70A 4YYJA 5IBNA 2KTBB 4UIZA 5EPSA 3U5JA 2I8NA 3SVHA 3O35A 4UIVA 4TZ8A 2RO1A 5I83A 3QZVA 5ACYA 2H60A 5HFQA 2D82A 4MR5A 2YELA 4LYWA 5I7XA 4YK0A 5C8GA 5G4RA 4PS5A 5FE8A 4IR3A 5CY9A 5EQ1A 3P1FA 4J3IA 4CUPA 4LDFA 1ZS5A 5HLSA 4F3IA 5HQ7A 5FE4A 5EK9A 5A85A 2YEKA 1N72A 4HXNA 3QZTA 4IOOA 4OGJA 4XY8A 4WHUA 4BW4A 4CUSA 1JM4B 4OGIA 5I80A 5EA1A 2RI7A 3LXJA 4NUCA 5CUGA 5FG4A 4YADA 3AQAA 3UVYA 4UYFA 5II1A 5A5SA 3HMFA 5CQ7A 5JI8A 5FG5A 2L85A 4AKNA 3JVKA 4O7BA 4HXMA 4J1PA 5DYAA 5IGLA 4PTBA 4TQNA 5CUDA 5F63A 4QC1A 5CGPA 5FBXA 5D3HA 5C7NA 5II2A 4Z1QA 5E3DA 3K2JA 4NR9A 5EV9A 4MR3A 5EPRA 3SVFA 3MXFA 5D3LA 4Z93A 5H1UA 5COIA 5HQ5A 4ALHA 4UYHA 2OO1A 4XUBA 4QSQA 5DX4A 3UV5A 3ONIA 4MEQA 5L96A 2DATA 4NXJA 4QB3A 5LVRA 4HBVA 5EP7A 5DW1A 4YATA 1WUGA 5IGNA 5DKCA 4A9KA 3D7CA 4NYXA 4QSTA 5DYXA 4YBSA 5D25A 5ENBA 5HRXA 3U5LA 5CUBA 4NUDA 2RS9B 5CS8A 2OUOA 4N3WA 5DYUA 5CUCA 5L8UA 4LRGA 5FE3A 4YAXA 4BW3A 4HBXA 3UV4A 5LKXA 3QZSA 4QSSA 4QSRA 5E9KA 4TS8A 3UVWA 5DFDA 5HM0A 4WIVA 4QSVA 4QYLA 5FFYA 5F25A 4LYSA 5TCMA 5ETDA 2N9GA 3P5OA 5FH8A 5IIDA 4BHWA 5DYCA 4CFLA 4CUTA 4XUAA 3JVLA 3P1DA 4HBYA 2NXBA 3SVGA 4XY9A 5TB6A 2DWWA 2RNYA 3U5NA 4ZC9A 3LQIA 3Q2FA 4LC2A 5ENIA 3RCWA 4WHWA 5C85A 5FE1A 4HXPA 4QSWA 4QUTA 5H85A 5FE6A 2L5EA 4LZSA 4TU6A 5KTXA 5FFVA 4QEVA 5E9VA 5I29A 4PKLA 5E9YA 5K29A 4NR4A 4QSUA 4BW2A 4ZQLA 4YYMA 4YBMA 4BJXA 5DKDA 4O77A 5A82A 5FG6A 4Z6IA 3P1EA 4LYIA 5CU8A 5DY7A 4NR7A 3LJWA 4O71A 4YYNA 4NQMA 3UW9A 4YYKA 5HFRA 4LZRA 2YEMA 5IGKA 3O36A 5EU1A 5D24A 5FE2A 5J0DA 4A9EA 5DKHA 5FE5A 5H1TA 5DFBA 5AMEA 2DVQA 4YBTA 3FKMX 2YDWA 5DBMA 3ZYUA 5ENCA 4QR5A 4MEPA 5ENGA 4KV4A 4A9JA 4NRCA 4XYAA 5C4QA 3IU6A 5LVQA 3DWYA 4YYHA 4UYDA 3HMEA 5F1HA 5EWHA 2LSPB 5HELA 5F1LA 3U5OA 4RVRA 5C89A 2DVSA 4O7AA 2E3KA 5CFWA 5HJCA 5C87A 5EWDA 4QBMA 4J0RA 4QR3A 5A7CA 4CLBA 3P1CA 5BT4A 4O7FA 5IG6A 4QR4A 4PY6A 4O78A 3S92A 3O33A 5DW2A 4YY6A 5ENFA 4UYEA 4KCXA 4UIYA 5LJ0A 5LKTA 4FLPA 5E9MA 2I7KA 5E0RA 5I86A 5FH6A 3Q2EA 4LR6A 4A9FA 5IGMA 3AADA 4Q0NA 1JSPB 4PCIA 5EVAA 2RNXA 3G0LA 4YY4A 4A9HA 5CZGA 5AMFA 5HQ6A 5CQ6A 4QNSA 4NYVA 4UYFB 4TT2A 4QUUA 3S91A 2GRCA 2RNWA 5ENJA 4CUQA 4NRAA 4NYWA 3HMHA 3U5KA 4NQNA 5L8TA 5FB0A 2E7NA 4HXOA 4A9IA 4TZ2A 4CUUA 5F3AA 3TLPA 3DAIA 4HXSA 3MB3A 5HRWA 4YABA 4UIXA 4IORA 5D3NA 5HCLA 3U5MA 4X2IA 3U5PA 5EM3A 4CL9A 5A83A 4UYGA 4HXKA 5CQTA 1X0JA 4QEWA 3LQHA 4TT4A 4GPJA 5CQ5A 5EWCA 5EWVA 4UIUA 5L97A 2R0SA 4O75A 2DVVA 4HXLA 4QSPA 5DLZA 3UV2A 5A81A 5EWWA 5F62A 5I1QA 4IR5A 2L84A 4TU4A 5F2PA 4J0SA 4Q0OA 4MR4A 5EICA 5I89A 3MUKA 4NS5A 4NRBA 5A5PA 2WP1A 5LJ2A 4NR8A 5KHMA 5DLXA 5HENA 4MR6A 4HXRA 4Z1SA 3O37A 5CPEA 2R0VA 4QSXA 4ZW1A 5LJ1A 2F6NA 5FFWA 5FH7A 5F36A 1WUMA 5A5QA 5G4SA 5FE7A 5E9LA 2RFJA 1E6IA 5E3GA 5LKUA 3MB4A 4YH3A 4HBWA 4TTEA 4QY4A 4O76A 3GG3A 4CURA 5LUUA 1F68A 4O7CA 2R0YA 5H1VA 4ALGA 5KTWA 4IR4A 5AD3A 5E9IA 4PCEA 4NR5A 4YYDA 4TT6A 5D0CA 4UIWA 5CRMA 5E7DA 4MENA 5CQ3A 5A5RA 5CQAA 5CUAA 4E96A 4IOQA 4YC9A 2DKWA 5ENHA 4A9NA 2R10A 5F5ZA 5D3SA 4MEOA 5FE0A 3IU5A 5EI4A 4IR6A 2YQDA 5ENEA 4N4IA 5FB1A 5D3PA 5AD2A 2MJVB 5HEMA 4NR6A 5I40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A9MA 5KO4A 4Z6HA 4N4GA 5I7YA 4C67A 4QYDA 5CP5A 5CQ4A 5I88A 1EQFA 4QC3A 3UVXA 5LKZA 3MULA 2D9EA 4QEUA 2EJNA 5D7XA 4LZ2A 4UITA 4QZSA 2FSAA 3LQJA 5F60A 5CUEA 5D3TA 5KTUA 5ETBA 5BT5A 3JVJA 5KU3A 5JWMA 3O34A 3UVDA 5E74A 5L98A 5D3RA 3MQMA 4TYLA 4CFKA 2E7OA 4KV1A 5CQ8A 5E73A 5EISA 2DVRA 4O7EA 4A9OA 4DONA 4N4HA 5CTLA 5CRZA 3G0JA 5EGUA 2F6JA 4O74A 4O72A 3I3JA 4YH4A 5FE9A 4BW1A 4Y03A 5A5NA 2WP2A 3NXBA 5EPBA 4C66A 5DFCA 5FDZA 4YYIA 4AKIA 5D26A 4NUEA 5A5OA 5BT3A 4OUFA 5D3JA 3JVMA 4N4FA 5L99A 2G4AA 4YYGA 4A9LA 2OSSA 2YYNA 5HRVA 5F61A 2YW5A 4O70A 4YYJA 5IBNA 3D1DA 2KTBB 4UIZA 5EPSA 3VKHA 3U5JA 2I8NA 3SVHA 3O35A 4UIVA 4TZ8A 2RO1A 5I83A 3QZVA 5ACYA 2H60A 5HFQA 2D82A 4MR5A 2YELA 4LYWA 5I7XA 4YK0A 5C8GA 5G4RA 3ERRA 4PS5A 5FE8A 4IR3A 5CY9A 5EQ1A 3P1FA 4J3IA 4CUPA 4LDFA 1ZS5A 5HLSA 4F3IA 5HQ7A 5FE4A 5EK9A 5A85A 2YEKA 1N72A 4AKGA 4HXNA 3QZTA 4IOOA 4OGJA 4XY8A 4WHUA 4BW4A 4CUSA 1JM4B 4OGIA 5I80A 5EA1A 2RI7A 3LXJA 4NUCA 5CUGA 5FG4A 4YADA 3AQAA 3UVYA 4UYFA 5II1A 5A5SA 3HMFA 5CQ7A 5JI8A 5FG5A 2L85A 4AKNA 3JVKA 4O7BA 4HXMA 4J1PA 5DYAA 5IGLA 4PTBA 4TQNA 5CUDA 5F63A 4QC1A 5CGPA 5FBXA 5D3HA 5C7NA 5II2A 4Z1QA 5E3DA 3K2JA 4NR9A 5EV9A 4MR3A 5EPRA 3SVFA 3MXFA 5D3LA 4Z93A 5H1UA 5COIA 5HQ5A 4ALHA 4UYHA 2OO1A 4XUBA 4QSQA 5DX4A 3UV5A 3ONIA 4MEQA 5L96A 2DATA 4NXJA 4QB3A 5LVRA 4HBVA 5EP7A 5DW1A 4YATA 1WUGA 5IGNA 5DKCA 4A9KA 3D7CA 4NYXA 4QSTA 5DYXA 4YBSA 5D25A 5ENBA 5HRXA 3U5LA 5CUBA 4NUDA 2RS9B 5CS8A 2OUOA 4N3WA 5DYUA 5CUCA 5L8UA 4LRGA 5FE3A 4YAXA 4BW3A 4HBXA 3UV4A 5LKXA 3QZSA 4QSSA 4QSRA 5E9KA 4TS8A 3UVWA 5DFDA 5HM0A 4WIVA 4QSVA 4QYLA 5FFYA 5F25A 4LYSA 5TCMA 5ETDA 2N9GA 3P5OA 5FH8A 5IIDA 4BHWA 5DYCA 4CFLA 4CUTA 4XUAA 3JVLA 3P1DA 4HBYA 2NXBA 3SVGA 4XY9A 5TB6A 2DWWA 2RNYA 3U5NA 4ZC9A 3LQIA 3Q2FA 4LC2A 5ENIA 3RCWA 4WHWA 5C85A 5FE1A 4HXPA 4QSWA 4QUTA 5H85A 5FE6A 2L5EA 4LZSA 4TU6A 5KTXA 5FFVA 4QEVA 5E9VA 5I29A 4PKLA 5E9YA 5K29A 4NR4A 4QSUA 4BW2A 4ZQLA 4YYMA 4YBMA 4BJXA 5DKDA 4O77A 5A82A 5FG6A 4Z6IA 3P1EA 4LYIA 5CU8A 5DY7A 4NR7A 3LJWA 4O71A 4YYNA 4NQMA 3UW9A 4YYKA 5HFRA 4LZRA 2YEMA 5IGKA 3O36A 5EU1A 5D24A 5FE2A 5J0DA 4A9EA 5DKHA 5FE5A 5H1TA 5DFBA 5AMEA 2DVQA 4YBTA 3FKMX 2YDWA 5DBMA 3ZYUA 5ENCA 4QR5A 4MEPA 5ENGA 4KV4A 4A9JA 4NRCA 4XYAA 5C4QA 3IU6A 5LVQA 3DWYA 4YYHA 4UYDA 3HMEA 5F1HA 5EWHA 2LSPB 5HELA 5F1LA 3U5OA 4RVRA 5C89A 2DVSA 4O7AA 2E3KA 5CFWA 5HJCA 5C87A 5EWDA 4QBMA 4J0RA 4QR3A 5A7CA 4CLBA 3P1CA 5BT4A 4O7FA 5IG6A 4QR4A 4PY6A 4AKHA 4O78A 3S92A 3O33A 1ZKRA 5DW2A 4YY6A 5ENFA 4UYEA 4KCXA 4UIYA 5LJ0A 5LKTA 4FLPA 5E9MA 2I7KA 5E0RA 5I86A 5FH6A 3Q2EA 4LR6A 4A9FA 5IGMA 3AADA 4Q0NA 1JSPB 4PCIA 5EVAA 2RNXA 3G0LA 4YY4A 4A9HA 5CZGA 5AMFA 5HQ6A 5CQ6A 4QNSA 4NYVA 4UYFB 4TT2A 4QUUA 3S91A 2GRCA 2RNWA 5ENJA 4CUQA 4NRAA 4NYWA 3HMHA 3U5KA 4AI6A 4NQNA 5L8TA 5FB0A 2E7NA 4HXOA 4A9IA 4TZ2A 4CUUA 5F3AA 3TLPA 3DAIA 4HXSA 3MB3A 5HRWA 4YABA 4UIXA 4IORA 5D3NA 5HCLA 3U5MA 4X2IA 3U5PA 5EM3A 4CL9A 5A83A 4UYGA 4HXKA 5CQTA 1X0JA 4QEWA 3LQHA 4TT4A 4GPJA 5CQ5A 5EWCA 5EWVA 4UIUA 5L97A 2R0SA 4O75A 2DVVA 4HXLA 4QSPA 5DLZA 3UV2A 5A81A 1PUOA 5EWWA 5F62A 5I1QA 4IR5A 2L84A 4TU4A 5F2PA 4J0SA 4Q0OA 4MR4A 5EICA 5I89A 3MUKA 4NS5A 4NRBA 5A5PA 2WP1A 5LJ2A 4NR8A 5KHMA 5DLXA 5HENA 4MR6A 4HXRA 4Z1SA 3O37A 5CPEA 2R0VA 4QSXA 4ZW1A 5LJ1A 2F6NA 5FFWA 5FH7A 5F36A 1WUMA 5A5QA 5G4SA 5FE7A 5E9LA 2RFJA 1E6IA 5E3GA 5LKUA 3MB4A 3D1BA 4YH3A 4HBWA 4TTEA 4QY4A 4O76A 3GG3A 4CURA 5LUUA 1F68A 4O7CA 2R0YA 5H1VA 4ALGA 5KTWA 4IR4A 5AD3A 5E9IA 4PCEA 4NR5A 4YYDA 4TT6A 5D0CA 4UIWA 5CRMA 5E7DA 4MENA 5CQ3A 5A5RA 5CQAA 5CUAA 4E96A 4IOQA 4YC9A 2DKWA 5ENHA 4A9NA 2R10A 5F5ZA 5D3SA 4MEOA 5FE0A 3IU5A 5EI4A 4IR6A 2YQDA 5ENEA 4N4IA 5FB1A 5D3PA 5AD2A 3VKGA 2MJVB 5HEMA 4NR6A 5I40A
chains in the Genus database with same CATH topology
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