5L98A

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with 3-amino-2-methylpyridine derivative 4
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Derivatives of 3-Amino-2-methylpyridine as BAZ2B Bromodomain Ligands: In Silico Discovery and in Crystallo Validation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
total genus 41
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5l98A00
5EWCA 1WUGA 3MQMA 4QSSA 5CFWA 4NR6A 5KHMA 3UVYA 3G0JA 5J0DA 2YQDA 4NYXA 2RO1A 4J0SA 5CQ4A 5E0RA 4IR4A 4CL9A 4C67A 3UV4A 4YYGA 4UIYA 4XYAA 5EGUA 4HXOA 4BW1A 3O35A 4HBVA 4N4GA 4YAXA 4MEQA 4O77A 4A9JA 5FH8A 5FG5A 5E9KA 5LKTA 5IGLA 4QSTA 4YABA 4LZ2A 5A83A 4HBXA 4QYDA 4UIUA 4IR3A 5I29A 5I83A 4TT2A 4O7AA 4WHUA 4QB3A 5DLZA 3MUKA 4QEWA 4NRCA 3P1CA 4Q0OA 4OGJA 4QZSA 4A9LA 5LKZA 2DATA 3ONIA 4O7FA 4X2IA 4N4FA 5IGMA 2DVVA 5ETBA 4LYSA 4ALGA 5CP5A 2I8NA 4CUQA 5HENA 4QR4A 5DKDA 5FBXA 4PTBA 4LYWA 5KTXA 2DWWA 5CQ3A 5L98A 5DW2A 3U5MA 3QZSA 5CQ5A 5A7CA 3P1FA 4LRGA 2DVSA 4MR5A 2E7OA 2YEMA 5L97A 5F36A 4YYHA 5HQ5A 4PS5A 5F25A 4TT6A 4QNSA 4IR5A 4KCXA 4CLBA 5D3RA 2G4AA 2WP1A 4XUBA 5ENBA 5H1TA 2DKWA 2F6JA 4YH4A 4MR4A 4BW3A 4TU6A 5CRZA 4A9IA 4XY9A 4YK0A 5EPBA 5FE7A 5L8TA 4O70A 5I86A 2RFJA 5FE3A 4NYWA 3LJWA 4C66A 4TQNA 5A5SA 4AKNA 3O33A 4HXPA 5EM3A 5AD3A 4QBMA 5A5RA 3HMFA 5I89A 4ZQLA 4RVRA 5LJ0A 5A5QA 5LKXA 3QZTA 5HM0A 4NYVA 5HQ7A 2DVQA 2R10A 2OUOA 3DWYA 5E73A 5EWWA 5F61A 4HXLA 5F62A 5A85A 5TB6A 5E9IA 5H85A 4QY4A 4YBSA 5FDZA 4UYEA 4MR3A 5JI8A 4O75A 5E9VA 5CS8A 2RNWA 5DFBA 3U5LA 4QSQA 3O34A 5G4RA 4TYLA 4E96A 2DVRA 4PY6A 5E9LA 5HQ6A 3K2JA 5FH7A 4O7CA 5D3LA 4HXSA 4UYFA 5ENEA 4Y03A 5D24A 4QC3A 4NR8A 5E9YA 2N9GA 4HXNA 4QUUA 4TZ8A 3UVWA 5EA1A 2L5EA 5HJCA 4IORA 3U5KA 3I3JA 5CUGA 4A9FA 5BT5A 5HRWA 4TT4A 2RNYA 2E7NA 5AMFA 4UIXA 4UYHA 4YATA 4YBTA 5EPSA 5G4SA 4NXJA 5EV9A 5C8GA 4A9NA 4KV4A 4QEUA 2FSAA 2GRCA 5E3GA 3HMEA 5EQ1A 4QSRA 4HBWA 5DYXA 5E9MA 5CUCA 5IGKA 4OGIA 5DW1A 4MR6A 5EP7A 4PKLA 4LZSA 3NXBA 3MULA 1X0JA 4YYNA 2R0VA 4TS8A 5D3PA 5C85A 4O76A 3S92A 3U5NA 1ZS5A 5D25A 4Z6IA 4UYFB 1N72A 4O72A 3O36A 4YYIA 3MXFA 2I7KA 4BW4A 3UV5A 5TCMA 5C87A 4YH3A 5IG6A 4A9HA 5I40A 4KV1A 2WP2A 3LQIA 5KTUA 3UV2A 4YY4A 5JWMA 4HXKA 4A9OA 4N4HA 4O71A 5EWDA 4QYLA 5KO4A 5A5NA 3JVKA 3G0LA 5HLSA 5CPEA 5D3TA 4LZRA 4QSPA 4NR7A 5HEMA 5CY9A 3U5PA 4O74A 4ZC9A 5HRXA 5AMEA 5I88A 5EI4A 4ALHA 4YYDA 5A81A 5HFQA 5FG6A 5HELA 4MENA 5ENCA 5CUAA 2H60A 5F2PA 4Z1QA 5IGNA 5D3NA 2NXBA 5FB1A 4MEPA 5DKCA 5C4QA 5I7XA 5HRVA 5FE5A 2YW5A 5C89A 4YYMA 3U5JA 5DYAA 4QSUA 4NS5A 3UW9A 3ZYUA 4CUUA 4TZ2A 4BHWA 3MB3A 4NRBA 5CQ8A 4BW2A 5FFWA 3JVLA 5DBMA 5AD2A 2R0SA 4WIVA 5DLXA 5DFDA 4PCEA 5DX4A 5CRMA 4XUAA 4NQNA 4CUPA 4HXRA 5F5ZA 2OO1A 5CQTA 3MB4A 5FG4A 4DONA 2L84A 5DFCA 4QC1A 5A5OA 5FH6A 4YYKA 4NUEA 2RNXA 5LJ2A 3UVDA 3JVMA 5F1HA 4CUTA 4PCIA 4Q0NA 4NR4A 4Z93A 5A82A 5E3DA 5ENHA 4LR6A 5LJ1A 4UYGA 1JSPB 3U5OA 5KU3A 5L99A 4J0RA 5CUEA 4YADA 5ACYA 5II1A 4NR9A 4Z1SA 2D9EA 2MJVB 4WHWA 2D82A 3D7CA 5DKHA 5HCLA 5K29A 4UITA 3TLPA 3LXJA 4CFKA 4NR5A 4A9MA 4CURA 5ENIA 4LC2A 5FE4A 5FE6A 4QEVA 5F63A 5EPRA 5D7XA 5DYCA 5HFRA 3LQHA 4YY6A 5ENJA 5D0CA 5D26A 5FE1A 5LKUA 4QSVA 5CTLA 5IBNA 5EVAA 4N3WA 3GG3A 4GPJA 4QR3A 5I80A 1F68A 5LVQA 2YDWA 4CFLA 4BJXA 4O7BA 1WUMA 3RCWA 5BT3A 1EQFA 4O7EA 5D3SA 5C7NA 3P1DA 3P5OA 5LVRA 5CGPA 4IOOA 2R0YA 1E6IA 4XY8A 2RI7A 4J3IA 4YYJA 3O37A 3SVFA 3Q2FA 4QSXA 2LSPB 2L85A 4LYIA 3S91A 3JVJA 4UIVA 5COIA 4MEOA 5EICA 4YBMA 5EU1A 4Z6HA 3SVHA 2KTBB 5E74A 5F1LA 4QUTA 2YYNA 3FKMX 4NQMA 3IU6A 4IOQA 4UYDA 3DAIA 3AADA 3LQJA 5EISA 5CU8A 5CQ7A 5ENGA 4HXMA 5FFYA 4ZW1A 4NUDA 2E3KA 4LDFA 5FB0A 4IR6A 2OSSA 5CQAA 4CUSA 5FE2A 5FFVA 1JM4B 2YELA 5DYUA 4QR5A 5II2A 5L96A 4UIZA 4OUFA 5EWHA 4N4IA 5EWVA 5CUBA 5ETDA 3AQAA 2F6NA 5CUDA 4NUCA 5FE8A 3UVXA 5BT4A 4NRAA 4F3IA 4O78A 3QZVA 5IIDA 4UIWA 4TU4A 4QSWA 3HMHA 5I1QA 4YC9A 4FLPA 3Q2EA 5LUUA 3P1EA 5FE0A 5ENFA 5KTWA 4A9KA 2RS9B 3SVGA 5FE9A 5H1UA 5A5PA 4HBYA 3IU5A 5F3AA 4A9EA 5D3JA 5EK9A 5D3HA 5E7DA 5I7YA 4TTEA 5L8UA 2YEKA 5CZGA 4J1PA 5DY7A 5CQ6A 5F60A 5H1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EWCA 1WUGA 3MQMA 4QSSA 5CFWA 4NR6A 5KHMA 3UVYA 3G0JA 5J0DA 2YQDA 4NYXA 2RO1A 4J0SA 5CQ4A 5E0RA 4IR4A 4CL9A 4C67A 3UV4A 4YYGA 4UIYA 4XYAA 5EGUA 4HXOA 4BW1A 3O35A 4HBVA 4N4GA 4YAXA 4MEQA 4O77A 4A9JA 5FH8A 5FG5A 5E9KA 5LKTA 5IGLA 4QSTA 4YABA 4LZ2A 5A83A 4HBXA 4QYDA 4UIUA 4IR3A 5I29A 5I83A 4TT2A 4O7AA 4WHUA 4QB3A 5DLZA 3MUKA 4QEWA 4NRCA 3P1CA 4Q0OA 4OGJA 4QZSA 4A9LA 5LKZA 2DATA 3ONIA 4O7FA 4X2IA 4N4FA 5IGMA 2DVVA 5ETBA 4LYSA 4ALGA 5CP5A 2I8NA 4CUQA 5HENA 4QR4A 5DKDA 5FBXA 4PTBA 4LYWA 5KTXA 2DWWA 5CQ3A 5L98A 5DW2A 3U5MA 3QZSA 5CQ5A 5A7CA 3P1FA 4LRGA 2DVSA 4MR5A 2E7OA 2YEMA 5L97A 5F36A 4YYHA 5HQ5A 4PS5A 5F25A 4TT6A 4QNSA 4IR5A 4KCXA 4CLBA 5D3RA 2G4AA 2WP1A 4XUBA 5ENBA 5H1TA 2DKWA 2F6JA 4YH4A 4MR4A 4BW3A 4TU6A 5CRZA 4A9IA 4XY9A 4YK0A 5EPBA 5FE7A 5L8TA 4O70A 5I86A 2RFJA 5FE3A 4NYWA 3LJWA 4C66A 3ERRA 4TQNA 5A5SA 4AKNA 3O33A 4HXPA 5EM3A 5AD3A 3VKGA 4QBMA 5A5RA 3HMFA 5I89A 4ZQLA 4RVRA 5LJ0A 5A5QA 5LKXA 3QZTA 5HM0A 4NYVA 5HQ7A 2DVQA 3DWYA 2OUOA 2R10A 5E73A 5EWWA 5F61A 4HXLA 5F62A 5A85A 5TB6A 5E9IA 5H85A 4QY4A 4YBSA 5FDZA 4UYEA 1PUOA 4MR3A 5JI8A 4O75A 5E9VA 5CS8A 2RNWA 5DFBA 3U5LA 4QSQA 3O34A 5G4RA 4TYLA 4E96A 2DVRA 4PY6A 5E9LA 5HQ6A 3K2JA 4AI6A 5FH7A 4O7CA 5D3LA 4HXSA 4UYFA 5ENEA 2EJNA 4Y03A 5D24A 4QC3A 4NR8A 5E9YA 2N9GA 4HXNA 4QUUA 4TZ8A 3UVWA 5EA1A 2L5EA 5HJCA 4IORA 3U5KA 3I3JA 5CUGA 4A9FA 5BT5A 5HRWA 4TT4A 2RNYA 2E7NA 5AMFA 4UIXA 4UYHA 4YATA 4YBTA 5EPSA 5G4SA 4NXJA 5EV9A 5C8GA 4A9NA 4KV4A 4QEUA 2FSAA 2GRCA 5E3GA 3HMEA 5EQ1A 3D1DA 4QSRA 4HBWA 5DYXA 5E9MA 5CUCA 5IGKA 4OGIA 5DW1A 4MR6A 5EP7A 4PKLA 4LZSA 1ZKRA 3NXBA 3MULA 1X0JA 4YYNA 2R0VA 4TS8A 5D3PA 5C85A 4O76A 3S92A 3U5NA 1ZS5A 5D25A 4Z6IA 4UYFB 1N72A 4AKIA 4O72A 3O36A 4YYIA 3MXFA 2I7KA 4BW4A 3UV5A 5TCMA 5C87A 4YH3A 5IG6A 4A9HA 5I40A 4KV1A 2WP2A 3LQIA 5KTUA 3UV2A 4YY4A 5JWMA 4HXKA 4A9OA 4N4HA 4O71A 5EWDA 4QYLA 5KO4A 5A5NA 3JVKA 3G0LA 5HLSA 5CPEA 5D3TA 4LZRA 4QSPA 4NR7A 5HEMA 5CY9A 3U5PA 4O74A 4ZC9A 5HRXA 5AMEA 5I88A 5EI4A 4ALHA 4YYDA 5A81A 5HFQA 5FG6A 5HELA 4MENA 5ENCA 5CUAA 2H60A 5F2PA 4Z1QA 5IGNA 5D3NA 2NXBA 5FB1A 4MEPA 5DKCA 5C4QA 5I7XA 5HRVA 5FE5A 2YW5A 5C89A 4YYMA 3U5JA 5DYAA 4QSUA 4NS5A 3UW9A 3ZYUA 4CUUA 4TZ2A 4BHWA 3MB3A 4NRBA 5CQ8A 4BW2A 5FFWA 3JVLA 5DBMA 5AD2A 2R0SA 4WIVA 5DLXA 5DFDA 4PCEA 5DX4A 5CRMA 4XUAA 4NQNA 4CUPA 4HXRA 5F5ZA 2OO1A 5CQTA 3MB4A 5FG4A 4DONA 2L84A 5DFCA 4QC1A 5A5OA 5FH6A 4YYKA 4NUEA 2RNXA 5LJ2A 3UVDA 3JVMA 5F1HA 4CUTA 4PCIA 4Q0NA 4NR4A 4Z93A 5A82A 5E3DA 5ENHA 4LR6A 5LJ1A 4UYGA 1JSPB 3U5OA 5KU3A 5L99A 4J0RA 5CUEA 4YADA 5ACYA 5II1A 4NR9A 3VKHA 4Z1SA 2D9EA 2MJVB 4WHWA 2D82A 3D7CA 5DKHA 5HCLA 5K29A 4UITA 3TLPA 3LXJA 4CFKA 4NR5A 4A9MA 4CURA 5ENIA 4LC2A 5FE4A 5FE6A 4QEVA 5F63A 5EPRA 5D7XA 5DYCA 5HFRA 3LQHA 4YY6A 5ENJA 5D0CA 5D26A 5FE1A 5LKUA 4QSVA 5CTLA 5IBNA 5EVAA 4N3WA 3GG3A 4GPJA 4QR3A 5I80A 1F68A 5LVQA 2YDWA 4CFLA 4BJXA 4O7BA 1WUMA 3RCWA 5BT3A 1EQFA 4O7EA 5D3SA 5C7NA 3P1DA 3P5OA 5LVRA 5CGPA 4IOOA 2R0YA 1E6IA 4XY8A 2RI7A 4J3IA 4YYJA 3O37A 3SVFA 3Q2FA 4QSXA 2LSPB 2L85A 4LYIA 3S91A 3JVJA 4UIVA 5COIA 4MEOA 5EICA 4YBMA 5EU1A 4Z6HA 3SVHA 2KTBB 5E74A 5F1LA 4QUTA 2YYNA 3FKMX 4NQMA 3IU6A 4IOQA 4UYDA 3D1BA 4AKHA 3DAIA 3AADA 3LQJA 5EISA 5CU8A 5CQ7A 5ENGA 4HXMA 5FFYA 4ZW1A 4NUDA 2E3KA 4LDFA 5FB0A 4IR6A 2OSSA 5CQAA 4CUSA 5FE2A 5FFVA 1JM4B 2YELA 5DYUA 4QR5A 5II2A 5L96A 4UIZA 4OUFA 5EWHA 4N4IA 5EWVA 5CUBA 5ETDA 3AQAA 2F6NA 5CUDA 4NUCA 5FE8A 3UVXA 5BT4A 4NRAA 4F3IA 4O78A 3QZVA 5IIDA 4UIWA 4TU4A 4QSWA 3HMHA 5I1QA 4YC9A 4FLPA 3Q2EA 5LUUA 3P1EA 5FE0A 5ENFA 5KTWA 4A9KA 2RS9B 3SVGA 5FE9A 5H1UA 5A5PA 4HBYA 3IU5A 5F3AA 4A9EA 5D3JA 5EK9A 5D3HA 5E7DA 5I7YA 4TTEA 4AKGA 5L8UA 2YEKA 5CZGA 4J1PA 5DY7A 5CQ6A 5F60A 5H1VA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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