5L9MA

Structure of agrobacterium tumefaciens b6 strain pbp soca complexed with deoxyfructosylglutamine (dfg)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
237
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSTDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 75
structure length 237
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9mA02
3KSXA 3TQWA 1NMUA 2DE3A 1PDAA 4GRKA 4LZ8A 2DXRA 4U1OA 5BUUA 3U93A 2XXPA 1B0LA 2FYIA 2XXQA 2DQVA 3MWBA 3C33A 4OEVA 1EZPA 2Q89A 4ZECA 3BKIB 1H45A 2AL5A 2ZMBA 1PBPA 4N13A 4Q8RA 1Y1MA 1RYOA 1IQ7A 2F35A 5K2YA 3T93B 1D3KA 1IEJA 1B1HA 4YICA 1D4NA 3G3JA 3RT6B 3UP9A 3U1OA 3ZSFA 4KI0E 3D4GA 1JVXA 4JDFA 3O66A 2DSFA 4EF2A 3FVOA 2I4CA 4ZE8A 1TFDA 2D3IA 3MW0A 1VFEA 4ZEKA 3MAMA 2G29A 1POTA 1MXVA 3BFTA 1EZ9A 3FXRA 5ITOA 2QS2A 2VOZA 3FVKA 4IO7A 2I4BA 1B3EA 1URGA 4LP2B 3T9UA 3FV1A 4LZ5A 4OMBA 4F18A 5TP9A 1UIUA 4G77A 3VE1B 3S9LC 5ICQA 1MS7A 3C36A 4GQOA 4UA8A 4PP0A 4MBPA 4ZEIA 1MG1A 3O29A 4P0GA 1Y3PA 4PFWA 1BIYA 1XVYA 1JW5A 1QVSA 4YKKA 3SEYA 3F11A 1Y4CA 2PMSA 3W9WA 2O68A 1SW4A 2F6GA 2O69A 4F31B 1MQHA 4JB7A 4QF9A 1B7UA 3LSLA 2PYYA 3RTFB 3IAZA 3M8UA 3TYHA 1A8EA 2B3FA 4RY1A 1AH5A 3G3HA 3B6WA 4ZZAA 4HW8A 2R9JA 5I56B 1MQGA 3EPEA 4F22A 4BDQA 2GH9A 1MH4A 4ELOA 2D21A 4LA9A 3TDJA 4F19A 4PQJA 4RPNA 4AQ4A 4PFYA 3IOTA 1QKBA 4DXUA 3CI8A 2AYSA 4IB2A 1EZOA 2I0CA 3TEPA 4HCWA 1B32A 2E1SA 2DE2A 3CFXA 3TTNA 4ZZEA 5J1DA 3TMGA 1DMBA 5DVFA 1MM6A 2QMWA 1YPNA 1SI0A 4F3PA 4OENA 4QSDA 2ZYMA 2Q9TA 1TWYA 3U94A 4QSCA 3T22A 3KGCA 1FQCA 1DTZA 3JV9A 3KN3A 2O7IA 5CMCA 1JETA 4RPOA 3FJMA 1SW1A 2Q2AA 3PUVE 1MPBA 3RN8A 3I6VA 3HSTA 3BFUA 3TODA 4RXLA 4FATA 3TUSA 5L9MA 3OENA 2E0SA 3IORA 1M5EA 3K01A 4OESA 5EHMA 5I56A 3LUYA 4PFUA 4RA1A 4LVQA 1IXCA 4ELQA 3DELB 1I69A 2DWAA 2I3WA 4QFKA 4KR5A 5EYFA 3QYTA 3PUYE 2FA7A 5JTYB 5BWJA 4LQ5A 1B3GA 2O7UA 5B70A 3CSBA 2I6EA 3PV0E 3EQ1A 1PBQA 1Y1ZA 4EQ7A 4PFTA 3R7XA 2DWIA 5H8FB 3K6VA 1SYHA 3TPAA 2OJTA 2HAUA 3QAXA 4RJZA 2F7BA 1T0KA 3JYRA 4IGTA 2F97A 1I6BA 1QULA 4TQUQ 1IUDA 4NF8B 2NUVA 1D9VA 4FEBA 3KSJA 4ISUA 3O97A 2V3QA 3QUJA 1MY3A 1A40A 1YCJA 1MY4A 3VXBA 3HN0A 4MLVA 1XC1A 3Q28A 2QS4A 1II5A 2RC7A 4I1DA 2XXXA 3FVNA 3GZGA 3MQ9A 2RC8A 5KCJA 3SDFA 1Z7NE 3HO7A 1LFGA 4BDNA 3BBRA 4KCCA 4I8CA 1F9BA 2OZZA 2I3VA 4JXIA 4H65A 2NXOA 1ZIUA 3KN7A 1BLFA 5CMKA 2Y7WA 4G68B 4WKMA 1BP5A 2DP8A 4F1YA 4DCYA 2D5WA 1SW5A 5TU0A 3V83A 1URSA 1B51A 5H8SA 2B65A 4WEPA 4ND9A 4TLLB 1PB9A 3VDFA 3N5LA 4HS7A 2XXHA 1A99A 3I3VA 4HTGA 1SQYA 3CVGA 5JK4A 5AA3A 2Z23A 5H8HB 1EH3A 4JWYA 1FTJA 4LATA 3C32A 4EQBA 1B6HA 4LUBA 4KYSA 4EF1A 1ZTYA 3MZ9A 3OD7A 1EU8A 1BTJA 4H0WA 3MUQA 5CMBA 3GBAA 5L8DA 4Z7EA 1FTMA 1P99A 4NF8A 1O63A 2RKMA 1R9LA 1DPEA 4OTEA 2ZYNA 3KG2A 1ZU0A 1LCFA 2Z22A 4Q30B 1SD3A 2I48A 3IJXB 1P1WA 3USDA 4GL0A 1NFTA 1LLSA 2FNCA 5DVJA 3K1NA 4BDMA 4O3BA 4IO6A 4YZZA 1WDNA 1A8FA 4F1VA 4ESXA 3CFLA 4MFIA 3MP6A 1N3WA 1LBCA 3S4UA 3IB2A 5I59B 4G68A 3S9NC 1MXZA 1MXWA 1OLCA 3N6UA 3ILUB 4G2ZA 1NNKA 2DYXA 1SYIA 2PBWA 2Q2CA 1TFAA 3MBPA 5ELVA 3MVWA 3IR1A 3K6XA 3DP6A 3H06B 2XXIA 3TTLA 1LFHA 5H8HA 1I6AA 3VVEA 5AE4A 5KDTA 2OCUA 1FQFA 1MQDA 4FECA 3IOUA 4R6HA 2WKYA 1LFIA 4ZEBA 3RGYA 1LAHE 4BDLA 2OLBA 4NF6B 1P1OA 3CG3A 3VVFA 2DOJA 3TFLA 3LSXA 3KFMA 2KLFA 2H25A 2XX8A 2ALUA 1URDA 1B46A 1DTGA 4OWDA 1Y9UA 1NNTA 4ELRA 1JVYA 3CG1A 4IO3A 2PT2A 1BKAA 1B1XA 3V8XB 1LB9A 1YAEA 1JQFA 1TXFA 3MVYA 3O6IA 1AOVA 1HSLA 3N26A 2REJA 2QL3A 3E4RA 2GHBA 3THIA 2OWSA 3SEVA 3E13X 1FTOA 2ZNUA 1VSOA 4NWDA 5I59A 2NOOA 1NNPA 4X48A 2A5SA 3IK6B 3GBBA 4NWCA 4X1BA 2XHDA 1QJMA 4JWXA 4G8NA 4H1XA 2AL4A 4R72A 1P1NA 5AA1A 4R9GA 5EHSA 3OELA 3EF7A 2GFEA 4LONB 5I2NA 2BJJX 5I57B 4YKIA 1R1NA 4F1UA 1ANFA 3OEMA 2PVUA 4DXCA 2F34A 3G3KA 3P7IA 3RT8A 3A3UA 5AA2D 2YJPA 1VE4A 4NF6A 5H8NB 1AIVA 3FXQA 3H4ZA 2VD2A 4JSOA 1B9JA 1B3LA 4U4SA 2F7AA 1B0HA 4EXLA 1QW0A 1FQEA 3C9HA 2Z8EA 4GF8A 3FUZA 3FV2A 1H43A 4DLDA 2NWJA 4ECFA 4H8IA 4KFQA 2F7CA 2THIA 1OIBA 4U4XA 4OETA 4DCXA 1Z7ME 4YB7A 1XHYA 1B5JA 4OEUA 4IGRA 1US5A 1ZLQA 2HZKA 3Q25A 4XIGQ 3T9XB 3KJ7A 1JEVA 3EHTA 4XKRA 1XOCA 3VLUA 1M5FA 4JSDA 5DVIA 1QKAA 5HPQA 3DP8A 4GVOA 1B5IA 4KCDA 5AA4B 3FXUA 3MP1A 3LC8A 4I9DA 1B4ZA 5CI5A 3SESA 5I57A 4XTCQ 1B58A 3VLVA 2ABHA 1FQDA 2ZYOA 3U8QA 3HV1A 1N84A 3FVGA 5TPAA 1N04A 1B40A 3TZAA 3D4CA 2HFBA 5H8NA 3TAJA 1LAGE 2HQ0A 2ZYKA 2R71A 4EDPA 3R6UA 3L6HA 3PUZE 4MF3A 1H76A 3OO9A 3TKDA 1B7HA 4IO4A 3U72A 5KCJB 2H98A 1AL3A 5FHOA 4N07A 4GFRA 4C1UA 1MXYA 3MZBA 1JEUA 1FTLA 2B3BA 3PMXA 3HHGA 3C31A 3PPPA 3PU5A 4IO2A 3VV5A 4M1VA 3FJGA 1SBPA 3QIMA 3FJ7A 4NF4B 2O6AA 5FHMA 3KBRA 4F29A 3T9HB 1ZMGA 5AA4A 3UIFA 3OSQA 4XKQA 2R6GE 1M5CA 5I58B 3CR9A 4H6DA 3O28A 3SEUA 1J1NA 3HPIA 1R9QA 4QHQA 5B7DA 1DOTA 2H4IA 2REGA 4K3FA 4IY5A 1NL5A 5CM6A 4F3BA 3MP8A 4X9TA 1NH7A 3G7WA 3W9VA 2YLNA 2LAOA 2OK2A 4HCYA 2P2AA 2RCBA 1HSEA 1YTVA 1Y20A 3PMWA 4OQOA 4Q0CA 3IB0A 3EN3A 4XKNA 4NE4A 4GIZA 2Y84A 4R6KA 1A55A 4Q5TA 3H7MA 1MDQA 4GOTA 1ELJA 2O1LA 4P11A 3S2VA 2Y7IA 4DZ1A 2DS9A 4NF4A 4YU0A 4QFPA 3SETA 4DE8A 1XS5A 1PC3A 4BDOA 1HSJA 1MY0A 4F3GA 1Y3NA 4O3CA 4NEDA 2QS1A 5I58A 3CSGA 2QSXA 3RUMA 4YB6A 3TELA 3RY3A 5KDTB 2VP1A 1SVXB 1IZ1A 4L17A 3RLFE 2UYFA 3KN8A 5DTBA 1UTHB 1QUKA 5HBCA 2I49A 4ZS9A 4H5GA 3MC2A 4N6PA 3IO6A 1B3FA 4TOZA 1FQAA 3IB1A 4YKPA 5DEXA 2PX1A 4OVJA 4U23A 4FIMA 3PGFA 2GRVA 1MPDA 3SERA 1M5BA 4LQ2A 1MM7A 4G8MA 2H9BA 1RKMA 1M5DA 3FGSA 3SEWA 3S9MC 2Y7KA 3OSRA 2HEUA 2XD2A 3K00A 1N3XA 3K6UA 1IXHA 2ZNSA 4XXUA 3N6TA 3QUFA 2CZLA 3TTRA 4O3AA 2RINA 4RK9A 4OYVA 3UK4A 3TCFA 1ZBMA 2V3TA 2UVIA 4ZEDA 4BLAA 2X26A 1PB8A 2ZNTA 3CRBA 3FATA 4OFOA 3H3GA 3UN6A 1JW4A 3WAFA 5JEIA 3MZ1A 4C1TA 3E3KA 1LGBC 5DYHA 4H8JA 3AXFA 3PPQA 2Z8FA 2VHAA 5I2NB 3KJTA 4R2FA 5LOMA 2VGQA 1O64A 3TCGA 3MPLA 3QSLA 2YPNA 2ANJA 4EXKA 2HCAA 1N0TA 4H67A 4OZ9A 4E0XA 1UTHA 5CMMA 2F78A 4GXSB 1NNFA 3QK6A 5I2KB 3MPKA 4AB5A 1ZJLA 1Q1KA 4XKPA 2XX9A 3TTMA 5KZTA 1VR5A 3Q29A 1H44A 2QMXA 3TTKA 3C4MA 3UGWA 1DPPA 4TLMB 4JBZA 2ONSA 2Y7PA 1OQHA 3A3CA 3O2AA 1P1UA 3IL1B 1MXXA 2XXWA 1DSNA 3IOWA 4KYDA 3DM0A 3I5OA 1OVTA 1MDP1 5IAIA 5CBRA 4YAHX 2PT1A 3LSFB 4OERA 3OXNA 1LCTA 4KD5A 2O1MA 4R75A 3CFZA 2H5YA 2P0SA 1CE2A 3PMVA 2OWTA 4H5FA 5FHNA 5A5XB 3M3LA 2IA4A 1MQIA 1Y4TA 1OQGA 3FASA 1UQWA 3O6GA 1MRPA 3N94A 4FE8A 5TPAB 3Q26A 3GXAA 1P1QA 4C0RA 2QPQA 2Q88A 3VXCA 2HAVA 3V5AA 5I2KA 2I58A 2XD3A 2DWHA 1POY1 3RNNA 4NMYA 4GL8A 1WODA 3TQLA 5CRYA 4YMAA 3FD3A 1USYE 2V25A 3OOAA 3L6GA 1A7LA 4RK2A 2O84X 3T96B 1GVCA 1S9TA 4JWOA 1FTKA 3H6UA 1JNFA 1Y3QA 3OO8A 2QRYA 2GHAA 1USYH 3IJOB 2XXYA 3C34A 1FQBA 4DDDA 4ESWA 2DWJA 2M8CA 1B5HA 4IY6A 2XXUA 2P1SA 3ECRA 4NF5B 3MJNA 4ZE9A 4MH5A 2DXYA 1Q35A 1MY1A 2Y7RA 1GTKA 3K1PA 3DLNA 3K6WA 1L5TA 5L9SA 3PD8A 5ICTA 1O7TA 2G93A 3M3FA 4ONYA 1GR2A 4NTLA 3KOSA 5CC2A 3M3KA 3VFJA 4ZEFA 4GWOA 4GLIA 3ZKKA 4QFNA 3OO7A 4DXBA 5A5XA 2RC9A 3EHUA 4WEDA 1FW0A 4U2RA 1LBBA 1UIVA 5HM4B 4F3SA 4QFOA 4RYAA 1OMPA 4R6YA 3A09A 3G3IA 4GD5A 2F36A 4YB5A 2CMOA 3RTWB 4QSEA 4R73A 3PD9A 5H8QB 4IO5A 3TCHA 1NH8A 4R74A 4OFLA 4GXAA 3E9XA 2NVUB 3ODBA 4QFLA 3RQTA 1D9YA 3OMBA 3KOTA 4RNSA 1N7WA 3OEKA 5F7VA 4G8HA 3PPOA 4NF5A 4FJPA 4U21A 4KPTA 1LB8A 3H6TA 1RYXA 2ESNA 5ITPA 4EQ9A 3ZS6A 3CIJA 3LSWA 3IX1A 1US4A 2XXTA 4OFJA 2VD3A 3V89B 5IKBA 2HZLA 3S9EA 2RCAA 1FCKA 4PETA 3MVXA 2UYEA 2QS3A 5FTHA 1SW2A 1N76A 1JW1A 3T66A 5CBSA 2ONKE 3RPWA 4FEDA 4U22A 1PEBA 1XVXA 4BDRA 3MVZA 3SKPA 3IOVA 3UORA 3UA8A 1IIWA 3ONMA 3K0VA 3Q27A 1UTBB 1VFDA 3PUXE 1LAXA 2A5TB 1IXIA 3JZJA 3HCQA 2Z8DA 2F6PA 2OBGA 5F1QA 1WVJA 2F8DA 5DEXB 3O6HA 3HHFA 3C35A 5H8QA 3K2DA 3H03A 4EUOA 2UVJA 1B7ZA 1KWHA 3SEXA 4YMBA 2IEEA 2AIXA 2DVZA 2V84A 4KHZE 2HXWA 3EHSA 5ISUA 1NKXA 3LR1A 4U1ZA 1QUJA 2W7YA 3H6VA 4OXVA 1TT1A 3ILTB 4AB6A 1OVBA 3B6QA 1IITA 3VLWA 2ONRA 3O9PA 1N7XA 2Q8JA 3G3GA 1IXGA 1B52A 4YKJA 4POXA 4KQPA 3K1MA 1QUIA 4G4PA 5M2VA 1ZKBA 1B4HA 1I6QA 4E0WA 5AA2B 5JTYA 2X7PA 3KEIA 1GGGA 2H99A 5DT6A 4X1DA 1S7YA 4R2BA 2XX7A 3FIRA 1B05A 1R6ZA 1UTBA 4F39A 4LZ7A 2A5TA 3G3FA 5H8FA 2F5XA 3B6TA 4MLQA 4FAJA 5I84A 4ELPA 1B2HA 2I0BA 3K02A 3T9VA 2X7QA 4P0IA 1S50A 3OO6A 4Z0IA 4F2OA 1MPCA 4UACA 3DP4A 2O51A 2ZXTA 3LBSA 4FORA 4OHNA 4WXJA 3U92A 1B3HA 2DE4A 3GLBA 1PB7A 1MH3A 4I62A 4G68C 2XXRA 3QXMA 1GV8A 2RF1A 4ZDMA 1SDXA 4PE5B 1CB6A 1XT8A 1OLAA 4DIGA 3H6WA 1LSTA 1SI1A 2V93A 2UVGA 3VVDA 2QJEA 4POWA 1A54A 3WAEA 5L9OA 3K4UA 3B7DA 2UVHA 4R9FA 4KYEA 1H3DA 2UXAA 3ZKLA 4THIA 3IO4A 5AA2A 1MQJA 3PPNA 3R26A 1ATGA 5TP9B 1MXUA 4QRZA 3PUWE 5K2XA 3W15C 1LAFE 1MY2A 3KZGA 1AMFA 2DVCA 2V3UA 2XXVA 5FTIA 3FZVA 4M4GA 3PPRA 4F2QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1FBHA 4HW8A 2R9JA 5I56B 1MQGA 3EPEA 4F22A 1NV2A 4BDQA 2GH9A 1MH4A 4ELOA 5IZ3A 2D21A 4LA9A 4P8BA 3TDJA 4F19A 4PQJA 4RPNA 4HE1A 4AQ4A 4PFYA 3IOTA 1QKBA 4DXUA 3CI8A 5ET6A 2AYSA 4IB2A 1EZOA 2I0CA 3TEPA 1BK4A 2Q74A 4HCWA 1B32A 2E1SA 2PFZA 3A29A 1RDYA 2DE2A 4N6KA 3CFXA 1YYZA 3TTNA 4ZZEA 5J1DA 3TMGA 1DMBA 4MJOA 1NV0A 5DVFA 5IGAA 1MM6A 2QMWA 1YPNA 1SI0A 4F3PA 4OENA 4QSDA 2ZYMA 2Q9TA 1TWYA 3U94A 1YZ0A 4GBVA 4QSCA 1FPLA 4MNPA 3T22A 3KGCA 1FQCA 1DTZA 3JV9A 1Q9DA 3KN3A 2O7IA 5CMCA 1JETA 4RPOA 3FJMA 1SW1A 2Q2AA 3PUVE 2B4MA 1MPBA 3RN8A 3I6VA 3HSTA 3BFUA 3TODA 4RXLA 4FATA 3TUSA 5L9MA 3OENA 2E0SA 3IORA 1M5EA 3K01A 4OESA 5EHMA 5I56A 3LUYA 1KA1A 1LBVA 4PFUA 4RA1A 4LVQA 1FSAA 3RYDA 1IXCA 4ELQA 3DELB 4N8YA 1I69A 2DWAA 2I3WA 4QFKA 4KR5A 5EYFA 3QYTA 3PUYE 2FA7A 5JTYB 5BWJA 4GX4A 4LQ5A 4MIJA 1B3GA 2O7UA 5B70A 3CSBA 2I6EA 3PV0E 3EQ1A 1PBQA 1Y1ZA 4EQ7A 4PFTA 3R7XA 2DWIA 5H8FB 3K6VA 4NN3A 1SYHA 3TPAA 2OJTA 2HAUA 3QAXA 4RJZA 2F7BA 1T0KA 3JYRA 4IGTA 1FBFA 2F97A 1I6BA 1QULA 4TQUQ 1IUDA 4NF8B 2NUVA 2CZKA 1D9VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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