5L9MA

Structure of agrobacterium tumefaciens b6 strain pbp soca complexed with deoxyfructosylglutamine (dfg)
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
237
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSTDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
total genus 75
structure length 237
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9mA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9mA02
3FXRA 4NF5A 4FEBA 4JB7A 3MWBA 3JYRA 1ZTYA 4YAHX 2DOJA 4GQOA 2RC7A 4O3CA 3H6WA 2CMOA 2NUVA 3N26A 1NNFA 4XKNA 1JW4A 1MH4A 4ONYA 5M2VA 3CI8A 1POY1 4LATA 4IO2A 3I3VA 2VD2A 1USYE 3C33A 4R73A 1PDAA 4AQ4A 4RK9A 4R75A 1GV8A 4NF8B 1LAHE 3MVYA 1FW0A 1LBCA 2FYIA 4Q5TA 5J1DA 5EHSA 2Q2CA 3AXFA 5JTYB 2OLBA 2I4BA 2G29A 4WXJA 3TMGA 3TQWA 3TEPA 1LGBC 3D4GA 1RKMA 3V89B 2NWJA 3T96B 2RCAA 2DE2A 2O7IA 4MF3A 4MH5A 3ONMA 4GL8A 2VOZA 2O68A 3RN8A 3WAEA 4ZEIA 1FQFA 3CR9A 2OWSA 4OFOA 2VP1A 5A5XB 1NNTA 4ZE8A 1FTKA 5CM6A 1N0TA 5JEIA 4X48A 3H4ZA 4LVQA 3RPWA 5HBCA 3VVEA 4F3SA 1ZMGA 2UYEA 1SW2A 3A3UA 3TFLA 3S9MC 2AL5A 3JV9A 1MXVA 1MY2A 1VR5A 4KQPA 4JWXA 2V93A 3H6UA 4ZEDA 3VDFA 1QVSA 2GFEA 2ONKE 1D9VA 2D21A 2CZLA 1FQDA 1B2HA 5FHNA 3R6UA 5I59B 1LSTA 1S7YA 3IO6A 2PBWA 3F11A 4RPNA 1NNPA 1NNKA 4FJPA 5IAIA 1LFGA 4H6DA 2X7QA 4R6YA 4YMBA 3O6IA 3T9HB 5DEXA 3BFUA 2FNCA 3USDA 1MXYA 1DMBA 1UTHA 3E9XA 1XT8A 4GWOA 2Y7WA 1FQCA 2Z23A 4H5GA 3CSGA 4HS7A 4THIA 4P11A 3V5AA 1MRPA 2GHAA 5BWJA 1MXWA 1RYOA 4U4SA 1LB8A 1H76A 3KFMA 2Q2AA 1OQGA 3RY3A 3G3FA 3TELA 5AA4B 3DP6A 3GBAA 4ELOA 2ZYNA 3TCFA 4FE8A 3IOVA 3TODA 4EF1A 1M5EA 1ZBMA 3OMBA 5CC2A 1BIYA 1MXXA 1MDQA 2GHBA 1TWYA 3MP6A 4XIGQ 2F8DA 1AMFA 4LUBA 2PT1A 1N3WA 3OENA 5K2YA 2DVCA 2REJA 2H9BA 3FGSA 5KCJB 2F97A 2V25A 4EUOA 4LZ7A 2F36A 4YMAA 4RPOA 3VE1B 4IO7A 3B7DA 2XXYA 1MG1A 3OEMA 3CIJA 1B3FA 3U92A 2V3TA 3FZVA 2XXTA 1LAXA 5CMCA 5I2KB 1CE2A 5TPAA 4LZ8A 1Z7NE 3O6HA 2DSFA 2DVZA 4QFNA 1FQEA 3V83A 1ZU0A 2F5XA 2OWTA 1O7TA 1CB6A 5I58B 2QS1A 2IEEA 3FJGA 1POTA 4KD5A 3ZKKA 5L8DA 4F31B 3OO9A 4R2FA 4MFIA 2UVIA 3PMVA 4IY6A 3A09A 5ITOA 4OWDA 2QRYA 4XKQA 5AA2A 4ELQA 4LP2B 1I6AA 4RYAA 2I4CA 3Q29A 4OEVA 1SYIA 3O6GA 4ND9A 3UORA 1TXFA 3VV5A 4H67A 4ZECA 3LR1A 1Q1KA 2F35A 2ANJA 1ZIUA 1BKAA 5F7VA 1SVXB 4NMYA 1EZ9A 1B7ZA 3S4UA 3JZJA 2YJPA 4F39A 4FECA 4GL0A 5L9MA 4H65A 1P99A 3T9XB 4IO5A 4F1UA 5ICQA 1H43A 4EF2A 2Q9TA 4BDLA 2D3IA 4AB6A 4QSDA 4C0RA 1OLAA 1Z7ME 3IO4A 1XHYA 2DXRA 3W9VA 2HZLA 3FJMA 3CG1A 2RINA 3IJXB 1JQFA 2X7PA 1IIWA 3QXMA 2Q88A 4TLMB 1WODA 3K1NA 5FTIA 4ZZEA 3K02A 1IXGA 3IOWA 3MPLA 4AB5A 4EXKA 3I6VA 2ZNSA 1I6QA 2PVUA 5KDTA 4GXSB 4G68B 1ZLQA 3KOSA 5ISUA 4F29A 1JVYA 1MY4A 4MLVA 4Z0IA 3C4MA 3M8UA 4IY5A 3KSXA 5DYHA 3H06B 1MY3A 1B46A 1F9BA 4KHZE 5CBSA 3KSJA 3IR1A 3KJ7A 2QMXA 4QRZA 3HV1A 4H1XA 3G3JA 3HN0A 4JXIA 5L9SA 3QYTA 4QFKA 2QL3A 4YKIA 2Z22A 1JW1A 1MXZA 2XD3A 2PMSA 1Q35A 2HFBA 3OSQA 4FAJA 1B0LA 3U72A 4Q8RA 2REGA 4N6PA 3OOAA 4N13A 1M5DA 4P0GA 2QSXA 3K6VA 3MUQA 3W9WA 3Q27A 2NXOA 3DLNA 4NF4A 4QHQA 1UTBB 1A99A 3G3IA 4PQJA 4BDRA 2Q89A 4NF6B 2I49A 3CG3A 1D9YA 3LSXA 1SYHA 1Y20A 1MM7A 3G3HA 1DTGA 4QFPA 3K6WA 5JK4A 4R9GA 3TYHA 5DVFA 2XXXA 1B5JA 1PB9A 3FATA 4FIMA 4ZZAA 5B7DA 4DZ1A 3QSLA 1L5TA 1PB7A 4DLDA 4HCWA 4XKPA 4NF5B 3Q25A 3C35A 5H8HA 2H4IA 1N76A 1Y4CA 2V3UA 4I62A 2XXWA 4HCYA 3Q26A 2WKYA 4EDPA 1FTJA 3P7IA 3TTMA 4GF8A 1ZKBA 2O69A 3PPRA 4ZDMA 3CRBA 4U1OA 2HAUA 1QKAA 1LFHA 4GFRA 1B4HA 3OSRA 1VFDA 4GIZA 4DXCA 3IX1A 2XXQA 5CRYA 3KJTA 3FV1A 1MQHA 2ZYKA 1QUJA 2RCBA 3BFTA 3CSBA 1NKXA 2A5TA 5ITPA 2DYXA 1J1NA 2UVGA 1N04A 4OETA 3GXAA 1DPEA 3S9NC 4ZEBA 1HSLA 3TCHA 3C34A 3K00A 1LFIA 3PPQA 1BTJA 3OO8A 3PPPA 3OO6A 4LONB 5I56A 4ZEFA 1SI0A 3TTKA 2I58A 2F6PA 3VVDA 3EF7A 1B0HA 1SW1A 1GTKA 4JDFA 3EHSA 5FHOA 3R7XA 3KN3A 3UGWA 2O6AA 4M4GA 3H7MA 2F7AA 2ONSA 4X1DA 3K0VA 1M5CA 4F18A 2F34A 4RNSA 1MH3A 2F7CA 3K2DA 3PMWA 2DE4A 5F1QA 1P1QA 2ZNUA 2QS3A 2GH9A 3ZKLA 3MPKA 1US5A 4U23A 3N6UA 4KI0E 1TFDA 1DPPA 1A8EA 2R9JA 5DVIA 3FVOA 3T22A 3B6QA 5K2XA 3I5OA 5H8NA 1MPBA 1VE4A 4GRKA 2DWHA 3O66A 4H8JA 1IZ1A 3PUVE 2ZYMA 3LSFB 1UIUA 5AE4A 2I0CA 4PP0A 1JEUA 1FQBA 4NE4A 3QUFA 2Y7KA 2IA4A 1O63A 3MZBA 3K4UA 1MS7A 3S9LC 1A40A 1XVYA 3EN3A 3TTLA 5HM4B 5CI5A 1MQGA 3IB1A 3G7WA 2H98A 3FVKA 4FATA 5H8QA 1MQDA 1YPNA 5TU0A 5DEXB 3ILTB 1EH3A 4G4PA 3H3GA 2OCUA 4OZ9A 1UTHB 1FQAA 1OVTA 2NVUB 2OJTA 2OBGA 4PFTA 4Q30B 1EZOA 3RNNA 1B32A 1GVCA 1S9TA 2O1LA 2W7YA 4TLLB 4KYSA 3C31A 2HZKA 3CFXA 1I6BA 2Y7RA 3C9HA 1A8FA 3O2AA 4PFYA 4LQ5A 3MVXA 2ONRA 4R74A 2XX9A 2QS4A 3MVWA 1LB9A 4WKMA 3FXUA 3KOTA 2B3FA 1B1HA 2AYSA 1PB8A 3VXBA 1MY1A 4YICA 4QF9A 4KR5A 5TP9A 3MQ9A 4IO6A 5B70A 4IO4A 4KYEA 4XKRA 1USYH 1OMPA 4POXA 3SEXA 1P1WA 3EHUA 1O64A 1QULA 3U93A 4QSEA 5AA2D 2VD3A 2UXAA 3ILUB 3N94A 4N07A 4DXBA 1TT1A 1T0KA 3IAZA 3T9UA 3RT8A 1B1XA 4G8NA 3VLUA 1MDP1 3N6TA 3OD7A 1NFTA 4JBZA 5TPAB 3E4RA 4I8CA 5ELVA 4PFUA 2OZZA 2G93A 5I57A 4R9FA 3UA8A 3M3LA 2DQVA 1OIBA 2R71A 1I69A 4U2RA 5CMBA 3KEIA 2QMWA 4EXLA 2A5SA 1SW4A 2VGQA 3QUJA 4K3FA 3FVGA 2ZNTA 5AA3A 3UP9A 1QJMA 4U21A 3SEWA 1QKBA 5AA2B 3PMXA 2Z8DA 2QJEA 1II5A 1B58A 5FTHA 3DM0A 3O29A 1B3EA 3PUYE 1DSNA 4G2ZA 2XXHA 1B5HA 3H03A 1H44A 1Y3QA 1IUDA 3M3KA 4RA1A 1ANFA 1TFAA 5LOMA 1Y1MA 2DWAA 1PBPA 3K6XA 3K01A 1HSJA 3OEKA 5I2NA 3RTFB 3PPOA 4R2BA 3G3KA 2XXVA 3CFLA 3SESA 4G77A 4TOZA 3EQ1A 1FTLA 1B52A 5H8SA 4I9DA 3UN6A 1B4ZA 3OELA 3TQLA 2O7UA 3FASA 3MVZA 1MPDA 4IB2A 3ECRA 4H0WA 4JSDA 4OQOA 4EQBA 4F19A 4RJZA 4DXUA 5H8FA 3CFZA 4C1TA 3MZ9A 3PD9A 4XTCQ 3T9VA 3VVFA 1RYXA 3VLVA 1SD3A 3TDJA 2I3VA 3KGCA 2BJJX 3LBSA 3KBRA 4RY1A 1IITA 1A7LA 3M3FA 1B5IA 4GD5A 5KZTA 3L6HA 1N3XA 4OERA 1SI1A 2XHDA 4KCDA 1LAGE 1MM6A 4XXUA 5KDTB 2I0BA 4U22A 3DP8A 3E13X 1OLCA 3FD3A 5FHMA 3HHGA 3T93B 4ECFA 3IORA 4LA9A 3A3CA 3HHFA 4ELRA 3C36A 3B6TA 1BP5A 3PU5A 3OXNA 1B3HA 3LSLA 3SEYA 2RF1A 1N7XA 1IXHA 3K6UA 4TQUQ 3EHTA 5EYFA 3W15C 1AIVA 3R26A 4G8HA 3O97A 5DTBA 4NF8A 2RKMA 1XVXA 3RUMA 4GVOA 1FTOA 1ZJLA 4H5FA 3SETA 4POWA 1B7UA 5JTYA 4ELPA 3MW0A 4GLIA 4BDMA 1R9LA 3ZS6A 5IKBA 1QUKA 1URGA 4QFOA 4R6KA 4F1VA 3DP4A 4IO3A 4OEUA 3PPNA 3PD8A 4OESA 4NF4B 3IB0A 2XXPA 3O28A 4IGTA 1SDXA 3RT6B 5A5XA 3MP1A 4PFWA 3MJNA 4YB5A 1YCJA 5I84A 4LZ5A 1D3KA 4HTGA 5ICTA 2I48A 1GGGA 1B9JA 4ZS9A 4RK2A 1B3LA 1BLFA 1D4NA 2H25A 1P1NA 3PGFA 4QSCA 2AL4A 1SBPA 2QPQA 3K1MA 4O3BA 2O51A 5H8HB 3TUSA 1H3DA 2DWIA 5CMMA 3RQTA 1DOTA 4G68C 3KN7A 1R1NA 2RC9A 4L17A 1P1UA 2ZYOA 1B6HA 2Y7IA 2Y7PA 1PBQA 3PUZE 2DP8A 1JW5A 2DE3A 4YB7A 4BLAA 4ESXA 2THIA 3FXQA 3SKPA 3KN8A 5I59A 5HPQA 3K1PA 2M8CA 2P2AA 4PE5B 1SW5A 4DE8A 4X1BA 4GXAA 3PUXE 3HPIA 3KG2A 3QK6A 4WEDA 2A5TB 4KPTA 1MY0A 2D5WA 1IQ7A 3QIMA 3TZAA 1A55A 2PT2A 4NWCA 1XC1A 3L6GA 5I56B 2V3QA 2E1SA 1S50A 2XXIA 4YKKA 3ZSFA 2ZXTA 4P0IA 4R6HA 3RTWB 2O84X 5AA4A 3N5LA 4F3PA 1US4A 4LQ2A 4DDDA 4JSOA 2UVJA 4F2QA 1N7WA 4YU0A 3UIFA 4MBPA 3U1OA 1H45A 3TAJA 1LBBA 3TKDA 3VXCA 3IB2A 3EPEA 3U94A 4GOTA 3VLWA 1NMUA 1IXIA 5L9OA 3PV0E 4Q0CA 4G8MA 1ELJA 2V84A 4U4XA 2ABHA 5KCJA 3UK4A 4O3AA 4WEPA 2OK2A 2YPNA 1B51A 3IK6B 1FCKA 4PETA 2ESNA 3TTRA 2XX7A 4KCCA 2H99A 2AIXA 2FA7A 1VSOA 3OO7A 1QUIA 5H8NB 1AOVA 5CMKA 2ZMBA 1LCTA 2Z8FA 2XX8A 1Y3PA 5I2KA 1NL5A 3SDFA 2I3WA 4NTLA 1GR2A 2YLNA 4E0XA 2B3BA 4ESWA 2DS9A 4H8IA 2E0SA 3GLBA 3LC8A 5I58A 2LAOA 1YAEA 3MZ1A 1KWHA 4F2OA 1OVBA 1ATGA 3FIRA 3Q28A 3GZGA 5H8QB 4KYDA 3IL1B 1M5BA 1WDNA 1WVJA 3T66A 4UA8A 1Y9UA 4BDOA 1VFEA 2R6GE 1UIVA 3QAXA 3H6VA 3BBRA 4OVJA 1Y1ZA 4YZZA 1URDA 1PEBA 2O1MA 2F6GA 3RGYA 2Q8JA 3O9PA 2KLFA 2PX1A 2F7BA 1M5FA 1SQYA 1R9QA 3FUZA 2HEUA 1NH8A 4JWOA 3D4CA 4BDNA 2ALUA 3HSTA 3TCGA 4R72A 1Y3NA 5DT6A 1JETA 3SEVA 1A54A 1AL3A 5TP9B 3MP8A 3IJOB 4OFLA 3BKIB 1MXUA 3IOUA 1IXCA 3MAMA 2Y84A 4NWDA 1AH5A 4F1YA 1N84A 3FJ7A 4ZE9A 4I1DA 4Z7EA 1LLSA 4IGRA 1EU8A 4MLQA 2Z8EA 2B65A 3SERA 2XXUA 4BDQA 3G3GA 2P0SA 1IEJA 2RC8A 3IOTA 1HSEA 4OTEA 3RLFE 3C32A 4DCXA 3GBBA 1PC3A 1QW0A 4EQ7A 5I57B 4M1VA 3FVNA 4OFJA 4C1UA 4OENA 1MQJA 1XS5A 4UACA 4HW8A 1R6ZA 4OYVA 3HO7A 3MBPA 4FORA 3S9EA 3PUWE 4KFQA 2XXRA 1JEVA 4YB6A 5DVJA 4G68A 3ODBA 4QFLA 4RXLA 4JWYA 1UQWA 2H5YA 4OHNA 4OXVA 3MC2A 1OQHA 4EQ9A 2X26A 3CVGA 1XOCA 2QS2A 2PYYA 1NH7A 3U8QA 1P1OA 3LSWA 1FTMA 2UYFA 3VFJA 5CBRA 2DWJA 1B40A 2I6EA 3KZGA 4E0WA 5EHMA 3LUYA 1LCFA 3DELB 3FV2A 3B6WA 5I2NB 4DIGA 4ISUA 4NEDA 2HAVA 1B7HA 4FEDA 2P1SA 4OMBA 3HCQA 3H6TA 4X9TA 3V8XB 3WAFA 1Y4TA 1DTZA 2XD2A 1JNFA 3TTNA 2GRVA 3TPAA 1EZPA 1B3GA 1UTBA 3SEUA 4F3GA 1LAFE 4U1ZA 4F22A 4NF6A 2VHAA 2NOOA 2DXYA 2HXWA 5AA1A 4DCYA 2UVHA 4ZEKA 5H8FB 4F3BA 2F78A 5BUUA 3E3KA 4YKJA 1JVXA 3S2VA 2HQ0A 1URSA 1B05A 1MQIA 1YTVA 1MPCA 4YKPA 2HCAA 3THIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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