5L9SA

Structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp attc in open unliganded conformation
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
b'MEQRVVIATTGGTYEKALREAWFEPFTKATGIKVVTVSGTDAEKRAKVTAMVQTGNVTWDLYLDGEIQAGSDAHFAITEDLSDFCMQFINSTDLLADSCTRGGAKLQSTSTLLAYKLNENGSNPQTWADMWDLAKFPGARSFPNFDDPWRVLAAALLADGVPREKLFPLDVDRAFRKLDELRDSVQVWWRTGDQSVQAFRNDEYRVGQIWLTRAKALKAEGYKIGWSYDGAFLVGDRIALVRGAPNRENALKLIEFWLRNPAAQAKACETLSCTPPSQKAISQMSSEARATLPSAADVENRIIVPDAQWINANMGMLVQRWNSWIR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Mannopine)
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
molecule tags Transport protein
total genus 111
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA01
5I57B 4P0IA 1S50A 5KZTA 1LBCA 4M1VA 1ZJLA 3N26A 3H6UA 1POTA 1Q1KA 1IQ7A 2I58A 1NH8A 2DP8A 4FECA 3KZGA 3P7IA 1URDA 4BLAA 4F39A 3RQTA 2F6PA 3TEPA 2DOJA 1JNFA 2PT1A 3JV9A 2VD3A 1A54A 1Y4TA 3FASA 2RC9A 4EDPA 3TCHA 4XKNA 2YJPA 4O3CA 5KDTB 4C1TA 4R6KA 5DVFA 1LLSA 5I2KB 3RLFE 1IITA 4YICA 3PMXA 3MPKA 1LAGE 3SDFA 4X1BA 4GXSB 2QS3A 3MAMA 4PFYA 3MBPA 3H6VA 1TFDA 2DYXA 1UIVA 3TDJA 2DSFA 1B5IA 4DXUA 1CB6A 3IOVA 5CBSA 3BFUA 4R73A 1O7TA 3MVYA 2DE3A 4I1DA 1JVXA 2FNCA 3PPNA 1LAFE 4R6HA 4PFTA 4HS7A 1LCTA 1WVJA 3HV1A 3UK4A 4TLMB 4QFLA 4Q5TA 4G2ZA 3OOAA 3SEYA 4YB5A 5AE4A 4XKQA 4P0GA 2I48A 4NF4B 3D4CA 4GF8A 1N3XA 4FEBA 2ONKE 1EZ9A 2I3WA 3G3JA 3O9PA 4U21A 4DXBA 3PUXE 1R1NA 5B7DA 1LFIA 1NH7A 3MZ1A 2ZNSA 2GH9A 1USYH 4NF8B 1I69A 1SQYA 4KCCA 5DT6A 4ND9A 1DOTA 1MRPA 3IR1A 4ZEDA 4ZZEA 1JEVA 3S9EA 4BDLA 1CE2A 1MDQA 3OD7A 3OO9A 3T9XB 2ZYMA 3PUVE 5CRYA 1ZTYA 2I0BA 3CG3A 1PB8A 4U4XA 3V8XB 3Q27A 2D5WA 3DP6A 3O66A 3FV2A 1KWHA 1B2HA 3QK6A 3MZ9A 1O63A 3T9VA 2Q8JA 2OBGA 2HAUA 4G8HA 1Y1ZA 2ZXTA 4ONYA 4O3AA 5DYHA 3C31A 3QIMA 3N6UA 1ZKBA 4WEDA 1ZIUA 2PBWA 1FTMA 1H45A 2E0SA 5TP9A 3KN7A 3IO4A 3ODBA 3LSXA 1PBPA 2ZNTA 3GBBA 2W7YA 2B3FA 3KSXA 5DEXA 4K3FA 2O7UA 2DXYA 3QXMA 3H4ZA 4HCWA 3VXCA 2Q2AA 3PPOA 3CG1A 4LZ7A 3IB2A 1LGBC 2REGA 1R9LA 4BDQA 4G8NA 1B40A 2R6GE 3MP1A 3THIA 2V84A 3TQLA 3PPPA 3MPLA 4MLQA 4DXCA 1BTJA 2UYEA 1LFGA 3U92A 4QSDA 5EHSA 3N94A 4FEDA 2ONRA 3I6VA 3UGWA 2QMWA 1Y3NA 3T96B 4XKPA 3USDA 1YCJA 5FTIA 3MP6A 4OWDA 1LAXA 4BDOA 4JSOA 2QS1A 1A8EA 2REJA 2O68A 3CFLA 1USYE 2H98A 5CC2A 1OQGA 1JEUA 1YTVA 2RINA 3Q25A 3C33A 3TMGA 4F2QA 1JW4A 1FQDA 5H8FA 2P2AA 3ZKLA 2F35A 4RK9A 4R9GA 1PBQA 4NTLA 2XX8A 5DEXB 2H25A 3C35A 1M5CA 4GWOA 4NWDA 2KLFA 5I58B 1B4ZA 2X26A 3T9UA 3DLNA 3N6TA 4QF9A 4EXKA 3OSRA 2GFEA 1SD3A 4IB2A 3SEVA 4PE5B 3CFZA 2NUVA 2Q88A 5DVJA 5H8QA 4LONB 4GVOA 2E1SA 2QS4A 2B65A 3TTLA 4F3GA 3MUQA 1MH3A 2QPQA 2XD3A 1BIYA 2X7PA 3FATA 1B5HA 2RCAA 4OVJA 4OFLA 4IO3A 1UTBA 1HSEA 4RJZA 3VLVA 3M3FA 3A09A 3VE1B 1A8FA 2ALUA 3Q29A 1AMFA 2I6EA 5JK4A 1D9YA 1XHYA 1I6BA 4KD5A 4JWOA 3S9NC 3H7MA 1FTLA 2XXHA 1DMBA 4R72A 1OQHA 4RPNA 4RYAA 3PUWE 4DCYA 1MQDA 1EZOA 3E9XA 3KBRA 4YB6A 5CM6A 2P0SA 3TCFA 4R74A 1MY1A 3DP4A 2UVGA 3LSWA 1A55A 4R2FA 3W9WA 3IX1A 3K00A 4JSDA 3H3GA 1B6HA 5KCJA 3MW0A 3RGYA 5DTBA 5I56B 2XXVA 1IEJA 5FHOA 1NNPA 5CMMA 3I3VA 4JB7A 3VXBA 5H8NB 4DLDA 3MZBA 1RKMA 3C34A 4ELOA 4F29A 1Y3QA 3MWBA 5I59B 1IXGA 4H8IA 2ZNUA 4ZEIA 3SESA 4KCDA 1OIBA 4ZE9A 1UIUA 1R6ZA 2XXTA 1P1NA 2H5YA 5ITOA 5JEIA 4F3SA 2YLNA 3VDFA 3U8QA 5HPQA 2YPNA 1MPBA 3KJTA 5HBCA 4POWA 1TFAA 2UXAA 3K6UA 3VLWA 3LUYA 3OO6A 4F3BA 2O7IA 4LQ2A 5AA4A 3RUMA 1B7HA 4JWYA 3PUZE 3IB0A 1NNTA 3PD9A 1PEBA 3G3GA 3TKDA 1FQCA 1P99A 4IO2A 2NXOA 3R7XA 1H43A 1LFHA 1S7YA 2XX7A 4JBZA 1QULA 5B70A 3H06B 2HFBA 5IKBA 3PU5A 4ECFA 3RY3A 3LBSA 2F34A 3AXFA 5A5XA 2Z8DA 3QUJA 2HZKA 4KYDA 4F1YA 1M5FA 1Y1MA 3RPWA 3C9HA 5H8HA 4QSCA 2FA7A 2F7BA 1GR2A 4IY5A 1QJMA 3FV1A 4OFOA 3OEKA 3CIJA 4FATA 3G3KA 1EU8A 5F7VA 2UYFA 3K02A 5I2NA 4G68A 2HCAA 3B6WA 4C1UA 1MXYA 2XXWA 5LOMA 1NFTA 2AL4A 4IO5A 2LAOA 1F9BA 2VOZA 4KI0E 4U2RA 1DSNA 1MM6A 4I9DA 3Q26A 2M8CA 3T9HB 4EQ7A 1Y20A 3F11A 4R2BA 1MXXA 1H3DA 4U23A 1M5BA 4KQPA 3KN8A 2DWIA 1N04A 1VFDA 4THIA 3O97A 1B0HA 1DTZA 4O3BA 3RNNA 4WXJA 5L8DA 4EXLA 3W9VA 4R9FA 4ZEFA 1NMUA 2GHAA 1QUKA 3OMBA 2A5TA 2PYYA 1QW0A 3K6VA 4R6YA 1TT1A 4ELRA 4NF6A 4H67A 5AA1A 4OFJA 4TQUQ 1LB8A 2DXRA 3TTKA 3LC8A 3M8UA 3FD3A 1FQEA 4IO4A 1MXUA 1NNKA 3PPQA 3TUSA 2WKYA 4YKPA 1B3HA 4F31B 2F36A 2A5SA 2Z8FA 4LVQA 3PD8A 5FHMA 2O6AA 3FGSA 4EQ9A 3MVXA 5TPAA 5BUUA 3ZKKA 3ONMA 3L6HA 1P1OA 2G93A 1SI0A 4UA8A 5L9OA 4WKMA 3KG2A 4U4SA 3R26A 3TZAA 5IAIA 3IJXB 2F5XA 3LSLA 1Y3PA 1ZLQA 3U72A 4ZDMA 1B9JA 3MC2A 1MPDA 3Q28A 4F3PA 1MXWA 2I4CA 3TPAA 4X1DA 1UTHA 2AIXA 2AYSA 3UIFA 2P1SA 5ITPA 2DWAA 4RK2A 1OVBA 2Y84A 3E3KA 5J1DA 3K1MA 4AQ4A 1MH4A 4U22A 4H0WA 2UVIA 1XC1A 4OXVA 4ZEKA 3K6WA 1NKXA 1LB9A 2Z23A 3IAZA 4Q0CA 3IOTA 4LUBA 1B0LA 2V3QA 2XXRA 5ICTA 3SKPA 1B58A 4ZEBA 4OENA 3KSJA 4EF1A 2DE4A 2QRYA 1MDP1 3KOTA 2F8DA 4N6PA 1JW5A 4OYVA 1HSJA 3BFTA 4LQ5A 4PFWA 4NEDA 3TCGA 1WODA 1ZU0A 2VGQA 3VVFA 3EN3A 3FJ7A 4FAJA 2B3BA 4RNSA 1LSTA 4QSEA 2H99A 1HSLA 3TQWA 3OEMA 3OO7A 3OELA 3W15C 4OHNA 2XXIA 4F2OA 4OTEA 5TP9B 4PQJA 1MY4A 3PPRA 4KYSA 1BLFA 3TTMA 3K01A 2PMSA 1IIWA 2OZZA 5AA2A 1Y9UA 4GIZA 2O84X 3G3HA 1SYHA 5AA3A 1Z7ME 1B4HA 4ISUA 2VD2A 1SYIA 1XOCA 3O6IA 1DTGA 3EPEA 2THIA 1LBBA 2OLBA 4YMBA 3DM0A 1AL3A 4YKJA 1N7XA 2VHAA 1SBPA 1MQIA 1A7LA 3HPIA 2Q89A 4N13A 3FZVA 2F78A 3TAJA 1FTKA 4UACA 1LAHE 3MVZA 2CZLA 3A3UA 1BKAA 4RXLA 3FXRA 1AOVA 3MP8A 4JDFA 3GBAA 1QKBA 1XS5A 4Q30B 1IXCA 4F1VA 3UP9A 3KFMA 3H6TA 4DDDA 4IY6A 1B46A 4Z7EA 1P1UA 2CMOA 1MY2A 3U94A 3GXAA 3RTFB 1IXIA 5TU0A 5AA2D 3SEXA 4MF3A 4ESWA 1ZMGA 3UN6A 4XIGQ 2V93A 2HZLA 3PUYE 1A40A 1Q35A 5ISUA 3FVOA 2V3UA 2XD2A 4M4GA 4NF5A 2QS2A 3UORA 4DCXA 3V5AA 2HAVA 2V3TA 2Y7WA 1MQHA 1PC3A 1MG1A 3O29A 1RYOA 5H8FB 3D4GA 2R9JA 2Q2CA 5KDTA 2QL3A 2XXUA 1FQFA 2XX9A 2F97A 4ZS9A 3WAFA 3SEWA 4LA9A 2H9BA 3FIRA 1FQAA 3S9MC 3VV5A 4BDNA 2NOOA 5H8QB 1EZPA 1MXVA 2Y7PA 1N7WA 2R71A 3HSTA 4EQBA 2HEUA 4MBPA 2F6GA 4IO7A 3E4RA 3PGFA 3M3LA 3CSGA 1H76A 4OMBA 3LR1A 3MJNA 2XXYA 3OO8A 3R6UA 1B3LA 3FXQA 3N5LA 4H6DA 3I5OA 3KJ7A 3RN8A 1UTBB 3O6HA 2RKMA 3TFLA 5L9MA 3SETA 4F1UA 3MQ9A 4GRKA 3KGCA 4LATA 3SEUA 2ESNA 3EF7A 3K1NA 3MVWA 4FIMA 4NF4A 4IGRA 1OLCA 2F7AA 3L6GA 2VP1A 1FCKA 4KR5A 4FORA 3QUFA 2H4IA 3PV0E 4G68C 4NF8A 4FE8A 1UQWA 1ATGA 4LZ5A 3H6WA 2XXXA 4NF5B 4POXA 1FQBA 3FVGA 2Y7IA 1SDXA 1YAEA 4PP0A 4Z0IA 4PFUA 1D3KA 1VFEA 1Z7NE 3IL1B 3K2DA 2DWHA 4RA1A 3EHSA 1NNFA 4HCYA 1XVYA 2ONSA 2G29A 5KCJB 2HXWA 3K1PA 1II5A 4YMAA 5L9SA 4LZ8A 1JETA 2O51A 1JQFA 4NWCA 4H8JA 3RTWB 1MQJA 2QSXA 1B3EA 5ICQA 2IEEA 2Y7KA 3C32A 1NL5A 3HHFA 4QFOA 1IXHA 4KHZE 3S2VA 2RC8A 1J1NA 3QAXA 3ILTB 2NVUB 3KEIA 2DVCA 1MS7A 4L17A 1A99A 1N0TA 2XXPA 4XTCQ 1FW0A 3TELA 3QYTA 2QJEA 4NE4A 1LCFA 3M3KA 1DPPA 2OCUA 5AA4B 4OEUA 1BP5A 1B5JA 4GXAA 4JXIA 3K0VA 3K6XA 3FVKA 3B6QA 1JW1A 2BJJX 2F7CA 2IA4A 3OXNA 3LSFB 3O28A 1XT8A 4EUOA 2ZMBA 4C0RA 2GRVA 2O1MA 1B51A 3CRBA 2I4BA 4YKKA 4GLIA 1TWYA 1GVCA 4OETA 3IK6B 4QFKA 2OK2A 1MXZA 2O1LA 3JZJA 4ESXA 2O69A 4FJPA 1MPCA 5A5XB 4H5GA 5HM4B 3S4UA 4AB5A 4ZZAA 3OSQA 3RT8A 1GGGA 4F18A 1FTOA 3HCQA 5H8HB 3KN3A 4DIGA 3VVDA 3O2AA 4BDMA 3U93A 2XXQA 1N76A 3T66A 2UVJA 1MM7A 3CFXA 3S9LC 2ZYNA 2ZYKA 5I2NB 3TYHA 4BDRA 4G68B 1SW4A 2DS9A 4GL0A 4E0WA 3H03A 4GQOA 4DE8A 1US5A 3BKIB 2OJTA 3CR9A 3IO6A 1N3WA 2D3IA 3DELB 3C4MA 2RF1A 1WDNA 4H5FA 3A3CA 1DPEA 2PX1A 1D9VA 4OQOA 3EHUA 4OEVA 1P1WA 5I58A 2Z8EA 1IZ1A 3CSBA 5BWJA 3FUZA 1ELJA 4H1XA 1PDAA 2DQVA 4G4PA 5M2VA 4G8MA 4NMYA 4QHQA 2DWJA 4QFNA 3E13X 3PMWA 2HQ0A 1OVTA 1POY1 3T22A 3ECRA 4GD5A 1SI1A 1US4A 3O6GA 4OERA 5DVIA 4MH5A 4WEPA 1M5EA 3CVGA 4XXUA 3IORA 4RY1A 2A5TB 4R75A 4OZ9A 1SW5A 1Y4CA 4I62A 4NF6B 1M5DA 3RT6B 2Z22A 3SERA 1P1QA 1JVYA 4YKIA 2GHBA 3IOWA 2OWTA 5FTHA 4E0XA 3VVEA 3B6TA 2DVZA 5CBRA 1AIVA 3G3FA 4QFPA 3B7DA 1SW2A 4DZ1A 4TLLB 1B3FA 4F19A 1N84A 3G3IA 4ELQA 3TODA 5TPAB 5CI5A 3HN0A 2ANJA 5H8SA 1B52A 4G77A 2UVHA 2NWJA 4YAHX 1TXFA 1MQGA 4QRZA 3WAEA 1OLAA 1EH3A 5F1QA 2V25A 3QSLA 2RC7A 5I56A 2RCBA 5K2XA 3DP8A 3FJGA 1QUIA 1SVXB 4XKRA 5FHNA 2XHDA 4IO6A 3PMVA 4X9TA 1UTHB 5H8NA 3G7WA 2I49A 4YZZA 2PVUA 1ANFA 5I59A 5JTYA 3GZGA 2FYIA 2D21A 1GV8A 1B1HA 1ZBMA 4MLVA 4EF2A 3VFJA 1MY0A 3HO7A 4YB7A 3ZSFA 3TTRA 4U1OA 1YPNA 1L5TA 4YU0A 1B7UA 4KPTA 1FTJA 3JYRA 1IUDA 4GOTA 5I57A 4GL8A 4ZECA 3EHTA 3ILUB 3FXUA 5CMCA 4Q8RA 1B1XA 4AB6A 1S9TA 2I0CA 4HTGA 4ELPA 2PT2A 1QKAA 3EQ1A 1O64A 4JWXA 5CMBA 3UA8A 1RYXA 3GLBA 4N07A 4RPOA 1SW1A 1AH5A 3CI8A 3T93B 5K2YA 4TOZA 5EYFA 4ZE8A 4I8CA 4IGTA 4X48A 1B32A 2DE2A 4KFQA 2I3VA 1B7ZA 1VE4A 2Y7RA 1URGA 4MFIA 5AA2B 1B3GA 3HHGA 4KYEA 5ELVA 3U1OA 5EHMA 1MY3A 1I6AA 4H65A 2ZYOA 4U1ZA 5I2KA 1GTKA 5I84A 2OWSA 3IOUA 1B05A 1URSA 3KOSA 1D4NA 2AL5A 4OESA 3K4UA 3IJOB 1QVSA 1H44A 3V83A 3FJMA 2ABHA 1QUJA 1VSOA 3C36A 3TTNA 4LP2B 5JTYB 4PETA 1XVXA 1VR5A 2Q9TA 2QMXA 1T0KA 4HW8A 4F22A 1I6QA 3V89B 3VLUA 3IB1A 3ZS6A 1PB7A 5CMKA 4GFRA 4P11A 1PB9A 2X7QA 3BBRA 1R9QA 1OMPA 3FVNA 3OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QVUA 5I57B 4P0IA 1S50A 5KZTA 1LBCA 4M1VA 1ZJLA 3N26A 3H6UA 4G61A 1POTA 1Q1KA 2F3DA 2FIXA 1IQ7A 2I58A 5ESYA 1NH8A 2DP8A 4FECA 3KZGA 3P7IA 1URDA 4BLAA 4F39A 3RQTA 2F6PA 3TEPA 2DOJA 1JNFA 2PT1A 3JV9A 2VD3A 1FBPA 1A54A 4XF5A 3MSTA 5ET6A 4NG7A 1Y4TA 3FASA 4NX1A 2RC9A 4EDPA 3TCHA 4XKNA 2YJPA 4O3CA 1IMCA 5KDTB 2Y5LA 4C1TA 4R6KA 5DVFA 2Y5KA 1LLSA 5I2KB 3RLFE 1IITA 4YICA 2Q74A 3PMXA 1FBGA 1LAGE 3MPKA 3SDFA 4X1BA 4GXSB 4O94A 2QS3A 3MAMA 4PFYA 3MBPA 3H6VA 1TFDA 2DYXA 1UIVA 3TDJA 2DSFA 1B5IA 4DXUA 1CB6A 3IOVA 5CBSA 1FPFA 2L5VA 1FJ9A 3BFUA 4R73A 3FBPA 1O7TA 3MVYA 2DE3A 4I1DA 1JVXA 2XWOA 2FNCA 3PPNA 1LAFE 4X04A 4R6HA 4PFTA 4HS7A 1LCTA 1WVJA 3HV1A 3UK4A 4TLMB 4QFLA 4Q5TA 4G2ZA 3OOAA 3SEYA 5A5LA 4YB5A 5IZ1A 3E79A 5AE4A 4XKQA 4P0GA 2I48A 2KQZA 4NF4B 3D4CA 4GF8A 1N3XA 4FEBA 2ONKE 1EZ9A 2I3WA 3G3JA 3O9PA 4U21A 4DXBA 3PUXE 1R1NA 5B7DA 1LFIA 1NH7A 3MZ1A 2ZNSA 2GH9A 1USYH 4NF8B 1I69A 1SQYA 4KCCA 5DT6A 4ND9A 1DOTA 1VDWA 1MRPA 3IR1A 1XI6A 4ZEDA 4ZZEA 1JEVA 3S9EA 4BDLA 1CE2A 1MDQA 3OD7A 3OO9A 3T9XB 2ZYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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