5L9SA

Structure of agrobacterium tumefaciens c58 strain pbp attc in open unliganded conformation
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
MEQRVVIATTGGTYEKALREAWFEPFTKATGIKVVTVSGTDAEKRAKVTAMVQTGNVTWDLYLDGEIQAGSDAHFAITEDLSDFCMQFINSTDLLADSCTRGGAKLQSTSTLLAYKLNENGSNPQTWADMWDLAKFPGARSFPNFDDPWRVLAAALLADGVPREKLFPLDVDRAFRKLDELRDSVQVWWRTGDQSVQAFRNDEYRVGQIWLTRAKALKAEGYKIGWSYDGAFLVGDRIALVRGAPNRENALKLIEFWLRNPAAQAKACETLSCTPPSQKAISQMSSEARATLPSAADVENRIIVPDAQWINANMGMLVQRWNSWIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein (Mannopine)
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum (strain c58 / atcc 33970)
total genus 111
structure length 326
sequence length 326
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5l9sA01
3VLVA 2A5TB 1OVTA 3H6VA 4OXVA 4ZEFA 3V8XB 1QKBA 1P1OA 1QVSA 4PFUA 4KYSA 5TU0A 1POTA 4G77A 4IGRA 1HSLA 3ECRA 1B40A 3L6HA 4XTCQ 4IY6A 1B6HA 1UQWA 3N6TA 2O69A 1NNPA 1B52A 4H1XA 1FQDA 4POXA 3SEWA 4WEDA 1N7XA 3ZKKA 4ZEIA 3O6GA 5K2YA 4R6HA 2QMXA 5F7VA 3K6XA 5CMKA 4ZE9A 4DCYA 1JEVA 1LAXA 3RGYA 3CFZA 1SI1A 4ZEKA 2O6AA 4G8HA 4RNSA 4U22A 2Y7WA 1TXFA 1MY1A 4GLIA 2E0SA 4PETA 4MF3A 4EQ9A 1JVYA 2ZXTA 4NF6B 1P1UA 1MH4A 4X9TA 2QMWA 3L6GA 3B6QA 1POY1 4FATA 1MRPA 1O64A 4F3SA 3QIMA 3TTRA 4GFRA 1H45A 2PT1A 1EU8A 5TP9A 4E0WA 3TDJA 1JW1A 3LSWA 2FA7A 1NMUA 1H43A 2OK2A 2YJPA 2HAVA 1ZBMA 3VVEA 3PGFA 1B5JA 2V93A 2XXQA 3ONMA 5TPAA 2DE4A 3RT6B 4Q30B 3CG1A 4LQ5A 4KYDA 1MPBA 4F3GA 4F29A 4F22A 5JK4A 5DYHA 1MY0A 4JXIA 3P7IA 4OMBA 5M2VA 5AE4A 1OIBA 3R26A 3MZ1A 3OEMA 3GXAA 1PB9A 4AB6A 3H3GA 2V3QA 3IB2A 4JWOA 1IXCA 1LCFA 2PYYA 3CFLA 4KQPA 1H44A 2DS9A 3PMVA 1FTMA 1SVXB 4EXKA 1QW0A 3KJTA 2Y7PA 5A5XB 4YU0A 4XKPA 2DE3A 2W7YA 4LONB 1JQFA 1S9TA 1Y20A 4BDNA 4KFQA 3S9NC 3PPOA 4ZDMA 5FTIA 2X7QA 4ECFA 5EHSA 5LOMA 1XHYA 4R6KA 1QKAA 2DVZA 3IR1A 5H8NB 3FXQA 2I0CA 2Y7RA 5BUUA 1LFGA 3QSLA 4NWDA 3EPEA 4HS7A 1MXVA 2UVIA 3D4CA 4NF8A 2AYSA 3PPQA 4F2QA 1D9VA 3EN3A 1NL5A 3FGSA 1FTLA 2QS1A 3CSGA 2ZYOA 1NNTA 1WDNA 4ZS9A 3PPNA 3K6UA 1UTBA 2F35A 4OTEA 4ZZAA 3AXFA 2R6GE 1M5EA 4GRKA 2QPQA 4FIMA 5KDTA 4IO5A 1B3LA 1OLAA 2D5WA 3W15C 5KCJA 3LBSA 2HZLA 3GBAA 4GXSB 3CG3A 1HSEA 3FXUA 5I59B 3U94A 1J1NA 3E3KA 1LFHA 2B3BA 2CMOA 4GD5A 5DEXA 2I6EA 4NEDA 4KCCA 2PT2A 2ZYNA 2XXPA 2OWSA 4RK2A 3VLUA 2V3TA 2THIA 1MPCA 3IL1B 1B7HA 3TTLA 3VLWA 2F78A 4ELQA 1B7UA 4GWOA 3RT8A 4F1YA 2Y7IA 2Z23A 2H99A 5CM6A 1M5FA 4OESA 4ONYA 2XX7A 4OZ9A 4RA1A 2Z8DA 4EQBA 3OMBA 1SYIA 3OXNA 4K3FA 1BLFA 1ANFA 3FV2A 1MQDA 3FJGA 3C32A 3KEIA 3N6UA 3I6VA 1N3XA 2Q9TA 3SEUA 1Z7NE 4OFLA 4ZE8A 1IXGA 1P1NA 4KD5A 3TCFA 3KOSA 5JEIA 1OQHA 1AH5A 1JNFA 1R9LA 1Y1MA 5ITPA 5H8HB 2Y84A 2RINA 5HM4B 1I6BA 3TODA 4GL8A 2ANJA 4Q5TA 2REJA 3PUZE 5I58B 1GVCA 3FZVA 5I2NB 2VOZA 4G8MA 2ZYKA 4G4PA 4GIZA 3MJNA 4LQ2A 1B05A 5I56A 3KN3A 3OOAA 1ZKBA 3O2AA 5IAIA 2QS2A 2DP8A 1URSA 2O68A 5AA4A 4JWYA 1DTZA 1S50A 4QFOA 3DM0A 1LAHE 4I1DA 4M1VA 1Z7ME 1XVXA 1ZJLA 2OJTA 1F9BA 1IIWA 3CVGA 4F2OA 1LSTA 3C36A 1TFAA 3KFMA 2XXHA 1AL3A 1Y3QA 1ATGA 2XHDA 4KR5A 4F39A 4R2BA 2RKMA 3O9PA 3IO6A 2XX9A 3V83A 4LZ7A 3IK6B 3QK6A 4X1BA 4Q0CA 2OWTA 3E13X 2Z22A 2F7CA 2DWIA 2E1SA 2HFBA 2XXWA 2D21A 3K1PA 1MH3A 3I3VA 2QS3A 4WXJA 2ZNTA 4YICA 1LLSA 1N7WA 3H7MA 2F34A 2DXRA 4ZEBA 3HSTA 1LB8A 2OCUA 2NOOA 4PFTA 3ILTB 4OQOA 3KN8A 1CE2A 1S7YA 1MQIA 4KYEA 5L9SA 4KCDA 4H5GA 1DPEA 1US4A 1QUJA 3DLNA 3U8QA 5H8NA 2B3FA 4DLDA 4G68A 1PB7A 5CC2A 4RPOA 3ILUB 3K4UA 4EXLA 4N13A 3MZBA 4GF8A 5I57B 3G7WA 1FCKA 3K2DA 3EHTA 3SKPA 4R72A 1RYOA 1SI0A 2Z8FA 2QS4A 3HV1A 3BKIB 1IEJA 3K6WA 5H8FB 1A8EA 1URGA 5FHNA 4DDDA 3N26A 2I4CA 2Q88A 5IKBA 2QL3A 2ZNUA 4BDQA 5JTYB 4XKNA 4NF5A 5ELVA 3JZJA 5B7DA 4QFPA 2RC7A 1UTHA 5FHOA 4F1UA 3MVXA 4OFOA 2DVCA 4QSEA 1NFTA 3EQ1A 5AA2D 1DPPA 4NE4A 4C1TA 1B5IA 2YPNA 2DYXA 2O1LA 2FYIA 2UYEA 5AA2A 2PVUA 2OLBA 1Y3PA 1FTKA 2I58A 3A3UA 3FVOA 2HZKA 4IO6A 3O6IA 3VVFA 1ZLQA 5I84A 3H6TA 1MDQA 3FIRA 4O3CA 3KJ7A 4EDPA 2ABHA 4TLLB 3F11A 4MFIA 4OVJA 2R9JA 3CSBA 2GHAA 3G3GA 4R73A 1NKXA 4OETA 3Q27A 4RXLA 3K1NA 3O66A 3T93B 4G8NA 4KPTA 3R7XA 3N94A 3TKDA 2F7BA 4U21A 1II5A 3KG2A 3QAXA 1L5TA 3HHGA 2I3WA 3VXBA 4GOTA 3VVDA 2X26A 1B0HA 3IJXB 1URDA 1N04A 3T66A 4MBPA 2R71A 1TFDA 5KZTA 1OQGA 4O3BA 3KN7A 2Q89A 3IJOB 3MZ9A 1MXYA 1EH3A 1SW1A 5H8HA 1B4ZA 3TPAA 4NMYA 2ALUA 3TAJA 3PD9A 1IITA 1XS5A 1BKAA 1USYH 3O6HA 3MUQA 1DTGA 1FW0A 1Y4CA 4M4GA 3HCQA 1VSOA 4ELPA 2UVHA 1MDP1 3EF7A 5CMMA 3H6UA 3PD8A 1O7TA 1MQJA 3EHSA 4YKKA 3C9HA 3UGWA 3PU5A 1T0KA 2XX8A 1AIVA 1B5HA 3HO7A 1MXZA 3U92A 5L9OA 3G3HA 4LUBA 3K6VA 4H6DA 1MXWA 4OERA 2O1MA 1VFDA 2AL5A 3SESA 3WAEA 2QRYA 4KHZE 2V25A 3M3LA 2NXOA 3A09A 3OELA 3SERA 1XC1A 3WAFA 1A40A 4JB7A 2VD2A 4H5FA 1GR2A 1TT1A 1QUKA 4LP2B 3MP1A 1A99A 3TTKA 2B65A 4PE5B 2DWHA 2BJJX 2KLFA 1PC3A 1NNKA 4JDFA 4TQUQ 1SQYA 2V84A 2HCAA 1BP5A 5EHMA 1MY2A 1A55A 3THIA 4YKPA 3JV9A 2VD3A 4ISUA 4BDRA 1MY4A 3VXCA 1QULA 4QFKA 4AB5A 3KGCA 5ITOA 1MG1A 1VE4A 3C34A 2A5TA 1FQAA 4RYAA 1WVJA 1N3WA 2NUVA 3K1MA 1Q35A 1AMFA 3S2VA 1USYE 5HPQA 3TEPA 3PV0E 1H76A 4LZ8A 2V3UA 3DP6A 2DSFA 4ZZEA 4THIA 1OMPA 1PEBA 3FJMA 1A8FA 3KSJA 5TP9B 3TCHA 1MQGA 1NNFA 1IXHA 5I57A 4NF4B 3TTMA 3UK4A 1YCJA 5F1QA 3OO6A 1LGBC 4QFLA 3H06B 4IO7A 2RC9A 4MLVA 1LAGE 5AA1A 3CRBA 4IB2A 1LB9A 4YB7A 4RPNA 1R9QA 4N6PA 4XKRA 5TPAB 2IA4A 1GTKA 1CB6A 4ND9A 2H5YA 4FEBA 4R9GA 5EYFA 2Y7KA 3V89B 3GLBA 4YAHX 3IO4A 2Q2CA 2XXYA 3ZSFA 4I8CA 1FQCA 3FVNA 4OWDA 1JEUA 5CRYA 3VDFA 4LA9A 4YZZA 3HN0A 4YMBA 3GBBA 2Q8JA 4QHQA 3T9XB 2UVJA 3FXRA 1YAEA 3FVKA 2ONKE 3PUXE 4NF6A 1P1WA 2F36A 1JW5A 3T9HB 3FV1A 4RY1A 1PB8A 4HCYA 1LCTA 5DVJA 3E9XA 2F6GA 4U4XA 5CI5A 4EF2A 3B6WA 1ZU0A 4FE8A 2I4BA 1MXXA 4IO4A 3T96B 4HW8A 1I6QA 1B3GA 5DVIA 3C4MA 3V5AA 1Y4TA 2H25A 3UIFA 4RK9A 5CMCA 4G2ZA 4I9DA 2XXIA 1A54A 1DMBA 4F1VA 3DP8A 5ICQA 2NWJA 4QRZA 1SDXA 4BDMA 1LBCA 4X48A 4RJZA 4GQOA 3TQLA 1SBPA 4ESXA 4FECA 1R6ZA 4PFWA 4NWCA 3C31A 4OEUA 3G3FA 5DVFA 1B3FA 4DXBA 3KZGA 3W9WA 3TELA 1FQEA 1B2HA 2LAOA 2GFEA 1IZ1A 4QF9A 1DOTA 4QSCA 1FQBA 3IX1A 5A5XA 4IGTA 1RYXA 3O97A 1HSJA 5HBCA 1IUDA 2F7AA 4F3BA 3TTNA 5KCJB 3K01A 3MC2A 1FQFA 2ZMBA 3RLFE 4H67A 1LFIA 4XKQA 1IQ7A 3ZKLA 3GZGA 1ZMGA 4LZ5A 3FASA 1M5CA 3W9VA 2REGA 4C1UA 3S9MC 1D4NA 3TMGA 4FJPA 1MM7A 3Q26A 4I62A 2CZLA 3UN6A 3MPLA 5K2XA 3S4UA 1O63A 4DZ1A 2M8CA 3RQTA 3IOTA 2D3IA 3Q29A 2DWJA 2VHAA 3PMWA 1D9YA 3Q25A 1B4HA 3SEVA 3JYRA 3H6WA 3OEKA 4C0RA 1SW2A 1VR5A 1B3HA 2RF1A 3K02A 3USDA 5ISUA 3QUJA 2DWAA 3C35A 2H98A 2IEEA 4XIGQ 2Z8EA 1R1NA 3CR9A 2XXVA 3G3JA 3SETA 5AA3A 3RTFB 2XD3A 5FTHA 3RN8A 4ELOA 4R2FA 2ZYMA 5L9MA 1EZ9A 5CBSA 5I59A 2ONSA 2P2AA 3Q28A 3IB1A 1N84A 1MXUA 4YKIA 5DTBA 1D3KA 2HQ0A 3PMXA 1I69A 3O29A 4R9FA 3IOVA 4EQ7A 3VV5A 3SEXA 4R75A 3KBRA 3LSXA 4TLMB 3RY3A 1MPDA 3FJ7A 1WODA 3CFXA 2ZNSA 5DT6A 2OBGA 1OLCA 3QYTA 4Z7EA 2O7UA 3PUYE 1FTOA 4YB5A 4P0GA 1ZIUA 4PQJA 1BIYA 1N76A 2O51A 4H65A 2RCAA 3PUWE 4PP0A 1YPNA 5I56B 4PFYA 2UXAA 5FHMA 2OZZA 4NF4A 5AA4B 1B51A 5CBRA 2O84X 3H03A 3ZS6A 1M5BA 2XXUA 1M5DA 2P0SA 1LBBA 4GL0A 5L8DA 3RUMA 3TQWA 4F3PA 2F8DA 3B6TA 3B7DA 3SEYA 2FNCA 1H3DA 1B9JA 5H8QB 4QFNA 3MVWA 1RKMA 2G29A 1GGGA 1XOCA 1B46A 1A7LA 3BFTA 5I2KB 1UIUA 5I58A 3RTWB 1LAFE 5I2NA 2G93A 1TWYA 2ONRA 3VE1B 4DCXA 4U23A 3U72A 3KSXA 5H8SA 2H4IA 3MAMA 3TCGA 2F97A 3IORA 2AL4A 3FUZA 3FATA 3N5LA 2P1SA 2F6PA 4P11A 2VP1A 3O28A 4U2RA 4OFJA 4POWA 3RNNA 4YMAA 3C33A 4BDOA 4LVQA 1Y3NA 4YKJA 4ELRA 3QUFA 4IO2A 4DXCA 4JSOA 2I49A 4HTGA 4G68B 2GRVA 2DQVA 4L17A 2QSXA 2ESNA 2HXWA 3UA8A 4GXAA 1B0LA 1SW4A 3KOTA 1MY3A 5ICTA 3MP8A 3PUVE 3T9VA 3H4ZA 2WKYA 4Q8RA 4UA8A 1JW4A 4U1OA 3TZAA 3K0VA 2XD2A 2UVGA 1P1QA 2HEUA 2YLNA 1Y9UA 3RPWA 2PMSA 4IY5A 1SD3A 2HAUA 1B1XA 3UORA 2GH9A 3G3IA 3IB0A 2AIXA 4NF5B 1B1HA 4EUOA 5B70A 4FORA 4O3AA 4DIGA 1PBPA 1B32A 1UTHB 1OVBA 3LSLA 2I3VA 4BLAA 2A5SA 1B3EA 3DP4A 4E0XA 4OEVA 1ELJA 3OO8A 2I48A 2QJEA 3OSRA 4WKMA 3SDFA 4P0IA 4FAJA 4R6YA 3K00A 1ZTYA 1DSNA 3EHUA 3IOWA 4N07A 4WEPA 3HHFA 5AA2B 2PBWA 2F5XA 4JSDA 2RCBA 4F31B 3S9LC 3TUSA 1N0TA 4JWXA 4F18A 3VFJA 3BBRA 1Q1KA 5BWJA 2VGQA 4QSDA 1JETA 2I0BA 5H8FA 3HPIA 1QUIA 3OD7A 3MVYA 3R6UA 3LUYA 2DE2A 5JTYA 3M3KA 1PBQA 3LC8A 4EF1A 3T9UA 1AOVA 3UP9A 3E4RA 2XXTA 1MS7A 1XVYA 3LR1A 1MM6A 1PDAA 1EZOA 3T22A 3OO7A 4R74A 4GVOA 3MBPA 3PPPA 4KI0E 4JBZA 2DOJA 5J1DA 2X7PA 1FTJA 4F19A 3A3CA 4X1DA 3S9EA 2H9BA 3TFLA 3U93A 4DXUA 1BTJA 3MPKA 1NH7A 1MQHA 1VFEA 2GHBA 4DE8A 2NVUB 1I6AA 1JVXA 3QXMA 2UYFA 4UACA 3MQ9A 2DXYA 3OO9A 3OSQA 3OENA 1YTVA 2PX1A 4Z0IA 4OHNA 1NH8A 3M3FA 3MW0A 4H8JA 1IXIA 3G3KA 4ZEDA 4HCWA 4U1ZA 3LSFB 4LATA 1SYHA 4BDLA 3MWBA 1P99A 4XXUA 3ODBA 4ESWA 2XXXA 3CIJA 2O7IA 3CI8A 3FD3A 4IO3A 4NF8B 3DELB 4G68C 1EZPA 2RC8A 4AQ4A 5CMBA 3IAZA 5H8QA 2XXRA 3FVGA 4OENA 3TYHA 1SW5A 1B58A 3D4GA 4ZECA 3M8UA 1UIVA 1UTBB 4H8IA 4H0WA 3U1OA 4OYVA 3IOUA 5I2KA 4U4SA 5KDTB 3MP6A 4TOZA 1GV8A 4MLQA 2Q2AA 1Y1ZA 3I5OA 1B7ZA 4MH5A 4NTLA 3PPRA 3MVZA 3BFUA 1KWHA 4FEDA 1QJMA 1XT8A 5DEXB 1US5A 4YB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VLVA 2A5TB 1OVTA 4P8BA 3H6VA 4OXVA 4ZEFA 3V8XB 1QKBA 1P1OA 1IMFA 1QVSA 2FIXA 4PFUA 4KYSA 4PAFA 5LTCA 5TU0A 1POTA 4G77A 4IGRA 1HSLA 3ECRA 1B40A 3L6HA 4XTCQ 4IY6A 1B6HA 1FBPA 2BJIA 1UQWA 3N6TA 2O69A 1NNPA 1B52A 4H1XA 1FQDA 4POXA 1IMAA 4PFIA 3SEWA 4MNCA 4WEDA 1N7XA 3ZKKA 4ZEIA 3O6GA 5K2YA 4R6HA 2QMXA 5F7VA 3K6XA 4GWYA 5CMKA 4ZE9A 4DCYA 4XEQA 1JEVA 4DI4B 1LAXA 3EKIA 4GWZA 3RGYA 3CFZA 1K9YA 1SI1A 4ZEKA 2O6AA 4RNSA 4G8HA 4U22A 2Y7WA 1TXFA 1MY1A 4GLIA 2E0SA 4PETA 4MF3A 4EQ9A 1JVYA 1XI6A 2CZIA 2ZXTA 4NF6B 1P1UA 1MH4A 4X9TA 2QMWA 2OWZA 3L6GA 3B6QA 1POY1 4FATA 1MRPA 1O64A 4F3SA 3QIMA 3TTRA 4P56A 4GFRA 1FJ9A 1H45A 2PT1A 1EU8A 5TP9A 3GYYA 4E0WA 4NN3A 3D1RA 3TDJA 1JW1A 3LSWA 2FA7A 1NI9A 1NMUA 1H43A 2OK2A 2YJPA 2HAVA 4XF5A 1ZBMA 3VVEA 4MNPA 3PGFA 1B5JA 2V93A 1IMEA 2XXQA 3ONMA 5TPAA 2DE4A 5IGAA 3RT6B 4N6KA 4Q30B 3CG1A 4LQ5A 4KYDA 1MPBA 4F3GA 4F29A 4F22A 5JK4A 5DYHA 1MY0A 4JXIA 3P7IA 4OMBA 5M2VA 1OIBA 5AE4A 3R26A 3MZ1A 3OEMA 3GXAA 1PB9A 5EQAA 1FJ6A 5ET6A 4AB6A 3H3GA 2V3QA 3IB2A 4JWOA 1IXCA 1LCFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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