5LA5A

Room temperature x-ray diffraction of tetragonal hewl. second data set (0.62 mgy)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Uridine as a new scavenger for synchrotron-based structural biology techniques.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5la5A00
3B72A 4WLYA 2AUBA 5I5QA 5IELA 4BAPA 1GBOA 4B4EA 2PC2A 1IP1A 1B2KA 4WLXA 4YOPA 4OWEA 3W6DA 4RW2A 3WVYA 4LYZA 1OUAA 5LA8A 1QSAA 1B7SA 4G4CA 4H9CA 1IEEA 5F9UA 4A7DA 2LYMA 6LYTA 1GXXA 1GFEA 1LZ5A 4NHPA 1REXA 5HLLA 1INUA 4W96A 2ZNWY 5FELA 2FYDA 4WM5A 1JJ1A 1CKGA 4NWHA 1C10A 1FLWA 3ATOA 4GLAA 1B5YA 1XFPL 1CKCA 1I1ZA 4H8YA 2BQOA 4H90A 1LJHA 1B0DA 3LZ2A 1UACY 1FLYA 3N9AA 3W3EA 5KXPA 4HTQA 5KXTA 1LZ6A 1IOSA 3A67Y 5KXXA 4CFOA 1QUSA 1DXJA 1F10A 1VEDA 1AZFA 1YL0X 2D91A 1LMTA 3AGIA 5JENB 1AM7A 4TSCA 4ZFPA 2DBTA 5KXRA 2W1XA 4DDAA 4GCFA 2BLYA 1JTTL 3TMUA 4TTDA 4OOOA 1B7PA 2W1YA 2G4PA 3B6LA 3IWRA 4W94A 3TXBA 1BWIA 1NBZC 3TXJA 4H9FA 3EXDA 4HPEA 1OP9B 3WXTA 3WUNA 5DM9A 2ZIJA 1BWHA 1LYZA 1RE2A 1LZDA 1FN5A 1YROA 3B0IA 2A7FA 1BB7A 2YDGA 154LA 1I20A 5B1GA 1BB4A 1YKYX 1WTNA 1YIKA 3WL2A 1AKIA 5HNLA 1IOTA 1VDTA 2MEHA 1LJGA 2FBBA 4H9AA 4H9BA 4HJVA 3CSRA 4DT3A 3P65A 5APFA 1LJJA 4CHXA 1OUJA 2YSSC 2HEEA 2I6ZA 1QDTA 1QIOA 1OQMA 1AT5A 1LSFA 4XN6A 5C6JA 4QGZA 8LYZA 1LZ4A 1GBSA 4WG7A 1KXYA 4LFXA 5IDDA 1JKBA 1IC4Y 1LSCA 1V7SA 2W1MA 4HV2A 2Z2FA 1GFKA 3AYQA 5DN5A 2MEEA 4H92A 2CDSA 3WMKA 3WW6A 1JKDA 3A92A 4H8ZA 1YANA 3CT0A 1A4VA 4LZTA 3RU5A 1YAOA 1IVMA 4ETDA 1DI5A 4DD7A 3AZ4A 1GE4A 4J1BA 1GF6A 1GXV2 2EKSC 4GLVA 1J1OY 4WMGA 1VAUA 1CKHA 4NGWA 3QY4A 4G49A 1IP4A 3ATNA 1CKFA 3FI7A 3TXFA 5FEKA 4B4JA 3A3QA 2CWIA 4HTNA 4YF2A 1LSPA 1IC7Y 1DZBX 3BKVA 1O23A 2D4JA 4NSIA 2MEFA 5I4YA 3TXKA 1ZMYL 5HQ1A 2Y8PA 5D5FA 1GBZA 1GFGA 1IP6A 3W6AA 1HHLA 1LAAA 3A90A 3CB7A 1JJ3A 5LAFA 1EQ4A 1IX0A 1GF9A 3WW5A 1LJKA 3A3RX 3KAMA 5M1YA 1LJ3A 2YBNA 1GWDA 1LOZA 3HFMY 5AMYA 1XGQC 3TXEA 1HSXA 4XJDA 1LZGA 2BQJA 3P68A 1VDQA 2HU3A 134LA 4KXIA 5KJ9A 1LZYA 1NHEA 1IWZA 1HEPA 4WLDA 4DDCA 3G3AB 4GCBA 2MEDA 2H9JA 1VATA 2YBIA 1WQRA 1IWTA 3LN2A 1IOQA 2DQFC 1D0KA 1GD6A 1REMA 1ZV5L 4HPIA 4J1AA 3TMVA 5D5CA 4XYYA 4NFVA 1H87A 2DQIY 2GV0A 4OOTA 4DYGA 1D9UA 4U3XB 3CT1A 3QE8A 3WH1A 1B7OA 2WARA 4Z46A 3TXIA 3CSZA 4H94A 4ETEA 1OUHA 4J7VA 1UIFA 4Z41A 2D4KA 1B7QA 2BQGA 1UIBA 1LKRA 3IJVA 3WU8A 3A6CY 5KXWA 1HFYA 2I25L 4WOAA 2C8PA 2BQMA 1XGUC 5FSTA 1BB6A 4WO6A 2BQHA 5KXMA 4DD3A 1B7LA 4DD9A 4FJRA 4GN3A 1A2YC 1XGPC 2F2NA 1T6VL 1WQOA 2Z19A 4DDBA 1LMAA 2BQNA 1REZA 4OWHA 1IO5A 5APCA 1IOCA 1G7JC 3TXGA 1HSWA 1EQ5A 1WQNA 1UCOA 4H93A 4I8SA 5EBHA 1JHLA 2MEIA 1GBYA 2IFFY 3LYOA 2YBLA 2IHLA 1DI4A 1HF4A 4RLNA 4XJGA 2MEGA 1LHKA 132LA 4WM6A 5I53A 4QY9A 4YEOA 4WM1A 4RDSA 4ZEEA 1XEKA 2YBMA 1FLQA 1N4FA 2ZQ3A 4WLTA 1NQIA 4IASA 1GF0A 1F6SA 2BQAA 2XBRA 4NGJA 3A93A 4CJ2A 1GAZA 1G7HC 1DKKA 1GF5A 193LA 1TCYA 1LZ1A 2BPUA 1BWJA 1GDXA 3W6FA 4NHIA 3LZTA 4UWVA 5LVKA 1GFAA 1ZVHL 4LT0A 1IWWA 1LZ9A 4BS7A 4PHIA 1BVKC 5LVHA 3AJNA 4G4HA 3TMXA 1NMMA 2LZTA 4ZIXA 5I4WA 1IORA 4HSFA 1BQLY 1B5XA 1LSDA 1QTKA 1LZCA 1LJFA 1QUTA 1REYA 1RJCB 1Z55A 208LA 1B5ZA 1JIYA 1GFUA 1HEOA 2Z2EA 1LHMA 3AB6A 3LHMA 4HJYA 1SQ2L 4NGVA 4AXTA 3F6ZA 1LKSA 1QSWA 3WPJA 1OUGA 4NG8A 5FDJA 4GN5C 4ET8A 1GB9A 1RFPA 5F14A 5B59A 3T36A 1BVXA 1NWGA 1VDSA 5C6IA 1HEWA 2HUBA 4P2EA 4DWXA 4H91A 5I4XA 1GFVA 2ZYCA 4NEBA 1W6ZA 1WQQA 4NG1A 4NGKA 4H9IA 5ILCA 3GXRA 1IWUA 135LA 1MELL 4BADA 1GB3A 5LVIA 1UUZC 4YENA 1P2CC 1B5WA 2X0AA 4YM8A 1B9OA 3WPLA 1JKAA 2C8OA 1YAPA 1G7MC 2LYOA 1QDRA 4HV1A 2YBJA 207LA 1C45A 4WL6A 1UICA 2BQEA 1LHJA 4ETAA 5A3EA 1RCMA 4J0LA 2MEBA 2ZQ4A 3IJUA 4NHTA 2D6BA 4Z3MA 5KY1A 1YILA 2HECA 4R0FA 1G7IC 3WPKA 1YAMA 1HFZA 1LHIA 2B5ZA 3A95A 4II8A 4NGIA 1H6MA 3HBEX 1B7MA 1HEQA 5L3IA 4NGYA 4XJBA 1LJNA 1UIEA 4YEMA 5HNCA 1D0MA 1IY3A 1JPOA 2DQHY 2BQKA 3EBAB 1T3PA 4NIJA 1LZEA 3RNXA 1XSFA 4RW1A 5II3A 1LSYA 1F6RA 1PZYA 2A7DA 2HEDA 3LYZA 5T3FA 5E4PA 4M6DA 1GFJA 5LVJA 1D6QA 4ETCA 4LYBA 3ZVQA 2HEBA 4NSHA 1OUCA 2DQEY 1LSBA 1LSGA 3HBDA 5FCPA 4PRQA 1GDWA 1GFTA 1CJ7A 1B5VA 1GB2A 1WTMA 2BQDA 2DQDY 4LGKA 4N1EI 4NGOA 2XTHA 4UWNA 4DD2A 3B0KA 4I0CA 1CJ6A 3P66A 4LT1A 4LYMA 1QTEA 1GE3A 1D0LA 1GAYA 3MGWA 4XJIA 3RZ4A 3OK0A 5C6LA 1HELA 3WU9A 1JEFA 1G7LC 2HU1A 1EL1A 1YL1X 1HFXA 4PJ2C 1IR8A 1LMPA 2H5ZA 3CQLA 3W6BA 3CT5A 5KXYA 1VDPA 1TDYA 3M18B 3G3BB 5LYMA 1KIRC 1LSNA 2Z37A 1AT6A 2D4IA 3B0OA 1BB3A 4EMNA 4MSTA 5APDA 1LZNA 1GF4A 1IWVA 3J6KA 1LSMA 3VWOA 1WQPA 1YAQA 1CKDA 4LYTA 2LHMA 1HC0A 1GPQC 1JWRA 1VFBC 1NDGC 3TXHA 1KXXA 2F4GA 3LYTA 1LZTA 4HTKA 1JTPL 1FKVA 1GFRA 3AZ5A 5LIOA 4N5RA 3WYHA 4LT2A 1WVUA 3K3TA 1E8LA 4KT3A 4NGZA 1WQMA 3ULRA 3A6BY 1TBYA 1GHLA 4XADA 4UWUA 1FKQA 5FHWA 4NGLA 1IP3A 1JITA 1DQJC 3WVXA 5B05A 4B49A 3A91A 2VB1A 4LFPA 2ZYPA 3OJPA 1IY4A 4CGEA 2F4AA 1C43A 1FBIX 5LINA 1XEIA 1GF8A 4LT3A 3A94A 4FDYA 1D6PA 1CNSA 2DKVA 4H8XA 1I56A 2G4NA 4G4BA 5KXSA 5J7CA 4KPMA 1LZ8A 6LYZA 5LVGA 1F0WA 4IJ4A 1OUDA 4XJFA 1LZSA 1TEWA 1GE2A 3P4ZA 3WUAA 4XJHA 4BAFA 1BGIA 1GFHA 1LJEA 5A3ZA 1LHLA 2Z39A 3FE0A 5KKIA 3W6EA 1IR9A 1GB7A 4GCDA 1UA6Y 4LYCA 5KKJA 3AGHA 5B07A 5KXOA 1GB0A 1KIPC 3TXDA 1FLUA 3WXUA 133LA 1LPIA 2DQCY 3QNGA 1MLCE 1GBWA 4QEQA 2EIZC 4H9EA 4HP0A 4HJZA 1GB6A 1LMNA 4GN4A 5F9XA 4DC4A 4M4OA 1LSAA 2EPEA 2N5ZA 5HMJA 5LAGA 4B0DA 4N9RA 5KXKA 1BB5A 2W1LA 3AW6A 5APEA 5HMVA 3BKHA 1XGRC 2DQGY 3AW7A 1GB8A 4N8ZA 3T6UA 1HEMA 1LTMA 2LYZA 4H9HA 1KIQC 4AGAA 4C5FA 1JKCA 1HERA 1DPWA 2F30A 1GE0A 4OWBA 2CJLA 3HBHA 1HENA 1LSEA 2BQBA 3P64A 4GCCA 4OWCA 1PS5A 153LA 1IWXA 5LYTA 2ZIKA 1W08A 4ET9A 1HMKA 1GE1A 2FYCA 1C08C 3EO5A 4PGJB 1JSEA 4NWEA 4TUNA 1UIGA 2DQAA 5B06A 1UC0A 2MECA 1HMLA 1LHHA 3D9AC 3J4GA 7LYZA 5E9RA 1IP2A 1LYOA 1JISA 1NF5A 1TAYA 4E3UA 1LJ4A 2MEAA 1GBXA 4MCKA 1LZAA 1CJ8A 3EMSA 4H1PA 4TX7A 4QDNA 1GEZA 4Z98A 4B4IA 4MR1A 4NSGA 1SLYA 1IWYA 3A8ZA 5DL9A 1C7PA 4RLMA 2LZ2A 2YBHA 5F16A 2YVBA 4C3WA 4N1CC 1YQVY 4GCEA 2G4QA 1IP5A 4DD0A 1V7TA 1BHZA 1LMOA 1NBYC 1UIAA 2ZILA 1HNLA 4XENA 4ANRA 2XJWA 5K7OA 1C46A 5I54A 3ZEKA 1XGTC 4OWAA 194LA 1CJ9A 4OW1A 3M3UA 1B5UA 1DI3A 1NDMC 1RI8B 1ZVYB 3GXKA 1JTOL 1GEVA 3WUMA 3TMWA 1LMQA 2DQJY 1LCNA 4WL7A 2EQLA 3AGGG 1ALCA 5DLAA 4B1AA 3WU7A 1GB5A 1LYYA 2BLXA 4L41A 5LXWA 9LYZA 2HEAA 3AZ6A 5IHGA 1OUFA 1XEJA 1OUIA 1LYSA 4X3BA 3RT5X 4O34A 3A96A 4NHSA 2ZNXY 2CGIA 4NHQA 4D9ZA 1IIZA 2BQLA 2BAAA 1DKJA 4ETBA 4EOFA 3N9EA 2XBSA 2H9KA 2BQCA 1B7NA 4KL7A 4DD1A 1YKXX 2ZWBA 3SP3A 4IATA 4NY5A 4WG1A 2Q0MX 3WULA 3LYMA 1YKZX 1IR7A 3AZ7A 2NWDX 3N9CA 4N0JA 5KXNA 5LYZA 1LMCA 2HEFA 2Z38A 4TSBA 1UIDA 1J1XY 4ML7A 4CFPA 4R6CA 3A34A 4G9SA 1IP7A 2FBDA 1FDLY 1GF7A 5ILFA 1EQEA 4TWSA 1QQYA 1IC5Y 2Z12A 2BQFA 1LSZA 3ZVQB 2I26L 4WM4A 5KXLA 1UIHA 1LJIA 1LZBA 1UBZA 4NSJA 2RSCA 4WO9A 3CSQA 5LA5A 5B1FA 1JUGA 2BQIA 1OUBA 1OUEA 2HTXA 3D3DA 1JSFA 2Z18A 4PPOA 4PRUA 5DN4A 5F81A 1J1PY 1DPXA 3RW8A 3W6CA 4WM3A 5L3HA 1WVVA 5L9JA 5KXZA 1LZRA 1B7RA 1JJ0A 1KXWA 3E3DA 1GF3A 1NKHA 4WM2A 4LYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WLYA 5IELA 1IP1A 1B2KA 1C6NA 4YOPA 4OWEA 1L24A 4GRVA 1QUDA 3VW7A 2B6YA 1LZ5A 6LYTA 231LA 1L09A 5HLLA 1INUA 4W96A 2ZNWY 4WM5A 4NWHA 5KXLA 3ATOA 3GUOA 1B5YA 1B0DA 1FLYA 3N9AA 1C61A 5KXTA 5KXXA 4CFOA 4W52A 165LA 2RBPA 3AGIA 5JENB 4ZFPA 5KXRA 2NTHA 4GCFA 1QTDA 2NTGA 2XQOA 176LA 4W94A 1L02A 1L55A 4H9FA 1OP9B 1XJUA 4ARMA 1RE2A 3OE6A 1QUOA 1YROA 146LA 1BB7A 1L89A 258LA 2B7XA 1L51A 154LA 1BB4A 3DMZA 1YIKA 1AKIA 5HNLA 1IOTA 2MEHA 3L64A 4HJVA 119LA 240LA 1LJJA 1OUJA 2HEEA 1QIOA 5C6JA 1LSFA 4XN6A 8LYZA 5IDDA 1KXYA 1IC4Y 2W1MA 1D2YA 4HV2A 1GFKA 2MEEA 4H92A 4ARJA 3WW6A 1JKDA 3A92A 1YANA 3CT0A 255LA 1YAOA 4J1BA 1VAUA 262LA 1IP4A 1L91A 1CKFA 1L97A 3ATNA 3A3QA 1L41A 1IC7Y 3BKVA 1C6JA 177LA 238LA 5D5FA 1GFGA 1LAAA 3A90A 3WW5A 1JJ3A 1GF9A 3KAMA 4EKRA 5M1YA 3TXEA 260LA 243LA 1VDQA 4KXIA 1IWZA 4GCBA 1L08A 1WQRA 4J1AA 1CV0A 4HPIA 1REMA 1ZV5L 3TMVA 1L49A 4OOTA 4DYGA 3L2XA 4U3XB 2HUKA 3WH1A 150LA 3TXIA 1C68A 232LA 3HTFA 3IJVA 2BQGA 4WOAA 2C8PA 2BQMA 5FSTA 2BQHA 3SB7A 4GN3A 1T6VL 4OWHA 4LZMA 1EQ5A 1L39A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B72 A;  4WLY A;  2AUB A;  5I5Q A;  5IEL A;  4BAP A;  1GBO A;  4B4E A;  2PC2 A;  1IP1 A;  1B2K A;  4WLX A;  4YOP A;  4OWE A;  3W6D A;  4RW2 A;  3WVY A;  4LYZ A;  1OUA A;  5LA8 A;  1QSA A;  1B7S A;  4G4C A;  4H9C A;  1IEE A;  5F9U A;  4A7D A;  2LYM A;  6LYT A;  1GXX A;  1GFE A;  1LZ5 A;  4NHP A;  1REX A;  5HLL A;  1INU A;  4W96 A;  2ZNW Y;  5FEL A;  2FYD A;  4WM5 A;  1JJ1 A;  1CKG A;  4NWH A;  1C10 A;  1FLW A;  3ATO A;  4GLA A;  1B5Y A;  1XFP L;  1CKC A;  1I1Z A;  4H8Y A;  2BQO A;  4H90 A;  1LJH A;  1B0D A;  3LZ2 A;  1UAC Y;  1FLY A;  3N9A A;  3W3E A;  5KXP A;  4HTQ A;  5KXT A;  1LZ6 A;  1IOS A;  3A67 Y;  5KXX A;  4CFO A;  1QUS A;  1DXJ A;  1F10 A;  1VED A;  1AZF A;  1YL0 X;  2D91 A;  1LMT A;  3AGI A;  5JEN B;  1AM7 A;  4TSC A;  4ZFP A;  2DBT A;  5KXR A;  2W1X A;  4DDA A;  4GCF A;  2BLY A;  1JTT L;  3TMU A;  4TTD A;  4OOO A;  1B7P A;  2W1Y A;  2G4P A;  3B6L A;  3IWR A;  4W94 A;  3TXB A;  1BWI A;  1NBZ C;  3TXJ A;  4H9F A;  3EXD A;  4HPE A;  1OP9 B;  3WXT A;  3WUN A;  5DM9 A;  2ZIJ A;  1BWH A; 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 1C46 A;  5I54 A;  3ZEK A;  1XGT C;  4OWA A;  194L A;  1CJ9 A;  4OW1 A;  3M3U A;  1B5U A;  1DI3 A;  1NDM C;  1RI8 B;  1ZVY B;  3GXK A;  1JTO L;  1GEV A;  3WUM A;  3TMW A;  1LMQ A;  2DQJ Y;  1LCN A;  4WL7 A;  2EQL A;  3AGG G;  1ALC A;  5DLA A;  4B1A A;  3WU7 A;  1GB5 A;  1LYY A;  2BLX A;  4L41 A;  5LXW A;  9LYZ A;  2HEA A;  3AZ6 A;  5IHG A;  1OUF A;  1XEJ A;  1OUI A;  1LYS A;  4X3B A;  3RT5 X;  4O34 A;  3A96 A;  4NHS A;  2ZNX Y;  2CGI A;  4NHQ A;  4D9Z A;  1IIZ A;  2BQL A;  2BAA A;  1DKJ A;  4ETB A;  4EOF A;  3N9E A;  2XBS A;  2H9K A;  2BQC A;  1B7N A;  4KL7 A;  4DD1 A;  1YKX X;  2ZWB A;  3SP3 A;  4IAT A;  4NY5 A;  4WG1 A;  2Q0M X;  3WUL A;  3LYM A;  1YKZ X;  1IR7 A;  3AZ7 A;  2NWD X;  3N9C A;  4N0J A;  5KXN A;  5LYZ A;  1LMC A;  2HEF A;  2Z38 A;  4TSB A;  1UID A;  1J1X Y;  4ML7 A;  4CFP A;  4R6C A;  3A34 A;  4G9S A;  1IP7 A;  2FBD A;  1FDL Y;  1GF7 A;  5ILF A;  1EQE A;  4TWS A;  1QQY A;  1IC5 Y;  2Z12 A;  2BQF A;  1LSZ A;  3ZVQ B;  2I26 L;  4WM4 A;  5KXL A;  1UIH A;  1LJI A;  1LZB A;  1UBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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