5LIOA

Lysozyme, collected at rotation 360 degree per second
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title EIGER detector: application in macromolecular crystallography.
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lioA00
1G7HC 1H87A 1REYA 1FKVA 3TXGA 1GB2A 2ZNWY 4LYOA 1GDXA 2Z2FA 4BS7A 1OUAA 4E3UA 2PC2A 1YL0X 5ILCA 1LSYA 207LA 3HBHA 3EO5A 4ETDA 5LVGA 4GLAA 3T36A 5HLLA 3G3BB 1IWVA 4NHTA 1IWTA 4L41A 3WPKA 5F9XA 1C43A 3B0OA 1NWGA 1YAPA 1IC5Y 3TXJA 1B5UA 5LVIA 1LZTA 5LA8A 3A6BY 1GB6A 1B7SA 3D9AC 1DZBX 5B06A 4ET9A 1VATA 1HELA 1GE1A 4NHIA 2B5ZA 1LZ6A 5T3FA 5L9JA 3A8ZA 1JISA 1IR7A 4CHXA 2BQFA 4DWXA 4TX7A 1HHLA 4G4HA 2DQAA 1CKHA 1WQQA 1XGUC 1LMTA 2G4PA 2G4NA 2ZILA 4H9HA 4HTQA 1BB4A 4DDCA 1IVMA 4OWAA 2HEBA 4OWEA 2DKVA 3T6UA 1OUFA 4XJFA 2CWIA 4W96A 4DD1A 1IP1A 2HEFA 2LZTA 1DI3A 3TMVA 4ET8A 1LSNA 1DI4A 1JWRA 1B9OA 3LYTA 4PRUA 4WL7A 1F10A 2ZIKA 4LGKA 1IP3A 4WM5A 4ETEA 1J1OY 3AGHA 1LMPA 5KXYA 4Z41A 1CJ6A 2D4KA 4WLDA 4X3BA 4WO6A 1OUHA 1BWHA 1YKZX 1RFPA 2BQDA 2G4QA 3ULRA 4DYGA 4HV2A 1JSEA 1LYSA 1IWWA 1T6VL 4LYTA 3QE8A 3KAMA 3GXRA 4WLXA 3RU5A 5J7CA 1FDLY 1JJ1A 1GFRA 4MR1A 2W1XA 2YVBA 1BB3A 4DD3A 3D3DA 1A4VA 1HFYA 2BLYA 1I20A 1UCOA 1BB7A 3CB7A 5LVHA 4WOAA 1GF9A 2D6BA 1HEQA 4XJDA 1UUZC 3WUNA 4HPIA 4RLMA 2FYDA 3IJVA 4WLYA 5FHWA 5FCPA 3TMWA 5KXXA 1GBSA 5LYZA 1NHEA 2Y8PA 1KIPC 1G7MC 2MEDA 1IP6A 2ZNXY 1O23A 4QEQA 4RW1A 135LA 1GFKA 1IOSA 5F81A 1AZFA 1JTPL 1ZVHL 1NDMC 1GB7A 2I6ZA 208LA 3RT5X 3FE0A 1LSGA 4ML7A 2CGIA 4ETAA 4TSCA 1LZRA 1I1ZA 1SQ2L 4XADA 4UWVA 5L3HA 4YENA 1GBWA 4OOOA 1CKGA 5KY1A 2Z18A 1UICA 1WVVA 1CKCA 5F16A 1XEJA 4BADA 4NEBA 2FBBA 1LYZA 2A7FA 1BB6A 4OWCA 1D0MA 2Z12A 4HTKA 5KXPA 9LYZA 1RCMA 5HQ1A 3WULA 5M1YA 5KXZA 1B2KA 5JENB 1REXA 4NHPA 4EOFA 1NKHA 1OUBA 1TDYA 4OW1A 4GLVA 1FN5A 3LYMA 1QUSA 1XGRC 4H8XA 1GE2A 1DKKA 3GXKA 4TUNA 5APCA 1B7PA 1FBIX 1NQIA 2I25L 4NGIA 1GF0A 3TXDA 4H93A 4ZIXA 1B5XA 4G49A 1NBZC 1EQEA 4KXIA 4WL6A 1LYOA 5KXSA 4LYMA 2CDSA 4IASA 6LYTA 2YDGA 1VDPA 2W1YA 3W3EA 3IWRA 4RLNA 3A6CY 1LSBA 3F6ZA 4YEOA 1WQMA 1XEIA 4NWHA 5HNCA 5KXKA 4H9EA 2I26L 2MEAA 4DT3A 4B4JA 3AJNA 1UIBA 4XJHA 1CJ8A 3CSRA 5FDJA 1LYYA 5KXNA 1W08A 1YAOA 3P64A 1GFTA 1LZ5A 1JTOL 1T3PA 2DQIY 2BQCA 1D0KA 3P66A 3EXDA 4HTNA 4TWSA 1HF4A 1F6RA 5II3A 4J1BA 4NIJA 1QSAA 3CSQA 4MCKA 4NSHA 2BQLA 1LZCA 1VDQA 1IOTA 1KXYA 1WTNA 1LMAA 1LKSA 1YAQA 2BQKA 3M3UA 4J0LA 4LZTA 4DD2A 1HEOA 1UIEA 2HTXA 1LJHA 3CT1A 4XJGA 5HMVA 5LVJA 5LYTA 1XGPC 5I4YA 3CT0A 3WUAA 1GBZA 1HMKA 1REMA 1IO5A 1LSMA 2XTHA 3LN2A 2BAAA 3QNGA 1HSWA 1HEWA 4FJRA 2YBNA 4WM2A 5APDA 153LA 1GPQC 2ZWBA 1GFVA 1V7TA 4WM6A 1LHMA 4WG7A 1J1XY 1LTMA 2RSCA 4HJYA 1YKXX 2BQHA 2BPUA 1RI8B 4HPEA 2IHLA 1LJJA 2IFFY 4XENA 1FLUA 1LMOA 2F2NA 3WMKA 1LCNA 2LHMA 4B1AA 5E4PA 2Z38A 1GF6A 1C7PA 3P65A 1GFHA 3RZ4A 1JITA 1REZA 4XJIA 3A93A 2BQNA 4GCFA 3K3TA 1AT5A 1DQJC 1CJ7A 154LA 3TMXA 1BVXA 1VAUA 5KXLA 2BQEA 1GE0A 1GB8A 1C46A 134LA 2EPEA 2ZQ4A 4NSIA 4WO9A 2YBHA 1B5VA 1GB0A 1B7OA 2X0AA 3OJPA 1LZYA 2F4AA 3N9CA 1WQNA 1BHZA 2HUBA 1BWIA 1LJ4A 4B4EA 5FEKA 1G7LC 1J1PY 1YQVY 1GBXA 4N1EI 3AZ5A 4ZFPA 3A95A 2DQCY 2DBTA 3ATNA 3N9EA 4GN4A 4GN5C 4XYYA 1JHLA 1DPWA 4ZEEA 3A91A 4LT0A 5B1GA 5I53A 3VWOA 2XBSA 1GF3A 1LZBA 3W6CA 1JSFA 2MECA 2LYOA 1LMCA 4H8ZA 4NG8A 5ILFA 1TBYA 2H9JA 2Z37A 1NMMA 3AW7A 3AYQA 3B72A 4B0DA 5FELA 3M18B 4N9RA 4BAPA 3G3AB 4NGZA 6LYZA 5B05A 2HECA 4G4CA 3TXBA 1WVUA 1YANA 2D4JA 4HSFA 2W1LA 3LZTA 4PJ2C 1LMNA 7LYZA 1LZEA 2EIZC 1GBOA 2BQGA 2LZ2A 4QDNA 4OOTA 4WM4A 1WQRA 4WMGA 1ALCA 1LKRA 4DC4A 3A34A 5DM9A 3AW6A 2DQFC 2DQHY 2LYMA 1FLQA 5LA5A 5KKIA 1UA6Y 3CT5A 4NGOA 1AKIA 1ZVYB 4J7VA 1JKDA 3A94A 4II8A 2XJWA 4YF2A 4ETBA 4H9CA 4P2EA 4NGWA 5F9UA 1QDRA 2MEGA 4H9AA 3ZEKA 3LZ2A 3A3QA 1LSFA 1QQYA 4ETCA 1IP2A 4RW2A 4ANRA 1EQ4A 1LSDA 3HBEX 1FKQA 1IC7Y 5KXMA 2EKSC 3WVXA 4D9ZA 1GFAA 1IIZA 5LAGA 1HC0A 4NWEA 3AZ4A 1IP4A 4NFVA 1QUTA 4I8SA 4WLTA 1B5WA 1IWUA 1MELL 2BQAA 3WU7A 1G7IC 3FI7A 1NBYC 2HEAA 4O34A 1OUIA 1E8LA 4CFOA 1B7MA 3LYOA 1LJFA 2Z2EA 4H91A 1HEMA 1HEPA 1D6PA 2XBRA 3B0IA 3MGWA 8LYZA 5IDDA 1BGIA 3WU8A 1N4FA 1LSAA 3ATOA 2LYZA 1LZGA 2BQOA 4IATA 1HERA 1DI5A 1LZDA 4NGLA 4H8YA 4OWBA 1QTKA 1DPXA 1LZ9A 1IP5A 2H5ZA 1IP7A 1C45A 1LJIA 4KL7A 1GAZA 4NGVA 3WYHA 4C5FA 1JEFA 4OWHA 1OQMA 1IOCA 4H1PA 4DDAA 1LHIA 1LAAA 5C6IA 4QY9A 2D91A 3EMSA 1IC4Y 1EQ5A 133LA 3W6AA 2MEHA 1GFEA 1RJCB 1XEKA 1CKDA 3WU9A 1F6SA 1GF8A 1B0DA 1WTMA 4YOPA 1LJNA 3W6FA 1V7SA 1RE2A 2H9KA 1MLCE 1B7RA 3WH1A 1LZSA 2NWDX 1YKYX 1UIFA 3CQLA 3OK0A 1UIDA 1UBZA 4RDSA 1JKBA 3WPLA 1LSCA 1KIQC 1BWJA 1LMQA 1LSZA 4GCEA 2YSSC 4GN3A 5D5FA 1P2CC 4R0FA 4AGAA 2F30A 3HBDA 1LHLA 1EL1A 3WUMA 5K7OA 1GXXA 3W6EA 1IORA 4H92A 3BKHA 193LA 1LZNA 2EQLA 194LA 1LZ4A 2YBLA 1GDWA 1YL1X 4PGJB 1GFUA 3ZVQA 1LHKA 4NY5A 5HMJA 1GF4A 1YROA 3RNXA 3WXTA 5DN5A 4N1CC 1DXJA 1PS5A 4H9BA 1GF5A 4A7DA 1LOZA 3A92A 1B5YA 1CNSA 1GHLA 1QIOA 2MEFA 5FSTA 4Z3MA 5IELA 1GB5A 2WARA 4B4IA 2BQBA 1KXXA 4W94A 4Z46A 1KXWA 2ZYPA 4UWNA 3A90A 1LZ8A 1KIRC 4G4BA 4XN6A 3B6LA 1BQLY 3WW5A 2YBJA 5D5CA 4DD0A 4GCDA 1CKFA 3HFMY 4CJ2A 1LHHA 1D0LA 2DQGY 1JKAA 1LPIA 3IJUA 5DL9A 1XSFA 1XGQC 2AUBA 3P68A 3WVYA 4PPOA 4G9SA 3LYZA 1LSPA 4HJZA 5L3IA 1GWDA 4PHIA 4LT3A 1ZMYL 1IEEA 2MEBA 4N8ZA 1TCYA 4KT3A 1C08C 4CFPA 4N5RA 3CSZA 1LJEA 1OUCA 1XGTC 2BLXA 2HU1A 3AGIA 1PZYA 4NSGA 3W6DA 3WPJA 1HMLA 1INUA 4QGZA 3P4ZA 1IWYA 1GE4A 1QTEA 1GB3A 1F0WA 3B0KA 3EBAB 4NHSA 4DDBA 1BB5A 1YIKA 1NF5A 4LFXA 1QDTA 4M4OA 4UWUA 4EMNA 4NHQA 1OUGA 1JIYA 1AT6A 1JPOA 2F4GA 2BQIA 3TMUA 1CJ9A 3TXHA 5KXRA 4H94A 3ZVQB 1IR9A 2HU3A 1JJ3A 5I4XA 132LA 1IY3A 1VFBC 2A7DA 5KKJA 5I5QA 4H90A 4NGJA 1B7NA 3AGGG 1D9UA 4HP0A 1B7QA 3N9AA 5DLAA 5C6JA 2DQDY 1XFPL 1YAMA 4R6CA 1VDSA 2VB1A 5IHGA 1JKCA 1IX0A 5A3EA 2MEEA 5LVKA 4M6DA 4B49A 3TXIA 4YM8A 1LJGA 1QSWA 4BAFA 1AM7A 1HENA 1GEVA 2DQEY 1GAYA 4J1AA 4XJBA 1FLWA 5EBHA 1LJ3A 3BKVA 1G7JC 5APFA 3WXUA 2D4IA 1IOQA 1GEZA 1D6QA 3WW6A 3RW8A 4FDYA 1JTTL 1Z55A 1GXV2 1UIHA 2BQMA 5F14A 2CJLA 2C8OA 4LT2A 4WM3A 3TXEA 5LXWA 4TSBA 1OP9B 5LYMA 4HV1A 3A3RX 1YILA 4LYBA 4NG1A 1GBYA 1GB9A 4NGYA 5DN4A 1A2YC 1LHJA 1GF7A 4C3WA 1UIGA 2Q0MX 1TAYA 3W6BA 4CGEA 4H9IA 3E3DA 4GCBA 1HFXA 1WQOA 4LYCA 5E9RA 2BQJA 4LT1A 4TTDA 1HNLA 3AB6A 2MEIA 5KXOA 2GV0A 2W1MA 2N5ZA 1LJKA 2YBIA 4KPMA 1GFJA 2ZYCA 4WM1A 4GCCA 1UIAA 1I56A 5LINA 2FYCA 3A67Y 4IJ4A 4NGKA 2FBDA 1H6MA 2Z39A 2ZIJA 1OUDA 1GFGA 5KXTA 1B7LA 4LYZA 5KXWA 1LZAA 1IWXA 1DKJA 1JJ0A 2Z19A 4PRQA 3J6KA 5B07A 4WG1A 3QY4A 3AZ7A 4YEMA 4I0CA 5APEA 1BVKC 3TXFA 1IR8A 3WL2A 2C8PA 4Z98A 5LIOA 4DD9A 1HFZA 3J4GA 3SP3A 1C10A 4HJVA 5A3ZA 5LAFA 4NSJA 1FLYA 1B5ZA 4LFPA 4AXTA 4N0JA 1GD6A 5I4WA 1UACY 1W6ZA 1HSXA 1OUJA 1WQPA 4MSTA 3TXKA 5KJ9A 2DQJY 5B1FA 1OUEA 1UC0A 1NDGC 5I54A 1IWZA 1JUGA 3AZ6A 5HNLA 1IY4A 2YBMA 4DD7A 4H9FA 1LZ1A 1SLYA 5B59A 3LHMA 1VDTA 2HEDA 1ZV5L 2ZQ3A 5AMYA 1GE3A 2HEEA 3A96A 4U3XB 5C6LA 1TEWA 1VEDA 1LSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZURA 1REYA 3TXGA 2PC2A 1LSYA 1CUPA 5LVGA 1IWTA 4I7TA 1C43A 1NWGA 1B5UA 5LVIA 1B7SA 3D9AC 1JISA 1IR7A 2BQFA 1LWGA 2DQAA 2ZILA 1XGUC 2G4PA 1BB4A 1IVMA 4OWEA 2DKVA 245LA 4DD1A 2HEFA 4ET8A 1L27A 1JWRA 3LYTA 1IP3A 1L35A 1L17A 1C6CA 5KXYA 1L39A 250LA 2QARC 4WO6A 2BQDA 4DYGA 2F47A 1JSEA 3KAMA 3GXRA 104LA 1FDLY 1PQJA 5LVHA 199LA 1CU3A 4HPIA 2FYDA 3IJVA 5LYZA 197LA 2Y8PA 2ZNXY 135LA 1GFKA 5F81A 1ZVHL 159LA 4E97A 157LA 5KY1A 1CKGA 3DKEX 2Z18A 1UICA 1WVVA 1CKCA 5F16A 1XEJA 1LYZA 1BB6A 1CVKA 2NTGA 5HQ1A 1RCMA 5KXZA 1P5CA 1CU0A 5JENB 4EOFA 5I14A 1T8AA 1QUSA 229LA 3GXKA 5APCA 1NQIA 3NY8A 1L61A 1KW7A 2YDGA 1VDPA 1PQIA 3A6CY 2OE4X 3F6ZA 4NWHA 156LA 3C8QA 2I26L 3DMXA 4DT3A 127LA 4XJHA 190LA 1LYYA 3HDFA 1YAOA 1L62A 1OWYA 4GBRB 1G1VA 3P66A 1DYEA 4J1BA 1QSAA 4NSHA 1VDQA 1L46A 1L01A 1WTNA 1HEOA 218LA 186LA 1CU2A 3CT0A 3WUAA 3FA0A 1L95A 108LA 1IO5A 3LN2A 4W54A 227LA 1HEWA 1P46A 3HT7A 4WM2A 153LA 1GPQC 230LA 1LHMA 1QTCA 4HJYA 2IHLA 3SB6A 1LCNA 5E4PA 1C7PA 1QUOA 1JITA 1REZA 182LA 4GCFA 3K3TA 1AT5A 172LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7H C;  1H87 A;  1REY A;  1FKV A;  3TXG A;  1GB2 A;  2ZNW Y;  4LYO A;  1GDX A;  2Z2F A;  4BS7 A;  1OUA A;  4E3U A;  2PC2 A;  1YL0 X;  5ILC A;  1LSY A;  207L A;  3HBH A;  3EO5 A;  4ETD A;  5LVG A;  4GLA A;  3T36 A;  5HLL A;  3G3B B;  1IWV A;  4NHT A;  1IWT A;  4L41 A;  3WPK A;  5F9X A;  1C43 A;  3B0O A;  1NWG A;  1YAP A;  1IC5 Y;  3TXJ A;  1B5U A;  5LVI A;  1LZT A;  5LA8 A;  3A6B Y;  1GB6 A;  1B7S A;  3D9A C;  1DZB X;  5B06 A;  4ET9 A;  1VAT A;  1HEL A;  1GE1 A;  4NHI A;  2B5Z A;  1LZ6 A;  5T3F A;  5L9J A;  3A8Z A;  1JIS A;  1IR7 A;  4CHX A;  2BQF A;  4DWX A;  4TX7 A;  1HHL A;  4G4H A;  2DQA A;  1CKH A;  1WQQ A;  1XGU C;  1LMT A;  2G4P A;  2G4N A;  2ZIL A;  4H9H A;  4HTQ A;  1BB4 A;  4DDC A;  1IVM A;  4OWA A;  2HEB A;  4OWE A;  2DKV A;  3T6U A;  1OUF A;  4XJF A;  2CWI A;  4W96 A;  4DD1 A;  1IP1 A;  2HEF A;  2LZT A;  1DI3 A;  3TMV A;  4ET8 A;  1LSN A;  1DI4 A;  1JWR A;  1B9O A;  3LYT A;  4PRU A;  4WL7 A;  1F10 A;  2ZIK A;  4LGK A;  1IP3 A;  4WM5 A;  4ETE A;  1J1O Y;  3AGH A;  1LMP A;  5KXY A; 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 1GXV 2;  1UIH A;  2BQM A;  5F14 A;  2CJL A;  2C8O A;  4LT2 A;  4WM3 A;  3TXE A;  5LXW A;  4TSB A;  1OP9 B;  5LYM A;  4HV1 A;  3A3R X;  1YIL A;  4LYB A;  4NG1 A;  1GBY A;  1GB9 A;  4NGY A;  5DN4 A;  1A2Y C;  1LHJ A;  1GF7 A;  4C3W A;  1UIG A;  2Q0M X;  1TAY A;  3W6B A;  4CGE A;  4H9I A;  3E3D A;  4GCB A;  1HFX A;  1WQO A;  4LYC A;  5E9R A;  2BQJ A;  4LT1 A;  4TTD A;  1HNL A;  3AB6 A;  2MEI A;  5KXO A;  2GV0 A;  2W1M A;  2N5Z A;  1LJK A;  2YBI A;  4KPM A;  1GFJ A;  2ZYC A;  4WM1 A;  4GCC A;  1UIA A;  1I56 A;  5LIN A;  2FYC A;  3A67 Y;  4IJ4 A;  4NGK A;  2FBD A;  1H6M A;  2Z39 A;  2ZIJ A;  1OUD A;  1GFG A;  5KXT A;  1B7L A;  4LYZ A;  5KXW A;  1LZA A;  1IWX A;  1DKJ A;  1JJ0 A;  2Z19 A;  4PRQ A;  3J6K A;  5B07 A;  4WG1 A;  3QY4 A;  3AZ7 A;  4YEM A;  4I0C A;  5APE A;  1BVK C;  3TXF A;  1IR8 A;  3WL2 A;  2C8P A;  4Z98 A;  5LIO A;  4DD9 A;  1HFZ A;  3J4G A;  3SP3 A;  1C10 A;  4HJV A;  5A3Z A;  5LAF A;  4NSJ A;  1FLY A;  1B5Z A;  4LFP A;  4AXT A;  4N0J A;  1GD6 A;  5I4W A;  1UAC Y;  1W6Z A;  1HSX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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