The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
82
|
structure length |
82
|
Chain Sequence |
b'NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| molecule tags |
Splicing
|
| total genus |
14
|
| structure length |
82
|
| sequence length |
82
|
| chains with identical sequence |
n
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M78 C; 1LNX A; 3V8L A; 2EJG A; 2DTO A; 3FJP A; 1I4K 1; 2DXU A; 1U1T A; 4PNO A; 3RIR A; 3FB9 A; 4C8Q E; 4DQ2 A; 1Y96 A; 5I21 A; 5GAN 8; 5GAO n; 4M7D C; 3RER A; 5GAN 5; 5GAO p; 1BIA A; 3RUX A; 5LJ3 f; 3JCM f; 3VU3 C; 4C92 E; 5GMK m; 2DVE A; 4RCC A; 4C8Q A; 5GMK i; 4XTY A; 3QHS A; 2E41 A; 5GAN g; 3M4G A; 3PGG A; 2RA2 A; 2DJZ A; 4M77 B; 5GMK e; 3JCM Q; 4M7A B; 4M7A D; 4F7U B; 1YCY A; 4C92 A; 2ZGW A; 4M75 F; 4WF2 A; 4M7D G; 1I8F A; 5GAM f; 5GAM j; 1KQ2 A; 4EMK A; 4XU3 A; 3HFN A; 5LJ5 h; 2Y90 A; 3SWN B; 4C8Q F; 3BW1 A; 5GMK l; 4PJO B; 3QUI A; 4QVD A; 5GAN 4; 1BIB A; 5GAN 6; 4M7D D; 4XTW A; 4EMG A; 2QTX A; 4Y91 A; 4M75 E; 4C92 F; 5LJ5 d; 4F7U G; 3V8K A; 4OP0 A; 4HA8 A; 3V7C A; 4C8Q C; 1WNL A; 4RCB A; 1I81 A; 4M75 A; 3V8J A; 4C92 C; 1B34 B; 5DY9 A; 3JB9 H; 4XU1 A; 1X01 A; 2VXE A; 5GAN h; 2DTH A; 3JB9 J; 2K57 A; 5GMK j; 4EMK C; 4C8Q G; 1D3B A; 4MML A; 5LJ5 f; 4M78 G; 3JCM g; 2DXT A; 4QVC A; 3BY7 A; 4XQ3 A; 3L2Z A; 5LJ3 g; 1JRI A; 5GAN d; 4C92 G; 5LJ5 e; 4NL3 A; 4JRI A; 4HT9 A; 4JUV A; 4M77 E; 1M8V A; 1WQ7 A; 4M7A E; 4M78 D; 4MMK A; 5LJ3 j; 4M78 B; 4M75 C; 4J6Y A; 5GAM g; 1LJO A; 4M77 A; 1N9R A; 5GAO r; 2CGH A; 4M7A A; 4F7U A; 4M7D B; 4A54 A; 2JN0 A; 3JCM J; 3JCM P; 3JCM b; 2RB6 A; 4PJO E; 4EMH A; 3V7R A; 3QO3 A; 4JRK A; 1H64 1; 3INZ A; 3JCM c; 3RKY A; 5GAN e; 3JB9 F; 1WPY A; 4X9C A; 4X9D A; 2E65 A; 4M75 G; 4A53 A; 3SWN A; 4PJO A; 1N9S A; 3QSU A; 4M77 F; 3SB2 A; 4M7A F; 2VXF A; 4F7U F; 3RES A; 3BDU A; 3AHU A; 2E64 A; 3JCM h; 5LJ5 j; 4J5Y A; 5LJ3 h; 2EJF A; 4M75 D; 1M5Q 1; 4JLI A; 4N0A A; 2DZ9 A; 2EAY A; 2RD1 A; 3BFM A; 1TH7 A; 4M77 C; 2RM4 A; 1JBM A; 3L1A A; 5GAO m; 5LJ5 g; 4M7A C; 4PJO F; 1I5L A; 1Y96 B; 1B34 A; 4V2S A; 3JCM V; 3JCM d; 5LJ3 d; 2DZC A; 3EFR A; 4XTZ A; 2I2L A; 4C8Q D; 2DKG A; 4C8Q B; 4F7U E; 1HXD A; 3JB9 G; 2EJ9 A; 4J6W A; 4PJO C; 3SWN C; 4C92 D; 5GAN 2; 2DEQ A; 4NOY A; 4C92 B; 4M77 G; 5GAN j; 4M7A G; 5GAN f; 4XTU A; 1LOJ A; 2E10 A; 2DTI A; 2FB7 A; 3FIF A; 4M78 E; 3JCM X; 5GAM d; 5GAO l; 3JB9 D; 4HT8 A; 2YLC A; 4EMK B; 3GIB A; 2EWN A; 4N0A C; 3RKX A; 4M7D E; 5GAN 7; 4M78 A; 4M77 D; 5GAN 3; 4PJO G; 3JCM e; 5LJ3 e; 5GAO q; 1MGQ A; 4XTX A; 3HSB A; 3EFS A; 2VC8 A; 4M7D A; 3JCM W; 5CAI A; 5GMK h; 1WQW A; 1U1S A; 2FYK A; 4M75 B; 1KQ1 A; 4J6X A; 4PJO D; 4XTV A; 2YLB A; 4XU0 A; 3JB9 I; 2YHT A; 3V7S A; 4M78 F; 3RKW A; 5GAM e; 3HFO A; 2E1H A; 2HNI A; 4XU2 A; 4M7D F; 5GAM h; 1D3B B; 1HK9 A; 4NL2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DIG A; 3JSC A; 1RAC B; 1PNJ A; 1BIA A; 1K76 A; 1XTD A; 2QI2 A; 5KYW B; 4J9H A; 2FEI A; 1KQS S; 1B07 A; 1I8F A; 2COY A; 1W6X A; 3TEE A; 1WXT A; 2DBM A; 2J05 A; 1WHG A; 4FYV B; 4QVD A; 2CZ6 B; 2EGA A; 5GAN 6; 4M75 E; 2O01 E; 1YIJ Q; 2RH2 A; 4KT0 E; 4IUU A; 2KRO A; 2MWP A; 4ZN1 A; 2LX7 A; 2EFI A; 1NLO C; 3TCJ A; 2X51 A; 2BUD A; 1RAD B; 2DTH A; 4QQ6 A; 1NJI R; 3I35 A; 4C8Q G; 2C0O A; 5LJ5 f; 3PFS A; 2JXB A; 1EZZ B; 3VS6 A; 1IGQ A; 5KE2 A; 1BBZ A; 2RI3 A; 4L59 A; 2D8J A; 1VQ8 T; 2VAS A; 1OX8 A; 3SFM A; 3OMG A; 1QP2 A; 4PJO E; 3RDV A; 2VGM A; 1NEB A; 4DBR A; 2DJQ A; 1Q7Y U; 4FW1 A; 1WPY A; 4MZT A; 2V1Q A; 5KCO A; 4Z02 A; 3MP6 A; 3GNG A; 4HCK A; 3UWN A; 1C0M A; 5LJ3 h; 1UGQ B; 4N0A A; 1VQN A; 3I56 T; 4RMO A; 5CO7 A; 1UHC A; 2ABL A; 4V2S A; 3JCM V; 5CVI A; 4YTL A; 1I5O B; 4ZGD B; 5GAN 2; 3DKM A; 3M0Q A; 4MZM A; 3S3N A; 1D0X A; 2VB6 A; 2KEA A; 4OVA A; 2QQA A; 1KQS A; 4M77 D; 1E6G A; 2J7I A; 1AWW A; 5GAO q; 4E47 A; 3EFS A; 4PK4 A; 3C0C A; 4KRT A; 4XTV A; 1OX9 A; 3JB9 I; 1QVF P; 2PUK B; 1YJ9 A; 3G71 Q; 2HNI A; 1WJS A; 3FLG A; 4AT1 B; 2MAM A; 2EKO A; 4LXC A; 3AT1 B; 4KH1 B; 1KIK A; 6AT1 B; 2L3R A; 2LJ1 A; 2QGF B; 3EG2 A; 4CC7 A; 3PGG A; 3VKI A; 2CT3 A; 2XU8 A; 1GXI E; 2QQB A; 1X43 A; 1M1F A; 5KYU B; 1IO6 A; 1G2B A; 3LGF A; 1M27 C; 3ER0 A; 5CKB A; 1IHV A; 1OV3 A; 4E7L A; 2QA4 T; 4KGX B; 1D0Z A; 3OW2 P; 1D1A A; 2DD5 A; 1WHL A; 1Y57 A; 1LCK A; 1Q7Y C; 3G1J A; 4A4G A; 1WHH A; 1FX7 A; 2EQJ A; 3CCR T; 2DYI A; 2CP2 A; 5KYX B; 5GAM g; 2XKO C; 1PSE A; 4EMH A; 1X69 A; 3UF4 A; 4ESR A; 3D7S B; 1VYU A; 4X9D A; 1BI0 A; 2LQ8 A; 3EFO A; 2NUZ A; 1GFC A; 3LH5 A; 1M8M A; 3JCM h; 1EIF A; 2EJF A; 1ZSG A; 4PJO F; 2FG0 A; 1GL5 A; 4BI8 B; 4C8Q D; 3BDL A; 2MPX C; 3QG1 A; 1VQL T; 1QW1 A; 2RO0 A; 1JJ2 S; 1K9M R; 1JXM A; 1AD5 A; 4PLL A; 1KHC A; 2CYZ B; 2CZ1 B; 5GAN 7; 2YXY A; 4A4F A; 2K6D A; 5GAN 3; 5FLX E; 4F04 B; 3UT1 A; 4C0F A; 1VOM A; 3CD6 T; 4QT7 A; 5EC7 A; 1U3O A; 2LDM A; 3OYL A; 1Z9Z A; 1D3B B; 1WLP B; 2J6F A; 5FRO A; 3CPW A; 4RTT A; 1AEY A; 3CME Q; 5IT9 E; 2PTK A; 5GAN g; 4RTY A; 4C8Q A; 4XTY A; 5A2Q E; 1ZHI A; 2L8D A; 2RA2 A; 3VS0 A; 2QK0 A; 1VQ5 T; 2DBK A; 4EMK A; 2FZK B; 1W2B S; 1BIB A; 1MNE A; 4M7D D; 2DL8 A; 9ATC B; 1M90 R; 2DL5 A; 3M0R A; 3V7C A; 2FVU A; 3X25 B; 1BB9 A; 3TSZ A; 5KYN A; 1G3T A; 2GFA A; 4PJJ A; 2P0Q A; 1RLQ C; 1G8X A; 1SKU B; 2O9S A; 2AZV A; 3LLR A; 2DNU A; 1KD1 U; 1QVG S; 2JNG A; 2KR3 A; 2X35 A; 1BYM A; 4JJC A; 3EGU A; 4JUV A; 2A3L A; 3NHN A; 2E6N A; 1JJ2 A; 3E2U A; 5KYW A; 2ROT A; 3KXT A; 2OI3 A; 3R6N A; 2KT8 A; 4XAX B; 1VIE A; 3M58 A; 5J3B A; 1N9S A; 3KBG A; 2LNH B; 1YBY A; 3CCU T; 3VS3 A; 2X3W D; 2E64 A; 4OB1 B; 2MMP A; 4OF1 A; 1JBM A; 4ORZ A; 3GP8 A; 3EFR A; 3GOX A; 5FRN A; 1UDL A; 1M1K R; 4J6W A; 2EPD A; 1WGS A; 4J9G A; 5FWC A; 1YP5 A; 5I11 A; 1LVK A; 3CCJ T; 3G4S Q; 2YUN A; 3I56 Q; 4LDW A; 2LCC A; 4J7F A; 2X3X D; 3HSB A; 1K0X A; 3WXM B; 3MKD A; 2AZS A; 1SSH A; 2RJC A; 3L42 A; 1JEG A; 4XU0 A; 2VUB A; 2AKK A; 5IHI A; 4LDY A; 4EPC A; 2I0N A; 2HQH A; 1OYX A; 2K2M A; 3PTA A; 3J7A F; 3UA7 A; 4C8Q E; 3MJX A; 3FB9 A; 1WJQ A; 3P8D A; 1BI2 A; 4BE2 A; 3EGX B; 1QVG A; 5LJ3 j; 3EG3 A; 1R77 A; 2RHX A; 2DX1 A; 2DJZ A; 5GMK e; 5C0M A; 2KXD A; 5L8R E; 3RR6 A; 1KD1 C; 4HVW A; 1SF9 A; 1TUC A; 3CQT A; 5D7U A; 3SHW A; 1VQM A; 2XD0 A; 2SEM A; 3Q1J A; 1FMK A; 4RTU A; 1OUL A; 3J81 E; 5A0D A; 1YHQ A; 5IHN A; 2KT1 A; 2HL5 C; 1M8V A; 2EQM A; 3QWY A; 2QA4 Q; 1PC0 A; 1MV0 B; 2V26 A; 3I5S A; 3DB3 A; 2CGH A; 3NTH A; 4HVU A; 1ZLM A; 2FL7 A; 2RI2 A; 3LH0 A; 4HCZ A; 4GY5 A; 3CXC P; 5KYU A; 1YFN A; 1FXX A; 2EQK A; 2ENM A; 4VUB A; 4IUQ A; 1MND A; 1HD3 A; 3CCR Q; 4OMF B; 3E1S A; 1D0Y A; 2JOY A; 4M77 C; 1NZ9 A; 1I5L A; 5LL6 S; 2JVV A; 2CT4 A; 1VQN T; 1M2O A; 3OB9 A; 1KC8 U; 1UFF A; 4KH0 B; 2GF7 A; 4F16 A; 2DET A; 2BE7 D; 2JUF A; 1ZUU A; 4J8O A; 3PIP A; 3RKX A; 5KYX A; 1PKT A; 1SHF A; 2RQT A; 1K8A R; 5DLQ E; 2LTO A; 2WSE E; 4A63 B; 1RAE B; 4KUI A; 1Y0M A; 1VQL Q; 2FYK A; 1CSK A; 2YLB A; 2X4X A; 3CCL Q; 3DB4 A; 3GNF B; 1Y7X A; 1KK7 A; 4OGE A; 2FRY A; 1KJW A; 1T0H A; 2M16 A; 2P0K A; 4M78 C; 1YJ9 T; 1I4K 1; 1AZG B; 3A8M B; 3CD6 Q; 1UUE A; 4XK8 E; 3HRT A; 1T3L A; 3OYM A; 4M77 B; 1VA7 A; 3CC2 Q; 3OYF A; 5CCA A; 2P4T A; 4AG1 C; 5GAM f; 4C8Q F; 2F2X A; 2L5Q A; 2M02 A; 4Y91 A; 3OBW A; 1ZBJ A; 1VUB A; 4HA8 A; 1GBQ A; 1H92 A; 3I55 A; 1YJW A; 2KI7 A; 1VQ5 Q; 3JB9 H; 5HK0 A; 2QXF A; 1D3B A; 2H8H A; 2F5T X; 2NWM A; 4QVC A; 1XQH A; 3M59 A; 4EDU A; 1I07 A; 4DEX A; 4M78 B; 3ZL7 C; 4X34 A; 2NUP B; 2DO3 A; 1PCX A; 1NYF A; 2COZ A; 1G5V A; 2KRM A; 1KC8 C; 2QDY B; 4E7K A; 2QAS A; 3SB2 A; 2VXF A; 1WX6 A; 4JJD A; 4JS5 A; 4M4Z A; 3AHU A; 3OBY A; 3E9G A; 2RD1 A; 1N6A A; 3OS5 A; 1D1C A; 4J9F A; 3CBO A; 3GBQ A; 1QCO A; 1QWE A; 3SWN C; 1TU0 B; 4M77 G; 2M1H A; 5GAN f; 1GCQ C; 3FIF A; 5GAM d; 3CCU Q; 1VQP Q; 2VYT A; 3JB9 D; 4NS5 A; 4D8K A; 1C1A A; 2HCK A; 1K73 U; 4ELZ C; 3H0H A; 3EAE A; 4CC3 A; 4JS4 A; 2K4Y A; 5GMK h; 1X2K A; 3TRE A; 2XDD A; 1Q86 R; 1A0N B; 1MMA A; 1OZ3 A; 3OYG A; 3CCQ Q; 1ZQ1 A; 4ZGE B; 3CCJ Q; 4PL6 A; 2E1H A; 3QXE B; 5IAY A; 1GRI A; 2LQW A; 4GBQ A; 3CCV A; 4J9I A; 3GPL A; 4ZN3 A; 3X26 B; 4M7D C; 3VU3 C; 3ZBD A; 4F7U B; 3CC4 A; 2JTM A; 2JMC A; 4Y28 E; 2D9T A; 4RTX A; 3SWN B; 2ZPG B; 3CC7 Q; 1OZ2 A; 2KVQ G; 3X24 B; 4PJL A; 3MEA A; 2CZ7 B; 5FU6 C; 3OMC A; 4OML A; 2CS7 A; 2FPD A; 3V8J A; 2EVR A; 1B34 B; 4LD6 A; 1GFD A; 4DOW A; 2DER A; 1QVF S; 2PNI A; 3SD4 A; 1M3A A; 3G6E A; 2DXT A; 3BY7 A; 5GAN d; 1VQ6 A; 2AHJ B; 5KH6 A; 1XOV A; 3EGX A; 3H41 A; 4HVV A; 3L2V A; 1O75 A; 2V8K A; 1N9R A; 2Z0W A; 4M7D B; 4IUV A; 2JN0 A; 3JCM J; 2E5Q A; 2KNB B; 1U5S A; 3A8G B; 4JRQ A; 1M30 A; 2EGE A; 2RHU A; 1GBR A; 1K73 C; 3JAM E; 2C0I A; 1NM7 A; 3MEU A; 1S72 A; 5FU6 B; 2A7Y A; 4KUD K; 3JRZ A; 2GQI A; 3CEY A; 3OW2 S; 2DEQ A; 2HBW A; 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4Y92 A; 2VC8 A; 1MMG A; 3JCM W; 1MHN A; 1D1B A; 1U1S A; 2COW A; 1KQ1 A; 4F14 A; 4ZTF A; 1YCS B; 5GAM e; 5KYY B; 5M9O A; 1IRX A; 3PMI A; 2OX7 A; 3HRS A; 2YRC A; 2J06 A; 1FMV A; 3TSW A; 2JS0 A; 3MEV A; 2EJG A; 4PNO A; 5GAN 8; 2EYZ A; 3LGL A; 4C5G A; 2ZCF B; 4BY6 C; 2JMA A; 2YWW A; 1RAH B; 3S3M A; 3I5R A; 1X6O A; 1R0C B; 2YT6 A; 4J9E A; 3CMA A; 1NJI C; 3IQL A; 3S6W A; 1UE9 A; 2VXE A; 1RI9 A; 5GMK j; 2DL3 A; 3I55 T; 1YJW T; 1FYN A; 3L2Z A; 3M56 A; 4NL3 A; 4KGZ B; 1RI0 A; 1T0J A; 4M77 E; 2KXC A; 3CCM A; 2LZ6 B; 2XID A; 4WTO B; 5IH2 A; 1PHT A; 2BTT A; 2CKK A; 3OYD A; 4F7U A; 2VV5 A; 4A54 A; 1Q82 R; 1X27 A; 4BY6 B; 5AT1 B; 3JCM c; 1H64 1; 4QKU A; 5GAN e; 2MF2 A; 3OYN A; 5CK9 A; 1SSF A; 3SWN A; 2NYS A; 1GCQ A; 1H3Z A; 3MP1 A; 2DZ9 A; 3EG0 A; 1TH7 A; 2LT1 A; 5CKE A; 3CPW P; 4JJB A; 2JM8 A; 1B34 A; 2DZC A; 2C0T A; 2PVD B; 5FW9 A; 3CPF A; 2EJ9 A; 4Z88 A; 4PKC C; 4AFQ C; 1TUG B; 2DLP A; 4BAC A; 2X4W A; 4M78 E; 2FB7 A; 1HJD A; 1EFN A; 3MHX A; 2O31 A; 2K9G A; 3RMS A; 3ME9 A; 3A5Z B; 3OYC A; 1K9M U; 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