The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
NGIPVKLLNEAQGHIVSLELTTGATYRGKLVESEDSMNVQLRDVIATEPQGAVTHMDQIFVRGSQIKFIVVPDLLKNAPLFK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| molecule tags |
Splicing
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| total genus |
14
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| structure length |
82
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| sequence length |
82
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| chains with identical sequence |
n
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| d | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JB9 D; 2DKG A; 5GAM f; 2HNI A; 4HA8 A; 5DY9 A; 4PJO E; 4JRK A; 1B34 A; 3L1A A; 4M77 F; 4PJO G; 2VC8 A; 4PNO A; 2RD1 A; 5GAM j; 3V8L A; 5GAO q; 3JCM P; 4C8Q F; 5GAM g; 3JCM J; 2DZC A; 5LJ3 e; 4F7U F; 5CAI A; 4XTX A; 5GMK i; 5LJ5 e; 5GAM h; 4C92 E; 4M7A B; 3GIB A; 5GAN d; 4M7D A; 4C92 G; 4WF2 A; 3SWN A; 3JB9 G; 2DEQ A; 4PJO B; 1U1S A; 5GAO n; 3EFS A; 5GMK e; 3JB9 J; 3L2Z A; 1HK9 A; 3JCM X; 5GAN 8; 1D3B A; 4M75 E; 1U1T A; 4RCB A; 4XU0 A; 3JCM Q; 4M75 G; 2EWN A; 4M78 D; 4C92 B; 1Y96 B; 4A53 A; 2EJ9 A; 1M5Q 1; 3RIR A; 3JCM W; 3QO3 A; 1X01 A; 1H64 1; 4F7U A; 5GAN 6; 3FIF A; 2EJG A; 4JRI A; 2ZGW A; 3HFN A; 5LJ3 d; 5LJ5 d; 5GAN f; 4M7A C; 3FJP A; 4A54 A; 4QVD A; 4V2S A; 1LNX A; 4M75 B; 3QUI A; 2EJF A; 4OP0 A; 4NOY A; 4PJO C; 3BW1 A; 4M78 E; 2E41 A; 1I4K 1; 4M77 D; 5GAN g; 4M78 G; 4M75 D; 2DVE A; 2K57 A; 1N9S A; 2Y90 A; 4C8Q D; 2YLB A; 4QVC A; 3JB9 I; 1BIB A; 1B34 B; 4MMK A; 4C92 C; 1I8F A; 4HT8 A; 3JCM c; 2DXU A; 4M77 E; 3BY7 A; 4M78 B; 5LJ3 f; 2RM4 A; 1KQ1 A; 1WNL A; 4EMK B; 1WQW A; 2DXT A; 2E1H A; 1YCY A; 4M77 G; 4RCC A; 5GMK l; 2YLC A; 4C8Q E; 3HFO A; 4EMG A; 5GAN 4; 3PGG A; 4XU3 A; 3JCM e; 4HT9 A; 3VU3 C; 4C8Q G; 4F7U E; 1M8V A; 2E65 A; 5GAO p; 4XU2 A; 5LJ3 g; 4M7D D; 4J5Y A; 2DTI A; 4F7U G; 3HSB A; 4PJO A; 4JLI A; 3RKW A; 4EMH A; 5LJ5 f; 1LJO A; 3V8J A; 5GAO r; 1D3B B; 2E64 A; 2CGH A; 4XTV A; 5GAN 2; 4M77 B; 5GMK m; 4M7A F; 4X9D A; 1I81 A; 3M4G A; 5GAN j; 4C92 A; 4XTW A; 1Y96 A; 4C8Q B; 5GAO l; 1MGQ A; 4PJO F; 4J6W A; 4F7U B; 4XTY A; 4M7D E; 4M78 C; 4EMK C; 2RB6 A; 2VXE A; 1WQ7 A; 5GAN h; 3JB9 H; 4M7D G; 3V7R A; 5GAM e; 2QTX A; 3V7C A; 2I2L A; 5GAN 7; 2YHT A; 2DTO A; 3BFM A; 3JCM d; 2FYK A; 2EAY A; 3JCM V; 4Y91 A; 4X9C A; 4C92 F; 1KQ2 A; 3RUX A; 4XTZ A; 3V7S A; 3JB9 F; 1LOJ A; 1I5L A; 3QHS A; 3SB2 A; 2E10 A; 2DZ9 A; 3EFR A; 4N0A C; 4DQ2 A; 4XU1 A; 3INZ A; 4MML A; 4M77 C; 4XQ3 A; 4M7D B; 5LJ3 j; 1HXD A; 1TH7 A; 4M75 C; 3SWN B; 5I21 A; 5LJ5 j; 3RKY A; 3JCM b; 3RES A; 5LJ5 g; 4C8Q C; 2JN0 A; 4M75 F; 5LJ3 h; 5LJ5 h; 1JBM A; 5GAN 5; 4M78 A; 3FB9 A; 4JUV A; 4EMK A; 1JRI A; 1WPY A; 5GMK j; 5GAM d; 4NL2 A; 3JCM f; 3V8K A; 4NL3 A; 4M7A A; 2VXF A; 5GMK h; 4XTU A; 4M7A D; 4J6X A; 1BIA A; 3QSU A; 3BDU A; 2RA2 A; 4N0A A; 3JCM g; 3AHU A; 3RER A; 4PJO D; 4M78 F; 5GAN e; 4M7D C; 2DJZ A; 1N9R A; 3JCM h; 5GAN 3; 4M77 A; 3SWN C; 4M7D F; 4M75 A; 5GAO m; 4C8Q A; 4J6Y A; 2FB7 A; 3RKX A; 4M7A E; 4C92 D; 2DTH A; 4M7A G; #chains in the Genus database with same CATH topology 7AT1 B; 2IG0 A; 4PJO E; 2RQR A; 2R5A A; 1PCX A; 4IUU A; 4Y28 E; 3CEY A; 2AHJ B; 4FW1 A; 1WA7 A; 1KHC A; 1S1N A; 3H0F A; 3QG1 A; 4HCB A; 1UG1 A; 5GAO n; 1YN8 A; 2L8D A; 3H6Z A; 2EKO A; 4RG2 A; 4ZN1 A; 1SEM A; 3JCM Q; 1CSK A; 1FYN A; 1M1K U; 3GNF B; 1MMA A; 5KE3 A; 3CD6 T; 4C5H A; 4FL6 A; 2NUP B; 4QQG A; 1U8R A; 1YIT Q; 2EQM A; 4II1 A; 1D0Z A; 2FVU A; 4JJB A; 2XKO C; 2YLB A; 4D8D A; 2VAS A; 1B34 B; 1NLP C; 1YCY A; 2A36 A; 1TWB A; 4F14 A; 5LL6 S; 4EMG A; 3QBY A; 4HT9 A; 3VU3 C; 2VYT A; 1DJ7 B; 1VQN Q; 1J3T A; 4OB0 B; 3X25 B; 1GL5 A; 4JLI A; 4A4E A; 1AOJ A; 3EG3 A; 4ZN3 A; 4OMO A; 3CCM A; 3QWY A; 4IIO A; 2RK1 A; 2VB6 A; 4M7A F; 2JMA A; 2RI5 A; 1PRL C; 4K11 A; 4PJO F; 4J6W A; 4EMK C; 2EW3 A; 2XIC A; 2AZS A; 3WVE B; 1Q82 U; 4LE9 A; 3MJX A; 3VYH B; 1D0Y A; 1WXT A; 4BUG A; 2NUZ A; 5CIU A; 1FXX A; 2DYB A; 2QGG A; 3SEM A; 3H0H A; 4PLL A; 1AWJ A; 1NEB A; 1WPY A; 1X6G A; 2BIV A; 3LW5 E; 3QYH B; 3NPF A; 1FMK A; 4B9W A; 1FWZ A; 2HEQ A; 4LDW A; 2KGT A; 3AHU A; 1GBQ A; 5GAO m; 4FW2 A; 4C8Q A; 3PT9 A; 1QVG A; 2HMA A; 1LPL A; 1JJ2 P; 1AZE A; 2K7A A; 2ZPI B; 4LDV A; 5CAI A; 1VQK T; 5A0L A; 3U23 A; 4DEY A; 1D1C A; 3OYD A; 4FIB A; 5IHN A; 3X26 B; 4FT4 A; 3CC4 A; 4IUQ A; 4C5I A; 1EFN A; 1HSQ A; 4FSX A; 2QGF B; 1PRM C; 2QA4 T; 2AZV A; 1XOV A; 5GAN 6; 5L8R E; 1EZZ B; 4FYY B; 5LJ5 d; 5HK3 A; 1SPK A; 1ZSZ B; 1I4K 1; 2AKL A; 2MYS A; 4M75 D; 2K57 A; 1N5Z A; 2X4Y A; 3VS2 A; 4QVC A; 4PFP A; 2BE7 D; 3OW2 S; 2KEA A; 2M51 A; 3QXE B; 4A4F A; 3J7A F; 3SDZ A; 4J9F A; 4PJN A; 2JUF A; 5GMK l; 2RJE A; 4C8Q E; 1OV3 A; 1PSE A; 4X1V A; 1JXM A; 4F7U G; 5D6Y A; 2ZPF B; 2XDB A; 1NJI R; 1QW1 A; 1UFF A; 3V8J A; 4LD6 A; 2CGH A; 3THK A; 3REB B; 3LGL A; 3PNW C; 2P0Q A; 2JNG A; 5A2Q E; 1VYT A; 5GAM e; 2NUP A; 1TUG B; 2DM1 A; 2D8J A; 4Y91 A; 3OBY A; 1NJI C; 1UEC A; 2OTJ T; 2EFI A; 2MPX C; 1ABO A; 3A8M B; 3E1S A; 4XK8 E; 1U06 A; 2JN0 A; 1VQP A; 2HL5 C; 3F70 A; 1GBR A; 3H9N A; 1X2K A; 1ZA2 B; 4HCC A; 3VJP A; 4ANJ A; 3V8K A; 3MP1 A; 3SD4 A; 2GBQ A; 1NZ9 A; 1ZHI A; 2VXF A; 3G6E A; 3BDU A; 3M9Q A; 1M8M A; 2NUT B; 1N27 A; 1ZLM A; 5A0D A; 5FRM A; 1RAD B; 4C92 D; 2LZ6 B; 1BBZ A; 4QVZ A; 2DKG A; 4FCY A; 1YI2 T; 4HA8 A; 3SFM A; 2QAZ A; 2DPP B; 2O4X B; 2LCC A; 2OTL A; 4C8Q F; 1PD0 A; 2DZC A; 5LJ3 e; 1RAC B; 2JJ9 A; 1U1S A; 4HVU A; 2KYB A; 2A7Y A; 4JJN K; 4Z88 A; 3KUF A; 3OYI A; 2ZZD A; 1Q81 R; 1I1J A; 1M5Q 1; 2LNV A; 4KGZ B; 1X01 A; 4LN2 A; 2YT6 A; 4OB3 B; 1C0M A; 1LNX A; 3QUI A; 3BW1 A; 2E41 A; 1KK7 A; 4IKF A; 1TTH B; 2XMF A; 2ROT A; 4OMP A; 1VQM A; 2DL8 A; 5CR2 A; 3I9Q A; 1Q81 C; 2J7I A; 5IXB A; 3BDL A; 3TRE A; 1OEB A; 2V26 A; 1WQW A; 2K2M A; 1JJ2 A; 3JCM e; 4AT1 B; 1VQ5 Q; 3P8H A; 3L42 A; 5HY6 A; 2VGN A; 4EMH A; 2HBW A; 2LCS A; 2DIQ A; 2KRM A; 1VQN A; 3CME A; 2GFA A; 1MGQ A; 2A08 A; 2BKD N; 5FRN A; 3OA6 A; 2VXE A; 2DO3 A; 3V7C A; 2YHT A; 3MCA B; 1ZSZ A; 1K9A A; 3RUX A; 4BE1 A; 3L2Q A; 2KXD A; 5GJV B; 3OQ5 A; 4M77 C; 2RN8 A; 4XQ3 A; 3LLR A; 1S72 T; 5LJ5 g; 1D1A A; 5GAN 5; 2Z0W A; 2ZPH B; 2YDL A; 1R77 A; 1VOM A; 1VA7 A; 2A3L A; 2ZCF B; 2CP7 A; 1YJN Q; 4M7A D; 1WFW A; 2XHC A; 1K76 A; 4J6X A; 3LWI A; 1VYU A; 2KT8 A; 2LQW A; 4PJO D; 2A28 A; 3JSC A; 4LDY A; 1VQL T; 2HZY A; 3OS0 A; 2FB7 A; 3RBB B; 3RKX A; 1BB9 A; 8AT1 B; 3GBQ A; 2VC8 A; 3MEU A; 4RTW A; 1Q95 G; 4M7D A; 2D6F A; 2EYX A; 4OB2 B; 3QJY A; 3CCU T; 5J3B A; 2LP5 A; 1KFZ A; 2EGC A; 1H64 1; 2BZ8 A; 1X27 A; 1SHG A; 2CS7 A; 4HCK A; 5GAN g; 4M78 G; 2F2V A; 2PVO B; 2GFU A; 1BI3 A; 1OZ2 A; 1FMW A; 1OU9 A; 4OML A; 3L2R A; 2EBP A; 3OYY A; 3P8D A; 3QKJ A; 2WSC E; 2A0F B; 3I5R A; 3CC7 A; 1HD3 A; 4RTU A; 2QI2 A; 3EGX B; 1YFN A; 1H3H A; 2FZK B; 1YI2 Q; 4F7U B; 4M7D E; 3LX7 A; 3NHN A; 2LT4 A; 2RB6 A; 2DA9 A; 1YHQ Q; 3HP9 A; 2I2L A; 3L2V A; 2RPN A; 4P5N A; 2FYK A; 4AMC A; 3V7S A; 1VIF A; 4LNP A; 4N0A C; 2J6F A; 1V76 A; 3TSW A; 5LJ5 j; 2KDS A; 2OI3 A; 3RKY A; 1R8O B; 2K3Y A; 2JZ2 A; 3URG A; 3OYL A; 5I2S A; 3PE0 A; 5GMK j; 4PFZ A; 2LQ8 A; 2QTV A; 1T3S A; 2V8I A; 1QCF A; 2XG8 D; 3CCR T; 3CD6 A; 3EHQ A; 4GLK A; 1E6G A; 3CCE Q; 1YCS B; 2COY A; 1H8K A; 2LC4 A; 1QKW A; 5GAM f; 4JLG A; 1VQ8 Q; 3QZ9 B; 3CXC S; 4BI8 B; 2QQ9 A; 2RD1 A; 4B6M A; 5GAO q; 4BY6 C; 1YJ9 Q; 2DAQ A; 2DL5 A; 2MF2 A; 3EGD B; 5A0G A; 3CCV A; 3OS2 A; 5GMK i; 1WXU A; 1T3L A; 1B07 A; 2G3R A; 2RNA A; 4E7H A; 2K5L A; 3GPL A; 3HL8 A; 4J9I A; 1I07 A; 1EX4 A; 3CXC P; 2K6D A; 3E2U A; 1V29 B; 2GTJ A; 2E6N A; 3G71 A; 1B7T A; 1M3A A; 5DM7 R; 1ZUU A; 2E5Q A; 4C8Q D; 1Q82 R; 1M2V B; 1SHF A; 2LJ1 A; 1RI9 A; 5CKH A; 3NMZ C; 3NFC A; 2DXU A; 2PUK B; 5LJ3 f; 1U3O A; 2DXT A; 3C4S A; 4ORZ A; 3HFO A; 1QWF A; 2DMO A; 4RG8 A; 4KGX B; 2COZ A; 3HSB A; 2L5Q A; 1VQL Q; 3HRU A; 3OS5 A; 2JXB A; 5GAO r; 4PFO A; 3H41 A; 2F2W A; 2XID A; 4XTW A; 2JW4 A; 3CPW P; 4BY6 B; 2KE9 A; 2ZAE A; 2RHZ A; 1ZUK A; 2X3W D; 5KYX B; 1OPK A; 5HKC A; 3UDC A; 1K8A U; 2YUQ A; 3VS4 A; 1TS9 A; 1C6V X; 4E7Z A; 2DXC A; 1VQK A; 2DJQ A; 1HXD A; 4Z02 A; 3RES A; 3FEO A; 3P8B B; 2DER A; 2CP2 A; 4C5G A; 1RLQ C; 3JCM f; 2LMJ A; 3LWH A; 2VWF A; 1SRM A; 2C0I A; 2CKK A; 2GCX A; 2QA4 A; 2O31 A; 2FG0 A; 2RA2 A; 3OMG A; 2QQB A; 3OYB A; 2LQN A; 1UTI A; 2Y4Y A; 4JS4 A; 2DFU A; 3SWN C; 1TXQ A; 3EGX A; 1WJQ A; 3DKM A; 2EQI A; 2I0N A; 2M0Y A; 1KC8 R; 2CZ6 B; 2MAM A; 1X43 A; 3C0C A; 1VIE A; 2KXC A; 5FU6 C; 5J39 A; 3VV0 A; 1N6A A; 2EYW A; 2K2V A; 1NLO C; 2DEQ A; 4RTT A; 4GLM A; 1KC8 C; 2LX7 A; 2ED1 A; 4BE2 A; 1D3B A; 4PL6 A; 1AWX A; 4M75 G; 2H3J A; 3CCQ Q; 3JCM W; 1VQO Q; 3CMA T; 3I55 Q; 1O9S A; 1KQS S; 1Q7Y U; 2CYZ B; 3M4Y A; 2KBT A; 1R0C B; 1UGV A; 4E7K A; 1Z9Z A; 1NPR A; 2OTJ A; 5IAY A; 1BIB A; 1D1B A; 3EGD A; 1QLY A; 4M78 B; 4PJJ A; 4RCC A; 4MDX A; 4C0D C; 3CCR Q; 1AD5 A; 2V1R A; 1K4U S; 4J9D A; 4F7U E; 3JV3 A; 1ZBX A; 3HRS A; 5KYW B; 3RKW A; 1LJO A; 4EDU A; 3M59 A; 2ESW A; 2OAU A; 2X4J A; 2DEU A; 5GAN h; 3CXC A; 3OYG A; 1VQ9 A; 5FU6 B; 1YIJ A; 1X2Q A; 1ACM B; 3VS6 A; 2EKH A; 1I5L A; 2XK0 A; 1QP3 A; 1N8R U; 2PVG B; 2R58 A; 3OYA A; 4KRT A; 3OB9 A; 2NYS A; 1OX8 A; 2X3X D; 1WHG A; 2MK5 A; 1GCQ C; 1JRI A; 2HAX A; 2OJ2 A; 3RMQ A; 3R6O A; 2R57 A; 4O5V A; 1TG0 A; 2J6K A; 3VUZ A; 4CC7 A; 1BIA A; 2DRK A; 3EG9 B; 4L59 A; 1K0S A; 2DL4 A; 3UT1 A; 1F1B B; 2MIO A; 2COW A; 3QJ6 A; 2E3H A; 3RNJ A; 2DL3 A; 3M54 A; 1X6O A; 4MZT A; 4C0D B; 5KYX A; 3CPW A; 3MP6 A; 3JCM P; 4F7U F; 5LJ5 e; 1SF9 A; 5GAM h; 2HQX A; 4AFZ C; 3G4S A; 1UB4 A; 1G3S A; 1XNI A; 1GFC A; 3TU4 K; 2LCL A; 5GMK e; 2RJD A; 3L2Z A; 1VQ5 T; 1FMV A; 3EHR A; 3KFV A; 4BDY A; 1E6H A; 2O2O A; 5C0M A; 1K73 U; 1SRL A; 1G5V A; 4IUT A; 2F69 A; 3M55 A; 1QVP A; 2EJG A; 3MEV A; 4F04 B; 2IPO B; 3DLL A; 3JAM E; 1SSF A; 2EJF A; 4LDX A; 4ZGJ B; 2ATC B; 1UGQ B; 2KR3 A; 1N9S A; 1U5S A; 1RLP C; 2YUN A; 3UA7 A; 1S72 A; 1Y57 A; 4ESR A; 4EMK B; 2SEM A; 2KSS A; 1D09 B; 2E12 A; 4M77 G; 2KRS A; 1I0C A; 1M8V A; 2E65 A; 1RAG B; 4M7D D; 4Q5W A; 4J9G A; 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