The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
75
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structure length |
69
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Chain Sequence |
VSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINNHQLGLQTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| molecule tags |
Splicing
|
| total genus |
8
|
| structure length |
69
|
| sequence length |
75
|
| chains with identical sequence |
r
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| g | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TH7 A; 1BIA A; 4XTV A; 3RKX A; 4XTY A; 4EMK C; 5GAN 7; 3SWN C; 2HNI A; 4F7U G; 1N9S A; 4C8Q A; 4M7D D; 3EFR A; 4M75 C; 5GAO r; 4M7A E; 2RB6 A; 5GAO n; 4XTU A; 2DXU A; 2EJ9 A; 5GAN e; 2VC8 A; 4M77 C; 4XU3 A; 2CGH A; 3JCM g; 5GAO l; 1LJO A; 4C8Q F; 3HFN A; 3JCM V; 4J6W A; 5GAN j; 2E64 A; 3V8K A; 4PJO D; 2JN0 A; 2E65 A; 2FYK A; 3QUI A; 4XTZ A; 3EFS A; 4M78 A; 3BW1 A; 4M78 B; 3JCM c; 3GIB A; 4C92 C; 5LJ5 h; 2EJG A; 4XTX A; 4C8Q D; 3JCM P; 1B34 B; 3SB2 A; 4HA8 A; 2DTH A; 3BY7 A; 4M7D C; 1U1S A; 1LOJ A; 2DTI A; 4C8Q G; 3JCM e; 4M75 B; 2DEQ A; 4M78 F; 5GAN 6; 4M78 E; 4A54 A; 4J5Y A; 4M7A A; 1M8V A; 2DKG A; 1WQW A; 1YCY A; 4PNO A; 3RUX A; 3JB9 I; 4M75 E; 2E10 A; 4M7A F; 4PJO C; 4QVC A; 5GAO p; 3RKY A; 4RCB A; 3V7S A; 5GAN h; 4M78 G; 2E41 A; 5GAM j; 2EJF A; 4C92 B; 4C8Q C; 2EWN A; 1Y96 A; 1JBM A; 1Y96 B; 3FJP A; 2RD1 A; 1X01 A; 4N0A C; 5GMK m; 1I81 A; 5LJ5 d; 1N9R A; 5GAN 5; 3AHU A; 4M7D B; 4NOY A; 3L1A A; 4V2S A; 1U1T A; 4M7A G; 3RKW A; 4C92 E; 5GAN 4; 5GAN f; 5I21 A; 4M7D E; 3JCM h; 5GAM g; 1B34 A; 5CAI A; 4EMK B; 3JB9 J; 3SWN A; 3SWN B; 5LJ3 g; 4PJO B; 3HSB A; 4M75 A; 1I5L A; 3INZ A; 3JB9 H; 5GAN 2; 5GAO m; 4JLI A; 4JRI A; 5GAN d; 4XQ3 A; 3JCM Q; 2FB7 A; 4M77 A; 2RM4 A; 2YHT A; 4M77 B; 4XU1 A; 3RIR A; 4EMG A; 5GAM h; 3L2Z A; 4MML A; 4PJO E; 4EMH A; 4M75 F; 5GAM e; 5LJ5 f; 4A53 A; 4M78 D; 1M5Q 1; 1I4K 1; 1JRI A; 5LJ3 e; 2VXF A; 3VU3 C; 4J6Y A; 4M77 E; 4RCC A; 4X9D A; 4C92 A; 4F7U B; 3JB9 F; 4Y91 A; 5LJ3 j; 4X9C A; 2YLC A; 1LNX A; 4JRK A; 4M7D A; 2E1H A; 3JCM d; 4M7A D; 2DXT A; 4M75 G; 4NL2 A; 4DQ2 A; 3PGG A; 3QO3 A; 1WPY A; 3V8L A; 4C92 F; 4F7U E; 4M77 G; 4QVD A; 4JUV A; 5GMK i; 4M7D F; 2DTO A; 1KQ1 A; 2DZ9 A; 2DJZ A; 4OP0 A; 3RES A; 5GAM d; 3JB9 G; 4EMK A; 4HT8 A; 1KQ2 A; 1D3B B; 1BIB A; 4M78 C; 4WF2 A; 4PJO A; 5LJ3 d; 1HK9 A; 2DVE A; 4XTW A; 2YLB A; 5GMK e; 5GAN 3; 1HXD A; 4C92 G; 4C8Q B; 4N0A A; 4XU0 A; 2K57 A; 3JCM W; 2I2L A; 4PJO F; 5GMK j; 4M7A C; 5LJ3 h; 4M7D G; 3JCM X; 2EAY A; 3JCM f; 5GAO q; 3HFO A; 1MGQ A; 5LJ5 g; 3JCM b; 3V8J A; 1WNL A; 4C8Q E; 4M77 F; 4F7U A; 4HT9 A; 5GAN 8; 3JCM J; 4M75 D; 4XU2 A; 3QHS A; 5GAM f; 4PJO G; 3FIF A; 2QTX A; 3BFM A; 2DZC A; 1WQ7 A; 5LJ3 f; 4M77 D; 3RER A; 4F7U F; 5DY9 A; 3V7C A; 5LJ5 e; 1I8F A; 3V7R A; 3JB9 D; 3QSU A; 5GMK l; 2RA2 A; 3M4G A; 1H64 1; 4M7A B; 5GAN g; 2VXE A; 5LJ5 j; 1D3B A; 4NL3 A; 4J6X A; 5GMK h; 2Y90 A; 4MMK A; 4C92 D; 3BDU A; 3FB9 A; 2ZGW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2OX7 A; 1X6O A; 5ECA A; 2A0F B; 1OYX A; 8ATC B; 2DBM A; 2F2V A; 4M77 C; 3N5B B; 1K4U S; 3LWH A; 1EX4 A; 3E19 A; 3E9F A; 2DIG A; 3OYJ A; 1X6B A; 2FYK A; 2SRC A; 3S6W A; 2KYM A; 1OX9 A; 1OPL A; 4JZ4 A; 2O31 A; 4ZTF A; 3EH1 A; 3TVT A; 1Q7Y U; 3TU4 K; 3I55 T; 4F14 A; 5A2Q E; 4C0F A; 2RQV A; 3OS5 A; 3QYG B; 2QEX T; 2DL4 A; 3ZEH A; 4C8Q C; 1X01 A; 1S1N A; 2FZK B; 1VQP A; 1M2V A; 1U1T A; 3HRS A; 3GP8 A; 2O01 E; 5GAN 4; 3CC4 T; 2ZPF B; 2RHY A; 3REA B; 4QKU A; 2QK0 A; 1JEG A; 1C0M A; 4AG1 C; 4XU1 A; 2ZPH B; 2W0Z A; 1R0C B; 1GCQ A; 2LDM A; 1VQL Q; 1NLO C; 3LGL A; 1U8R A; 3QBY A; 1IHW A; 3QII A; 3VJP A; 2RNA A; 3M0S A; 4ANJ A; 1KHC A; 1KHI A; 3PGG A; 4RKU E; 1VIF A; 1KQS S; 3MPU B; 4XK8 E; 3ZFJ A; 2YUQ A; 4QVD A; 2KE9 A; 1ZSZ C; 2HSE B; 1Q81 U; 1BIB A; 3G71 T; 3H0H A; 5GMK e; 3OYE A; 1WJS A; 3LYI A; 1SEM A; 4RTU A; 3VYH B; 1QKW A; 1NYG A; 1WJR A; 4BI3 A; 3CCU A; 2BKD N; 4Y28 E; 3HP9 A; 3BFM A; 1M90 C; 3M0U A; 1VQ9 A; 2M16 A; 3VS5 A; 1ZUY A; 2AIR B; 3T9N A; 2L3Q A; 2DX1 A; 2FG0 A; 3SFM A; 3JAM E; 1E7O A; 1N8R R; 2C0O A; 3GOX A; 2AZS A; 3CPW S; 3A1P A; 5GAO r; 2RB6 A; 2ECZ A; 1T3S A; 2H8H A; 2JM9 A; 2K3X A; 3EGD A; 2E64 A; 3CCJ T; 3QJY A; 4PJO D; 3S3O A; 2QDL A; 1YIT T; 3VUB A; 1YI2 Q; 2DET A; 1K1Z A; 1GL5 A; 1SG5 A; 4F17 A; 1UGV A; 4M7A A; 2X51 A; 1Y07 A; 3X20 B; 3NTI A; 1N8R U; 4J9H A; 1WYX A; 2LT4 A; 5GAO p; 3CCQ T; 1AWX A; 1M27 C; 4J9C A; 2D9T A; 4PJL A; 5GMK m; 3AHU A; 3FJ5 A; 2Z0W A; 4Z02 A; 2OTL T; 3TEE A; 2F1L A; 4M7A G; 4CC3 A; 5HY6 A; 3CCE A; 1RAB B; 2QXF A; 2EQI A; 2DXB A; 4FU6 A; 2D8J A; 3I56 Q; 2KSS A; 2ZZD A; 2FRW A; 4JLI A; 4OMN A; 1VQK A; 5GAM h; 4C0D C; 4ZGD B; 1D0Y A; 1JQQ A; 1KD1 C; 4BAC A; 1VQN T; 4RCC A; 4X9D A; 1UFF A; 2XKO C; 1LNX A; 4KUI A; 2E1H A; 1VOM A; 4A4E A; 4LDU A; 4KUL A; 2EPD A; 3GPL A; 1TTH B; 2QI2 A; 2MPX C; 9ATC B; 5GAN 3; 5J39 A; 2CKK A; 1GXI E; 3I5S A; 2F2W A; 1IRX A; 3NGP A; 2E3H A; 4FSS A; 2CP0 A; 3CD6 T; 5KYX B; 3JCM X; 3OYF A; 2RK2 A; 3L2Q A; 4LN2 A; 4IUT A; 1AHJ B; 3KXT A; 3CCV Q; 4LDW A; 4XU2 A; 1YNZ A; 1I1J A; 3H8Z A; 4II1 A; 8AT1 B; 3QWY A; 3OB9 A; 4E7K A; 3PNW C; 2C0I A; 1I8F A; 1RUW A; 3V7R A; 1QVP A; 1RAE B; 2CH4 W; 2CP5 A; 3M9Q A; 2VXE A; 1ZHI A; 3RDV A; 3OYN A; 4M4Z A; 2DYI A; 2WAC A; 3TRE A; 4XTY A; 5FRM A; 1N9S A; 4C8Q A; 2K5I A; 3D7S B; 2DVJ A; 3IQL A; 1PKS A; 3HKS A; 3V8K A; 4M78 A; 2LVM A; 2ROL A; 3JCM c; 2QQR A; 1VQ4 A; 3JCM P; 4A63 B; 2RJF A; 4C8Q G; 1UE9 A; 2AZV A; 4HCZ A; 4PNO A; 1JXM A; 3OYG A; 2L3R A; 2OTJ A; 2RI3 A; 1VQK Q; 2GF7 A; 4M78 G; 4FL6 A; 4N0A C; 1TUC A; 2K5F A; 1BCM A; 1WI7 A; 4BE1 A; 4HCC A; 2K9G A; 3G6E Q; 1B7T A; 4M7D E; 2XDB A; 4OVA A; 3SWN B; 1KQS A; 2QQ9 A; 3VKI A; 4K11 A; 1YHQ T; 4D6W A; 5GAM e; 3PFS A; 1JJ2 S; 4BE2 A; 1I4K 1; 4MDX A; 1JO8 A; 5KYW A; 3CC4 Q; 2DIQ A; 1IXD A; 2YLC A; 1S72 T; 2ABL A; 1PRM C; 1WHM A; 1YJ9 A; 3AT1 B; 1WX6 A; 2DBK A; 5L23 A; 1GFC A; 3THK A; 2GQI A; 3RES A; 5KYN A; 2BUD A; 4GBQ A; 1M1K C; 3CCM A; 3UT1 A; 4DBQ A; 2D0N A; 2PUK B; 4ZGE B; 3OYI A; 3URG A; 1LPL A; 2CS7 A; 4PFO A; 3CCR T; 1PM3 A; 2QTX A; 3FIF A; 4ZNX A; 1W2B S; 4HVW A; 3EG3 A; 1KC8 U; 5KCO A; 4JJB A; 2GBQ A; 2CP7 A; 3NTH A; 4LUE A; 2CUD A; 4RTT A; 1ZBJ A; 1VQ7 A; 3RKX A; 1UJY A; 5I2M A; 5GAO n; 1G3Y A; 4FYX B; 5GAO l; 2HKQ B; 1ZX6 A; 4KBM B; 1M2V B; 3QDF A; 3BW1 A; 2GGR A; 4Y92 A; 2LT1 A; 2DTI A; 4M78 E; 2XIC A; 1GRI A; 1NPR A; 2X35 A; 1HJD A; 2VWF A; 2OJ2 A; 4HKE A; 1QVG P; 5CKB A; 2PVO B; 4N4H A; 2WSC E; 4M7A F; 4IUR A; 3HRT A; 5GAN h; 3G1J A; 5GAM j; 2KK4 A; 1QVF P; 1PNJ A; 3JV3 A; 3G4S A; 2IIM A; 4DBH A; 4C92 E; 1YJW Q; 1Q82 U; 1K0X A; 1KFZ A; 1MV0 B; 4KGX B; 3JCM h; 5IXB A; 3CMA A; 3VS1 A; 1M3C A; 4LNP A; 1EZZ B; 4X34 A; 2DPP B; 4BB7 A; 4A53 A; 2OTL Q; 1SRM A; 5LJ3 e; 3OYM A; 4HXJ A; 1SSF A; 3CME A; 4DOV A; 2O4X A; 4EDU A; 1E6G A; 2WSE E; 5IH2 A; 5IT9 E; 2JVV A; 3PT9 A; 1IHV A; 2YRD A; 1BI1 A; 4PJO A; 2K4Y A; 3R6N A; 1VQN Q; 1BI2 A; 2FO0 A; 3CXC S; 2EYQ A; 2K57 A; 2PNI A; 3H0I A; 3L2U A; 2R5A A; 4D8D A; 3I35 A; 3EGD B; 4M77 F; 3CCS T; 2LC4 A; 2JT4 A; 3MEW A; 3EAE A; 2QDY B; 4PJO G; 2QA4 Q; 3RMS A; 2ED0 A; 3V7C A; 5FWC A; 1NYF A; 5LJ5 e; 1RAD B; 3QSU A; 4M7A B; 1MHN A; 4MMK A; 3LW5 E; 2KY9 A; 1VA7 A; 4ZTJ A; 4M7D D; 2COW A; 1C6V X; 2EVR A; 2DXU A; 4F04 B; 1X69 A; 2RMO A; 2KXD A; 2CGH A; 1UGQ B; 4C8Q F; 2RQR A; 2AKK A; 1GCQ C; 3HFN A; 4ZN3 A; 3GIB A; 2O9S A; 2PTK A; 4OGE A; 3QZ5 B; 2LJ0 A; 2PVG B; 1WHG A; 4E6R A; 5FW9 A; 1I0C A; 2BZY A; 4M78 F; 4DA4 A; 1Q86 U; 2LRQ A; 2LP5 A; 3FC3 A; 4PL6 A; 2K3B A; 3CMA Q; 2E10 A; 1J3T A; 2OAW A; 4RCB A; 2BE9 B; 2EQU A; 5DLO A; 2KRO A; 5HK3 A; 3RNJ A; 1N9R A; 5GAN 5; 1XOV A; 2RHI A; 3PMT A; 2HQE A; 2DER A; 3KFV A; 1U5S A; 4ESR A; 4JJC A; 2DM1 A; 2AKL A; 1I5L A; 1VQP T; 1JB0 E; 5CCA A; 4RTZ A; 3EHQ A; 2FRY A; 2YHT A; 4M77 B; 3HL8 A; 1QKX A; 2FZG B; 4J9B A; 2RI2 A; 1M5Q 1; 2R57 A; 5IXF A; 3OYC A; 2DMO A; 2M0Y A; 2R58 A; 3EH2 A; 4AFZ C; 4FYV B; 2K7A A; 2J7I A; 1YHQ Q; 4OP0 A; 1MV3 A; 2V8J A; 4XTW A; 2LZ6 B; 4GY5 A; 4C8Q B; 2JS2 A; 2D1X A; 2V1R A; 4R55 A; 4M7A C; 2CUB A; 3JSC A; 4DEY A; 3M55 A; 3MEV A; 4B9X A; 4KGZ B; 3BDL A; 3E9G A; 3JCM J; 4BY6 B; 1X27 A; 2FPF A; 4J9F A; 1PG5 B; 3JB9 D; 1QCF A; 3TCJ A; 2FVU A; 5GAN g; 4NL3 A; 3OYK A; 4KRT A; 5GMK h; 3CCU T; 4C92 D; 4FM4 B; 1VQL A; 4J83 A; 1TUG B; 1NJI C; 1G2B A; 1AWO A; 3EFR A; 1QWE A; 5D6X A; 3EGX A; 1R77 A; 3JCM g; 4HVV A; 3P8D A; 5GAN j; 1RI9 A; 4KT0 E; 1K73 U; 4D8K A; 2KVQ G; 1VQO Q; 4BD3 A; 1YBY A; 3KUF A; 4BI4 A; 2P4R A; 2DEQ A; 4A54 A; 2NUP B; 1Q7Y R; 2JNG A; 4HCK A; 5KYW B; 5CR2 A; 4CI0 C; 3UA6 A; 2LJ1 A; 1O9S A; 1Y96 A; 2YRC A; 4PKC C; 3EFO A; 3FEO A; 4R0K A; 2ED1 A; 2LJ3 A; 2ENM A; 4ELZ C; 5GAN f; 1X2K A; 1K8A U; 5A0G A; 4PLL A; 3CCE T; 1UDL A; 3VS2 A; 2B8A A; 1VQ5 Q; 4J7F A; 2XDP A; 3VS7 A; 2VXF A; 3VU3 C; 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1M90 U; 1HYO A; 1R0B G; 3TQ7 P; 5CVI A; 4CC4 B; 2YLB A; 1YJ9 T; 2DA9 A; 1XTD A; 4JS4 A; 3RMQ A; 4M7D G; 3ER0 A; 5LL6 S; 5GMK j; 3CPF A; 4JLG A; 3CCM T; 3M0Q A; 3G6E A; 1WA7 A; 3OSV A; 3QHS A; 4IKF A; 3I55 A; 2CYZ B; 4OB0 B; 1KQS P; 4PFP A; 3X24 B; 2EIF A; 1MMD A; 2DNU A; 1YJN Q; 4EMK C; 1VUB A; 4L6V 5; 2HL5 C; 3CC4 A; 2E12 A; 3LWI A; 1RAG B; 1YN8 A; 2AHJ B; 2KMT A; 1E6H A; 1VQ7 T; 3DB3 A; 1D1C A; 1KG1 A; 1FX7 A; 4TVR A; 2M9U A; 2ROT A; 2LQK A; 1Q95 G; 1XQH A; 1U1S A; 2E5Q A; 2COZ A; 4PJN A; 5FU7 C; 2KQW A; 2J6O A; 4RTY A; 4PJO C; 1KD1 U; 1M30 A; 2LQN A; 4AG2 C; 1T0H A; 2EJF A; 2MWP A; 1ABO A; 3FJP A; 5KYY A; 3F70 A; 3G71 A; 4NOY A; 2BTT A; 3RKW A; 2DE0 X; 1ARK A; 2X4Y A; 1OPK A; 1YCS B; 3DKM A; 1ZA1 B; 1TUD A; 4MDW A; 4MML A; 1Z9Z A; 1UGP B; 1ZBX A; 1PC0 A; 4QVZ A; 3QJ6 A; 4C92 A; 2AT1 B; 4JRK A; 2P84 A; 4RTV A; 1M3A A; 3QO3 A; 3OYA A; 1BB9 A; 5KE3 A; 2VGN A; 3CME T; 5GAM d; 1M2O A; 1D1B A; 3JB9 G; 2YUO A; 3I55 Q; 2EKO A; 2LTO A; 1RI0 A; 3OS0 A; 3VRZ A; 4C92 G; 2QEX Q; 2C0T A; 3OW2 A; 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