The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
13
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C8Q C; 5GAN 6; 4EMK C; 5GAN h; 5GAO q; 2HNI A; 4M7A A; 4M78 D; 2JN0 A; 2EWN A; 5GAO l; 1KQ2 A; 4NOY A; 5GAM e; 3JCM X; 2VC8 A; 5GMK m; 2YLC A; 4JRI A; 4C92 A; 2EAY A; 5LJ5 f; 3V8K A; 3FIF A; 4M75 D; 4JRK A; 4PNO A; 3V8J A; 3JCM J; 4M7D F; 2RB6 A; 1D3B A; 2CGH A; 4XU0 A; 4C8Q D; 1KQ1 A; 4EMK B; 4F7U B; 1HXD A; 5GAN e; 5GAN 5; 2RM4 A; 4PJO E; 3QUI A; 4M78 F; 5GMK j; 3L1A A; 2YLB A; 4J5Y A; 3SB2 A; 5GAN 3; 4M77 E; 3V8L A; 4C92 C; 2DTH A; 2DTO A; 2DTI A; 5LJ3 j; 4M78 G; 5GAO n; 1YCY A; 5LJ5 d; 4JLI A; 5GAM g; 1M8V A; 4M7A D; 2DJZ A; 4M75 F; 4A54 A; 3BW1 A; 2FYK A; 2FB7 A; 4XTX A; 4C8Q F; 4DQ2 A; 3JB9 D; 4M75 G; 5LJ3 g; 3GIB A; 5GAN g; 1WPY A; 1U1T A; 4X9C A; 3JCM f; 3INZ A; 4OP0 A; 5LJ3 h; 4C8Q G; 4C92 B; 2VXE A; 2E10 A; 1I4K 1; 4Y91 A; 4PJO B; 1D3B B; 1Y96 A; 2K57 A; 2DZC A; 5DY9 A; 3SWN A; 4M7D E; 2DKG A; 1LOJ A; 4M7A F; 3RIR A; 5GMK l; 5GAO r; 2Y90 A; 5GMK e; 4M78 E; 3VU3 C; 3JB9 F; 4M7A G; 4HT9 A; 3JCM d; 5LJ3 e; 4PJO A; 5GAM f; 4V2S A; 1U1S A; 3SWN C; 3JB9 G; 4QVD A; 4XTY A; 2YHT A; 4M75 E; 4JUV A; 1M5Q 1; 2VXF A; 4NL2 A; 4XTV A; 4J6W A; 3QSU A; 5GAN f; 2I2L A; 3EFR A; 2E1H A; 4PJO C; 3RKW A; 2QTX A; 4M7D B; 4EMH A; 2DXU A; 4M77 C; 1Y96 B; 1JRI A; 3QO3 A; 2RA2 A; 3SWN B; 2DXT A; 1HK9 A; 3HFO A; 4F7U F; 1MGQ A; 4HT8 A; 5I21 A; 3JB9 H; 4M7A E; 4RCC A; 3FB9 A; 4C92 D; 4F7U G; 3RER A; 4M7D A; 4MMK A; 3HFN A; 4RCB A; 3RKY A; 3RUX A; 2RD1 A; 4PJO D; 3JCM V; 5GAN 7; 5LJ5 j; 2ZGW A; 4M77 B; 4M78 A; 4XTW A; 5GAN 4; 2EJG A; 4WF2 A; 4XU3 A; 4XTZ A; 1B34 B; 4M7D C; 4J6X A; 3BY7 A; 3BFM A; 4N0A A; 2E65 A; 3EFS A; 1WNL A; 1WQ7 A; 4M77 A; 4M75 A; 4M78 C; 3RKX A; 4C92 F; 5LJ5 g; 3M4G A; 5LJ5 h; 3JCM P; 4XU2 A; 1BIA A; 4QVC A; 3JCM c; 4C92 G; 3FJP A; 5LJ3 f; 4C8Q E; 4NL3 A; 4F7U E; 4PJO G; 1B34 A; 4MML A; 4N0A C; 1I5L A; 4M75 C; 1I8F A; 1I81 A; 4M7D D; 2EJF A; 5GAM d; 1X01 A; 2E41 A; 4M78 B; 3JB9 J; 4HA8 A; 5LJ5 e; 1WQW A; 3V7C A; 2EJ9 A; 5LJ3 d; 4XQ3 A; 5GAO m; 5GAN d; 3QHS A; 3JCM g; 4M75 B; 3L2Z A; 4XTU A; 3JCM h; 4M77 D; 3JB9 I; 5GMK i; 4C8Q B; 5CAI A; 4M7A C; 4C92 E; 5GAM j; 4XU1 A; 5GAN 2; 2DZ9 A; 4EMG A; 4A53 A; 1LJO A; 3BDU A; 4J6Y A; 4M7D G; 3AHU A; 2E64 A; 3HSB A; 3JCM Q; 1BIB A; 3RES A; 5GAN j; 2DVE A; 1LNX A; 1JBM A; 3JCM W; 4PJO F; 1H64 1; 4C8Q A; 4M7A B; 4EMK A; 4F7U A; 3JCM e; 1N9R A; 3JCM b; 4M77 F; 3PGG A; 2DEQ A; 5GAM h; 5GAN 8; 3V7R A; 1N9S A; 1TH7 A; 5GAO p; 5GMK h; 4M77 G; 3V7S A; 4X9D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4C8Q C; 2CYZ B; 3OYH A; 3CPW P; 4OMF B; 2O4X A; 3A8H B; 1VQK T; 4PKC C; 2A3L A; 4XAX B; 3V8J A; 2DYB A; 4M75 D; 1QQJ A; 4JZ4 A; 1D3B A; 4C8Q D; 1KQ1 A; 1R77 A; 3VS4 A; 3KBG A; 1K73 U; 1CKB A; 1RAC B; 2DJZ A; 1ACM B; 1NZ9 A; 4OF1 A; 4OMQ A; 1AWO A; 2WAC A; 2CP6 A; 2H3E B; 2O9S A; 1Q81 R; 3H6Z A; 2CH4 W; 1KC8 C; 2O88 A; 1M8M A; 1UUE A; 5GAM f; 8ATC B; 1YIT Q; 2L5Q A; 4JUV A; 3TRE A; 4RMO A; 5I2M A; 3PVL A; 3H0F A; 1VA7 A; 1O75 A; 2L89 A; 3EH1 A; 2HQE A; 2DPP B; 2EGE A; 3MEW A; 4M78 A; 4RUG A; 2NUP B; 3CMA T; 2CP0 A; 4N4I A; 3OYJ A; 2RHY A; 2IVW A; 5LJ5 g; 4RTU A; 1PG5 B; 5I2S A; 2MF2 A; 1NPR A; 2YUQ A; 1H3Z A; 4ZGE B; 1NM7 A; 2HSE B; 1MND A; 5A0L A; 3JB9 J; 2QQA A; 2LQ8 A; 3OB9 A; 1GCQ C; 2K79 A; 1ZBX A; 2QQB A; 4ZN1 A; 1YP5 A; 1M1K U; 1ZUY A; 1KK7 A; 1A0N B; 1VQ6 A; 4BE0 A; 1K0S A; 3EGD B; 1Y57 A; 3AHU A; 2HL3 A; 1BIB A; 2LX9 A; 1GXI E; 2D0N A; 4GLK A; 4C8Q A; 3JCM b; 2V8J A; 5IT9 E; 1ZA2 B; 1FWZ A; 5GMK h; 1KHC A; 1OV3 A; 1PRM C; 3V7S A; 6AT1 B; 1TOV A; 2F2X A; 4JLG A; 1PNJ A; 3JCM X; 1G3Y A; 1WHK A; 2Y4X A; 3TVT A; 5FRO A; 1VQP T; 4MZP A; 4C0F A; 2YLB A; 4DBF A; 5LJ3 j; 4BB7 A; 5IXF A; 1D1A A; 2JTE A; 2L3S A; 1BI1 A; 3OYN A; 4J9C A; 2YUN A; 2EQJ A; 2IG0 A; 1AOJ A; 4TVR A; 3RMS A; 2EYY A; 4KBM B; 5IAY A; 1Y0M A; 1I0C A; 2R5M A; 4M7D E; 4M7A F; 2K6D A; 3VS7 A; 5IH2 A; 1R8O B; 2SRC A; 1MMA A; 1BI3 A; 1UB4 A; 1TS9 A; 2RHU A; 3LWI A; 1W2B S; 2NLU A; 2L3R A; 2RK2 A; 3FB9 A; 4C92 D; 1QW1 A; 4BDY A; 3CCS A; 2RD1 A; 4BUG A; 2RJE A; 2LJ0 A; 1GFC A; 4C5I A; 1CSK A; 1VQ6 Q; 3G4S T; 2DM1 A; 1PKS A; 2HZY A; 1LPL A; 3EGD A; 3TSW A; 3FJP A; 2X3X D; 3M0S A; 1GCQ A; 2KQW A; 1WI7 A; 2CDT A; 4OGE A; 2DK3 A; 3BDU A; 3E2U A; 4WCI A; 1K9M U; 3X24 B; 1PD1 A; 2ENM A; 3MO8 A; 3OS1 A; 3SEM A; 4EMK C; 2BTT A; 3PT9 A; 3EGX B; 2WSC E; 1KG1 A; 1Q82 R; 1OX9 A; 1QVG S; 2CSQ A; 2GF7 A; 3V8K A; 4RKU E; 1WHM A; 2MPX C; 4EMK B; 5GAN e; 1GCP A; 1UJ0 A; 2AIR B; 1HXD A; 5GAN 3; 1MNE A; 2KRO A; 4A4K A; 3CME T; 3CC7 T; 3M54 A; 5D7U A; 2AKK A; 2B86 A; 1NE8 A; 1KD1 C; 3VRZ A; 1M8V A; 1RAG B; 2QG9 B; 2LQW A; 2VVK A; 2G6F X; 4IUU A; 4LDX A; 2KR3 A; 4IKF A; 5GMK l; 3CCS Q; 3EHQ A; 3X25 B; 5GMK e; 1ARK A; 5CQY A; 3OYK A; 2M0Y A; 3CCV A; 3CPF A; 4WTO B; 4RG2 A; 3FEO A; 5C0M A; 2F1L A; 1WA7 A; 1IZ6 A; 2P0Q A; 2LDM A; 2QGG A; 3S3M A; 2DBK A; 2BUD A; 3ASK A; 4F7U F; 2HSP A; 1VQ8 A; 3VUZ A; 2BZX A; 1UGS B; 1X6O A; 4FYX B; 4XTW A; 2RQW A; 1QCF A; 5FU6 C; 4XTZ A; 1SRL A; 8AT1 B; 3BY7 A; 5CCA A; 1MMG A; 1AZE A; 1WNL A; 2JM9 A; 3RMQ A; 2EPD A; 1U06 A; 2LMJ A; 3LH0 A; 5FU6 B; 2KVQ G; 2JOY A; 2KEA A; 2L2P A; 4Y92 A; 1VQ6 T; 1NEB A; 2X3W D; 1BYM A; 3EGX A; 5GAN 2; 3M55 A; 3OYI A; 1V76 A; 1B07 A; 4EMK A; 3PGG A; 3HRS A; 3NHN A; 2R5A A; 3VS6 A; 4FW1 A; 1KJW A; 1SPK A; 3UDC A; 3TU4 K; 1WYX A; 5GAN 6; 4BE2 A; 1FMV A; 2FZG B; 2EWN A; 2VV5 A; 1AWW A; 1YBY A; 4OB0 B; 3FDR A; 5GMK m; 1VQ9 T; 5FRN A; 4JRK A; 2RB6 A; 4JDS A; 3ZEH A; 1JJ2 S; 2M02 A; 2Y4Y A; 4BY6 C; 3CCV Q; 1W70 A; 1H8K A; 4IIM A; 1Q95 G; 2LT4 A; 2V8I A; 5A0D A; 5GAO n; 4M75 F; 3BW1 A; 1NYG A; 4C8Q F; 2VAS A; 1FYN A; 3CD6 A; 4BY6 B; 1H92 A; 1ZUK A; 1YI2 A; 5LJ3 h; 5A0G A; 1VQ8 Q; 3LH5 A; 1WJQ A; 1ABO A; 5C6S A; 3SFM A; 1C6V X; 2KGT A; 4M78 E; 2GNC A; 1OU8 A; 3M0Q A; 4V2S A; 1U1S A; 1WJR A; 4Z89 A; 3JB9 G; 1Y71 A; 4LUE A; 3VS3 A; 1W4S A; 3DLL A; 5DLO A; 1P92 A; 5HCK A; 2DEU A; 1IHV A; 4PJO C; 1JB0 E; 4AFZ C; 2EQM A; 2J6O A; 4E7S A; 1N5Z A; 1V29 B; 3OYG A; 4CC7 A; 4LUD A; 3JV3 A; 2VGM A; 2EFI A; 2ZPB B; 4PJO D; 2FO0 A; 4FYV B; 2JNG A; 2K3B A; 3H0H A; 3RKX A; 4PLI A; 2V1Q A; 4XU2 A; 1BIA A; 1W1F A; 1UEC A; 5LJ3 f; 4C8Q E; 4QKU A; 2KT1 A; 4IUV A; 1KQS P; 2DIQ A; 2EJF A; 5KYY A; 1X75 C; 4ELZ C; 3EG9 A; 2PUO B; 5LJ5 e; 4DEY A; 2OTL T; 1NJI C; 2PZ1 A; 7AT1 B; 4ZGD B; 1TUG B; 2FZK B; 3JCM h; 1M4Z A; 9ATC B; 2CP7 A; 2RHZ A; 3CMA A; 2E64 A; 3X20 B; 5GAN j; 2C0T A; 2X9H A; 3PMT A; 1M90 R; 5CKD A; 1WIE A; 1NLP C; 5GAN 8; 5L23 A; 1N9S A; 3PTA A; 4M77 G; 2KI7 A; 3HL8 A; 4ME7 A; 3J81 E; 3CD6 Q; 1YI2 Q; 2MI6 A; 4EPC A; 2QDY B; 4MZM A; 2AT1 B; 2LRQ A; 3CXC S; 1M90 U; 4J9F A; 1GFD A; 1C0M A; 5GMK j; 1W2B A; 1SF9 A; 2EYX A; 1X2Q A; 4FSX A; 1NLO C; 4A54 A; 2RJD A; 3FLG A; 1XQH A; 2JZ2 A; 3JCM f; 5GAN g; 3GPL A; 5KYU B; 2EQI A; 2HMA A; 1VQ5 A; 4Y91 A; 2KYM A; 1EZZ B; 2P4T A; 5CR2 A; 1OPL A; 3I5R A; 3DB4 A; 2DD4 A; 4J7F A; 4OMM A; 3QYH B; 3TCJ A; 4PJO A; 1K9A A; 2CZ6 B; 1ABQ A; 4JJD A; 1SSH A; 5FLX E; 2ROL A; 3QII A; 2ROT A; 1U8R A; 1JRI A; 2E6N A; 1E7O A; 3J80 E; 3GBQ A; 3HFN A; 3QZ9 B; 3WVD B; 2E5Q A; 4E2F B; 3ZFJ A; 4PFZ A; 2NUT B; 2RQT A; 4C92 F; 3C4S A; 1VYU A; 4F16 A; 1VIF A; 1IRX A; 3CMA Q; 2JW4 A; 3T9N A; 1QVG A; 4MML A; 2J6F A; 1MV0 B; 2CSI A; 2KT8 A; 1BB9 A; 3L2Q A; 2W10 A; 2XIC A; 3CPW S; 4IUQ A; 5IXB A; 3JRZ A; 2CP3 A; 4A4H A; 3A8L B; 4CC4 B; 1S72 T; 3PNW C; 4Q5W A; 3G4S A; 3NTK A; 3UPU A; 2O01 E; 2X4J A; 4R0K A; 5GAO p; 1ZLM A; 2F2W A; 5DLQ E; 2ABL A; 4J9G A; 3G6E T; 3HP9 A; 1QKX A; 5AT1 B; 3M58 A; 2GTO A; 4JJC A; 4M78 D; 4J8O A; 3PMI A; 1VQ5 Q; 2HD0 A; 2CT3 A; 4PNO A; 4RG8 A; 2KXC A; 2RM4 A; 4AG2 C; 1VYT A; 2QXF A; 1RL2 A; 2CUB A; 2FPD A; 3CD6 T; 4KRT A; 1G3S A; 4R55 A; 3ME9 A; 3M56 A; 3GIB A; 4X9C A; 1E6H A; 3CCM A; 3C94 A; 2CP2 A; 2LCC A; 2M1H A; 5GAO r; 2DIL A; 2DJQ A; 1BBZ A; 2XDB A; 1SEM A; 1ZBJ A; 2OX7 A; 2JM8 A; 2YRV A; 3MP1 A; 2E1H A; 1T0J A; 2XD0 A; 3MJX A; 1KD1 R; 3CME A; 3CC7 A; 2PU9 B; 1EIF A; 4M77 C; 3M53 A; 5HK0 A; 1OEB A; 2RA2 A; 2KNB B; 3RER A; 2CH4 A; 5LJ5 j; 4M77 B; 2NUZ A; 3F70 A; 1T0H A; 3P8D A; 2DXC A; 1KD1 U; 3BFM A; 2E65 A; 1SSF A; 3EFS A; 4O5V A; 3CBO A; 1BU1 A; 2FHD A; 3G4S Q; 4E7H A; 2WSF E; 1N27 A; 2RJC A; 3QZ5 B; 2EYQ A; 1JJ2 A; 2JTF A; 5LJ3 d; 2KAF A; 1YNZ A; 3M0P A; 3GNF B; 5HKC A; 2DLP A; 1FMK A; 1M1K R; 1F1B B; 2PVD B; 2GFU A; 3OYC A; 2JMA A; 3OA6 A; 2M16 A; 4DBR A; 3OQ5 A; 1QP2 A; 5GAN h; 2K9G A; 2R57 A; 4NOY A; 3CCM Q; 2JS2 A; 2KE9 A; 1AVZ C; 4M7D F; 2K5L A; 2CGH A; 1X6G A; 3P8B B; 3RR6 A; 3H9N A; 3SB2 A; 2Z0W A; 3V8L A; 3WXM B; 3A8G B; 4KH0 B; 2P0K A; 5EC7 A; 1OUL A; 2LVM A; 1M2O A; 2COY A; 3CME Q; 3CC7 Q; 2DX1 A; 1VQ5 T; 1FMW A; 1M3A A; 2PUK B; 4VUB A; 3CCR T; 2E10 A; 3OYB A; 5DY9 A; 1LOJ A; 1G83 A; 1E6G A; 2AK5 A; 3JCM d; 2QDL A; 2SEM A; 1VQ9 A; 3QKJ A; 4QVD A; 3VKI A; 4J6W A; 5GAN f; 2XK0 A; 4BE1 A; 3NPF A; 2E4H A; 3X26 B; 2FRY A; 3QJY A; 2ED0 A; 4QQG A; 2K2M A; 2FG0 A; 3MEA A; 4QVZ A; 3MHX A; 2QA4 T; 4IUR A; 3C0C A; 2OJ2 A; 3SHW A; 1YIJ A; 4LD6 A; 3UA6 A; 4BAC A; 4J6X A; 3ER0 A; 1I5O B; 3CCQ T; 3I35 A; 1K0X A; 3JCM P; 1T3S A; 5D6Y A; 4FL6 A; 2NUP A; 4QVC A; 1BK2 A; 4J83 A; 1X2K A; 1ZHI A; 2JT4 A; 2LNH B; 3WVE B; 3H41 A; 2FPE A; 3CXC A; 1TTH B; 2HAX A; 2YWW A; 1PSE A; 1Q7Y C; 3QHS A; 4E7Z A; 2K7A A; 3JB9 I; 3MP8 A; 3R6O A; 4M7D G; 1YJW A; 3HSB A; 2DVE A; 1K8A C; 4ORZ A; 2DEQ A; 1Y07 A; 2X4X A; 3D7S B; 3A8O B; 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