The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
|
sequence length |
83
|
structure length |
75
|
Chain Sequence |
b'MVPPINCIFNFLQQQTPVTIWLFEQIGIRIKGKIVGFDEFMNVVIDEAVEIPVNSKGTPLGKILLKGDNITLITS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
|
| molecule tags |
Splicing
|
| total genus |
9
|
| structure length |
75
|
| sequence length |
83
|
| chains with identical sequence |
p
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| e | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4J6X A; 4M75 A; 5LJ5 j; 3JCM d; 1JBM A; 4PJO C; 4JRI A; 3M4G A; 4MMK A; 2EJF A; 3SWN A; 3GIB A; 3FIF A; 4PJO E; 3HFO A; 2HNI A; 2YLC A; 2Y90 A; 4XTV A; 4M7A D; 2DTO A; 4JLI A; 5DY9 A; 4XU1 A; 4C8Q A; 4J6Y A; 3JB9 J; 4C92 C; 4C92 E; 1X01 A; 3FB9 A; 3V7C A; 1M8V A; 4C92 G; 4M78 A; 5GAO p; 2VC8 A; 1I4K 1; 1KQ2 A; 1Y96 A; 2E1H A; 2RD1 A; 1WPY A; 2JN0 A; 5GAN 7; 4EMG A; 4M77 E; 3L2Z A; 2YHT A; 2DXU A; 4XTX A; 2VXE A; 3BY7 A; 4PJO A; 3JCM P; 4QVC A; 4M77 G; 3V8J A; 3INZ A; 4M7A B; 4MML A; 3JB9 G; 5LJ5 h; 4N0A C; 5GMK i; 3EFR A; 4JRK A; 2EJG A; 2DZC A; 4M7A F; 5GAN 5; 4X9D A; 4C92 A; 5GAO m; 1LNX A; 2DZ9 A; 4M78 G; 5GAN 4; 2EAY A; 5GMK j; 3QUI A; 5LJ5 f; 3BFM A; 5GAO r; 4HT9 A; 5GAM h; 3QSU A; 4XQ3 A; 3V7S A; 3HSB A; 1HK9 A; 4M77 A; 4PJO G; 2VXF A; 1U1S A; 5GMK l; 2I2L A; 2E64 A; 2CGH A; 2YLB A; 3HFN A; 2RM4 A; 5GAM f; 2DJZ A; 5GAM j; 5LJ5 g; 3JCM J; 1I81 A; 4V2S A; 3JCM W; 2DTH A; 3V8K A; 5LJ5 d; 4NL3 A; 4EMK B; 2DVE A; 1H64 1; 3SB2 A; 5LJ3 h; 4M7D D; 5GAN h; 4M7A E; 5GAN 6; 1N9S A; 4M7A C; 4F7U B; 4M7A G; 3JCM b; 5GAN 8; 5GAM g; 1HXD A; 4F7U F; 5CAI A; 5GAM d; 5LJ3 j; 5GAN 3; 4Y91 A; 5GAN j; 2E65 A; 4NOY A; 4XTW A; 5GMK h; 2DKG A; 1M5Q 1; 3FJP A; 4JUV A; 2DEQ A; 4M75 D; 4NL2 A; 4XU3 A; 4HT8 A; 3JB9 I; 5I21 A; 3VU3 C; 4M77 D; 3RER A; 4XTZ A; 1BIA A; 5LJ5 e; 4QVD A; 2FB7 A; 5LJ3 g; 1KQ1 A; 4RCB A; 4C8Q D; 5GAN g; 3JB9 D; 1I5L A; 4M7A A; 2K57 A; 5LJ3 d; 4M7D B; 4M7D F; 4XU2 A; 3JCM h; 4EMK C; 2EJ9 A; 3EFS A; 1B34 B; 4XTY A; 5GAN f; 3PGG A; 4M78 D; 1N9R A; 3V8L A; 1YCY A; 5GAM e; 4N0A A; 1BIB A; 3JCM V; 4F7U E; 4M75 B; 4RCC A; 4F7U G; 1WQW A; 2DXT A; 4M75 F; 3SWN B; 5GMK m; 5GAO l; 4PJO D; 1B34 A; 3RUX A; 3V7R A; 1TH7 A; 4C8Q B; 1LOJ A; 4M77 F; 1LJO A; 2RB6 A; 1WQ7 A; 1D3B B; 5LJ3 f; 2ZGW A; 2DTI A; 3JCM g; 4C92 D; 4C8Q F; 4J6W A; 3QO3 A; 4XU0 A; 4EMK A; 5GAN e; 5LJ3 e; 3AHU A; 3JCM X; 4M78 B; 4M7D C; 2E41 A; 4A54 A; 4M7D E; 4HA8 A; 3JB9 F; 1I8F A; 4M78 F; 1Y96 B; 4F7U A; 4M7D G; 2QTX A; 4PNO A; 3L1A A; 5GAO n; 5GMK e; 4PJO B; 1D3B A; 4EMH A; 5GAN d; 3BDU A; 4OP0 A; 4PJO F; 3JCM Q; 4M75 C; 2RA2 A; 3BW1 A; 4M75 E; 3RES A; 3RIR A; 2FYK A; 5GAO q; 3QHS A; 2EWN A; 3SWN C; 4DQ2 A; 1JRI A; 4M75 G; 4C92 B; 1MGQ A; 4M77 C; 4C92 F; 3JCM f; 4C8Q C; 4C8Q E; 4A53 A; 3JCM e; 4M7D A; 1WNL A; 2E10 A; 3JCM c; 4XTU A; 5GAN 2; 4C8Q G; 4WF2 A; 3JB9 H; 4M77 B; 4X9C A; 4M78 C; 1U1T A; 4M78 E; 4J5Y A; 3RKW A; 3RKY A; 3RKX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2D9T A; 3DKM A; 4CC2 A; 4X1V A; 3SWN A; 3GIB A; 2JM9 A; 2Y90 A; 4LDW A; 1IRE B; 1WZO A; 3OYL A; 2A08 A; 1M1G A; 2MOX A; 5CQX A; 1HSQ A; 4C92 G; 3QG1 A; 3CD6 A; 1WPY A; 4OMQ A; 1T3L A; 4CC3 A; 5KE2 A; 3L42 A; 3R6O A; 1GBR A; 2CT3 A; 1B7T A; 1J3T A; 3OS2 A; 1YJW Q; 2LCL A; 1SPK A; 2L3Q A; 3CQT A; 1VYT A; 3OMG A; 4C92 A; 5IT9 E; 2RI2 A; 2JXB A; 3LYI A; 1BU1 A; 1R8O B; 3QSU A; 4ELY C; 1G3W A; 3HSB A; 4QQ6 A; 1AWW A; 4KUL A; 5D6X A; 3VYH B; 3HFN A; 1KD1 C; 3JCM W; 3MHX A; 5LJ5 d; 1WX6 A; 3SB2 A; 1ZQ1 A; 1UGV A; 4E6R A; 2M1H A; 3OBW A; 3QXE B; 2FPF A; 3RNJ A; 4RTX A; 3CBP A; 4GLK A; 2DEQ A; 1TOV A; 3CPW S; 3JB9 I; 4LN2 A; 3L2R A; 4C8Q D; 1H3Z A; 5FU7 C; 3CCM Q; 2E5K A; 2RJF A; 2FPE A; 1ZLM A; 4N0A A; 1JO8 A; 2BKD N; 4TVR A; 3OYI A; 4BDZ A; 4LDV A; 1WLP B; 1MV3 A; 4OMO A; 3SFM A; 6AT1 B; 4HXJ A; 3E1S A; 1TH7 A; 1JJ2 S; 1LOJ A; 3VS7 A; 1WQ7 A; 1G3Y A; 3OYB A; 3TRE A; 3A5Z B; 3JCM X; 3I55 A; 4R56 A; 2QG9 B; 5IHI A; 4LD6 A; 3CCJ A; 4EMH A; 2KY9 A; 2XDP A; 5KYY A; 3REB B; 2QEX T; 2RHI A; 3PMI A; 3UWN A; 1K8A R; 1Y07 A; 1VQL A; 2E10 A; 3CME A; 2F2V A; 4XTU A; 4JS4 A; 4Y92 A; 2FPD A; 4B9X A; 4FYX B; 1M1K R; 2GQI A; 4A63 B; 2JS2 A; 4DBH A; 2D1X A; 3FIF A; 4M7A D; 4O5V A; 5I2S A; 1UFF A; 3V7C A; 5CR2 A; 1AHJ B; 1MUZ A; 1Y96 A; 2RD1 A; 4RTW A; 3M53 A; 3CC4 T; 2K3B A; 1OI1 A; 5GMK i; 1DJ7 B; 4KGZ B; 5AYF A; 3DB3 A; 3G1J A; 1K73 C; 1HD3 A; 3RMQ A; 2K3X A; 3NTI A; 2CH4 A; 3MP1 A; 1X2K A; 4ESR A; 4EMK B; 3MO8 A; 4LUE A; 5GAN 8; 1MHN A; 2E12 A; 4F7U F; 1RAC B; 5KCH A; 5GAN 3; 5GMK h; 1E7O A; 1PG5 B; 1FXX A; 5D6Y A; 3CCR Q; 2KXD A; 2PU9 B; 3NGP A; 5LJ3 d; 4M7D F; 3CCU T; 2L8D A; 4M78 D; 4PJM A; 3PMT A; 1VQP Q; 2L2P A; 2C0I A; 2MF2 A; 3SWN B; 1BI3 A; 1WHL A; 3EGX A; 1G8X A; 2HAX A; 4IIM A; 1TWB A; 3CC2 T; 3G4S Q; 2CYZ B; 1VQM Q; 2EQM A; 3LGF A; 3DLL A; 1QKX A; 4IUP A; 3QZ5 B; 2COZ A; 1Q82 R; 2ZPE B; 1VQ6 A; 2GTO A; 3UDC A; 2LQW A; 2RA2 A; 3ZL7 C; 3RIR A; 2KE9 A; 3QHS A; 4C92 B; 3G6E Q; 3CC7 T; 4M77 C; 2ATC B; 2QA4 Q; 3CXC A; 2DK3 A; 4DBF A; 2DIL A; 1RLP C; 3TCJ A; 2QAS A; 1AZG B; 2LQK A; 2QGF B; 1NBE B; 3VUB A; 3TSW A; 1K0X A; 4MMK A; 4KH1 B; 4PFZ A; 3CXC P; 2RQU A; 2FRY A; 3VS2 A; 2SEM A; 2DVJ A; 1V1C A; 2JMC A; 4C92 E; 2NLU A; 3REA B; 2F5K A; 2KT8 A; 4C0G A; 5GAN 7; 1A0N B; 1OZ3 A; 1VQK T; 3C12 A; 5LJ5 h; 4DBR A; 3VRZ A; 3IQL A; 2K3Y A; 2KDS A; 2WSC E; 1LNX A; 2BE7 D; 3QUI A; 2RN8 A; 3BFM A; 4HT9 A; 2FO0 A; 1RI9 A; 2RHZ A; 2V26 A; 3EFO A; 1K76 A; 3QYG B; 1KK7 A; 3SD4 A; 3OYK A; 1V29 B; 5GMK l; 5EG2 A; 4OVA A; 2L89 A; 2G3R A; 5LJ5 g; 2CH4 W; 2CZ6 B; 2EGE A; 2F2X A; 1OYX A; 2ED1 A; 1T3S A; 2J05 A; 3CCQ Q; 5LJ3 j; 4ANJ A; 4XTW A; 1RAG B; 1BCO A; 1Q95 G; 8AT1 B; 5KYY B; 3C94 A; 2VB6 A; 2M0O A; 2P4R A; 3M5A A; 4UC4 A; 1JU5 C; 2PZ1 A; 2LQ8 A; 2A28 A; 2A37 A; 3JCM V; 1S72 Q; 2LCS A; 1B34 A; 3GPL A; 2C0T A; 1M4Z A; 1UEC A; 1BYM A; 1KD1 U; 3VV0 A; 3M57 A; 2K5F A; 4N4I A; 1Y96 B; 1ZHI A; 1VIE A; 3CCR T; 4JDS A; 3NTK A; 1Q86 U; 3QWY A; 2ENM A; 1NPP A; 2OTL T; 1QWE A; 4A53 A; 1VQP T; 3JB9 H; 4C0D C; 3RKW A; 1YN8 A; 1WDX A; 2RPN A; 2VGM A; 2FHD A; 4GY5 A; 3EGD A; 3M59 A; 2FZK B; 3M4G A; 5FRO A; 2EJF A; 2CKK A; 4E47 A; 1PWT A; 2LTO A; 2XD0 A; 1YJ9 Q; 4BDY A; 1H92 A; 3WVE B; 1GRI A; 4AFQ C; 3S3O A; 3CCS A; 4WTO B; 2FZG B; 2YHT A; 1WXB A; 1QVF P; 4AT1 B; 1EX4 A; 3WVD B; 3TSZ A; 4HCB A; 4Z02 A; 2H3E B; 2DAQ A; 1VQO T; 2W0Z A; 4FL6 A; 1Z9Z A; 2YDL A; 1C1A A; 1LCK A; 2KSS A; 2DL8 A; 1GL5 A; 2L3P A; 2RHU A; 1M27 C; 1TUD A; 1RAH B; 1VQ8 Q; 5FU7 B; 2GTJ A; 3EGX B; 2HQE A; 5LJ3 h; 9ATC B; 2VAS A; 4BAC A; 1KFZ A; 4NL2 A; 1AWX A; 3G71 T; 2MI6 A; 3M9Q A; 4D6W A; 4ME7 A; 1U8R A; 1H8K A; 1KC8 R; 1I5L A; 1RI0 A; 1R0B G; 5LJ3 g; 1WHG A; 4RCB A; 3TVT A; 5HCK A; 4KGV B; 3JCM h; 2EJ9 A; 3X26 B; 2QK0 A; 1M9S A; 2LT4 A; 2QAZ A; 1XJW B; 3PGG A; 1OUL A; 3LX7 A; 5I22 A; 2B8A A; 2D8H A; 4LE9 A; 2PVG B; 3M0P A; 2W10 A; 4Y28 E; 2OTJ Q; 1K73 U; 2YWW A; 2RI5 A; 1GFC A; 3JB9 F; 3JCM g; 4XU0 A; 4XK8 E; 5A0D A; 2CZ0 B; 1KQS P; 1MV0 B; 1TSF A; 4CRI A; 1D09 B; 3CCM A; 4PNO A; 1I0C A; 3CPF A; 2R58 A; 1RL2 A; 3I35 A; 4OP0 A; 1ZSZ C; 1JRI A; 5ECA A; 1VQ7 Q; 4C92 F; 3GNG A; 2ROL A; 1E6G A; 1I5O B; 1SHG A; 2RJE A; 2LX7 A; 5GAN 2; 3EFO B; 2HL3 A; 1S72 T; 1RAF B; 4E7I A; 1JBM A; 1Q7Y R; 1MMG A; 2HNI A; 1YJN A; 5DY9 A; 4C5H A; 3E9F A; 2M51 A; 1M8V A; 5CO7 A; 3QJY A; 4RMO A; 5CVI A; 2V8I A; 3LH5 A; 1PHT A; 1VYU A; 2HKN A; 2OI3 A; 2HL5 C; 4IIO A; 2D0Q B; 3THK A; 3V8J A; 4MML A; 1G83 A; 2DL3 A; 4HVW A; 3SDZ A; 1G5V A; 3SHW A; 4FW2 A; 5LJ5 f; 5GAO r; 1AEY A; 3VS6 A; 2HZY A; 3I55 T; 2EPD A; 4E2F B; 4YTL A; 2DXC A; 4RUG A; 2CGH A; 4PJJ A; 3V8K A; 2DVE A; 2VVK A; 2DIQ A; 1X69 A; 3JSC A; 3OSS C; 5C6S A; 1HXD A; 2FG0 A; 2YT6 A; 2VV5 A; 4J9G A; 1JXO A; 5GAN j; 2V1Q A; 3PT9 A; 2DKG A; 3CMA A; 2DYB A; 3VRY A; 2ECZ A; 4KRT A; 3RER A; 1BIA A; 1D0Y A; 2KI7 A; 2K57 A; 1M8M A; 5CKF A; 1QW1 A; 4FT4 A; 2F1L A; 1MND A; 2CSI A; 2P0Q A; 3OYH A; 3EGD B; 1M2V A; 3LGL A; 1M30 A; 4MZP A; 1U3O A; 2JMA A; 3HPW A; 1VQN A; 4QQD A; 1TU0 B; 4E7K A; 2QQS A; 1ZA1 B; 2CRE A; 2DO3 A; 3CXC S; 4J9B A; 3E9G A; 2QEX Q; 2RHX A; 3NHN A; 1QP2 A; 2DE0 X; 2HBP A; 1FMV A; 3MP8 A; 5AT1 B; 1BCM A; 4LD9 K; 1H3H A; 2AIR B; 1VIF A; 3G4S A; 1W2B A; 1ZSZ A; 4PJO C; 4JLI A; 1IO6 A; 4N4G A; 1M1F A; 2VUB A; 1GCQ C; 2CP6 A; 3CC4 Q; 1W2B P; 1R0C B; 2DNU A; 5CKB A; 2O4X A; 1SEM A; 3H0F A; 2QA4 A; 3RDV A; 2EGC A; 3JB9 G; 3CBO A; 1NYG A; 3VYG A; 2XK0 A; 2YUN A; 4RKU E; 2MCN A; 2DZC A; 4FU6 A; 3I56 T; 1VQ4 T; 2MAM A; 4BE0 A; 2PUK B; 1U1S A; 2RM4 A; 2M02 A; 4BI8 B; 1I81 A; 1VQ6 T; 1M90 C; 1KHI A; 1X27 A; 7AT1 B; 4M7D D; 5GAN h; 2BUD A; 2LJ1 A; 1G3S A; 4MZT A; 5GAM d; 3MJX A; 2E65 A; 4NOY A; 2IIM A; 1ZBJ A; 5KE3 A; 1BK2 A; 4II1 A; 5I21 A; 1BI1 A; 2BE9 B; 4QVD A; 2E6Z A; 4JZ4 A; 5GAN g; 3CCU Q; 2LDM A; 4BUG A; 3VKI A; 3OYA A; 3M55 A; 1SHF A; 1OPL A; 3OW2 A; 5L23 A; 1PC0 A; 2LRQ A; 4Q5W A; 1YI2 A; 4JRQ A; 4XAX B; 1YP5 A; 2L3S A; 2CS7 A; 2DET A; 1QMC A; 1LJO A; 3OW2 P; 3CC2 Q; 4RG2 A; 2X4Y A; 4C0D B; 1K9M C; 5D7U A; 2NUP A; 3LLR A; 1YIJ A; 2QTV A; 1YWP A; 3CC7 Q; 2NUZ A; 2OJ2 A; 3CEY A; 4DA4 A; 1R77 A; 1QVF S; 3EG9 A; 4FIB A; 3OB9 A; 4OML A; 4E7S A; 2E5Q A; 4ZGJ B; 2DL5 A; 5J26 A; 4OB3 B; 2E6N A; 3RKX A; 2QQB A; 2NUT B; 4FYW B; 2PNI A; 4BE2 A; 2RK1 A; 2MWO A; 1MNE A; 3OQ5 A; 5IXB A; 2HSE B; 3MKD A; 2LX9 A; 4FCY A; 1PSE A; 5KYW A; 1Y0M A; 3ZBD A; 2EKH A; 1UGQ B; 1I4K 1; 2D0N A; 4JJD A; 2DXU A; 1VQK Q; 2EGA A; 2F5T X; 2VXE A; 4PJO A; 1WGS A; 4KUI A; 1HYO A; 1VQ9 A; 2KQW A; 3OYY A; 4F17 A; 2CP0 A; 2DZ9 A; 1GCQ A; 5IHN A; 1K9A A; 5CQY A; 1YJ9 A; 2GFU A; 3F70 A; 2M16 A; 5KCO A; 2E3I A; 5GAM j; 4JRP A; 2DTH A; 4NS5 A; 1QVP A; 2GF7 A; 1N9S A; 3A8L B; 2O88 A; 1PRM C; 2WSE E; 4OMP A; 1X43 A; 2QQ9 A; 3KXT A; 4DOV A; 1VQ5 A; 3QDR B; 2PUO B; 1XTD A; 1W6X A; 2RMO A; 1OX9 A; 4IKF A; 2RJD A; 2VKN A; 1KQS S; 4J8O A; 2F2W A; 1VQ8 A; 2RNA A; 2KBT A; 1LPL A; 3LWI A; 2AZS A; 3VS1 A; 2XKO C; 1NE8 A; 2GGR A; 1Q81 C; 4ATO A; 4A4H A; 1SRM A; 1WJR A; 4M77 F; 3FEO A; 1Y57 A; 5IH2 A; 2O4X B; 1NYF A; 3JCM Q; 2QXF A; 3LH0 A; 2V8J A; 4M75 C; 2DFU A; 2MYS A; 3QWX X; 5CK9 A; 2OTL Q; 4OB0 B; 4J83 A; 2OTJ A; 2DXB A; 4GLM A; 2G6F X; 2JJ9 A; 1UHF A; 1PM3 A; 1D0Z A; 1N8R U; 3M58 A; 3UAT A; 2ZPI B; 3JCM d; 3HFO A; 4XTV A; 3OS5 A; 4E7J A; 4R0K A; 1PRL C; 3E19 A; 4XU1 A; 1OEB A; 2AKL A; 1VQ7 A; 3NFC A; 1KQ2 A; 2C0O A; 4BI4 A; 4EMG A; 4QW2 A; 3PIP A; 2EVR A; 4J9E A; 4CC4 B; 1VQO Q; 2DLP A; 1UDL A; 2CP5 A; 5GAM h; 1VYV A; 2LC4 A; 3V7S A; 1KD1 R; 1QCF A; 2XID A; 4J9C A; 4MZM A; 5GJV B; 4JZ3 A; 3P8D A; 4AFZ C; 1O9S A; 1QP3 A; 2RQR A; 2YXY A; 2CP2 A; 1Q86 R; 2CT4 A; 3GF5 A; 5GAM g; 1QVG P; 4A4K A; 4C5G A; 4FYV B; 2QQR A; 3G71 Q; 2XG8 D; 4HT8 A; 1QCO A; 5IXF A; 3H8Z A; 2JS0 A; 2K79 A; 4OMF B; 1UJY A; 5KYU A; 3JB9 D; 4BY6 C; 1KQ1 A; 3O5Z A; 2HCK A; 3S3N A; 3EG9 B; 1YJN T; 2D6F A; 2IPO B; 2QDL A; 5KH6 A; 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