The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
94
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structure length |
94
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Chain Sequence |
RAELEELEEFEFKHGPMSLINDAMVTRTPVIISLRNNHKIIARVKAFDRHCNMVLENVKELWTEKKGKNVINRERFISKLFLRGDSVIVVLKTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the spliceosome immediately after branching.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Splicing
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| molecule keywords |
U5 snRNA (small nuclear RNA)
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| total genus |
13
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| structure length |
94
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| sequence length |
94
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| chains with identical sequence |
m
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| j | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1X01 A; 3JB9 F; 1I5L A; 4M78 B; 5LJ5 d; 5LJ3 h; 4PJO D; 4C92 D; 4M75 C; 5GAN g; 4M7D A; 5GAN 2; 2EAY A; 4Y91 A; 4JRI A; 5LJ5 j; 4EMK A; 3SWN A; 3RKW A; 3L2Z A; 5GMK e; 1LOJ A; 4X9C A; 3JCM h; 2E64 A; 4A54 A; 4M78 G; 5GMK j; 3VU3 C; 5GAN e; 1MGQ A; 5LJ3 d; 1JBM A; 1KQ1 A; 4C8Q A; 3RUX A; 4M7A D; 4XTZ A; 1M5Q 1; 5I21 A; 3INZ A; 3RIR A; 4C92 F; 2DXT A; 2FYK A; 4F7U G; 5LJ5 h; 2DXU A; 4JUV A; 4J5Y A; 5LJ3 j; 4QVC A; 4M77 B; 4NL3 A; 4M75 D; 4C92 A; 3JB9 H; 1D3B A; 5GMK h; 4PJO A; 3JCM d; 2DTH A; 3V8K A; 2EJF A; 5GMK l; 2DVE A; 4PNO A; 4NOY A; 5GAN h; 3RER A; 4RCB A; 2RA2 A; 4NL2 A; 5GAM g; 2DTI A; 4M7A F; 4N0A A; 3QUI A; 4XTV A; 4A53 A; 3V8J A; 3JB9 I; 4OP0 A; 3RES A; 4XTU A; 5GAN 8; 4M77 G; 4QVD A; 3JB9 J; 1LJO A; 4XU2 A; 4M7A A; 4M78 D; 1WQW A; 2ZGW A; 4F7U F; 5GAM d; 1WQ7 A; 1WNL A; 4M75 F; 5GAM e; 5GAN d; 4M7D E; 2EJG A; 4JRK A; 4F7U A; 4XU3 A; 1TH7 A; 4M75 A; 5GAM j; 5GAN 7; 2E1H A; 5GAO m; 4J6Y A; 3BDU A; 4M78 C; 5GAO q; 5GAN j; 1Y96 A; 3JCM J; 4XTW A; 3RKX A; 1U1T A; 5GAO l; 5GMK m; 4M78 F; 3JCM c; 2E10 A; 3BW1 A; 3JCM b; 4MML A; 2DZC A; 4JLI A; 4WF2 A; 1B34 B; 1JRI A; 4J6X A; 2E65 A; 3SB2 A; 4C8Q E; 2RD1 A; 5GAM h; 1I4K 1; 3GIB A; 4X9D A; 4M78 A; 4M77 D; 4DQ2 A; 2DEQ A; 5LJ5 f; 2YHT A; 3FIF A; 4EMG A; 3QHS A; 4XU0 A; 4C92 E; 4PJO E; 2RB6 A; 4M7D B; 2FB7 A; 5GAN 5; 3V7S A; 1WPY A; 1HK9 A; 2DZ9 A; 4XTY A; 5GMK i; 3AHU A; 2VXF A; 4M77 C; 3PGG A; 1KQ2 A; 2DJZ A; 4EMK B; 3SWN B; 2DKG A; 2E41 A; 3QSU A; 2QTX A; 4M77 F; 5LJ3 f; 5GAO p; 4M7A E; 1H64 1; 4M7D G; 2EWN A; 3FJP A; 4C8Q B; 2YLC A; 1Y96 B; 3V7C A; 3JB9 G; 4M7D C; 5LJ5 g; 5GAO r; 4F7U E; 1I81 A; 3HSB A; 3QO3 A; 4M75 E; 5CAI A; 3EFR A; 3JCM f; 2K57 A; 4PJO B; 4M7D F; 4C92 B; 1D3B B; 4EMK C; 4XTX A; 3SWN C; 3HFO A; 3BFM A; 3JCM W; 4XQ3 A; 1I8F A; 3JCM Q; 4XU1 A; 2JN0 A; 3BY7 A; 4C8Q G; 5LJ5 e; 3JCM P; 4C8Q C; 1N9R A; 1BIB A; 3EFS A; 3RKY A; 1BIA A; 5GAN 6; 5DY9 A; 2HNI A; 5LJ3 g; 4M78 E; 2CGH A; 4PJO G; 5GAM f; 5GAN 3; 4C92 G; 4M7A B; 4C8Q F; 4HA8 A; 4HT8 A; 2YLB A; 5GAO n; 4PJO C; 3JCM V; 4C92 C; 5GAN f; 4M7D D; 3JCM X; 5GAN 4; 3JB9 D; 4J6W A; 2I2L A; 4PJO F; 3JCM g; 2EJ9 A; 4F7U B; 2RM4 A; 3M4G A; 4M75 B; 1N9S A; 3V7R A; 5LJ3 e; 1U1S A; 4N0A C; 3HFN A; 3V8L A; 4HT9 A; 4M77 A; 4M7A G; 4V2S A; 1B34 A; 1YCY A; 1LNX A; 3L1A A; 2Y90 A; 2VC8 A; 4RCC A; 1HXD A; 4C8Q D; 4EMH A; 4M7A C; 1M8V A; 3JCM e; 2DTO A; 4MMK A; 3FB9 A; 2VXE A; 4M77 E; 4M75 G; #chains in the Genus database with same CATH topology 1QWE A; 1M2O A; 3CPF A; 2ZPI B; 1M90 U; 3OYL A; 2GFU A; 4QQG A; 2COZ A; 2JTM A; 5GAN 2; 1MND A; 1MV3 A; 2P0Q A; 1VQK A; 2L3P A; 2JM8 A; 3QYH B; 3LH5 A; 3CCV A; 2FYK A; 2DXU A; 5IHK A; 2AHJ B; 2XG8 D; 2X9H A; 1SEM A; 3GNF B; 5CKB A; 3LW5 E; 4LXC A; 1KD1 R; 3OSV A; 4FT4 A; 4D6W A; 4XTU A; 1FMV A; 1BK2 A; 3OSS C; 1WQ7 A; 1YWP A; 1BI3 A; 4ZN3 A; 1GRI A; 2HQX A; 1JEG A; 4JRP A; 2CSI A; 1Y7X A; 5GAN 7; 5HK0 A; 1UUE A; 4WTO B; 1U5S A; 1MV0 B; 2DNU A; 5FWC A; 1JRI A; 4ELY C; 4C5H A; 4M78 A; 1VQN Q; 1D1C A; 3MP8 A; 4PL6 A; 3M58 A; 2F1L A; 1SF9 A; 4O6J A; 3H0H A; 1BBZ A; 1VIF A; 1K8A U; 1W2B S; 4R56 A; 3L42 A; 2K3Y A; 2YUP A; 2YUQ A; 4FSS A; 3OYY A; 1W6X A; 2OTL A; 2L3S A; 3J81 E; 4F16 A; 2LQN A; 2YWW A; 4BDZ A; 3JCM V; 4X1V A; 1RAG B; 1VQL Q; 1NM7 A; 4CC7 A; 1VQM T; 3M4G A; 3CCM T; 3GBQ A; 4PJN A; 4AG2 C; 2O01 E; 2L3Q A; 1E6H A; 2JVV A; 1QVF P; 1M27 C; 1NPP A; 2DL3 A; 4C8Q D; 4M7A C; 2QEX Q; 3UPU A; 1TUG B; 1HYO A; 3OYD A; 1OQK A; 2AIR B; 1IGU A; 1QW1 A; 2COW A; 2HBP A; 4J7I A; 2LTO A; 5LJ5 j; 4A63 B; 3CC7 Q; 3OYN A; 3E2U A; 4OB3 B; 4JLG A; 1WXU A; 3CCJ T; 4C92 F; 4FSX A; 1OPK A; 4Z88 A; 5DM7 R; 3OYC A; 2K9G A; 1K76 A; 4HCC A; 4OB2 B; 3I56 Q; 1RAA B; 4RTV A; 3EFO A; 1IO6 A; 5DLQ E; 4IKF A; 1NJI R; 4MZP A; 4M75 F; 3CXC P; 1UGR B; 4HCZ A; 1VQK T; 3OYM A; 4PK4 A; 3HTR A; 4X34 A; 3R6N A; 3J80 E; 1PHT A; 3CQT A; 4MML A; 3CCV T; 1VQ7 Q; 5J26 A; 3OBY A; 2L3R A; 1YJW Q; 1VQO Q; 1AEY A; 3CMA A; 5IXF A; 3AHU A; 2CKK A; 5D6W A; 3A8L B; 3QZ9 B; 2NUP A; 5KE2 A; 1GFD A; 1DJ7 B; 1W4S A; 2HKN A; 4F14 A; 3HKS A; 3VKI A; 2DIL A; 2ED1 A; 3SWN C; 1M1K R; 5EG2 A; 2JXB A; 1KD1 C; 1XQH A; 1QCO A; 5AYF A; 1PD0 A; 1KC8 U; 2DIQ A; 4M78 E; 3G6E Q; 4C92 G; 4LUE A; 4IUT A; 1R8O B; 1Q81 R; 2DVJ A; 3UA7 A; 3OQ5 A; 2PVO B; 3JCM g; 4ELZ C; 1OZ3 A; 4C5G A; 2XD0 A; 1VQ9 A; 1KFZ A; 1LNX A; 2Y90 A; 1VIE A; 4EMH A; 1Q7Y U; 1WI7 A; 1PSE A; 5IHI A; 2E5K A; 1KG1 A; 4M75 G; 2FRY A; 2ENM A; 5LJ5 d; 2L89 A; 2BZX A; 1UFF A; 3CCL A; 2QI2 A; 2OTL T; 1TUD A; 3A5Z B; 5GMK j; 2CZ6 B; 4LNP A; 1JXO A; 2X35 A; 3LWH A; 1K9M R; 1IHW A; 1EFN A; 1GL5 A; 4PJO A; 3OS1 A; 3UA6 A; 2VGM A; 1H92 A; 3EGD B; 1JXM A; 2EYZ A; 1YIJ Q; 2F69 A; 2RH2 A; 2RNA A; 2GTJ A; 1UHF A; 3MHX A; 4JRK A; 1NLO C; 3CCR Q; 3UWN A; 3L2Q A; 2EFI A; 4R55 A; 3OS0 A; 1WHG A; 3M55 A; 2CT4 A; 2D8H A; 2L5Q A; 1U1T A; 1RAF B; 1G3S A; 3H8Z A; 2ZCF B; 1I4K 1; 3CBO A; 3QII A; 1EX4 A; 2LCC A; 2BTT A; 4O5V A; 4OMN A; 4M77 C; 4J8O A; 2ZZD A; 3Q1J A; 2E41 A; 3NFC A; 1Y96 B; 3V7C A; 5HK3 A; 1D3B B; 2QYZ A; 2B8A A; 3PFS A; 3JAM E; 2JN0 A; 5LJ3 g; 5KYX A; 1NJI C; 1VQ6 A; 3CMA T; 2M0O A; 2EJ9 A; 2JTE A; 3M53 A; 2V1Q A; 3OA6 A; 3OYJ A; 4A4E A; 5J3B A; 8ATC B; 2OJ2 A; 4ZGJ B; 4RG8 A; 3TU4 K; 3I55 A; 4C92 D; 4M7D A; 3GF5 A; 1FXX A; 4ME7 A; 5FU7 C; 2R57 A; 3M57 A; 4D8K A; 2H3J A; 1XTD A; 4A4F A; 3QYG B; 1YN8 A; 4M77 B; 4M75 D; 2O88 A; 2LJ3 A; 2FPD A; 2E70 A; 4IUP A; 2FZK B; 4NS5 A; 1VQ9 T; 1M1K C; 3QUI A; 5GAN 8; 3CD6 T; 1LJO A; 4JZ4 A; 3DLM A; 1ZQ1 A; 1G3W A; 2KK4 A; 3M0Q A; 3REB B; 3CCL T; 1PNJ A; 4E7J A; 1X2Q A; 1QVG A; 2E12 A; 2K2V A; 2CP7 A; 4RTW A; 2G3R A; 1GFC A; 3BW1 A; 3F70 A; 1YJN Q; 2LT1 A; 4X9D A; 1QVP A; 1D1A A; 2DE0 X; 3A1P A; 1C0M A; 3UT1 A; 4PJO E; 1YHQ A; 4XU0 A; 2EQJ A; 1N8R C; 2GBQ A; 5GAN 5; 1WPY A; 3MCA B; 6AT1 B; 2H3E B; 1QWF A; 3GP8 A; 3SHW A; 1WXT A; 5LL6 S; 1K9M C; 2LX7 A; 4GBQ A; 4LN2 A; 4PLI A; 1SSF A; 4AT1 B; 5FWB A; 3HFO A; 1ZSZ B; 1T0J A; 2C0I A; 1TXQ A; 2PUO B; 1B7T A; 1WHK A; 1IRX A; 1NG2 A; 2COY A; 1N9R A; 4GLM A; 5GAM f; 3R6O A; 2A7Y A; 5GAO n; 2QGG A; 1IZ6 A; 3OYB A; 2EGE A; 5I2S A; 1UGV A; 3HRS A; 3HRU A; 5CO7 A; 4F7U B; 2HD0 A; 3CC4 Q; 3M59 A; 3NHN A; 1M1G A; 4PFZ A; 1VQP Q; 2BE7 D; 4V2S A; 3PT9 A; 1YCY A; 1VQ4 T; 3G71 A; 3RMQ A; 2RI3 A; 2CS7 A; 1YIT A; 4MZT A; 2RO0 A; 3JB9 F; 4E47 A; 2R5A A; 5GAN g; 4FYX B; 1K73 C; 4EMK A; 2D9T A; 1MGQ A; 2X51 A; 4C8Q A; 5I21 A; 4FYW B; 1VQ6 T; 1X6G A; 4E7L A; 2PTK A; 2K2M A; 3PNW C; 3A98 A; 2EGA A; 1J3T A; 3M5A A; 1VQ8 Q; 4LDW A; 3I55 T; 4KH1 B; 2YDL A; 4AFS C; 2AKK A; 1OX9 A; 4M7D E; 2EJG A; 2QDY B; 3OY9 A; 2MYS A; 3P8B B; 1B07 A; 5M9O A; 4PJJ A; 2DYI A; 5GAO l; 1B34 B; 4FL6 A; 4PJL A; 1W2B A; 1M2V B; 2MIO A; 1Q82 R; 4C5E A; 2BE9 B; 2ESW A; 3CCU A; 3PGG A; 3OYF A; 2JS2 A; 2LQK A; 3M0R A; 2YRD A; 1E6G A; 3QBY A; 3VYG A; 2QQB A; 3JB9 G; 2DL5 A; 1TOV A; 4C0F A; 4AG1 C; 4LD9 K; 1MNE A; 4OB0 B; 1IB8 A; 1I8F A; 1AD5 A; 1T3S A; 3QG1 A; 2YSQ A; 4J83 A; 3CEY A; 4C0D C; 2AZV A; 3REA B; 5A0L A; 2ABL A; 1BI2 A; 1YHQ T; 4DBF A; 4PJO C; 4J6W A; 1U8R A; 1X43 A; 1U1S A; 2RPN A; 1ABO A; 1MMD A; 3HFN A; 4HT9 A; 5A0D A; 2F2X A; 3L1A A; 2M16 A; 1YI2 A; 1TU0 B; 2KVQ G; 4OB1 B; 1V76 A; 1RAH B; 4LDX A; 3EGU A; 1OI1 A; 2RJD A; 2GF7 A; 1WIE A; 2LJ1 A; 2J05 A; 2XI9 A; 3VS4 A; 1X6B A; 2KAF A; 1UEB A; 1QCF A; 3RR6 A; 7AT1 B; 2LMJ A; 3I9Q A; 4KRT A; 1WHM A; 1VQM Q; 4J5Y A; 4E7I A; 1YBY A; 5FW9 A; 4RTZ A; 1Q86 R; 3CCM Q; 2WSC E; 3C0C A; 1H3Z A; 5KYY A; 4NOY A; 4WCI A; 3RER A; 2RA2 A; 4NL2 A; 1NEB A; 3G71 T; 3SFM A; 2V1R A; 1YIT T; 2WSE E; 2EQU A; 4B9W A; 4JJN K; 2QTV A; 2YT6 A; 1QP2 A; 2RK2 A; 3QPH A; 4BY6 C; 1GCQ A; 3PVQ A; 4J6Y A; 2X3W D; 2OI3 A; 5DLO A; 3L2U A; 3CCJ Q; 4FIB A; 1YCS B; 2EVR A; 4J6X A; 3D7S B; 4C8Q E; 2CT3 A; 1IHV A; 2QA4 A; 2ROT A; 5IN1 A; 2JW4 A; 5CK9 A; 3V7S A; 1HK9 A; 5GMK i; 5CKF A; 4MDX A; 2GQV A; 1AZG B; 1LPL A; 2FPF A; 1SHG A; 3VRZ A; 2Y4Y A; 4M77 F; 4J9F A; 3M0U A; 3JV3 A; 2D6F A; 1RLQ C; 1G2B A; 4FCY A; 1SKU B; 2YLC A; 1VQK Q; 4M7D C; 3EG9 B; 2RJC A; 2RQW A; 1EZZ B; 1KD1 U; 4EIK A; 1SG5 A; 2KR3 A; 4XTX A; 2GGR A; 3BFM A; 3HHT B; 1QVG P; 1G5V A; 3JCM W; 1O9S A; 3CCV Q; 1HD3 A; 5FU6 B; 5LJ5 e; 2LQW A; 4HVW A; 2QAZ A; 1UTI A; 2VAS A; 2DFU A; 2FEI A; 4HT8 A; 1QLY A; 1ZUY A; 3JB9 D; 1SHF A; 3CCU T; 1NLP C; 4EPC A; 1FX7 A; 2FZG B; 2PVD B; 4A4K A; 1GCP A; 5L8R E; 1HXD A; 1XJW B; 1LVK A; 3CME A; 3EGX B; 3FB9 A; 3PIO A; 3M0P A; 2CP0 A; 1JQQ A; 2EIF A; 5CR2 A; 3LGL A; 2GNC A; 1V1C A; 1Q82 C; 2E64 A; 4RTT A; 2XU8 A; 1TUC A; 1KQ1 A; 2EKH A; 3TSZ A; 2JS0 A; 2HQH A; 2DLP A; 2HEQ A; 4QT7 A; 2OX7 A; 5LJ3 j; 4C92 A; 3A8O B; 3JCM d; 1UGP B; 5GJV B; 4AMC A; 4PNO A; 2FRW A; 3RBB B; 3CCQ A; 2QQ9 A; 4XTV A; 1YI2 T; 2XDP A; 3MEV A; 4M77 G; 1TTH B; 3H9N A; 4E7K A; 4F7U F; 1UE9 A; 1YWO A; 2CZ1 B; 5FRO A; 2OTL Q; 4M75 A; 3UF4 A; 3QDF A; 1E7O A; 4BB7 A; 2EYQ A; 4AFZ C; 3ZBD A; 2P4R A; 3RKX A; 4FT2 A; 4IUR A; 3JSC A; 3M56 A; 4WF2 A; 1OOT A; 1UGS B; 2DEQ A; 4EMG A; 2JM9 A; 3EAE A; 4KH0 B; 5IH2 A; 2OTJ A; 4OMQ A; 5L23 A; 2ZPG B; 2DJZ A; 2DKG A; 1H3H A; 5KYW B; 1RAB B; 4JS4 A; 2K6D A; 1JU5 C; 1Q86 C; 4CRI A; 3VS2 A; 1YNZ A; 1ZA2 B; 4EMK C; 5C6S A; 4CC3 A; 1NJI U; 1WJS A; 2NUZ A; 5FRN A; 1G8X A; 1OU9 A; 2RQU A; 4C8Q C; 2QA4 T; 3RKY A; 2CGH A; 1W2B P; 4M7A B; 2NUT A; 4PKC C; 4BI4 A; 3O5Z A; 4HCB A; 2DM1 A; 2EW3 A; 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