5LKYA

X-ray crystal structure of n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, with the phenylalanine at position 190 replaced with the non-canonical amino acid dihydroxypropylcysteine.
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
291
structure length
289
Chain Sequence
KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus (strain nctc 8325)
publication title Extending enzyme molecular recognition with an expanded amino acid alphabet.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 119
structure length 289
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lkyA00
3GZ3A 4JXCA 4YMZA 3W1PA 2VFHA 3FS2A 5CPLA 4O53A 3EX6A 4K7VA 1YXDA 1UUOA 1QO2A 4EF8A 1KA9F 3ABOA 4XTDA 3HGOA 1PHWA 1TPEA 3M5YA 3W1XA 2A2IA 1VCVA 3WK1A 5L9FA 2ZRXA 3P80A 1QPRA 5HR7A 3GK0A 1X1OA 2WOQA 1OFEA 4FHAA 3CU2A 1RVGA 4E2BA 1R47A 2CZDA 1WAUA 2NX9A 5AHNA 2DZWA 3ZWSA 3KVKA 3EX3A 2Y61A 4MY9A 5G5IA 3LBCA 1JRBA 1QNVA 4QQ3A 4ORMA 3HG4A 5BMWA 4MZ8A 1WBHA 1UB3A 1VGAA 1AW1A 3UXDA 5D37A 2YDAA 1SZEA 1PCWA 1EUNA 1DQWA 3W9ZA 4O18A 1HO4A 3DFTA 3K30A 2CLOA 3QJAA 3B8DA 4EOUA 1F74A 3JRKA 1C29A 4JTLA 4JS3A 3ZWTA 4AXKA 2NXIA 3N14A 1KBJA 4N9DA 3LTSA 2JKPA 1H7OA 2GQAA 4FO4A 3C3NA 3BG5A 3W7PA 5EPDA 1ONRA 1J5TA 1ICSA 1P1XA 1M6JA 4NNCA 3T7VA 3VKJA 1OF8A 3LHZA 3GAKA 2EPHA 1I4NA 1RR2A 1XBYA 3RK8A 5CG7A 4KFNA 4Y6GA 4MZ1A 3MHGA 5D38A 1H51A 3PULA 1G4PA 1GWJA 1LTDA 3PR2A 3GDRA 2CU0A 1GG1A 2TPSA 2YW4A 3A23A 3TCEA 4RCXA 3RU6A 1J4EA 1H7XA 2NXGA 5LNRA 1ZHAA 1L6WA 5AHMA 4L4MA 4ZQNA 3LRKA 3MJYA 1G4EA 3NO5A 4J9JA 3M0ZA 3TJLA 1ZFJA 4IPJA 4I7WA 2GUUA 4BFAA 3F1QA 2BTMA 2DZUA 5LGXA 3TQVA 1W5NA 4XWUA 1XXXA 4JICA 3PB2A 3W76A 3DBPA 3UYCA 3NNTA 2QKFA 3LHUA 5AFDA 1Q6LA 4ZZ9A 1F6PA 2NV2A 3SECA 4A2RA 1G69A 2C15A 2YXGA 3WK0A 3O07A 2NZLA 4N02A 3MP5A 3UWUA 1RD5A 4JTUA 3SI9A 1I2QA 4DEFA 2E5CA 2WKJA 5L6UA 1PCKA 5D30A 2ZZ7A 5G4EA 3R89A 1K02A 1OFBA 2FJKA 2QCLA 1RQBA 1FXPA 3NGJA 4NZFA 5E0KA 1HTIA 2WJZA 2X1SA 3G3DA 3KXQA 4M7TA 5EKYA 1EX5A 3NPUA 1WYIA 3KVMA 1OYCA 1JCJA 4UTKA 2VEIA 3UPWA 3QSRA 1M7PA 5DCEA 3W7IA 3W85A 3TC7A 3EX4A 2FTPA 3DFNA 4UUIA 2CLEA 4TMCA 3CWNA 2V2CA 3W70A 2QAPA 4LUIA 1GTHA 3M44A 3W2UA 3I65A 4LVGA 4CNNA 5C6MA 4TX9A 2Y89A 2PCQA 1I2NA 3WJSA 3LBMA 4LY8A 3T78A 5C2XA 4RK8A 5G2WA 3L65A 3GX9A 3CM4A 4NXSA 4WUIA 3UWVA 1S5TA 4O10A 5TBOA 3R8RA 1TPDA 3W1LA 5BW6A 2ISVA 1MO0A 4DF2A 3EX1A 1FXQA 1GVFA 4FNTA 4FNPA 2QCEA 2QJIA 3BV4A 2I14A 3TXZA 5AYYA 1SZGA 4IOTA 4K6AA 2ZTJA 4C1KA 3A5VA 2C13A 1MXSA 1SZFA 2VC6A 4JN6A 3SW6A 4JX4A 4LU0A 1FQ0A 5AHIA 2PE4A 4ZQOA 2DJLA 1J2WA 2XN0A 4I7UA 1WV2A 2ATMA 3WJWA 5FEPA 4FX7A 3IIZA 3WFAA 2Q3OA 5FF4A 4EIVA 3EKZA 1KTCA 3LXCA 2AGKA 2JGQA 2QJHA 3ANYA 2VFDA 4MZYA 2ALDA 3FJLA 4UNLA 3G8RA 2C14A 1KV5A 3QSTA 4O1DA 3W7KA 4K8HA 1W0MA 3CIXA 4XBSA 1LLWA 4UFHA 4UTWC 3VE7A 1EWDA 2V0TA 4BK9A 2Y7EA 1XUZA 2E68A 4HNTA 5FF7A 4CNPA 4UR8A 1LYXA 1KFEA 4Q33A 2H8XA 5AC6A 4AWUA 3I7QA 3E0IA 3P82A 4ZVJA 3MO7A 3U2OA 2AAMA 2A1YA 4O0ZA 1PVNA 4H3DA 2E6DA 1F05A 1KBIA 2ZA2A 4JGDA 3V1PA 4WY0B 4JTFA 4XBKA 3ABQA 3P67A 2WV8A 2EAWA 1WQ5A 2EKCA 4HSOA 3EWUA 4NUWA 1AL7A 3G1SA 2A7PA 2NWSA 4NZJA 1YDVA 4LNYA 3NQ7A 3SGUA 1EP2A 2E5DA 5C5YA 2OT0A 2FB3A 3NAVA 3W72A 2GQ9A 1QOQA 4RXFA 2Z1BA 3S5ZA 4A21A 6TIMA 1WOAA 1FX6A 3L9CA 1VLWA 3OVQA 3C2RA 3NPWA 4QAIA 3G3MA 2X1UA 2Y85A 1LROA 4JIQA 3ZS4A 4CCCA 3LCGA 2QR6A 3W7RA 3QYQA 1TRIA 3LRLA 2J9YA 4HPJA 2ZA1A 3O63A 2A85A 4CLMA 5F4SA 4YCPA 1SU5A 3HOJA 2DZPA 5AN7A 1BKSA 1R30A 3P84A 4RZ5A 2CZFA 3QRHA 5E1QA 2R91A 4O1AA 2O7SA 2J6XA 1W5MA 3U8GA 1VYRA 3LERA 4GXMA 4UTUA 2RFGA 3G1XA 3G1HA 1DHPA 1Q3NA 1KTNA 4PTNA 3W07A 2LLEA 4EWND 5FF3A 4UMCA 5K9XA 4JTSA 4WJEA 1Y0EA 5EA9A 1ZAIA 3H54A 1BWKA 3M5VA 3PUDA 4O54A 2Z2UA 4O19A 1BTMA 4N2YA 1TPUA 3C61A 2TMDA 3W22A 4K39A 1G67A 3LXBA 1O5XA 2QDGA 2ZBTA 1SW3A 3S5YA 2QCCA 1GT8A 3IIPA 2E6AA 5D2XA 4WXYA 3LCWA 1GQNA 2P1FA 3MMTA 4PEKA 4BI5A 1XM3A 5AHEA 4ORIA 1XDMA 1RQHA 4QITA 4FXRA 5D2WA 5CSRA 3C2EA 2F84A 4GFSA 5HR6A 3I6RA 4LT9A 1R2SA 4MLRA 3RLVA 4LS0A 5G1YA 5G4WA 4ML9A 2ISSA 3IGUA 2OJPA 3TDFA 1FBAA 3MI6A 4LC6A 1CI1A 3PAJA 3PBWA 4LRSA 1F7BA 3NL3A 3B04A 4R34A 4OWGA 1MEWA 3KHJA 3MP4A 1QDSA 3M7WA 4Y8FA 4H4IA 1Z48A 2OX1A 4IQLA 3GB6A 1DVJA 3U6WA 4K8EA 1KM5A 5D2TA 2DORA 5I3GA 1L9WA 1DV7A 1LRTA 5EBUA 5LNSA 4RJEA 3PF3A 1GYNA 2J9ZA 5CPNA 1F6KA 4NX5A 4O16A 3W7JA 1YADA 1EPXA 3NR0A 4NQ1A 4IUOA 3CWOX 4OU1A 3DZ1A 1IF2A 2ZFAA 2CFFA 3MYOA 2VELA 2GVGA 4DELA 1W3IA 3DKJA 4UFMA 2BWGA 5F2LA 4MYXA 3F4NA 1R46A 5DXXA 3TW7A 4QNWA 2NWRA 4BWLC 3M5ZA 1XL9A 4I9AA 1Q6RA 1GTEA 5HQEA 2CLHA 1OF6A 1KFJA 2RDTA 3W6YA 3HQ1A 2WNNA 1W5OA 2CZEA 4MKNA 3EXTA 3WK2A 1KFLA 2QUTA 3W73A 2Y88A 3O06A 1UCWA 3G0SA 3KAOA 4AHPA 4UFJA 4DBEA 3EXRA 4NXKA 3RNDA 1OFPA 2ISWA 3QC3A 1JVNA 4JD4A 4GUGA 4BI7A 1WBJA 3B06A 2WSQA 3C0JA 3LM7A 3L66A 1NF0A 3ELFA 4FX6M 3LCXA 4MJZA 1D9EA 2PRMA 4LV4A 4BR1A 2CLLA 3M5XA 2DZTA 2HMCA 3MYPA 4JX5A 3M43A 2NV1A 1IIHA 4ADSA 4MOZA 2FPTA 4X3ZA 1KM3A 1HFBA 5LNWA 3P61A 1XI3A 3QFEA 1ME9A 2ZZ3A 1TYGA 4O57A 3E12A 4UTTC 4POCA 1YXYA 3LLDA 4O4WA 1U83A 3NDOA 4ZL1A 1B57A 1LCOA 1WXJA 5HUPA 3TW6A 1ZJIA 4R53A 4RR4A 2V2HA 2GJLA 3BO9A 2G96A 1QWGA 2FFCA 4AEOA 4OE7A 4QIUA 4Z0SA 4IGHA 1Z44A 4IMCA 4MJMA 2ABAA 3WJXA 1SZNA 2FB2A 2JGYA 4CNOA 3NQCA 4AAJA 1H63A 4LUJA 1TCDA 1K8YA 3LGEA 1SW7A 1V7YA 1L6YA 3ABSA 2V30A 3TSBA 1L6SA 3BGJA 4JNMA 1JCXA 1TPVA 5LZLA 2C19A 3DI0A 3FJ6A 4DQWA 3TNOA 3DKLA 1K03A 5FEZA 2VEKA 1R2TA 2YZRA 3B05A 5BOOA 1K8ZA 2GOUA 1SFLA 4FIRA 4QJ1A 1OJXA 1MEHA 2RKXA 3NQFA 3ABRA 4UTIA 5FF0A 3G0UA 4M7SA 2V5BA 4RV8A 3G8EA 4UTWA 3PSVA 3BGGA 4DO6A 3EKLA 3BVJA 3GNNA 5LHFA 3EWWA 1C8VA 4N9BA 1ZNNA 3HGRA 4Y96A 4U4MA 5AHFA 5DLCA 3NQ8A 5IM51 3W2MA 2E77A 3QMSA 2XFWA 5AB3A 3L5MA 5AYZA 3PB0A 3STEA 3SGZA 5DBTA 2ZQ0A 4RZ4A 3FYPA 2C1HA 2BX7A 4LC8A 1ZENA 2NLIA 1KLZA 4IJBA 4N6FA 4FX8A 1X7FA 1OHLA 1DJNA 3IV3A 3DFOA 2WNZA 3M1ZA 1LOSA 1VHCA 3QM3A 5LNUA 3INPA 4M19A 1ME8A 1GPWA 1GVQA 1IXQA 4AWSA 1H7NA 5J5DA 3W7EA 3T55A 5TQLA 3DAQA 5FEXA 3EEGA 1DQXA 1O94A 5A8GA 2J27A 3RFAA 3L0NA 1FUYA 1HL2A 1QOPA 2TYSA 4C1LA 4K7YA 3TMLA 4P2VA 3PBYA 1W5QA 1VC4A 4O8RA 1H7RA 1VHNA 3N9SA 4YL2A 4NVTA 1MSSA 5FI8A 1JCLA 4WXZA 1GVOA 1KM0A 3KVLA 3M41A 4MUZA 3RMJA 3G1FA 3NQGA 4ZQCA 5D05A 4HHPA 1TPWA 2XN2A 4O17A 1TQXA 4QM1A 2V82A 4OV9A 3FKRA 1WX0A 3NM1A 2W0UA 4KWVA 4WY0A 5EY5A 1B4EA 3TSDA 3OEXA 6ALDA 3G22A 3CTLA 1F73A 3QF0A 2H3DA 1I2RA 4OQVA 2JBMA 1UBSA 1GJPA 1RZMA 3CIWA 1W31A 1K3UA 3TAKA 2B7QA 1EEPA 2JK2A 3GKFA 1NSJA 2Y63A 3NQDA 4PH6A 2NUXA 4E38A 4GE8A 3CT7A 3W7MA 1H7PA 3W7LA 3DHFA 4UXDA 1JQXA 3W7HA 2KZHA 2ZZ6A 1TV8A 4I7VA 4PL1A 4AF0B 2Y7DA 5IBXC 1GOXA 1KW1A 1TTPA 5FEWA 1RPXA 3IVUA 1XUUA 2W6RA 4XQ6A 3MUXA 2NUYA 1O95A 1H1YA 1HUVA 2YX0A 3W75A 1N7KA 4JTEA 5F4WA 3TIMA 2V9DA 3E49A 4HN4A 1K7EA 4DF0A 1FDYA 3N3MA 5HINA 1ME7A 1B9BA 3DHDA 5U7SA 3P5ZA 3TH6A 1S3HA 3DENA 3P5YA 4KFOA 4O12A 1Z41A 2CWNA 2CZ5A 2VOMA 1H61A 4N4PA 2W79A 2YYTA 1ZALA 1ICQA 3L2IA 3BLFA 1AW2A 3GDLA 1I2OA 5G2IA 2QAFA 3LV6A 5K7JA 3IIVA 5F1VA 5D03A 1VJIA 3LXAA 1Q6QA 4UFIA 5DCDA 3JR2A 4Y90A 2BXVA 4L4LA 1IXNA 4DO4A 3P8IA 2ZZ1A 3CB8A 3UQNA 4BWLA 4NJJA 3GVGA 3CLMA 3PUOA 1DOSA 3N73A 2JKAA 4D2JA 5BMXA 2Z6JA 1UASA 3MW7A 3W7OA 4UFKA 1G7UA 1XC4A 5F2GA 2QUUA 4O4VA 5G1TA 2WQPA 4W9TA 3PWAA 1MEIA 5CZSA 3W87A 3NL5A 3UWZA 3MP3A 5BNKA 2NX3A 4NX0A 1P4CA 3L21A 1MZHA 4OBTA 2HTMA 5I3JA 1B3OA 2VFGA 1JUKA 2DJXA 3NG3A 4X9SA 4DXVA 4CQAA 4R7JA 4Q4KA 2QEZA 1RV8A 3FFSA 1GEQA 2V81A 3BLEA 5TIMA 4X2RA 2GQ8A 3MHFA 1K7XA 3Q2DA 3B0UX 4UTTA 2CLKA 1KM2A 5HULA 1KTBA 3HF3A 4QSHA 1TTIA 3BW4A 3QH2A 4G1KA 3L68A 3IIXA 1TTJA 3P81A 3HIJA 2IQTA 3AJXA 2ZZ4A 3QW3A 2VEMA 1W5PA 3GDTA 3NQ2A 3QMTA 3LOTA 2OCZA 3A9IA 4AVFA 3LHWA 1JUBA 5HWJA 3DH7A 4TR9A 3Q58A 3USBA 3CEPA 2DZVA 2CLFA 4JYEA 1E51A 3BK0A 4K38A 1SSDA 1VS1A 4GJ1A 1H7WA 1WOBA 2E09A 3D0CA 4DO5A 3GIYA 4XUGA 2C18A 4R33A 1DKWA 5CPMA 5GVJA 5HJLA 2J9XA 3OA3A 3LI0A 2X1RA 7TIMA 1T0OA 4FNQA 3TQKA 4TIMA 3STGA 4HT3A 1YPFA 1A5CA 4O28A 2FIQA 5J5RA 3L0GA 1A5BA 2YYUA 3PBUA 4E0CA 2B7OA 4GUFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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