5LKYA

X-ray crystal structure of n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, with the phenylalanine at position 190 replaced with the non-canonical amino acid dihydroxypropylcysteine.
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
291
structure length
289
Chain Sequence
KDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
publication title Extending enzyme molecular recognition with an expanded amino acid alphabet.
pubmed doi rcsb
source organism Staphylococcus aureus (strain nctc 8325)
total genus 119
structure length 289
sequence length 291
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lkyA00
3QFEA 5A5WA 2ZTJA 2Y62A 1KM6A 3IIOA 2CZFA 1XL9A 1JQVA 2V5LA 5AHIA 4DELA 1N7KA 4J9JA 1VCFA 5G2HA 3W6YA 4MFEA 4LUJA 1TB3A 1OK4A 5HINA 2B7NA 4K37A 3T55A 4YCPA 3M9YA 3W85A 3S42A 2CLFA 2F7FA 3L0NA 1WOBA 3OVPA 3A23A 1EX5A 4RK8A 5CPNA 2QCCA 2E5CA 3DFSA 3GYEA 1S5VA 4L4MA 1XM3A 4PL2A 3GX9A 4NVTA 4M7TA 3F4WA 3B03A 3EB2A 1K3UA 1PVNA 5AC8A 1GZGA 1FCQA 3C2OA 3NEVA 2CZ5A 3BK0A 2V5BA 2QJHA 1F5ZA 4MZ1A 5FF4A 2NWRA 3CLMA 2WNNA 1NSJA 2D73A 2EF9A 3B0UX 5I3GA 4N9CA 3MP3A 4CNNA 4FB7A 1DKWA 3C2VA 5D09A 3KXQA 4O17A 3L66A 1GG0A 3KRZA 3LOTA 3O6DA 3STEA 3RK8A 3HB9A 4NQ1A 3W71A 1DORA 5AB3A 3M44A 5G1YA 3A22A 2AAMA 1K03A 3VCRA 4JX4A 2Z1BA 2FJKA 3GXPA 4EVZA 4O53A 5G1TA 4MZ8A 3WJYA 4WD0A 1UUMA 2A7RA 4DO6A 4MFDA 3S5NA 1GYNA 3M5XA 4UFIA 5BOOA 4ZMGA 1ICPA 3M47A 3W7LA 3QZEA 6TIMA 4UMBA 4LRSA 3UPBA 4LVBA 1FBAA 5HWJA 3TW6A 3VKJA 1SFLA 2E5BA 3ZR4A 2Z6IA 3BW4A 2ZFAA 1K8XA 1VR6A 3LM7A 3QSRA 1HUVA 4UMAA 3PR2A 3BVJA 3CU2A 2BTMA 3THAA 5I3FA 2E6FA 1N55A 3O06A 5KINA 1H62A 1OFAA 3A21A 3BLIA 4LRTA 3G1AA 1NEYA 2DZTA 1AL7A 1JCMP 4JTGA 1EP1A 3B05A 1EP2A 1G7UA 4XZ9A 4GC4A 4UUIA 2YFOA 2GPTA 1LOLA 3EXSA 1OABA 2VFHA 4Y8FA 1K8YA 1VYPX 3BV4A 2DP3A 3FOKA 3UWQA 3LCGA 3VFLA 1UB3A 3UPWA 3CC1A 3NYZA 4K6AA 1FXPA 3H54A 4X22A 2QUVA 2J9YA 2Y7EA 1GTEA 1SW7A 5LKYA 5DY3A 1KM4A 3NM1A 5G2WA 3NL3A 3L0KA 1WAUA 1QPRA 1VCGA 2WNQA 4O16A 3NG3A 4CNPA 3O15A 2E5DA 5I3IA 3P8JA 4CQAA 2VELA 3HO8A 4NJGA 4QNEA 4LVFA 3HG3A 4A22A 3P8IA 5LNVA 4Z1AA 4YLWA 2VFIA 3U6WA 1A5BA 2XFWA 2E1DA 1SR9A 4Y90A 4XKYA 5DCEA 2C6QA 3F1QA 4UNLA 2VC6A 3BLFA 3KRUA 3N3MA 4LT9A 2YGYA 4HT3A 4NZFA 3W1XA 3ZS4A 4AF0A 4UTMA 5FEXA 2EHHA 3WJXA 2DZSA 2QAPA 4ZQCA 3EX3A 1R30A 1J5TA 3LHWA 3MW7A 3UY7A 1KM3A 1CX9A 4UTTC 5A8GA 5HUOA 4OV4A 4P2VA 1DQWA 4X9SA 2Y63A 4R33A 4IPIA 4NNBA 2DU2A 4HKPA 5F1VA 5LGZA 2YYTA 1IIHA 1LBLA 3IRDA 3PB2A 1VYRA 4AHQA 1OFBA 4TMBA 1VPXA 1XDLA 1GOXA 5DCBA 1AG1O 1TIMA 2CLIA 4NUWA 3TJLA 3N2MA 3C2FA 3R13A 4LS0A 5FF2A 4GFSA 4WOZA 3T78A 3QMRA 5F4XA 3TROA 2BLEA 3CEUA 5D05A 3VE7A 4PTNA 1WQ5A 2GJLA 4UR8A 2DJLA 4A3UA 3MHUA 4BI5A 1QR7A 3IGSA 2G95A 3W3OA 4YL2A 4UFKA 2Y6ZA 1QWGA 3PS7A 1MEHA 3KVLA 4Z1CA 5D30A 3NL2A 3HGOA 3SJ3A 4RZ4A 4R7JA 1H1YA 3USBA 3SW6A 1H60A 3TC7A 3IIVA 1W56A 4MLRA 1ME9A 1E51A 3TFCA 2I14A 2JGYA 1YXYA 1K02A 1TRIA 3G0XA 3GR8A 1AW2A 4E38A 2TRSA 1FWWA 2AQWA 2YDAA 3LRLA 3F4NA 3C0JA 1B4EA 2Y89A 1TPB1 4AVFA 1SO6A 1TPFA 5HWMA 4RX0A 3LXAA 1KTNA 1R2RA 1TTQA 3CIWA 5G2IA 3QPZA 4YMZA 2RDUA 3NZ1A 4XWUA 2NZLA 3MHFA 2ZA1A 4BK9A 4HHPA 3ATYA 3TV8A 3TX9A 2NWSA 1IGSA 3QQ0A 4NZJA 5DCDA 3BPWA 3E96A 5BMXA 5D2XA 2E6DA 3NQ6A 2V0TA 3DI0A 4IXXA 1GTHA 1VC4A 3S1XA 5HWNA 3CIXA 1LRTA 5K2ZA 1DL3A 3DBPA 3W7MA 1C9DA 2CLMA 1UUOA 4LWWA 2XN0A 2J88A 3STCA 2A5HA 3W1AA 1TQXA 2GOUA 3LHVA 1GVFA 1FCVA 4CNOA 4Z08A 4OWGA 3SI9A 1MZHA 1O4UA 2ATMA 3P5ZA 1KM1A 4LUIA 2CFFA 2X1TA 5FESA 3BG5A 5K4ZA 4M6PA 3W87A 3W7QA 3S5ZA 3UZJA 3U8GA 3LCFA 4GNJA 1SZNA 1ZJIA 4DEFA 2ZQ0A 3E12A 1SSGA 3BLEA 3PAJA 5U7SA 5KMYA 3PUEA 1FWTA 1W0MA 2VFFA 3CWOX 5DBTA 2Y7GA 4FNQA 1LORA 5F2LA 1VYSX 4GUGA 4K36A 3O6YX 1C29A 3W1NA 1G7VA 4TX9A 3DI1A 4H3DA 4W9TA 1EPXA 1DOSA 4K8HA 2TYSA 3OHIA 1JCJA 1KFBA 2CLOA 4LW7A 3W2KA 3C2EA 2YW4A 1K7EA 3E49A 3R5EA 4UTTA 3FJLA 1P5BA 2ZRVA 3LBCA 1K7FA 4MVAA 1Z42A 3IIPA 4O19A 1LRQA 5AHFA 3W7RA 5LHFA 2R94A 3W1UA 1LTDA 3ZWSA 3TXVA 3W1LA 1ZENA 1ZALA 3ABQA 1L9WA 3W86A 4N6FA 3CT7A 4RXGA 5C6MA 3UWVA 5CSRA 1Y0EA 4OBTA 3PBUA 3W7JA 1LDCA 3GR7A 5K9DA 3B0VC 2ZRWA 2VFGA 1JRBA 2RKXA 2ZA2A 1L6WA 1Q45A 3NM3A 1HG3A 1F6PA 1FQ0A 5HR6A 2ISVA 3LDVA 4ZQRA 1A50A 2B0MA 3EXRA 3W7EA 3NXFA 3LXCA 4LVDA 3RU6A 2PCQA 5D33A 4TR9A 1TTIA 4MLJA 3NQEA 4QNWA 3N73A 1F74A 3FEMA 3TKFA 3OA3A 3P67A 1XBYA 1UBSA 3W1TA 5D38A 4ADSA 3TNOA 1BWKA 1RPXA 1EP3A 3NQAA 4Z1DA 4Z0SA 2R8WA 4HPJA 2A0NA 4UMCA 4S1FA 3FLUA 1KV5A 3GDRA 1A5CA 3OG3A 1DBTA 2FB2A 3AJXA 5CZTA 3SY5A 3S5YA 3UNDA 1RZMA 4IMCA 4WUIA 2ZZ7A 4FNUA 5F2MA 4MYXA 4Q32A 1L2UA 1LZOA 2VFEA 3ANYA 3B4UA 3EX6A 3KHJA 4UXDA 2H3DA 4ZQNA 1P0NA 3ABSA 1ZY9A 4JTJA 3TUUA 2TMDA 2RH9A 1W1ZA 1W37A 5T26A 1T8XA 2I1OA 4N9BA 3TSMA 5AHLA 4XBSA 4JTIA 3QF0A 4QQ3A 4JICA 4K7VA 1X8FA 3G1VA 4LV4A 4N4PA 1XUZA 2OT0A 3G1DA 3LGEA 3NVTA 4UTLA 4A2SA 4GXMA 3ZWTA 3GDKA 1TV8A 1TPVA 4WY0F 1OYAA 2VFDA 3FFSA 4BWLA 1TRDA 4R53A 1VCVA 1U5JA 3W7KA 1G4EA 4OHQA 3UZ5A 3TSBA 3GKAA 4DO4A 4KKXA 3G1FA 4AH7A 3UWYA 2J24A 3QH2A 2DORA 5EYWA 4KWVA 4DO5A 1TPUA 5D2TA 4AB4A 3LI0A 3NDOA 3C4UA 5KSWA 4M5PA 3TIMA 4QSHA 1W54A 1JCNA 2P10A 2C18A 2HSAA 3MYOA 2QCNA 2DJXA 3ATZA 3LCWA 4AAJA 1GWJA 1ONRA 1H7NA 3PG9A 1G4TA 1YDVA 2EPHA 1FUYA 3GIYA 4JYEA 4CQ8A 1MEIA 3GNDA 1F05A 3SFKA 3EX1A 1UJPA 4WY0A 1EUNA 4JTFA 2CLEA 1VLIA 2ZZ3A 5DY2A 1TQJA 2WNZA 2FLIA 2XN2A 1BTMA 3IVUA 2Y88A 2NX3A 1EEPA 2H6RA 3EWXA 1XCFA 2CWNA 4O1DA 4FF7A 2WSRA 4HNNA 2V81A 3YPIA 5DBUA 3MBDA 4IMFA 1BKSA 1FX6A 2Y70A 3N9RA 4AWUA 1JQXA 2A2IA 2TPSA 5KTLA 4XQ6A 2NLIA 1L6YA 5CGQA 5LNRA 3TH6A 5DXYA 1KW1A 3TC6A 1JVNA 3QM3A 3EEGA 3TAOA 2GQ8A 3NPXA 1MEWA 3KX6A 3W23A 3QW3A 3LHYA 4UTWA 1P4CA 3L21A 3OVRA 4ADUA 2QUUA 3DZ1A 3MBFA 1SZFA 3LV6A 4N2YA 3P62A 3TE9A 1ZCOA 3S8HA 1H63A 3OVQA 4N4QA 1KFJA 4RR4A 1QPOA 2X1RA 4KWWA 3WFAA 1FDYA 3FYPA 1G4SA 3DFQA 1WA3A 4GBUA 5DXXA 3O6CA 4FX8A 5AHEA 5G4WA 1LRNA 3KVJA 1A5AA 4NT0A 3S0CA 4OU1A 3C6CA 5D32A 3LRKA 1D9EA 3T4CA 1FWRA 4B5NA 3TAKA 3M0ZA 5FF3A 5I3KA 3L5MA 1XUUA 3BW2A 1Q3NA 3C61A 3LERA 5CZJA 3HQ1A 4NJJA 3N19B 2R91A 3EX4A 3G18A 2JBMA 2QCGA 1RQBA 5ABTA 3W7PA 2P1FA 1G6CA 2FPVA 4IX2A 3W7DA 3HIJA 1KFCA 5KZEA 2E77A 1KTCA 3G1SA 4R34A 1SPQA 3IIZA 3T44A 3UXDA 1JCXA 3N34A 1XXXA 1X6UA 2NX1A 2ZCGA 1ML1A 1W8SA 3HBLA 3VI2A 3JRKA 3DFNA 2QDGA 1DHPA 2CLHA 3UWWA 3DKJA 3IVSA 5HQEA 1GVRA 4A21A 2WQPA 3Q37A 1H7XA 1K8ZA 4JYDA 1QPNA 3PBVA 2H90A 3BG9A 5KZMA 1F73A 4Y6GA 5DELA 5HUPA 1Q6QA 1YTKA 3I7SA 1JR1A 3QMSA 1SO3A 3DKLA 3DU0A 3TSDA 3C2RA 4HSOA 2JGQA 2VEMA 4WXZA 1RD5A 4BI6A 1T96A 4ZQMA 1M7OA 2A6NA 2NX9A 3G3MA 2FDSA 1I8JA 4ML9A 2NUXA 2YCEA 1JJKA 1OG0A 4S2BA 1AMKA 2ZTKA 3TMQA 3E9AA 3MP5A 1PS9A 3NQCA 1JRCA 2NXHA 1GG1A 1TCDA 3QYQA 3FS2A 1RVGA 2RDTA 4O10A 1JUEA 3BW3A 3LV5A 3W7HA 4MUZA 1O5XA 2CLKA 3L9CA 4AEOA 3TA6A 2X30A 1GQNA 1M6JA 1M5WA 3KVMA 3G22A 3EXTA 5F2GA 1PHQA 5D2YA 3GK0A 1Z48A 1VS1A 1ZAHA 5MHBA 2PE4A 2EKCA 5CG7A 2WV8A 1QOPA 4TO8A 1HO1A 1JUBA 3B04A 3EWUA 3W2LA 4WQ6A 5FEWA 4O28A 1RV8A 3LCXA 4ICNA 4OV9A 4MPQA 4MJMA 2PRLA 2Q3OA 1KTBA 1N8FA 4WJEA 3LHTA 3P60A 3K30A 4LTSA 2ZZ6A 2ZDRA 4WY0B 3M7WA 4FO4A 1ZNNA 1GJPA 2Y85A 1QO5A 4IUOA 4DBDA 2O7SA 3C3NA 3LHUA 2IQTA 4UC5A 4FEZA 1YLVA 2A21A 1NVMA 5AYZA 3HPSA 1YXDA 2DZWA 3TR2A 4UTKA 2NXIA 1ZFJA 1YADA 2OT1A 5FI8A 3L68A 4PC8A 2FIQA 3EWZA 2GQ9A 3NPVA 5LGXA 3EWBX 1W5QA 1KBJA 2ABBA 3HGSA 4EOUA 4ADTA 2J27A 2Y7FA 1F2JA 1WBJA 2P0OA 4GUIA 2TSYA 3CQ0A 1FDZA 2C13A 3OBKA 4C1LA 4PCFA 4CCEA 1S3HA 2QCFA 4O1BA 1G69A 2C1HA 1MXSA 5AC6A 3NQ2A 3P81A 3P84A 4ZL1A 4K38A 3VNDA 4EF9A 5EY5A 3GDTA 3S5OA 2QCDA 4WX2A 4O54A 1ICQA 3LTPA 3UYCA 3BO9A 1K7XA 2ZZ4A 1TPH1 3R8RA 5AC7A 4CCCA 4AWTA 4O15A 1GT8A 3L5AA 3DFPA 5E0KA 6ALDA 2B7OA 5C54A 4O12A 4BWLC 4UCGA 3KAOA 2ATSA 1EA0A 3W7IA 3P7YA 5BRBA 2YX0A 1Q6LA 3E02A 2G5WA 3L65A 1VHCA 1X7FA 4EIVA 3NQ8A 2QJIA 3SIZA 1IXNA 2X16A 1JCLA 3H53A 4MY9A 3S9YA 1LP6A 7TIMA 5L9FA 2B7PA 3W2MA 3TQVA 1I2OA 4O18A 5J5DA 1A53A 3NA8A 1I2NA 1WBHA 2WSYA 2KZHA 3RLVA 1LYXA 4GJ1A 2ZYFA 1EWDA 4IOTA 3P80A 3LX9A 1JCYA 4XKYB 2RHGA 2WKJA 4XTIA 4UTHA 1FWSA 4NX0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QFE A;  1GYM A;  7A3H A;  2BOG X;  5E0C A;  2Y62 A;  4GX8 A;  3IIO A;  4NZ4 A;  4Y9M A;  1JQV A;  2YL8 A;  2V5L A;  4S3A A;  1PKM A;  2OOD A;  4F9D A;  7ENL A;  1L8N A;  1EIB A;  3GU1 A;  3GXM A;  2B7N A;  4K37 A;  4YCP A;  4Q4Q A;  2DZB A;  2F7F A;  6CGT A;  5CPN A;  2QCC A;  4YPJ A;  2E5C A;  4IZG A;  4Q8W A;  5I03 A;  3DFS A;  1CLX A;  4H9T A;  3CL7 A;  4L4M A;  1XM3 A;  8XIM A;  2FFI A;  3B03 A;  3EB2 A;  3UWE A;  3CQI A;  1GQI A;  3QR3 A;  1FCQ A;  2NW0 A;  3ZSS A;  3C2O A;  3NEV A;  1ZBV A;  1GNX A;  2QJH A;  2NWR A;  2WNN A;  2XIS A;  2EF9 A;  1FKX A;  5I3G A;  2EQD A;  5I09 A;  2ZVR A;  3MP3 A;  4CNN A;  5LA0 A;  1XW8 A;  1DKW A;  1N8W A;  1ADS A;  5D09 A;  1UD6 A;  3LOT A;  3O6D A;  1RA0 A;  3RK8 A;  4PUM A;  1QNQ A;  4EPB C;  1F4A A;  1DOR A;  3AS1 A;  3VIG A;  4JNY A;  4JX4 A;  2Z1B A;  3GXP A;  1AQM A;  4BF5 A;  1X6L A;  4WRH A;  4LCS A;  4WD0 A;  1QK2 A;  2A7R A;  1P1M A;  1AQF A;  3DGB A;  3GH5 A;  3M5X A;  2HEJ A;  5BOO A;  1ICP A;  3M47 A;  3QZE A;  3SEP A;  4UMB A;  1FWG C; 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