5LNRA

Crystal structure of arabidopsis thaliana pdx1-plp complex
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
267
structure length
267
Chain Sequence
SPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQMIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGIDYIDESEVLTLADEDHHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVNGDIRVLRNMDDDEVFTFAKKLAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGIFKSGDPARRARAIVQAVTHYSDPEMLVEVSCGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Lysine relay mechanism coordinates intermediate transfer in vitamin B6 biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3
total genus 99
structure length 267
sequence length 267
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2016-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5lnrA00
3LCXA 4FNTA 3PC0A 3A5FA 2YR1A 1XC4A 1HO1A 1UCWA 3KX6A 2QJIA 4JR5A 5AHNA 4HN4A 5KZDA 2NUWA 3LRMA 4LUIA 1X8FA 1DOSA 1H51A 4LRSA 3S1WA 4O57A 4I9AA 2X1UA 2ISVA 3LCFA 1L2UA 5D05A 5D04C 3TA6A 1R47A 2G5WA 1D3GA 2V2DA 2B4GA 4UTHA 3FOKA 3R2GA 1VGAA 1VR6A 3W7OA 5DCEA 4P61A 3BW2A 2O7SA 2WKJA 3BGJA 4UTLA 2JKEA 2QR6A 2NX3A 3EX1A 3MWAA 1PHQA 2B7OA 1QOQA 4RCXA 1JCJA 4AWUA 3PWAA 4CQAA 1SZNA 2E5CA 4PODA 1EPXA 3S1UA 4GUGA 4LNYA 2WNNA 3T40A 2WO5A 2QKFA 1UASA 1I2QA 1W3IA 2DZUA 3TXVA 3UWVA 1IXNA 2ABBA 1L9WA 3BGGA 2YSWA 4RXFA 2A21A 1SQ7A 5J5DA 4MYAA 2DP3A 1OFPA 4RXGA 4O1AA 5G1YA 4NJIA 4AVFA 1FWWA 3RNDA 4N2YA 1QPQA 3SY5A 1EP1A 2ATMA 2YYUA 3G3DA 1LZOA 4MFDA 2C16A 2GOUA 4HNNA 6TIMA 4ADSA 4KWWA 2WSYA 4JTEA 3QMRA 1A5SA 2QDHA 3W76A 3PSWA 3VCRA 3BARA 5D33A 2YFOA 3W7JA 3G8EA 5BRBA 4O1DA 1TJRA 3GB6A 2A4AA 2VENA 2CLHA 1F6PA 1W5QA 4JX6A 4AWSA 2F84A 1LORA 5D2YA 3UWZA 3PS7A 5D32A 3OA3A 4UNLA 3PAJA 5E1QA 3TAOA 2HTMA 4O50A 2FLIA 3GDLA 3NZ1A 4WUIA 3NEVA 4MFEA 5DCBA 3STCA 3GKFA 3W1QA 4IXXA 1SW0A 1NF7A 4BI5A 4AEOA 4UTWC 3EWYA 3FKKA 4QNWA 3PULA 3TJLA 3NQ2A 1TRDA 4AF0A 4MZ1A 3G18A 5DCDA 5AC6A 2A2IA 1H61A 1VCGA 2TRSA 3S6DA 4UTWA 1PL9A 1OX4B 1B4KA 3MJYA 3LI1A 3HG4A 5F1VA 2BZNA 4HSOA 1I2PA 3EX6A 2CLLA 2CZEA 4D2JA 1Q6RA 1PVNA 2JGYA 3NL6A 4OE7A 2QDGA 4MZ8A 3GR7A 1TREA 3C0JA 5AHFA 2E5BA 4JD4A 3TKFA 1W5MA 3B0UX 2GQ8A 4CCCA 1H1YA 4CLMA 1TIMA 3MYOA 3W7GA 2CU0A 2RDUA 2NLIA 4FXSA 5G2IA 3G0XA 3P81A 5I3IA 5IM51 3G1SA 3ZFHA 3QJAA 3MP3A 5EL1A 4WQ6A 1G67A 3UY7A 1OFOA 3WJXA 4K36A 1OABA 4IMFA 3W1LA 4U4MA 4DPQA 4UTMA 2V0TA 2VOMA 3LCLA 3I68A 3CPRA 2QCMA 1VH7A 3ZWTA 1KBJA 3N19B 1GYLA 1FDYA 1ZY9A 3LERA 3HO8A 5HUPA 2G96A 1AW2A 5LKYA 4XTDA 5L6UA 5C55A 3P67A 3TUUA 3IIXA 3LCWA 1P5BA 4LV9A 3C2FA 3HGOA 3NPXA 1LOQA 1RPXA 2YGYA 1P0NA 3CQ0A 1A5BA 2G95A 1EWEA 3BW3A 6ALDA 2PE4A 2ZTKA 4AHOA 1GTHA 2ZZ2A 1FCUA 3W83A 3OHIA 1H63A 3TFCA 4XBKA 4M19A 1H7WA 1L6WA 5D2TA 1O94A 1HFBA 2TYSA 4DO4A 3Q58A 3NQFA 3L65A 1OFRA 3DH7A 2HS6A 1IIGA 1KM3A 4QAIA 1YDNA 3GX9A 4O18A 1VYRA 2YYTA 1FWSA 4MVAA 1FWTA 2DZWA 4JTSA 3MW7A 3W2JA 1RQBA 4HHPA 4W9TA 1QFEA 4N9DA 2J9YA 2VFEA 4X3ZA 5AB3A 2ZZ6A 2VFDA 1DBTA 3UY8A 1S5TA 1G7UA 3CM4A 4NJJA 5F2LA 3DBPA 4EF9A 1SFLA 1KW1A 2NXHA 3N2MA 3O06A 1QR7A 1OFBA 4GRSA 5G1TA 3HQ1A 2Z6JA 4AXKA 4I7WA 1JCYA 4GNJA 1V7YA 3ANYA 5LNSA 4ZQOA 1OK4A 3THQA 3W74A 1UUOA 2E1DA 5D2WA 1RVGA 3LM7A 5D38A 3OG3A 3OVPA 3E02A 2DZPA 1GVSA 1KFKA 1WXJA 1JCMP 4POCA 1FXPA 1UB3A 2XN2A 3BVJA 3P5ZA 4RX0A 3T55A 3W84A 1W0MA 5K4XA 3UYCA 5J5RA 3G8RA 1TQXA 4WXYA 3QW4B 1WOAA 2YCEA 1KFJA 4JYFA 3W1PA 1JQXA 3O15A 3GNNA 4GWEA 3P84A 3TX9A 5KZMA 3A22A 1NEYA 3W7RA 3MBDA 4UMBA 1M7PA 3GNDA 1GG0A 3PB2A 4O28A 3UXAA 2ZYFA 3P8IA 3D0CA 2Y7EA 4PA8A 3HPZA 4ORMA 4ICNA 3CIXA 5AOUA 3TE9A 5E0KA 5K3VA 5CSSA 2HMCA 3O6CA 1EX5A 2NWRA 5LNRA 1GQNA 1FCBA 3OBKA 3GDMA 3EWBX 3I7RA 3L67A 4B5NA 4O14A 3NL3A 3R5EA 5LNUA 1W54A 1T99A 5HINA 5CZJA 3P5YA 1C29A 3ELFA 3HIJA 2E6FA 1GVQA 1QNVA 4NZJA 4KFOA 2VEMA 3HF3A 2AAMA 5BOOA 2J9ZA 2YFNA 3W1AA 4DELA 1GPWA 3TSDA 5D02A 4IMCA 2X1TA 4LV4A 3P74A 4JX4A 4PTNA 2C3ZA 2VEIA 3QQ0A 2J9XA 5FEWA 3C56A 3LI0A 4ALDA 4LY8A 1FCQA 1NF0A 1JUKA 4UIOA 5G2WA 3L0GA 3HGJA 3LCHA 3LTYA 5D03A 4C1LA 2J24A 5HR6A 5IBXA 2FPVA 2ZA2A 4E2BA 2XN1A 4MLJA 4LTSA 5CKSA 3FEMA 4O10A 1H7XA 1SZFA 2CZ5A 3B04A 3NL2A 5EYWA 1DQXA 2LLEA 2WJZA 4M7SA 3NPVA 1IXPA 4JDBA 5EA9A 1GT8A 3MHGA 4O52A 3S42A 1OFDA 1TV8A 4Q4KA 3WK2A 4LU0A 2Y89A 5FESA 3W73A 3ATYA 1XUZA 1YTDA 2X1SA 1KV5A 2ZZ7A 4Y9AA 1C8VA 1VJIA 1K02A 3W1UA 1VLWA 4M6PA 4O12A 1JJKA 3IIZA 3DZ1A 4OV9A 3INPA 4HPXA 1ME7A 1X7FA 3NR0A 5CZSA 1LRQA 3TW7A 5K9CA 1QAPA 4O19A 4TMBA 2W6RA 1F74A 1TCDA 3STFA 5EPDA 4WX2A 2DZTA 3RLUA 3W7LA 3S5OA 3DFTA 4I7UA 1SR9A 2DJXA 2P10A 1GVOA 1KTCA 1FBAA 4OT7A 4Y8FA 1BKSA 3FIGA 1OX4A 3QFEA 2PRMA 5FF7A 1H60A 3R12A 4GC4A 4MYXA 1LP6A 4DO6A 1IIHA 2OZ0A 4DEFA 3S1VA 1P0KA 4WY0B 2JKAA 3Q94A 3LBCA 4O53A 3W1XA 3STGA 2H90A 1EIXA 3HG3A 5AHMA 4YL2A 4GJ1A 2V9DA 3B4UA 2VFHA 2PCQA 2CLOA 4GUHA 4IXHA 4UCGA 3GZ3A 4RV8A 1KM2A 3SZ8A 4Z1DA 4UXDA 1YLVA 2ZTJA 1QPNA 4K7VA 1L6YA 3JRKA 4ZL1A 5CPNA 1H7RA 3G1VA 4NNCA 4FEZA 2QUVA 3C3NA 4IPIA 2W0UA 1XDMA 4LVGA 3PBVA 4BK9A 2QF7A 5I3FA 3BLEA 4FNRA 1MZHA 4RJEA 1D3HA 4Y90A 1I2RA 5HMSA 3TV8A 2FB2A 3K30A 1VRDA 3TROA 2FPTA 3LCGA 4CQ9A 3T78A 1SO3A 2NX1A 1U83A 2VKZG 3G0SA 1PE1A 4AHQA 5HWMA 4MPQA 1MEHA 2BX7A 3QC3A 4S1FA 3PG9A 4MZYA 1XCFA 3TJXA 2E68A 1X6UA 3DKJA 3HBLA 2R14A 3L5AA 2DJLA 1O5XA 1SPQA 4OWGA 2QJGA 3QF0A 1X1OA 2FQIA 1K03A 4UTIA 2V82A 1WAUA 4UFLA 3W7MA 1PCKA 3IIOA 3UZ5A 4X2RA 3DKLA 3LV6A 1MXSA 3L21A 1GOXA 3F1QA 2Y88A 1M7OA 4LS1A 1LRNA 3ZWSA 3TC7A 3W75A 3P61A 4O54A 4Y96A 5LNWA 2V8ZA 4LVDA 1Q6LA 4J9JA 3GAKA 4K39A 3QEZA 3NM3A 1VQTA 4X22A 2E09A 5TIMA 1PS9A 2ZQ0A 2C14A 3CWOX 1ZHAA 3L0NA 5SWUA 2ZRWA 2Y61A 5DY2A 1VCVA 3RK8A 1KFBA 3G22A 4LRTA 1AMKA 3O1NA 1LM1A 1XFBA 2AGKA 2ZRUA 3MO7A 3NXFA 3TSMA 4K6AA 1ZFJA 3UZJA 3FS2A 3W1TA 3NQDA 1GVRA 1ICPA 4WD0A 3BK0A 5F4SA 4HNTA 2TMDA 1MSSA 2ZZ5A 3O16A 4K37A 4QJ1A 5DBTA 1TRIA 4LS0A 1EP3A 5KZEA 1S5VA 1HUVA 1OHLA 2RFGA 4FNPA 5DN1A 1FDZA 2FTPA 3LBMA 3IIPA 1YADA 2QCHA 3WFAA 3QW3A 2ZRYA 4XKYA 4R34A 2QCDB 5DXXA 4Z1BA 4OGZA 3UWWA 1VHCA 4CNOA 5T26A 1K8ZA 3TQ0A 4O11A 1Q3NA 1QO2A 3C6CA 3UD6A 1HO4A 1VZWA 3GYEA 4DF0A 4AH7A 3M5VA 4UMAA 3PR2A 2V5LA 1KFCA 1PHWA 1U5JA 3GXNA 1Z42A 4MKNA 2G97A 4LW7A 4UFHA 3W7PA 3IGUA 2RDWA 1DJNA 1VHNA 1IXQA 2EKCA 1OVDA 1R2SA 1QCWA 4M5PA 5F4XA 3KRSA 1CW2A 3ATZA 3QZEA 5AHLA 3B03A 2WV8A 3E9AA 4ADUA 2A6LA 4RZ6A 3SFKA 4QISA 3LXCA 3CIWA 2ISSA 2HSAA 2I14A 3W7CA 1JUEA 5HUOA 3W7EA 4UTTC 3R13A 5CGQA 3BG9A 1OX6A 1WDWA 3EKZA 5D37A 1K3UA 2CLEA 3HG2A 3KVJA 1HG3A 1ZENA 4IPJA 4NX0A 2PURA 5HULA 3NQVA 3EEGA 5DXYA 3G1FA 2WNQA 2CLIA 5K4ZA 4PEKA 2EPHA 1ONRA 2YXGA 3W1NA 3P80A 1G4PA 4A29A 3CEUA 1JUBA 2DORA 3W88A 4XZ9A 1S5WA 2OX1A 1H50A 5HQEA 4O15A 2B7NA 4ADTA 3ABSA 5CZ0A 5CPMA 4XTIA 4TO8A 1G7VA 3CTLA 2C15A 3M41A 3DGRA 3N34A 5C5YA 3NYZA 2A0NA 2ZCGA 4K7YA 1H7NA 3W2NA 4P2VA 2QEZA 1ZJIA 3PF3A 4Z08A 1FXQA 4DXVA 1NAL1 3BW4A 3BG3A 2YDAA 1YPIA 3SW6A 2BTMA 1NVMA 1XBYA 3WJYA 4E38A 3HB9A 2D73A 1J4EA 1HL2A 2R94A 5LGZA 1TPDA 4O4WA 5FF2A 5C6MA 1W1ZA 1OFAA 1W5PA 5F2MA 2NUXA 5LZLA 1TV7A 3LX9A 2QCGA 4QQ3A 4MY9A 2V2HA 2GQ9A 1SW7A 2A6NA 4YMZA 3ZS4A 1ICSA 5A8GA 4IGHA 3IVUA 4NNBA 3N9RA 1RQEA 3WJZA 3BPWA 4WOQA 3NNTA 1EP2A 4JTLA 3NDOA 3AJXA 1FX6A 3JR2A 3W87A 4WJEA 2RHGA 1X1ZA 4ZZ9A 5KITA 2ZZ3A 3DU0A 3CLMA 1XL9A 4WY0A 1O4UA 3G1DA 2E6DA 3FFSA 3QPYA 3GK0A 4ZQMA 3L66A 1FY6A 3KVLA 1KA9F 4MY1A 3EB2A 2RKXA 2VEPA 3G1XA 3HOJA 1EUAA 1QMLA 2C19A 2Y7DA 4GUIA 1H1ZA 4HT3A 4PL1A 3P62A 3VKJA 3PUEA 3UXDA 4KFPA 3L0KA 1BEUA 4OQVA 1DQWA 3BG5A 1D9EA 3W9ZA 3E0IA 2A7PA 5F2IA 1GJPA 4ORIA 4CNPA 5LHFA 1CX9A 3QPZA 5A5WA 4LC8A 1PIIA 4N6EA 5K2ZA 1DORA 4ZQPA 4HIBA 4L4MA 3S8HA 1JRCA 3MP4A 4UTJA 1UBSA 3ABRA 3EWXA 2V2CA 3STEA 3FJ6A 3O07A 1MEWA 2Z1BA 4C1KA 1K7EA 4FNSA 4XUGA 4MUZA 1YTKA 3NQ6A 2ZFAA 5F1UA 2X2GA 3TCEA 2QCEA 3DI0A 3WJSA 5LNVA 3CEPA 1LBLA 1DKWA 2YW4A 5AHEA 5F2GA 3DI1A 5KINA 2H8ZA 3TSBA 1KV8A 1KLYA 3N3MA 1YXYA 4OV4A 1SZGA 1F5ZA 2VFIA 1LBFA 1ALDA 3GXTA 1TO3A 4FNUA 3LRLA 4Z0JA 1AW1A 2E77A 3DFOA 2P1FA 3W7QA 4RKAA 1KM4A 3QMTA 3CHVA 3C4UA 5BMXA 1NSJA 3BLIA 4XKYB 4JS3A 2YX0A 4TMCA 1OFQA 4IMDA 4LT9A 5DY3A 1VYSX 4HKPA 2QCFA 1KFEA 2I9EA 1TQJA 2A85A 1FWNA 1K8XA 1A50A 4UUIA 2X1RA 3NQMA 3G24A 1QPOA 1LCOA 2Q3OA 3OIXA 4GBUA 3KVKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2HNH A;  1V51 A;  2I9U A;  1W1P A;  2OEJ A;  1B54 A;  5EMK A;  1G0C A;  2QJI A;  2ZE0 A;  1PJ9 A;  1XS2 A;  2D3N A;  3WQV A;  3S1W A;  2HVN A;  1XLF A;  2POT A;  2CNC A;  1DPM A;  5D05 A;  1LUC B;  5D8Z A;  4DXX A;  2G5W A;  4B5S A;  1U22 A;  3GRI A;  4CNS A;  5XIN A;  2V2D A;  4S3C A;  4W84 A;  3R2G A;  3F2C A;  5DCE A;  1PXG A;  2WKJ A;  1FH9 A;  3BDK A;  1MRA A;  3U5Y A;  3CQI A;  4PR4 A;  1G94 A;  5DF0 A;  4FXF A;  3MWA A;  1GZJ A;  3GXD A;  4CQA A;  2E5C A;  1EO5 A;  1UMY A;  2WNN A;  3H2E A;  2OPJ A;  4MB3 A;  3V5O A;  4M80 A;  2DSK A;  2DZU A;  1PZ0 A;  2FTY A;  4IIC A;  1JDA A;  4LGX A;  1NDY A;  1UOZ A;  2OQL A;  5EFF A;  2ABB A;  4LEF A;  2ZVR A;  3R11 A;  4O1A A;  3BUV A;  1CTN A;  1MW1 A;  3VNJ A;  4AVF A;  1FWW A;  3RND A;  1QPQ A;  4MAV A;  2ATM A;  4AZC A;  1AH0 A;  3AHV A;  1KBL A;  2WSY A;  1HGW A;  3WMB A;  5BRB A;  1MI3 A;  3CWH A;  2A4A A;  4JX6 A;  4X0N A;  1KCL A;  1E15 A;  3LY0 A;  2HTM A;  1XWY A;  3K4W A;  4YVP A;  5A2B A;  3GDL A;  4WUI A;  3L4T A;  1TUX A;  3NEV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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