5LOMA

Crystal structure of the pbp soca from agrobacterium tumefaciens c58 in complex with dfg at 1.5 a resolution
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
DNPLGLIDPTTISVGTMGDAKPYAFTTADGNFTGFDIELFLNVAGRLGFKKEQVVFTGQEFSALMPSVANGRFDVAAAAIGTTAKRKETVDFSDGYLAGFLSVLTSEAGITDAAGLKGKRLGVVQGTLQEIYAEKNFAGTDLVKFPDNNSAVSALNNGTVDAHFLDFEAAKDYSARYPALKIAVNIPSFDAPAGFVIRKGNDALRNALDKGLKEAMQDGTWKKLHEKWFPGTPMPAAYLPK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for High Specificity of Amadori Compound and Mannopine Opine Binding in Bacterial Pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Deoxyfructosyl-amino Acid Transporter Periplasmic Binding Pr
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium fabrum str. c58
total genus 80
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5lomA02
3IJXB 3OXNA 3FUZA 3EF7A 5I2NB 4RPNA 1XT8A 4QFNA 2Q89A 3SKPA 4TLMB 4N13A 3CG1A 3KOTA 2X26A 3UGWA 3OO9A 3PUXE 3KOSA 4OTEA 3VVDA 2UYEA 1BIYA 2H25A 1Y9UA 1ZBMA 4OHNA 4TOZA 3KN8A 2AL4A 4RK9A 4LQ2A 3ECRA 3OELA 1JEUA 2KLFA 4P0GA 2ONRA 3OD7A 3O2AA 4R6HA 1OVBA 2RKMA 4QF9A 5CBSA 3IO6A 3T9UA 1RYXA 5A5XB 2B65A 3IJOB 1N3WA 1UQWA 3B6WA 4ZZEA 3OENA 2BJJX 2V3UA 4MBPA 4FE8A 3C4MA 4YB7A 4F39A 1UIVA 1ANFA 2VD3A 1N3XA 1J1NA 3VXCA 1MY3A 2OJTA 4DXUA 4GL0A 1URDA 1BKAA 2DVCA 2G29A 4I8CA 4U1OA 3RUMA 2YPNA 4IO2A 3SEXA 1MY1A 1SW4A 1FTOA 1MQGA 2F8DA 4JB7A 4YZZA 2XX9A 4LVQA 1HSLA 5ITOA 3HV1A 2O84X 3LC8A 1ZMGA 3C33A 2AYSA 4YMAA 1PBQA 4KPTA 5I2NA 1SBPA 1ZKBA 1PBPA 3SERA 3TTRA 1MPBA 2I3WA 3FJGA 1NNTA 3EQ1A 4H1XA 3GZGA 5FHOA 2GH9A 4GD5A 5CBRA 3RT6B 3FASA 2Z22A 3DP4A 3S2VA 3VLUA 4ZEBA 1MQDA 3PMVA 1SW5A 3MP1A 1IQ7A 4E0XA 1MPDA 3SEYA 1QULA 1A40A 1NMUA 5L9SA 4DCYA 1R1NA 1MG1A 5ICTA 2V3TA 4H6DA 4IGTA 4ND9A 3JZJA 3RPWA 3ODBA 2O68A 1A8FA 1ZIUA 4OENA 2F6PA 1Q1KA 1VFDA 5DT6A 5H8FA 1N76A 1B52A 1ZU0A 1FQCA 4BDQA 3PUZE 3H7MA 4NF8A 4FIMA 1IEJA 3Q25A 3RLFE 3IB2A 1DMBA 4PFTA 2REJA 2XXQA 3KGCA 4OETA 2F36A 1LB9A 2O1LA 3O29A 1R9QA 5IAIA 1LBCA 2HAVA 1JW5A 3MWBA 1QJMA 3QUJA 3UN6A 1B5IA 5DYHA 1S7YA 3MZBA 3FIRA 1I6QA 3T66A 3CRBA 4P11A 1MM6A 4POWA 3KN7A 1D3KA 2P0SA 4ELPA 3S9LC 2YLNA 3U1OA 3USDA 3PPQA 1B7UA 1FQAA 3SESA 1MH3A 3TPAA 1URGA 3FJMA 4RXLA 4EF2A 4X48A 4UACA 2ALUA 4FJPA 4O3BA 4GXAA 1SW1A 3KJ7A 1Y3PA 3KJTA 2DXRA 4BDNA 3MQ9A 4I9DA 1NNPA 4MLQA 4ONYA 3O28A 4ELOA 1IZ1A 1H43A 5KCJB 3U94A 1UTBB 1LAXA 5BUUA 1MQIA 1XC1A 2DWJA 4DIGA 1B40A 1SW2A 1OVTA 1IXCA 4DXBA 1D9VA 2HQ0A 2XXRA 1OLAA 2QS1A 4G68C 5KZTA 4E0WA 1L5TA 4KFQA 4OVJA 1A99A 3TYHA 3FXQA 3C32A 4C1TA 4MH5A 3WAFA 3OEKA 3C9HA 3TMGA 1FTLA 5B7DA 2O6AA 4U22A 2DP8A 4JBZA 4KI0E 4ZEIA 1O7TA 1Y4CA 1EH3A 4ESXA 1CB6A 3K2DA 1TT1A 2Y7RA 4GVOA 4G68B 4LP2B 3EHTA 3IOTA 4WXJA 4UA8A 4U21A 2DOJA 1FQFA 1US4A 5AA2B 3W15C 5TP9B 4KYSA 5DTBA 3H6WA 3QAXA 4KD5A 3MBPA 4GFRA 1XVYA 2V3QA 1MXUA 4Z7EA 4DZ1A 5H8NA 4GWOA 1LAGE 3B6QA 1ZLQA 2ZNUA 1ZTYA 5H8SA 1B7ZA 4OFJA 3IO4A 2XD3A 3QUFA 4C0RA 2THIA 2HFBA 4YAHX 3T93B 5F7VA 2RCAA 3G3IA 1JQFA 2XXUA 4ELRA 4GOTA 3RY3A 1II5A 4ZS9A 3CFXA 1N04A 5H8QA 1US5A 3M3KA 4QSEA 4BDMA 1EZPA 1B3GA 1NFTA 4RPOA 4O3AA 3UA8A 2OK2A 2ESNA 1EZOA 3O97A 2FA7A 2UVIA 4ZEKA 3KEIA 3K0VA 3TEPA 2A5TB 2QJEA 1S50A 3I6VA 2DXYA 3KG2A 1IXHA 2NUVA 2QRYA 3FVKA 2Y7PA 4HCWA 5F1QA 2V25A 3VDFA 4GRKA 4QFKA 2XXYA 1B6HA 3GLBA 3TUSA 5CMCA 1VSOA 1B2HA 5I2KB 3QYTA 4TQUQ 1SQYA 1B5JA 5JTYB 4QSDA 2ZMBA 2DWHA 3TFLA 1QUKA 1ZJLA 4K3FA 2ONKE 4X9TA 2Q2CA 3O9PA 3RTFB 1MM7A 4FORA 4HW8A 2B3FA 3T9HB 3EPEA 5KDTB 2NWJA 2HZLA 4EXKA 1LFGA 2ANJA 5EHSA 4OYVA 4DDDA 4OMBA 1AIVA 3PD9A 1TXFA 4N07A 4U1ZA 1PB9A 3TQWA 4XXUA 2F78A 2PYYA 4F22A 3G7WA 4U4SA 1XS5A 1RYOA 2OCUA 3K1NA 4NTLA 4RK2A 4IO5A 5EHMA 1XVXA 2F5XA 2OLBA 3I3VA 3KFMA 1DTGA 1IXGA 1B3EA 3SEWA 3K1MA 3L6GA 1MQHA 4GLIA 2PMSA 3R26A 2FYIA 2VOZA 3I5OA 4NF4B 4R2BA 1WODA 4KHZE 3TCGA 4PFYA 5HM4B 4KR5A 2F7CA 5AA4B 3BFUA 4LZ7A 4F3BA 5I56A 3MP6A 2V84A 4P0IA 3CFLA 3FATA 2A5TA 3FZVA 2O69A 3OMBA 2RCBA 1XOCA 5DVIA 1H44A 1GVCA 2UVHA 5H8HB 3PPRA 4H8JA 4F1VA 1QKAA 1YCJA 1OQHA 5I59B 4MFIA 3K1PA 1JNFA 4F3GA 3T96B 3TTKA 4QFPA 3IAZA 1NH8A 3KSJA 3DELB 4BDLA 1TFAA 4F2OA 2GRVA 4N6PA 4DLDA 3MVXA 4GF8A 3D4GA 4EXLA 1FTMA 1SI1A 3BBRA 1TFDA 3H03A 3EHUA 1QKBA 3O6IA 3CIJA 2DE4A 1MXVA 1GTKA 2IA4A 3BKIB 2Q2AA 2OZZA 4OERA 1Y3NA 1B4ZA 3TDJA 2D5WA 2QL3A 3KN3A 4MF3A 1YAEA 1S9TA 1LBBA 3FV1A 1MH4A 4LATA 3IR1A 1LSTA 4HCYA 3THIA 4R9GA 4G77A 4R9FA 4QSCA 1AL3A 1B7HA 4PP0A 2O7IA 3T22A 3TAJA 1USYH 2Q9TA 4NF4A 3KZGA 2Y84A 1B3FA 1NNFA 2DVZA 3WAEA 1TWYA 1B0LA 4F18A 2ZYMA 5TU0A 2F97A 5AA4A 1F9BA 3MVYA 1AMFA 3O6HA 4FEBA 3S9MC 3IOUA 4YKJA 3MJNA 5DEXB 3ILUB 5I57B 5A5XA 3TTNA 3SETA 4ELQA 2GHAA 2Y7IA 3LUYA 4RY1A 4JXIA 2I49A 5H8HA 2PBWA 3A09A 3M8UA 4ZZAA 5I59A 3W9VA 4GL8A 3V83A 3CSGA 1N0TA 5HBCA 4LZ5A 3PPPA 2DS9A 2ZNSA 1R9LA 2RC8A 4KYEA 4PE5B 3GXAA 4LA9A 3MP8A 1B0HA 4NEDA 5FHNA 4XKQA 1B1HA 3TCFA 2VD2A 5FHMA 3P7IA 2A5SA 3PUVE 2WKYA 4RNSA 1DPPA 1IIWA 4NWDA 5I58B 3RGYA 1Y1ZA 3Q29A 3UP9A 1A54A 4ZECA 3OSRA 3E9XA 3Q28A 5ELVA 2CMOA 3H6VA 4NF5B 1B9JA 3VXBA 4F31B 4YB5A 4POXA 2DWIA 1A55A 3IB0A 2Q8JA 3Q26A 4G8HA 4ZEFA 4YU0A 2UVJA 2XXXA 1XHYA 3A3CA 4G2ZA 2HAUA 2XX7A 2ZNTA 3FXRA 4GQOA 4H65A 3S9NC 3IK6B 4IO6A 3CG3A 1PC3A 1USYE 4H8IA 3K02A 1I69A 4GXSB 3ILTB 4IGRA 4O3CA 2I4CA 2HXWA 5AA2D 4LONB 2GHBA 1MXZA 2ZYKA 4F19A 3HPIA 4F1UA 2GFEA 3PD8A 3ZSFA 1MXYA 2O7UA 5CMBA 3ZKLA 3PPNA 2F34A 3LSWA 1FQEA 4H5FA 3FVNA 3TELA 5L8DA 3V8XB 4NWCA 4OEVA 1Y3QA 4ESWA 3ZS6A 3DLNA 1Y20A 4OEUA 1YTVA 1POTA 3C36A 4IB2A 4YKPA 4H0WA 3MW0A 4FEDA 3FJ7A 4DXCA 1SYHA 1SD3A 2LAOA 2RINA 4KQPA 1EZ9A 4PETA 3IOVA 1RKMA 2H98A 4YICA 2REGA 3SDFA 4JWYA 2RF1A 3B6TA 2PX1A 1KWHA 3OO6A 4ZE9A 3FXUA 3R7XA 1VFEA 2F35A 1OQGA 4I1DA 4BLAA 4G8MA 1JVYA 3D4CA 3M3FA 3FV2A 3R6UA 3RN8A 2P1SA 1PB8A 3PPOA 3PMXA 4R75A 4RYAA 4KCCA 1B58A 3W9WA 3N94A 5KCJA 2UYFA 1UTBA 1PB7A 3QK6A 1MQJA 4ECFA 1Q35A 2R9JA 5HPQA 2Y7KA 3ZKKA 4XIGQ 2I4BA 4KCDA 5TPAB 4FATA 5CMKA 3S9EA 1OIBA 1UTHB 3IOWA 3EN3A 3SEVA 2R6GE 2CZLA 4RJZA 1WVJA 3GBAA 4KYDA 1LLSA 5BWJA 3K01A 1A7LA 5K2XA 5AE4A 3U93A 4YKKA 4GIZA 1P1WA 1LCTA 2O1MA 4XTCQ 1B4HA 3MUQA 3T9XB 4EQ9A 2DE2A 1M5BA 5JEIA 3Q27A 2RC7A 1R6ZA 2I0BA 1AOVA 1H3DA 4G68A 3TZAA 4H5GA 2ONSA 3K4UA 1QW0A 4YKIA 4QHQA 4Q8RA 4OFLA 3PUWE 3KBRA 5AA2A 5TP9A 5J1DA 3HO7A 3L6HA 1JW1A 2H4IA 3TCHA 3N26A 4Q30B 1BP5A 1DOTA 3E4RA 3E3KA 4M1VA 3VE1B 4JSDA 3G3FA 4DCXA 5JK4A 1HSEA 5CI5A 4JWXA 1Y4TA 1QUJA 3QSLA 2F7BA 1CE2A 2R71A 2V93A 4NF6B 1DTZA 1DSNA 1FCKA 3K6UA 4NMYA 3SEUA 3LBSA 1A8EA 3U92A 3OO7A 3OEMA 1BTJA 3PGFA 4YB6A 3E13X 5IKBA 3N5LA 2H5YA 3FD3A 2QS4A 4R74A 1LCFA 4U2RA 3B7DA 5AA1A 1MY4A 2VHAA 3VVEA 3U72A 1LGBC 1B1XA 3PUYE 2OWTA 1BLFA 1Z7ME 1FW0A 4EUOA 1MDP1 5TPAA 1UIUA 1WDNA 3TODA 1UTHA 4IY5A 2DQVA 5H8FB 3TTMA 1SVXB 4LQ5A 2QMWA 1M5DA 3RT8A 3S4UA 4NF8B 1JETA 2FNCA 4OESA 4Q0CA 5I2KA 3AXFA 2I0CA 2X7PA 1MRPA 1N84A 4WEDA 5DVFA 5JTYA 5CC2A 3IX1A 2G93A 3H6UA 3U8QA 1P1NA 3QXMA 5I84A 3MZ1A 1H45A 5EYFA 3IB1A 4C1UA 2HEUA 4AQ4A 5ITPA 2Z23A 1B3HA 5CMMA 1NL5A 1FQDA 1NKXA 2D3IA 5KDTA 3PV0E 3CSBA 2NVUB 1IXIA 1MXXA 3UK4A 1ATGA 4L17A 3RQTA 4AB6A 1T0KA 2XX8A 3G3HA 3TQLA 2W7YA 4QRZA 1B46A 2DWAA 4ZEDA 3LSXA 1FTKA 4R72A 3G3JA 1D9YA 3IL1B 4OQOA 1JW4A 1NH7A 2I3VA 4XKRA 1SDXA 2QSXA 5AA3A 1N7XA 3H06B 1O63A 4BDOA 2E0SA 4NF6A 3OOAA 3VFJA 3O66A 2F6GA 3M3LA 4TLLB 4PFUA 4ZE8A 3FVGA 3CR9A 4R6YA 5M2VA 3N6TA 4HS7A 3VV5A 2H99A 4EDPA 4BDRA 1N7WA 1FTJA 1LB8A 1GGGA 2Z8FA 3MPLA 3V89B 1B32A 4R2FA 2Z8EA 4NE4A 4FECA 1MDQA 1ELJA 3EHSA 4R73A 1PEBA 5FTIA 2VGQA 3MAMA 1LFHA 1B51A 1B3LA 4MLVA 3C35A 4OFOA 5L9MA 4DE8A 4HTGA 1IUDA 3O6GA 1VE4A 3H4ZA 1I6BA 1M5CA 2Z8DA 2ABHA 2PT1A 4OWDA 3CVGA 4ZDMA 1SYIA 5ISUA 1P1OA 1LFIA 1DPEA 2F7AA 4IO3A 1Y1MA 2P2AA 4EQ7A 2I48A 4F1YA 2QPQA 3OO8A 3H3GA 2UXAA 1QVSA 1B5HA 2AL5A 2HCAA 3K6VA 4IO7A 1YPNA 1HSJA 5H8NB 4AB5A 1P1QA 2VP1A 3MVZA 2PT2A 1M5EA 2H9BA 2M8CA 3HHGA 4ISUA 4YMBA 3MVWA 3LR1A 3HHFA 4OXVA 1JVXA 1POY1 3G3GA 3G3KA 4FAJA 1AH5A 3VLVA 3ONMA 1SI0A 5H8QB 3F11A 4XKNA 4OZ9A 3TTLA 1JEVA 3CFZA 2E1SA 2XD2A 4JSOA 2DYXA 3KSXA 3BFTA 3A3UA 2XXPA 3HSTA 2OBGA 2ZYOA 4PQJA 4THIA 5DEXA 4WKMA 5I57A 1QUIA 2XXHA 4Z0IA 3UIFA 4U4XA 2DE3A 3PU5A 4Q5TA 2QMXA 3IORA 2NXOA 3UORA 1P99A 2DSFA 2O51A 3MPKA 4JDFA 2QS2A 2ZYNA 3H6TA 5K2YA 1MPCA 3DM0A 4EQBA 4RA1A 2I58A 3MZ9A 3K6XA 1LAFE 3T9VA 2Q88A 2XXIA 4IY6A 4LZ8A 5I58A 3GBBA 2HZKA 5ICQA 4F3PA 5B70A 3QIMA 4NF5A 4JWOA 1OLCA 1FQBA 1VR5A 1I6AA 1P1UA 2X7QA 5CRYA 3OSQA 1LAHE 1GV8A 3FVOA 2XXTA 2PVUA 4EF1A 5LOMA 2B3BA 1NNKA 2OWSA 3FGSA 2QS3A 1Z7NE 4R6KA 4I62A 3V5AA 4XKPA 5CM6A 3JYRA 3PMWA 3K6WA 1MXWA 1EU8A 4LUBA 2IEEA 3VVFA 1MS7A 4F3SA 4M4GA 4X1BA 1D4NA 3MC2A 3RNNA 5I56B 4QFOA 3LSLA 3K00A 4G8NA 2XXVA 2RC9A 4H67A 2UVGA 4PFWA 4G4PA 4IO4A 1IITA 4X1DA 3C31A 4U23A 2Y7WA 3C34A 5L9OA 3N6UA 3VLWA 4F29A 2XXWA 1MY2A 2XHDA 2ZXTA 1PDAA 3RTWB 4QFLA 1H76A 3LSFB 1GR2A 1M5FA 4F2QA 2YJPA 3CI8A 2NOOA 1O64A 1MY0A 3TKDA 4WEPA 3HCQA 3DP8A 1B05A 2D21A 2AIXA 1OMPA 1URSA 2I6EA 5FTHA 3DP6A 5DVJA 3HN0A 3JV9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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