5LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lzmA00
259LA 1DYBA 220LA 1L65A 1L10A 1L97A 2O7AA 189LA 2HUMA 1G0JA 3HTFA 1CV3A 4OO9A 147LA 205LA 3DN0A 2Q9DA 3GUPA 236LA 3HT6A 1L49A 1L31A 125LA 1QTVA 1T6HA 186LA 169LA 1B6IA 1L09A 222LA 171LA 1XEPA 1L88A 120LA 1ZYTA 2RAYX 1L82A 250LA 1L56A 164LA 192LA 3HWLA 3C80A 1L07A 163LA 1L73A 167LA 1L69A 1QT4A 4I7RA 3L2XA 3JR6A 1L94A 176LA 262LA 3DMZA 157LA 217LA 239LA 3HH5A 4W57A 1OWZA 1WTHA 2O4WA 1L45A 2Q9EA 3HU9A 3HT9A 2OE7X 1QTBA 1L83A 2OTYX 234LA 1G06A 1QT7A 2B6ZA 2NTHA 1PQDA 112LA 1QTHA 3HT7A 1QT6A 1G0QA 1L52A 2F47A 3V2YA 3DN2A 1L15A 1DYAA 1D3NA 1C6TA 3OE9A 6LZMA 131LA 1C6NA 2RB0X 3GUIA 1L44A 2B7XA 1KNIA 4YXCA 1L37A 5I14A 1C68A 3G3WA 1C62A 4W53A 3HH3A 4YX7C 3DMXA 1LI3A 1L08A 3NY9A 200LA 4W51A 1L34A 1L19A 107LA 1L25A 1L81A 1G0PA 1L51A 3ODUA 1L0KA 3EMLA 1CU0A 1L30A 196LA 1OVJA 227LA 1C6JA 1OWYA 209LA 3UONA 253LA 1L03A 1L0JA 1LWGA 1LYIA 119LA 1C66A 1L50A 1D2WA 1SSYA 1L72A 206LA 211LA 2OEAX 3PDSA 1PQKA 1DYGA 4EKPA 218LA 3SN6R 1QUDA 4PJZA 102LA 1C6MA 2HUKA 4ARQA 166LA 3C8QA 2CUUA 4PK0A 1P6YA 2RBNA 1ZURA 3DN8A 1KY0A 3GUJA 246LA 115LA 3HUQA 1L93A 1LGWA 1QT3A 1G0MA 198LA 201LA 1CUPA 1QSQA 1OVKA 1LW9A 1LI2A 1JTNA 248LA 2B73A 1L61A 1PQMA 1L87A 1L99A 1L92A 4ARPA 4ARJA 126LA 1C6GA 3CDRA 2RH1A 2B70A 181LA 1L41A 1QTZA 197LA 1OV5A 1L46A 1CU2A 1QSBA 168LA 1LYDA 3GUMA 2F32A 3HH6A 247LA 1XJUA 213LA 1C6BA 1KS3A 1L36A 3DN4A 3DNAA 1L42A 1P7SA 2OE9X 148LE 230LA 1L17A 1DYDA 2L78A 7LZMA 1L48A 3HTBA 3DN1A 1G1VA 4DKLA 1L35A 1L57A 1L64A 1L98A 1QS5A 229LA 240LA 4ZPUA 1L80A 3HU8A 1L23A 1XJTA 137LA 238LA 1C6PA 1CV1A 4W59A 3L64A 3QAKA 3K2RA 1QT5A 4AQNA 129LA 1KW7A 3C7ZA 1CVKA 1L43A 1NHBA 1CV5A 2B74A 4IAPA 1L05A 1T8FA 1L38A 2B6WA 3C82A 4ARQB 2ANVA 1K28A 2RB2X 3SB5A 1L14A 4W52A 183LA 4E97A 1L95A 1D9WA 165LA 226LA 4DAJA 1C67A 1P56A 3HT8A 1T8AA 3HUKA 4EKQA 243LA 4GBRB 1P2LA 3DKEX 127LA 161LA 1L13A 140LA 3SBBC 185LA 1L22A 180LA 4I7QA 2IGCA 223LA 1L28A 178LA 1P37A 1QUOA 130LA 162LA 2LC9A 252LA 172LA 3RUNA 1L29A 3HTGA 1L67A 1DYEA 122LA 1C64A 1L63A 4EKRA 1QTCA 2B72A 1L66A 2RBPA 1C6IA 245LA 261LA 237LA 1L54A 1D3MA 111LA 1LYFA 3NYAA 128LA 4ARMA 1L96A 113LA 1C6QA 118LA 2A4TA 251LA 3HDEA 155LA 1L79A 3NY8A 4GRVA 1L01A 1QT8A 3FA0A 1QUGA 254LA 3LZMA 3G3XA 3CDQA 1G0KA 2OTZX 1L75A 146LA 1C6EA 1QTDA 1SWYA 1G07A 2B6TA 1D3JA 3PBLA 3F8VA 152LA 1L40A 1PQIA 1L06A 4DJHA 1G0LA 4I7SA 2O79A 1L32A 3C81A 2RBQA 2QB0B 1L20A 1C6HA 3GUNA 1L00A 3F9LA 1L27A 214LA 1D2YA 1L74A 1L60A 4I7OA 4LDOA 4W54A 4I7PA 1KW5A 4LDLA 1C6AA 1ZWNA 1C6KA 1L77A 1CTWA 3C8RA 1LI6A 103LA 1C60A 1CU3A 1QS9A 216LA 1T8GA 1L21A 241LA 2OU8A 3FI5A 2RAZX 2OU0X 2B75A 4EPFA 3D4SA 2RBRA 1CV0A 1L39A 235LA 1L11A 3SB9A 4I7LA 3VW7A 2RBOA 4ARMB 110LA 1I6SA 3OE8A 188LA 1C6DA 256LA 1L89A 2F2QA 3SBAA 3HTDA 257LA 1L12A 149LA 219LA 2NTGA 143LA 1LGXA 1L58A 3SB7A 4ARLA 1SSWA 4EJ4A 1KY1A 3DMVA 2LZMA 1C6LA 1CV4A 4W56A 224LA 3G3VA 1LGUA 1L16A 2B6YA 145LA 1SX7A 3OE6A 1TLAA 4I7JA 142LA 182LA 1L53A 258LA 1L47A 104LA 1LLHA 3C83A 1G1WA 1CV6A 1SWZA 228LA 249LA 3V2WA 4I7MA 108LA 4LZMA 4W55A 174LA 3DN3A 139LA 1L86A 191LA 1L04A 4K5YA 3SB8A 1L18A 3CDTA 1P46A 1LYJA 260LA 1JQUA 1P36A 2ANXA 173LA 3RZEA 3OE0A 4EXMA 244LA 4LDEA 1LWKA 242LA 1L55A 3GUKA 3HDFA 3SB6A 177LA 2HULA 1QUHA 1LYGA 4I7TA 1L24A 1L02A 1P2RA 2LCBA 1L33A 3C7WA 3HH4A 184LA 1PQOA 195LA 1L26A 3DN6A 1C6CA 1C63A 221LA 1T97A 141LA 4S0WA 4EKSA 1L59A 255LA 1C6FA 1LYHA 1CU5A 5LZMA 3C8SA 159LA 1OYUA 1C61A 151LA 3C7YA 4I7NA 1P3NA 210LA 109LA 175LA 158LA 156LA 160LA 1CU6A 1PQJA 138LA 1L90A 1DYCA 3CDVA 2QARC 1C65A 1L71A 1LPYA 1L84A 233LA 1CUQA 1OV7A 123LA 1P5CA 4YXAC 190LA 187LA 3GUOA 1CX7A 1EPYA 231LA 4I7KA 215LA 1G0GA 2B6XA 1LYEA 3GULA 1L91A 225LA 4W58A 170LA 2OE4X 3HUAA 1L68A 2RBSA 1L62A 1SX2A 199LA 114LA 1L70A 1JTMA 2RB1X 150LA 3FADA 1D3FA 232LA 1P64A 1L85A 3CDOA 4EPIA 1C69A 1OVHA 144LA 212LA 2OU9A 1CX6A 1DYFA 2Z6BA 1L76A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4II8A 1L10A 2O7AA 1XGQC 1LPIA 4OO9A 2MEEA 147LA 4NWEA 2FBDA 4PRUA 1QTKA 1IY3A 3HT6A 1L31A 125LA 1GFKA 1QTVA 186LA 1YIKA 5LXWA 1L88A 5T3FA 1L07A 4G49A 4YM8A 153LA 1LJJA 3L2XA 3OJPA 2D6BA 262LA 3DMZA 3HH5A 3J6KA 4DC4A 5C6LA 2O4WA 1L45A 2G4PA 2Q9EA 1DXJA 1LSFA 1L83A 3ATOA 2OTYX 1JISA 2B6ZA 2NTHA 3A90A 1UBZA 1QT6A 4H93A 3AGGG 1C7PA 1YQVY 4DD2A 1DYAA 1D3NA 1AT6A 1C6TA 131LA 3A3QA 1GBZA 3WXUA 5KXMA 1LHMA 4A7DA 1FDLY 3NY9A 4W51A 1G0PA 1ZV5L 4H9FA 4YOPA 1L51A 4EMNA 1PS5A 1L0KA 1T6VL 4G4BA 1GB9A 5I4WA 227LA 1C6JA 1OWYA 209LA 2CGIA 1L03A 4LT0A 1LWGA 1L50A 4WO6A 4OWBA 1D2WA 2OEAX 5AMYA 1HELA 218LA 5KXZA 102LA 2ZQ3A 1XEJA 3DN8A 3GUJA 1LGWA 1YL0X 3B6LA 5HNLA 4KXIA 1CUPA 4NGJA 1LI2A 248LA 2B73A 2W1MA 1L61A 1PQMA 1L87A 1L99A 4ARPA 3AZ6A 2XJWA 2BQEA 2B70A 4NIJA 3AZ5A 3B72A 3EMSA 5A3ZA 1B7LA 1CU2A 5B06A 2EKSC 3HH6A 1LYOA 4HJVA 1LHJA 1L42A 148LE 1L17A 1BWHA 2L78A 1QDRA 5LVHA 1UICA 3HTBA 3DN1A 1G1VA 4N0JA 240LA 3WL2A 1L80A 3HU8A 1L23A 1XJTA 3GXRA 1DKJA 3K2RA 2ZWBA 1LMNA 1L43A 1PZYA 4IAPA 3IJVA 1GB3A 5FEKA 1GF4A 2B6WA 2BLXA 1EQ4A 2ANVA 1K28A 2XQOA 1LJFA 3TXEA 4HTNA 2XBSA 1KXYA 5DM9A 4HJZA 1LTMA 2DQCY 1JJ1A 4ZFPA 1KIQC 1T8AA 4OWAA 4EKQA 4GBRB 4MR1A 1P2LA 161LA 1OUIA 4Z3MA 3A95A 4J7VA 162LA 1XFPL 1L29A 3HTGA 1IORA 1L67A 1L63A 1AM7A 2B72A 3T6UA 4HV2A 1LJ3A 245LA 1LYFA 3LZ2A 1IWUA 1L96A 2ZNWY 1C6QA 2A4TA 4WL6A 5F9XA 4MSTA 1L01A 4ANRA 1DKKA 4LYCA 2YBMA 1G7HC 1GWDA 1LZ9A 2OTZX 2Q0MX 4B49A 2B6TA 5A3EA 1WTMA 2ZYCA 5C6JA 152LA 4YENA 1PQIA 4WM4A 2O79A 1HEWA 2RBQA 1L20A 1L00A 1FLUA 4OWHA 2GV0A 4I7PA 4LDLA 1IWYA 1C10A 4QDNA 2Z2EA 3C8RA 1OUJA 5LIOA 1LI6A 2DQGY 3FI5A 1QSAA 1MLCE 2MEAA 1GF0A 1QDTA 1LMQA 3D4SA 2RBRA 1CV0A 2XBRA 1L39A 4WL7A 1VDPA 2LYOA 3A3RX 1FLQA 1YILA 2RBOA 1F10A 2CDSA 1GB7A 1HEPA 3EBAB 256LA 4RLMA 2F2QA 3W6EA 2H5ZA 4CFOA 4Z41A 2NTGA 1UUZC 143LA 1IWVA 4DD0A 5DL9A 1KY1A 1GBXA 3WPLA 1CV4A 1FLWA 3G3AB 1GFEA 2B6YA 1L16A 4XENA 1LJNA 1RE2A 3OE6A 1XGPC 1TLAA 142LA 182LA 2BQFA 1SQ2L 104LA 1GBOA 1SWZA 228LA 1IVMA 3V2WA 108LA 4J1BA 4W55A 174LA 139LA 1L04A 3CDTA 3M18B 4AGAA 1JQUA 3RZEA 3OE0A 3GUKA 1LMPA 4H91A 4PJ2C 1GE4A 4AXTA 1L24A 2DKVA 184LA 4XJGA 4OWEA 141LA 4QGZA 1LJEA 4LT1A 1XEIA 4HV1A 1AT5A 1XSFA 4NG8A 1FKQA 1HF4A 1LYHA 1CJ9A 1OYUA 1C61A 210LA 4H94A 158LA 3CSZA 160LA 1CU6A 138LA 4NG1A 1QTEA 4DDCA 1LPYA 233LA 1CUQA 1B9OA 4YXAC 1NDMC 1B7QA 1C45A 1CX7A 231LA 2FBBA 1JITA 2F4GA 4OWCA 4NHIA 2OE4X 1L68A 2RB1X 150LA 232LA 3B0KA 4MCKA 5LAFA 5B07A 5I5QA 5LVKA 4NY5A 4H9EA 1OVHA 5I4YA 1DYFA 2Z6BA 1IR7A 1JWRA 259LA 4HPIA 220LA 3A67Y 5J7CA 4NGZA 1FLYA 3AJNA 3WYHA 1LKRA 1NWGA 2HUMA 1TBYA 3HTFA 205LA 5I53A 3DN0A 1CKGA 1BGIA 2D4IA 1VDTA 1B7PA 1T6HA 169LA 171LA 1BHZA 5LVJA 1L56A 2B5ZA 1D9UA 1L73A 4QY9A 1L69A 1QT4A 6LYTA 4I7RA 1OUGA 1L94A 4YEMA 1GB2A 176LA 4W57A 1OWZA 1WTHA 208LA 5L9JA 3MGWA 1GFJA 1LMTA 1F6RA 2OE7X 5FCPA 1CKCA 234LA 3CB7A 1YROA 1PQDA 1QTHA 1WQMA 1G0QA 2F47A 5I54A 1LZ5A 3V2YA 3BKHA 4GCBA 6LZMA 5LYZA 2RB0X 4LYOA 2BQIA 1KNIA 4YXCA 1L37A 2Z18A 3B0OA 1C68A 1WTNA 4YX7C 3HH3A 4H9CA 1L08A 3AZ7A 1LJGA 1L81A 5FDJA 1TEWA 3FE0A 4LYBA 2W1XA 4WMGA 1IWZA 1YAOA 1L30A 1LSGA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4II8 A;  1L10 A;  2O7A A;  1XGQ C;  1LPI A;  4OO9 A;  2MEE A;  147L A;  4NWE A;  2FBD A;  4PRU A;  1QTK A;  1IY3 A;  3HT6 A;  1L31 A;  125L A;  1GFK A;  1QTV A;  186L A;  1YIK A;  5LXW A;  1L88 A;  5T3F A;  1L07 A;  4G49 A;  4YM8 A;  153L A;  1LJJ A;  3L2X A;  3OJP A;  2D6B A;  262L A;  3DMZ A;  3HH5 A;  3J6K A;  4DC4 A;  5C6L A;  2O4W A;  1L45 A;  2G4P A;  2Q9E A;  1DXJ A;  1LSF A;  1L83 A;  3ATO A;  2OTY X;  1JIS A;  2B6Z A;  2NTH A;  3A90 A;  1UBZ A;  1QT6 A;  4H93 A;  3AGG G;  1C7P A;  1YQV Y;  4DD2 A;  1DYA A;  1D3N A;  1AT6 A;  1C6T A;  131L A;  3A3Q A;  1GBZ A;  3WXU A;  5KXM A;  1LHM A;  4A7D A;  1FDL Y;  3NY9 A;  4W51 A;  1G0P A;  1ZV5 L;  4H9F A;  4YOP A;  1L51 A;  4EMN A;  1PS5 A;  1L0K A;  1T6V L;  4G4B A;  1GB9 A;  5I4W A;  227L A;  1C6J A;  1OWY A;  209L A;  2CGI A;  1L03 A;  4LT0 A;  1LWG A;  1L50 A;  4WO6 A;  4OWB A;  1D2W A;  2OEA X;  5AMY A;  1HEL A;  218L A;  5KXZ A;  102L A;  2ZQ3 A;  1XEJ A;  3DN8 A;  3GUJ A;  1LGW A;  1YL0 X;  3B6L A;  5HNL A;  4KXI A;  1CUP A;  4NGJ A; 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