The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
65
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
PAMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Phage terminase large subunit
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| source organism |
Thermus phage g20c
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| molecule tags |
Viral protein
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| total genus |
65
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| structure length |
189
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| sequence length |
189
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M1P A; 4IFE A; 5M1Q A; 3CPE A; 5C2F A; 4IEE A; 5C15 A; 5M1K A; 3C6A A; 5M1O A; 5C2D A; 5M1F A; 3C6H A; 5M1N A; 5C12 A; 5C10 A; 4IDH A; 4IEI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4RCH A; 5FPE A; 1B92 A; 2GBZ A; 3VA0 A; 3EE8 A; 2UU9 K; 5AQT A; 1J5E K; 4BRP A; 1NOY A; 2KZM A; 4JS5 A; 1NKE A; 2ZD1 A; 4B9L A; 3D45 A; 3FE1 A; 1YXQ A; 2Q3S A; 1IJJ A; 3CJB A; 1XC9 A; 1YTU A; 4AHT A; 3VQB A; 4CEE A; 3MXM A; 4FWL A; 1NGG A; 1WSH A; 2QWP A; 1K8K A; 3O9T A; 2GV9 A; 1NJZ A; 3OY9 A; 1KVA A; 4KKO A; 4H5W A; 4NB4 A; 3DXM A; 3EE9 A; 1BO5 O; 4TSX A; 1HQE A; 1TGO A; 3E1Y A; 3J80 O; 4JI0 K; 4HCB A; 1L3U A; 1KRP A; 1VQ4 N; 2EWS A; 4ILH A; 4BAC A; 3KWI A; 3AA5 X; 4ID5 A; 2FF3 B; 4JI5 K; 4AH9 A; 3QNN A; 3TSU A; 3G25 A; 5KQD A; 5HLF A; 4DV2 K; 5E26 A; 5JS1 A; 3L3U A; 3C95 A; 4KRE A; 1LW0 A; 2DFF A; 5GIN A; 4BGA A; 4DSL A; 3QLH A; 2E5L K; 3M8P A; 4CEO A; 2O8E A; 2UYT A; 3U9D A; 3OYE A; 3SYZ A; 2RHK A; 4J8F A; 3MAQ A; 2P9L B; 1X9S A; 1IG8 A; 4QS9 A; 5M1Q A; 1NGF A; 3GL1 A; 3O9Q A; 3K57 A; 1RDD A; 3D6R A; 3KLE A; 3PUF A; 2P51 A; 2A1R A; 2Z1J A; 3CJC A; 2ZJP L; 3S3N A; 3D2F A; 3OYA A; 4B8C A; 4DSF A; 3ZSY A; 3L4I A; 2NRT A; 1EQY A; 1IBK K; 2HNY A; 3THX A; 4CFD A; 3DJC A; 2UUC K; 2JGU A; 3CD6 N; 2GUP A; 1LOT B; 4OPK A; 4IDK A; 3UE5 A; 3WT0 A; 3VMF B; 1VSH A; 5FRO A; 2HND A; 1RDU A; 1F21 A; 3BGR A; 4FWN A; 4GKJ K; 4DU1 A; 4DU4 A; 5BR9 A; 3LDQ A; 4FWP A; 2E1Y A; 3VN5 A; 3C0B A; 2QKK A; 4CZF A; 2E2N A; 4CZE A; 2VG5 A; 3V1O A; 1XC3 A; 2GEM A; 2FSN A; 3NDK A; 2VQE K; 2KKZ A; 3CM6 A; 3R1X A; 5CZ2 A; 4FJX A; 3SMP A; 2HMP A; 5LL6 Z; 5AZI B; 1NK4 A; 3VF6 A; 4V19 S; 5GAE P; 3CI5 A; 4LSN A; 3CPW M; 3O4W A; 4CIF A; 1LAV A; 2P9K B; 3RR8 A; 3V81 A; 1JL1 A; 3PX0 A; 1IBL K; 3K59 A; 3OYD A; 3LL3 A; 5HRN A; 3A5O C; 3RMB A; 4E19 A; 4MLH A; 5AZJ B; 2XY8 A; 1JL2 A; 3CFO A; 1U49 A; 1J9A A; 3IRX A; 4DS5 A; 3RRG A; 3V9Z A; 3P83 D; 3AO2 A; 4CJR A; 3SPZ A; 3AAP A; 2QA4 N; 2DPN A; 3TAE A; 1K73 O; 4A61 A; 2DTU A; 1BOT O; 2FC0 A; 1Z26 A; 3RMA A; 4J2B A; 1RTH A; 3HXM A; 5M1F A; 4ELT A; 3HM9 A; 1C0F A; 3NF7 A; 3M8S A; 2Q0U A; 2PZS A; 3TWH A; 4CEF A; 3HP9 A; 3WNG A; 4OJR A; 2G8K A; 1XNQ K; 4ICL A; 4C8O A; 3TPQ A; 2P9P B; 3OJS A; 4FYD A; 3WUH A; 4OGE A; 4BC2 A; 4JK8 A; 4A2B A; 2Z1I A; 4CJP A; 4RWT A; 2YNG A; 3EZ5 A; 1EWR A; 1V4S A; 3G71 N; 3H3N O; 4DV3 K; 4KI6 A; 3NF6 A; 1BA1 A; 2UXC K; 1RT3 A; 4CFC A; 3SZ2 A; 1DTQ A; 4FJJ A; 3LP3 A; 4NXM K; 4EP4 A; 3ZLJ A; 2WFB A; 5DK5 A; 5AQZ A; 5EOY A; 3MX5 A; 3HBT A; 1X3N A; 4K8Z A; 5BRE A; 3HPO A; 2YHW A; 1HMV A; 1RTJ A; 2F4V K; 3UKU A; 2ETJ A; 1DGK N; 1QHA A; 3O9U A; 3SJJ A; 3N4Q A; 4I6M A; 4KH6 A; 1X9W A; 2E2P A; 1Q9Y A; 1ZBI A; 2P9U B; 2P9N A; 4RW8 A; 3O08 A; 3HOS A; 1C6V A; 3WNF A; 3TSP A; 4BDZ A; 4BR5 A; 2D0O A; 3FLC O; 1W97 L; 3MWT A; 3IUC A; 4IJN A; 1HNW K; 4IG0 A; 3C6H A; 4BRF A; 4CZH A; 4B9S A; 2QWR A; 4BR9 A; 2X74 A; 4EHU A; 3J7Y P; 3T7Z A; 4WFN L; 4FSV A; 4GNI A; 1QVG M; 3CME N; 3DMJ A; 2UXD K; 4Z4G A; 4BDP A; 3K9K A; 3ZX2 A; 1TL3 A; 2IVO A; 1GLB G; 3BEX A; 5JLF A; 1ASV A; 4DV4 K; 4B3M K; 4CD3 A; 4GV9 A; 2VGN A; 4I2P A; 4PL8 A; 3DI6 A; 4DFK A; 1RNH A; 5ADX A; 3SBG A; 1GLD G; 2WBN A; 2O8D A; 1E4F T; 3CQY A; 5KRT A; 4KB0 A; 4CI6 A; 1BQN A; 4FZZ A; 1Z25 A; 1QQC A; 2YKM A; 3ZT2 A; 3CET A; 2VWJ A; 2O8C A; 5LJV A; 5AQI A; 2E6M A; 2HF4 A; 4CJL A; 4AHV A; 3GE1 A; 4DR5 K; 2H3G X; 1IKV A; 4CHP A; 4X62 K; 2AA4 A; 1UA0 A; 4HCC A; 1FKP A; 3CG7 A; 4BQZ A; 4CGI A; 2ZJR L; 2HVH A; 3K2P A; 1EET A; 4HVJ A; 1HLU A; 3T1H K; 2YJE A; 3Q7B A; 1JCE A; 4WQ4 A; 4CBX A; 3DXK A; 3O1B A; 1YJN N; 3QEP A; 3KTQ A; 3EO3 A; 4EP5 A; 1NU0 A; 1RT7 A; 4IOC L; 2HF3 A; 4JHD A; 1ZYQ A; 3CER A; 3SUN A; 4CZK A; 2QWN A; 3B8A X; 1ZBU A; 3ULE B; 1TYQ A; 3ZSZ A; 2YHB A; 3MCP A; 2UXB K; 2QM1 A; 3NCI A; 3HST B; 3KWG A; 4DTS A; 3A8Y A; 3NGI A; 3LWM A; 2D0B A; 4C8N A; 3LDS A; 3DLL L; 2DFH A; 2CH5 A; 1L3S A; 3FZH A; 3MMV A; 3F9M A; 1TK8 A; 4I9L A; 4R5P A; 3H46 O; 3EEQ A; 4JRQ A; 3THY B; 4IDH A; 4L3Q A; 4DR2 K; 3VQE A; 2YHX A; 1RBV A; 4K41 A; 3RR7 A; 4LF9 K; 4DR6 K; 1RDW X; 3AGR A; 1TKZ A; 1Q18 A; 1HPM A; 4CGJ A; 2YNH A; 1OH8 A; 2G8I A; 3MK6 A; 3F9K A; 4JI6 K; 5BPM A; 3ZET A; 1HNI A; 5C42 A; 3OYN A; 3BY5 A; 3A5M C; 3OBY A; 1JCF A; 2X6N A; 2RE2 A; 1TL1 A; 2OYQ A; 4DV6 K; 5BPN A; 3HRG A; 1LWF A; 4B1Y B; 4IBN A; 3V4I A; 3CXC M; 1YTA A; 3P1G A; 3AA4 A; 1GOA A; 3QBW A; 4N47 A; 4BGB A; 3VQ6 A; 1SKR A; 4CED A; 1RBT A; 1JCG A; 4FPA A; 2GWJ A; 3OW2 M; 2CGL A; 5F1X A; 3P31 A; 2IC3 A; 4CJT A; 4QAG A; 3SI6 A; 3VET A; 4F2S A; 3EY1 A; 1WSJ A; 5BN9 A; 3SK3 A; 2IDO A; 3TAB A; 4WFA L; 3BZK A; 2NUB A; 2QI2 A; 5HBM A; 3L3V A; 4E89 A; 1RGI A; 2FBV A; 4ISE A; 4WE1 A; 4BR4 A; 1FXX A; 1WBD A; 3FZF A; 3L4Q A; 4DFP A; 1SKW A; 1RBU A; 2PFU A; 2F8T A; 2O8B A; 3OYL A; 4AHR A; 5LJW A; 2NRV A; 3QET A; 3AVL A; 1FK9 A; 3FZM A; 5BRF A; 4DTR A; 4H4O A; 1JJ2 M; 1XUP O; 4FK2 A; 2FBY A; 1JLQ A; 4IKF A; 5AQK A; 1QSL A; 1MWM A; 4NLC A; 3VEO A; 4BRC A; 3LP0 A; 5C2F A; 4FJ9 A; 2VWB A; 3THV A; 3MXJ A; 5GIO A; 3TAN A; 4CEZ A; 4KHS A; 3HJF A; 2QW9 A; 4CBW A; 2W6L A; 1NMD A; 4B1V A; 4BRA A; 3VA3 A; 3RMC A; 4FOE A; 1D9F A; 4KHP K; 3UKR B; 2XY7 A; 1NGC A; 4JNE A; 4MLE A; 2A5X A; 3I55 N; 1VRU A; 3VGL A; 2WC9 A; 4B3S K; 3ZX0 A; 3WQU A; 4O8K A; 4DHY A; 2PAV A; 1YIT N; 4BRK A; 5H1S Q; 3RTV A; 4DSJ A; 4FLY A; 4B9N A; 4JKE A; 1A5X A; 5LMU K; 4YOT A; 2VQF K; 1CZ9 A; 3NF8 A; 1O1W A; 1MU2 A; 3V9X A; 1NOZ A; 3C7N A; 1NJX A; 3ZT1 A; 4C23 A; 4JKG B; 2NLX A; 3A2F A; 3VGK A; 3IS9 A; 4O4G A; 3RMD A; 2ZQB A; 2E8A A; 3HYF A; 4BE0 A; 5SWM A; 2D0A A; 5JIC A; 3L2W A; 4NYN A; 4C1N I; 4DU3 A; 3UIQ A; 3CCQ N; 3ZT3 A; 4Z4I A; 3FZK A; 4QCL A; 4H4M A; 4MO5 A; 1RT4 A; 1JXE A; 2YV0 X; 2QTD A; 3KVG A; 4FZY A; 5C12 A; 4CFB A; 4DUZ K; 4IO9 L; 1I94 K; 1HRH A; 3MEC A; 2WTU A; 3KHY A; 5EX5 A; 2FXU A; 1YHQ N; 3CJ7 A; 3MX2 A; 1Q86 O; 3K5M A; 2BUP A; 3FZL A; 4IO8 A; 4ZTF A; 3ZSQ A; 4JS4 A; 1HQU A; 1YAG A; 1BQM A; 5AR0 A; 1WSF A; 3L2V A; 4FWR A; 5I9E B; 1NJW A; 4MO4 A; 3D2E A; 3S9H A; 1OH7 A; 2HHQ A; 3L2R A; 4FW1 A; 5AQR A; 4HUG A; 1NK7 A; 5I3U A; 4B1U B; 1C0M A; 2FSK A; 1WSI A; 4ELU A; 2AJQ A; 5AQP A; 3HM8 A; 4CJ3 A; 2O8F B; 3HVT A; 3E9O A; 4H0Y B; 3C6T A; 4BVP A; 2W42 A; 1NGE A; 2JLE A; 4DQS A; 4LFC K; 4H5V A; 4G1Q A; 2EX3 A; 5AJ3 K; 4BVO A; 1NKC A; 4PKH A; 3AVH A; 1JKH A; 2YHA A; 4CD1 A; 1ZBL A; 4B3R K; 3T1Y K; 1YIJ N; 3HVR A; 4QOZ B; 1REV A; 3SQ2 A; 4WQ5 A; 4FJI A; 3TSQ A; 1BA0 A; 1YVN A; 4IJA A; 3OYI A; 3MEE A; 4M41 A; 1HYS A; 3IKM A; 4CE9 A; 3OA9 A; 1RT6 A; 4B1Z A; 3HK2 A; 5KQ8 A; 1SAZ A; 3IAY A; 3VTI A; 2XO7 A; 2NRR A; 2IVN A; 4WF9 L; 3O5B A; 3O80 A; 1KVC A; 4BRD A; 3QES A; 1NNE A; 3TR8 A; 4RTF D; 1I3A A; 2OTL N; 4KPY A; 5AQG A; 2HHV A; 4O55 A; 4AM7 A; 1JLG A; 4JI3 K; 5IWA K; 4DR3 K; 4CHO A; 4PUO A; 2NRZ A; 3J8A A; 2DFE A; 3VQA A; 4KB1 A; 5C24 A; 4GKK K; 1HYZ A; 4J2E A; 3TI0 A; 3KJV A; 5IT9 O; 3DLH A; 1K9M O; 2CGK A; 2IS3 A; 1V4T A; 4CJQ A; 2JWL A; 2QWQ A; 4DV1 K; 4CF8 A; 4DSK A; 1ASU A; 1E4G T; 1DKG D; 5AQS A; 4CIE A; 3P38 A; 4CCH A; 2KLA A; 2NZT A; 5AQX A; 4CK1 A; 1OVY A; 2IAJ A; 1KQS M; 4IEI A; 2GTD A; 2HB5 A; 3PV8 A; 1YVU A; 1P8Z A; 4MDA A; 3PIO L; 3DLK A; 5EU7 A; 3QEX A; 3VQ7 A; 2F9W A; 2Q1N A; 4FVU A; 1KFS A; 3PIP L; 2UUB K; 4H0X B; 5M1P A; 5TKY A; 5DMR A; 1BCO A; 3WEE B; 1L5U A; 4YHH K; 4FXD A; 1KLM A; 4KI4 A; 4BC5 A; 4ILJ A; 3BF3 A; 4PKI A; 5FDL A; 2FBT A; 3QEW A; 1JXB A; 3KD1 E; 1YF5 L; 2P9S A; 4WCE L; 3D7E O; 3KK7 A; 3HZ6 A; 1KVB A; 3G6E N; 4X66 K; 1VQK N; 4B08 A; 2O4I A; 4M63 C; 5FPM A; 3RSE B; 2ZJQ L; 4DSE A; 1VSF A; 2YHY A; 4GVM A; 1J54 A; 3QML A; 4I7F A; 5KPZ A; 1X1P A; 3IG1 A; 3DWL A; 2FBX A; 3NVM A; 5CYQ A; 4FJH A; 3LZJ A; 4F9O A; 1BI4 B; 2HVI A; 1ZBS A; 5C10 A; 1K8A O; 2D4W A; 2BTF A; 2VYP A; 4N5S A; 1D5A A; 1C1A A; 1WOQ A; 2OPQ A; 2KTQ A; 1SUQ A; 3FGU A; 1J6Z A; 1RT5 A; 1Y64 A; 1HNX K; 3CHW A; 3M6G A; 4PA1 A; 2PYJ A; 2YCH A; 3VF4 A; 5AZI A; 4KV8 A; 4H03 B; 4Y1D A; 4LD0 A; 3CCU N; 1VQL N; 2HBL A; 2D1K A; 2P9K A; 3LDN A; 4ELV A; 4IXC A; 3O3F A; 4BWJ A; 2YNF A; 3O9R A; 1KC8 O; 3CCS N; 4NO7 A; 3ZEU B; 4M7X A; 4H8K A; 5AZJ A; 3TAQ A; 1W9H A; 4E7I A; 3OJU A; 1GOC A; 4AHU A; 2OAN A; 5AFU A; 4BRM A; 4CZG A; 4KHY A; 2HST A; 3GDQ A; 4NYF A; 4RW7 A; 3SV3 A; 3SMS A; 4FLZ A; 4CIG A; 4ZHR A; 4A5A A; 3CQ8 A; 5CZ1 A; 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1HNZ K; 3VEN A; 4CZL A; 3WXJ A; 4UQG A; 4CHQ A; 3O3H A; 4YY3 K; 4YDU A; 3MN9 A; 3CYM A; 3OYH A; 3KK1 A; 4RW4 A; 4YOV A; 3AA2 A; 1HKG A; 3SUQ A; 1BHL A; 4U7B A; 2KQ2 A; 4DTO A; 4YFU A; 3WXK A; 2XY6 A; 4FZX C; 1RBS A; 4CZM A; 4YOX A; 3DLG A; 3CCM N; 1Q8I A; 2XHB A; 4FLU A; 1RDA A; 2QWO A; 2KZZ A; 4E7L A; 5SZT A; 2P9I B; 1BIS A; 1DLO A; 3U3G A; 2GX9 A; 1NGB A; 4FWQ A; 1T7P A; 3TAM A; 3KLG A; 3SQ4 A; 3JXU A; 4CF9 A; 4E7J A; 3U9Z A; 3EN9 A; 1W0H A; 5KPT A; 1S9E A; 2ITG A; 3VTH A; 3H1V X; 2QKB A; 4DV5 K; 4OLB A; 1N32 K; 3ZYY X; 5HRP A; 5GAG P; 1YT3 A; 1Z05 A; 3DAW A; 3SV4 A; 3NBP A; 2ASM A; 3KIO A; 1D8Y A; 3EKU A; 4DTP A; 1VQO N; 4ILG B; 3HOT A; 2YKN A; 1QTM A; 2E88 A; 2ZWH A; 3K0S A; 1S1U A; 2HBK A; 5TKW A; 3ULE A; 3HTV A; 1RCH A; 5KGW A; 3VQD A; 3GOI A; 5CYM A; 1NGD A; 1TK5 A; 4C8L A; 4CGH A; 3NH2 A; 5HOO A; 1UA1 A; 5KI6 A; 1BDG A; 1J5O A; 4IWV A; 2F7T A; 3FFK B; 2PBD A; 3ID6 A; 2Q31 A; 2W40 A; 4B8A B; 3C6U A; 1R0A A; 5MLC Q; 3SCX A; 4M42 A; 3PO5 A; 1KSP A; 3QFP A; 4FWK A; 1GLL O; 4DQP A; 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